应用SSR标记对61个国家大麦遗传多样性的研究

使用全自动基因分析仪(ABI-3700 DNA Analyzer),用35对SSR荧光标记引物对来自61个国家的2625份大麦种质资源的遗传多样性进行了分析,得出如下结果(1)35对引物在2625份大麦种质资源中共检测到2063个等位变异,每个位点的等位变异数为30～79个,平均为58.94;多样性指数为1.60～3.66,平均为2.80;(2)在大麦的7条染色体中,每条染色体的等位变异数不等,染色体等位变异数从多到少排序为5、7、2、6、3、4、1,遗传多样性指数从高到低依次为2、6、7、3、5、4、1,综合这两项指标,第2、7条染色体遗传多样性较高,第1条染色体的遗传多样性最低;(3)约旦、伊朗、叙利亚和利比亚等国家大麦的遗传多样性指数最高,分别为2.58、2.53、2.50和2.38;而埃塞俄比亚、叙利亚、伊朗和约旦等国家的大麦资源则具有较多的等位变异,分别为29.03、25.57、25.11和24.60,综合分析,约旦、伊朗、叙利亚和土耳其大麦遗传多样性较高.     

应用微卫星标记研究西藏野生大麦的遗传多样性

以西藏不同地区的106份野生大麦为材料,其中包括50份野生二棱大麦（HS）,27份野生瓶形大麦（HL）和29份野生六棱大麦（HA）,用Liu等（1996）发表的SSR连锁图的每个连锁群的两个臂的不同位置上选取3～5个共30个SSR标记,研究了西藏3类野生大麦的遗传多样性。结果表明,这3类野生大麦在遗传组成及等位变异频率分布上存在着明显的遗传分化。在总样本中,共检测到229个等位变异,平均每个SSR位点检测到7．6个等位变异,其中70个为这3类野生大麦间共同的等位变异,等位变异数在这3类野生大麦间有明显的差异,亚种问的遗传多样性明显高于亚种内的遗传多样性。其遗传多样性大小顺序为HS〉HL〉HA。聚类分析表明,野生二棱大麦、野生六棱大麦分别聚在不同的两类,而野生瓶形大麦中各有约50％的材料分别聚在这两类。根据本研究及前人研究结果,我们认为中国栽培大麦是从野生二棱大麦经野生瓶形大麦向野生六棱大麦进化的。该结果支持了栽培大麦起源的“野生二棱大麦单系起源论”的观点。     

应用SSR标记分析中国糯大麦种质的遗传多样性

利用SSR标记对来自中国不同省市的76份糯大麦种质的遗传多样性进行分析,并以遗传相似系数为基础进行聚类分析。SSR标记分析表明,50对大麦SSR引物在76份糯大麦中共扩增出203个等位基因,属于高度多态性位点范畴。当遗传相似系数为0.70时可将76个糯大麦品种划分为5个类群,在一定程度上反映了与材料的地理来源和皮裸性。糯大麦资源平均Shan-non多样性指数显示,来自云南和西藏的糯大麦品种遗传多样性略高。SSR标记分析表明,中国糯大麦具有丰富的遗传多样性,对揭示糯大麦的起源与传播以及对资源的有效利用具有现实意义。     

应用STS-PCR标记研究新疆布顿大麦的遗传多样性

利用22个来源于小麦(Triticum aestivum L.)和栽培大麦(Hordeum vulgare L.)的STS-PCR标记,研究了32份新疆布顿大麦(Hordeum bogdanii Wilensky)的遗传多样性.在这22个STS-PCR标记中,仅有3个标记的扩增产物经HinfⅠ、HhaⅠ、HaeⅢ和RsaⅠ 4种限制性内切酶消化后没有产生多态性DNA片段,而19个标记(占86.4%)和46种标记/酶组合(占52.3%)能够揭示材料间的多态性.在32份布顿大麦材料的88种STS-PCR标记/酶组合中,总共得到315条DNA片段,平均每个标记/酶组合能得到3.6条DNA片段.在这315条DNA片段中,共有123条片段(占39.0%)具有多态性,每一个多态性标记/酶组合能获得1～6条多态性DNA片段.STS-PCR标记揭示的32份布顿大麦的遗传距离变化范围为0.078～0.352,平均为0.198.根据STS-PCR标记的遗传距离矩阵,采用不完全加权算术平均数法(UPGMA)构建了32份布顿大麦群体间的遗传关系树状图,结果表明STS-PCR标记能将32份材料完全区分开来.同时,来源于同一地方的不同居群没有明显地聚类在一起,表明新疆布顿大麦的遗传多样性与其地理分布相关不紧密.     

应用STS—PCR标记研究新疆布顿大麦的遗传多样性

利用 2 2个来源于小麦 (TriticumaestivumL .)和栽培大麦 (HordeumvulgareL .)的STS_PCR标记 ,研究了 32份新疆布顿大麦 (HordeumbogdaniiWilensky)的遗传多样性。在这 2 2个STS_PCR标记中 ,仅有 3个标记的扩增产物经HinfⅠ、HhaⅠ、HaeⅢ和RsaⅠ 4种限制性内切酶消化后没有产生多态性DNA片段 ,而 19个标记 (占 86 .4 % )和 4 6种标记 /酶组合 (占 5 2 .3% )能够揭示材料间的多态性。在 32份布顿大麦材料的 88种STS_PCR标记 /酶组合中 ,总共得到 315条DNA片段 ,平均每个标记 /酶组合能得到 3.6条DNA片段。在这 315条DNA片段中 ,共有 12 3条片段(占 39.0 % )具有多态性 ,每一个多态性标记 /酶组合能获得 1～ 6条多态性DNA片段。STS_PCR标记揭示的 32份布顿大麦的遗传距离变化范围为 0 .0 78～ 0 .35 2 ,平均为 0 .198。根据STS_PCR标记的遗传距离矩阵 ,采用不完全加权算术平均数法 (UPGMA)构建了 32份布顿大麦群体间的遗传关系树状图 ,结果表明STS_PCR标记能将 32份材料完全区分开来。同时 ,来源于同一地方的不同居群没有明显地聚类在一起 ,表明新疆布顿大麦的遗传多样性与其地理分布相关不紧密。     

利用RAPD标记分析大麦种质资源的遗传多样性

利用RAPD标记对19份西藏近缘野生大麦材料、33份我国不同省市的地方品种以及8份国外引进大麦品种共60份大麦种质资源的遗传多样性进行检测.结果表明材料间遗传差异明显.32个RAPD引物中,有25个引物(占78.13%)可扩增出清晰且具多态性的条带,另外7个引物能扩增出1～3条清晰但无多态性的条带.每个引物可扩增出1～8条多态性带,平均为3.72条.32个引物共产生119条DNA片段,其中87条具有多态性,多态性比率(PPB)为73.11%,平均多态信息量(PIC)为0.434;每个位点平均有效等位基因数(Ne)为2.304;材料间遗传相似系数GS变化范围为0.757～0.981,平均值为0.871.19份来源于西藏的近缘野生大麦材料间GS值变幅为0.818～0.969,平均为0.892;33份我国栽培大麦地方品种间的GS值变化范围为0.783～0.981,平均为0.879;8份分别来自8个国家的栽培大麦品种间的GS值变幅为0.820～0.956,平均为0.882.根据RAPD标记分析的结果,对60份大麦种质资源进行聚类分析,在平均GS值0.871水平上60份大麦材料可聚为5类,聚类结果能在一定程度上反应材料的地理分布关系,但某些相同地理来源的材料也较分散地分布在整个聚类树中.本研究从分子水平上进一步证明了我国栽培大麦丰富的遗传多样性,是世界栽培大麦的遗传多样性中心之一.     

梅花鹿3个种群遗传多样性的微卫星标记分析

利用16个微卫星标记对黑龙江省部分地区(兴凯湖农场、大庆市银浪牧场、五大连池大庆农场鹿苑)的3个梅花鹿(Cervus nippon)群体进行了遗传多样性检测.统计了3个鹿群的等位基因组成、平均有效等位基因数(Ne)、平均遗传杂合度(h)和多态信息含量(PIC).结果表明,除5个位点外,其余11个微卫星位点均表现出不同的多态信息含量,其中高度多态位点5个,中度多态位点4个.这说明本研究所选用的微卫星位点可较准确地评估3个梅花鹿群体的遗传多样性,并为今后相关研究筛选出了有价值的引物.3个梅花鹿群体的平均h在0.454～0.636之间变动,其中兴凯湖梅花鹿群体最高,为0.636,具有较大的遗传潜力.     

利用微卫星DNA标记研究绒山羊群体遗传多样性

利用7个微卫星标记对4个绒山羊品种共计18个个体的遗传多样性进行了分析和研究。计算了有效等位基因数、遗传杂合度、遗传距离等,分析了群体相关的遗传变异。结果表明,辽宁多绒山羊的有效等位基因数最大,杂合度最高;而辽宁绒山羊的有效等位基因数最小,杂合度最低。奈氏遗传距离表明,库布齐杂种绒山羊和辽宁多绒山羊的亲缘关系最近,而和阿尔巴斯绒山羊的亲缘关系最远。     

30个粳稻品种SSR标记遗传多样性分析

选用分布于水稻12条染色体上的64对SSR引物,对江苏省育成以及日本引进的粳稻品种共30份材料进行遗传多样性分析。结果表明,有50对SSR引物在30个品种间表现为多态性。共检测到140个等位基因,每对引物的等位基因数变幅为2～5个,平均为2．8个。有效等位基因为94．336个,平均为1．887。每个SSR位点的多态性信息量（PIC）变化范围为0．064～0．752,平均为0．410。30个品种间的遗传相似系数变幅为0．386～0．956之间,平均值为0．719,且81．4％的供试品种其遗传相似系数在0．600～0．800之间,亲缘关系较近;以遗传相似系数为原始数据,按UPGMA方法将30个品种划分为3大类群,结合系谱分析结果表明,江苏省育成的水稻品种遗传多样性不够丰富,多数品种间的亲缘关系较近,欲进一步提高江苏省水稻产量还需拓宽亲本选择范围,扩大遗传背景。     

水稻SSR标记的遗传多样性研究进展

本文从SSR标记优点和适用于研究水稻遗传多样性入手,综述了SSR标记在水稻核心种质构建与评价、遗传结构、稻种起源演化等方面的研究进展。总结了水稻遗传多样性的地带性特征（云南是中国稻种资源的最大遗传多样性中心和优异种质的富集地;西南稻区粳稻品种遗传多样性最丰富;南方稻区粳稻品种的遗传多样性高于北方粳稻遗传多样性）、遗传多样性与生态地理位置密切相关、目前水稻品种遗传基础狭窄、多样性降低等特征,分析了遗传多样性成因及影响因素,特别指出了育种行为对遗传多样性的影响,并针对当前水稻品种遗传多样性较低的问题提出了对策。     

基于SSR分子标记的延胡索遗传多样性研究

采用SSR分子标记分析延胡索的遗传多样性,筛选出多态性高、稳定性好的12对引物,对19个居群360份延胡索样品进行了群体遗传分析。结果表明:(1)12对SSR引物共扩增出多态性位点227个,检测到4~9个等位基因,平均等位基因数目为5.25个,表现出丰富的多态性;延胡索居群具有较高的遗传多样性(Na=5.25,I=1.192 6,H=0.387 9),物种间遗传分化程度高(Fst=0.388 3),基因流较弱(Nm=0.393 8)。(2)UPGMA聚类分析和贝叶斯距离分析结果表明,19个居群明显聚为4大支;Mantle Test结果(r=0.326,P=0.01)表明,地理位置相近的种群亲缘关系更近。研究认为,延胡索的遗传结构是该物种自交为主的繁育系统、克隆生长、地理隔离以及居群间有限的基因流共同作用的结果,故对该物种的保护应以就地保护为主。     

利用微卫星标记分析我国13个地方灰羽鹅品种的遗传多样性

我国地方鹅品种具有很多优良性状,但长期以来由于没有形成科学的选育制度和培育方法,品种的遗传多样性没有得到完整保存。为了深入了解我国地方鹅品种的遗传结构,使之得到更好的保护和利用,作者选用31个多态性较高的微卫星标记(其中19个是首次用磁珠富集法从AFLP片段中分离),检测了我国13个地方灰羽鹅(An-sercygnnoides)品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离(DA)。结果表明:13个地方灰羽鹅品种中,平均多态信息含量为0.323–0.398,平均杂合度为0.4985–0.6727,各品种的杂合度都较高,最高的是狮头鹅(0.6727),最低的是雁鹅(0.4985)。用UPGMA法进行聚类分析的结果显示,13个品种被聚为4类:丰城灰鹅、武冈铜鹅、兴国灰鹅、狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马冈鹅、钢鹅、雁鹅聚为第1类;伊犁鹅自聚为第2类;长乐鹅、右江鹅聚为第3类;永康灰鹅自聚为第4类。本研究为鹅遗传育种提供了参考资料。     

大麦基因组中的微卫星标记及其应用

微卫星是以少数几个核苷酸为单位多次串联重复的DNA序列,是一种简单序列重复(simple sequence repeats,SSR),两侧一般是保守序列。由于它具有多态性高、共显性、容易用PCR检测和结果稳定可靠等特点,因此是一种十分理想的分子标记。大麦的微卫星DNA随机分布于基因组中,平均每一个微卫星基因座有3～18个等位基因,最高可达37个。SSR标记已广泛用于分子遗传图谱的构建、遗传多样性研究、种质鉴定、主要性状基因的定位及分子标记辅助选择育种等。大多数SSR标记集中在着丝粒附近区域,1HL、5HL和6HS明显缺乏SSR标记。大麦的SSR标记还有待进一步的开发。 Microsatellite Markers and Applications in the Barley Genome FENG Zong-yun1,2,3,ZHANG Yi-zheng1,LING Hong-qing3 1.College of Life Sciences,Sichuan University,Chengdu 610065,China; 2.College of Agronomy,Sichuan Agricultural University,Ya'an 625014,China; 3.The State Key Laboratory of Plant Cell & Chromosome Engineering,Institute of Genetics & Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China Abstract:Microsatellites,also called simple sequence repeats (SSR),are simple,tandemly repeated DNA sequences with a repeat length of a few base pairs,and are very ideally used as molecular markers because of their abundance,high level of polymorphism,co-dominance and ease of assay with the polymerase chain reaction (PCR) by selecting primers as the conserved DNA sequences flanking the SSRs,as well as better stability.The experiments showed that SSRs are randomly distributed throughout the barley genome,and there are 3~18 alleles at a single SSR locus,up to 37 alleles/locus.SSR markers have being widely applied in the construction of molecular genetic map,the study of genetic diversity,the identification of germplasm,gene mapping for important traits and molecular marker-assisted selection.Meanwhile,most of markers are strongly clustered around the centromeric regions of all seven linkage groups.As a result of the clustering,genome coverage with SSRs remains incomplete with an obvious lack of markers on the long arms of chromosomes 1H and 5H and short arm of chromosome 6H.Therefore,it is very potential and necessary to further develop SSR markers in barley. Key words：barley;microsatellite marker;simple sequence repeats;genetic diversity;molecular mapping     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

基于SSR标记的荔枝种质遗传多样性分析

从53对本课题组自主开发设计的SSR特异引物对中筛选出22对多态性引物,对46份荔枝材料的基因组DNA进行扩增,共得到54个等位基因,其中每对引物的平均等位基因数为2.4,共获得23个特异性标记,各标记的平均观察杂合度值、平均期望杂合度和PIC值分别为0.451、0.355和0.507。其中L it6位点各数值最高,是最理想的选择标记。利用22对多态性引物对46份荔枝种质进行聚类分析,构建树状图,结果表明:大多数种质相似系数在0.63～0.95之间,说明它们之间的亲缘关系较近,并发现淮枝(广东)与淮枝(海南)两者可能为同名异物品种。     

308个糯玉米审定品种SSR标记遗传多样性分析

随着中国糯玉米产业的蓬勃发展,每年通过审定的糯玉米品种逐渐增多,为了解其育成品种的遗传多样性和亲缘关系,本研究以308个糯玉米审定品种为材料,利用SSR标记从审定年份和适宜种植区2个角度分析近年来糯玉米审定品种遗传多样性特点和发展趋势.结果 表明,308份糯玉米审定品种在40个SSR标记上共检测出529个等位基因、14...     

应用微卫星标记进行大豆种质多样性和遗传变异性分析

微卫星标记又称ＳＳＲ标记是近年来发展的一种新型的分子标记可有效地进行基因型鉴定,系统谱分析并可估算材料间的遗传距离。用５对ＳＳＲ引物对１５份大豆材料进行扩增,共得到２１条多态性条带。每个ＳＳＲ座位的等侠基因数目为３～＾个,基因多样性范围为０．４３７～０．６６８,对这些材料进行了遗传距离分析。家系分析表明微卫星ＤＮＡ经过多世代的九分裂的后产生了突变,在ＲＩＬ Ｆ８代中有的个体在个别ＳＳＲ等基因的大小     

SSR标记分析国家北方花生区试品种的遗传多样性

利用10对SSR引物对参加我国北方区域试验的27份花生品种进行PCR扩增分析,共扩增出57条带,其中45条呈现多态,多态性比率为78.95%.引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.417～0.857,平均值为0.688.27个品种间的遗传相似系数在0.311～0.962之间,平均为0.651.聚类分析结果表明,27个参试花生品种在遗传相似系数0.61处分为3个类群,同一类型的参试品种优先聚为一类,同一地区或同一育种单位提供的品种往往首先聚为一类.系谱分析表明亲本来源相近的品种优先聚在一起,利用农家品种和辐照诱变材料对于拓宽花生遗传基础发挥作用较明显.SSR分析结果基本上与系谱相吻合.     

微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用

微卫星DNA的高突变率、中性、共湿性及其在真核基因组中的普遍性,使其成为居群遗传学研究、种质资源鉴定、亲缘关系分析和图谱构建的优越的分子标记。本研究系统介绍了微卫星DNA在结构和功能上的特点,并对微卫星DNA标记技术应用的遗传学机理和一般方法进行了扼要的阐述。另外,本研究还探讨了微卫星DNA标记技术在遗传多样性研究中的应用现状,并进一步提出其发展前景。     

浙江赤霉病抗性不同的大麦地方品种遗传多样性分析

采用SSR标记方法研究了43份对大麦赤霉病有不同抗性的浙江地方品种的遗传多样性。结果显示29对SSR引物在上述品种中共检测到87个等位基因,每对引物等位基因数在2~9之间,平均为3个;平均多态性信息含量（PIC）为0.3509,平均Shannon指数(I)为0.6951,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.4268。品种间的遗传相似系数变幅为0.082~0.986,平均值为0.467。聚类分析将参试品种分为4大类。浙江省地方品种遗传多样性较高,二棱品种的遗传变异明显高于六棱品种;抗和中抗赤霉病品种的遗传变异也较大。聚类结果与品种来源无任何关系;主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。