X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良基因剪接受体突变对mRNA加工的影响

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良（spondyloepiphyseal dysplasia tarda, SEDL）是一种少见的由SEDL基因突变引起的骨软骨发育障碍性疾病,病变主要累及腰椎和近端承重大关节。为研究SEDL基因剪接受体突变(IVS2 -2A→C)对mRNA加工的影响,从该突变所致SEDL患者,以及健康对照者外周血中提取总RNA,逆转录合成cDNA, 以此为模板进行聚合酶链式反应（polymerase chain reaction, PCR）,对PCR扩增产物采用双向直接测序和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyacrylamide gel electrophoresis, PAGE)方法进行分析。测序结果发现IVS2-2A→C突变患者的一种cDNA外显子2与外显子4直接拼接,显示外显子3全部丢失;另一种cDNA外显子1与外显子4拼接,显示外显子2和外显子3均缺失;在健康对照者也发现了外显子2缺失的cDNA。PAGE发现患者和对照者都存在两种RT-PCR产物,长度分别为567bp、425bp以及679bp、537bp,证实了测序结果。这说明SEDL基因第二内含子剪接受体突变（IVS2-2A→C）导致其外显子3在mRNA加工过程中全部丢失,由于SEDL基因的翻译起始位点位于外显子3,它的缺失可能使生成的mRNA不能被翻译,从而引起SEDL发生;外显子2位于5′ UTR,它的缺失提示SEDL基因存在选择性剪接,正常人也存在缺失外显子2的cDNA,说明这种选择性剪接对临床表型的影响似乎并不大,它对基因表达水平和表达调控是否有影响还需要进一步研究。     

稀有的黑檀体基因(ebony)5'UTR自发突变导致黑腹果蝇的黑条体突变

由于果蝇Drosophila群体中有很多自发突变其中包括多种体色突变,因此它是一个研究自发突变的优秀的模式体系。本研究证实我们实验室发现的一个可以引起果蝇体色突变的自发突变(bsr)是一个黑檀体(e)的等位基因,将其命名为ebsr。序列分析显示ebsr的5′端缺失了953个碱基,其中包括外显子1后端的206个碱基及相连的内含子1的747个碱基。逆转录PCR结果显示5′端的缺失导致内含子1不能从mRNA中剪接掉,由此导致该mRNA的翻译起始密码子AUG前端增加了一个3.2kb的序列。该序列导致ebsr的mRNA的5′UTR(5′-untranslated region)区较野生型基因增加近3kb的长度。通过mRNA二级结构分析发现这个增加的3kb的片段可以形成复杂的颈环结构(stem-loop)。免疫印迹结果显示该突变基因没有基因产物产生。本研究进一步证实了由于mRNA的5′UTR序列结构的改变可以影响到蛋白质的翻译。     

鉴定9个新的RHD基因mRNA可变剪接体

为了研究各种RHD基因mRNA可变剪接体的基因结构, 应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测正常人脐血样本RHD mRNA, 对RHD cDNA进行TA克隆和序列分析, 对各可变剪接体的剪接位点进行DNA序列分析, 并将RHD mRNA进行表达序列标签(ESTs)分析。结果在28个阳性克隆中, 除全长RHD cDNA外, 共检测到12种(包括9种新的)RHD可变剪接体, 发现外显子遗漏、5′和3′剪接位点变异3种剪接形式, 涉及外显子2~9, 其中6种新的剪接体同时存在RHD和RHCE基因同源杂交现象。ESTs分析还检索到内含子保留形式的剪接体。研究表明, RHD基因mRNA存在复杂的可变剪接机制, 除已报道的剪接体外, 检测到9种新的RHD可变剪接体, 并发现了可变剪接和同源杂交并存现象。     

肝癌组织中HBV核心基因启动子突变的研究

为深入了解乙肝病毒(HBV)致癌机理,用套式PCR对广西14例血清HBV DNA阳性的原发性肝癌患者癌组织、10例乙型病毒性肝炎患者血清及10例乙肝病毒无症状携带者血清HBV核心基因启动子进行扩增,阳性者用Sanger氏双脱氧法做序列分析,发现肝癌组织10例PCR阳性,阳性率71.4%,所有PCR阳性标本的整合体均有乙肝病毒核心基因启动子双突变序列(nt 1 762 A→T, 1 764 G→A),并且在其周围各序列都有不同部位的点突变,标本C14核苷酸的缺失突变高达10个.乙肝患者6例PCR阳性,其中3例乙肝病毒核心基因启动子发生双突变.无症状携带者中4例PCR阳性,其中仅1例发生双突变.结果提示乙肝病毒核心基因启动子双突变在肝癌患者中较常见,肝炎患者次之,无症状携带者居最后.     

鼻咽癌细胞系CNE2中NPCEDRG基因mRNA剪接变异体的分析

NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因. NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2 的恶性表型. 本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克隆、鉴定,发现NPCEDRG基因至少有7个转录起始位点,其中NM_032316的TSS位于ATG上游-85 nt处,AF538150和AK094248的TSS位于-25 nt处;AF538150不存在第2外显子中6核苷酸序列（5′-TTGCAG-3′）的缺失,其CDs为516 bp,编码1种由171个氨基酸组成的蛋白质（而非GenBank中公布的CDs为510 bp,1种由169个氨基酸组成的蛋白质）. 本研究成功克隆得到1种新的NPCEDRG基因的mRNA剪接变异体V2,其TSS位于-23 nt处,其CDs为297 bp,编码1种由98个氨基酸组成的蛋白质.     

东亚钳蝎蝎毒素BmKBT基因组序列的克隆及其分析

东亚钳蝎 (ButhusmartensiiKarsch ,BmK)蝎毒素BmKBT(又名BmKabT)是一个在初级结构上相似于β类哺乳动物毒素和功能接近于α类哺乳动物毒素的Na+ 通道毒素 .基于从毒腺cDNA文库中筛选得到的全长BmKBT前体核苷酸序列设计引物 ,以蝎基因组总DNA为模板进行聚合酶链式反应 (PCR) ,将PCR产物克隆至T载体、测序 .序列分析表明 :在BmKBT信号肽编码区的 3′端的- 4位Gly密码子的第 1位与第 2位碱基中有 1个长 2 2 5nt的内含子 ,插入位点距离该基因的起始密码子 4 6nt ,AT含量为 78 7% ,其内含子可能的剪接分枝位点距离 3′剪接受体位点 4 7nt.内含子的大小及其基因组织结构分析表明 :BmKBT具有与α类哺乳动物毒素类似的基因组织结构 ,进一步说明BmKBT是一个介于α类和β类Na+ 通道毒素之间的中间型蝎毒素 ,可以作为研究蝎毒素分子进化的合适材料     

乙型肝炎病毒X基因准种特点的研究

以乙型肝炎病毒(HBV)X基因序列的异质性表现来探讨HBV准种在慢性感染者中的存在状态.以中国株HBV基因序列为依据,设计特异性多聚酶链反应引物,自9例慢性HBV感染患者血清中扩增HBV X基因,克隆入pGEM Teasv质粒,随机挑选克隆进行DNA测序以确定病毒的变异程度.37例测序结果提示来源于不同患者HBV X基因序列高度保守,但每个序列均不一致.X区除了存在广泛的碱基点替换突变外,序列的缺失突变占测序克隆总数的51.4%(19/37);氨基酸缺失及移框突变多发生于123位氨基酸残基之后,可导致X蛋白多种羧基端形式.结果提示HBV长期携带者体内有HBV准种共存,X区内存在热点缺失突变区,该区突变结果可能影响X蛋白反式激活功能.     

肝癌组织中HBV核心基因启动子突变的研究

为深入了解乙肝病毒 (HBV)致癌机理 ,用套式PCR对广西 14例血清HBVDNA阳性的原发性肝癌患者癌组织、10例乙型病毒性肝炎患者血清及 10例乙肝病毒无症状携带者血清HBV核心基因启动子进行扩增 ,阳性者用Sanger氏双脱氧法做序列分析 ,发现肝癌组织 10例PCR阳性 ,阳性率 71.4 % ,所有PCR阳性标本的整合体均有乙肝病毒核心基因启动子双突变序列 (nt 176 2A→T ,176 4G→A) ,并且在其周围各序列都有不同部位的点突变 ,标本C14核苷酸的缺失突变高达10个。乙肝患者 6例PCR阳性 ,其中 3例乙肝病毒核心基因启动子发生双突变。无症状携带者中 4例PCR阳性 ,其中仅 1例发生双突变。结果提示乙肝病毒核心基因启动子双突变在肝癌患者中较常见 ,肝炎患者次之 ,无症状携带者居最后。     

截短绿色荧光蛋白突变体反式剪接修复核酶

Ⅰ型内含子核酶经过设计特定的信号引导序列（IGS）,可特异性地定点剪接目的基因RNA,从而在RNA水平达到修复病变基因的目的。以四膜虫材料,克隆了其26S rRNA内含子核酶基因,体外转录证实该I型内含子核酶具有完全的自我剪接的功能。为检测该核酶的反式剪接功能,构建了缺失后半段564bp基因序列的绿色荧光蛋白（GFP）的截短突变体重组质粒XYQ5/XYQ10pEGFP-C-2,并证实其失去了发射绿色荧光的活性。利用PCR和分子克隆技术,构建了以上EGFP突变体的反式剪接修复核酶ptrans-rib-CMV2,该核酶载体以克隆的26S RNA内含子为核心,选择EGFP编码区194位TG为剪接位点,以188-193位设计IGS序列,核酶3′端携带195-890bp的EGFP基因序列,连接于pRC-CMV2真核表达载体中。体外转录突变EGFP的原核表达载体XYQ5/10-pGEM和ptrans-rib-CMV₂,以混合转录产物为模板进行RT-PCR,电泳及测序证实产物中含有反式剪接修复的野生型EGFP mRNA,从而证实构建的反式剪接核酶具有体外反式剪接功能。将截短突变重组质粒XYQ5/XYQ10- pEGFP-C₂与核酶质粒ptrans-rib-CMV₂共转染Hela细胞,用荧光显微镜观察转染结果,发现有少量共转染的Hela细胞发出绿光;RT-PCR检测出野生型EGFP mRNA,证明构建的反式剪接核酶具有体内反式剪接的功能,但其反式剪接效率低。     

HBV逆转录复制分子机制的研究进展

HBV感染是世界范围的公共卫生事件,我国尤为严重。理解和阐明HBV逆转录复制分子机制是优化治疗和处理耐药的基础。目前,通过生物化学及遗传学手段揭示了参与HBV逆转录过程的主要结构基础及顺式作用元件。在HBV逆转录复制过程中,主要经历了由P-ε结构介导的第一次模板转换、5E/3E及M介导的第二次模板转换和5′r/3′r介导的第三次模板转换,从而完成逆转录复制整个过程。本文对这一过程中所涉及的重要结构和顺式作用元件详细阐述,同时对相关研究进展加以概括说明,以期能够给出HBV逆转录过程的全貌。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.