微孔板杂交法测定椰毒假单胞酵米面亚种的DNA-DNA同源性

采用一种新的DNADNA杂交方法—微孔板法对椰毒假单胞菌酵米面亚种及伯克霍尔德氏菌属中11个种的DNADNA同源性进行测定。结果发现椰毒假单胞菌酵米面亚种与唐菖蒲伯克霍尔德氏菌及椰毒伯克霍尔德氏菌的DNADNA同源性均大于75%,建议这3个种应合并为同一个种,命名为唐菖蒲伯克霍尔德氏菌(Burkholderia gladioli)。     

泡囊假单胞菌的分离及鉴定

从一例心包积液患者的心包液中,分离到一株氧化代谢、氧化酶阳性,具单极毛运动的革兰氏阴性杆菌。经形态、生理生化特性鉴定,DNA的G+C mol％测定和Biolog自动系列的验证,确认为泡囊假单胞菌(Pseudomonas vesieularis)。指出该菌可使免疫力低下患者发生感染。对该菌分类地位的变迁进行了讨论。     

对诺卡氏菌AS4.1186和AS4.1187保藏菌株的重新分类研究

重新对念球状诺卡氏菌 (Nocardianostocoides)AS4 1 1 86和鲑色诺卡氏菌桔橙变种(Nocardiasalmonicolorvar.aurantiaca)AS4 1 1 87进行的多相分类研究表明 ,菌株AS4 1 1 86与德克萨斯糖丝菌 (Saccharothrixtexasensis)NRRLB 1 6 1 3 4 T 关系密切 ,它们的 1 6SrDNA序列相似性为 99 3 % ,DNA同源性为 77 6 % ;菌株AS4 1 1 87与赤红球菌 (Rhodococcusruber)DSM 43 3 3 8T 之间有着密切的关系 ,其 1 6SrDNA序列相似性为 99 5 % ,DNA同源性为 82 9%。胞壁组分、枝菌酸、甲基萘醌、磷酸类脂和DNAG +Cmol%测定等化学分类结果支持了上述结论。在形态和生理生化特性上 ,菌株AS4 1 1 86与NRRLB 1 6 1 3 4 T,菌株AS4 1 1 87与DSM 43 3 3 8T 之间也表现出非常相似的性状。根据系统发育分析、DNA同源性值、化学分类、形态和生理生化特性等研究结果 ,我们对菌株AS4 1 1 86和…     

螺旋霉素聚酮合成酶基因和抗性基因的克隆与表达的研究

根据不同聚酮合成酶基因DNA的同源性,利用放线紫红素聚酮合成酶基因act Ⅰ,actⅢ作探针,从螺旋霉索产生菌Str．spiramyceticus U-1941基因文库中检测并分离了螺旋霉素聚酮合成酶基因pCN3H8。限制酶酶切分析表明,其分子量为44kb。通过分子杂交实验,将螺旋霉素聚酮缩合酶基因(与act Ⅰ有同源性)及聚酮氧化还原酶基因(与actⅢ有同源性)进行了定位。pCN3H8 DNA在麦迪霉素产生菌变株Str.mycarofaciens sub sp．68中的表达产物,经紫外光谱分析与麦迪霉素相似。pCN3H8在放线紫红素聚酮缩合酶基因缺陷型变株Str．coelicolor TKl7中的表达产物,不具有放线紫红素的色素,其纸层析谱型与螺旋霉素有显著差别。pCN3H8在变青链霉菌Str．lividans TK24中的表达产物,也具有抗菌活性。将pCN3H8 DNA转化对螺旋霉素敏感的Str.griseofuscus原生质体,获得了螺旋霉素抗性的表达。从转化子中分离得到了质粒DNA pSG3,其分子量为7．0kb,可能是pCN3H8DNA转化Str．grlseofuscus时在体内缺失而形成。再转化实验证明,宿主菌对螺旋霉索的抗性,确实是由于pSG3 DNA作用的结果。含质粒pCG4,pSG3的螺旋霉素产生菌Str．Ambofaciens转化子螺旋霉素的产率明显提高。     

固氮螺菌氢代谢与固氮作用的关系III．转座子Tn5诱变的 Azospirillum brasilense 吸氢活性缺陷株的筛选

以携带有自杀性质粒pR64：：Tn5的大肠杆菌(E．Coil RL29)为供体菌株,与受体菌巴西固氮螺菌W251-10(Azospirillura brasilense W251-10)进行杂交,在选择性平板上测得卡那霉素抗性菌落与受体菌菌落之比为5．0x 10-7。受体菌W251-10的卡那霉素抗性自发突变频率小于1.14×10-9。经气相色谱仪分析测得一株丧失吸氢酶(Hydrogen Uptake Hydrogenase)活性的突变株(编号为 Azospin llum brasilense WG15),同时发现其固氮酶(Nitrogenase)话性也已丧失。 DNA分子点杂交结果表明,所获得的突变株WGl5的总DNA中存在有’n5的序列,而w251—10呈阴性结果,从而证实了WGl5吸氢活性的丧失是由于Tn5在DNA中的插入引起的,同时也揭示了巴西固氯螺菌的吸氢酶基因(缸p)和固氮基因(nr,) 在遗传学上有着连锁的关系。     

芝田硫化叶菌Ssh7蛋白的进化保守性及DNA结合特性

嗜酸热古菌——芝田硫化叶菌(Sulfolobus shibatae)合成大量7 kD DNA结合蛋白Ssh7. Southern杂交结果显示, 该菌基因组中含有两个编码Ssh7蛋白的基因, 分别命名为ssh7a和ssh7b. 对这两个基因进行了克隆、序列测定和在大肠杆菌中的表达. 测序结果表明, 两个Ssh7多肽仅在3个氨基酸位置上有差异; 此外, ssh7a和ssh7b的顺式调控序列也十分相似, 提示存在着维持两个基因的序列和表达都不变的选择压力. 杂交结果还显示, 与芝田硫化叶菌一样, 硫磺矿硫化叶菌(Sulfolobus solfataricus)基因组中也含有两个编码7 kD蛋白的基因. 结合其他报道, 这一结果提示编码7 kD蛋白的基因可能在硫化叶菌种间分歧形成之前发生了基因复制. 采用电泳迁移率改变试验(EMSA)分析了天然及重组Ssh7蛋白与双链DNA片段之间的相互作用. 天然和重组蛋白的EMSA行为相似, 说明Ssh7与DNA的相互作用既不受发生在天然蛋白赖氨酸残基上的甲基化的影响, 也不受两种多肽异构体之间在序列上的差异的影响. 在所采用的实验条件下, Ssh7与双链DNA片段结合时的结合位点大约为6.6 bp, 表观解离常数为(0.7~1.0)×10^-7 mol/L. 此外, Ssh7与负超螺旋DNA的结合强于与线性和松弛DNA的结合.     

一种新的人兽共患传染病——狐狸阴道加德纳氏菌病的研究——Ⅱ.病原菌的鉴定

对从狐狸流产胎儿和阴道分泌物中分离得到的16株菌进行了细胞形态、细胞壁显微结构的观察和生化、对人血红细胞具溶血性、DNA的G+C含量等测定。根据它们细胞呈革兰氏阳性到可变,形态从球杆到杆状的多形态性,接触酶和氧化酶均阴性,葡萄糖的O/F测定为发酵产酸,主要产物有乙酸和乳酸等主要产物,归为阴道加德纳氏菌,但由于它们对营养要求不苛求,生长速度快和对氧要求低等,又不同于人体来源的加德纳氏菌。因此,将这群菌另定为一个亚种——阴道加德纳氏菌狐狸亚种(Gardnerella vaginalis subsp.fox)。模式株为U80。     

麦迪霉素聚酮缩合酶基因的亚克隆及表达

利用与麦迪霉素生物合成有类似途径的放线紫红素聚酮缩台酶基因ActⅠ作为探针,将来源于麦迪霉素产生菌基因文库的与ActⅠ有同源性的阳性初级克隆pcN8812进一步缩小,亚克隆获得了2．4kb的麦迪霉素聚酮缩台酶基因,将其插入pwHM3载体中构建了重组质粒pcG2 DNA。pcG2 DNA在放线紫红素聚酮缩合酶基因缺陷型变株天蓝色链霉菌TKl7及螺旋霉素产生菌S．Ambofaciens中均获得表达。前者所得产物不同于麦迪霉素和放线紫红素,可能为新的杂合抗生素,后者能使螺旋霉素产量得到提高。另外pcG2 DNA在道诺红霉素产生菌调节变株S.peucetiusH6101中的表达产物经TLC及HPLC分析表明为紫红霉酮。pcG2 DNA在Tetracenomycin C产生菌S．Glaucescens中亦有一定的功能表达,而在红霉素产生菌红霉内酯阻断变株Saccharapolyspara erythraea WMH 15,26l中未观察到活性表达。推测pCG2 DNA具有一定调节或在某些聚酮类抗生素产生菌变株中超互补的功能。     

一种快速提取真菌染色体DNA的方法

介绍了一种适用于多种真菌染色体DNA的快速提取方法。该方法用石英砂振荡破壁 ,快速便捷地提取真菌染色体DNA ,提取时间仅用 1～ 2h。作者应用该方法成功地提取了粗糙脉胞菌 (Neurosporacrassa)、米曲霉 (Aspergillusoryzae)、羊肚菌 (Morchellaesculcnta)、酿酒酵母 (Saccharomycescervisae)等 4种不同真菌的染色体DNA ,所提DNA片段均大于2 0kb ,可直接用于限制性内     

利用同源重组建立地中海拟无枝菌酸菌U32染色体的基因置换/中断系统

地中海拟无枝菌酸菌U32是力复霉素SV的工业产生菌,其遗传操作一直是一个难题。在该菌株DNA高效电转化的基础上,利用同源重组的原理,建立了地中海拟无枝菌酸菌染色体的基因置换/中断系统。通过大肠杆菌重组质粒pDK110构建、转化及两步重组筛选,成功地用α淀粉酶基因（amy）取代了地中海拟无枝菌酸菌U32染色体上的3-氨基-5-羟基苯甲酸合成酶基因（ahbas）。第一步单交换和第二步双交换的频率分别是0.5%～0.7% 和 2%。将质粒pDK110变性后转化可显著提高重组频率,在第二步筛选双交换前对单交换重组子进行电击也能够提高其双交换重组的频率。此外,通过转化构建的两端带同源区段的线性DNA片段及一步重组筛选,我们在地中海拟无枝菌酸菌U32染色体的amrD,rifO基因中间插入了阿普拉霉素抗性基因（apr）,其效率约为30～50转化子/μgDNA。     

几种固氮菌nifA基因片段的同源性分析

参照已知数种固氮菌nifA基因的DNA序列,选择其中间区域的两个保守性较强的序列合成引物,利用肺炎克匠杆菌(Klebsiella pneumoniaef)、棕色固氮菌(Azotobacter vinela-ndii)、巴西固氮螺菌(Azospirllum brasilense)、草螺菌(Herbaspirillum seropedicae)和深红红螺菌(Rhodospirillum rubrum)的总DNA进行聚合酶链反应,结果均扩增出约450bp大小的片段,经证实为各种固氮菌的nifA基因部分片段。 核酸印迹分子杂交结果显示出nifA基因在不同固氮菌中的同源性不强。     

鞘氨醇单胞菌PY3菲降解基因的克隆及序列分析

将菲降解菌鞘氨醇单胞菌(Sphingomanas sp.)PY3的DNA片段与pUC119质粒连接后,转化大肠杆菌JM109,经筛选得到两个质粒,分别命名为pUp1(带有23kb外源DNA片段)和pUp2(带有39kb外源DNA片段)。pUp 1的DNA含有2个ORF。ORF 1由275个氨基酸组成,与恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)F1的甲苯水解酶及菌株Pseudomonas CF600的甲苯水解酶在氨基酸水平上有47%的同源性。ORF 2由327个氨基酸组成,与嗜热脂肪芽孢杆菌(Bacillus stearothermophilus)的邻苯二酚双加氧酶(phe B)及紫红红球菌(Rhodococcus rhodochrous)CTM的邻苯二酚双加氧酶(C23O)在氨基酸水平上分别有57%和44%的同源性。     

极端嗜盐菌16SrDNA的PCR扩增

四株嗜盐菌Haloarcula vallismortis(EM201)、Haloferax denitrificans(EM303)、A_5和B_2已通过一对特定引物用PCR技术从总DNA中扩增出各自的16SrDNA片段,分子大小在1.47kd左右.DNA杂交也表明这些PCR产物具有嗜盐菌的同源性.     

水稻根际联合固氮细菌的研究

从我国南方水稻根部分离到3株氧化型革兰氏阴性细菌,编号为A1601,A1701和A1702。经15N示踪实验证明,它们均有较高的固氮能力。在无氮培养基中加入少量稻根浸出液进行培养后,可使固氮酶活性明显提高。根据菌株的形态和生理生化等特征鉴定,3株菌均为产孽菌属的细菌,分别为争论产碱菌(Alcaligenes paradoxus A1601),反硝化产碱蔺木糖氧化亚种(Alcaligenes denitrificans subsp.xylosoxydons A1701)和反硝化产碱菌反硝化亚种(Alcaligenes denitridicans subsp.denitrificans A1702)。这是继粪产碱菌(Alcaligenesfaecalis)之后,发现的产碱菌属中另外3株未见报道的固氮细菌。     

利用转座子将parDE与pCPP430体内重组提高生防工程菌的遗传稳定性

带有梨火疫欧氏杆菌 (Erwiniaamylovora)完整的hrp基因簇的重组粘粒pCPP43 0转化到植物的附生菌成团泛菌 (Pantoeaagglomerans) 3 0 8R中后可以使成团泛菌获得在烟草等植物上引发过敏反应和诱导植物抗病性的能力。pCPP43 0携带着约 40kb的梨火疫欧氏杆菌的染色体DNA ,在成团泛菌 3 0 8R中不能稳定遗传。本文首先把广宿主范围质粒RK2的控制质粒稳定性的parDE片段插入到转座载体pUT mini Tn5Km的唯一克隆位点NotI上 ,然后利用Tn5的转座特性 ,将parDE体内重组到pCPP43 0上 ,经过在无抗生素选择压下反复传代和过敏反应活性测定 ,筛选到了遗传稳定性显著提高的重组生防工程菌。     

类诺卡氏菌属的两个新种

根据71-N46等5株菌的基丝与气丝都形成横隔,并断裂为杆状、椭圆或球状,无鞭毛不运动的节段;细胞壁组份I型：DNA中GC克分子百分比为66．3％等,认为这5株菌应属于类诺卡氏菌属,除71-N46为这属的典型种白色类诺卡氏菌(Nocardioides albus Prauser)外,本文报道两个新种：黄色类诺卡氏菌新种(Nocardioidea flavus n. sp.)和情黄类诺卡氏菌新种(Nocardioides fulvus n. sp. )。     

志贺菌福氏2a毒力大质粒DNA全序列的测定与基因分析

对志贺菌福氏2a 301株的毒力大质粒pCP301的DNA全序列进行了测定, 并进行了结构分析. 结果表明, pCP301 DNA全序列由221618个碱基对组成, 基因分析共确定了272个开放读码框架(ORF), 经过与基因数据库比较, 其中194个ORF与已知基因或编码产物具有高同源性, 61个ORF同源性较低, 其余17个为新确定的未知功能的ORF. pCP301中的基因主要包括: (ⅰ) 与细菌毒力有关的ipa-mxi-spa, osp和iph基因; (ⅱ) 与调控有关的vir基因; (ⅲ) 与质粒的维持、稳定和DNA代谢有关的mvp, stb, rep和par等基因; (ⅳ) 转座酶编码基因. pCP301中的插入序列总长68 kb, 占全序列的 30%, 提示pCP301在细菌生长与进化过程中发生了多次基因重排. 研究结果对揭示志贺菌的致病机理及大质粒的遗传与进化有重要意义.     

利用氢和二氧化碳生长的一个泥杆菌新种——嗜氢泥杆菌

从降解有机物产生甲烷的富集培养物中分离到一株利用巴豆酸的严格厌氧革兰氏阴性杆菌.此菌利用氢和二氧化碳或甲酸合成乙酸,发酵巴豆酸产生丁酸和乙酸,发酵葡萄糖、果糖、麦芽糖和半乳糖产生乙酸、乙醇和氢或甲酸,不利用延胡索酸、酒石酸和柠檬酸生长.该菌不产生芽孢,不还原硫酸盐,触酶反应阴性,DNA的G+C含量为30.7±1mol%,是泥杆菌属中的一个新种,定名为嗜氢泥杆菌(Ilyobacter hydrogenotrophicus nov.sp.).     

斑点叉尾(鱼回)一株致病菌的分离鉴定及系统发育分析

从发生急性流行性传染病的斑点叉尾NFDA5肝、肾分离到一高致病性的菌株（CCF00024）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化及16S rDNA序列分析结果表明,其为非发酵型,严格需氧,革兰氏阴性杆菌,极生多鞭毛,对除麦芽糖和甘露糖以外的多种糖类不能利用产酸,氧化酶阴性,DNA酶、蛋白酶、脲酶、赖氨酸脱羧酶阳性,MR阴性。在以该菌16S rDNA序列（GenBank登录号AY970826）和GenBank及RDP数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列构建的系统发育树中,分离菌CCF00024与嗜麦芽寡养单胞菌（Stenotrophomonas maltophilia）聚在一簇,特别是与S. maltophilia M51的同源性最高,其序列相似性达99.6%,结合形态和生理生化特点将其鉴定为嗜麦芽寡养单胞菌（Stenotrophomonas maltophilia）。