陕西省林麝mtDNA D-loop区序列结构和种群遗传多样性

林麝(Moschus berezovskii)曾广泛分布于中国,由于盗猎和栖息地缩小,秦岭地区野生种群数量迅速下降,圈养繁殖种群已成立了几十年,但大多数圈养种群的遗传背景不清,种群规模增长非常缓慢。为了给这一物种的保护和管理提供有用的信息,调查了陕西省林麝1个圈养种群3个野生种群线粒体DNA(mt DNA)D-Loop 632 bp片段的遗传多样性和种群结构。在69个个体中其碱基组成为A+T的平均含量63.2%高于G+C含量36.8%,共检测到变异位点171个(约占总位点数的27.05%)。核苷酸多样性(Pi)为0.04424,平均核苷酸差异数(K)为19.908。69个个体分属32个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.070。32个单倍型构建的NJ系统树聚为3个分支,4个林麝群体中的单倍型是随机分布的。4个群体的平均遗传距离为0.043(标准误SE为0.005),凤县养殖场群体与留坝和陇县群体的亲缘关系较远。单倍型间的平均遗传距离为0.043,可见其遗传分化尚未达到种群分化的水平。结果表明,陕西省林麝群体mt DNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,凤县野生群体和凤县养殖场群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,养殖场种群没有出现近亲繁殖及遗传多样性下降的情况。凤县野生群体和凤县养殖场群体两者遗传分化较小,存在着较高的基因流水平。     

多浪羊mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析

以多浪羊为研究对象,分析绵羊线粒体D-loop区的遗传多样性,为研究多浪羊的起源和进化历史奠定基础。结果显示,多浪羊线粒体DNA D-loop序列长度为945~1 039 bp,A、T、G和C含量分别为29.4%、27.7%、17.7%和25.1%,其中A+T为57.1%,G+C为42.8%。研究获得了26种单倍型,56个多态位点,其中单一多态位点42个,简约信息位点14个。平均核苷酸差异数k为5.289,核苷酸多样度Pi为0.02 415,核苷酸多样度较低,说明多浪羊的遗传多样性贫乏,应采取重点措施予以保护。另外研究发现多浪羊经历过群体扩张,其母系起源除A、B和C世系外,可能存在D或E世系。     

西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化

通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。     

基于线粒体DNA D-loop区部分序列分析舟山海域带鱼种群遗传结构

{{@ convertAbstractHtml(article.abstractinfoCn, "cn")}}       

川金丝猴mtDNA D-loop序列遗传多态性分析

采用非损伤性DNA分析技术,分析了甘肃白水江保护区、陕西长青保护区、湖北神农架保护区3个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群中的20份粪便样品和2份肌肉样品,成功扩增了mtDNA D-loop区部分片段。经过GenBank数据库的BLAST比对,确定了22份样品均来自川金丝猴,经过Clustal W和DNASP软件分析,在22份川金丝猴mtDNA D-loop区393bp中,共检测出54个多态性位点,分为17个单倍型,单倍型多态性(h)为0.965,核苷酸多态性(π)为3.10%。3个种群之间的遗传距离为0.003～0.098,核苷酸差异为0.08%～2.80%,表明所得到的川金丝猴样品中存在着较丰富的遗传多态性,种群间存在一定的遗传差异。     

尾斑瘰螈种群的D-loop区遗传多样性分析

以线粒体DNA D-loop序列为分子标记,研究了采自雷公山和武陵山的尾斑瘰螈(Paramesotriton caudopunclatus)5个种群的遗传多样性.获得42个个体mtDNA D-loop区序列,长度为690 bp,其中有30个变异位点,由此定义了13个单倍型.5个种群中未出现共享单倍型的现象.尾斑瘰螈种群...     

基于mtDNA D-loop部分序列的软刺裸裂尻鱼遗传多样性分析

软刺裸裂尻鱼Schizopygopsis malacanthus是青藏高原特有鱼类。本研究测定了青海省玉树藏族自治州3个软刺裸裂尻鱼野生群体（隆宝滩国家级自然保护区、巴塘河上游、巴塘河下游）共72尾的mtDNA D-loop的部分序列（610 bp）,分析了其遗传多样性和种群遗传结构,旨在为玉树软刺裸裂尻鱼野生资源保护和合理开发提供理论依据。共发现29个多态位点,定义了16个单倍型。3个种群的单倍型多样性为0.438±0.121～0.676±0.076,核苷酸多样性为0.003 4±0.000 5～0.008 6±0.001 3。群体遗传分化指数统计检验表明,两两群体之间的差异均极显著。基因流分析结果表明,巴塘河上、下游种群之间的基因流水平较高,个体交流频繁。AMOVA分析结果显示,79.49%的遗传变异来自于种群间,20.51%的遗传变异来自于种群内,群体间遗传分化极显著。系统发育树和单倍型进化网络结果显示,3个种群的单倍型按照隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系形成2大类群。中性检验结果表明,软刺裸裂尻鱼近期未出现显著的种群扩张事件。建议将分布在隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系的软...     

基于mtDNA D-loop分析高原鳅群体遗传多样性和系统发育

本研究以高原鳅属6个群体共82尾个体的线粒体DNA D-loop高变区为标记,采用分子生物信息学方法分析其遗传多样性及系统发育关系.结果表明,在570 bp的mtDNA D-loop中共检测到149个多态位点,由此界定了 39个单倍型.在6个群体中,单倍型多样度(Hd)由高到低依次为细尾高原鳅(T.stenura)(0...     

舟山小黄鱼线粒体DNA D-loop区序列变异的遗传多样性分析

小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)为我国重要海产经济鱼类之一,过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江舟山附近海域小黄鱼种群53个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,序列长度在795~801bp之间,长度差异不大。采用ClustalX1.83、MEGA3.1、DnaSP4.0等生物信息学软件进行遗传多样性分析,结果显示:53条小黄鱼线粒体DNA D-loop区的T、C、A和G碱基平均含量分别为30.3%、23.1%、32.3%和14.3%,排除13处核苷酸的插入或缺失后,共检测到93处转换和颠换位点,约占分析序列总长度的11.6%,其中包括53个单一多态位点和40个简约信息位点,共确定了52种单倍型,单倍型多样性(hd)为0.9993,单倍型间的平均遗传距离为0.012,转换/颠换平均值为4.305,平均核苷酸差异数(k)为9.73875,核苷酸多样性(π)为0.01233,表明舟山小黄鱼遗传多样性处于中等水平。     

青海高原牦牛mtDNA Cytb基因和D-loop区遗传多样性及系统进化分析

为探究青海高原牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析青海高原牦牛155个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树.结果表明:青海高原牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,个体间序列长度无差异,4种核苷酸T、A、G、C的含量分别为26.26％、31.73％、1...     

我国新引进吉富品系尼罗罗非鱼群体的遗传多样性分析

选取罗非鱼(Oreochromis spp.)第二代遗传连锁图谱中的26个微卫星位点,对淡水渔业研究中心引进的、由60个家系组成的吉富品系尼罗罗非鱼(O.niloticus)群体进行遗传结构分析。结果显示,26个微卫星位点在吉富罗非鱼群体中共检测到124个等位基因,各位点的等位基因数为3～7个,平均4.8个。片段长度104～322 bp,平均杂合度观测值为0.622 1,平均杂合度期望值为0.642 3,平均多态信息含量(PIC)为0.633 4。所检测的26个位点中,有25个位点属于高度多态位点(PIC0.5),占所检测位点的96.15%;1个位点属于中度多态位点。结果表明,该吉富罗非鱼群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高。因而该群体仍然具有较大的选育潜力,可以作为选育的基础群体开展进一步的选育工作。     

贵州疣螈D-loop区和tRNAPhe序列变异及群体遗传多样性

贵州疣螈(Tylototriton kweichowensis)是我国特有的国家Ⅱ级保护动物,分布面积极为狭窄。为了解其遗传多样性现状,作者采获了几乎覆盖其分布范围的12群体的58个体的材料,测定了线粒体D-loop区(mtDNA控制区)及tRNAPhe基因全序列共808bp,发现16个变异位点,定义了26个单元型。遗传多样性检测显示,贵州疣螈种群具有高的单元型多样性和低的核苷酸多样性。Tajima’s D和Fuand Li’s D值检测结果均表明,贵州疣螈种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离。系统发育及网络进化分析没有显示出单元型和地理位置的对应关系,各群体的单元型都相互散布在不同的分布群中,呈现一种混杂的分布格局。水城群体与其他任一群体间基因流Nm1,有分化的迹象。总的来说,贵州疣螈各群体之间没有发生极显著的遗传分化,因此建议将贵州疣螈所有群体作为一个整体管理单元加以保护。     

南蝠线粒体DNA控制区结构及贵州7个种群遗传多样性的分析研究

采用PCR技术获得了贵州7个南蝠(Ia io)自然种群42个个体的线粒体DNA控制区全序列,长度为1256～1340 bp.对控制区结构进行分析,识别了其延伸的终止结合序列区(包括ETAS1和ETAS2元件)、中央保守区(包括F、E、D、C、B元件)和保守序列区(包括CSB1、CSB2和CSB3元件);同时,在延伸的终止结合序列区还发现了若干能形成发夹结构的主体序列TACAT—ATGTA.在7个自然种群42个个体中共定义了16个单倍型.遗传多样性分析表明:贵州南蝠种群具有较高的单倍型多样性(h=0.945)和中等的核苷酸多样性(π=0.012).基因流、AMOVA和系统进化树分析表明贵州这7个南蝠自然群体间没有发生遗传分化.     

中国胭脂鱼线粒体控制区遗传多样性分析

利用PCR技术扩增了采自长江宜昌江段和清江的8尾中国胭脂鱼线粒体DNA控制区全序列,研究发现该种具有脊椎动物线粒体控制区的一般结构,在获得的958bp的碱基序列中,共检测出32个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.033。核苷酸的变异位点除一个为缺失外,其余全部为碱基转换。变异位点主要集中在55-365bp高变异区,而其他区域突变稀少,个体的变异在0-1.36%之间,表现出较大的个体多态性差异。中国胭脂鱼的线粒体控制区的变异远大于美国胭脂鱼（Moxostoma robustum)的0.016。     

婆罗门牛mtDNA D-loop变异及其遗传背景

对10头原种婆罗门牛mtDNAD-loop全序列912 bp测序,婆罗门牛遗传多样性丰富,检测到的9种单倍型兼有瘤牛(B.indicus)与普通牛(B.taurus)的遗传背景,核苷酸变异率为6.25 %,单倍型多态度为0.978±0.054 ,核苷酸多态度为0.014 30±0.008 68。所有单倍型聚为明显的两大分支,婆罗门牛的大部分单倍型为普通牛单倍型类群,并占绝对优势(90 %) ,仅Brah-6与亚洲瘤牛聚在一起,属于亚洲瘤牛线粒体单倍型,表明婆罗门牛的确是集亚洲瘤牛、欧洲普通牛等优良特性于一身(易产犊、产肉性能好、耐热与体表寄生虫等)的瘤牛品种之一。育种学家引种瘤牛的目的是改善当地牛的生产力与适应性,现代普通牛表现出明显又普遍的瘤牛渐渗现象。对现代的瘤牛品种而言,除亚洲瘤牛品种外,普通牛对其他瘤牛品种育成的贡献同样高。支持瘤牛(B.indicus)为独立驯化、起源于印度次大陆的假说。     

鱇[鱼良]白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对鱇(鱼良)白鱼(Anabarilius grahami)DNA进行PCR扩增,获得了鱇(鱼良)白鱼线粒体DNA控制区基冈全序列(930bp).控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0和14.7%.对照其他已报道的鱼类控制区结构,对鱇(鱼良)白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3).同时运用DNA分析软件对鱇(鱼良)白鱼一个驯养种群(中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心)及两个自然地理种群(江川县明星鱼洞、江川县牛摩村)进行了遗传多样性分析.结果显示:两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好.     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼(Anabarilius grahami)DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列(930bp)。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3)。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群(中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心)及两个自然地理种群(江川县明星鱼洞、江川县牛摩村)进行了遗传多样性分析。结果显示:两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

长江中下游湖泊短颌鲚线粒体控制区遗传多样性分析

为探明长江中下游不同湖泊中短颌鲚(Coilia brachygnathus)遗传多样性水平和遗传分化程度,以洞庭湖、长湖、巢湖3个地理群体作为研究对象,采用线粒体控制区序列为分子标记,分别应用软件Dna SP 5.0、Arlequin3.1.1、MEGA5.0和Network 5.1进行了遗传参数统计和单倍型间分子变异分析(AMOVA),构建邻接系统树及单倍型网络图。对长江中下游短颌鲚野生群体的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果显示,用来分析的1 236 bp D-loop区序列中共90个变异位点,54个简约信息位点。长江中下游3个地理群体中共发现58个单倍型,单倍型多样性(h)范围0.949~0.982,核苷酸多样性范围0.004 99~0.006 21,说明长江中下游3个湖泊短颌鲚地理群体具有较高的遗传多样性水平。3个短颌鲚地理群体遗传分化指数(Fst)为0.265 95,呈现出中等程度的分化水平,主要表现在巢湖群体与其他群体之间处于中等程度分化水平。依据遗传距离构建系统发育树及单倍型网络图也出现相类似结果。     

微卫星标记分析白斑狗鱼遗传多样性

为了解我国境内白斑狗鱼(Esox lucius)野生群体的遗传多样性现状,利用8对微卫星引物对额尔齐斯河流域185河段、635河段、乌伦古湖及吉力湖4个地理群体的遗传多样性进行了研究。结果显示,8个微卫星位点的平均等位基因数为6.625 0,多态信息含量为0.603 6～0.656 5,可有效用于白斑狗鱼遗传多样性和遗传结构分析。4个群体的平均期望杂合度为0.712 6～0.660 0,表明我国境内野生白斑狗鱼群体有较高的遗传多样性水平。整个群体的总近交系数为0.266 6,少数个体存在近交现象,白斑狗鱼群体有近交倾向。平均分化系数为0.062 2,群体间的遗传变异占总群体变异的6.22%,白斑狗鱼各群体间的分化程度不大。群体间的基因流值变化范围为10.077 5～3.360 6,说明白斑狗鱼不同群体间存在较为广泛的基因交流。     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼（Anabarilius grahami）DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列（930 bp）。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列（CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3）。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群（中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心）及两个自然地理种群（江川县明星鱼洞、江川县牛摩村）进行了遗传多样性分析。结果显示：两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。