植物乳杆菌KLDS1.0728质粒p141的分子分析

对分离自植物乳杆菌KLDS1.0728的质粒p141进行了全序列测定,结果显示,该质粒全长为3597bp,平均G+Cmol%值为38%,并利用DNAMAN6.0软件得到该质粒限制性内切酶图谱。经NCBI网站ORFFinder软件分析确定其编码序列即ORF为15个,通过与公共数据库比对,发现可以识别功能的ORF有2个,其中包括质粒复制所必需的rep基因,p141的rep基因与已知序列的植物乳杆菌WCFS1内源质粒pWCFS101以及植物乳杆菌内源质粒pM4的复制蛋白基因相似性高达91%。根据rep基因的相似性比较,判断p141的复制模式归属于RCR模式的GroupIII组,即pC194家族。另外,还发现质粒p141中存在mob基因,表明该质粒具有水平转移能力。但没有发现Tn4430转座子以及转座酶基因topl和topA,所以可以判断该质粒的基因比较稳定。此外,还发现该质粒序列中存在一定的与质粒复制和转移调控以及蛋白质表达等有关的重复序列,其对调控质粒的拷贝数有一定意义。     

质粒pXZ10145核苷酸序列测定和分析

以Sanger双脱氧中止法为原理,利用美国ABI公司370A自动核酸序列分析仪,我们测定了谷氨酸棒杆菌质粒pxzl0145全长4887bp的核苷酸序列,该质粒上存在包括ApaI等18种限制酶的单一切点,其它限制酶切点的数目和位置也被定出,质粒上有8个可能的阅读框架,通过序列分析,我们确定了pxzlO145断裂生成缺失突变体pNAT65的两侧位点,在两个断裂点上发现存在“ATCTAGC”7个碱基的同向重复序列。     

用实时定量PCR解决基因组序列组装中的重复序列问题

目的:探寻一种简单、经济的方法,解决基因组序列拼接中的重复序列问题。方法:选取序列拼接中遇到重复序列问题的质粒NDM-BTR,在其与重复序列相关的contigs两端设计引物,进行实时定量PCR,通过观察临界循环数来判断contig之间的位置关系。结果:成功判断出质粒contig之间的位置关系,得到了质粒基因组完成图。结论:实时定量PCR法可用于解决基因组序列拼接中的重复序列问题,相比较传统建立大片段文库更加简单、快速、经济。     

构建重组系统分析回文结构对基因表达的影响

回文结构序列是最常见的一种DNA序列,它是许多基因表达调控因子的顺式作用元件。本文设计了不同长度的回文结构序列,构建了Cre\|loxP重组系统,通过共转化含有cre基因的质粒和含有loxp位点的质粒,观察共转化菌株质粒图谱的变化,研究了重组系统在细菌中对基因表达的作用,同时研究不同长度回文结构对基因表达的影响,结果发现长度在20bp以下回文序列对下游基因的表达没有影响,而长于34bp的回文结构序列则会抑制下游基因的表达。     

核糖体结合位点序列对大肠杆菌中HBcAg重组质粒表达的影响

用Bal-31外切酶调整乙肝病毒核心抗原(HBcAg)基因非编码区长度并克隆到质粒pKK 223-3中,获得了不同水平地表达HBcAg的重组质粒pKL系统。该系统所表达的HBcAg蛋白分子量为21000D。DNA序列分析发现高、中、低表达水平的3个重组质粒的SD序列到HBcAg基因的ATG之间的距离分别为12bp、13bp和19bp,高、低表达质粒的mRNA核糖体结合位点序列的二级结构分析显示,二者的自由能相差约3倍,且低表达质粒的mRNA的SD序列中的3个碱基及AUG中的3个碱基都参与配对,而高表达质粒只有SD序列中的2个碱基参与配对,表明SD序列到ATG的距离及mRNA的二级结构均在HBcAg的表达调控中起重要作用。     

枯草杆菌启动子—信号肽序列的克隆及序列分析

利用含红霉素抗生基因和缺启动子－信号肽序列的氨苄青霉素抗性基因的双功能质粒ｐＧＰＢ１４为探针载体,克隆了枯草杆菌的启动子－信号肽序列并对克隆的片段进行序列分析。枯草杆菌染色体ＤＮＡ经Ｓａｕ３Ａ酶解后与ＢａｎＨＩ酶切的质粒ｐＧＰＢ１４连接,转化大肠杆菌Ｃ６００,筛选抗氨苄青霉素及抗红霉素的转化子,从双抗性转化子中提取重组质粒并经酶切分析,显示克隆的ＤＮＡ片段在０．２７－１．５ｋｂ之间。用Ｓａｎｇｅｒ     

博尔纳病病毒pEGFP-p24基因重组质粒的构建及鉴定

构建博尔纳病病毒pEGFP-p24基因重组表达质粒。通过PCR方法扩增获得博尔纳病痛毒p24基因的完整序列,将此片段定向克隆到pEGFP-N1载体多克隆位点区,筛选重组阳性菌株,提取重组质粒,利用PCR方法和核酸序列测定验证重组质粒构建的正确性。PCR及核酸序列测定证明博尔纳病病毒pEGFP-p24基因重组表达质粒构建成功。构建的重组质粒将为研究博尔纳病病毒p24基因在真核细胞中的功能和作用提供实验依据。     

蜡状芽孢杆菌群中规律成簇间隔短回文重复序列的生物信息学分析

规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是最近发现针对噬菌体等外源遗传物质的获得性和可遗传性的新型原核生物防御系统。通过BLAST、多序列比对、RNA二级结构预测等生物信息学方法对已经完成全基因组测序的蜡状芽孢杆菌群24个菌株进行CRISPR的系统分析,结果表明:42%的菌株含有该结构;8个CRISPR座位的正向重复序列可以形成RNA二级结构,提示正向重复序列可能介导外源DNA或RNA与CAS编码蛋白的相互作用;31%的间区序列与噬菌体、质粒、蜡状芽孢杆菌群基因组序列具有同源性,进一步验证间区序列很可能来源于外源可移动遗传因子。由于大部分蜡状芽孢杆菌群菌株含有多个前噬菌体和质粒,通过对蜡状芽孢杆菌群CRISPR的分析,为揭示其对宿主菌与噬菌体,以及宿主菌与质粒间的关系奠定基础。     

一株动性球菌ZOYM的初步鉴定及其内源性质粒pPCZ1和pPCZ2的分析

从来自中国深海的样品中分离到一株菌株ZOYM, PCR获得其16S rRNA基因序列, 经比对, 与已发表的动性球菌属(Planococcus)的不同种高度相似。提取质粒DNA, 在琼脂糖凝胶上检测到多条DNA带, 对其中2个小的环型质粒pPCZ1和pPCZ2进行了克隆和测序。 pPCZ1和pPCZ2的全长分别为4738 bp和7935 bp, 编码3个和8个蛋白。预测的pPCZ1和pPCZ2的复制蛋白Rep分别与链球菌(Staphylococcus)质粒pSCFS1和芽孢杆菌(Bacillus) 质粒pBM19的Rep有很高的相似性。此外, pPCZ1和pPCZ2的复制蛋白Rep之间也有一定的同源性。质粒pPCZ1和pPCZ2上均未找到滚环复制质粒保守的dso和sso序列, 而在复制基因的上游均发现有多个重复序列和富含AT的序列, 因此, 推测它们可能不是以滚环方式进行复制, 而是theta方式。这是首次报道动性球菌属两个质粒的完整序列。     

针对乙肝病毒的串联序列amiRNA表达载体的构建

目的为优化RNA干扰研究方法,构建了针对乙肝病毒的串联序列amiRNA(artificial microRNA)质粒表达载体。方法设计针对乙型肝炎病毒S区的靶干扰序列,构建单一序列amiRNA质粒表达载体;将其中干扰效率好的两个序列串联起来,构建串联序列amiRNA质粒表达载体。结果经酶切及测序鉴定,插入序列与靶序列一致,载体构建正确。结论成功构建了新型针对乙肝病毒的串联序列amiRNA质粒表达载体,为进一步体外及体内实验奠定了基础。     

寻找黑脸琵鹭觅食地

黑脸琵鹭的觅食地在哪里?民以食为天,鸟为食而亡。弄清黑脸琵鹭的食物来源,对保护它们至关重要。