刺鲃基于线粒体细胞色素b基因的生物地理学过程

以中华倒刺鲃Spinibarbus sinensis为外类群,研究了不同地理种群刺鲃Spinibarbus calduelli细胞色素b基因序列(1140bp)变异,以探讨其生物地理学过程。结果表明：长江下游水系与珠江水系种群的变异值为1．2％—2．3％,与闽江水系的为2．7％—3．7％,与九龙江水系的为3．1％—4．2％,这些值都远远低于它们与中华倒刺鲃的变异值(13．2％—14．6％)。遗传变异值表明了刺鲃的生物地理学过程,首先是东南沿海的水系同内地的水系发生隔离,然后珠江水系同长江水系隔离,这些变化均发生在第四纪。     

基于cyt b基因的长江中上游大鳞马口鱼遗传多样性及谱系生物地理学过程分析

以线粒体cyt b基因为分子标记,对长江上游干流及汉江等9条支流13个地理种群的大鳞马口鱼Opsari-ichthys macrolepis Yang et Huang进行遗传多样性及种群历史动态分析,并探讨其谱系生物地理学过程.结果显示,414尾大鳞马口鱼样本中共检测到79个单倍型,整体的单倍型多样性(h=0.930...     

大鳍(鱼矞)基于细胞色素b基因序列的遗传变异及生物地理过程

对采集于长江水系、黑龙江水系及海南岛的36尾大鳍(鱼矞)(Acheilognathus macropterus)的细胞色素b基因序列进行了研究分析.发现有须个体和无须个体在分子系统树中处于混合分布状态,各个体相互间遗传变异远小于与外类群(A.chankaensis、A.tokinensis)间差异,统计了其主要形态度量数据,也显示各主要性状数据无显著差异,结果均支持有须个体和无须个体(曾经被鉴定为A.taenianalis)为同一物种,A.taenianalis为A.macropterus的同物异名.序列分析显示,36个个体明显聚合成5个大的分支,其中clade1分支全部由黑龙江水系类群组成,clade5分支由海南岛的1个个体组成,长江水系的所有个体分散在clade2、clade3、clade4这三个分支中,显示出一定的地理相关性.在clade2、3、4中,clade2包括了长江上游的5个个体和长江中游的2个个体,同时还包括了黑龙江的2个个体;clade3包括了中游的2个个体;clade4包括了中游的12个个体,三个分支间又存在明显的遗传变异率(均＞5%),从21个个体在三个分支中的分布情况来看,三者间这种较大的遗传变异率不能由地理隔离解释,故推测,造成同一水系的A.macropterus间出现较明显遗传分化的原因可能与其特殊的性选择生殖方式有关,该生殖方式限制了不同生殖集群间同种鱼类的基因交流.基于系统分支图,计算了各分支间的遗传距离,由结果推测大鳍(鱼矞)的生物地理过程为:海南岛水系类群同大陆类群较早产生隔离,黑龙江水系类群由长江水系类群在晚近时期向北扩散形成.     

基于线粒体细胞色素b基因分析海南岛褐家鼠种群遗传多样性

褐家鼠(Rattus norvegicus)是海南岛的主要害鼠之一,海南岛是我国南方海上的重要交通口岸,但关于海南岛褐家鼠的种群遗传多样性以及和邻近地区褐家鼠种群间的基因交流情况还缺乏了解。本研究测序分析了来自海南岛、广东、越南等地91只褐家鼠的细胞色素b基因,分析了不同种群中的Cyt b单倍型,种群间的遗传分化程度(F_(st)),构建了全世界60个褐家鼠的Cyt b单倍型之间的系统进化关系。结果发现,海南岛琼中/澄迈和崖城的褐家鼠种群没有共享的Cyt b单倍型,种群间出现了明显的遗传分化(F_(st)=0.453),但这两个群体分别与广东和菲律宾/越南的褐家鼠分享共同的单倍型,表明海南岛褐家鼠与广东和菲律宾/越南褐家鼠近代存在着基因交流。系统进化分析结果表明,多数海南岛和广东褐家鼠的Cyt b单倍型来自共同的单倍型组CⅢ和CⅦ,说明海南岛和广东省的褐家鼠可能由一个或多个共同的祖先种群扩散而来。由于褐家鼠喜欢与人伴生,褐家鼠很可能随着黎族人在新石器时代中期(大约3 000年前)或更早以前,从广西、广东沿海地区迁移至海南。     

大鳍鱊基于细胞色素b基因序列的遗传变异及生物地理过程

对采集于长江水系、黑龙江水系及海南岛的36尾大鳍(Acheilognathus macropterus)的细胞色素b基因序列进行了研究分析。发现有须个体和无须个体在分子系统树中处于混合分布状态,各个体相互间遗传变异远小于与外类群(A.chankaensis、A.tokinensis)间差异,统计了其主要形态度量数据,也显示各主要性状数据无显著差异,结果均支持有须个体和无须个体(曾经被鉴定为A.taenianalis)为同一物种,A.taenianalis为A.macropterus的同物异名。序列分析显示,36个个体明显聚合成5个大的分支,其中clade1分支全部由黑龙江水系类群组成,clade5分支由海南岛的1个个体组成,长江水系的所有个体分散在clade2、clade3、clade4这三个分支中,显示出一定的地理相关性。在clade2、3、4中,clade2包括了长江上游的5个个体和长江中游的2个个体,同时还包括了黑龙江的2个个体;clade3包括了中游的2个个体;clade4包括了中游的12个个体,三个分支间又存在明显的遗传变异率(均>5%),从21个个体在三个分支中的分布情况来看,三者间这种较大的遗传变异率不能由地理隔离解释,故推测,造成同一水系的A.macropterus间出现较明显遗传分化的原因可能与其特殊的性选择生殖方式有关,该生殖方式限制了不同生殖集群间同种鱼类的基因交流。基于系统分支图,计算了各分支间的遗传距离,由结果推测大鳍的生物地理过程为:海南岛水系类群同大陆类群较早产生隔离,黑龙江水系类群由长江水系类群在晚近时期向北扩散形成。       

剑尾鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析

目的　克隆和测定剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)线粒体细胞色素b基因 (cytb)的全序列。方法　提取剑尾鱼肝脏的总DNA。设计合成特异引物进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem中的T载体上 ,筛选转化子 ,提取质粒 ,酶切鉴定。挑取重组质粒pGEM T xhcytb 11进行序列测定。结果　获得了剑尾鱼线粒体cytb基因的全序列 ,共 114 0bp。结论　用BLAST与GenBank中的线粒体DNA序列进行比较 ,显示剑尾鱼与其他鱼类的cytb基因具有较高的同源性 ;根据剑尾鱼与其他 13种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树 ,与传统的分类地位基本吻合     

基于线粒体细胞色素b基因的中国大沙鼠系统地理格局

通过内蒙、新疆、甘肃的41个大沙鼠样品和1个伊朗撒拉克大沙鼠的mtDNA Cytb基因全序列的遗传分析,对我国大沙鼠(Rhombomys opimus)的分子系统地理学进行了初步探讨。结果表明,我国41个大沙鼠样品的Cytb基因包含了50个核苷酸变异位点(占全序列的4.39%),其中转换48个,颠换2个,共定义23个单倍型。在四个地理种群中,内蒙古中部半荒漠区和阿拉善荒漠区的单倍型多样性最高,甘新荒漠区的单倍型多样性最低;北疆荒漠区的核苷酸多样性最高,内蒙古中部半荒漠区的核苷酸多样性最低。分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占51.68%,种群内的遗传变异占48.32%。FST统计结果表明,除内蒙古中部半荒漠区与阿拉善荒漠区地理种群之间差异显著外(P<0.05),其它地理种群间的差异均极显著(P<0.01)。基于单倍型的系统树显示,42只大沙鼠形成三支。其中,伊朗撒拉克地区大沙鼠和中国地区大沙鼠之间的亲缘关系比中国两支大沙鼠之间的亲缘关系远;分析表明,中国分布的大沙鼠两支之间分歧时间估计在0.093Ma前。嵌套支分析表明,大沙鼠历史种群曾发生过异域片段化、受阻碍基因流和持续种群扩张事件。种群扩张分析提示大沙鼠在0.0119Ma前曾经历过一次种群扩张事件,种群可能受到末次冰期波动的影响。     

安徽麝线粒体DNA细胞色素b基因全长序列分析

自80年代安徽麝[Moschus (moschiferus/berezovskii)anhuiensis]被发现以来,其分类地位一直众说纷纭。在本研究中,我们对安徽麝模式皮张标本进行了线粒体DNA细胞色素b基因全长序列分析。研究结果表明,安徽麝同麝属中其他种的遗传分化已经相当明显.分子系统学的分析表明,安徽麝是一个单系群,它同麝属其他种的DNA序列差异已达到种间分化的程度。因此,线粒体DNA序列的证据支持将安徽麝列为麝属中一有效种（Moschus anhuiensis),而不是前人认为的原麝或林麝的亚种。     

基于线粒体Cyt b基因(开鸟)亚科部分鸟类的系统进化与黑(开鸟)的分类地位初探

鉴于黑的分类归属一直未能有定论 ,本文中通过分析线粒体细胞色素b基因的序列 ,并重建亚科的系统发生 ,在此基础上探讨黑的分类归属。在重建的系统树中 ,亚科物种之间表现为平行枝的关系 ;亚科物种间的序列分歧在属内与两个属间之间变化不明显 ,提示亚科的物种可能是来自于一个快速辐射演化事件的群体。对细胞色素b基因的序列分析结果以及重建的分子系统进化树提示 ,将黑独立为Dupetor属是不适合的 ,因而我们支持Bock的观点 ,将黑置于苇属之内。     

长爪沙鼠线粒体细胞色素b 基因的遗传变异及地理分化

本文基于6 个种群52 个个体的线粒体细胞色素b (Cyt b)基因全序列的遗传变异分析,探讨了我国长爪沙鼠种群的遗传结构和种群历史。在1140 bp Cyt b基因的碱基序列中,共发现了74个变异位点,其中转换和颠换位点分别为65和9个,共定义了37个单倍型。种群差异分析表明包头种群与其他种群之间都存在着显著的遗传差异,而其他种群间遗传差异则不显著。52 个个体在系统发生树中明显聚为两支(Clade A 和Clade B),其中Clade B 仅含有贺兰山东部种群中的3 种单倍型,而其余的单倍型分布于Clade A 中。来自Clade A 的49个个体的歧点分布分析结果呈单峰状,提示长爪沙鼠种群可能在历史上经历了种群增长和扩张事件,这一结果同时也得到了Tajima 检验结果(D=-1.86,P<0.05)和Fu 检验结果(Fs=-21.89,P <0.05) 的支持。通过种群扩张系数(τ)和分子钟的推算提示该种群扩张事件大约发生于11 万年前。我们的研究结果表明,长爪沙鼠在第四纪冰期中形成了明显的隔离分化,而贺兰山东部可能作为冰期避难所,包含于所有的谱系分支中,在末次间冰期种群进行了强烈的扩张,从而形成当今的分布格局。     

蜂猴线粒体细胞色素b基因变异特点及系统发育分析

测定了蜂猴属（Nycticebus)1个蜂猴（N.coucang)和2个矮蜂猴（N,pygmaseus)个体的线粒体细胞色素b(cyt-b)基因全序列,比较现有的司猴科其他种序列,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,以指猴为外群重建了系统发育树,结果表明,在所研究的个体中,2个蜂猴物种碱基组成具有哺乳动物的共同特点,它们之间转换比（特别是密码子第3位）是颠换比的6倍多,大于其他种间比较;低的Ka/Ks值（＜0．1）,说明懒猴科cyt-b基因的异义突位点受到强的选择压力作用。由cyt-b基因构建的系统发育树符合懒猴科化石记录和形态学分类观点,根据化石记录和与分化时间有一定线性关系的第3位颠换和同义突变速率,估算蜂猴与倭蜂猴种间,蜂猴与蜂属间可能的分化时间分别为300和600万年。     

基于线粒体Cyt b基因鸦亚科部分鸟类的系统进化与黑鸦的分类地位初探

鉴于黑鹏的分类归属一直未能有定论,本文中通过分析线粒体细胞色素b基因的序列,并重建鹏亚科的系统发生,在此基础上探讨黑鹏的分类归属。在重建的系统树中,鹏亚科物种之间表现为平行枝的关系;鹏亚科物种间的序列分歧在属内与两个属间之间变化不明显,提示鹏亚科的物种可能是来自于一个快速辐射演化事件的群体。对细胞色素b基因的序列分析结果以及重建的分子系统进化树提示,将黑鹏独立为Dupetor属是不适合的,因而我们支持Bock的观点,将黑鹏置于苇鹏属之内。     

中国黑斑蛙种群的线粒体DNA多样性和生物地理演化过程的初探

本文通过对黑斑蛙 8个地方种群 2 5 7个标本的线粒体基因组Cytb基因片段的序列分析 ,探讨了其种群遗传多样性的现代分布格局及其生物地理演化过程。对所检测出的 79个单倍型的分析表明 :黑斑蛙在我国分布区内中部地区的种群遗传多样性高于南北边缘种群。种群间基因流同地理隔离距离呈显著负相关 ,种群遗传分化符合距离隔离或脚踏石模型。线粒体单倍型以广西和四川种群的个体的遗传分化为最深 ,反映出西部山区的屏障隔离效应。单倍型歧点分布分析表明 ,约 10 3- 2 2 6万年前 ,即在末次间冰期 ,黑斑蛙在其分布范围内经历过一次大规模的种群扩张事件。单倍型的分布格局和共享情况显示黑斑蛙种群在冰期后的重新扩张过程主要表现为由南往北的递进式扩散形式。第四纪冰期气候的反复波动导致了黑斑蛙适宜生境在纬度方向上的平移 ,进而导致黑斑蛙种群随生境变化而进行扩张或收缩 ,使黑斑蛙种群的遗传多样性能始终保持在分布区中间高而南北两端低 ,并形成了现代的分布格局     

蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育

对中国产蝮亚科（Crotaline)亚洲蝮属（Gloydius)6种蛇（其中短属蝮取自两个不同地区）[短尾蝮Gloydius brevicaudus (Stejneger).黑眉蝮Gloydius saxatilis(Emelianov),蛇岛蝮Gloydius shedaoensis(Zhao),雪山蝮Gloydius strauchii(Bedriaga),高原蝮Gloydius strauchii monticola monticlal (Werner),乌苏里蝮Gloydius ussurriensis(Emelianov)]与竹叶青属竹叶青蛇Trimeresurus stejnegeri Schmidt共7种蛇8个个体测定了789bp或744bp线粒体细胞色素b基因序列,用MEGA1．02软件分析了其碱基组成及变异情况,以游蛇科链蛇属半棱鳞链蛇Dinodon semicarinatus序列为外群,用PAUP4．0b2软件构建最简约分子系统树,结果显示,竹叶青蛇在全部受试物种中处于原始地位,分布于东北地区的蛇岛蝮,乌苏里蝮,黑眉蝮与浙江与陕西产的短尾蝮所组成的分枝与横断山区的高原蝮,雪山蝮聚集形居的分枝组成姐妹群,支持分布于中国境内的亚洲蝮属蛇种的两个起源及分化地的假说,同时探讨了蝮蛇的分类地位问题。     

翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

测定了翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）的线粒体细胞色素b基因编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列,A/T所占比例为53.4％,G C约占46.6％。该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡,第2位核苷酸中T的使用率较高,G的使用率较低;而密码子第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7％;在氨基酸序列中Leu所占比例16.36％,远高于其它氨基酸;而Cys使用比例仅为0.79％。本研究为鳜类的系统发育,资源保护和利用提供了核苷酸序列方面的资料,至于翘嘴鳜线粒体细胞色素b基本序列中密码子不同位置碱基使用比率以及氨基酸组成是翘嘴鳜特有还是鳜类共有特征,尚有待进一步研究。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的虹雉属鸟类的系统发育关系

通过雉科虹雉属(Lophophorus)、角雉属(Tragopan)、勺鸡属(Pucrasia)和血雉属(Ithaginis)7种鸟类的细胞色素b(cyt b)基因序列比较,构建的虹雉属及其近缘属的分子系统树表明：①3种虹雉构成一个单系群(monophyletic group),虹雉属与角雉属、勺鸡属构成一个单系群;②虹雉属内分为白尾梢虹雉,以及棕尾虹雉和绿尾虹雉两个演化枝。综合分子系统学、地理分布格局和形态学的证据,推测虹雉属鸟类起源于中国的横断山脉,其中繁衍生活在原地的一枝演化为白尾梢虹雉;另一枝则分别进入喜马拉雅山区(西)和中国西南部(东),向西的演化为棕尾虹雉,向东的则为绿尾虹雉。     

从线粒体细胞色素b基因探讨矮岩羊物种地位的有效性

用采自四川省的岩羊和矮岩羊共18个头骨或皮张标本，分析了线粒体Cyt6基因1140bp的全序列(其中一个样品只测到802bp的基因片段)。用NJ、MP、ML等系统发育分析法分别重建的系统发育树的拓扑结构完全一致，均不支持矮岩羊是单系群。结果提示：所研究的全部样品都属于同一个物种，即岩羊P．nayaur，不支持矮岩羊的物种地位。根据基于17个样品Cyt6基因全序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布，这些岩羊样品聚为5支，根据地理区划和本文分析结果，四川的岩羊可分为摩天岭、川西、川西北、川西南和川北5个种群。基于17个样品Cyt6基因1137bp的编码区，共定义了岩羊的16种单元型，在5个种群间未发现共享的单元型。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的雀形目18种鸟系统发育关系

采用线粒体细胞色素b(cytochrome b)基因,利用DNA测序的方法研究了雀形目18种鸟类的分子系统发育关系。通过序列分析比对,运用邻接法和最大似然法构建了雀形目18种鸟类的系统发育树,结果表明,燕雀类和类的分歧程度达到了科级水平,建议分别独立成科;长尾山雀可从山雀科中分离出来,单列成科;柳莺归入柳莺亚科(Phylloscopinae),树莺归入大苇莺亚科(Acrocephalinae)。Cytb基因的各主要分支中存在着相对恒定的分子钟,根据鸟类mtDNA的cytb进化速度大约是每百万年1.6%,得到18种鸟的科间分歧时间在10.5百万年左右,科内分歧在9.0百万年左右。     

汩罗江与柳江鳤鱼线粒体细胞色素b基因的遗传变异初探

测定并分析了长江水系汨罗江4尾鳤鱼(Ochetobius elongates)和珠江水系柳江2尾鳤鱼的线粒体细胞色素b基因部分序列981bp,发现6个单倍型,其中19个变异位点,简约信息位点15个;AT含量和GC含量分别为57.6%和42.4%。在基于Kimura双参数模型的邻接树上,汩罗江和柳江鳤鱼各自聚群。汨罗江4尾鳤鱼间的遗传距离为0.001～0.007,柳江2尾鳤鱼间遗传距离为0.001,而2群体间的平均遗传距离为0.015(0.013～0.017),群体间的遗传变异大于群体内的遗传变异,表明汩罗江鳤鱼与柳江鳤鱼出现较明显的遗传分化。由于本研究采集地理群体少,分析的样本小,为更好地揭示长江和珠江水系鳤鱼的遗传变异,上述结论尚需进一步分析更多大样本的地理群体加以验证。