一种高效提取真菌总DNA的方法

<正>在真菌的分子生物学研究中,快速高效地提取质量优良的DNA有着重要意义。目前使用的真菌DNA提取方法步骤大体相似,主要差别在于采用何种方法来打破细胞壁这一关键环节。常用的破壁方法主要有冷冻干燥研磨法、玻璃珠机械破壁法、酶解法和氯化苄法等(吴志红2001)。通常冷冻干燥研磨法多用液氮来处理,一般是直接在液氮中研磨     

新生隐球菌总RNA抽提方法的实验研究

目的探讨快速获取高质量的新生隐球菌总RNA的实验方法。方法选取新生隐球菌的荚膜株、荚膜缺陷株,分别设计采用4种方法提取总RNA:酸洗玻璃珠法、液氮研磨法、异硫氰酸胍一步法、冷酸洗玻璃珠联合Yeast RNA kit法。用紫外线分光光度计测量其OD260、OD280的值,并且进行琼脂糖凝胶电泳,同时应用定量PCR法鉴定RNA质量。结果酸洗玻璃珠法、液氮研磨法、异硫氰酸胍一步法、冷酸洗玻璃珠联合Yeast RNA kit法的RNA产量分别为0.2μg/105细胞、0.4μg/105细胞、0.1μg/105细胞、0.6μg/105细胞。结论冷酸洗玻璃珠联合Yeast RNA kit法提取的RNA均一性和完整性最好,是简便、快捷地提取具有荚膜和细胞壁双重屏障的新生隐球菌RNA的理想方法。     

白念珠菌破壁方法的研究应用进展

细胞壁作为真菌中特殊和必须的细胞结构,相对于哺乳动物的细胞膜更加坚硬,难以用简单的方法使其充分破碎。因此,达到理想的破壁效果是白念珠菌研究中的关键步骤之一。在提取白念珠菌RNA、DNA和蛋白质等细胞组分的过程中,为获得足量和稳定的实验样品。该文对多种白念珠菌破壁方法作一综述,以便为白念珠菌相关研究提供适用、高效的破壁方案。     

孢子丝菌病快速诊断方法的探究

目的研究申克孢子丝菌DNA提取方法;探索申克孢子丝茵的种特异性引物,运用聚合酶链反应方法鉴定申克孢子丝菌;从而为临床孢子丝茵病的分子诊断奠定基础。方法用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁提取孢子丝菌的基因组DNA;根据申克孢子丝茵钙调蛋白基因序列设计一对寡核苷酸引物,分别对52株申克孢子丝菌及3种6株普通真茵的基因组DNA进行PCR扩增。结果用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁成功提取出孢子丝菌的基因组DNA。特异性引物对52株申克孢子丝菌可扩增出一条约430 bp的片段,而对念珠菌、曲霉、黑霉基因组DNA扩增结果均为阴性。结论用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁提取孢子丝菌基因组DNA与传统的CTAB法相比不仅操作更简便,而且避免了液氮研磨过程中难于避免的污染。运用我们所设计的特异性引物,结合PCR方法对申克孢子丝菌进行分子鉴定,结果显示不仅该引物对申克孢子丝菌特异、敏感而且该方法简便、快捷;可用于申克孢子丝菌病的临床诊断。     

用SDS-PAGE和Vorum银染法比较真菌菌丝体破壁效果

目的:研究不同处理方法对丝状真菌Pythium sp.GY1938菌丝体破壁效果的差异。方法:采用7种方法对真菌菌丝体进行破壁处理,将制备的胞内可溶蛋白质样品通过SDS-PAGE和Vorum法银染处理,比较不同破壁方法处理后蛋白质释放效果的优劣。结果:方法VI(石英砂、液氮、研磨)的破壁效果最好,蛋白质的分离效率和提取质量最高。结论:方法VI适合于丝状真菌Pythium sp.GY1938蛋白组学研究中目的蛋白的提取。     

酿酒酵母菌核糖体RNA沉降系数的初步研究

为研究酿酒酵母菌核糖体RNA(rRNA)的沉降系数,用酶解法和液氮研磨法裂解酿酒酵母菌的细胞壁,Trizol Reagent提取其总RNA,同时提取小白鼠和斑马鱼的总RNA进行比较.经紫外分光光度计检测和甲醛琼脂糖变性胶电泳后,RNA纯度好,条带清晰,无弥散或降解现象.试验发现,与酶解法相比,用液氮研磨法破碎酿酒酵母菌细胞壁提取总RNA所用的成本低,时间少,产率和纯度高,适用于少量样品RNA的提取.同时,酿酒酵母菌与斑马鱼和小白鼠总RNA电泳图谱表明,三者的"18S rRNA"在条带大小方面差异较小,而"28S rRNA"差异较大.利用分析型离心机测得的酿酒酵母菌两个较大rRNA的沉降系数分别为24.7S和18.1S.研究结果表明了真核生物rRNA种类的多样性.     

一种简便、快速、高效适合PCR的真菌DNA提取方法

目的探索一种新的真菌DNA提取方法,该方法操作简便,提取效率高,耗时较短,应用范围广。方法将酶消化和Chelex-100提取DNA方法联合起来,配制一种新的DNA提取试剂。通过真菌ITS4和ITS5通用引物进行PCR,对新的DNA提取试剂同市售的Takara lysis buffer在DNA提取方面的效能进行评价,同时对DNA浓度和纯度进行测定。结果实验所用34株真菌,自配试剂成功提取出32株真菌DNA;Takara lysis buffer成功提出27株真菌DNA。对于两种方法都没能提出DNA的2株真菌,经液氮研磨破壁后,自制试剂均成功提取;而Takara lysis buffer仅成功提取DNA 1株。结论同市售试剂Takara lysis buffer比较,自配DNA提取液提取DNA质量相对较高,可用于临床常见感染真菌的PCR诊断。对于某些真菌,提取DNA之前先进行菌体破壁是必要的。     

东亚砂藓(Rhacomitrum canescens)RNA提取方法的比较和改进

方法:以东亚砂藓为材料,用CTAB法、热硼酸盐法和改良的SDS/酸酚法提取东亚砂藓总RNA,并采用3种方法进行沉淀,从提取RNA的纯度、完整性、产量、耗时和RT-PCR效果等分析确定适用于东亚砂藓总RNA提取的方法。结果:研究表明:CTAB法提取的RNA 28S rRNA明显缺失,泳道模糊不清,杂质多,热硼酸法和改良的SDS/酸酚法提取RNA 28S rRNA,18S rRNA条带清晰,OD260/OD280都在1.7以上,纯度高,但热硼酸法提取出的RNA有DNA污染,RNA的含量(15.68~35.2μg.g-1)低于SDS/酸酚法提取RNA的含量(46.5~51.9μg.g-1)3种沉淀方法比较认为无水乙醇配合LiCl沉淀RNA节省时间,反转录和RT-PCR效果好。结论:改良的SDS/酸酚法适合东亚砂藓RNA的提取。     

小量快速RNA,DNA提取研究耐药株中GSTπ及癌基因的表达

本文采用一种小量快速RNA制备法(硫氰酸胍-酚,氯仿/耳戊醇-液氮)和DNA-RNA联合提取法(硫氰酸胍-酚,氯仿/异戊醇-液氮法),提取RNA和同一样本中DNA与RNA,同时采用一种快速液相杂交法,通过标记探针与样品DNA或RNA经变性-复性杂交、凝胶电泳、凝胶抽干、放射自显影。经用本法研究P388/ADR耐药株中的GSTπ及三种癌基因表达表明:耐药株中的GSTπ较敏感株增加1.56倍(p<0.05),而c-myc、v-erb-B、N-ras癌基因的扩增分别减少1.33,1.38和1.69倍(P<0.05)。     

真菌胞内多糖提取方法的研究进展

归纳了几种常用真菌胞内多糖的提取方法,主要介绍了热水浸提法、酸提法、碱提法、酶提法、超声波辅助法、微波辅助法6种方法提取真菌多糖的原理和近年来的研究进展,总结了各种方法的优缺点,为今后进一步研究真菌胞内多糖的提取工艺提供借鉴。