基于GEO和TCGA数据库分析促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4在结直肠癌中表达

目的:通过分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集,寻找差异基因,并在TCGA数据库和GEO数据库进行验证,为结直肠癌的早期诊断寻找标志物。方法:分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集GSE21510、GSE25071、GSE32323。分别分析差异基因,采用文恩图软件查找共同差异基因。进一步在TCGA数据库查找差异基因在结直肠癌中的表达及生存曲线。最后通过GEO数据库GSE24514验证差异基因的表达。结果:GSE21510,包含104例样本,共筛选出251个差异基因,其中上调基因146个,下调基因105个。GSE25071,包含50例样本,共筛选出669个差异基因,其中上调基因312个,下调基因357个。GSE32323,包含10例样本,共筛选出353个差异基因,其中上调基因115个,下调基因238个。在样本中上调基因为促癌基因,下调基因为抑癌基因。经文恩图分析,3个基因集交集共有15个基因,其中上调基因3个,下调基因12个。在TCGA数据库中查找差异基因的表达量和生存曲线,生存曲线选择结肠癌数据集,选取279个样本进行分析。根据差异基因的表达和生存曲线,最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4为结直肠癌的标志物。最后在GSE24514芯片集验证差异基因的表达。结论:通过GEO和TCGA数据库筛选及验证,发现在结直肠癌组织中INHBA基因明显上调,CLCA4、CA4基因明显下调。最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4可作为结直肠癌早期诊断的标志物。     

肝癌微血管浸润相关长链非编码RNA(lncRNA-MVIH)在结直肠癌中的表达

为了探讨长链非编码RNA肝癌微血管浸润相关mRNA(MVIH-lncRNA)在结直肠癌中的表达及其临床意义。本研究采用实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测MVIH-lncRNA在44例结直肠癌组织、44例癌旁组织和13例正常结肠组织中表达。研究结果表明:MVIH-lncRNA在结直肠癌组织中的表达显著高于癌旁组织(p0.001)和正常结肠组织(p0.001),并且MVIH-lncRNA的表达在正常结肠组织、癌旁组织、结直肠癌组织中呈递增趋势(p0.001)。高表达MVIH-lncRNA与淋巴结转移相关,而与年龄、性别、肿瘤大小、肿瘤分化不相关;MVIH-lncRNA表达上调患者生存时间更短(p=0.034),其在结直肠中高表达提示预后不良。本研究的结果表明MVIH-lncRNA在结直肠癌的早期诊断、预后评价中的具有重要的意义,为进一步研究MVIH-lncRNA在结直肠癌的发生发展中的分子机理奠定了研究基础。     

甘油二酯激酶α在结直肠癌中的表达及其与PKC、TNFα的相关性

目的探讨甘油二酯激酶α(DGKα)在结直肠癌中的表达及其与蛋白激酶C(PKC)、肿瘤坏死因子α(TNFα)表达的相关性。方法应用免疫组化方法检测DGKα、PKC和TNFα在48例结直肠癌、癌旁正常组织和9例腺瘤性息肉中的表达。结果 DGKα在结直肠癌组织和癌旁正常组织有表达,结直肠癌组织中DGKα阳性表达率(79.2%)显著高于腺瘤性息肉(阴性)和癌旁正常组织(33.3%,P0.05);PKC主要分布在结直肠癌和癌旁正常组织中,结直肠癌组织中PKC阳性表达率(35.4%)显著高于腺瘤性息肉(阴性),与癌旁正常组织(20.8%)相比无显著性差异(P0.05);TNFα在三种组织中均表达阳性,结直肠癌组织中TNFα阳性表达率(95.8%)显著高于腺瘤性息肉(55.6%,P0.05),与癌旁正常组织(87.5%)相比无显著性差异(P0.05);结直肠癌组织中,DGKα与PKC的表达呈负相关(r=-0.437,P0.05),与TNFα的表达没有相关性(r=0.185,P0.05)。结论DGKα在结直肠癌组织中的表达高于腺瘤性息肉,DGKα可能抑制了PKC的活性,但对TNFα没有明显的抑制作用,在临床病理鉴别诊断中有辅助价值。     

miR-190的表达下调有利于抑制结直肠癌

研究miR-190在结直肠癌(colorectal cancer,CC)患者中的表达和作用机制。采用Real-time PCR和探针原位杂交的方法检测miR-190在结直肠癌患者的癌组织和癌旁正常组织中的表达量变化。利用Targetscan数据库,寻找潜在的miR-190靶基因,并采用双荧光素酶报告基因验证。结果发现,相比于癌旁正常组织,miR-190在结直肠癌患者的癌组织中表达量显著下降(p0.000 1)。通过Targetscan数据库找到miR-190可作用于细胞因子IGF-1,双荧光素酶报告基因实验也证实了miR-190可以作用于IGF-1的3'UTR区域,从而抑制IGF-1的表达。在结直肠癌的发病过程中,miR-190表达量下降,导致IGF-1含量上升,进而促进了结肠癌的发展,miR-190具有抑癌作用。     

AEBP1在结直肠癌中的表达及其意义

目的:研究脂肪细胞增强结合蛋白1(AEBP1)在结直肠癌组织中的表达情况,以探索其临床意义。方法:运用免疫组织化学和实时定量PCR技术,对AEBP1在结直肠癌中的表达情况进行检测,并分析其表达量与患者临床病理特征的关系。结果:AEBP1在结直肠正常组织、腺瘤和癌组织中的免疫评分有明显差异(P0.05),而且AEBP1的阳性表达与肿瘤的分期和浸润深度明显相关。基因水平AEBP1的表达在肿瘤组织中明显高于正常组织。结论:AEBP1在结直肠癌组织中存在异常表达,并且可能是结直肠癌早期诊断和浸润深度的肿瘤标志物。     

HCMV感染及C-Jun表达与结直肠腺癌相关性研究

目的:探讨人巨细胞病毒(humancytomegalovirus,HCMV)感染在结直肠癌发生、发展过程中的作用及其可能的作用机制.方法:选择84例结直肠腺癌患者的腺癌组织及自身癌旁正常组织,应用RT-PCR技术检测组织中即刻早期基因2(immediate-early gene2,IE2)mRNA的阳性率来反映HCMV的感染情况,免疫组化技术检测凋亡相关基因C-Jun的表达情况.结果:HCMV IE2基因在结直肠腺癌组织中的阳性率高于癌旁组织(P＜0.01);C-Jun基因在结直肠腺癌组织中表达的阳性率高于癌旁组织(P＜0.01);HCMV感染与C-Jun基因在结直肠腺癌组织内的表达存在关联性.结论:HCMV感染在结直肠癌的发生、发展中具有一定作用,其作用机制可能与C-Jun基因的表达有关.     

ATAD3A在结直肠癌组织中的表达及其对细胞生长的影响

目的:探讨三磷酸腺苷酶家族蛋白3A(ATAD3A)在结直肠癌组织中的表达情况,并验证其对结直肠癌细胞RKO和HCT116生长的影响。方法:收集结直肠癌患者配对癌与癌旁组织115例,通过免疫组化方式验证ATAD3A在结直肠癌组织与癌旁的表达差异。采用慢病毒转染和si-RNA干涉的方式构建ATAD3A过表达和敲低肠癌细胞系,并采用MTS,流式检测细胞周期和细胞凋亡等方法验证ATAD3A对结直肠癌细胞系RKO和HCT116的影响。结果:ATAD3A在结直肠癌组织中表达较癌旁组织显著升高(P0.001)。在结直肠癌细胞系RKO和HCT116中过表达ATAD3A后,细胞增殖能力明显增强,处于S期的细胞比例明显增加,而且细胞凋亡数量明显减少。反之,在上述肠癌细胞中干涉ATAD3A后,细胞增殖能力减弱,细胞大部分停滞于G1期,而且凋亡细胞数量明显增多。结论:ATAD3A在结直肠癌组织中表达升高,且ATAD3A通过促进细胞增殖、细胞周期进程和抑制细胞凋亡等方式促进肠癌细胞的生长。     

抑癌基因MTUS1在结直肠癌的表达与其淋巴结转移呈负相关

微管相关肿瘤抑制基因1(MTUS1)是一个新的肿瘤抑制基因,编码血管紧张素II AT受体结合蛋白（ATIPs）. MTUS1基因表达下调可促进肿瘤细胞增殖,但MTUS1基因表达在结直肠癌转移中的作用尚不知晓.本文以接受根治性手术、经病理检查证实的50例结直肠癌患者新鲜癌组织、癌旁组织和远癌组织为材料,探索MTUS1基因表达与结直肠癌淋巴结转移的关系. 荧光定量PCR及蛋白质免疫印迹揭示,有淋巴结转移的结直肠癌患者的癌及癌旁组织MTUS1 基因表达的mRNA及蛋白质水平明显低于无淋巴结转移的患者. MTUS1 蛋白质在淋巴结转移的结直肠癌患者的癌及癌旁组织表达下调,并进一步得到免疫组织化学的验证.实验结果提示,MTUS1的表达量与肿瘤的侵润深度有明显的负相关性.结合临床资料,推断抑癌基因MTUS1在肿瘤的发生、发展及淋巴转移中发挥重要作用.     

miR-195-5p在结直肠癌和肺癌细胞中的功能差异性研究

目的:分析miR-195-5p在结直肠癌和肺癌组织及相应肿瘤细胞中的表达差异和功能差异。方法:通过starBase数据库调取癌症基因组图谱(TCGA)中miR-195-5p表达数据,分析其在结直肠癌和肺癌组织中的表达差异;采用人结直肠癌细胞系SW620、小鼠结直肠癌细胞系MC38、人肺癌细胞系A549和小鼠肺癌细胞系344SQ进一步分析miR-195-5p在不同肿瘤细胞中的表达差异;采用CCK-8法检测miR-195-5p过表达对SW620和A549细胞增殖的影响;采用Transwell实验检测mi R-195-5p过表达对SW620和A549细胞侵袭与迁移能力的调控差异。结果:生物信息学分析结果显示miR-195-5p在结直肠癌组织中显著高表达,而在肺癌组织中的表达量却低于正常对照;与组织表达结果类似,结直肠癌细胞中miR-195-5p的表达量显著高于肺癌细胞;过表达miR-195-5p抑制人肺癌细胞A549的增殖、迁移与侵袭,而在人结直肠癌细胞SW620中结果却截然相反。结论:miR-195在不同类型的肿瘤中表达不同,功能也存在差异,不能简单地概括为一种抑癌因子或致癌因子,miR-195在肿瘤中的作用仍有待进一步研究。     

THAP8基因可被HIF-1a上调并促进肺癌细胞活力、克隆形成和侵袭

死亡相关蛋白(Thanatos-associated proteins,THAP)家族的许多成员已被证实与细胞增殖、凋亡和癌症密切相关,而THAP8的功能尚不清楚.为了探究THAP8在癌症中的表达,对TCGA和Oncomine数据库进行了分析,发现THAP8 mRNA在肺癌组织的表达显著高于癌旁正常组织;接着采用荧光定...     

β-catenin和E-cadherin在结直肠癌中的表达及其临床意义

目的探讨β连环蛋白(β-catenin)和E-钙粘蛋白(E-cadherin)在结直肠癌组织中的表达及其临床意义。方法应用免疫组织化学染色技术(Elivision)检测β-catenin和E-cadherin蛋白在这60例结直肠癌及癌旁正常黏膜中的表达情况及其与临床病理特征的关系。结果 60例结直肠癌组织中,β-catenin、E-cadherin蛋白的异常表达率分别为75.00%、58.33%,显著高于癌旁正常结直肠黏膜组织1.67%、6.67%(P<0.01)。β-catenin与E-cadherin蛋白的异常表达呈正相关(r=0.683,P<0.01)。β-catenin和E-cadherin蛋白异常表达均与肿瘤的分化程度、淋巴结转移和Dukes分期有关(P<0.05)。此外,E-cadherin蛋白表达还与肿瘤的组织学类型有关(P<0.05)。结论β-catenin和E-cadherin在结直肠癌中均有异常表达,E-cadherin可通过对β-catenin的调节,间接地影响Wnt信号通路传导。两者联合检测可能为结直肠癌的预防、早期诊断、新靶点治疗提供新思路和分子依据。     

CXC趋化因子配体8促进结直肠癌微环境中M2型巨噬细胞趋化及浸润

CXC趋化因子配体8(CXC chemokine ligand 8,CXCL8)在结直肠癌等多种肿瘤中高表达,并促进肿瘤恶性进展。研究发现,结直肠癌微环境中有大量M2型巨噬细胞浸润,但CXCL8是否影响M2型巨噬细胞的浸润及其潜在机制尚未可知。本文旨在探讨CXCL8对结直肠癌中M2型巨噬细胞浸润及趋化作用的影响。本研究首先分析了TCGA数据库结直肠癌样本中CXCL8表达水平及免疫细胞浸润情况,并在临床组织中进行验证。随后Western 印迹及qRT-PCR检测5种结直肠癌细胞株CXCL8的表达情况。佛波酯(PMA)及IL-4诱导THP-1至M2型巨噬细胞后,与HCT116、SW480细胞及过表达CXCL8的HCT116(CXCL8/HCT116)、SW480(CXCL8/SW480)共培养,检测M2型巨噬细胞趋化情况。白细胞介素1β(IL-1β)处理HCT116、SW480细胞,检测CXCL8表达情况,与M2型巨噬细胞共培养,分析趋化结果。结果显示,患者癌组织CXCL8表达高于癌旁组织,CXCL8高表达癌组织中存在更多M2型巨噬细胞浸润;IL-1β作用于HCT116或SW480后,CXCL8的mRNA及蛋白质表达水平升高(P<0.05)。Transwell实验证实,CXCL8趋化M2型巨噬细胞(P<0.05)。综上所述,结直肠癌细胞中CXCL8可由IL-1β诱导产生,CXCL8表达增加能够促进M2型巨噬细胞的趋化,结直肠癌微环境中M2型巨噬细胞大量浸润可能与CXCL8表达升高有关。     

人白细胞抗原G在结直肠癌中的表达及意义

目的：在蛋白水平检测人白细胞抗原G（HLA-G）在结直肠癌组织中的表达,探讨HLA-G分子在结直肠癌不同分级和不同分期中的表达差异及在肿瘤逃逸中作用。方法：用免疫组织化学法检测结直肠癌和癌旁正常结直肠组织HLA-G的表达情况,用SPSS13.0软件、Kruskal-Wallis test进行分析。结果：HLA-G分子在结直肠癌组织中的表达率为42.3%（41/97）,在癌旁正常结直肠组织的表达率为0（0/20）;HLA-G分子表达与结直肠癌临床TNM分期（P〈0.05）和组织学分级（P〈0.01）相关。结论：HLA-G分子在结直肠癌组织中表达上调,且与结直肠癌的侵袭性生长密切相关;HLA-G分子可能下调宿主对肿瘤细胞的免疫应答反应,使肿瘤细胞逃避机体的免疫监视。     

氨肽酶N在结直肠癌中的表达及其临床意义

目的:检测结直肠癌中氨肽酶N(APN)的表达,并通过分析其与血管内皮生长因子(VEGF)和碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)的关系,探讨APN在结直肠癌发生、发展过程中的作用及其临床意义。方法:应用免疫组织化学技术,检测40例结直肠癌组织及40例癌旁正常直肠组织中APN、VEGF和bFGF的表达,并结合临床病例特征进行分析。结果:40例结肠癌组织中APN的阳性率达52.5%(21/40),15例转移淋巴组织中达66.67%(10/15),在结直肠癌组织和转移淋巴结组织中的阳性表达率均明显高于癌旁正常直肠组织,差异有统计学意义(P0.05)。APN、VEGF与bFGF在结直肠癌中的阳性表达均与患者的性别、年龄、肿瘤大小、肿瘤位置、分化程度无关(P0.05),而与肿瘤的分期和有无转移显著相关(P0.05)。结直肠癌组织中APN与VEGF、bFGF的表达间均呈显著正相关性(P0.05)。结论:APN在结直肠癌组织中呈高表达,与VEGF、bFGF可能具有协同作用,共同参与调节结直肠癌的发展,对于评估结直肠癌的生物学行为和预测患者的预后可能具有重要价值。     

GJA1在结直肠癌组织中表达及促进侵袭转移的研究

摘要 目的：间隙连接Alpha-1蛋白（Gap Junction Alpha-1,GJA1）是间隙连接中分布最广泛的蛋白,并在多种肿瘤中起促癌作用,但其在结直肠癌发生、发展的作用研究甚少。本实验旨在探究GJA1在结直肠癌组织中的表达情况及其对结直肠癌细胞系侵袭、转移能力的影响,以期为结直肠癌的诊断和预后寻找新的生物标志物。方法：收集92对结直肠癌及其癌旁组织样本,提取组织RNA,利用qRT-PCR检测GJA1相对表达量,并分析GJA1表达与临床病理特征及预后的相关性。在HCT116和HCT8两种结直肠癌细胞系中分别构建GJA1过表达载体和敲减载体,利用qRT-PCR和、Western Blot检测上皮间充质转化（epithelial-mesenchymal transition, EMT）相关蛋白E-Cadherin、N-Cadherin、Vimentin和Snail的表达变化,利用Wound healing和Transwell实验观察其迁移、侵袭能力的变化。结果：相对于癌旁组织,GJA1在结直肠癌组织中显著低表达。并且结直肠癌中低表达的GJA1与肿瘤分化程度、浸润深度、淋巴血管转移相关,低表达GJA1结直肠癌患者显示更差的总体生存率和更低的无病生存率。此外,过表达GJA1后,结直肠癌细胞E-cadherin的表达升高,N-cadherin、Vimentin和Snail的表达降低,划痕愈合减慢,Transwell转移细胞减少;而敲减GJA1后,结直肠癌细胞E-Cadherin的表达降低,N-Cadherin、Vimentin和Snail的表达升高,划痕愈合加快,Transwell转移细胞增多。结论：GJA1在结直肠癌中低表达,其表达降低可通过EMT促进结直肠癌的侵袭、转移并影响病人预后。     

RCN2和PEAK1在结直肠癌中的表达与临床病理特征及预后的关系

目的:检测网织钙结合蛋白2(RCN2)和伪足富集的非典型激酶1(PEAK1)蛋白在结直肠癌组织中的表达情况,分析RCN2和PEAK1表达与患者临床病理特征和预后的关系。方法:免疫组织化学法检测90例结直肠癌组织及其癌旁正常组织中RCN2和PEAK1蛋白表达情况,分析结直肠癌组织RCN2和PEAK1表达与患者临床病理特征的关系,Kaplan-Meier生存曲线分析RCN2和PEAK1表达对患者预后的影响,Spearman等级相关检验结直肠癌组织RCN2和PEAK1表达的相关性。结果:RCN2和PEAK1蛋白在结直肠癌组织中的阳性表达率均明显高于癌旁正常组织(P0.05)。结直肠癌组织RCN2表达与肿瘤直径、浸润深度和TNM分期均有关(P0.05),PEAK1表达与肿瘤浸润深度、淋巴结转移和TNM分期均有关(P0.05)。Log Rank检验结果显示,RCN2阳性表达组和PEAK1阳性表达组患者的术后5年总生存率均分别低于RCN2阴性表达组和PEAK1阴性表达组患者(P0.05)。结直肠癌组织RCN2和PEAK1表达呈正相关性(r=0.586,P=0.000)。结论:RCN2和PEAK1蛋白在结直肠癌组织中呈高表达,且均与肿瘤恶性进展和不良预后关系密切。RCN2和PEAK1可作为结直肠癌治疗靶标的候选分子。     

唾液酸免疫球蛋白型凝集素-15促进结直肠癌细胞增殖和迁移并抑制肿瘤组织中CD4+与CD8+T细胞浸润

唾液酸免疫球蛋白型凝集素-15(sialic acid-binding immunoglobulin-type lectin-15,Siglec-15)属于Siglecs家族的一员,是一种新型免疫抑制分子。Siglec-15在多种人类肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞中高表达,但Siglec-15在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中的生物学功能及其对免疫微环境的影响尚不明确。本文旨在分析Siglec-15异常表达对CRC细胞功能及CD4⁺T细胞、CD8⁺T细胞浸润的影响。首先,分析TCGA数据库中结直肠癌与正常组织中Siglec-15 mRNA表达水平,并对52例人CRC与配对癌旁组织进行免疫组织化学染色(IHC),发现Siglec-15在CRC中的表达水平高于癌旁组织(P<0.01)。CCK8和划痕愈合结果显示,敲低Siglec-15能抑制人CRC细胞SW480增殖(P<0.01)和迁移(P<0.05)。磁珠分选小鼠脾的CD8⁺T细胞并与小鼠CRC细胞MC38共培养,发现MC38细胞过表达Siglec-15能抑制CD8⁺T细胞对其的杀伤以及IFN-γ和TNF-α的分泌(P<0.01)。小鼠荷瘤结果表明,过表达Siglec-15可以促进小鼠肿瘤生长(P<0.05)。单样本基因集富集分析、荷瘤小鼠肿瘤组织及人结直肠癌组织IHC分析均表明,Siglec-15高表达时,肿瘤微环境中CD4⁺T细胞、CD8⁺T细胞浸润减少(P<0.05)。综上所述,Siglec-15可能通过促进CRC细胞增殖迁移以及抑制CD4⁺T细胞、CD8⁺T细胞浸润促进结直肠癌进展。本文为探究Siglec-15在CRC中的免疫抑制作用提供了一些新的实验依据。     

MAT2A与NDRG2基因在结直肠癌中表达情况及临床意义的研究

目的 研究MAT2A（甲硫氨酸腺苷转移酶2A）和NDRG2（N-Myc下游调节基因-2）基因在结直肠癌组织中的表达及两者的相关性,为结直肠癌的研究及治疗提供重要参考。方法 选取68例术中切除结直肠癌组织及相应的癌旁组织标本,应用RT-PCR（逆转录‒聚合酶链式反应）和Western blotting（蛋白质印迹法）检测结直肠癌中MAT2A和NDRG2表达水平。结果 结直肠癌中MAT2A和NDRG2 mRNA表达情况：MAT2A阳性表达率（66.2%,45/68）高于癌旁组织（7.4%,5/68）;NDRG2阳性表达率（36.8%,25/68）低于癌旁组织（91.2%,62/68）;两者的表达与患者年龄、性别、肿瘤生长位置等因素均无关,与癌肿临床分期、分化水平及淋巴结转移密切相关。癌肿组织中MAT2A蛋白表达量相较于癌旁组织明显增多（t=39.1152,P=0.0000）,而癌肿组织中NDRG2蛋白表达量较癌旁组织明显降低（t=46.5103,P=0.0000）;且在结直肠癌组织中两基因的表达可能有相关性（χ2=7.41,P=0.009）。结论 在结直肠癌组织中MAT2A表达增高,NDRG2表达低下,两者与肿瘤的发生发展具有一定相关性,推测可能与DNA甲基化异常有关,但具体机制仍待进一步研究。     

Staufen基因在结直肠癌组织中的表达

为研究甲基化差异相关基因Staufen在结直肠癌不同组织中的表达情况,采用RT-PCR和免疫组织化学等方法在结直肠癌病人中检测Staufen基因在腺癌、癌旁粘膜和相应远端切缘正常组织中的表达。研究发现,在mRNA水平上,远端切缘正常组织中Staufen基因的表达水平显著高于癌旁粘膜和腺癌（P<0.05）;从正常组织、癌旁粘膜到腺癌,Staufen基因的表达有降低的趋势;未发现性别、年龄、肿瘤部位（结肠/直肠）、分化程度、淋巴结转移等临床病理因素与Staufen基因的表达有关（P均>0.05）。正常组织与腺癌组织的Staufen蛋白的表达水平显著高于癌旁粘膜（P<0.05）,而正常组织与腺癌组织之间未发现有统计学差别（P>0.05）。结果表明,Staufen基因在癌旁粘膜和肿瘤中有低表达的趋势,该基因可能在结直肠癌的发生、发展中起作用。