中华绒螯蟹卵巢RACB cDNA文库的构建

应用抑制性差减杂交技术,已经获得了中华绒螯蟹卵巢发育过程中差异表达基因的部分cDNA序列。为了进一步获得基因的全长cDNA序列,运用SMART技术,成功构建了中华绒螯蟹卵巢(Ⅲ期)RACE cDNA文库。琼脂糖凝胶电泳结果表明,文库所含全长cDNA的长度主要集中在500—2000bP之间,RACE PCR结果表明,所用基因特异性引物与接头引物皆能扩增出产物,说明所构文库的质量较好,适于用RACE方法从中分离中华绒螯蟹卵巢发育相关基因的全长cDNA。     

中华绒螯蟹卵巢差减cDNA文库的构建

应用抑制性差减杂交技术构建中华绒螯蟹卵巢两个发育时期的差减cDNA文库。正向差减杂交以Ⅲ期卵巢为试验方、Ⅱ期卵巢为驱动方,反向差减杂交以Ⅱ期卵巢为试验方、Ⅲ期卵巢为驱动方;将所获差减cDNA片段克隆入质粒表达载体,转化大肠杆菌JM109。最后获得的正、反向差减文库分别含863、360个重组子。PCR扩增鉴定正、反向差减cDNA文库的插入片段平均大小分别为360和160bp,表明所构建的差减言语库适合进一步研究中华绒螯蟹卵巢发育相关基因。     

中华绒螯蟹亲蟹的饥饿代谢研究

1998年 10～ 12月 ,对体重为 5 4 .5 9(± 2 .37) g的亲蟹在 2 0 (± 0 .5 )℃温度条件下进行饥饿实验 ,研究了饥饿对中华绒螯蟹亲蟹代谢的影响 .结果表明 ,经过 30d的饥饿处理 ,亲蟹的耗氧率降低为摄食状态的 5 0 .0 % ;CO2 排出率减小为摄食状态的 6 3.4 % ;NH3 N排泄率减小为 5 9.1% .耗氧率和CO2 排出率、NH3 N排泄率的变化差别较大 ,耗氧率的减小可分为 4个阶段 ,而CO2 排出率和NH3 N排泄率的减小仅可分 3个阶段 .与此同时 ,亲蟹的标准代谢水平同样受到饥饿的影响 ,饥饿 30d后 ,由 4 .4 5J·g-1·h-1减小为 2 .36J·g-1·h-1;在饥饿亲蟹的代谢中 ,脂肪消耗最多 ,其次是碳水化合物 .     

中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹两地理亚种的线粒体DNA序列变异

根据线粒体16SrDNA的PCR／RFLP鉴定和对Cyt b基因全序列的分析对中国大陆7水系绒螯蟹地理种群的遗传分化进行探讨。结果表明：中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹两亚种在17条Cyt b全序列上以40个固定的碱基变异位点相区别。前者分布在瓯江及其以北的水系;后者主要分布在瓯江及其以南的水系。发现了4种在鸭绿江以南的北方水系中生活的合浦亚种单元型,对这些单元型的形成提出了3种可能的解释[动物学报51（5）：862—866,2005]。     

中华绒螯蟹同工酶的研究

中华绒鳌蟹(Eriocheir sinensis)(Milne,Edwards)俗称河蟹,是我国重要的经济蟹类,有关河蟹同工酶的研究迄今为止国内外尚无报道,为了弥补这一空白,作者对中华绒鳌蟹的醋酶(EST)、谷氨酸草酞乙酸转氨酶(GOT)、苹果酸脱氢酶(MDH)三种同工酶进行了电泳分析,研究了同工酶的组织特异性并探讨其基因表达特点,以期为中华绒鳌蟹的种群遗传结构分析,品种的定向选育等提供生物化学指标.       

大乳头水螅RACE cDNA文库的构建

目的:为筛选和克隆大乳头水螅发育调控相关基因的全长cDNA,构建大乳头水螅RACE cDNA文库.方法:提取大乳头水螅总RNA后从其中分离mRNA,运用SMART技术构建RACE cDNA文库.为鉴定所构建文库的质量,根据GenBank中大乳头水螅actin基因cDNA序列设计5'RACE和3'RACE的引物及用于扩增actin基因编码区全长序列的引物.结果:琼脂糖凝胶电泳结果表明,RACE cDNA文库中全长cDNA的长度集中在500-2 000bp之间.5'RACE、3'RACE PCR及扩增actin基因编码区全长序列时均以本文构建的大乳头水螅RACE cDNA文库为模板,这3个PCR反应均能扩增出产物,产物大小与目标片段预计大小相似.PCR产物分别经T/A克隆及测序后证明为大乳头水螅actin基因cDNA的相应序列.结论:RACE cDNA文库的成功构建为通过RACE方法获得大乳头水螅功能基因cDNA全长序列奠定了基础.     

中华绒螯蟹遗传变异的RAPD分析

用31个可重复性好的随机引物对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)的辽河、瓯江和长江种群进行了RAPD分析。121个扩增片段中有27个多态片段。遗传距离指数（D）表明中华绒螯蟹种内遗传变异较低(D=0.004～0.063)。3个种群中,辽河种群(D=0.018)和瓯江种群(D=0.025)遗传变异较高,而长江种群遗传变异较低(D=0.013);辽河种群和瓯江种群间遗传距离(D=0.023)小于它们与长江种群间的遗传距离(D值分别为0.028和0.032)。提示人类经济活动可能已使这2个种群发生了基因交流。     

不同水温对中华绒螯蟹胚胎发育的影响

本文研讨了各种人控恒温和自然水温对中华绒螯蟹胚胎发育周期,各发育阶段以及卵裂同步率等的影响,在水温9．6±3．6度到23度之间,中华绒螯蟹的胚胎均能发育;最适发育水温为18－23度,29度以上,胚胎不能发育,变温对胚胎发育有益,胚胎在卵裂阶段对水温特别敏感,水温越高,卵裂虽然越快,但卵裂期同步率越低;胚胎处在自然水温中,经过低温,卵裂期同步率最高。     

中华绒螯蟹血淋巴20-羟蜕皮酮诱发蜕皮和卵巢发育的作用

通过放射免疫法测定了中华绒螯蟹蜕皮周期血淋巴20-羟蜕皮酮(20-HE)含量的变化。血淋巴20-HE同卵母细胞发育各个阶段有密切的时相关系:在卵母细胞小生长期血淋巴20-HE持续上升,经青春蜕皮进入卵母细胞大生长期后又迅速降低。不能及时青春蜕皮的青春期前雌蟹,稍后仍出现20-HE下降的趋势。对不同实验条件和生理状态下雌蟹的比较表明,20-HE具有诱发蜕皮的特性。卵母细胞早期生长必需高浓度的血淋巴20-HE。外源注射的20-HE有刺激卵巢增重的作用。     

RACE: cDNA末端快速扩增技术进展

ＲＡＣＥ：ｃＤＮＡ末端快速扩增技术进展明洪黄秉仁中国协和医科大学基础医学院中国医学科学院基础医学研究所国家分子生物学重点实验室北京１００００５基因表达水平和模式的变化驱动着生物体内主要的生物学过程。分离和克隆基因是研究基因结构、功能以及表达的基础。以往建立和筛选ｃＤＮＡ和ＤＮＡ文库来分离克隆目的基因的经典方法繁琐而且工作量大。ＰＣＲ技术的出现极大地提高了分离克隆目的基因的效率。反向ＰＣＲ、锅...     

用RACE结合cDNA文库筛选的方法获取新的锌指蛋白基因

大多数有重要功能的蛋白质都含相应的由保守氨基酸顺序组成的功能结构域。本文首先根据蛋白质功能结构域保守氨基酸序列设计简并引物,用PCR方法扩增出基因EST序列,再利用改进的快速扩增cDNA末端（RACE）方法从cDNA文库中扩增出基因非同源部位,然后以非同源序列为探针,筛选cDNA文库。利用此方法成功地从人骨髓cDNA文库中克隆到几个编码锌指蛋白并代表原有EST的新的全长cDNA。这一策略也应适用于筛选编码具有其他序列保守性功能结构域蛋白的基因。 Abstract:Most of the important functionally proteins contain the corresponding function domains that consist of conserved amino acid sequences.The study provided a method to identify novel genes that encode proteins containing important functionally domains with conserved sequences.First,primers were designed according to the sequence of the cDNA library vector and the ESTs that have been obtained by reverse PCR and degenerate primers encoding Zinc finger domain.The cDNA library DNA was used as template for PCR amplification.The amplified fragment that contains nonhomologous sequences of the cDNA was inserted into pGEM-T easy vector.The fragment was recovered and used as a probe for screening the cDNA library.Several cDNAs with full length that encode proteins with Zinc finger domain and represent the original ESTs have been successfully cloned from a human bone marrow cDNA library.This strategy can also be used in screening genes that encode proteins containing differential function domains with conserved sequences.     

人脑红蛋白(NGB)全长cDNA序列的克隆

人脑红蛋白(neuroglobin, NGB)是新发现的神经系统特异的携氧蛋白, 然而其全长cDNA序列一直未见报道. 采用电子序列延伸技术和cDNA序列末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends, RACE)研究发现, 人NGB全长cDNA序列为1 909 bp, 5′非编码区为375 bp, 编码区(456 bp)可编码151个氨基酸, 3′非编码区为1 078 bp, 其中含27 bp的poly(A)(GenBank接受号: AF422797). 综合采用电子序列延伸技术与RACE技术是获得全长cDNA序列的有效方法, 为后续的功能研究提供了重要基础.     

鳜肌肉生长抑制素Myostatin cDNA克隆与组织表达分析

利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了鳜(Siniperca chuatsi)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)cDNA序列,并分析了该基因的结构特征和亲缘关系。鳜MSTN cDNA序列全长2627bp,包括5′端非翻译区117bp、3′端非翻译区1376bp和开放阅读框(ORF)1134bp,共编码377个氨基酸,含22个氨基酸的信号肽。鳜MSTN具有脊椎动物MSTN的共同序列特征,含有1个蛋白酶水解位点RARR和9个保守的半胱氨酸残基。脊椎动物MSTN氨基酸序列的亲缘关系分析表明,鳜与其他鱼类聚为一支。RT-PCR分析表明,鳜MSTN在成体不同组织中的表达情况不同,其中,卵巢、肾、眼、肌肉、心、脑、皮肤和胃中有表达,肝胰脏未见表达。     

家蚕3-羟基异丁酸脱氢酶基因克隆及其在模拟失重环境中的表达模式分析

采用RT-PCR和RACE技术克隆了家蚕3-羟基异丁酸脱氢酶(hibadh)基因全长cDNA(GenBank登录号EU719652)并对其序列进行了分析, 用RT-PCR方法检测了hibadh基因在家蚕5龄幼虫不同组织中的分布, 最后用real-time RT-PCR方法分析了整个胚胎期家蚕hibadh基因在模拟失重环境中的表达模式。克隆的hibadh基因cDNA全长1074 bp, 包含1个能编码完整Hibadh长度为969 bp的开放阅读框。家蚕hibadh基因与伯霍尔德杆菌、果蝇、蜜蜂、热带爪蟾、小鼠、人类等6个物种hibadh基因推导的氨基酸序列同源性分别达到46%、43%、48%、44%、45%、45%。Hibadh蛋白为分泌蛋白, 不存在糖基磷脂酰肌醇锚定位点, 分子量和等电点分别为34.1 kD和9.14。hibadh基因在家蚕5龄幼虫的头、丝腺、中肠、皮肤、血液、脂肪体、马氏管等组织中稳定表达。模拟失重环境中家蚕hibadh基因在胚胎发育的不同时期表达量不同, 胚体突起发生期和反转期hibadh基因表达量分别上调2.3倍(P<0.05)和4.6倍(P<0.01), 气管形成期hibadh基因表达量下调7.6倍(P<0.01), 其余时间段hibadh基因表达量没有明显变化。整个胚胎发育期内, 模拟失重组与对照组相比较hibadh基因总表达量下调2.6倍(P<0.05)。在模拟失重环境中, 家蚕hibadh基因的表达模式与家蚕整体的响应模式有相似之处但不尽相同。基因对环境反应的灵敏度高于有机体整体对环境反应的灵敏度。该研究有利于进一步探讨hibadh基因的重力生物学机制。     

鳜肌酸激酶M-CK cDNA的克隆与组织表达分析

利用RT–PCR和cDNA末端快速扩增法（RACE）克隆了鳜（Siniperca chuatsi）肌酸激酶（creatine kinase,CK）cDNA序列,并分析了该基因的结构特征和系统关系。鳜CK cDNA序列全长1586 bp,包括5′端非翻译区92 bp,3′端非翻译区348 bp和开放阅读框（ORF）1 146 bp,共编码381个氨基酸。鳜CK具有脊椎动物CK共有的保守结构域和肌型肌酸激酶（M-CK）同工酶的特异识别位点;氨基酸序列与M-CK型的相似度最高,而与脑型肌酸激酶（B-CK）和线粒体型肌酸激酶（Mi-CKs）的相似度较低;在CK系统关系树中鳜CK与M-CK群聚类。这些均表明,鳜CK属脊椎动物M-CK型。RT-PCR分析表明,鳜M-CK在成体不同组织中的表达量不同,其中,在皮肤、卵巢、肾脏、胃、肌肉和心脏中表达较强;而在眼和脑、肝胰脏中表达较弱。     

cDNA文库与RACE方法结合克隆一个马铃薯病程相关蛋白基因cDNA

为克隆马铃薯晚疫病抗性相关基因,深入研究马铃薯晚疫病抗性机制,应用SMART LD—PCR技术,以晚疫病菌混合小种诱导48h的水平抗性马铃薯(Solanum tuberosum L．)(R—gene—free)叶片为材料,构建了一个富集晚疫病抗性相关基因的cDNA文库。为提高克隆全长cDNA的效率,将cDNA文库与RACE技术结合,依据本实验室得到的病原诱导表达片段测序结果,在其内部设计两个特异引物,与文库载体臂上的通用引物配对,以文库噬菌体DNA为模板,用高保真PCR分别扩增出cDNA5′端与3′端,从而简便、快捷地得到全长cDNA序列。采用此方法,在马铃薯中克隆了一个受晚疫病菌诱导表达的cDNA,该cDNA长904bp,5′端有29bp的非翻译区,3′端具有完整的polyA尾,包含一个678bp的完整开放阅读框架,编码226个氨基酸(GenBank登录号：AY 185207)。BLAST检索发现其氨基酸序列与烟草一个新的病程相关蛋白基因NtPRp27具有90％的同源性,在马铃薯中尚未发现与之同源的已知基因。Northern杂交结果表明,水杨酸(SA)、茉莉酸(JA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、机械伤害和渗透胁迫都能诱导该基因表达。该基因可能是马铃薯一个新的病程相关蛋白基因。     

菠萝果实cDNA文库的构建

以菠萝幼果为研究材料,采用Creator^TMSMART^TM cDNA Library Construction Kit技术构建菠萝幼果cDNA文库,其文库的库容量为1．01&#215;10^6,重组率为92％,PCR检测表明大多数插入片段均大于1000bp。