长白落叶松群体4CL基因单核苷酸多态性分析

以黑龙江省林口县青山林场21年生长白落叶松（Larix olgensis Henry）异地保存种为材料,利用SNP标记方法和DNAMAN软件分析白刀山种源子代林的单核甘酸多态性情况。从分子水平证明长白落叶松具有丰富的遗传多样性,用4CL-A引物检测到178个SNP多态位点。共测序240条EST序列,测序成功193条,测序成功率为80.42%。本研究178个SNP变异中,有126个属于转换类型,占总变异的70.79%;有52个属于颠换类型,占总变异的29.21%,变异类型符合,转换∶颠换=7∶3。在转换类型中,A/G和C/T转换分别占37.08%和33.71%;颠换类型中G/C、A/C、A/T、和G/T分别在占7.87%、8.99%、7.87%和4.99%。但每个家系内的转换和颠换的比例相差较大,没有规律。转换和颠换的比例最大的是554号家系,其比值为7∶1,最小的家系是855号家系,其比值为3∶4。     

IL-17A基因单核苷酸位点多态性与胃癌预后的相关性研究

探讨白介素17A基因多态性与胃癌预后的关系。129例研究对象纳入生存分析,分成死亡和存活两组,用基因测序的方法检测血液样本IL-17A基因SNP位点rs3748067、rs17880588基因型分布。rs3748067位点有3种基因型T/T、C/T、C/C,rs17880588位点有2种基因型A/G、G/G。比较存活组和死亡组之间的基因型分布频率和单点等位基因分布频率,发现rs3748067的基因型C/T在死亡组的分布频率较存活组高,基因型T/T和C/C在死亡组的分布频率低于存活组,两组之间分布频率差异有统计学意义(P0.05)。杂合型C/T基因型在存活组分布低于死亡组(OR=2.051,CI=0.016~1.420),该位点基因型杂合可能为胃癌预后的一种危险因素。rs17880588的两种基因型A/G、G/G在存活组和死亡组的分布频率差异无统计学意义(P0.05)。结论:IL-17A基因rs3748067位点SNP与胃癌预后可能有相关性。     

宿主基因单核苷酸多态性与幽门螺杆菌相关胃癌

幽门螺杆菌相关胃癌是一种由遗传、环境、生活方式等因素共同作用所致的特殊类型胃癌。它的发病过程至少包括炎症、萎缩和癌变3个主要阶段。宿主基因单核苷酸多态性(SNP)包括炎症反应、胃酸抑制、免疫识别等相关基因SNP,可能特异性参与了幽门螺杆菌相关胃癌发生发展过程中的不同阶段。文章综述与幽门螺杆菌相关胃癌发病3个主要病理阶段相关的宿主基因SNP及其与胃癌发病风险关系的研究进展。     

干扰素诱导跨膜蛋白3rs12252单核苷酸多态性与乙型流感临床严重程度的相关性研究

为了研究干扰素诱导的跨膜蛋白3(Interferon-induced transmembrane protein 3,IFITM 3)rs12252单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)与乙型流感临床严重程度的相关性,在吉林省和湖南省收集了181名乙型流感轻症病例和83名乙型流感重症病例全血标本,提取两组病例基因组DNA并扩增相应的目的片段后,采用Sanger测序的方法对ITIM3rs12252SNP进行基因分型。同时选用千人基因组103名中国北京地区汉族人(CHB)为一般人群对照。统计分析结果表明,轻症病例IFITM 3rs12252基因型频率分布与一般人群对照无显著性差异,但重症病例rs12252CC基因型频率显著高于一般人群对照组。乙型流感重症病例IFITM3rs12252C等位基因频率显著高于轻症病例(P0.05),携带rs12252-C等位基因发展为乙型流感重症的风险是rs12252-T等位基因的1.818倍(Odds Ratio=1.818,95%CI:1.241~2.664)。并且重症病例中rs12252CC基因型频率显著高于轻症病例(P0.05),表明rs12252CC基因型与乙型流感重症相关。     

rs2200733多态性与中国汉族中青年高血压患者并发心房颤动的关联性

目的:探讨人基因组rs2200733位点的多态性与中国汉族中青年高血压患者并发房颤发生的关联性.方法:根据入选标准,选择中国汉族中青年高血压并发房颤患者208例(房颤组)和不伴房颤的高血压患者405例(对照组).采集患者外周血,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应-限制性酶切片段长度多态性技术检测rs2200733位点的基因型和等位基因分布.结果:rs2200733位点存在多态性,分别为TT、TC和CC型,其基因型频率在房颤组和对照组分别为58.1％、33.7％、8.2％和72.9％、25.9％、1.2％.基因型分布有显著性差异(P＜0.001),房颤组TC和CC基因型频率明显高于对照组(P＜0.001).Logistic多因素回归分析显示rs2200733位点多态性与房颤显著相关(OR=3.143,95％CI:1.442-6.581).结论:rs2200733位点多态性与中国汉族中青年高血压患者的房颤发生存在相关性,TC和CC基因型可能是房颤发生的一个遗传易感因素.     

葡萄糖转运体9（GLUT9）基因启动子区的rs13124007（G/C）及rs6850166（G/A）位点的单核苷酸多态性（SNP）与汉族女性痛风相关性研究（英文）

目的：探讨葡萄糖转运体9（GLUT9）基因启动子区的rs13124007（C/G）及rs6850166（A/G）位点的单核苷酸多态性（SNP）与中国汉族女性人群痛风易感性之间的相关性。方法：选取185例痛风患者和300例正常对照者,提取基因组DNA,采用聚合酶链式反应（PCR技术）,特异性扩增GLUT9基因所需要的目的片段,对扩增的目的片段进行测序后,比较痛风组和正常对照组的基因型频率及等位基因频率分布情况。结果：女性痛风组中GLUT9基因的启动子区rs13124007和rs6805116两个位点的基因型频率分布与正常对照组相比,统计学上无明显的差异（X2=0.906,P=0.636;X2=3.335,P=0.189）,rs13124007 SNP位点的C等位基因频率和rs6850166SNP位点的A的等位基因频率与正常对照组相比也无明显的统计学差异（X2=0.506,P=0.477;X2=3.268,P=0.071）。结论：葡萄糖转运体9（GLUT9）基因启动子区的rs13124007（C/G）及rs6850166（A/G）位点的单核苷酸多态性（SNP）与中国汉族女性人群痛风易感性无明显的相关性。     

单核苷酸多态性的研究及其生物学意义

单核苷酸多态性(SNP)是基因组中发生频率最高的变异种类.目前数据库内的SNP数量已经超过了9 000 000个,人体的许多表型差异,以及对药物或疾病的易感性等,都可能与SNP有关.研究SNP可促进人们对基因组结构、基因的进化历史及疾病发生根源的了解.SNP是种群遗传分析、疾病发生机理和药物研发等领域的重要研究对象.目前,针对SNP研究所建立的数据库和高效、精确、方便操作的工具,对于展现SNP在引领遗传分析、疾病诊治等领域发展方面的重要性具有很高的利用价值.     

MTMR3基因1670C>T多态性与胃癌易感性的关系研究

目的:探讨MTMR3基因3'非翻译区(3'UTR)1670CT多态性与胃癌发病的关联。方法:通过病例对照研究,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法检测500例胃癌患者和502例正常对照者MTMR3基因1670CT位点的基因型,通过非条件Logistic回归,并校正了性别、年龄、吸烟、饮酒的影响,分析该位点与胃癌易感性的关系。结果:MTMR3基因1670CT基因型分布在病例组和对照组均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。经过年龄、性别、吸烟和饮酒状况校正的非条件logistic回归分析发现,与CC基因型患者相比,含有T等位基因的基因型(CT和TT)患者胃癌的发病风险增高(校正优势比=1.72,95%置信区间=1.36~2.16,P=3.99×10-5)。结论:MTMR3基因1670CT多态性位点与胃癌发病存在显著性关联,1670T可能是胃癌发生的一个遗传危险因素。     

骨质疏松易感SNP rs4325274通过增强子远程调控SOX6基因的功能机制研究

骨质疏松症是一种典型的多基因复杂疾病,遗传力高达85%,其发病率已跃居常见疾病的第5位。尽管已经鉴定出大量骨质疏松易感SNP,但大多数SNP位点位于基因组非编码区,且功能机制未知。本研究旨在通过生物信息学分析和功能实验探究骨质疏松非编码功能性易感SNP rs4325274的分子调控机制。首先,通过表观注释发现该SNP所在区域处在增强子上,eQTL和Hi-C分析结果发现SNP调控的潜在靶基因是SOX6;然后,利用多种数据库进行Motif预测,并结合GEO数据库中的ChIP-seq数据分析进行了验证,结果发现转录因子HNF1A更倾向于结合SNP rs4325274-G碱基;进一步通过双荧光素酶报告基因实验验证了该SNP对SOX6基因表达的增强作用;最后,利用shRNA敲低转录因子HNF1A实验,检测靶基因SOX6的表达变化。以上研究结果初步解析了非编码区功能性SNPrs4325274作为增强子远程调控SOX6基因表达的分子机制,为复杂疾病非编码易感SNP的遗传调控研究提供新思路。     

TGF-β1基因SNPs与长沙汉族人群 脑卒中的相关性研究

目的:通过对长沙汉族人群TGFB1的多态分布规律的研究,从遗传流行病学的角度探讨TGFB1SNPs（单核甘酸多态性）与长沙汉族人群脑卒中的关系.方法:应用PCR、RFLP及DNA直接测序等方法对研究人群进行-509C＞T及+869T＞C基因分型.研究对象包括:脑梗死(CI)患者186例,脑出血(CH)患者202例,正常...     

支原体抑制宿主肿瘤细胞酪氨酸激酶受体c-kit降解

目的：研究支原体污染对宿主肿瘤细胞酪氨酸激酶受体c-kit降解的影响,探讨支原体污染对肿瘤细胞增殖的影响。方法：应用激光共聚焦荧光显微镜及透射电镜观察支原体污染HeLa细胞后内吞体的改变,间接反映外膜受体经内吞后的转运动力学改变：应用westernblot直接检测c-kit总量变化,泛素化水平及磷酸化水平;应用MTT法观察HeLa细胞污染支原体后细胞的增殖受到何种影响。结果：支原体污染后,内吞体聚集于核周,其膜表面积增大;支原体污染导致c—kit总量增加,同时泛素化磷酸化水平均增加,反映降解受抑制;支原体对肿瘤细胞增殖表现为双向影响,少量支原体污染促进HeLa细胞增殖,过量支原体污染则抑制增殖。结论：支原体污染在一定范围内可以通过抑制受体降解促进肿瘤细胞增殖,有可能是肿瘤进展中的一个加重因素,在将来需要引起临床工作者诊断和治疗上的重视。     

Association Study of Single Nucleotide Polymorphisms in XRCC1 Gene with the Risk of Gastric Cancer in Chinese Population

Gastric cancer is one of highly cancer-related deaths in the world. Previous evidence suggests that the X-ray repair cross-complementing group 1 gene (XRCC1) is one of the most important candidate genes for influencing gastric cancer risk. The objective of this study was to detect the potential association of genetic variants in XRCC1 gene with gastric cancer risk in Chinese Han population. In total, we enrolled 395 gastric cancer patients and 398 cancer-free controls in this study. The genotyping of c.910A>G and c.1804C>A genetic variants in XRCC1 gene were investigate by the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and created restriction site-PCR (CRS-PCR) methods, respectively. We found the genotypes/alleles from these two genetic variants were statistically associated with the increased risk of gastric cancer (for c.910A>G, GG versus (vs.) AA: OR = 2.00, 95% CI 1.21-3.31; AG vs. AA: OR = 1.50, 95% CI 1.12-2.02; GG/AG vs. AA: OR = 1.59, 95% CI 1.20-2.10; GG vs. AG/AA: OR = 1.68, 95% CI 1.03-2.73; G vs. A: OR = 1.47, 95% CI 1.18-1.83; for c.1804C>A, AA vs. CC: OR = 2.68, 95% CI 1.46-4.94; AA vs. CA/CC: OR = 2.62, 95% CI 1.44-4.76; A vs. C: OR = 1.33, 95% CI 1.06-1.66). The allele-G of c.910A>G and allele-A of c.1804C>A genetic variants may contribute to gastric cancer susceptibility. These preliminary results indicate that these XRCC1 genetic variants are potentially related to gastric cancer susceptibility in Chinese Han population, and might be used as molecular markers.     

单核苷酸多态性在医学领域的应用

作为第三代DNA遗传标记,单核苷酸多态性(SNP)标记已经成为基因功能研究、寻找疾病基因和基因型鉴定、药物基因组学的主要研究手段,在高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及分子生物学的基础研究等方面发挥了重要作用。近年来SNP在法医鉴定等领域也有广泛应用。     

大规模单核苷酸多态性分析与肿瘤易感性

单核苷酸多态性(SNPs)是人类基因组中最常见的变异形式。作为第三代遗传标记,SNP在基因定位、克隆、遗传多态性方面具有广泛应用,特别是作为基因诊断标记在预防医学中具有十分重要的作用。近年来,随着人类基因组计划的发展,数以百万计的SNP被陆续发现,并可在公共数据库中免费获得。SNP数量的快速增加和SNP检测方法的发展,为其在肿瘤易感性领城的应用提供了可能。在本综述中,我们介绍了几种高通量检测SNP的分析方法,总结了大规模SNP分析技术在肿瘤易感性中的应用,介绍了目前人们对于不同人群中的SNP分析、肿瘤易感基因、个体肿瘤易感性的理解,以及研究SNP标记与肿瘤易感性关系时存在的难点。     

PD-L1基因多态性与结直肠癌患者奥沙利铂化疗疗效和安全性的相关性研究

目的:研究PD-L1/3'-UTR上单核苷酸多态性rs4143815与结直肠癌患者奥沙利铂化疗疗效及安全性的相关性。方法:首先,测定262例接受奥沙利铂化疗的结直肠癌患者rs4143815的基因型;然后,统计分析基因型与奥沙利铂化疗疗效、不良反应发生情况及临床病理参数的相关性。结果:PD-L1/3'-UTR上单核苷酸多态性rs4143815与奥沙利铂治疗的疗效显著相关(P=0.028);与C/C型相比,C/G型患者的化疗疗效更好(OR=2.10),而G/G型患者的疗效却更差(OR=0.49)。然而,G/G型患者的不良反应发生率更低(OR=0.46)。此外,PD-L1/3'-UTR上单核苷酸多态性rs4143815与结直肠癌的肿瘤大小显著相关,G/G型患者的肿瘤体积比C/C型患者更小(R=0.08)。结论:rs4143815与奥沙利铂治疗结直肠癌患者的疗效、安全性和肿瘤大小显著相关,可能成为预测结直肠癌患者奥沙利铂治疗的疗效和安全性的参考分子标志物。     

Toll-Like Receptors and Human Disease: Lessons from Single Nucleotide Polymorphisms

Toll-like receptors (TLRs), a large group of proteins which recognize various pathogen-associated molecular patterns, are critical for the normal function of the innate immune system. Following their discovery many single nucleotide polymorphisms within TLRs and components of their signaling machinery have been discovered and subsequently implicated in a wide range of human diseases including atherosclerosis, sepsis, asthma, and immunodeficiency. This review discusses the effect of genetic variation on TLR function and how they may precipitate disease.     

中国汉族人群Toll 样受体4 基因多态性与阿尔茨海默病 相关性研究

目的:探索中国汉族人群Toll样受体4基因Asp299Gly多态性与阿尔茨海默病(AD)相关性。方法:样本来源于2010.01-2012.01上海普陀区人民医院门诊及病房、瑞金医院、华山医院痴呆专病门诊就诊的200例AD患者(年龄在45-85岁之间)与同时期入组的患者配偶或体检中心200例健康对照(统计分析时有10例患者因故剔除),所有入组者为无血缘关系的中国汉族人。AD诊断由神经科专科医生参照美国国立神经病学、语言交流障碍和卒中老年性痴呆和相关疾病学会工作小组(NINCDS-ADRDA)关于AD的诊断标准确定。所有入组者抽取随机静脉血2 ml,血样标本使用双脱氧链终止法进行TLR4基因Asp299Gly突变检测。实验前期随机抽取部分血样进行TLR4蛋白定量测定。因为使用双脱氧链终止法未检测到TLR4基因Asp299Gly突变型,在实验后期我们又使用连接酶检测反应法对其中352例样本进行TLR4基因Asp299Gly突变复测及ApoE等位基因型检测。结果:与对照组相比,AD组外周血TLR4蛋白含量增高,其差异性具有统计学意义(P<0.05)。基因检测结果显示TLR4基因Asp299Gly突变两组均为野生型A,AD组ApoEε4基因型频率(包含纯合子及杂合子)高达35.90%,明显高于对照组(17.35%)。结论:AD组外周血TLR4蛋白表达量增高提示TLR4与AD发病有一定相关性,但没有证据表明TLR4基因Asp299Gly突变与AD发病有相关性。     

ABCB1 基因单核苷酸多态性rs2235048 与氯吡格雷抵抗的相关关系

目的:探讨ABCB1基因单核苷酸多态位点rs2235048在中国汉族人群中的分布及其与氯吡格雷抵抗(Clopidogrelresistance,CR)发生的相关关系。方法:采用光学比浊法测定20μmol/L ADP诱导的残余血小板聚集率(Residual plateletagglutination,RPA)。当RPA≥70%时,即为CR。所有入选患者分为CR组和氯吡格雷非抵抗组(Non-clopidogrel resistance,NCR)。采用焦磷酸测序法测定ABCB1基因rs2235048单核苷酸多态位点在CR组和NCR组的基因型及等位基因分布频率。结果:ABCB1基因rs2235048多态在CR组和NCR组基因型分布频率符合Hardy-Weinberg平衡。在CR组和NCR组中,ABCB1基因rs2235048多态的基因型频率分布无统计学差异(P=0.527,X2=1.281);T、C等位基因频率在两组间分布频率也没有统计学差异(P=0.740,OR=0.958,95%CI=0.742～1.236)。结论:对PCI术后服用氯吡格雷的冠心病患者进行分析发现,ABCB1基因单核苷酸多态位点rs2235048与冠心病患者CR的发生无相关关系。     

单核苷酸多态性检测方法研究进展

：单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的一种DNA序列多态性。SNP作为第三代分子标记,具有数量多、分布广等特点,已成为人类后基因组时代的主要研究内容之一。单核苷酸多态性在医学研究、临床诊断、药物开发与合理用药、法医学、遗传学的发展方面具有重要意义。因此,建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。各种SNP分型检测方法都由等位基因特异性的识别反应和等住基因识别产物的分析检测两个部分组成。本文系统的介绍了引物延伸反应、序列杂交反应、酶连接反应、酶切割反应、核酸链构象差异反应等SNP检测的等位基因特异性的识别原理,以及质谱、荧光共振和偏振信号、化学发光、毛细管电泳测序、生物传感器等分析检测手段,并简要介绍了相关识别原理和分析检测手段的优缺点及应用范围,并对SNP检测技术的发展进行了展望。     

焦磷酸测序测定SNP的常见问题与解决方法

目的:探讨焦磷酸测序技术对单核苷酸多态性分型因测序图谱中存在的一些典型问题而导致分型结果不准确的解决方法。方法:以VKORC1基因1639 GA位点、CYP2C19基因636 GA位点及UGT1A1基因TA重复序列(TA)6(TA)7的多态性检测为例,分别采用优化PCR条件、改变测序时dNTP的加入顺序以及设立外标校正的方法来解决上述问题,从而提高焦测序对SNP分型的准确性。结果:通过升高PCR退火温度,可以显著提高VKORC1基因的扩增特异性,降低了测序图谱中非特异性信号峰强度;通过优化测序时dNTP的加入顺序,CYP2C19基因636 GA位点的准确分型结果可通过观察测序图谱中相关信号峰的有无而简单获得,避免了比较信号峰的相对强度;通过比较待测样本与已知基因型的外标样本的测序图谱来确定待测样本的基因型,提高了对UGT1A1基因TA重复序列(TA)6(TA)7多态性的分型准确性。结论:本文针对焦测序在测定SNP时的常见问题所提出的相应解决方法不仅简单、经济有效,而且在临床应用方面具有可靠性。