棉花基因组结构进化研究进展

近年来,随着测序技术的发展,棉花多个亚基因组相继被测出,在全基因组水平上对棉花基因组结构与进化就有了新的认识。多倍化在植物进化过程中是普遍存在的,最新的研究表明,棉花在其进化过程中经历了复杂的多倍化过程,也造成了棉花的基因组结构异常复杂。本综述概述了棉花基因组的研究进展,包括棉花经历的全基因组加倍、比较基因组学在棉花基因组学中的应用、棉花基因组进化情况等方面进行了介绍和综述,并对其在棉花其他亚基因组中的应用研究进行了展望。     

PNAS:科学家破解植物多倍化进化之谜

<正>中国农科院蔬菜花卉研究所王晓武团队和美国科学院院士迈克·菲林领导的团队合作,对植物基因组多倍化进化过程中基因分化和多基因组分化机理进行了研究。相关成果日前在线发表于美国《国家科学院院刊》。植物在进化过程中通过基因组加倍(多倍化)的扩增方式,进行自我进化和适应自然环境。随着DNA测序技术的快速发展,越来越多的植物基因组被公布,这使得通过比较基因组学阐明植物多倍化进化机制成为可能。     

《自然-遗传学》：科学家首获“辣基因”

最近,一个科学家团队完成了对辣椒的首次高质量参照基因组测序。科学家通过对比辣椒和其近亲植物的基因组。在两种植物中都发现了可产生刺激性辣椒素的基因。番茄中含有该基因的4种无功能副本。辣椒中则有7种无功能副本和1种可起作用的该基因副本。研究团队将报告在线发表于1月19日的《自然-遗传学》上。     

癌症基因组测序方案制定的研究进展

癌症的基因组测序对于癌症的预防、诊断、预后、治疗以及基础生物学研究都有巨大的潜在的应用价值,正是由于其方向广泛,所以基因组测序的方案制定对于实现特定的研究目标,就显得尤为重要。同时,了解了基因组测序方案制定的规则,也有助于评估如今快速增长的发表文献的正确性和重要性。主要论述高通量测序技术在癌症基因组测序中的实际应用,并讨论癌症基因组测序在方案设计和方法学上如何调整,才能更好地实现特定的研究目的。     

序言

正20世纪90年代以来,人类基因组测序推动了世界基因组研究的大潮。过去20年中,大量生物完成了基因组测序。1997年国际水稻基因组测序计划(IRGSP)启动,2005年粳稻品种"日本晴"全基因组序列在Nature杂志上发表。多种生物全基因组序列的获得在给研究工作提供极大方便的同时,也给生命科学研究提出了巨大的挑战。其中一个最主要的挑战是如何确定DNA序列的功能。"功能基因     

国际研究团队绘制小麦基因组图谱

2012年11月28日,美国农业部（USDA）宣布,以其研究人员为中心组成的国际研究团队,即将完成全基因组鸟枪测序法（whole genome shotgun sequencing）小麦基因组测序工作。     

鸡基因组研究取得重大突破

中国科学院北京基因组研究所在国际合作的框架下,参与和主持完成的原鸡基因组和家鸡基因组多态性研究于12月在NATURE杂志上,以主题科学论文的形式发表。由中国科学院北京基因组研究所主持、中国、美国和欧洲科学家组成的研究小组参考红原鸡基因组框架图,分别对肉鸡、蛋鸡和乌鸡三种家鸡品种基因组进行了测序分析,     

我国启动重大入侵害虫苹果蠹蛾基因组测序

苹果蠹蛾Cydia pomonella (L.)属鳞翅目卷蛾科,具有极强的适应性和抗逆能力,是仁果类果树的毁灭性害虫。1953年首次在我国新疆库尔勒发现,并迅速扩散危害,1987年随旅客携带物传入甘肃敦煌,造成了重大经济损失,是我国重点防控的检疫对象。近日,由中国农业科学院植物保护研究所、南京农业大学等科研单位联合启动了苹果蠹蛾的基因组测序工作。研究团队对苹果蠹蛾进行了10余代的纯化,建立了纯化品系。利用流式细胞分析和小片段文库前期测序等方法,对苹果蠹蛾基因组进行了初步的基因组前期分析。结果显示,苹果蠹蛾基因组大小约为650 Mb, 17-mer和SNP分析显示杂合度大约在0.3%-0.6%之间。经协商拟定了详细的全基因组鸟枪法测序方案后,基因组测序已经全面启动。苹果蠹蛾的基因组测序,对阐明其入侵机制、抗逆机理及防控等研究具有重要的推动意义。     

蚜虫基因组图谱绘制完成

国际蚜虫基因组联盟已成功地对农业害虫“蚜虫”进行了基因组测序。根据对蚜虫基因信息的解读,研究人员期冀将来能开发出防治蚜虫的有效方法。该研究成果发表于2010年2月23日美国《公共科学图书馆一生物学》杂志的网络版上。     

《自然》：新一代高速测序技术完成沃森基因组

在4月17日的《自然》杂志上,美国的科学家发表了首个利用新一代高速测序技术得到的“DNA之父”詹姆斯。沃森的全基因组。该成果标志着人类基因组测序领域的又一个里程碑,新技术向个人化基因组这一伟大目标又迈进了一步。     

黑猩猩22号染色体遗传密码破译

国家人类基因组南方研究中心今天宣布:以中、日、德等国科学家为主的国际研究协作组,经过近3年的努力,完成了黑猩猩22号染色体测序和比较基因组学分析,其研究成果将于5月27日在国际权威学术刊物———《自然》杂志上全文发表。这一工作是我国基因组学界继人类基因组、微生物基因组、水稻基因组等项目后取得的又一代表性成果。摘自《科学时报》2004年5月27日黑猩猩22号染色体遗传密码破译     

科学家发现新型果蝇基因测序法

美国斯托瓦斯医学研究所开发出了一种名为“全基因组测序法”的果蝇突变基因测序法。研究人员称，在寻找果蝇突变基因上该方法能大幅减少时间和精力。相关研究发表在5月出版的《遗传学》（Genetics）杂志上。     

芦笋基因组测序——拉开芦笋分子育种的序幕

正江西省农业科学院联合美国乔治亚大学植物生物学系、华大基因、中国科学院植物研究所、中国热带农业科学院生物技术研究所、云南农业大学等国际合作团队(美、中、荷、意、德、日、泰7个国家27个研究机构),历时7年研究,合作完成了世界上首个芦笋(Asparagus officinalis L.)全基因组序列图谱绘制.采用二代测序(SBS)+三代测序(PacBio)+单分子光学图谱(BioNano)策略,对芦笋雄性双单倍体植株进行全基因组(1.3 Gb/1C)从头测序、组装、拼接优化,获得     

英国帝国理工学院：人类基因组测序有望几分钟内完成

2010年12月20日,英国帝国理工学院（Imperial College）宣布,开发了一种叫做Nano Sequencing的纳米孔测序新技术,该技术可能导致能在数分钟内解读人类基因组的DNA测序仪的开发,而且成本只有现行测序技术的几分之一。研究的详细情况发表在《纳米通讯》（Nano Letters）杂志上。     

Nature Genetics发表白血病合作研究重要突破

<正>2014年2月9日,Nature Genetics在线发表由中国医学科学院血液学研究所等多个团队合作完成的研究成果。他们通过对一个混合谱系白血病(MLL)患者及其正常同卵双胞胎的血细胞进行全基因组测序,发现了罕见的功能性MLL-NRIP3致癌基因和H3K36三甲基化的组蛋白甲基转移酶SETD2的遗传突变。该研究表明SETD2是白血病的新抑癌基因,而且SETD2-H3K36me3通路的功能破坏是白血病发生发展的一种新     

我国完成首个杀蚊微生物全基因组测序

我国首个杀蚊微生物基因组——球形芽孢杆菌C3-41菌株全基因组的测序工作日前由中科院武汉病毒所的科研人员完成。相关成果发表在最近出版的《细菌学》和《应用微生物学》杂志上。球形芽孢杆菌是专一感染各类蚊幼虫的天然病原菌,C3-41菌株是武汉病毒所筛选出来的优良杀蚊细菌,由其开发的我国首个注册微生物杀蚊剂已经连续应用了二十年,该基因组测序的完成将进一步推动生物防治灭蚊的研究。     

基因组信息学

自 198 6年 3月美国 R.Dulbecco在《Science》杂志上发表了“癌症研究的转折点 :测序人类基因组”的文章 ,提出对人类全部基因测序的构想 ,美国 1990年 10月启动耗资 30亿美元的人类基因组计划 (HGP)。而后 ,其他国家如英国、法国、加拿大、日本等也都积极响应。目前已发展成为一个国际大协作项目 ,其规模和意义已大大超过了历史上的大科学项目 ,如曼哈顿原子弹计划和阿波罗登月计划。中国于 1993年和 1996年分别启动了“中华民族基因组若干位点基因结构的研究”和“重大疾病相关基因的定位、克隆、结构和功能的研究”,1998年在上海成立…     

美科学家首次完成一家四口全基因组测序

2010年3月10日,杂志在线发表了一篇关于一家四口(父母及其孩子)的全基因组测序的文章.通过测序,研究人员发现了影响人类自发性基因突变平均速度,以及一些与影响兄弟姐妹的疾病有关的基因.     

2008年国内外生物技术研究进展（下）——基因测序、功能基因、疑难病治疗

1基因测序技术 2008年基因测序研究的一大特点是出现了简便、快捷、经济的基因组测序新技术,为个体医疗铺平了道路：使得动植物基因组测序、微生物基因组测序工作又大大前进了一步。     

水稻基因组重叠群：1998年1月向全球公开重叠群的细节

1997年10月中国科学院国家基因研究中心发表了覆盖率约达92％的水稻基因组（4．3亿核苷酸,12条染色体）第一代BAC指纹物理图。物理图是由重叠群（contigs）构成的。本文极简要地叙述了重叠群的特点、重叠群在寻找基因和大规模基因组DNA测序中的应用、重叠群在染色体上的定位以及向全球公开重叠群的细节等问题。