棉铃虫不同寄主种群遗传分化的RAPD分析

应用RAPD技术对生活于辣椒,烟草和番茄3种不同寄主上的棉铃虫（Helicover pa armigera)种群,并以烟草烟青虫（H.assulta)为外群进行了种群遗传分化的研究,研究结果表明：4个处理内个体间最大的遗传距离均小于处理间最小的遗传距离,烟青虫的遗传距离为0．177－0．346,棉铃虫的辣椒种群为0．289－0．404,烟草种群为0．396－0．505,番茄种群为0．329－0．382,采用UPDGA法进行聚类,并构建系统发育树。各处理成聚的遗传距离为：烟青虫是0．334,棉铃虫的辣椒种群是0．372,烟草种群是0．463,番茄种群是0．360。各处理均首先成聚,棉铃虫与烟青虫成聚的遗传距离（0．703）,稍大于棉铃虫各种群的成聚值（0．639）。上述结果表明,棉铃虫不同寄主种群已经存在明显的遗传分化。     

内蒙古中东部不同草原地带羊草种群遗传分化

运用 RAPD技术对内蒙古不同草原地带分布的 5个羊草种群 (共 10 0个个体 )的遗传多样性进行分析。 31个随机引物(10 nt)在 5个羊草种群中共检测到 4 96个扩增片断 ,其中多态性片断 4 89个 ,总的多态位点百分率达 98.6 %。利用 Nei指数和Shannon指数估算了 5个种群的遗传多样性 ,并计算种群相似系数和遗传距离运用 UPGMA法进行聚类分析。结果表明 :无论是种群内还是种群间 ,羊草均存在较高的遗传变异 ,大部分的遗传变异存在于种群内 (Nei指数和 Shannon指数估算结果分别为 85 .4 %和 72 .5 % ) ,只有少部分的遗传变异存在于种群间 ;不同种群的遗传多样性存在差异 ,各种群的遗传多样性与其所处的地理位置具有显著的相关性 ;5个种群的平均遗传距离为 0 .5 0 95 ,变异范围为 0 .4 6 84～ 0 .5 4 76 ;聚类分析结果显示地理距离较近的种群遗传距离较小 ,首先聚在一起 ,而地理距离较远的种群遗传距离较大 ,说明羊草种群间的遗传分化与地理距离存在一定相关性 ;但地理距离最近的两个种群并未最先聚集 ,说明羊草种群间的分化还与其生境的异质性有关     

青蛤两个异域种群的遗传多样性与分化研究

利用RAPD技术对分布于中国辽宁庄河(LZ)及广东惠东(GH)的两个青蛤(Cyclinasinensis)野生种群遗传多样性及其遗传分化进行了分析。22个10碱基引物从两个种群分别扩增到179和181条扩增谱带,全部扩增片段长度在210—2850bp之间。根据扩增结果计算出两个种群的多态位点比例(P)分别为76.92%和81.31%,平均杂合度(H)分别为0.2815和0.3012。两种群间遗传距离(D)和近交系数(Fst)分别达到0.103及0.1997,结果表明两个异域种群不但遗传多态性较高,而且出现了明显的种群分化现象。文章还初步讨论了青蛤种群分化的机制、遗传结构与异地引种关系等问题。       

羊草种群遗传分化的RAPD分析Ⅱ.RAPD数据的统计分析

对松嫩草原上分布的灰绿型和黄绿型羊草9个种群进行了15个引物的RAPD分析,统计结果表明,两类种群的扩增片段数和多态位点比率明显不同,黄绿型种群低于灰绿型,其值分别＜90与＞100,＜50％与＞70％,比较了7种不同统计方法据RAPD表型或基因型频率估算的种群遗传多样性,几种统计结果都揭示,黄绿型种群低于灰绿型种群,用F1s值矫正种群对Hardy-Weinberg平衡的偏离后,估算等位基因频率,通过Shannon指数和Nei指数估计羊草种群间分化分别为37．6％和35．7％,高于等位酶的分析,讨论比较了等位酶和RAPD分析结果的异同。     

冷蒿种群在放牧干扰下遗传多样性的变化

通过随机扩增多态性 DNA(RAPD)方法检测了放牧干扰下冷蒿种群遗传多样性的变化。 17条 (组 )引物进行 RAPD分析 ,扩增共产生 2 5 4条带 ,其中 2 4 0条为多态性带 ,多态位点百分率达 94 .4 9%。随着放牧强度的增加 ,冷蒿种群多态位点百分数 ,Nei遗传多样性指数、Shannon信息指数均下降 ,种群内个体平均遗传一致度增加。放牧梯度上 4个冷蒿种群 H t=0 .2 116 ,Hs=0 .170 0 ,Dst=0 .0 4 16 ,种群间基因分化系数 Gst=0 .196 5 ,基因流 N*m=2 .0 4 5 1;同时随着放牧强度的增加 ,种群间的 Dst、Gst增加 ,N*m 降低。说明放牧限制了种群间的基因交流 ,使种群发生遗传分化。放牧梯度上的 4个冷蒿种群的遗传距离很小 ,但是随着放牧强度的增加 ,遗传距离在缓慢的增加 ,种群间的遗传一致度降低。根据遗传距离所构建的 U PGMA聚类图中冷蒿 4个种群随着牧压的增加 ,逐级聚在一起。这表明冷蒿种群的遗传分化与放牧强度的关系     

内蒙古典型草原羊草种群遗传分化的RAPD分析

运用 RAPD技术对内蒙古典型草原不同生境 8个羊草种群进行分析。采用 2 4个随机引物 (10 nt)在 8个种群中共检测到2 2 4个扩增片断 ,其中多态性片断 173个 ,总的多态位点百分率达 77.2 % ,特异性片断 2 2个 ,占 9.82 % ,平均每个引物扩增的DNA带数为 9.3 3条。利用 Nei指数和 Shannon指数估算了 8个种群的遗传多样性 ,并计算种群相似系数和遗传距离 ,运用UPGMA法进行聚类分析。结果表明 :羊草大部分的遗传变异存在于种群内 ,只有少部分的遗传变异存在于种群间 ,Nei指数和Shannon指数计算结果分别为 85.4%和 66.8% ;羊草不同种群的遗传多样性存在差异 ;8个羊草种群平均遗传距离为 0 .2 3 16,变异范围为 0 .1587～ 0 .2 70 0 ,说明 8个羊草种群间的遗传变异不大 ,即 :在较小地理范围内羊草的遗传分化程度较小 ;8个种群可聚为 3个类群 ,聚类结果显示生境相似的种群能够聚在一起 ,而地理距离最近的种群不一定归为一类 ,说明小范围内羊草种群间的遗传分化与地理距离不存在相关性 ,而与其生境间的相似度相关。影响遗传相似性的不是单一因子而是各种因子的综合作用 ,较小地理范围内羊草种群间的遗传分化主要是由环境的异质性所引起的     

不同地理种群羊草的遗传分化研究

以不同种群羊草为实验材料（包括内蒙古高原的稆草原类型：荒漠草原,典型草原,草甸草原及吉林盐碱地羊草）,分别从个体（叶长,叶宽,株高,分蘖数,根茎芽数等特征及根茎叶的扫描电镜结构）,生理（在ＰＥＧ胁迫下叶片的电阻电导,ＳＯＤ和ＰＯＤ的活性,脯氨酸和丙二醛的含量等）,细胞（染色体核型）,同工酶及ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）等几个水平较为系统地研究其遗传分化以及对水因子的适应机理,并进行了大量的聚类分析,发现：不     

盔型溞(Daphnia galeata)四个地理种群遗传多样性及分化的RADP 分析

利用RAPD 技术对采自云南和广东省的盔形溞的四个不同地理种群(拉市海、程海、洱海和流溪河水库)遗传多样性进行了分析。从20 条寡聚核苷酸中筛选出了12 条扩增产物稳定的随机引物。在4 个群体180 个个体中共检测到72 个可重复位点, 其中多态位点65 个, 多态率超过90%。四个种群的遗传多样性指数(Shannon 指数)介于0.405-0.440 之间, 其中以流溪河水库群体遗传多样性最高, 拉市海群体遗传多样性最低。四个不同地理的盔形溞种群间的遗传分化系数Gst 为0.23。分子方差分析(AMOVA)表明, 四个地理种群内的分子变异为71%, 种群之间为29%, 说明4个地理种群之间的遗传分化水平较高; 云南三个种群内变异为70%, 种群之间的变异为30%, 说明距离较近云南省内的3 个湖泊种群内存在较大的遗传变异, 以上分子方差分析中P 值为0.001, 表明差异极显著(P<0.01)。Jaccard 距离和Nei’s 无偏遗传距离分析显示, 地理距离最近的程海种群(CH)与拉市海种群(LS)并未首先聚在一起, 而是与洱海种群(EH)聚在一起, 之后与地理距离最远的流溪河种群(LX)相聚; 种群分化与距离之间的弱相关性支持资源垄断假说。     

中国4种蝗虫不同种群的遗传分化

采用水平淀粉凝胶电泳技术,应用等位酶分析方法对采自我国山西、江苏、河北等地不同蝗区优势蝗虫种类3科4种8个种群的12种酶18个酶位点进行了检测,比较了4种蝗虫种群水平的等位基因频率变化和它们之间的遗传距离。等位基因频率分析表明：中华稻蝗和笨蝗各位点等位基因丰富,而长翅素木蝗和短额负蝗各位点等位基因较少。在所研究的4种蝗虫8个种群中,多态位点百分率普遍较高(P＝53．3％—100．0％),由于杂合子数目较少而使每个位点的平均杂合度观察值偏低(H。＝0．034—0．139)。受迁飞能力、繁殖方式和活动范围的限制,4种蝗虫的平均杂合度观察值表现出一定的差异：笨蝗较高(H。＝0．089—0．139),其次是中华稻蝗(H。＝0．073—0．090),而长翅素木蝗(H。＝0．0488—0．068)和短额负蝗(H。＝0．034—0．050)相对较低。除Adk-1、Ao-1、Idh-1、Ldh-1、Ldh-2和Me-1在部分蝗虫种群符合Hardy-Weinberg平衡外,其余绝大多数位点的基因型频率显著偏离H—W平衡,但短额负蝗的多个位点符合或接近H—W平衡,表明该种蝗虫在自然种群结构方面明显有别于其他种类。从4种蝗虫的F—统计量(Fst)看,笨蝗种群间基因分化程度最高(Fst＝0．32),其次是短额负蝗(Fst＝0．31),而中华稻蝗相对较低(Fsl＝0．20),长翅素木蝗种群间基因分化程度最低(Fsl＝0．18),利用非加权算术平均法(UPGMA)对I值和D值进行聚类,所得聚类树也证实了这种遗传分化差异,上述结果反映了迁飞能力、适应性和环境因子对不同蝗虫遗传分化的影响。Nei的遗传距离(D)和遗传一致度(I)进行的聚类分析基本符合传统形态学、细胞学等研究结果：即同属于斑腿蝗科的中华稻蝗和长翅素木蝗遗传距离最小(D＝0．559),遗传一致度最高(I＝0．576)。在3个科中,癞蝗科和锥头蝗科之间呈现较小的遗传距离(D＝0．776)和较高的遗传一致度(I＝0．776),而这两科与斑腿蝗科之间的遗传距离相对较大(D＝0．908),遗传一致度相对较低(I＝0．406)。等位酶分析能较好地反映蝗虫不同物种的亲缘关系和种内不同种群之间的遗传分化程度。     

中国南方茶棍蓟马地理种群遗传分化分析

【目的】基于mtDNA COI和COⅡ的联合序列,探讨中国南方茶棍蓟马Dendrothrips minowai地理种群的遗传多样性与遗传分化。【方法】利用MEGA 6.0, DnaSP 5.10和Arlequin 3.5.2.2等软件对中国南方茶棍蓟马8个地理种群遗传多样性、遗传分化、基因流、分子变异及地理距离与遗传距离的相关性进行分析,并推断群体演化历史。【结果】茶棍蓟马mtDNA COI和COⅡ序列均具有明显的AT偏好性,COI和COⅡ联合序列的长度为1 146 bp,共有22个单倍型。中国南方茶棍蓟马总群体遗传多样性较高,表现出高单倍型多样性(Hd=0.924)和低核苷酸多样性(π=0.00600)。8个地理种群总群体的遗传分化程度高(F_ST=0.84830),基因交流水平低(Nm=0.040),群体可能由于遗传漂变而发生明显分化。AMOVA分析显示,茶棍蓟马种群的遗传变异主要来自组间种群(F_CT=0.84922);Mantel检测显示地理距离与遗传距离存在显著的正相关(r=0.5029, P<0.01)。中性检验结果表明,除云南两个地理种群外的其他地理种群近期可能经历了种群扩张。【结论】中国南方茶棍蓟马地理种群遗传多样性较高,具有明显的遗传分化,基因交流较少;地理距离可能是影响茶棍蓟马地理种群遗传分化的主要因素之一。     

广东5个野生大豆居群的遗传多样性分析

采用SSR分子标记对来自广东省5个县野生大豆居群的遗传多样性进行了分析,为广东野生大豆资源保护和利用提供依据。结果显示:(1)5个野生大豆居群在60个SSR位点共检测出263个等位变异,同一位点上等位基因数目最多为10个,最少为2个,平均为4.38个;不同群体中特有等位基因数不同,其中连州(LZ)和南雄(NX)野生大豆的特有等位基因数目较多,分别为19个和16个;Shannon指数(I)变化范围为0.162~2.174,期望杂合度(He)的变化范围为0.073~0.899。(2)广东连州(LZ)野生大豆居群的遗传多样性最高,而仁化(RH)野生大豆的遗传多样性最低,二者的Shannon指数(I)分别为0.811、0.113;群体分子方差(AMOVA)分析结果揭示,居群间变异占51%,群体内变异占49%,且仁化居群与其他居群间基因流较小。(3)依据遗传距离可将连州(LZ)和连南(LN)聚类为一类,乳源(RY)和南雄(NX)为一类,仁化(RH)单独为一类。研究表明,广东不同野生大豆居群间遗传多样性差异较大,而且居群内基因类型多,其中连州(LZ)和乳源(RY)野生大豆居群的遗传多样性较高,证明广东野生大豆群体保存了丰富的基因资源。     

Genome-Wide Association Study of Partial Resistance to P. sojae in Wild Soybeans from Heilongjiang Province,China

Phytophthora root rot (PRR) is a destructive disease of soybeans (Glycine max (L.) Merr) caused by Phytophthora sojae (P. sojae). The most effective way to prevent the disease is growing resistant or tolerant varieties. Partial resistance provides a more durable resistance against the pathogen compared to complete resistance. Wild soybean (Glycine soja Sieb. & Zucc.) seems to be an extraordinarily important gene pool for soybean improvement due to its high level of genetic variation. In this study, 242 wild soybean germplasms originating from different regions of Heilongjiang province were used to identify resistance genes to P. sojae race 1 using a genome-wide association study (GWAS). A total of nine significant SNPs were detected, repeatedly associated with P. sojae resistance and located on chromosomes 1, 10, 12, 15, 17, 19 and 20. Among them, seven favorable allelic variations associated with P. sojae resistance were evaluated by a t-test. Eight candidate genes were predicted to explore the mechanistic hypotheses of partial resistance, including Glysoja.19G051583, which encodes an LRR receptor-like serine/threonine protein kinase protein, Glysoja.19G051581, which encodes a receptor-like cytosolic serine/threonine protein kinase protein. These findings will provide additional insights into the genetic architecture of P. sojae resistance in a large sample of wild soybeans and P. sojae-resistant breeding through marker-assisted selection.     

Importance of genetic characterization and conservation of plant genetic resources: The breeding system and genetic diversity of wild soybean (Glycine soja)

Abstract Plant genetic resources play an important role in the improvement of cultivated plants. To characterize and evaluate the ecological and reproductive features of wild soybean ( Glycine soja Sieb. et Zucc.), which is the most probable ancestor of cultivated soybean ( G. max (L) Merr.), the breeding system and genetic diversity of G. soja were investigated. The extent of natural cross-pollination of G. soja was estimated in four populations along the Omono River in Akita Prefecture, Japan by examining allozyme variation. Although it has been previously believed that G. soja is autogamous, as is cultivated soybean, the mean multilocus outcrossing rate ( t m) estimate was 13%. These values are much higher than the outcrossing rate previously reported for both G. soja and G. max . Frequent visits by honeybees and carpenter bees to flowers were also observed, which supported this conjecture. Furthermore, to evaluate the genetic variation of G. soja as a genetic resource, the genetic structure of 447 populations over Japan were analyzed. Wild soybean populations had a higher degree of variation of isozyme loci. The G ST coefficient of gene differentian values among the sites within the district were particularly high, revealing that the isozyme genotype was greatly different among site populations and homogeneous within the sites. The genetic differentiation among nine districts was observed in the allele frequencies of a few loci, indicating that geographic isolation in the wild soybean population was effectively created through the distance between the districts. The difference in the allele frequency among the districts may be produced under genetic drift. Finally, the importance of the preservation of natural plant populations and the habitats of wild progenitors (i.e. the in situ conservation of plant genetic resources) was emphasized.     

北京地区野生大豆种群SSR标记的遗传多样性评价

 使用40对SSR引物分析了北京地区野生大豆(Glycine soja)天然种群的遗传结构与遗传多样性。10个种群共检测到526个等位变异, 平均每对引物等位基因数为13.15个, 种群平均Shannon指数(I)为0.658, 群体平均位点预期杂合度(H_e)为0.369, 群体平均位点杂合度(H_o)为1.29 %。平均种群内遗传多样度(H_s)为0.362, 平均种群间遗传多样度(D_ST)为0.446, 基因分化程度(G_ST)为0.544。该研究显示, 中-西部生态区种群比北部和东部山区种群有较高的遗传多样性。在地理上, 环绕北京地区的太行山和燕山两大余脉区域野生大豆种群遗传分化表现出地理差异。可能是经过干旱选择而形成的有抗旱潜力的种群在遗传上表现单一化。期待该种群提供耐旱基因。     

利用ISSR标记研究野大豆居群内遗传变异及其取样策略

为了有效地保护野大豆(Glycine soja Sieb.et Zucc.)并制定合理的居群取样策略,对上海江湾机场的一个人然野大豆居群进行了 100个单株(个体)的随机取样,并用ISSR分子标记对其进行了遗传多样性分析.利用筛选出的15条ISSR引物在这个居群中检测到较高的遗传变异,样本内个体间的相似系数变化在0.17～0.89之间.居群内平均每个位点的平均预期杂合度(He)为0.171 4,香农指数(I)为0.271 4.PCA分析显示,江湾野大豆居群内的遗传变异不是呈均匀分布,而是呈从状分布.该野大豆居群遗传多样性和样本内个体数量间的相关性分析显示:在个体数少于40的情况下,遗传多样性随个体数的增加而迅速增加;当样本中的个体数大于40时,遗传多样性的增加减慢并很快趋于饱和.研究表明:对野大豆居群进行异地保护时,对各居群的采样植株数不应当低于35～45;在居群内采样时,所采集的个体之间最好相隔一定的空间距离.     

利用ISSR标记研究野大豆居群内遗传变异及其取样策略

为了有效地保护野大豆(Glycine soja Sieb.et Zucc.)并制定合理的居群取样策略,对上海江湾机场的一个天然野大豆居群进行了100个单株(个体)的随机取样,并用ISSR分子标记对其进行了遗传多样性分析。利用筛选出的15条ISSR引物在这个居群中检测到较高的遗传变异,样本内个体间的相似系数变化在0．17～0．89之间。居群内平均每个位点的平均预期杂合度(He)为0．1714,香农指数(I)为0．2714。PCA分析显示,江湾野大豆居群内的遗传变异不是呈均匀分布,而是呈丛状分布。该野大豆居群遗传多样性和样本内个体数量间的相关性分析显示：在个体数少于40的情况下,遗传多样性随个体数的增加而迅速增加：当样本中的个体数大于40时,遗传多样性的增加减慢并很快趋于饱和。研究表明：对野大豆居群进行异地保护时,对各居群的采样植株数不应当低于35～45;在居群内采样时,所采集的个体之间最好相隔一定的空间距离。     

黑龙江省野生秋子梨群体遗传结构的荧光AFLP分析

以来自黑龙江省海林市、东宁县和孙吴县3个居群的90个野生秋子梨株系为试材,利用荧光AFLP标记技术对野生秋子梨群体遗传多样性及遗传结构进行了分析,旨在为野生秋子梨种质资源的保护和利用提供科学依据。结果表明:野生秋子梨3个居群种群水平多态性位点百分比(P)为82.95%,Nei’s基因多样度(H)为0.1467,Shannon信息指数(I)为0.2397,野生秋子梨遗传多样性水平较低;3个居群的多态性位点百分比、基因多样度及Shannon信息指数比较,东宁居群>海林居群>孙吴居群,居群水平上东宁居群的遗传多样性较丰富;基因分化系数(GST=0.1008)显示,野生秋子梨的遗传变异主要发生在居群内;野生秋子梨居群间存在较大的基因流动(Nm=4.4603),说明3个野生秋子梨居群间存在着较频繁的基因交流;UPGMA聚类分析结果表明,3个居群是相对独立的孟德尔群体,且海林居群和东宁居群的遗传关系较近。3个居群中东宁居群遗传多样性最丰富,是进行原生境保护优先考虑的居群。     

Genetic Differentiation among Natural Populations of Lepilemur ruficaudatus

We studied the genetic differentiation of five populations of red-tailed sportive lemur Lepilemur ruficaudatus by means of allozyme variability and RAPD polymorphisms in order to test whether the Tsiribihina River separates the distribution areas of Lepilemur ruficaudatus and and L. edwardsi. Genetic data as well as the karyotype of a male individual clearly indicate that the Andramasay Forest in the north of Tsiribihina River is inhabited by Lepilemur ruficaudatus and not by L. edwardsi. We propose that the distribution of the two species are separated by the Manambolo River. However, the northernmost population of Lepilemur ruficaudatus inhabiting the Andramasay Forest is gentically differentiated from those that inhabit the dry forest in the south of Tsiribihina River.     

中国野生大豆遗传资源搜集基本策略与方法

遗传资源搜集原则是通过种子采集追求样本具有最高程度的遗传多样性。为了合理而有效地搜集野生大豆资源,近年来通过野生大豆居群考察和遗传多样性分析,初步明确了野生大豆资源居群的遗传多样性分布动态:遗传多样性地理的和生态的区域性、生态系统内居群的遗传相关性及各种生境下居群遗传多样性差异,从理论上奠定了野生大豆资源合理有效搜集的依据。根据居群遗传多样性的分布规律,初步建立了居群野生大豆资源的搜集策略和方法。     

中国野生葡萄遗传多样性的RAPD分析(英文)

以起源于中国的 18个野生葡萄种 (73个株系 )、1个欧美杂交种、7个欧洲葡萄品种、1个砧木品种和河岸葡萄 (VitisripariaL .)一个品系为试材 ,利用RAPD技术研究了中国野生葡萄的遗传多样性。从 2 80个随机引物中筛选出 2 0个多态性好的引物扩增供试材料 ,产生了 191条多态性带。应用UPGMA聚类方法 (类平均法 ) ,获得了 83份材料的遗传距离矩阵及聚类分析树系图 ,且聚为 2 2类 12组。河岸葡萄、欧洲葡萄 (V .viniferaL .)及欧美杂种与中国野葡萄亲缘关系较远。在中国野葡萄中 ,菱叶葡萄 (V .hancockiiHance)与其他种的亲缘关系最远 ,秦岭葡萄 (V .qinlingensisP .C .He)次之。并可将中国野葡萄资源的 18个种、变种和类型分为 10组。种内不同花型株系间的遗传变异较大。