基于靶向结合的食源性诺如病毒富集与检测研究进展

诺如病毒(Noroviruses,NoVs)是全球急性胃肠炎的重要食源性病原。复杂基质的前处理技术一直是食品安全领域中病毒检测研究的重点和难点。除了絮凝沉淀、超速离心、超滤浓缩、电荷膜过滤等常用的非特异性富集技术外,基于分子互作的靶向病毒富集技术已成为了近年来的研究热点。常用的靶向结合种类包括抗原-抗体结合、病毒-受体结合、筛选特异性的核酸适配体、基于噬菌体表面展示技术筛选特异性的多肽、分子印迹等。因此,本文对近年来诺如病毒靶向富集技术的研究进展进行了综述,以期为完善食源性病毒快速检测技术提供参考。     

水源性诺如病毒

诺如病毒是导致人类病毒性急性腹泻的主要病原,常常造成严重的公共卫生与食品安全事件,而水体是诺如病毒传播的重要载体。对水源性诺如病毒的环境抗性、浓缩和检测方法、流行病学以及目前对于水体中诺如病毒检测存在的突出问题和未来的发展方向进行了综述和展望。     

SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR法检测贝类中的诺如病毒

针对诺如病毒II型的保守区域设计引物,建立了SYBR Green I实时荧光RT-PCR检测诺如病毒II型的反应体系。此方法的病毒检测下限达到102拷贝,标准曲线的线形范围为102~106拷贝,相关系数为0.9952,斜率为?2.982,截距为35.84。对诺如病毒II型检测特异,与轮状病毒、腺病毒、甲肝病毒、星状病毒无交叉反应。针对质粒标准品检测的批内试验变异系数(CV)为0.95%~1.69%(n=5),批间试验CV为0.87%~1.24%(n=3)。运用此方法随机检测30份贝类水产品,检测出2份阳性样品。结果表明,SYBR Green I荧光RT-PCR检测诺如病毒II型的方法灵敏、特异、重复性好,可应用于贝类水产品的快速检测。     

SYBR Green I荧光RT-PCR法检测贝类中的诺如病毒

针对诺如病毒II型的保守区域设计引物,建立了SYBR Green I实时荧光RT-PCR检测诺如病毒II型的反应体系。此方法的病毒检测下限达到102拷贝,标准曲线的线形范围为102~106拷贝,相关系数为0.9952,斜率为?2.982,截距为35.84。对诺如病毒II型检测特异,与轮状病毒、腺病毒、甲肝病毒、星状病毒无交叉反应。针对质粒标准品检测的批内试验变异系数 (CV) 为0.95％~1.69％ (n=5),批间试验CV为0.87％~1.24％ (n=3)。运用此方法随机检测30份贝类水产品,检测出2份阳性样品。结果表明,SYBR Green I荧光RT-PCR检测诺如病毒II型的方法灵敏、特异、重复性好,可应用于贝类水产品的快速检测。     

钦州市售贝类GⅡ型诺如病毒污染调查

文章对钦州市售的16种贝类进行GⅡ型诺如病毒污染调查,在采集的342份贝类样品中,共检出阳性样品55份,平均检出率为16.08%。其中牡蛎的阳性率最高,检出率为33.33%;在阳性样品中,病毒平均感染强度为1.66×10⁵copies/g(消化腺),病毒含量主要集中在104～105copies/g数量级之间,占比为45.45%。研究显示钦州市售贝类中存在较高的诺如病毒污染水平,需要加强对市售贝类诺如病毒污染的持续监测与风险评估,保障消费者的食品安全。     

贝类中人源诺如病毒污染净化技术研究进展

人源诺如病毒是全球引起人急性胃肠炎的食源性病原体之一.牡蛎、贻贝等贝类消化腺组织中含有诺如病毒受体类似物,可从污染水体中富集高浓度病毒,因此,生食或食用加工不当的受污染贝类极易造成诺如病毒感染.污染贝类的净化处理技术已成为诺如病毒防控领域中的研究热点,例如消杀试剂、臭氧处理工艺、新型非热消杀技术以及最近报道的具有抗病毒...     

大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒基因特征分析

目的了解大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒的基因特征。方法采用荧光定量RT-PCR对2016年大连市食源性疾病监测哨点医院采集的1 900份粪便标本进行诺如病毒核酸检测,用逆转录PCR对阳性毒株的ORF1-ORF2连接区扩增并测序,分析其基因亚型和同源性。结果 1 900份标本中,检出诺如病毒核酸阳性25份,阳性率1.32%,其中GⅠ型阳性3份,GⅡ型阳性19份,GⅠ型和GⅡ型均阳性3份。26株病毒基因序列比对,发现3株为GⅠ.3,2株为GⅠ.6,9株为GⅡ.17,5株为GⅡ.4,2株为GⅡ.2,GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15各1株。结论大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒呈基因多样性,2016年流行优势株为GⅡ.17。GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15在大连地区首次检出。     

人诺如病毒最新研究进展

人诺如病毒(Human noroviruses,HuNoVs)是杯状病毒科(Caliciviridae)的一种单股正链RNA病毒,它是导致全球急性非细菌性肠胃炎暴发的主要病原体之一。自1972年美国学者Kapikian利用透射电镜首次观察到首株诺瓦克病毒(Norwalk virus,NV)以来,该病毒在全球范围内多次广泛流行。据报道,全球每年有超过1亿人因感染HuNoVs而发病,其临床症状主要为恶心、呕吐、腹痛和腹泻,多数患者表现为自限性,但也会导致少数婴幼儿、老人和免疫缺陷患者发展成重症,甚至死亡。HuNoVs引起的疫情暴发给全球的公共卫生安全带来了较大的威胁。本文将对HuNoVs的病原学及流行病学、体外培养体系、动物模型、免疫反应和疫苗研发的最新研究进展进行概述。     

小鼠诺如病毒分离鉴定及病毒衣壳蛋白基因序列分析

目的了解广东地区小鼠诺如病毒（murine norovirus,MNV）的分子遗传特征和进化来源。方法采用小鼠巨噬细胞系RAW264.7细胞对RT-PCR检测为阳性的小鼠样本进行病毒分离,通过细胞病变、RT-PCR、间接免疫荧光试验、测序方法对病毒分离株进行鉴定。应用RT-PCR技术针对15株MNV分离株的VP1基因的1626个核苷酸片段进行基因扩增,将扩增产物连接在pMD18-T载体后转化到大肠杆菌中进行克隆。通过氨苄青霉素平皿筛选,将鉴定为阳性的克隆菌进行核苷酸序列测定及序列分析。将这15株MNV分离株与从GenBank获得的19株MNV参考株进行序列比较分析,基于VP1基因的1626核苷酸片段构建系统发生进化树,一起进行分子流行病学研究。结果从80个小鼠样本中分离到了15株MNV病毒,通过细胞病变试验、RT-PCR试验、间接免疫荧光试验和测序分析鉴定确认分离到的病毒为MNV。序列分析结果显示MNV分离株的VP1蛋白基因全长均为1626个核苷酸,广东地区15株MNV分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别在89.7%~100%和94.8%~100%之间,15株MNV分离株与其他19株MNV参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别在87.5%~92.9%和92.4%~98.2%之间。进化树分析表明来自设施A和设施D的13株病毒之间的亲缘关系较近,同属一个进化分支。来自设施B的ZD-1毒株和设施C的ZYY-163毒株与来自广东（K162）、日本（S7-P2、S7-PP3）、韩国（K4）和德国（Berlin/04/06/DE、Berlin/05/06/DE）同属另一个进化分支。结论成功分离到15株MNV病毒。遗传进化分析表明广东地区的MNV分离株来源并不相同,来自设施B和设施C的MNV分离株与国外分离株的亲缘关系较近,而来自设施A和设施D的13株MNV分离株可能是本地固有的毒株。     

枸杞岛养殖贻贝中诺如病毒污染情况调查与分析

为了解养殖场内贻贝的诺如病毒（Norovirus,NoVs）污染情况和基因型分布特点,分别于2019年4月和9月在浙江省舟山市枸杞岛后头湾和龙泉村贻贝养殖场近岸和远岸区域进行贻贝样本采集及诺如病毒检测,共检测670只贻贝样本,诺如病毒阳性率约9.9%（66/670）。离人类活动区域较近的贻贝,诺如病毒阳性率占总阳性率的72.7%（48/66）,远岸的贻贝诺如病毒阳性率占总阳性率的27.3%（18/66）。共检测到6种诺如病毒基因型,分别为GI.3（36.4%）、GI.4（19.7%）、GII.12（18.2%）、GII.17（13.6%）、GII.3（10.6%）和GII.2（1.5%）。研究表明,枸杞岛养殖场中诺如病毒污染率较高,涉及基因型较多,人类活动对养殖场内贻贝中诺如病毒的富集量具有一定影响。     

兰州地区贝类海鲜、蔬菜水果中诺如病毒污染监测分析

目的：掌握甘肃省兰州地区海鲜贝类、蔬菜水果等诺如病毒的污染状况,发现食品安全隐患。方法：于2017年6月—2018年3月间,在兰州地区批发市场、零售市场、超市随机抽取120个贝类、蔬菜、水果样品,基于TaqMan探针法原理,通过特异性引物、探针结合,采用实时荧光RT-PCR技术对样品进行了GI和GII基因型诺如病毒的检测。结果：诺如病毒总阳性率为4.17%,其中GI型诺如病毒基因不存在,均为GII型。结论：该研究对了解兰州地区贝类海鲜、蔬菜水果中诺如病毒污染状况,加强诺如病毒预防控制提供了科学依据。     

人诺如病毒衣壳蛋白的密码子优化及在昆虫细胞中的表达

诺如病毒是当前在中国引起腹泻的主要人类杯状病毒,其中GGⅡ4、GGⅡ1和GGⅡ3等为主要的流行遗传型.为了提高诺如病毒衣壳蛋白的表达量,我们将其编码基因按杆状病毒喜用密码子进行了优化设计和人工合成.以杆状病毒为载体,在昆虫细胞Sf9中对密码子优化后的诺如病毒GGⅡ1、GGⅡ3、GGH4和GGⅡ7型衣壳蛋白基因进行了表达.结果显示,与野生型基因相比,经过密码子优化的基因在昆虫细胞中的表达水平得到明显提高,并可装配成病毒样颗粒.重组杆状病毒感染Sf9细胞72h表达量达到高峰.这些结果的取得,为我国人杯状病毒免疫学检测试剂和疫苗的开发打下了基础.     

人诺如病毒衣壳蛋白的密码子优化及在昆虫细胞中的表达

诺如病毒是当前在中国引起腹泻的主要人类杯状病毒,其中GGII4、GGII1和GGII3等为主要的流行遗传型。为了提高诺如病毒衣壳蛋白的表达量,我们将其编码基因按杆状病毒喜用密码子进行了优化设计和人工合成。以杆状病毒为载体,在昆虫细胞Sf9中对密码子优化后的诺如病毒GGII1、GGII3、GGII4和GGII7型衣壳蛋白基因进行了表达。结果显示,与野生型基因相比,经过密码子优化的基因在昆虫细胞中的表达水平得到明显提高,并可装配成病毒样颗粒。重组杆状病毒感染Sf9细胞72h表达量达到高峰。这些结果的取得,为我国人杯状病毒免疫学检测试剂和疫苗的开发打下了基础。     

食源性病毒核酸恒温检测技术研究进展

食源性病毒已成为全球引发食品安全事件的重要病原,对新型检测技术的不断发展提出了严峻的挑战.早期PCR技术在病原检测领域中的应用,推动了对食源性病毒的全面认识.近年来核酸恒温检测技术发展迅速,包括环介导等温扩增技术、重组酶聚合酶扩增技术、核酸序列依赖性扩增技术、链置换扩增技术、滚环扩增技术等,在抗复杂基质干扰、装备要求低...     

GII型诺如病毒VP2蛋白在昆虫细胞中的表达与定位研究

【目的】利用杆状病毒表达系统表达诺如病毒(GenegroupⅡ)VP2蛋白,分析其亚细胞定位,为深入研究VP2蛋白的功能奠定基础。【方法】设计可扩增完整ORF3基因片段的引物P1和P2,在下游引物中引入6×His标签的编码序列,从质粒pMD-ORF3中克隆了含有6×His编码序列的ORF3基因,与pFastBac1载体连接,构建重组质粒pFB-ORF3,转化DH10Bac感受态细胞获得重组杆状病毒基因组Bac-ORF3,脂质体介导转染sf9昆虫细胞获得表达VP2蛋白的重组杆状病毒Ac-VP2,感染sf9细胞后,收集病变细胞,采用抗6×His标签的单克隆抗体作为一抗进行Western blot与间接免疫荧光实验鉴定。【结果】Western blot实验证实Ac-VP2感染的sf9细胞在约29 kD处出现特异性条带;间接免疫荧光实验证实Ac-VP2感染的sf9细胞出现特异性绿色荧光,并且VP2主要定位于sf9的细胞核与细胞膜。【结论】诺如病毒VP2蛋白在Ac-VP2感染的sf9细胞中获得成功表达,并且主要定位于sf9细胞的细胞核与细胞膜。     

环境水体中GⅡ型诺如病毒浓缩研究

自行设计一种适合野外现场采样的病毒采集浓缩仪,采用一种新型阳离子膜NanoCeram,进行环境水体中GⅡ型诺如病毒浓缩研究。通过预实验,考察了预处理膜、不同的二次浓缩方法、不同洗脱液对病毒回收率的影响,随后优化整个浓缩过程并确定最佳的病毒浓缩方法。结果显示,预处理膜对病毒回收影响较大,PEG-NaCl沉淀、硅藻土吸附这两种二次浓缩方法的效果相当,选择0.15mol/L Na2HPO4作为硅藻土洗脱液。确定了NanoCeram阳离子膜的病毒回收率为3.02%。最后对北京市丰台区洋桥生活污水进行现场采样,成功检测到GⅡ型诺如病毒,证明该方法有效可行,适合于环境水体中诺如病毒的浓缩分离和检测。     

结合内标的小鼠诺如病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

目的建立一种快速、特异、敏感的荧光定量RT-PCR检测方法,用于小鼠诺如病毒(murine norovirus,MNV)的检测。方法根据MNV ORF1-ORF2结合区域中保守序列设计一对特异性引物和Taqman探针,同时设计和制备了内标用于监控假阴性,建立含有内标的荧光定量RT-PCR检测体系,通过优化,得到最佳反应体系和反应条件;构建质粒标准品并以之为模板绘制标准曲线;进行特异性、敏感性和重复性试验,最后用建立的方法检测344份小鼠临床样本,验证在临床应用中的效果。结果该方法特异性强,与小鼠肝炎病毒、小鼠脑脊髓炎病毒、仙台病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒Ⅲ型、出血热病毒和淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒不发生交叉反应。构建的荧光定量标准曲线Ct值与模板浓度呈良好的线性关系相关系数r2=0.9986,可以检测到10 copies/μL的质粒标准品,对MNV活病毒检测可检测到1.78×10-2TCID50/m L的病毒,检测灵敏度比常规RT-PCR高10倍,比病毒分离高100倍。对5份样品进行5次批内和批间重复检测,检测结果变异系数均小于2%。通过对344份临床样品检测,检测到阳性样品103份,阳性率29.94%。有5份样本结果为假阴性。结论建立的MNV荧光定量RTPCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,由于加入了内标,能有效地监控假阴性的出现,适合用于MNV日常监测、临床诊断和流行病学调查。     

环境污水中诺如、轮状、星状病毒的检测和分子流行病学研究

为分析城市污水中诺如病毒(Norovirus,NoV)、轮状病毒(Rotavirus,RV)、人类星状病毒(Human Astrovirus,HAstV)的分子流行病学特征,探索环境监测技术在病毒性胃肠炎疾病防控中的作用,本研究在山东省3个城市建立环境污水监测点,从7份分别采自2009~2015年的污水标本中提取RNA,通过逆转录-聚合酶链反应扩增其中的NoV、RV、HAstV的核酸片段,扩增产物通过TA克隆后转化大肠杆菌JM109并进行序列测定,根据获得的序列分析其型别构成和系统发生特征。共检测出特异性序列210条,分属于6个NoV I基因型、4个NoV II、3个RV G基因型、3个RV P基因型和4个HAstV血清型。GI.2、GII.4、G9、P[8]和HAstV-1是各病毒检测中最常见的基因型。系统发生分析显示GI.3、GI.6、GII.4、G9、P[8]、HAstV-1和HAstV-4基因型内又分为多个传播链。研究结果表明生活污水中含有多种多样的胃肠炎病毒信息,环境监测是监测病毒区域性流行的重要途径之一。     

检测粪便中GGⅡ型诺如病毒Real-time RT-PCR方法的建立

诺如病毒是世界急性胃肠炎的重要病原之一。为加强其控制,通过序列比对设计出针对GGⅡ型诺如病毒保守序列的特异性引物与探针,建立了TaqMan Real-time RT-PCR方法。结果显示,此方法对诺如病毒核酸检测高度特异,与轮状病毒、腺病毒、甲型肝炎病毒等无交叉反应,最低检出限可达102拷贝,线性范围为109~102拷贝,标准曲线的相关系数为-1.00。针对标准品质粒检测的批内实验变异系数为0.28%~1.63%(n=6)、批间实验为0.28%~1.05%(n=3),对同一样品分6次进行RNA提取和逆转录,其变异系数为3.88%。对212份临床腹泻标本分别用常规RT-PCR和本文建立的TaqMan Real-time PCR进行检测,发现后者检出率略高于前者。这些结果提示此研究建立的诺如病毒的TaqMan Real-time RT-PCR检测方法可用于临床腹泻粪便标本的检测。     

2010年深圳地区诺如病毒的基因分型

了解2010年深圳地区诺如病毒的基因型别及分子流行病学特点。 用诺如病毒特异性引物（GI-SKF/GI-SKR、COG2F/G2-SKR）,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析。 85份阳性标本中有79株诺如GⅡ型和6株诺如GⅠ型,其中55株为GⅡ/4(2006b)型,16株为GⅡ/4(2008variant)型,2株为GⅡ/1型,4株为GⅡ/5型,2株为GⅡ/11型,1株为GI/4型,2株为GI/5型,3株为GI/6型。 2010年深圳地区诺如病毒的主要型别是GI和GⅡ,并且以GⅡ/4型为主,流行优势株为GⅡ/4（2006b）。