一个基于熵的指数精细定位人类复杂性状位点

近来,一个基于熵的指数被提出用来对人类复杂性状位点进行连锁不平衡定位．这个熵指数比较了患病个体与正常个体或极端样本之间标记基因频率的熵和条件熵．本文基于熵理论,提出了另一个备选指数．这个新的指数比较患病个体与正常个体之间标记基因型频率的熵和条件熵．计算机模拟结果表明本文提出的新指数平行于之前的熵指数．而基于遗传性血色病（hereditary haemochromatosis,HH）数据的分析表明了这个新指数能有效对人类复杂性状位点进行精细定位．     

一个基于熵的对疾病基因精细定位的指数

针对人类疾病基因的精细定位,本文利用稠密的标记位点,通过比较标记的熵和条件熵,给出了一个基于熵的指数。该指数可以度量标记基因和性状位点间连锁不平衡(LD)程度。该指数的特性是它不依赖于标记基因的频率。同时它对应疾病易感位点(DSL)精细定位的哈迪-温伯格不平衡(HWD)指数。通过计算机模拟,文章调查了不同遗传参数下该指数的性质。模拟结果表明该指数用作疾病易感位点精细定位是有效的。     

一个基于熵的精细定位数量性状位点的指数

针对数量性状位点的精细定位,本文采用群体的极端样本,利用稠密的标记位点,通过比较标记的熵和条件熵,给出了一个基于熵的指数。该指数是标记基因和性状位点间连锁不平衡系数的函数,它不依赖于标记基因的频率。该指数对应我们之前提出的数量性状位点精细定位的哈迪-温伯格不平衡(HWD)指数,但在精细定位数量性状位点时,本文提出的指数的效能要高于哈迪-温伯格不平衡(HWD)指数。通过计算机模拟,文章调查了不同遗传参数下该指数的性质。模拟结果表明该指数用作精细定位是有效的。     

使用哈迪-温伯格不平衡检验对QTL进行关联分析(英文)

多位点单体型的可用性对于数量性状位点(QTL)的遗传分析提供了有价值的工具。QTL定位可以通过检测极端群体中一个标记位点的哈迪-温伯格不平衡(HWD)来实现.本文拓展了HWD检验到多个标记位点,通过选择基因型对QTL进行单体型关联分析.我们用分析方法调查了不同遗传率,不同样本大小和不同样本选择阈值对HWD检验的统计功效影响.结果表明HWD检验具有高的功效.一个基于血管紧张素转换酶(ACE)基因的10个SNPs单体型频率的模拟研究用来评估HWD检验的性质.     

使用哈迪-温伯格不平衡检验来检测多个标记-疾病关联(英文)

多位点单体型的可用性为疾病易感位点(DSL)的遗传分析提供了有价值的工具.DSL定位可以通过检测患病个体中一个标记位点的哈迪-温伯格不平衡(HWD)来实现.本文拓展了HWD检验到多个标记位点对DSL进行单体型关联分析.我们调查了HWD检验的统计功效并与常用的x~2统计量进行比较.结果表明HWD检验具有高的功效且比常用的x~2统计量的功效高.     

水稻顶节间长度控制基因(EUI)的精细定位

通过对一水稻顶节间特异伸长突变体Mh-1进行经典遗传学和基因定位分析,认为该表型是一个核基因隐性突变所致。利用Mh-1与正常的T65-sd1杂交的F2群体对该位点定位研究分析,发现其与水稻第5条染色体长臂STS标记E30531和CAPS标记C903连锁,遗传距离分别为6．7cM和2．8cM。经进一步发展新的分子标记,将该基因精确定位在0．3cM的区域,为进一步克隆和研究该基因的分子机制奠定基础。     

家蚕光泽小眼(varnished eye)突变基因的精细定位

家蚕(Bombyx mori)光泽小眼(varnished eye,ve)突变体是家蚕突变品种中少数关于家蚕复眼形态异常的自然隐性突变品种之一,表现为成虫复眼小,表面富有光泽,有瘤状突起;小眼数量少且不规则。经典遗传学连锁图谱将ve基因定位在第6连锁群32.2座位,但到目前为止,该突变性状的形成机理仍不清楚。文章以突变品种ve和对照品种Dz为亲本,杂交产生的F1代雄个体与轮回亲本ve雌个体回交产生的BC1代为材料进行ve基因的精细定位。通过对ve低密度连锁图谱分析发现,ve基因被定位在SNP3~SNP6之间,物理图谱距离大约为1.2 Mb。利用1563个BC1代个体构建ve高密度连锁图谱,最终将ve基因定位在SNP5~SNP61之间,物理图谱距离大约为221.8 kb。通过家蚕基因数据库对ve最终定位区域内进行预测基因检索,发现有6个预测基因。对6个预测基因进行生物信息学分析和测序,这些候选基因都有可能参与家蚕复眼形成,但在编码区没有发现ve特异的突变位点;对这些候选基因进行表达分析,发现编号为BGIBMGA013642的候选基因在ve复眼形成过程中的表达量明显比正常对照Dz低,推测该基因为最佳候选基因。     

基因型错误对数量性状精细定位的哈迪-温伯格不平衡指数的效应

使用紧密相邻的标记位点且与标记基因频率无关的哈迪-温伯格不平衡(HWD)指数被用来对数量性状位点(QTL)进行精细定位.本文讨论了当存在基因型错误时HWD指数的性质.文章指出,当存在基因型错误时,对于在群体的标记基因频率已知的情形使用的两个HWD指数尽管受基因型错误的影响但仍然有效;而仅仅极端样本的标记基因频率已知的情形下使用的两个HWD指数同时与基因型错误和标记基因频率有关.计算机模拟表明,仅仅极端样本的标记基因频率已知的情形下使用的两个HWD指数在精细定位时会产生偏差,不适宜作精细定位.     

人类混血群体连锁不平衡的遗传学模型与基因定位

人类混血群体可以说是混合群体的一种特例．在无选择、无突变、无限随机交配群体的假定前提下,研究了亲本群体的基因频率对混血群体及其衍生后代群体连锁不平衡结构的影响,导出了各群体连锁不平衡值的表达式,建立了一个估计基因间重组率的简便方法;同时, 采用估算分子标记与QTL之间连锁不平衡系数的统计分析方法,分析了人类混血群体及其衍生后代群体QTL检测与估计的关系,建立了该关系的系列理论公式．研究结果表明,本方法不仅适用于人类疾病(包括复杂遗传疾病)基因定位,而且适合于人类正常基因的定位,同时也适用于人类普通多基因性状的QTL分析．     

雄性不交换条件下F_2群体进行基因定位的计算方法

本文提出在雄性不交换条件下,在Ｆ２群体中进行基因定位的计算方法．     

细胞寒害的热力学熵理论(Ⅱ)──超熵产生作为寒害稳定性判据的理论研究

本文从物质和能量交换的角度,运用非平衡态热力学超熵产生理论,分析了寒害定态的稳定性,并建立了超熵产生判据．理论分析所得的结论与实验结果基本相符．     

一个新的水稻叶形突变体(tll1)的遗传分析与精细定位

利用甲基磺酸乙酯(ethylmethane sulphonate, EMS)诱变粳稻品种日本晴获得了一个遗传稳定的叶形突变体 thread-like leaf 1 (tll1)。该突变体在杭州表现为矮化、窄叶, 极端时仅剩主脉, 呈细丝状。将该突变体分别与籼稻品种南京6号、浙辐802和9311进行正反交配组, 遗传分析表明该突变体性状由1对隐性单基因控制。通过SSR和STS分子标记对F₂代分离群体进行遗传定位, 将该基因初步定位在第12染色体SSR标记RM247和RM101之间。随后利用已公布的粳稻品种日本晴和籼稻品种9311的基因组序列, 发展了7对有多态的STS标记, 最终将该基因定位在FL13和FL14之间约94.3 kb的区间内, 为进一步克隆TLL1基因奠定了基础。     

光系统II核心复合物的稳态荧光光谱(英文)

在 83K 和 160K 两个温度下,通过激发波长对荧光发射谱的影响研究了光系统II中核心复合物的荧光光谱特性。用不同波长的光激发,核心复合物的发射谱的最大发射峰值不变,用 480、489、495 和 507nm 的光分别激发核心复合物,其光谱最大峰值处的荧光强度随不同激发波长下β-胡萝卜素分子的吸收强度的增大而降低,在长波长区域光谱的变化依赖于首先被激发的色素分子。所以,激发波长的不同影响着核心复合物中能量传递的途径。通过高斯解析,分析出核心复合物中至少存在有 7组叶绿素a组分,它们是Chla660,Chla670,Chla680,Chla682,Chla684,Chla687和Chla690。     

Pygo基因的细胞定位及其在果蝇发育过程中的表达(英文)

Wingless信号传导是果蝇胚胎和幼虫发育过程中的一个关键性的信号传导通路。已鉴定出来许多参与Wg Wnt信号传导的Wg或其脊椎动物同源基因Wnt下游传导通路的基因。Wg下游的Wg信号传导是由核TCF LEF 1通过Armadillo (Arm) β catenin介导的。pygopus (pygo)是一个最近发现的Wg Wnt信号传导通路新成员。通过细胞定位实验发现pygo专一性的表达在细胞核中。运用反义mRNA作探针的原位杂交技术 ,观察到了pygo基因在果蝇胚胎中的表达特性。虽然pygo普遍表达于果蝇胚胎发生全过程 ,但pygo在前囊胚层 (pre blastoderm)中的表达水平相对较高 ,这说明胚胎发生过程中来自母方的贡献较高。在幼虫组织 (包括翅成虫盘 ,眼成虫盘和腿成虫盘 )的发育过程中 ,pygo的表达水平总的来说比较低。然而 ,比较翅成虫盘 ,眼成虫盘和腿成虫盘的pygo表达水平 ,则在翅成虫盘和腿成虫盘pygo的表达水平相对较高。     

彩色马铃薯色素相关基因座的种类、功能与染色体定位(英文)

综述了与彩色马铃薯色素产生与分布相关基因座的观念起源、种类、功能和染色体定位。与彩色马铃薯色素相关基因座的观念起源于试图解释四倍体和二倍体马铃薯块茎和其他部位颜色呈现遗传行为的两个遗传模式。与彩色马铃薯色素相关的13个基因座可划分为4类,第1、第2和第3类分别与马铃薯花色苷的合成、酰化和分布有关,第4类与马铃薯类胡萝卜素的产生相关。基因座I,P,R和Y分别编码一个MYB结构域转录因子、类黄酮3′,5′-羟化酶、二氢黄酮醇4-还原酶和β-胡萝卜素羟化酶。基因座之间复杂多样的互作综合决定了彩色马铃薯色素特别是花色苷的产生与分布。基因座D和R定位在马铃薯的2号染色体上,E,F,I和PSC在10号染色体上,P在11号染色体上,Y在3号染色体上。可为彩色马铃薯颜色呈现的遗传机理探索提供参考。     

小麦珠心细胞衰退过程酸性磷酸酶的超微细胞化学定位(英文)

采用磷酸铅盐沉淀技术对小麦（ Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ Ｌ．） 珠心细胞衰退过程进行了酸性磷酸酶的超微细胞化学定位研究。结果显示,在未有明显衰退迹象的一些珠心细胞中,酸性磷酸酶只出现在细胞核轻微凝聚的染色质上。随珠心细胞衰退程度的逐渐增大,其衰退特征越来越明显,酸性磷酸酶依次在细胞质中较小液泡、细胞壁、线粒体、质体以及内质网等结构上出现活性反应。紧连胚囊的珠心细胞衰退程度最大,细胞严重变形,酸性磷酸酶定位于细胞绝大部分结构中,但此时变形的细胞核则无酸性磷酸酶活性反应。研究结果表明,小麦珠心细胞的衰退过程中,酸性磷酸酶存在一个有规律的变化,支持珠心细胞的衰退是属于细胞程序性死亡类型的观点     

百脉根BIO和豌豆突变位点ELE2的比较基因组定位(英文)

豆科两侧对称花的花瓣具有背腹(DV)的分化以及可变的器官内部(IN)非对称性,在大小与形状上显示出不同的发育特征;因而花瓣的发育为克隆决定植物器官的形状与大小的关键基因提供了很好的实验系统。本研究对百脉根中BIO基因进行研究。百脉根bio突变体具有多效性,既影响花器官内部的对称性也影响器官的大小和育性,豌豆ele突变体的表型与bio相似。定位结果表明BIO和ELE2位于豆科基因组的共线性区段,提示BIO和ELE2可能是同源基因突变所致。本研究利用比较基因组定位方法,将BIO和ELE2候选基因锚定在豆科模式植物百脉根和蒺藜苜蓿基因组含有11个同源基因的BAC重叠群上。BIO和ELE2基因的克隆将有助于揭示豆科花瓣形态和大小调控的分子机理,进而为豆科作物遗传改良提供分子理论基础。     

同安钮夜蛾核型多角体病毒Opdi108 基因的分子克隆和细胞定位(英文)

【目的】同安钮夜蛾Ophiusa disjungens（鳞翅目, 夜蛾科）是危害桉树的主要害虫之一。同安钮夜蛾核型多角体病毒(OpdiNPV)是从O. disjungens中分离到的新病毒。本研究主要目的是从分子水平上了解该病毒。【方法】对一条PstⅠ的酶切片段进行了克隆、 测序和分析。【结果】在基因数据库中通过对碱基序列的比对, 发现了一个Ac108的同源基因, 命名为Opdi108 (GenBank登录号为EU 732666)。该基因的开放阅读框含有225对碱基, 其编码蛋白与其他已知杆状病毒同源物有16%~37%的氨基酸序列一致性。在起始密码子ATG上游有一个晚期启动子TAAG。C末端含有His-tag的Opdi108基因在大肠杆菌中Escherichia coli进行了表达, 融合蛋白的分子量为28.7 kDa。以荧光蛋白EGFP为标记物, 构建了Opdi108与EGFP的重组体, 利用Bac-to-Bac表达系统实现了与AcMNPV的重组, 用该重组病毒vEGFP-Opdi108感染斜纹夜蛾Trichoplusia ni 细胞。感染24和72 h后分别用共聚荧光显微镜观察, 发现Opdi108定位在细胞质内。【结论】本研究从分子生物学角度研-OpdiNPV, 为进一步利用该病毒防治包括同安钮夜蛾在内的害虫, 以及构建重组杀虫剂等奠定基础。     

两个小麦14-3-3基因的特征、亚细胞定位及其对非生物胁迫的响应(英文)

为了探讨14-3-3基因在小麦逆境胁迫应答中的调控作用,利用RACE技术克隆了两个包含完整编码框的14-3-3基因(命名为Ta14R1和Ta14R2),其中Ta14R1 cDNA长999 bp,编码262个氨基酸,而Ta14R2 cDNA长897 bp,编码261个氨基酸。Ta14R1/Ta14R2-GFP融合载体瞬时表达结果显示,Ta14R1和Ta14R2蛋白均定位于细胞质和细胞膜,但不在叶绿体中。荧光定量PCR分析表明,Ta14R1和Ta14R2均在萌发1 d的胚芽鞘中表达量最高;在高温、低温、模拟干旱和ABA处理下,两个基因在小麦的根和叶中都受胁迫诱导而且显著上调表达,推测这两个14-3-3基因通过依赖ABA的非生物胁迫响应途径发挥作用,可能参与了小麦中高温、低温和干旱胁迫的耐受调节过程。