中国桫椤科植物叶绿体trnL内含子和trnL-trnF基因间隔区序列的系统发育分析

运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株：小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介亍l004-l082之间,A T平均含量60．9％,G C平均含量39．1％。计算了不同种间以及种内不同个体间序列的碱基差别(转换值／颠换值)和Kimura遗传距离。序列数据经排列后分别进行最简约法、最大似然法和邻接法分析,结果显示：(1)白桫椤、海南白桫椤和大羽桫椤构成的分支最早和该科内其余植物组成的另一分支分歧,而后者又进一步分为刃个亚分支,分别和桫椤亚属、黑桫椤亚属对应,支持夏群的分类处理：(2)大桫椤～狭羽桫椤～毛轴桫椤～篦齿桫椤、多羽桫椤一白桫椤～海南白桫椤以及小羽桫椤一桫椤各自构成独立、自然的末端分支,再参照分支内植物间的遗传距蔼取值,建议将此3个末端分支依次归并为3种：大桫椤、白桫椤和桫椤;(3)白桫椤属在科内处于基部位置,桫椤属奇桫椤亚属和黑桫椤亚属为衍生分支,赞同Tryon关于桫椤科进化和囊群盖起源的假说。     

基于叶绿体基因组数据的芸香科属间系统发育初步分析

为探究花椒属种水平系统进化关系以及为新品种培育研究奠定理论基础,该研究以芸香科物种的叶片为材料,采用改良CTAB法提取叶绿体DNA,利用BGISEQ-500平台进行叶绿体基因组测序,并对叶绿体基因组进行组装、注释,联合NCBI数据库数据,共获得芸香科19属49个物种的全叶绿体基因组序列。构建了芸香科属间系统进化关系。结果表明,(1)基于叶绿体基因组序列矩阵(总长196 641 bp),ML和BI 2种方法得到的系统发育树的拓扑结够基本一致,系统发育树各分支具有较强的支持率,叶绿体基因组数据可以解决芸香科属间的系统发育关系。(2)芸香科为单系类群,并进一步形成两大分支,其中柑橘亚科为单系,与芸香亚科内的芸香属聚为分支I,分支Ⅱ由芸香亚科和飞龙掌血亚科组成,两亚科均不是单系,其中飞龙掌血亚科的香肉果属,茵芋属与芸香亚科的白鲜属,臭常山属是最早分化出来的类群,其次是蜜茱萸属和山油柑属;黄檗属和吴茱萸属与花椒属类群形成姊妹群,飞龙掌血属的物种飞龙掌血嵌套于花椒属分支中,支持飞龙掌血物种并入花椒属的处理。     

基于13 个内含子的序列探讨鲸目的系统发育关系

本文基于实验室筛选得到的13 对内含子标记,在鲸偶蹄目的15 个物种中进行有效扩增,并重建了这15
个物种的系统发育关系。结果表明,抹香鲸总科(Physeteroidea) 位于齿鲸亚目(Odontoceti)的基部,从而支
持了传统的齿鲸亚目的单系性。在海豚总科(Delphinoidea)内部,贝斯分析结果支持了鼠海豚科(Phocoenidae)
和一角鲸科(Monodontidae)的姐妹群关系,而后再与海豚科(Delphinidae)相聚。系统发育分析同时还
强烈支持了海豚科的四个属(Sousa,Tursiops,Stenella,Delphinus)组成一个单系的“复合体”。另外,我们的分
析结果并不支持瓶鼻海豚属(Tursiops)和原海豚属(Stenella)的单系性。基于松散分子钟的分歧时间估算与以
往文献中的结果没有明显差异。这些研究结果提示,核基因内含子序列有希望解决一些长期存在的鲸类系统发
育问题。     

木犀科植物叶绿体基因组结构特征和系统发育关系

木犀科11属19个种叶绿体基因组的一般特征和变异特征的比较分析显示, 结果表明, 该科叶绿体基因组大小为154-165 kb, 其差异主要是大单拷贝(LSC)长度的差异所致。Jasminum属3个物种的叶绿体基因组长度与其余物种有较大差异, 该属clpP基因内含子和accD基因丢失。共线性分析表明, Jasminum属3个物种多个基因出现基因重排现象, 倒位可能是重排的主要原因。Jasminum属在IRb/SSC和SSC/IRa边界的基因均与其它物种不同; 重复序列与SSR数量检测结果表明, Jasminum属与其余物种在数量及重复长度上差异较大。基于CDS数据构建的系统发育树表明, Abeliophyllum distichum和Forsythia suspensa为木犀科中较早分化的类群。     

据叶绿体trnL—F序列分析“高等”金缕梅类植物的系统发育关系

研究对“高等”金缕梅类的 8科 2 4属 2 5种植物和外类群Hamamelis两种植物的叶绿体DNAtrnL_F区进行了测序 ,并根据DNA序列对该类植物的系统发育关系进行了分析。结果表明 :所有“高等”金缕梅类植物的科结合成一支 ,bootstrap分析支持率为 10 0 % ,各科之间的关系得到很好分辨。Nothofagus是最基部的一支 ;山毛榉科 (Fa gaceae)作为姐妹群与“核心”金缕梅类的科 (桦木科Betulaceae ,胡桃科Juglandaceae ,木麻黄科Casuarinaceae ,杨梅科Myricaceae,Ticodendraceae和马尾树科Rhoipteleaceae)组成一支 ,并得到很强的支持。“核心”金缕梅类构成三支 ,关系如下 :(1)Casuarina (Ticodendron ,(Betulaceae) ) ,(2 )Juglandaceae_Rhoipteleaceae ,(3)Myricaceae。本研究显示叶绿体DNAtrnL_F区对分辨“高等”金缕梅类科间关系及部分科内的属间关系十分有效。     

滇南桫椤的系统位置:来自叶绿体trnL内含子和DNA trnL-F间隔区序列的证据

为了探讨滇南桫椤Alsophilaaustroyunnanensis的系统位置 ,我们对该植物与中华桫椤Alsophilacostularis的叶绿体DNAtrnL内含子和trnL F间隔区序列进行PCR扩增和序列测定。滇南桫椤的trnL内含子、trnL F间隔区序列的长度分别为 5 70bp ,36 2bp ;中华桫椤的trnL内含子、trnL F间隔区序列的长度分别为 5 72bp ,36 1bp。结合已经发表的其他桫椤科植物的相应序列进行系统发育分析 ,用简约法和邻接法构建的系统发育树基本一致。结果表明 :1)所分析的桫椤科植物构成一个单系群 ;2 )滇南桫椤与Gymnosphaerapodophylla、Gymnosphaerapectinata、Gymnosphaerapseudogigantea、Gymnosphaeratinganensis、Gymnosphaeragigantea关系较近 ,聚成一支系 ;3)中华桫椤与Cyatheatsangii、Alsophilaspinulosa关系较近 ,聚成一支系。本文系统发育分析的结果支持将滇南桫椤归入黑桫椤属Gymnosphaera。     

基于叶绿体DNA atpB-rbcL区序列探讨石蒜属种间系统发育关系

摘要：为了探讨石蒜属（Lycoris Herb.）的种间系统发育关系,对石蒜属95个材料包括15种、4变种及2个人工杂种的叶绿体 DNA atpB-rbcL间隔区进行了测序,结合花部形态和核型特征,探讨了石蒜属种间系统关系及其可能的杂交起源,结果表明：在系统发育树上亲缘关系近的材料聚在一起,其中矮小石蒜（L. radiata var. pumila）和换锦花（L. sprengeri）与2个人工杂交种（Hybrid 1、Hybrid 2）、麦秆石蒜（L. straminea）、江苏石蒜（L. houdyshelii）、短蕊石蒜（L. caldwellii）和乳白石蒜（L. albiflora）具有密切的亲缘关系。atpB-rbcL序列揭示的石蒜属种间关系与染色体核型的分类结果部分一致,主要表现在具有近端部着丝粒(A)染色体的种与具有中部(M)和端部(T)着丝粒染色体的种各成一支,与形态和染色体分类结果一致;不同之处在于具有中部、端部和近端部着丝粒染色体的种分散在两个主要分支内,进一步验证了具有中部、端部和近端部3种着丝粒类型染色体组的石蒜如麦秆石蒜、江苏石蒜、短蕊石蒜和乳白石蒜等是杂交起源的假设,结合2个人工杂交种分析,揭示了短蕊石蒜和乳白石蒜的近端部着丝粒染色体来源于换锦花;麦秆石蒜和江苏石蒜近端部着丝粒染色体来源于矮小石蒜。     

胡颓子科叶绿体基因组系统发育分析与演化趋势推断

【目的】为探索胡颓子科叶绿体基因组演化趋势,从而为胡颓子科植物物种鉴定以及资源开发利用提供理论依据。【方法】研究从头组装并注释了沙棘属（Hippophae）和野牛果属（Shepherdia）共4个类群的叶绿体基因组,结合已发表的叶绿体基因组序列,比较了胡颓子科各类群叶绿体基因组的基因构成、重复序列和结构特征,建立了系统发育树,并通过高分化区定位了该科叶绿体基因组的潜在DNA条形码区域。【结果】胡颓子科各属叶绿体基因组在四分体结构、基因数量和排列上高度相似;沙棘属和野牛果属的反向重复区（IR）和整个基因组重复序列数目较胡颓子属有扩张和增加的趋势。基于胡颓子科18个类群的叶绿体全基因组序列的系统发育树中,胡颓子属、沙棘属和野牛果属各自聚为一支,前者先分化出来,沙棘属和野牛果属有最近共同祖先;从长单拷贝区（LSC）和短单拷贝区（SSC）筛选出3个DNA条形码候选区,其中ycf1基因的鉴定效果最佳,基于此构建的各类群系统发育关系与基于全基因组序列的结果一致。【结论】胡颓子科的叶绿体基因组结构保守,但其非编码区序列在各属间存在明显差异,且IR区序列与重复序列在演化过程中分别有扩张和增多的趋势。研究选定的DNA条形码序列能很好区分胡颓子科各属之间以及胡颓子属内物种间关系。     

蹄盖蕨科的系统发育: 叶绿体DNA trnL-F区序列证据

蹄盖蕨科Athyriaceae是蕨类植物中一个复杂的大科,由于属间关系不甚清楚,该科分类系统还有一些问题,比如新蹄盖蕨、拟鳞毛蕨属、假冷蕨属、肠蕨属、短肠蕨属和菜蕨属的系统位置常有争议。根据蹄盖蕨科34种植物和3种外类群植物的叶绿体DNA trnL-F区序列建立了系统发育树,结果显示:1.trnL_F区序列分析的结果与rbcL基因序列分析的结果几乎一致。2.新蹄盖蕨属Neoathyrium Ching&Z.R.Wang不应成立,该属应与角蕨属Cornopteris Nakai合并。3.假冷蕨属Pseudo     

鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系

采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用ClustalW排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明:鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。     

Evolution of larval food plant associations in Delias Hübner butterflies (Lepidoptera: Pieridae)

A review of larval food plants of the genus Delias is presented. Larvae specialize primarily on aerial‐stem and root hemiparasites (“mistletoes”) in the order Santalales. Although butterfly food plant associations have been recorded for only a small proportion of the genus (28 species or ～11%, representing 12/24 species‐groups), available data suggest that the family Loranthaceae is used most frequently (77%), followed by the Santalaceae sensu stricto (14%) and Viscaceae (8%). With the possible exception of Euphorbiaceae (1%), almost all non‐mistletoe records are considered to be erroneous and, in most cases, probably represent the mistletoe host tree on which the larvae sometimes pupate. Of the eight major clades recognized in Delias, food plants have been recorded for six of these, although the majority of records (89%) are for three clades (hyparete, belladonna, nigrina). Optimization of the larval food plant data in the context of recent phylogenetic hypotheses for both butterflies and plants revealed little evidence of cospeciation at the higher systematic levels. The most parsimonious reconstruction was an origin of larval feeding on Loranthaceae, followed by at least six independent colonizations to Santalaceae + Viscaceae. In contrast to related pierids in the Aporiina associated with mistletoes in which further shifts from aerial‐stem mistletoes to distantly related plants (e.g. host trees parasitized by mistletoes) have facilitated differentiation at the generic level, there is no firm evidence to indicate that such secondary, monomorphic shifts have evolved in Delias. However, larvae of D. henningia (pasithoe group of belladonna clade) from Palawan and Luzon, the Philippines, appear to be polymorphic, feeding on both Loranthaceae and Euphorbiaceae.     

利用RAPD标记研究几种淡水腹足类的亲缘关系

以软体动物腹足纲、中腹足目的光滑狭口螺、长角涵螺、纹沼螺、赤豆螺、大沼螺几个形态分类的近缘种及梨形环棱螺(对照)作为研究对象,用随机扩增多态DNA技术对上述动物进行了20个引物的扩增,共获得117条扩增谱带,单个引物扩增的RAPD标记在3-12个之间,片段长度在30—3000bp之间。试验结果显示：淡水螺类的RAPD标记具有明显的多态性,而且种间的扩增标记及差异程度可以反映出物种间系统演化过程的亲缘关系。通过数值聚类制图后得到：长角涵螺、纹沼螺、大沼螺、赤豆螺之间的亲缘关系较近,而光滑狭口螺、梨形环棱螺与上述4个种的亲缘关系较远,其结果与新修订的淡水中腹足目科级分类方案相当吻合。     

基于编码序列、基因间序列和氨基酸序列构建的系统发生关系比较

以7种古菌、46种细菌和10种真核生物的基因组为样本,考虑碱基间的短程关联和长程关联作用,得到编码序列的密码对和基因间序列的三联体对中不同位点的二核苷酸频率,据此构建了基于编码序列和基因间序列的系统发生关系。无论是基于编码序列还是基因间序列对信息进行聚类,古菌或真核均被聚在一支上,表明聚类参数的选择是合适的;与基于氨基酸序列构建的系统发生关系进行两两比较,发现大部分硬壁菌的编码序列与基因间序列之间,以及编码序列与氨基酸序列之间的进化都存在较大差异。通过分析认为,只有综合考虑这三类序列的进化信息,才可能得到更自然的系统发生关系。     

蝽科部分昆虫细胞色素b基因序列及其系统发育关系的探讨

以线粒体细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对蝽科蝽亚科3种、益蝽亚科2种、荔蝽亚科1种、盾蝽亚科2种昆虫进行序列测定,获得Cyt b基因432bp的序列片段,该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为31．3％、12．4％、37．6％和18．7％,A T平均含量为68．9％,明显高于G C含量(30．1％);密码子第三位点A T含量更高达82．7％。属和种间序列变异大,碱基替换多发生在第三位点。以筛豆龟蝽(Megacopta cribraria)为外群构建系统发育树,结合形态特征与序列变异率,赞同将盾蝽亚科、荔蝽亚科从蝽科划分出来并提升为科的观点,它们之间的系统关系为：盾蝽科与荔蝽科形成姊妹群,较蝽科发育得早;蝽科作为一个单系群,是蝽总科中最为进化的类群。     

烟粉虱内共生菌16S rDNA的变异与系统发生

对 5年连续饲养在不同种寄主植物上的B型烟粉虱北京种群的内共生菌 1 6SrDNA基因进行了PCR扩增和测序。结合已知序列 ,构建了不同寄主植物烟粉虱初生内共生菌约 1 0 0 0bp的 1 6SrDNA及次生内共生菌约1 2 5 0bp的 1 6SrDNA的分子系统树。结果表明 ,中国北京不同寄主植物的B型烟粉虱内共生菌及世界其它地区烟粉虱内共生菌可能是同一种的不同生态型 ,内共生菌在其宿主分化后进行了选择 ,之后与其宿主长期共同进化、共同适应 ,为宿主对不同生境的适应提供了一定的基础     

小麂、赤麂、黑麂mtDNA序列变异性及反映的进化关系

利用已测定的鹿科麂亚科动物小麂、赤麂、黑麂的线粒体全基因组序列,统计它们各自连接在一起的13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个控制区序列的碱基长度和组成,计算rRNA基因遗传距离,估算分歧时间,比较蛋白编码基因的碱基水平和氨基酸水平上的差异,基于连接在一起的13个氨基酸序列,以羊为外群,通过邻位相连法和最大简约性法构建进化树,探讨小麂、赤麂、黑麂的进化关系。结果表明,小麂是较原始的物种,赤麂和黑麂较为近缘,是从类似小麂的祖先演化而来。