猪激素敏感脂肪酶基因外显子1的遗传多态性分析

采用PCR-SSCP方法检测猪激素敏感脂肪酶（hormone sensitive lipase,HSL）基因外显子1的多态性,并分析其与初生重、断奶重、6月龄重和背膘厚的关联性。根据猪HSL基因的DNA序列（AJ000483）设计5对引物,结果在P5引物对扩增的片段上发现了多态性,并对纯合子进行测序,发现外显子1的874bp处存在G-A转换,且存在3种基因型（AA、AB、BB）。统计结果表明,3种基因型在各品种中的分布不一致,长白猪和大白猪与莱芜猪和沂蒙黑猪比较差异极显著（P〈0．01）,长白猪与大白猪比较,莱芜猪与沂蒙黑猪比较差异均不显著（P〉0．05）。固定效应模型分析结果表明,背膘厚基因型间差异显著（P〈0．05）,而初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异均不显著（P〉0．05）。最小二乘分析结果表明,BB基因型个体同AB和AA基因型个体比较背膘厚的差异显著（P〈0．05）,3种基因型在背膘厚的大小排列顺序为BB〈AB〈AA。因此,推测HSL基因对个体胴体瘦肉率存在一定的影响将HSL某因应用于猪育种过程中的标记辅助选择可以加快猪的育种进程。     

蒙古绵羊和哈萨克绵羊MHC-DRB3基因外显子2的多态性

采用PCR RFLP方法对蒙古绵羊和哈萨克绵羊MHC DRB3 基因第 2外显子 2 85bp的扩增产物进行多态性分析 ,共检测到 17种基因型 ,由A、B、C、D、E、F和H共 7个复等位基因控制。通过酶切图谱分析表明 ,蒙古绵羊和哈萨克绵羊的MHC DRB3 基因第 2外显子的第 15 4、16 8和 2 2 0位的碱基表现出多态性。统计分析表明 ,MHC DRB3 基因的部分基因型频率和等位基因频率在两个群体之间差异显著或极显著 (P <0 10、P <0 0 5或P <0 0 1)。χ2 适合性检验结果表明 ,蒙古绵羊和哈萨克绵羊的MHC DRB3 基因第 2外显子的HaeⅢ酶切位点均未达到Hardy Weinberg平衡状态 (P <0 0 1)。     

小尾寒羊高繁殖力候选基因ESR的研究

利用PCR—SSCP技术对高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊、湖羊、德国肉用美利奴羊）和低繁殖力绵羊品种（多赛特羊、萨福克羊）的雌激素受体（estrogen receptor,ESR）基因第一外显子部分序列进行单核苷酸多态性研究。结果表明：小尾寒羊、湖羊和德国肉用美利奴羊中存在3种基因型（AA、BB、AB）,而在多赛特羊和萨福克羊中只存在两种基因型（AA、AB）。统计结果表明：湖羊、德国肉用美利奴羊、小尾寒羊、萨福克羊和多赛特羊A等位基因频率分别为0．672、0．786、0．846、0．857和0．867,B等位基因频率分别为0．328、0．214、0．154、0．143和0．133。测序结果表明：BB型和AA型相比在外显子1第363位发生1处碱基突变（C→G）。独立性检验表明：小尾寒羊和湖羊之间基因型分布差异极显著（P〈0．01）,湖羊和多赛特羊之间基因型分布差异显著（P〈0．05）,其他各个绵羊品种之间基因型分布差异均不显著。A8基因型和BB基因型小尾寒羊产羔数比AA基因型分别多0．51只（P〈0．05）和0．7只（P〈0．05）。研究结果表明：ESR基因可能是控制小尾寒羊多胎性能的一个主效基因或与之存在紧密的遗传连锁。     

山羊GOLA-DQB1基因外显子2多态性与免疫性状的相关分析

利用PCR-RFLP技术, 对莱芜黑山羊、鲁波山羊和波尔山羊3个山羊种群共 175 只个体的GOLA-DQB1基因外显子2进行遗传多态性研究, 并对山羊种群的血液免疫指标的效应进行了分析。结果表明: 3个山羊种群共检测到(AA、BB、CC、AB、AC、BC、DD)7种基因型, GOLA-DQB1基因外显子2的第24、151位的碱基表现出多态性。多数指标品种效应是主要效应。莱芜黑山羊中, BC基因型的淋巴细胞百分比(W-SCR)显著高于AC 、CC基因型(P<0.05), 中性球比例(W-LCR)显著低于CC基因型(P<0.05), 大型白细胞数(W-LCC)低于AC、CC基因型, 但差异不显著(P>0.05)。波尔山羊中, BC基因型的W-LCC低于AA 、AB 、BB基因型, 但差异不显著(P>0.05)。鲁波山羊中, BC 、AC基因型的W-LCC显著低于AA基因型(P<0.05)。揭示GOLA-DQB1基因与血液免疫性状有一定的相关性。     

牦牛TMEM-18基因多态性及其与生产性能关联分析

跨膜蛋白18基因(TMEM-18)是一个末端为低聚嘧啶的基因,与动物生长发育密切相关。为了研究牦牛TMEM-18基因多态性与生产性能的关系。以192头天祝雌性牦牛血样NDA构建混合池,扩增TMEM-18基因内含子1和外显子5的序列。运用BLAST和Chromas软件分析突变位点,运用高分辨率熔解曲线分析技术(HRM)统计基因型分型,采用SHEsis软件进行基因型频率和等位基因频率计算,同时对多态位点进行配对连锁不平衡和单倍型分析,运用SPSS21.0分析基因多态位点与生产性能关联。结果表明,牦牛TMEM-18基因内含子1处存在2个多态位点,分别是861(A/G)和1267(C/T),外显子5处存在1个多态位点为4 447(C/T)。关联分析表明,牦牛TMEM-18基因861(A/G)位点的不同基因型与牦牛的体高、体重、胴体重和屠宰率差异性显著(P0.05);1267(C/T)位点的不同基因型与牦牛的体高、体重和屠宰率差异性显著(P0.05),而牦牛TMEM-18基因4447(C/T)位点的不同基因型与牦牛的体斜长、管围、胸围、体重、胴体重、净肉重、净肉率和屠宰率均存在显著性差异(P0.05)。通过单倍型分析发现群体中存在3种单倍型组合,即ACC单倍型、GTC单倍型和GTT单倍型,其中ACC单倍型组合个体数目明显多于其他单倍型组合,为优势单倍型。本实验揭示TMEM-18基因可作为牦牛生产性能开发的候选分子标记,为牦牛遗传资源的利用、开发与新品种的选育提供依据。     

猪MSTN基因多态性及其SNPs的研究

双臀基因 (MSTN)在发育和成熟的骨骼肌中特异表达 ,并对肌肉具有负调控作用。采用PCR SSCP技术研究猪MSTN基因的第 2外显子和第 3外显子区域的DNA多态性。结果发现在两个外显子中均存在PCR SSCP多态性 ,在大白猪中 ,第 2外显子的多态性表现出 3种基因型 (CC、CT和TT) ;第 3外显子的多态性表现出两种基因型(AG和GG)。与猪生产性状进行相关性分析发现 :第 2外显子的多态性与生产性状基本无相关 ,第 3外显子的多态性与猪的背膘厚呈显著性相关 (P <0 0 5 ) ,与瘦肉率相关不显著 (P >0 0 5 )。对具DNA多态性的片段测序分析发现 :位于MSTN基因cDNA序列第 4 80处 (第 2外显子 )发生了单碱基的改变 (G→T)和第 10 0 8处 (第 3外显子 )发生单碱基的改变 (A→G) ,两处碱基的改变均没有导致氨基酸的变化 ,但第 10 0 8处碱基的改变 ,产生了ApaⅠ限制性内切酶位点 ,并建立了以ApaⅠ酶切位点的PCR RFLP分子标记技术     

雷州黑鸭FSHR和ESR1与繁殖性状关联分析

旨为探究产蛋基因FSHR和ESR1对雷州黑鸭的影响。采用荧光定量PCR对FSHR和ESR1在雷州黑鸭0-120 d的下丘脑-垂体-卵巢轴的表达规律进行研究,并通过PCR-SSCP对FSHR和ESR1的多态性与繁殖性状关联分析。结果表明,FSHR在0-90 d表达量总体呈稳定上升趋势,但在90-120 d下丘脑和垂体表达量略微下调,差异不显著(P0.05);ESR1表达量在0-120 d表达量总体呈上升趋势,但在90 d卵巢表达量出现波动,差异不显著(P0.05);FSHR的SNP(g.856937GA,g.922947AG)和ESR1的SNP(g.190744AG)与雷州黑鸭产蛋量显著相关(P0.05),但与雷州黑鸭蛋品质关联不显著。以上结果提示:FSHR和ESR1对雷州黑鸭早期性腺发育起着重要作用,且3个SNP位点均可作为雷州黑鸭重要的产蛋标记基因。     

兔成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因SNP及其与产毛量的相关分析

通过PCR产物直接测序的方法, 对荥经长毛兔、天府黑兔以及加利福尼亚兔的FGF5基因外显子1和外显子3进行单核苷酸多态性分析。在外显子1的217位(位点A)检测到由TCT三碱基插入引起的移码突变, 在外显子3的59位(位点B)和3位(位点C)分别发生了错义突变由T→C和同义突变由T→C。通过计算发现各位点不同的基因型和等位基因频率在3个兔品种中存在较大的差异, 位点A、B在长毛兔和肉兔中均有各自的优势基因型和等位基因。各位点基因型与产毛量的最小二乘分析表明, 位点A各基因型的个体在产毛量上差异不显著(P＞0.05), 位点B各基因型个体产毛量的差异极显著(P＜0.01), 位点C各基因型个体产毛量的差异显著(P＜0.05)。初步推断FGF5基因可能是影响长毛兔产毛量潜在的主效基因或者与主效基因连锁, 可作为长毛兔产毛性状连锁分析的候选遗传标记。     

牛FSHR基因5′端侧翼序列分析与其多态性

西北农林科技大学牧医学院魏伍川博士等近年以中国西门塔尔牛基因组DNA为模板 ,参照绵羊FSHR基因序列设计和合成引物 ,用PCR扩增 ,获得长度为 931bp’包括 5′端侧翼 797bp和结构基因第一外显子区1 34bp的牛FSHR基因片段 ,并将其克隆于PUC1 8载体中 ,经系列分析发现牛的FSHR基因转录启动子的遗传结构与人和鼠的FSHR基因不同 ,它的基因转录启动区含有TATA盒和类CAAT盒序列 ,在检索出的转录调节元件或特征性序列位点上 ,牛与绵羊在 5个序列位点有碱基变异 ,这可能与牛和绵羊产仔率高低不同有关。对研究中的 34头中国西门塔尔牛…     

羊FSHR基因5′端转录启动调控区的生物学特性

文章对小尾寒羊、滩羊和澳洲绵羊等繁殖性状不同的3种绵羊与排卵有关的FSHR基因5′端转录启动调控区进行了克隆和分析,通过对FSHR基因的15个转录调控元件序列进行比较,结果表明,羊不同品种FSHR基因的转录调控元件序列之间没有差异。这说明绵羊的品种与FSHR基因5′端转录启动调控区的相关性不强,排除了因转录调控元件突变而影响转录调节能力的可能性。     

FSHβ 基因PCR-SSCP多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系的研究

采用PCR-SSCP技术检测促卵泡素b亚基(follicle-stimulating hormone β, FSHβ)基因5′调控区、外显子1和外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)和低繁殖力山羊品种(辽宁绒山羊、波尔山羊、安哥拉山羊)中的单核苷酸多态性, 同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果表明: 山羊与绵羊的FSHβ 基因该段核苷酸序列同源性为98%。9对引物中, 只有P9的扩增片段存在多态性。P9的扩增片段在济宁青山羊和辽宁绒山羊中检测到AA、AB和AC 3种基因型; 在波尔山羊中检测到AA、CC和AC 3种基因型; 在安哥拉山羊中检测到AA、BB、CC、AB、AC和BC共6种基因型。测序分析发现BB型与AA型相比在外显子2的第94 bp处有G→A突变, 并引起氨基酸改变(丙氨酸→苏氨酸); CC型与AA型相比在外显子2的第174 bp有一处C→T沉默突变。济宁青山羊AA、AB和AC基因型频率分别为0.686、0.137和0.177。AA基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型的多0.78只(P<0.05), 比AC基因型的多0.64只(P<0.05)。     

牛FSHR基因第10外显子单核苷酸多态性及其与双胎性状的关系

以秦川牛和荷斯坦奶牛的双胎母牛和单胎母牛为实验材料 ,以牛的FSHR基因的第 10个外显子作为标记牛双胎性状的候选基因 ,用SNP法进行了多态检测 .结果发现 ,在秦川牛的双胎母牛中突变率 6 0 % (6 10 ) ,而在单胎母牛中突变率为 2 0 % (2 10 ) ;在荷斯坦奶牛中 ,双胎母牛突变率为31 2 5 % (5 16 ) ,单胎母牛突变率为 6 6 7% (1 15 ) ;由此可见双胎牛和单胎牛二者之间FSHR基因的第 10个外显子的突变率差异明显 .这表明 ,选择FSHR基因的第 10个外显子有可能作为双胎性状的候选基因 .序列分析发现 ,在FSHR基因的第 15 0 6位碱基发生了突变 (T→C) ,但氨基酸没有发生变化 .     

羊FSHR基因5′端转录启动调控区生物学特性

文章对小尾寒羊、滩羊和澳洲绵羊等繁殖性状不同的3种绵羊与排卵有关的FSHR基因5′端转录启动调控区进行了克隆和分析,通过对FSHR基因的15个转录调控元件序列进行比较,结果表明,羊不同品种FSHR基因的转录调控元件序列之间没有差异。这说明绵羊的品种与FSHR基因5′端转录启动调控区的相关性不强,排除了因转录调控元件突变而影响转录调节能力的可能性。      

Variation in the yak dectin-1 gene (CLEC7A)

C-type lectin domain family 7, member A (CLEC7A, dectin-1) plays an important role in antifungal immunity and belongs to the family of C-type lectin receptors. Variation in the extended exon 4-6 region of the yak dectin-1 gene (CLEC7A), which encodes the β-glucan recognition domain, was investigated using polymerase chain reaction-single strand conformational polymorphism (PCR-SSCP). Three and two variant sequences were identified in exons 4 and 5, respectively, and no variation was found in exon 6. The variation included two single-nucleotide substitutions in exon 4 and one single-nucleotide polymorphism in exon 5, and two of these substitutions would nominally cause amino acid substitutions (p.I158T and p.S197G) in yak dectin-1. This is the first report identifying the yak dectin-1 gene, revealing that it is polymorphic and this polymorphism might affect the structure and function of this gene in yak.     

Polymorphism of bone morphogenetic protein 4 gene and its relationship with litter size of Jining Grey goats

Two pairs of primers (P1 and P2) were designed to detect single nucleotide polymorphisms of exon 2 and intron 2 of bone morphogenetic protein 4 (BMP4) gene in both high fecundity breed (Jining Grey goat) and low fecundity breeds (Boer, Angora and Inner Mongolia Cashmere goats) by single strand conformation polymorphism. Results showed that no polymorphism was detected for exon 2 (primer P1) of BMP4 gene in four goat breeds. For intron 2 (primer P2), three genotypes (AA, AB and BB) were detected in Jining Grey and Inner Mongolia Cashmere goats, two genotypes (AB and BB) in Angora goats, and only one genotype (AA) in Boer goats. Sequencing revealed one mutation (2203G>A) of BMP4 gene in the genotype BB in comparison to the genotype AA. The differences of litter size between AA, AB and BB genotypes were not significant (P > 0.05) in Jining Grey goats. A pair of primer (P3) was designed to detect polymorphism in the 3' flanking region of BMP4 gene that contained dinucleotide repeated sequence (CA) in the four goat breeds by microsatellite analysis. For primer P3, three genotypes (CC, CD and DD) were detected in four goat breeds. Sequencing revealed one more CA dinucleotide in genotype DD than in genotype CC. The Jining Grey does with genotype CC had 0.55 (P < 0.05) or 0.72 (P < 0.05) kids more than those with genotype CD or DD. These results preliminarily indicated that allele C of BMP4 gene is a potential DNA marker for improving litter size in goats.     

催乳素受体基因外显子10多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系的研究

设计5对引物, 采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(prolactin receptor, PRLR)基因外显子10及部分3′非翻译区在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)和低繁殖力山羊品种(辽宁绒山羊、波尔山羊和安哥拉山羊)中的单核苷酸多态性, 同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果表明: 首次拼接出的山羊PRLR基因外显子10及部分3′非翻译区的核苷酸序列长度为1,118 bp, 与已公布的绵羊、牛、人PRLR基因mRNA相应序列的同源性分别为98.33%、93.92%、74.52%, 与已公布的羊驼PRLR基因部分序列的同源性为78.29%。引物P1、P2与P4扩增片段具有多态性, 其余2对引物的扩增片段不存在多态性。对于P1扩增片段, 在济宁青山羊和辽宁绒山羊中检测到AA型和AB型, 在安哥拉山羊中检测到AA型和AC型, 在波尔山羊中只检测到AA型; 克隆测序表明AB型与AA型相比有两处突变(186G→A和220T→C), 分别导致氨基酸由天冬氨酸变为天冬酰胺、亮氨酸变为脯氨酸; AC型与AA型相比有1处突变(140A→G), 该突变没有导致氨基酸变化; 济宁青山羊AA和AB基因型之间产羔数的最小二乘均值差异不显著(P>0.05)。对于P2扩增片段, 在济宁青山羊、辽宁绒山羊和波尔山羊中都检测到DD型和DE型, 而在安哥拉山羊中只检测到DD型; 克隆测序表明DE型和DD型相比有两处突变(52G→A和122G→A), 其中122 bp处的突变导致氨基酸由精氨酸变为甘氨酸; 济宁青山羊DD和DE基因型之间产羔数的最小二乘均值差异不显著(P>0.05)。对于P4扩增片段, 在济宁青山羊中检测到FF型和FG型, 在辽宁绒山羊中检测到FF型和GG型, 在波尔山羊中只检测到FF型, 在安哥拉山羊中检测到FF型、FG型和GG型; 克隆测序表明GG型和FF型相比在扩增片段的143 bp处发生1处碱基突变(A→G), 并导致氨基酸由蛋氨酸变为缬氨酸; FG基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比FF基因型的多0.76只(P<0.05)。研究结果初步表明: PRLR基因可能是控制济宁青山羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

Polymorphisms of BMPR-IB gene and their relationship with litter size in goats

The bone morphogenetic protein receptor IB (BMPR-IB) gene was studied as a candidate gene for the prolificacy of goats. According to mRNA sequence of ovine BMPR-IB gene, ten pairs of primers were designed to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) of exon 1, exon 2, exon 6 to exon 10 and 3′ untranslated region (UTR) of the BMPR-IB gene in both high prolificacy breed (Jining Grey goat) and low prolificacy breeds (Wendeng Dairy and Inner Mongolia Cashmere goats) by polymerase chain reaction (PCR)-single strand conformation polymorphism (SSCP) method. Only the products amplified by primers P8 and P10 of the 3′UTR displayed polymorphisms. For primer P8, three genotypes (AA, AB and BB) were detected in Jining Grey and Wendeng Dairy goats, two genotypes (AA and AB) were in Inner Mongolia Cashmere goats. Sequencing revealed one mutation (71C→T) of the BMPR-IB gene in genotype BB compared with AA. The differences of least squares mean (LSM) for litter size between genotypes AA, AB and BB were non-significant (P > 0.05) in Jining Grey goats. For primer P10, three genotypes (CC, CD and DD) were detected in Jining Grey and Wendeng Dairy goats and one genotype (CC) in Inner Mongolia Cashmere goats. Sequencing revealed one mutation (130T→C) of the BMPR-IB gene in genotype DD compared with CC. The differences of LSM for litter size between genotypes CC, CD and DD were non-significant (P > 0.05) in Jining Grey goats. These results preliminarily showed that the detected loci of the BMPR-IB gene had no significant effect on prolificacy of Jining Grey goats.     

牙鲆MyoD基因单核苷酸多态性位点的筛选

运用PCR-SSCP技术研究100尾牙鲆(Paralichthys olivaceus)MyoD基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs), 并将筛选到的突变位点与牙鲆生长性状进行相关性分析。结果表明, 在外显子1和内含子1上存在3个SNPs, 在外显子1 (MyoD2)基因座发现3种基因型AA、AB和BB, G863A突变, 属于同义突变。在内含子MyoD4基因座检测到DD、FF、CD、CE、DE和DF型个体。利用最小二乘法研究MyoD基因多态性位点对牙鲆生长性状的影响。结果表明, 外显子1的SNPs对生长性状无显著影响(P0.05)。内含子1的SNPs对牙鲆的生长性状影响均显著(P0.05)。研究结果为SNPs位点与牙鲆生长性能关联分析奠定了基础。       

乙型肝炎病毒RT区变异及其与基因型分布的关系

目的：探讨大样本乙型肝炎病毒（HBV）感染患者RT区耐药位点变异的流行情况,及各耐药位点变异与HBV基因型的关系。方法：采用P区测序法对1117例慢性乙型肝炎患者的血清病毒进行P区测序、进化树分型。结果：RT区耐药位点变异发生率与基因型关系密切,在基因型C患者中的变异发生率远远高于基因型B患者（P=O．000）。Rt180、rtM204V、rtM204I、rt181、rt213位点变异均与基因型c有关（P〈O．05）。主要的三种变异类型rt180＋rtM204V、rtM204I、rt180＋rtM204I间基因型分布存在显薯差异（P=0．003）。不同HBeAg状态下,耐药变并的发生有显著差并（P=O．020）,特别是rt181和rt236位点变畀。结论：HBV基因型影响RT区耐药变异发生率及变异类型。且耐药变异发生率也与HBeAg状态有关。