核蛋白成分参与胚胎肝细胞AFP基因的活化

利用体外转录分析方法,在大鼠胚胎肝细胞核蛋白中,检测到促进AFP基因转录的蛋白因子,用同样的方法在成年大鼠肝细胞核蛋白中没有检测到促进AFP基因转录的任何成分。DNA结合分析找到了可能为蛋白因子的核蛋白成分,它们的大小分别为89、50、46和36kDa。     

AFP基因细胞专一性的表达依赖于某些核蛋白

Southern blotting分析没有发现成年大鼠肝、胚肝及肝癌细胞AFP基因5′端及上游有任何不同。以AFP基因转录起始点到5′端上游255 bp DNA片段为探针进行Southwestern blotting分析,发现表达AFP基因的细胞核蛋白中存在与其结合的核蛋白,这些在成年大鼠肝、肺、脾、心和肾细胞核蛋白中不存在。含有结合蛋白的肝癌核蛋白部分能使作为RNA聚合酶Ⅱ来源的成年大鼠肝细胞核蛋白部分具备较高的体外转录活性,表明基因细胞专一的表达确与某些结合蛋白有关。     

AFP基因细胞专一性的表达依赖于某些核蛋白

Ｓｏｕｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ分析没有发现成年大鼠肝、胚肝及肝癌细胞ＡＦＰ基因５＇端及上游有任何不同。以ＡＦＰ基因转录起始点到５＇端上游２５５ｂｐＤＮＡ片段为探针进行Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔｔｉｎｇ分析,发现表达ＡＦＰ基因的细胞核蛋白中存在与其结合的核蛋白,这些在成年大鼠肝、肺、脾、心和肾细胞核蛋白中不存在。含有结合蛋白的肝癌核蛋白部分能使作为ＲＮＡ聚合酶Ⅱ来源的成年大鼠肝细胞核蛋白部     

大鼠C3基因TATA区结合核蛋白与其转录活性关系的研究

大鼠Ｃ３基因的转录受雄激素调控且只在大鼠腹侧前列腺中表达。本文报道用凝胶电泳带漂移分析和离体ＤＮａｇｅＩ足迹法分析研究了大鼠Ｃ３基因ＴＡＴＡ区结合核蛋白与其组织专一的和雄激素调控的转录活性间的关系。结果表示：相同的（－５０到－１０）４ｂｐ的ＴＡＴＡ区ＤＮＡ片段在不同组织的细胞核中结合的核蛋白是不同的。通过与一个仅在ＴＡＴＡ区－２９．位核苷酸Ａ变为Ｇ的天然存在的不表达的Ｃ３（２）等位基因上此片段的核蛋白结合能力作比较后提示在Ｃ３基因唯一表达的组织—腹侧前列腺中，结合在此区的核蛋白是－２９位Ａ依赖的，而在所研究的不表达组织—肝和睾丸中则否。而且此类蛋白质还可能具有与雄激素调控此基因表达有关的其他反式作用因子相互作用的结构域．     

两种AFP阳性肝癌细胞专一基因表达调控序列的构建

构建了由人胰蛋白酶抑制基因的增强子和大鼠ａｆｐ基因启动子与沉默子组成的杂合基因表达调控序列;还构建了１．２ｋｂ的由大鼠ａｆｐ基因增强Ⅲ和ｒＰＳ组成的调控序列。将报告基因－氯霉素乙酰转移酶基因置于这些序列控制之下,构建成ＣＡＴ表达载体ＡＴｒＰＳ－ｐＣＡＴ和ｒＡＦＰ－ｐＣＡＴ。     

FOXQ1促进肝癌细胞系SMMC-7721细胞的增殖

Forkhead Box Q1 (FOXQ1)是FOX家族的重要成员之一,在许多肿瘤中异常高表达,而FOXQ1在肝癌中的研究甚少。本研究通过重组慢病毒载体介导的FOXQ1 shRNA感染肝癌SMMC-7721细胞,敲减FOXQ1的表达,研究FOXQ1对SMMC-7721细胞增殖的影响。CCK8法、倍增时间及集落形成实验显示,敲减FOXQ1导致细胞生长减慢,倍增时间延长,细胞集落形成能力减弱。流式细胞技术检测证明,与对照比较,敲减FOXQ1的表达可显著增加G1期细胞、减少S期细胞,提示G1期阻滞。qRT-PCR和Western印迹法显示,cyclinD1和c-Myc表达下调,其可能与G1阻滞有关。上述结果提示,沉默FOXQ1的表达能够抑制SMMC-7721细胞增殖,其机制可能与cyclinD1和c-Myc的下调有关。     

染色质动态调整与基因转录

核小体是真核细胞染色质的基本单位。真核基因组ＤＮＡ在细胞核中储存在染色质结构中。核小体的核心结构是由１４６个碱基对的ＤＮＡ盘绕四对核心组蛋白的八聚体外面近两周所构成。核小体核心组蛋白Ｈ３／Ｈ４两对异源二聚体是核小体亚颗粒的核心,它能稳定地与ＤＮＡ结合。Ｈ２Ａ／Ｈ２Ｂ二聚体是核小体核心中较不稳定的成分。核小体组装是一个干扰ＤＮＡ复制、基因表达和细胞周期进展的过程,因此在细胞生命过程中极为重要。...     

肝癌基因调控网络研究进展

肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是我国常见的恶性肿瘤之一。肝癌基因调控网络(HCC regulatory network,HCC GRN)是研究肝癌分子机制的重要途径之一,其节点包括肝癌相关的分子,如mi RNA、TF等,网络的边由节点间相互作用关系构成。基于不同类型的数据构建的肝癌基因调控网络其类型及特征各有不同。综合近年来肝癌基因调控网络研究发现,由TF与mi RNA构建的肝癌转录调控网络更能揭露肝癌关键基因,反映关键基因在调控网络中的扰动情况。整合基因变异信息与调控网络成为研究肝癌基因调控网络的趋势,但相应的研究几乎是空白的。本文从HCC GRN的数据来源、分类及特征,及各类型调控网络的近年研究情况等方面进行综述,并结合相关研究工作对肝癌基因调控网络研究现状进行分析与讨论,对前景进行展望,为这一领域研究工作提供参考。     

花椒窄吉丁触角转录组及嗅觉相关基因分析

【目的】建立花椒窄吉丁Agrilus zanthoxylumi成虫触角转录组数据库,挖掘嗅觉相关基因,为今后研究其触角的化学感受机制及生物防控提供理论支撑。【方法】采用高通量测序平台Illumina NovaSeq 6000对花椒窄吉丁雌雄成虫触角进行转录组测序,用Trinity软件对获得的高质量reads进行序列拼接与组装;使用BLAST软件将触角转录组数据比对NR, NT, Swiss-Prot, GO, KEGG, BLASTX, eggNOG, Pfam, TmHMM, SignalP, KO, Map, BLASTP和RNAMMER公共数据库;基于初步筛选到的花椒窄吉丁候选气味结合蛋白(odorant binding protein, OBP)和化学感受蛋白(chemosensory protein, CSP)以及其他鞘翅目昆虫的同源蛋白的核苷酸序列,利用MEGA软件进行系统进化分析。运用RPKM (reads per kilobase per million mapped reads)值对嗅觉相关基因表达量进行分析。【结果】花椒窄吉丁雌雄成虫触角转录组测序共获得36 209...     

真核细胞基因转录抑制的分子机理

基因转录水平的调控是个复杂的过程,该方面的研究多集中于转录激活的机制上,但转录抑制也在基因表达中起重要作用．研究发现,核小体可抑制RNA聚合酶、转录因子与基因的结合,阻断转录起始．另外,基因转录抑制因子也可特异性地作用于转录过程．依作用机理,这些因子又可分为被动抑制因子和主动抑制因子两种．前者主要通过与激活因子竞争性结合基因的DNA结合位点或消弱激活因子与DNA结合的能力而减慢转录速率;后者通过与基因阻遏元件结合,直接抑制转录的起始．     

花椒窄吉丁触角转录组及嗅觉相关基因分析

【目的】建立花椒窄吉丁Agrilus zanthoxylumi成虫触角转录组数据库,挖掘嗅觉相关基因,为今后研究其触角的化学感受机制及生物防控提供理论支撑。【方法】采用高通量测序平台IlluminaNovaSeq 6000对花椒窄吉丁雌雄成虫触角进行转录组测序,用Trinity软件对获得的高质量reads进行序列拼接与组装;使用BLAST软件将触角转录组数据比对NR, NT, Swiss-Prot, GO, KEGG, BLASTX,eggNOG, Pfam, TmHMM, SignalP, KO, Map, BLASTP和RNAMMER公共数据库;基于初步筛选到的花椒窄吉丁候选气味结合蛋白(odorant binding protein, OBP)和化学感受蛋白(chemosensory protein, CSP)以及其他鞘翅目昆虫的同源蛋白的核苷酸序列,利用MEGA软件进行系统进化分析。运用RPKM (reads perkilobase per million mapped reads)值对嗅觉相关基因表达量进行分析。【结果】花椒窄吉丁雌雄成虫触角转录组测序共获得36 209条基因和90 982条转录本,其N₅₀分别为2 103和2 523 bp,组装完整性较高。注释到NR数据库的基因最多(41.62%),其中与赤拟谷盗Tribolium castaneum相似基因所占比例最高(19%)。在GO数据库中比对到11 614个基因,按功能分为细胞组分、分子功能与生物学进程三大类57个分支,其中分子功能大类中的结合(70.57%)与催化活性(45.51%)相关基因占比最多;KEGG代谢途径分析表明,7 427条基因参与了5类代谢通路,其中涉及信号转导的基因最多,为815条;筛选到7个候选OBP基因和5个具有全长开放阅读框的CSP基因,其编码蛋白均具有化学感受蛋白家族的典型特征。系统进化分析表明,花椒窄吉丁OBPs和CSPs分别与苹果小吉丁A. mali的OBPs和CSPs氨基酸序列一致性最高。RPKM值表明,嗅觉相关基因AzanOBP1和AzanOBP2在雌成虫触角中不表达,在雄成虫触角中微量表达;AzanOBP3在雄成虫触角中高丰度表达。【结论】首次获得了花椒窄吉丁成虫触角转录组数据,筛选到了花椒窄吉丁OBP, CSP, Or, IR和SNMP等的嗅觉相关基因。推测触角中高丰度表达的OBPs对雄成虫识别同类异性释放的信息素或寄主植物释放的挥发物起关键作用。研究结果可为花椒窄吉丁化学感受基因功能分析及嗅觉感受机制研究奠定分子基础。     

真核细胞中基因的转录调控

叙述了真核细胞三种RNA聚合酶合成的基因的转录调控.由于真核细胞DNA含量非常大,其基因的转录调控具有以下特点：参与的转录因子多;与顺式DNA序列元件结合呈一定顺序.这反映了真核细胞中基因的转录调控是由多个转录因子间的相互作用来实现的．     

AFP、血流变、超敏C反应蛋白检测在早期肝癌诊断价值分析

目的:探讨甲胎蛋白(alphafetoprotein,AFP)、血流变、超敏C反应蛋白(hypersensitive C-reactive protein,hs-CRP)等指标检测对早期肝癌患者的诊断价值.方法:将我院自2016年5月至2019年5月间收治的经手术和病理学检查确诊肝癌患者115例作为A组,109例其他肝...     

水稻蜡质基因5’端上游顺序中的核蛋白结合区

通过ｗｘ基因转录起始点上游２１２０ｂｐ长的ＤＮＡ序列的测定,用不同的限制性内切酶对此片段进行消化,获得１５个大小不同的ＤＮＡ片段并构建成不同的亚克隆。这些片段经３２Ｐ标记后分别做探针同水稻不同组织来源的核蛋白进行凝胶滞后实验和特异的竞争实验,表明ＨｉｎｆＩａ－２、ＨｉｎｆＩｃ－１、ＨｉｎｆＩｃ－２、ＨｉｎｆＩｄ、ＲｓａＩａ和ＲｓａＩｅ（ＲｓａＩａ片段与ＨｉｎｆＩａ、ＨｉｎｆＩｃ片段重叠）片段能与从未成熟的水稻种子中抽提的核蛋白结合。     

心脏基因转录潜能的区域化

心脏基因在心肌中的区域化表达是一个非常普遍的现象,通过转基因动物研究心肌中的转录潜能的区域化已取得了重大的进展.房室转录区域化最早是在线状心管形成时开始出现的.之后,在胚胎心脏的各个部分均可以发现转基因区域化表达.对于转基因在心肌中区域化表达的分子机理的研究,现在主要集中在对转基因调控区域的顺式调控元件和反式调控元件的解析,以及在心肌细胞中对于转录很重要的基因或是已被证明会介导位置信息的基因的表达模式和功能的研究上.     

甲基CpG结合蛋白对基因转录的调控

甲基CpG结合蛋白（MeCPs)有5个成员（MeCP1、MeCP2、ＭBD1、ＭＢＤ３和ＭＢＤ４）,通过特异结合于甲基化ＣpG位点（mCpG)而抑制基因表达,目前研究较清楚的是ＭeCP1、ＭeCP2和ＭＢＤ１。ＭeCP１可与至少１２个对称的mCpG结合,ＭeCP2和ＭＢＤ１均与单一的mCpG位点结合。ＭeCP1和ＭeCP2可干扰非甲基化敏感的转录因子Ｓp1与启动子区的结合,也可与组蛋白脱乙酰酶（ＨＤＡＣ）形成复合物,影响局部组蛋白乙酰化状态,ＨＤＡＣ抑制剂ＴＳＡ可解除ＭＢＤ１对报告基因的抑制,提示ＭＢＤ１对基因的抑制与脱乙酰化有关。     

G-box和G-box结合蛋白在植物基因诱导表达中的转录调控作用

文章就G-box与其它顺式作用元件的组合调控作用,以及G-box结合蛋白通过二聚体化、磷酸化、亚细胞定位等调控方式在植物基因诱导表达中的调控作用作了评述。