肺鳞状细胞癌发生的早期标志物及肿瘤预测模型

选取癌症基因组图谱数据库的肺鳞状细胞癌(Lung Squamous Cell Carcinoma,LUSC)样本作为数据集,在全基因组的水平上研究肺鳞状细胞癌病人从正常到发病I期基因表达的变化,寻找与LUSC发病密切相关的早期标志物,并建立一种基于早期标志基因的肿瘤预测模型。方法 采用模式识别分类法和基因通路和功能分析相结合的筛选方法,对LUSC的早期标志物进行识别,并运用Fisher判别建立肿瘤预测模型。得到12个LUSC的早期标志物,分别是CLDN18, CD34, ESAM, JAM2, CDH5, F11, F8, CFD, MRC1, MARCO, SFTPA2 和 SFTPA1,机器学习建模后对LUSC早期癌症样本和正常肺组织样本的分类精度达到了98%以上。由基因SFTPA1和ESAM建立的LUSC早期肿瘤预测模型,对正常肺组织和LUSC肿瘤Ⅰ期样本的分类敏感性和特异性分别为99.18%和100%,并且独立验证集的分类准确率也在90%以上。结论 筛选出的12个早期分子标志物有望成为LUSC诊断的标志分子,并且建立的肿瘤预测模型具有极高的准确性,可以为LUSC的发生机理研究以及早期肿瘤预测提供帮助。     

头颈部鳞状细胞癌相关肿瘤标志物的研究进展

头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)是头颈部恶性肿瘤的主要病理类型,约占所有头颈部肿瘤的90%。而据我们临床所见,大约有70%~80%的患者就诊时已为局部晚期,其治疗效果欠佳,预后差。肿瘤标志物又叫做肿瘤标记物,是指特征性存在于恶性肿瘤细胞,或是由恶性肿瘤细胞异常而产生的物质,或是宿主对于肿瘤的刺激反应而产生的物质,并且能够反映肿瘤发生、发展,以及监测肿瘤对治疗反应的一类物质。作为近年来研究热点的肿瘤标志物,具有简便、经济、快速、无创的特点,更重要的是一些标志物在组织器官发生形态学变化之前就有表达。因此,肿瘤标志物的研究对头颈部鳞状细胞癌的早期诊断以及判断预后都具有十分重要的意义。本文综述近几年来发现的可能与头颈部鳞状细胞癌的发生发展或者预后相关的肿瘤标志物。     

口腔粘膜鳞状细胞癌早期临床诊断与病理诊断的相关分析

目的：分析口腔鳞状细胞癌Ⅰ-Ⅱ级临床诊断率低的原因,旨在提高口腔鳞癌的早期诊断率。方法：分析1985-1999年我科粘摸病专病门诊1059例患者的临床及病理资料,比较几种口腔粘膜疾病的诊断差别。结果：口腔鳞状细胞癌Ⅰ-Ⅱ级临床初次诊断率低（13%）,其中溃疡错诊率最高,达61%;白斑与红斑次之,分别为16%和20%。结论：提出在临床诊治过程中,初诊为口腔粘膜一般病损的病例,进行活检术的正确时机和方法。     

肺鳞状细胞癌癌症发展模式识别分类模型及特征基因识别

本文利用先进的生物信息学方法,首次从全基因组水平综合基因表达、甲基化水平和拷贝数变异三类数据,寻找与肺鳞状细胞癌(LUSC)发生和发展密切相关的特征基因,为进一步解释其内在机理、开发新的靶向药物和治疗手段提供更加深入的理论依据.为克服全基因组数据超高维高噪声小样本特性对机器学习算法性能的影响,防止信息饱和现象的干扰,本文创新性地组合应用4种特征基因筛选方法,分别从特异性、相关性、生物学功能和对肿瘤分类模型的贡献等多个方面,通过迭代降维技术递归筛选真正的特征基因.研究中,我们以TCGA(The Cancer Genome Atlas project)数据库中的LUSCⅠ~Ⅲ期病人样本为例,对其基因表达数据(GE)、基因甲基化数据(ME)以及拷贝数变异数据(CNV)进行分析.结果筛选出67个GE特征基因,对3类样本分类的平均准确率达到86.29%,70个ME特征基因,相应的分类准确率为90.92%,31个CNV特征基因,相应的分类准确率为69.16%.KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)和IPA(Ingenuity Pathway Analysis)对上述3类特征基因集在代谢通路水平和基因调控网络水平上的分析,证明了其在调控水平上的密切关系.同时也表明,识别的特征基因与LUSC肿瘤进展之间有着重要的直接关系,这对了解肿瘤机理以及新靶向治疗的发展非常重要.     

血常规在头颈部鳞状细胞癌早期诊断中的作用

目的:探究血常规指标在头颈部鳞状细胞癌早期诊断中的作用,从血液学的角度为头颈部鳞状细胞癌的早期诊断提供参考依据。方法:对181例头颈部良恶性肿瘤患者的血常规结果进行回顾性分析,比较头颈部鳞状细胞癌患者组(实验组)和头颈部良性肿瘤组(对照组)患者的血小板计数(PLT)、血小板比积(PCT)、血小板平均容积(MPV)、血小板分布宽度(PDW)、大血小板比率(P-LCR)、中性粒细胞计数(NEU)、淋巴细胞计数(LYM)、单核细胞计数(MONO)、嗜酸性粒细胞计数(EOS)、嗜碱性粒细胞计数(BASO)、血小板计数/淋巴细胞计数比值(PLR)以及中性粒细胞计数/淋巴细胞计数比值(NLR)共12个指标。结果:实验组和对照组的PLT、PCT、MPV、PDW、P-LCR以及BASO计数值比较均没有统计学差异(p0.05)。对照组NEU、MONO、EOS、PLR和NLR均低于实验组,而LYM计数值高于实验组,其差异均具有统计学意义(p0.05),ROC曲线显示NLR对于早期诊断的意义要优于PLR。结论:血小板相关指标在头颈部鳞状细胞癌早期诊断中无明显意义,白细胞亚型计数具有重要的提示作用,而NLR的诊断意义要高于PLR,或许可以联合其他鳞癌标志物进行早期诊断。     

ILK在肺鳞状细胞癌和肺腺癌的表达及其与临床病理特征和预后的关系

目的 探讨ILK在肺鳞状细胞癌和肺腺癌组织中的表达情况,及其与病理分型、肿瘤分化、分期、淋巴结转移及预后的关系。方法采用S-P免疫组织化学方法和Western Blot法,检测肺鳞状细胞癌和肺腺癌组织及相应癌旁肺组织中整合连接激酶（integrin-linkedkinase,ILK）的表达情况,并结合临床和病理资料进行分析。结果免疫组化结果显示：ILK在53／76（70％）的肺癌组织中阳性表达。其中鳞状细胞癌阳性率75％（33／44）,腺癌阳性率62．5％（20／32）,其表达与肺鳞状细胞癌的分化呈负相关（P〈0．01）,与临床分期（P〈0．01）、淋巴结转移（P〈0．01）呈正相关;与肺腺癌的临床分期（P〈0．01）和淋巴结转移（P〈0．01）正相关,与分化程度无相关性（P〉0．05）。同时,其表达与患者的生存时间呈负相关（P〈0．01）,与年龄、性别、肿瘤大小和组织类型等因素无关。Western Blot法进一步证实ILK在肺癌组织中的表达显著高于癌旁正常肺组织（P〈0．01）,其表达与肺癌的分化（P〈0．01）显著负相关。结论肺鳞状细胞癌和肺腺癌中,ILK与肺癌的侵袭和转移有关。ILK可作为判断肺鳞状细胞癌和肺腺癌预后的参考指标。     

利用甲基化特异性引物高通量检测DNA甲基化

建立一种基于甲基化特异性引物和SAGE技术的高通量DNA甲基化定量检测新方法（MSP-SAGE）,首先利用亚硫酸氢钠对基因组DNA进行处理,使未甲基化的C转变为U,而甲基化的CpG不变.将处理和未处理的DNA双链变性后用随机引物PNNNNCG对存在含有CG的单链进行延伸,而无甲基化CG的单链处则不能延伸;将差异延伸的单链序列和频次信息经过系列分子操作后,引入PCR扩增模板;对中间带有未知序列的PCR扩增产物进行串连克隆测序.将来自于未处理组和处理组的某一CpG位点的序列出现的次数定义为［Tags］A和［Tags］B,将标准系列的实际甲基化水平和［Tags］B/［Tags］A之间建立线性回归方程.根据每一CpG位点的［Tags］B/［Tags］A比值可反推该位点的甲基化水平.MSP-SAGE具有良好的线性,基于标准系列的［Tags］B/［Tags］A与其实际甲基化水平的标准曲线方程为y＝1.455x（R²＝0.984,P<0.01）.MSP-SAGE的回收率在95%到110%之间,精确度位于4.2％和10.5%,检测限在3％左右,单次检测通量可达24个CpG位点.MSP-SAGE是一种很有应用前途的高通量DNA甲基化定量检测方法.     

口腔鳞状细胞癌线粒体DNA的HVRⅢ区突变的研究（英文）

目的：检测口腔鳞状细胞癌患者线粒体DNA复制控制区（mtDNA D-loop）高变Ⅲ区（hypervariable regionⅢ,HVRⅢ）的突变情况,并探讨其意义。方法：以口腔鳞状细胞癌患者癌旁组织及正常组织作为对照,对7例口腔鳞状细胞癌组织样本的mtDNA D-loop HVRⅢ区进行PCR扩增和测序分析。结果：在7例患者的癌组织、癌旁组织、正常组织样本中共发现72个（56种）核苷酸改变,其中51个（26种）为核苷酸多态性改变;3个肿瘤组织样本中共发现21个突变,其中16个位于HVRⅢ区范围内;癌旁组织及正常组织未发现突变;口腔鳞状细胞癌的mtDNA D-loop HVRⅢ区突变率为42.9%（3/7）。结论：mtDNA D-loop HVRⅢ区的变异可能与口腔鳞状细胞癌的易感性有一定的联系;本研究为寻找新的肿瘤基因诊断和肿瘤遗传易感性的标志物提供了依据。     

HERG在鳞状细胞癌中的表达

目的:探讨HERG在鳞状细胞癌中的表达水平及其意义,对比其与正常骨与软组织中表达有何差别.方法:鳞状细胞癌患者组织标本来自于我科手术室,经免疫组化染色及PCR方法查看其HERG表达水平.结果:免疫组化染色与PCR结果显示,鳞状细胞癌中HERG的表达呈阳性,主要呈膜表达.结论:HERG在鳞状细胞癌中的表达水平呈阳性,且表达水平较高,它可能与肿瘤的发生发展有关.     

肾细胞癌DNA甲基化标记检测的重复性及其与基因表达改变的相关性

DNA甲基化是影响基因表达的重要因素之一。DNA甲基化芯片已广泛应用于寻找癌症的标志物,但是目前还没有研究对这些标志物的重复性进行评价。另外,DNA甲基化对基因表达的影响也存在争议。在本文中,通过分析肾细胞癌的两套甲基化数据,发现它们的差异甲基化基因的方向高度的一致,证明通过甲基化芯片获得的甲基化标记有很高的重复性。进一步分析甲基化基因对应的表达改变,发现肾细胞癌中高甲基化的基因显著影响表达下调,而低甲基化的基因与表达改变无显著关系。最后,通过功能分析,找到了三个同时发生甲基化和表达改变的通路。针对这些通路研究DNA甲基化抑制剂,可能有助于肾细胞癌的靶向治疗。     

肿瘤相关候选基因在舌鳞癌中的筛选

目的：寻找舌癌特异性相关基因,阐明舌癌发病的分子机制,为舌癌的诊断、治疗和预后提供分子靶标。方法：采用半定量RT-PCR方法检测了所选9个肿瘤相关基因DLC1、ANXA1、BCAT1、KRAS2、KCNJ8、LDHB、DNM1L、ETNK1、PTX1在舌鳞癌中的表达情况。结果：DLC1、ANXA1、LDHB、DNM1L、ETNK1、PTX16个基因在舌鳞癌组织与配对正常组织中无明显表达差异;而BCAT1、KRAS2、KCNJ8在舌鳞癌组织中表达上调,上调频率分别为45%（9/20）、50%（10/20）和33.3%（4/12）。结论：BCAT1、KRAS2和KCNJ8参与了舌鳞癌的发生发展,也为进一步在舌鳞癌中分析3个基因的功能提供实验依据。     

血清外泌体中长链RNA作为早期肾癌诊断标志物的研究

摘要 目的：肾癌早期无明显症状,且无血清诊断标志物,晚期缺乏有效治疗手段。外泌体的生物学功能及现有研究报道为早期肾癌的诊断提供了新的理论基础和新思路,本文旨在尝试在肾癌血清外泌体中寻找肾癌诊断标志物以有助于提高肾癌的诊断水平,减少肾癌死亡率。方法：取肾癌肿瘤组和对照组各10个样本,用试剂盒（PEG法）分离外泌体,提取RNA后建库测序,数据处理后以|log2(fold change) |>1和显著水平q_value<0.001为标准筛选得一组显著差异基因,设计引物探针后大样本qPCR验证,对数据进行统计并作t检验分析,通过LASSO回归建立诊断模型,ROC-AUC判断诊断价值。结果：RNA-seq并深度分析筛出PFN2 RAB4B PHEX DACH1 Linc01765五个基因,运用LASSO回归建立了早期肾癌诊断模型,计算ROC-AUC值是0.818。结论：在肾癌血清外泌体中筛到一组基因,通过LASSO回归建立早期肾癌诊断模型,ROC-AUC值达0.818,具有一定的临床应用价值。     

食管鳞癌的蛋白质组学

大部分食管鳞癌（esophageal squamous cell carcinoma, ESCC）确诊时已发展至中晚期,临床治疗效果差,是导致我国华北地区ESCC死亡率居高不下的主要原因之一.因此,亟需筛查ESCC特异性、敏感性的生物标志物,以期用于ESCC早期诊断、个体化分子靶向治疗和预后评价. 与相对稳定、携带遗传信息的基因组不同,蛋白质组具有时空变化特性,由此构成生命活动复杂性的物质基础.在病理情况下,蛋白质组能够精确反映患病组织器官的功能状态,因此为疾病的监测提供了窗口.本文总结了ESCC蛋白质组研究现状及差异表达的蛋白质谱,并探讨了ESCC候选分子标志物的潜在临床应用价值.     

喉鳞癌Apaf-1基因表达及启动子区甲基化研究

喉鳞癌细胞存在多种癌基因和抑癌基因异常,Apaf-1(apoptotic protease activating factor-1)基因是诱导细胞凋亡的肿瘤抑制基因。为探讨Apaf-1基因在喉鳞癌发生中的作用,应用半定量PCR方法分析Apaf-1的表达,用比较基因组杂交(Comparative Genomic Hybrodization,CGH)和杂合性丢失(Loss of Heterozygosity,LOH)分析方法对喉鳞癌病人Apaf-1基因所在的12q22—23区域缺失情况进行研究．并用甲基化特异PCR对该基因启动子区甲基化情况进行了分析。结果表明：11例喉鳞癌组织出现Apaf-1 mRNA表达明显下调,占40．7％(11／27),而6例良性喉肿瘤未发现缺失或下调;CGH分析发现,18例喉鳞癌仅发现2例存在12q22-23区域缺失,未发现扩增;LOH分析发现,72例喉癌组织Apaf-1基因的5个多态位点LOH发生频率低,分别为18．2％(D12S346)、13．9％(D12S1706)、18．2％(D12S327)、22．2％(D12S1657)和16．6％(D12S393),11例出现Apaf-1 mRNA下调的喉癌组织均检测到启动子区甲基化,而16例Apaf-1 mRNA表达未下调者仅1例有甲基化,两者有显著差异(x^2检验,P=0．0001)。通过以上结果,首次证实Apaf-1基因与喉鳞癌相关,在喉鳞癌中Apaf-1基因缺失发生率低．提示启动子区甲基化是该基因失活的首要机制。     

Cytological Appearances of A Solitary Squamous Cell Papilloma With Associated Mucous Gland Adenoma In the Lung

Solitary papillomas of the lung are rare. They are usually squamous but mixed squamous cell papilloma and mucous gland adenoma can occur. We report for the first time the cytological findings of a fine needle aspirate from a mixed squamous cell papilloma and mucous gland adenoma from the lung periphery.     

人肺鳞癌组织的血清蛋白质组学的比较分析

采用以肿瘤免疫学与蛋白质组学(proteomics)研究技术有机地结合为基础的血清蛋白质组学研究体系(serologicproteomeanalysis ,SERPA)筛选肺癌分子标志物.对10例人肺鳞癌组织,应用双向凝胶电泳(two dimensionalelectrophoresis ,2 DE)技术对同一肺鳞癌组织的细胞总蛋白同时进行电泳后获得3张相同的凝胶,其中一块2 DE凝胶经银染显色作为平行胶,其余两块2 DE凝胶经电转膜将凝胶中的蛋白质转至硝酸纤维素(NC)膜上,然后分别与肺癌患者的自身血清以及正常对照血清进行Western印迹分析,获取Western印迹反应图谱.经计算机图像分析识别差异反应的蛋白质,然后与平行胶比较找出相应的差异反应蛋白质点.获得了分辨率较高的人肺鳞癌组织与患者的自身血清以及正常对照血清的Western印迹反应图谱;图像分析共识别36±8个差异反应的蛋白质;在平行胶上找到了匹配的差异反应蛋白质点.对2 0个差异蛋白质点进行了肽质指纹图分析,鉴定出14个与细胞生长增殖、细胞代谢、细胞周期调控、信号转导等有关的肺鳞癌相关抗原.通过血清蛋白质组技术对肺鳞癌组织进行的研究,建立了分辨率较高的人肺鳞癌组织与患者的自身血清以及正常血清的Western印迹反应图谱,成功鉴定14个肺鳞癌相关抗原,为进一步筛选用于肺鳞癌诊断、治疗和预后评估     

基于多组学数据的早期宫颈鳞状细胞癌分类

从分子层面对泛癌进行研究已经得到了很大的进展,但是对宫颈鳞状细胞癌的分子分类研究仍然需要更多的探索.为了找到宫颈鳞状细胞癌潜在的子类,本文提出了一个基于多维组学数据的癌症亚型分类分析流程.通过统计学方法对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)宫颈鳞状细胞癌的mRNA表达数据、小分子核糖核酸(microRNA,miRNA)表达数据、DNA甲基化数据以及拷贝数变异数据4个维度包含的分子进行筛选,然后对筛选后的分类特征进行整合聚类,进一步筛选能够区分不同子类的关键分类特征,并使用这些关键分类特征建立宫颈鳞状细胞癌分类模型.本研究为宫颈鳞状细胞癌分子层面子类的识别提供了分析流程,得到了两个临床生存水平具有显著性差异的宫颈鳞状细胞癌子类,并确定了8个宫颈鳞状细胞癌的关键分类特征.本研究中识别的宫颈鳞状细胞癌子类和关键分类特征为宫颈鳞状细胞癌早期分类及分类标志物的鉴定提供了重要参考.     

DNA Methylation Markers in Lung Cancer

Lung cancer is the most common cancer and the leading cause of cancer-related morbidity and mortality worldwide. As early symptoms of lung cancer are minimal and non-specific, many patients are diagnosed at an advanced stage. Despite a concerted effort to diagnose lung cancer early, no biomarkers that can be used for lung cancer screening and prognosis prediction have been established so far. As global DNA demethylation and gene-specific promoter DNA methylation are present in lung cancer, DNA methylation biomarkers have become a major area of research as potential alternative diagnostic methods to detect lung cancer at an early stage. This review summarizes the emerging DNA methylation changes in lung cancer tumorigenesis, focusing on biomarkers for early detection and their potential clinical applications in lung cancer.     

血清细胞角蛋白19、神经元特异性烯醇化酶及鳞状上皮细胞癌抗原在小细胞肺癌诊断及病情评估中的作用研究

摘要 目的：分析血清细胞角蛋白19（CK19）、神经元特异性烯醇化酶（NSE）及鳞状上皮细胞癌抗原（SCCA）在小细胞肺癌诊断及病情评估中的作用。方法：选择我院自2020年1月至2022年7月收治的85例小细胞肺癌患者作为观察组,另选同期的85例肺部良性疾病患者作为对照组。检测两组血清CK19、NSE、SCCA表达水平,比较两组血清CK19、NSE、SCCA表达水平及其阳性率,使用ROC曲线下面积（AUC）分析上述指标对小细胞肺癌的诊断效能,观察小细胞肺癌不同分期患者血清CK19、NSE、SCCA表达水平的差异性,分析观察组治疗前后血清CK19、NSE、SCCA表达水平的变化情况。结果：观察组血清CK19、NSE、SCCA表达水平均较对照组高（P＜0.05）;观察组血清CK19、NSE和SCCA的阳性率均较对照组高（P＜0.05）;经ROC曲线分析,血清CK19、NSE联合SCCA诊断小细胞肺癌的敏感度为91.23 %,特异度为84.67 %,AUC为0.910;在85例小细胞肺癌患者中,临床分期为局限期33例、广泛期52例;广泛期患者血清CK19、NSE、SCCA表达水平均高于局限期患者（P＜0.05）。结论：血清CK19、NSE联合SCCA诊断小细胞肺癌的效能较好,三者均与患者病情严重程度有关,有利于此病的早期诊断和病情评估,值得进一步研究应用。