决定RNA三维结构的规则

美国科学家发现决定RNA分子三维结构的规则——RNA分子三维结构不是由复杂的化学作用决定,而仅仅取决于几何学特性。 RNA分子非常松散,经常通过与其他分子结合改变其形状来发挥功能。RNA的形状改变后,会引发一连串反应,如打开或关闭特定基因的表达等。     

拟南芥六个新的small RNAs 的克隆和功能预测

以模式植物拟南芥为例, 建立了一种克隆small RNA 分子的技术平台, 为今后开展small RNA 分子的生物学功能研究提供技术支撑。通过用抗病信号分子水杨酸(SA) 处理拟南芥叶片后, 进行small RNA 分子群体的分离与接头连接、PCR 扩增、T - 载体克隆与检测、测序分析和生物信息学分析等一系列实验, 成功地克隆了一些small RNAs, 并对其表达和功能进行了分析。     

乳杆菌DM9811代谢产物中的RNA组分对宫颈癌细胞cAMP/cGMP影响

目的通过分析乳杆菌DM9811代谢产物中的RNA组分对宫颈癌细胞cAMP/cGMP影响,探讨乳杆菌对细胞作用的分子机制。方法采用细胞与分子生物学方法。结果乳杆菌代谢产物中的RNA组分对细胞的信息分子cAMP具有重要的调节活性。当除去代谢产物中的RNA分子刺激细胞时,细胞内的cAMP水平低于纯化后的RNA组cAMP水平,低了1.75倍,cGMP水平也出现了对应关系。结论乳杆菌DM9811代谢产物中的RNA组分对细胞内信息分子cAMP/cGMP具有调节作用。     

环形RNA分子揭秘

环形RNA分子是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。利用针对环形结构RNA分子的实验和计算方法,并结合新一代高通量测序,现已在多种细胞内发现了大量环形RNA分子的稳定存在。目前,尽管环形RNA分子的产生机制及其代谢仍然不清楚,但是已有的研究表明环形RNA分子具有调控基因表达的功能。对环形RNA分子的产生机制和功能等的进一步研究,将为人们深入理解生命活动在转录水平的复杂性调控提供重要的分子基础和研究依据。     

拟南芥六个新的small RNAs的克隆和功能预测

以模式植物拟南芥为例,建立了一种克隆small RNA分子的技术平台,为今后开展small RNA分子的生物学功能研究提供技术支撑.通过用抗病信号分子水杨酸(SA)处理拟南芥叶片后,进行small RNA分子群体的分离与接头连接、PCR扩增、T-载体克隆与检测、测序分析和生物信息学分析等一系列实验,成功地克隆了一些small RNAs.并对其表达和功能进行了分析.     

microRNA对衰老相关分子SIRT1调控作用的研究进展

沉默信息调节因子1(silent information regulator 1,SIRT1)是NAD+依赖的III类组蛋白去乙酰化酶,是衰老相关信号通路中的重要分子,参与细胞衰老过程。微小RNA(micro RNA,mi RNA)是一类长度约为22 nt的内源性非编码小分子RNA,通过影响靶m RNA的稳定性或抑制其翻译从而对基因进行转录后表达的调控。研究表明,mi RNAs可以通过调控SIRT1的表达,促进细胞衰老。现就mi RNA对衰老相关分子SIRT1的调控作用进行概述。     

RNA病毒感染性克隆技术及其应用

为实现对RNA病毒基因分子水平上的操作与研究,可将病毒基因组RNA体外转换成cDNA,构建出cDNA克隆,通过cDNA克隆与重组技术实现对RNA病毒基因分子水平的修饰,从而为病毒基因组的结构和功能研究提供有效的方法。这种方法是现代实验病毒学非常有用的工具,称为RNA病毒感染性克隆技术或反向遗传学技术。我们对该技术及其应用进行简要综述。     

三阴性乳腺癌中环状RNA的表达特点及功能意义

环状RNA是由前体RNA通过反向剪接形成的一类共价闭合环状分子.在过去,环状RNA被认为是DNA转录的"噪音",不参与生物代谢过程.然而,最近研究表明,环状RNA的异常表达可影响包括三阴性乳腺癌在内的多种恶性肿瘤的发生发展.该文综述了环状RNA在肿瘤中的分子机制及其在三阴性乳腺癌细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和药物抗性中的...     

非编码RNA与基因表达调控

近年来,随着对基因组的深入研究,发现真核生物中存在许多形态和功能各异的非编码RNA分子,这类RNA分子并不表达蛋白质,但它们在基因转录水平、转录后水平及翻译水平起了重要的调控作用。具有调控作用的RNA分子种类非常丰富,如长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、miRNA、PIWI相互作用RNA(PIWI-interacting RNA,piRNA)、内源性小干扰RNA(endogenous small interfering RNA,endo-siRNA)、竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)等,它们使基因表达过程更为丰富、严谨和有序。本文综述几类典型的非编码RNA对基因表达的调节作用,以助于理解细胞中RNA分子调节网络的功能和机制。     

RNA干扰用于基因治疗的研究进展

RNA干扰(RNAi)是20世纪末才被人们认识和重视的一种通过双链RNA抵御病毒入侵或抑制转座子活动的生物防御机制。随着RNA干扰分子机制研究的深入及其应用研究的发展,人们发现RNA干扰技术在基因功能研究及人类疾病的基因治疗上具有广阔的应用前景。本文在简述RNAi分子机制的基础上,综述了RNAi在抗病毒治疗及抗肿瘤治疗方面的研究和应用概况。     

转录 反转录

有机体的遗传信息一般都编码在由缠绕成双螺旋的两条长链所组成的脱氧核糖核酸(DNA)分子上,由四个码编成,这四个码是不同的化学单位,叫做碱基。在正常细胞中要合成某种蛋白质,遗传信息是以DNA为模板,根据碱基互补的原则合成与它对应的单链分子核糖核酸(RNA),然后再从RNA链译成特定的蛋白质分子。即由DNA→RNA→蛋白质。由DNA→RNA称为“转录”,由RNA→蛋白质称为“翻译”。反转录是遗传信息以RNA为模板合成DNA,即同上述信息的转移从DNA→RNA这一经典过程相反,因此称“反转录”。例如,在RNA肉瘤病毒进入机体后,通过依赖于病毒RNA的DNA多聚酶,以病毒RNA为模板合成DNA,然后再以DNA     

植物中 RNA 分子系统运输的研究进展

RNA 分子主要以单链的形式存在于生物体内,既担负着贮存及转移遗传信息的作用,又能作为核酶直接在细胞内发挥代谢功能 . 在植物中 RNA 也可作为活跃的信号分子调控基因表达和发育 . 介绍了包括病毒 RNA 、 RNA 沉默信号、特异内源 RNA 等 RNA 分子,在植物体内的系统运输及其在植物基因表达调控中所起作用的研究进展 .     

利用RIP-Seq技术鉴定HepG2细胞中与HuR蛋白结合的lncRNAs

长链非编码RNAs（long noncoding RNAs, lncRNAs）可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在细胞内广泛结合lncRNAs对其发挥调节作用,仍需进一步证实。本研究通过RNA结合蛋白免疫沉淀技术联合高通量测序（RNA binding protein immunoprecipitation-high throughput sequencing, RIP-Seq）的方法在人肝癌细胞株HepG2中,鉴定与人抗原R（human antigen R, HuR）蛋白相结合的lncRNA分子,并进行了初步的验证。首先,通过HuR-RIP实验分离与HuR蛋白结合的RNA分子,然后高通量测序及生物信息学分析。根据分析结果,鉴定出HepG2细胞中361条与HuR蛋白结合的lncRNAs分子,包括基因间lncRNA（large intergenic noncoding RNA, LincRNA）、内含子lncRNA、与编码基因正义链有重叠的lncRNA和与编码基因反义链有重叠lncRNA（antisense lncRNA）等。并进一步通过RIP-qPCR技术,对其中20条LincRNA分子进行了定量检测,验证测序结果。在HepG2细胞中敲低HuR基因表达,发现这些LincRNA分子中,11条LincRNA分子表达水平显著降低（P＜0.05）,2条LincRNA显著升高（P＜0.05）,剩余7条LincRNA表达量未发生变化（P＞0.05）。本研究结果说明,HuR在细胞内可以广泛结合lncRNA分子,并且可能对结合的lncRNA分子的表达量产生影响,这也为进一步研究这些lncRNA的功能和HuR调控网络的研究提供了基础。     

长链非编码RNA研究进展

长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200nt的非编码RNA分子,通过信号分子、诱饵分子、引导分子、支架分子等4种方式在转录水平和转录后水平调控基因的表达。lncRNAs的表达水平相对于蛋白编码基因较低,但它们在X染色体沉默、基因组印迹、染色体修饰、转录激活、转录干扰以及核内运输等方面具有重要的功能。相对于研究较多的非编码小RNA,lncRNAs的功能目前尚不完全清楚。该文从lncRNAs的起源、分类、分子机制、功能和进化等方面综述了lncRNAs的研究进展,为进一步探究lncRNAs的功能和作用机制提供依据。     

番茄响应生物胁迫相关miRNA的研究进展

mi RNA(micro RNA)是一类长约22 nt的非编码小RNA分子,参与植物生长发育和胁迫响应等过程。近年来,通过生物学实验和生物信息学预测两种方法,陆续发现了一些响应病毒、真菌和共生真菌胁迫的番茄mi RNA。这些mi RNA的研究以及ami RNA(artificial mi RNA)技术的应用,将为番茄乃至其他植物病害的防治提供新的契机。     

竞争性内源RNA在不同类型肿瘤中的作用

竞争性内源RNA(ce RNA)是一种相互作用的RNA转录本,通过竞争性结合并降低靶标微小RNA(mi RNA)的水平,解除信使RNA(m RNA)的抑制作用。肿瘤相关性ce RNA在多种肿瘤的形成过程中发挥关键作用。我们对肿瘤相关性ce RNA做简要综述,并简单分析其与靶标mi RNA的相互作用,为进一步理解ce RNA介导的肿瘤生成分子机制提供新思路。     

正在崛起的RNA纳米技术

RNA纳米技术得益于纽约大学西曼(Nadrian C.Seeman)教授开创的DNA纳米技术,RNA是由腺嘌呤(A)、尿嘧啶(U)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)构成的一种核糖核酸高分子,与DNA的Watson-Crick碱基配对(A-T,G-C)的双螺旋链的结构不完全一样,RNA的二级结构里经常出现一些非传统的碱基配对如环环相互作用,这些非传统配对促使RNA分子折叠成刚性结构。本文综述了正在崛起的RNA纳米技术,列举了一些著名的实验,如郭培宣(Peixuan Guo)等从自然界的phi29噬菌体中发现的pRNA纳米马达是由六个小RNA分子构成的六环结构,Jaeger等发展了RNA构造术(RNA-tectonics),根据已知的RNA分子的碱基和非传统配对,他们设计利用小RNA分子构造二聚体、一维线性多聚体、和二维网状的七巧板迷宫(jigsaw puzzle)等图案,用tRNA分子或设计用几条RNA分子来构建多面体如立方体和八面体等立体结构等。RNA纳米技术正在崛起,它将在医学、生物技术、合成生物学和纳米技术领域扮演重要的角色。     

环状RNA:一种基因调控RNA

环状RNA是一种通过共价结合线性RNA分子的3′端和其上游5′形成的闭合环状结构RNA,广泛存在于真核生物系统内,其结构具有稳定性,序列具有保守性,表达具有时空特异性。目前研究发现环状RNA的形成是受多个因素调控的,并可通过吸附miRNA分子,在pre-mRNA的剪切过程中与线性RNA形成竞争或促进其来源的基因表达,对基因的表达具有调控作用,同时在组织的分化发育和肿瘤、心肌肥厚、动脉粥样硬化、神经系统等多种疾病的发生发展过程中具有重要作用。     

植物非细胞自主性小RNA分子研究进展

非细胞自主性是RNA干扰的主要特点之一,表现为沉默效应可以在细胞、组织和生物个体间传递和扩散,可移动的小RNA分子在这种非细胞自主性的沉默扩散中发挥了核心作用。近年来的研究表明小RNA分子可以与转录因子、多肽和植物激素一样传递胞间信息,并以其特有的方式调控发育模式、响应环境胁迫、增强病毒抗性和维持转座子的沉默。综述了近年来在植物非细胞自主性RNAi研究中取得的主要进展,主要介绍了通过韧皮部和胞间连丝途径传递沉默信号的各种小RNA分子及其生物学作用、非细胞自主性小RNA的分子特征和运输效率的调控,并对存在的问题及其研究前景进行了展望。     

双链RNA

一般认为,DNA分子是由双链形成的双螺旋结构(Watson-crick模型),而RNA分子是单链的,其中只有部分碱基序列自相互补,形成局部折迭的双螺旋。但生物界还存在有像DNA分子结构那样的,完全是双链的高分子量RNA(double-stranded RNA,以下简称ds RNA)。由于这种ds RNA是许多病毒--双链RNA病毒(Diplornaviruses)