ESF Programme on Functional Genomics 1st European Conference: Functional Genomics and Disease 2003

In this report from the 1st European Conference of the European Science Foundation Programme on Functional Genomics, we provide coverage of the high-profile plenary talks and a cross-section of the many presentations in the disease analysis symposia and functional genomics technologies workshops.     

功能基因组学技术在慢性疼痛研究中的应用

慢性疼痛是一个世界性难题,其治疗效果不佳,与其机制不明有很大关系。解决机制问题,探索有效的治疗方法已经成为研究的焦点。伴随着后基因时代的到来,以及分子生物学,生物信息学等多门生物相关学科的发展,RNA干扰技术,反义寡核苷酸技术,基因芯片等这些功能基因组学中常用的实验手段,通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能,为研究慢性疼痛发生机制,发现新的疼痛调节相关基因以及探索疼痛治疗的新途径开辟了更加广阔的空间。     

cDNA微阵列在功能基因组学研究中的应用

cDNA微阵列是当前功能基因组学研究中的一种强有力的工具。由于微阵列能检测全基因组水平上的基因表达,它能帮助人们把研究对象作为一个整体进行研究。这正是以往孤立地研究特定基因的研究方式所不能比拟的。本文简要介绍了cDNA微阵列技术的发展渊源和大致的操作流程,侧重于原理和策略,突出了它与传统方法在思路上的不同之处,同时也分析了它目前的瓶颈和局限。最后,展望了其进一步发展的方向。     

基于功能基因组数据整合方法研究前列腺癌风险基因

目的:利用生物信息学方法,将高通量基因表达数据与单核酸多肽(SNP)基因型数据进行整合分析,研究并注释前列腺癌风险基因。方法:本文基于EST、SAGE、基因芯片三类功能基因组数据整合的方法研究前列腺癌风险基因。首先,通过三类数据寻找前列腺癌中异常表达和差异表达基因。利用全基因组关联分析得到前列腺癌相关基因的SNPs。定位所得到的前例腺癌差异表达基因与SNPs到染色体,获取与SNPs在同一区段的差异表达基因,并通过各种数据库注释所得基因。结果:通过数据整合分析,最终得到前列腺癌风险基因84个,其中20多个基因已被证实与前列腺癌极其相关。结论:整合前列腺癌高通量表达数据与SNP基因型数据,能够快速有效的获得前列腺癌显著相关基因。此方法可以推广于其它癌症的研究。     

水稻的功能基因组学

文章介绍近几年来水稻结构基因纽学、基因表达的大规模分析平台、全基因纽的突变群体库以及基因分离克隆方法上的研究进展。     

植物转座子及其在番茄功能基因组的应用

转座子作为插入突变原或分子标签被广泛应用于基因的分离和克隆,已成为发现新基因和基因功能分析的有效工具。该文综述了植物转座子及其在基因分离中的研究进展,并讨论其在番茄功能基因遗传资源、功能基因组分离等研究中的应用。     

T-DNA插入突变在植物功能基因组学中的应用

T-DNA插入突变在植物功能基因组学研究中发挥着重要作用,广泛应用于大规模植物基因功能分析,是分离新基因、研究基因功能的有效工具。我们简单介绍了T-DNA插入突变的原理,详细论述了3种T-DNA插入突变载体的应用,并综述了利用T-DNA插入突变克隆新基因的方法,同时指出了T-DNA插入突变存在的问题及其发展方向。     

植物功能基因组研究进展

随着植物基因组计划的深入,植物基因组学研究的重点已经转变为基因组功能的研究,即利用基因组序列的信息和高通量的系统分析技术,在基因组水平研究植物结构和组织与植物功能在细胞、有机体和进化上的关系.对功能基因组学研究的内容、方法以及最新研究进展进行了综述.     

基因打靶与RNA干扰技术在丝状真菌基因功能组学研究中的应用

随着丝状真茵模式生物基因组测序工作的进行,其提供的大量未知功能的基因序列,为研究丝状真菌的基因功能开辟了新的方向,并已成为生命科学领域研究的热点.对基因功能研究中最新的两种方法--基因打靶和RNAi技术的原理、技术路线和特点以及应用情况进行综述.     

2003 NIH Protein Structure Initiative Workshop in Protein Production and Crystallization for Structural and Functional Genomics

Journal of Structural and Functional Genomics -     

The Yeast Deletion Collection: A Decade of Functional Genomics

The yeast deletion collections comprise >21,000 mutant strains that carry precise start-to-stop deletions of ∼6000 open reading frames. This collection includes heterozygous and homozygous diploids, and haploids of both MATa and MATα mating types. The yeast deletion collection, or yeast knockout (YKO) set, represents the first and only complete, systematically constructed deletion collection available for any organism. Conceived during the Saccharomyces cerevisiae sequencing project, work on the project began in 1998 and was completed in 2002. The YKO strains have been used in numerous laboratories in >1000 genome-wide screens. This landmark genome project has inspired development of numerous genome-wide technologies in organisms from yeast to man. Notable spinoff technologies include synthetic genetic array and HIPHOP chemogenomics. In this retrospective, we briefly describe the yeast deletion project and some of its most noteworthy biological contributions and the impact that these collections have had on the yeast research community and on genomics in general.