α－苦瓜子蛋白晶体结构中的次级相互作用的研究──Ⅰ结构中氢键相互作用的分析

α－苦瓜子蛋白是一种单链核糖体失活蛋白,具有Ｎ－糖苷酶活性,２．０Ａ分辨率的三维结构已经测定。α－苦瓜子蛋白中总共有３５３个氢键,其中主链原子间氢键１６５个,主链原子与侧链原子间氢键５４个,侧链原子间氢键２１个,蛋白分子中原子与溶水剂的氢键１１３个,主链Ｃ＝Ｏ,主链ＮＨ及侧链分子结构中有９５％的残基能生成氢键,Ａｓｐ．Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ具有较强的生成多个氢键的能力,并对１３个没有任何氢键的残基作了分析。Ａｎ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、ＧｌＵ、Ｇｌｎ在α螺旋中出现税率较大,Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｔｙｒ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ在β结构中占了一半以上,Ａｒｇ容易形成远程的氢键,而Ｓｅｒ、Ｔｈｒ则容易形成近程氢键。某些氢键,特别是保守残基间的氢键,对形成蛋白分子局部特征构象和活性部位的特征构象有影响,α－苦瓜子蛋白的特定折叠方式对其与溶剂水分子成氢键有影响。     

乙型肝炎病毒表面抗原aa126 Ile→Ser变异株HBsAg的暂时表达和抗原性鉴定

曾在一个儿童患者体内,发现一个新的乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）变异株,其ＨＢｓＡｇ主蛋白ａａ１２６发生Ｉｌｅ（ＡＴＴ）到Ｓｅｒ（ＡＧＴ）的取代。已知ａｄｒ／ａｙｒ亚型ＨＢｓＡｇ１２６位为Ｉｌｅ,而ａｄｗ／ａｙｗ亚型ＨＢｓＡｇ１２６位为Ｔｈｒ,表明ＨＢｓＡｇ１２６Ｓｅｒ是一个新的变异株。用计算机做结构分析的结果表明,突变体ＨＢｓＡｇ１２６Ｓｅｒ主蛋白ａａ１２０－ａａ１３０区段的二级结构与野生型ａｄｒＨＢＶＨＢｓＡｇ１２６Ｉｌｅ相比发生明显的改变。这种构象的变化可能会影响ａ抗原决定簇（ａ１２４－ａａ１４７）的抗原性。为了证实这一点,构建了突变Ｓ基因表达质粒,在ＳＶ４０早期启动子的控制下进行抗原表达。利用ＨＢｓＡｇ９肽（Ｔｈｒ－Ｉｌｅ１２６－Ｐｒｏ－Ａｌａ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ－Ｔｈｒ－Ｓｅｒ－Ｍｅｔ）抗ｉ单克隆抗体和９肽（Ｔｈｒ－Ｔｈｒ１２６－Ｐｒｏ－Ａｌａ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ－Ｔｈｒ－Ｓｅｒ－Ｍｅｔ）抗ｔ单克隆抗体进行放射免疫测定,结果表明,这种Ｓｅｒ１２６突变蛋白对抗ｉ单克隆抗体的反应性比野生蛋白减弱,对抗ｔ单克隆抗体的反应性则与ＨＢｓＡｇ１２６Ｔｈｒ接近。但用三种抗－ａ单克隆抗体的检测结果揭示,突变蛋白ＨＢｓＡｇ１２６     

白细胞介素－2分子α螺旋B中的活性相关区域

根据人白细胞介素－２（ＩＬ－２）ａ螺旋Ｂ中氨基酸残基的空间分布选择性地突变了一些氨基酸残基,结果发现．５７Ｇｌｎ→Ｇｌｎ,６２Ｇｌｎ→Ｌｅｕ,６２Ｇｌｎ→Ａｒｇ和６５Ｐｒｏ→Ａｒｇ这些替换均使ＩＬ－２活性显著降低或丧失,而６３Ｌｅｕ→Ｓｅｒ或６４Ｌｙｓ→Ａｌａ对ＩＬ－２活性影响不大。从受体竞争抑制结合实验结果可知,上述不表现活性的突变体也同时丧失了与高亲和力受体的结合能力,这说明α螺旋Ｂ中这些位点对ＩＬ－２与受体结合有贡献,事实上,那些直接与受体β、γ亚基结合的残基所在螺旋为Ａ、Ｄ螺旋而非α螺旋Ｂ,由此我们认为α螺旋Ｂ虽不直接参与与受体β、γ亚基结合,但它在空间结构上对ＩＬ－２与受体β、γ亚基的结合产生了有利的影响,而５７Ｇｌｎ、６２Ｇｌｎ、６５Ｐｒｏ等残基则在此过程中发挥重要作用。     

凤眼莲根分泌物氨基酸组分对根际肠杆菌属F_2细菌的趋化作用

凤眼莲（Ｅｉｃｈｈｏｒｎｉａｃｒａｓｓｉｐｅｓ）的根分泌物中含有Ｍｅｔ等多种氨基酸,其中Ｍｅｔ、ＧＡＢＡ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ａｓｐ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ和Ｌｅｕ（１０－７～１０－２ｍｏｌ·Ｌ－１）均对凤眼莲的根际肠杆菌属Ｆ２（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｓｐ．Ｆ２）细菌有强烈的正趋化作用;Ｇｌｕ、Ｔｈｒ和Ｈｉｓ（１０－７～１０－３ｍｏｌ·Ｌ－１）也对该菌有一定的正趋化作用;而Ｌｙｓ、Ｃｙｓ、Ａｒｇ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ和Ｔｙｐ则对该菌表现出一定的负趋化作用．对细菌的正趋化作用存在一个趋化物的最适浓度范围．具有正趋化作用的氨基酸在凤眼莲根际的浓度都较高,而具有负趋化作用的浓度则较低,这正是凤眼莲与该根际细菌结合为根际微生态系统的原因之一．     

白细胞介素—2分子α螺旋B中的活性相关区域

根据人白细胞介素－２（ＩＬ－２）α螺旋Ｂ中氨基酸残基的空间分布选择性地突变了一些氨基酸残基,结果发现：５７Ｇｌｎ→Ｇｌｕ,６２Ｇｌｕ→Ｌｅｕ,６２Ｇｌｕ→Ａｒｇ和６５Ｐｒｏ→Ａｒｇ这些替换均使ＩＬ－２活性显著降低或丧失,而６３Ｌｅｕ→Ｓｅｒ或６４Ｌｙｓ→Ａｌａ对ＩＬ－２活性影响不大。从受体竞争抑制结合实验结果可知,上述不表现活性的突变体也同时丧夫了与高亲和力受体的结合能力,这说明α螺旋Ｂ中这些位点     

用2D—NMR测定人卵泡促性腺激素释放肽（hF—GRP）的溶液构象

人卵泡促性腺激素释放肽是１９８７年才被发现的一种激素类１４肽,本文利用２Ｄ－ＮＭＲ技术首先测定了它的溶液构象,在残基归属的基础上,据ＲＯＥＳＹ距离信息得到该１４肽的初步构象为,羧基端三个残基是运动性较大的无规卷曲,氨基端Ｔｈｒ１的侧链靠近主链,Ｈｉｓ１０－Ｐｒｏ１１间的肽链以ｔｒａｎｓ构型占优势,在Ｓｅｒ４－Ｈｉｓ５－Ｈｉｓ６区域可能形成一个部分类似β－转角Ⅱ的弯曲。     

天花粉蛋白T18肽片段的溶液构象及T14、TDK和T18肽构象比较

用１ＨＮＭＲ法测定Ｔ１８肽在ＤＭＳＯ（ＭＳ１８）和５０％六氟异丙醇（ＦＰ１８）中的溶液构象．ＭＳ１８含有Ｉｌｅ３～Ｇｌｎ７和Ａｌａ１２～Ｇｌｎ１６两段β－折叠链;而ＦＰ１８则转变为α－螺旋结构。综合分析Ｔ１４,Ｔ１８和ＴＤＫ三个模型肽的结构性质和稳定性,比较肽链序列和溶剂作用,提出肽链局部优势结构的概念,并据此讨论天花粉蛋白小结构域折叠起始过程．     

乙型肝炎病毒表面抗原aa126Il3→Ser变异株HBsAg的暂时表达和抗原性鉴定

曾在一个儿童患体内,发现一个新的乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）变异株,其ＨＢｓＡｇ主蛋白ａａ１２６发生Ｉｌｅ（ＡＴＴ）到Ｓｅｒ（ＡＧＴ）的取代。已知ａｄｒ／ａｙｒ亚型ＨＢｓＡｇ１２６位为Ｉｌｅ,而ａｄｗ／ａｙｗ亚型ＨＢｓＡｇ１２６位为Ｔｈｒ,表明ＨＢＳａＧ１２６Ｓｅｒ是一个新的变异株。用计算机做结构分析的结果表明,突变体ＨＢｓＡｇ１２６Ｓｅｒ主蛋白ａａ１２０－ａａ１３０区段的二级结构与野生型ａｄｒ ＨＢ     

信号肽C—端和成熟蛋白N—端氨基酸序列的变化对α—淀粉酶分泌作用…

本文利用ｐＡｍｙ４１３质粒通过定点诱变技术,在α－淀粉酶基因的２８７和２９１位分别引入１个Ｇ和Ｃ,代替原来的Ｔ和Ｇ,构建成质粒ｐＡＭＹ４１３Ｂ使成熟的α－淀粉酶Ｎ－端＾７Ｌｅｕ＾８Ｍｅｔ变为＾７Ａｒｇ＾８Ｉｌｅ,ｐＡｍｙ４１３Ｌα－淀粉酶信号序列因引入１个多酶切点接头而比ｐＡｍｙ４１３的２９个氨基酸增加了１３个氨基酸,创造了１个新的信号肽酶Ｉ识别窗口Ａｌａ－Ｇｌｎ－ＡｌａＳｅｒ,利用计算机对该信号     

双链杂交分子“胰岛素—类胰岛素生长因子—I”

以去Ｂ链Ｃ端八肽胰岛素和化学合成的ＩＧＦ－Ｉ的２２－２９及２２－３２为底物,用酶促半合成方法制备了杂交分子“胰岛素－类胰岛素茵子－Ｉ”,Ｉｎｓ／ＩＧＦ－Ｉ和Ｉｎｓ－ＩＧＦ－Ｉ。研究了它们的胰岛中生物活性。结果表明,猪胰岛素Ｂ链Ｃ端Ｂ２７的Ｔｈｒ被Ａｓｎ取代,Ｂ３０的Ａｌａ被Ａｌａ被Ｔｈｒ取代同时Ｂ２５－Ｂ２６及Ｂ２８－Ｂ２９氨基酸顺序颠紧及在Ｂ链Ｃ末端延长３肽都不影响胰岛素的生物活力。     

天花粉蛋白T18肽片段的溶液构象及T14,TDK和T18肽…

用＾１Ｈ ＮＭＲ法测定Ｔ１８肽在ＤＭＳＯ（ＭＳ１８）和５０％六氟异丙醇（ＦＰ１８）中的溶液构象。ＭＳ１８含有Ｉｌｅ３￣Ｇｌｕ７和Ａｌａ１２￣Ｇｌｎ１６两段β－折叠链;而ＦＰ１８则转变为α－螺旋结构。综合分析Ｔ１４,Ｔ１８和ＴＤＫ三个模型肽的结构性质和稳定性,比较肽链序列和溶剂作用,提出肽链局部优势结构的概念,并据此讨论天花粉蛋白小结构域折叠起始过程。     

信号肽C—端和成熟蛋白N—端氨基酸序列的变化时α—淀粉酶分泌作用的影响

本文利用ｐＡｍｙ４１３质粒通过定点诱变技术,在α－淀粉酶基因的２８７和２９１位分别引入１个Ｇ和Ｃ,代替原来的Ｔ和Ｇ,构建成质粒ｐＡｍｙ４１３Ｂ,使成熟的α－淀粉酶Ｎ－端（７）Ｌｅｕ（８）Ｍｅｔ变为（７）Ａｒｇ（８）Ｉｌｅ。ｐＡｍｙ４１３Ｌα－淀粉酶信号序列因引入１个多酶切点接头而比ｐＡｍｙ４１３的２９个氨基酸增加了１３个氨基酸,创造了１个新的信号肽酶Ｉ识别窗口Ａｌａ－Ｇｌｎ－Ａｌａ↓Ｓｅｒ,利用计算机对该信号肽进行了二级结构分析。这两株突变株产酶能力分别为野生株（ｐＡｍｙ４１３）的３％和３６％;胞外α－淀粉酶的分子量同于野生株;末端分析显示,成熟酶第一个氨基酸为Ａｌａ,表明信号肽酶Ｉ在野生型识别窗口Ａｌａ－Ａｌａ－Ａｌａ↓Ａｌａ处切割。结果还表明,Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓα－淀粉酶在Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ中分泌作用属共翻译转移模型     

家蚕滞育生物钟蛋白质Ease A4的纯化及其分子结构分析

ＥａｓｅＡ４是家蚕卵的一种滞育生物钟蛋白质．产下后２ｄ的家蚕Ｃ１０８品种滞育性卵,经过丙酮脱脂、８５℃热处理、硫酸铵沉淀和ＳｅｐｈａｄｅｘＧ－２５凝胶过滤层析初步分离,进一步经过Ｓｅｐ－ＰａｋＣ１８脱盐浓缩,ＨＰＬＣ（柱为ＹＭＣ－ＰａｃｋＰｒｏｔｅｉｎ－ＲＰ）分离,通过ＳＤＳ－ＰＡＧＥ和ＭＡＬＤＩＭＳ方法鉴定,纯化得到ＥａｓｅＡ４蛋白质．从１０ｇ蚕卵最终得到了１１．８μｇＥａｓｅＡ４．ＥａｓｅＡ４由从Ｈｉｓ到Ｔｙｒ的１５５个氨基酸残基构成,蛋白质部分的分子量为１６６０１．其２２位氨基酸残基Ａｓｎ处有一个Ａｓｎ－Ｘ－Ｔｈｒ糖基化场所,并有糖基结合在该部位,糖基的分子量约为７６０．ＥａｓｅＡ４的６１位和１５０位的两个Ｃｙｓ氨基酸残基之间存在二硫键．糖基和二硫键的存在不仅有利于酶蛋白的分离,还可能与酶活性有关     

从织锦芋螺中克隆α芋螺毒素序列

为了从我国南海产织锦芋螺（Ｃｏｎｕｓｔｅｘｔｉｌｅ）中分离新的毒素序列并研究其应用价值,进行了织锦芋螺毒素基因的分离工作．从织锦芋螺毒管中提取ｍＲＮＡ,以Ａ族芋螺毒素的信号肽编码部分和３′端非翻译部分的保守序列为引物,通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增和序列分析方法获得新的芋螺毒素序列．结果得到两种不同的α芋螺毒素序列,两者都属于α４／７亚型芋螺毒素,预测其成熟肽序列分别为Ｐｒｏ－Ｇｌｕ－Ｃｙｓ－Ｃｙｓ－Ｓｅｒ－Ａｓｐ－Ｐｒｏ－Ａｒｇ－Ｃｙｓ－Ａｓｎ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ｈｉｓ－Ｐｒｏ－Ｇｌｕ－Ｌｅｕ－Ｃｙｓ－Ｇｌｙ（Ｃ端Ｇｌｙ可能被酰胺化）和Ｐｒｏ－Ｇｌｕ－Ｃｙｓ－Ｃｙｓ－Ｓｅｒ－Ｈｉｓ－Ｐｒｏ－Ａｌａ－Ｃｙｓ－Ａｓｎ－Ｖａｌ－Ａｓｐ－Ｈｉｓ－Ｐｒｏ－Ｇｌｕ－Ｉｌｅ－Ｃｙｓ－Ａｒｇ．采用传统的生化分离手段尚未从织锦芋螺中获得过α芋螺毒素序列,这两种α芋螺毒素作用的种属特异性、受体类型特异性和在小细胞肺癌的诊断和治疗中的应用价值有待进一步研究     

α－苦瓜子蛋白晶体结构中的次级相互作用的研究Ⅱ疏水相互作用的分析

α－苦瓜子蛋白结构模型中共有疏水残基１４１个,占践基总数的５７％。其中１２８个疏水残基有相互作用,占疏水残基的９１％。疏水残基之间的相互作用与其是否在α－螺旋或β片层内没有多大关系。本文着重分析了α－螺旋间和α螺旋与β结构之间的疏水相互作用;讨论了α５和大β片层中疏水残基与亲本残基的分布特点,这一特点对该蛋白分子最后折叠成特定的空间结构有重要影响。类似的情况在同源蛋白天花粉蛋白中也是存在的。     

α－苦瓜子蛋白晶体结构中的次级相互作用的研究Ⅱ疏水相互作用的分析

α－苦瓜子蛋白结构模型中共有疏水残基１４１个,占践基总数的５７％。其中１２８个疏水残基有相互作用,占疏水残基的９１％。疏水残基之间的相互作用与其是否在α－螺旋或β片层内没有多大关系。本文着重分析了α－螺旋间和α螺旋与β结构之间的疏水相互作用;讨论了α５和大β片层中疏水残基与亲本残基的分布特点,这一特点对该蛋白分子最后折叠成特定的空间结构有重要影响。类似的情况在同源蛋白天花粉蛋白中也是存在的。     

龙虾甘油醛-3-磷酸脱氢酶结构中的氢键

甘油醛－３－磷酸脱氢酶（ＧＡＰＤＨ）是一种具有别构作用的寡聚酶。根据Ｘ射线晶体学研究得到的中国南海龙虾Ｐ．ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒｈｏｌｏ－ＧＡＰＤＨ高分辩率三维结构显示复杂的氢键结构,对各种类型氢键的分布和几何性质进行了统计分析。这个寡聚蛋白氢键的特性总体上与单体蛋白类似。几乎所有位于亚基间界面的极性侧链都能形成氢键,并满足能量上有利的几何学要求     

大肠杆菌中一种对NF-IL63′UTR专一的结合蛋白

在大肠杆菌ＴＧ１ 中, 发现了一种与人白介素６ 核转录因子ｍＲＮＡ 的３′非翻译区专一结合的蛋白, 其Ｎ端氨基酸序列为ＡｌａＴｈｒＡｒｇＩｌｅＧｌｕＰｈｅＨｉｓＧｌｙＣｙｓｓ（ ？）Ｇｌｙ。对数据库检索未发现完全同源的蛋白。对于在大肠杆菌中发现真核ｍ ＲＮＡ专一结合蛋白的意义做了讨论。     

双链杂交分子“胰岛素－类胰岛素生长因子－I

以去Ｂ链Ｃ端八肽胰岛素（ＤＯＩ）和化学合成的ＩＧＦ－Ｉ的２２～２９（８肽）及２２－３２（１１肽）为底物,用酶促半合成方法制备了杂交分子“胰岛素－类胰岛素生长因子－Ｉ,Ｉｎｓ／ＩＧＦ－Ｉ（８）和Ｉｎｓ／ＩＧＦ－Ｉ（１１）。研究了它们的胰岛素生物活性,结果表明,猪胰岛素Ｂ链Ｃ端Ｂ２７的Ｔｈｒ被Ａｓｎ取代,Ｂ３０的Ａｌａ被Ｔｈｒ取代同时Ｂ２５～Ｂ２６及Ｂ２８－Ｂ２ｋ９氨基酸顺序颠倒以及在Ｂ链Ｃ末端延长３肽（Ｇｌｙ－Ｔｙｒ－Ｇｌｙ）都不影响胰岛素的生物活力。     

α-淀粉酶抑制剂AAI的核磁共振氢谱谱峰归属及结构分析

α－淀粉酶抑制剂ＡＡＩ（α－Ａｍｙｌａｓｅ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）是从墨西哥苋属植物Ａｍａｒａｎｔｈｕｓ ｈｙｐｏｃｈｏｎｄｒｉａｃｕｓ种子中提取的由３２个氨基酸残基组成的多肽。它能强烈地抑制几种昆虫幼虫的α－淀粉酶活性,而不抑制人及哺乳类动物的α－淀粉酶活性。使用核磁共振方法收集了ＡＡＩ的二维氢谱谱图,完成了全部主链和绝大部分侧链质子共振峰的序列归属,并利用Ｘ－ＰＬＯＲ软件计算出ＡＡＩ的三维结构。