华大基因六周年

从1%人类基因组测序到水稻、家蚕基因组测序,从10%人类HapMap项目中国部分到家鸡单体型图,华大基因研究中心完成了一系列一流的科研工作,为中国科技界争得了荣誉。一流的技术水平先进的核酸分析平台:拥有ABI3730xl,ABI377,MegaBACE等先进的测序仪共112台,日产可达5千万高质量碱基,单碱基正确率大于99%。拥有SEQUENOM,Illumina等先进的基因分型仪器。强大的生物信息分析平台:拥有IBM,SUN,SGI,曙光等7台超级计算机,近百名经验丰富的专业人才。成熟的实验和分析流程:拥有经过大型项目锤炼的基因组测序,基因表达分析,基因分型,基因…     

英国帝国理工学院：人类基因组测序有望几分钟内完成

2010年12月20日,英国帝国理工学院（Imperial College）宣布,开发了一种叫做Nano Sequencing的纳米孔测序新技术,该技术可能导致能在数分钟内解读人类基因组的DNA测序仪的开发,而且成本只有现行测序技术的几分之一。研究的详细情况发表在《纳米通讯》（Nano Letters）杂志上。     

美国Life Technologies公司的新测序仪：1000美元一天内解读1个人的基因组

2012年1月10日,美国Life Technologies公司宣布开始接受采用半导体测序技术的新产品、台式离子-质子“Ion Proton”高速测序仪的订货。这款仪器旨在一天内完成1个人基因组的测序,耗资约为1000美元。 Ion Proton测序仪的价格为14．9万美元,该机型采用了在世界市场上以高速而畅销的测序仪“Ion Personal Genome Machine（PGM）”曾使用过的半导体测序技术的新生代技术。     

Life Technologies推出台式基因测序仪,实现1000美元解码人类基因组

近日,Life Technologies公司推出了新型台式基因测序仪Ion ProtonTM。该款测序仪采用新一代半导体测序技术,拥有快速、简单及可扩展等特征,能有效推进临床研究在癌症及遗传性疾病等诊断中的发展。借助该技术产品,只需1000美元即可在一天时间内完成个人全基因组测序。目前,使用传统的光学测序技术对人类基因组进行     

基于MegaBACE 1000的荧光(marker)开发

MegaBACETM 1000 DNA测序仪是由美国Pharmacia公司生产的一种高通量的DNA测序仪,利用这套测序仪,可以进行DNA测序、遗传分析等相关研究。但该公司生产的用于遗传分析的DNA标记物（marker）（ET550-R Size Standards）价格不菲,出于节省成本的考虑,自行开发了荧光标记物,经过验证,这个标记完全可以在MegaBACE 1000 DNA测序仪上使用。利用这套标记物和自己开发的标记物识别软件,构建了一套基于MegaBACE 1000 DNA测序仪的改良的、高通量的AFLP操作流程。     

4个Y-STR基因座的多态性及其法医学应用的研究

通过荧光标记引物结合ABI377型全自动DNA测序仪检测自动分型方法对中国壮族及汉族人群中各100例无关男性个体的 A10、C4、A7.1、A7.2等4个Y染色体特异的基因座的等位基因及单倍型的分布进行了调查。结果发现 A10、C4、A7.1 A7.2基因座分别有7、6、6、6个等位基因,基因多样性（GD）分别为0.7776/0.629(壮/汉）、0.773/0.732、0.5978/0.7272、0.6664/0.6458。在200个观察样本中共发现114种单倍型（haplotype）,单倍型多样性(haplotype diversity,ID）分别为0.9786/0.9772(壮/汉)。通过测序确认基因座核心重复序列及等位基因核心序列重复数。建立了这4个基因座的复合扩增体系,分型准确清晰。还对这4个基因座的男性特异性、遗传稳定性、灵敏度等法医学有关指标进行了考察并且在实际案例中进行了应用,结果证明,这4个Y-STRs基因座非常适应于法医检验,具有较高的实用价值。     

微生物完整基因组测定中的Gap closure策略

微生物基因组空缺区域(Gap)中可能存在重要的生物学信息,如果无法补齐所有Gap,不仅不能获得完整的基因组图谱,还会给后续的基因组信息解读造成很大困难。而基因组空缺区域填充(Gap closure)是获得微生物基因组完成图的关键,本文结合作者以及借鉴上海人类基因组研究中心在微生物基因组Gap closure中的经验,针对微生物基因组Gap closure常用的6种策略:参考序列比对、多引物PCR、基因组步移、基因组文库克隆末端测序、末端配对(Paired-End)以及基因组光学图谱技术进行综述。     

使用边扩增边连接技术以两步PCR反应制备两个癌症候选基因的重测序DNA文库

近年来应大规模基因组学和遗传学研究发展的需要,能够提供“高通量、低成本、低劳动量”测序服务的新一代大规模并行测序技术应运而生.辅助其应用的生物信息分析软件和实验方法也层出不穷.而在关联研究如癌症研究中有广泛应用的基于PCR的基因组学和遗传学研究方法,却因其研究的目标区域较短,而较少地受益于采用“鸟枪法测序”策略的新一代测序技术.尽管已提出诸如“芯片捕获法”、“目标选择法”等技术克服这一难题,但这些方法对仪器和实验室操作的额外要求限制了它们的应用和推广.本实验提出一种能简便克服这一难题的“边扩增边连接方法”（Ligation by Amplification,LBA）：使用一对“公用接头”和两步PCR反应将多个目标区域随机连接起来,其随机连接而成的长链产物可被简易地随机片段化并在新一代测序仪上测序.使用专门设计的、包含公用接头的LBA引物,将人类基因组保守编码序列中两个癌症相关基因：BRCA1和BRCA2的外显子进行扩增,并将所得到的70个扩增产物在一步PCR过程中进行边扩增边连接.所得的长链LBA产物经随机片段化后制备成可被传统Sanger测序法和新一代边合成边测序技术测序的DNA文库,分别在ABI3730xl测序仪和Illumina/Solexa Genome Analyzer测序仪上进行测序.对目标序列的覆盖度、覆盖深度和单核苷酸多态性检测的有效性的生物信息学分析证明：运用本方法可高效地在新一代测序仪上进行基于PCR的重测序和遗传多态性研究,推动各种基于PCR的基因组学和遗传学研究的发展.     

元基因组文库分析技术研究进展

随着新的分析技术的不断出现和成熟,促进了微生物分子生态学及相关学科的诞生和迅速发展。其中,元基因组文库分析技术即是近年来微生物分子生态学研究领域兴起的一种新的分析技术。就元基因组分析技术诞生的背景及该技术的原理进行了讨论,着重阐述了元基因组文库分析技术在寻找新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性、人类元基因组测序等方面的应用。另外,归纳总结了目前国际上常用的诸如PCR为基础的筛选、荧光原位杂交（fluorescent in situ hybridization,FISH）、底物诱导的基因表达筛选（substrate induced gene expression screening,SIGEX）、基因芯片等元基因组文库筛选方法,并就不同方法的优缺点进行了分析和讨论,指出了目前元基因组文库分析技术存在的主要问题并对今后该技术的发展进行了展望。     

Life Technologies在中国推出台式基因测序仪,实现1000美元解码人类基因组

2012年3月28日,总部位于美国加利福尼亚州的生命科学厂商Life Technologies公司（NASDAQ：LIFE）今日宣布在中国推出新的台式基因测序仪Ion Proton。借助该技术产品,只需1000美元即可在一天时间内完成个人全基因组测序。     

踝肱指数与糖尿病周围神经病变及中医证候积分的相关性

目的：探讨踝肱指数（ABI）与糖尿病周围神经病变及中医证候积分的相关性。方法：选取我院内分泌科收治辩证以气阴两虚 为证型的糖尿病患者66 例，根据踝肱指数实验将患者分为ABI降低组（0.9>ABI>0.5）和ABI 正常组(1.4>ABI>0.9)。记录患者神 经病变症状尼龙丝检查以及中医症候评分，分析ABI与糖尿病周围神经病变及中医证候积分的相关性。结果：ABI降低组的糖尿 病周围神经病变的患病率高于ABI正常组（P<0.05）。ABI 降低组发麻、针刺感症状的发生率高于ABI 正常组，且有统计学差异 （P<0.05）。ABI降低组10 g尼龙丝检查异常者多于ABI正常组，差异显著（P<0.05）。ABI降低组的感觉振动阈值高于ABI正常组 （P<0.05）。ABI数值与中医证候积分呈负向直线相关（P<0.05）。结论：糖尿病患者ABI数值与糖尿病周围神经病变和中医证候积 分具有相关性。     

中国首个单分子测序仪样机发布

<正>在2015年10月27日南方科技大学举行的"基因组测序技术进展国际研讨会"上,深圳市瀚海基因生物科技有限公司发布了其自主研发的单分子基因测序仪"GenoCare"原理样机。据瀚海基因创始人兼CEO、南方科技大学副教授贺建奎介绍,这是亚洲首个具有自主知识产权、中国第1台制成样机的第3代测序仪。与已应用于临床的(第2代)基因测序设备相比,该     

合成噬菌体的贡献与风险

噬菌体（bacteriophage,phage）是感染细菌、真菌、放线菌或螺旋体等微生物的细菌病毒的总称。噬菌体在生态、微生物进化、细菌性疾病预防和治疗、细菌鉴定与疾病诊断等方面扮演重要角色。基因组测序技术和高效合成平台促进了合成基因组学的发展。利用合成基因组学技术,对噬菌体基因组进行设计或者合成出新的噬菌体来服务人类在不久的未来可能成为现实。但与此同时,合成噬菌体带来的风险也必须认真考虑。     

ABI 1700芯片分析系统在基因差异表达研究中的应用

应用化学发光法标记技术分别对正常和临床慢性髓细胞性白血病（chronic myelogenous leukemia,CML）病人骨髓单个核细胞的RNA进行标记,然后与ABI的人全基因组表达谱芯片杂交,对于杂交后所得到的荧光信号数据,应用1700芯片分析系统对其进行生物信息学分析.实验结果表明,ABI1700芯片分析系统可以对基因芯片杂交后得到的差异表达基因进行疾病学分类和生物功能分类分析,同时还发现与CML相关的差异表达基因75个,因此ABI1700芯片分析系统在芯片研究领域中具有重要的应用价值.     

TP-M13自动荧光检测法在高粱SSR基因型鉴定中的应用

研究利用TP-M13自动荧光检测法对48份高粱材料进行了简单序列重复(SSR)标记的基因型鉴定.在这个方法中,需要合成一个普适性的用荧光(如FAM)标记的M13引物,并把M13的正向引物和一个SSR反向引物相连(称为TP-M13引物),利用3条引物序列进行PCR扩增,其PCR产物在DNA测序仪(如ABI3700仪)上进行自动荧光检测.结果表明,这种方法和其他的传统方法相比,具有经济、灵敏、高效的优点.建议在利用数量很多的SSR标记对数量有限的基因组较小的材料进行基因型鉴定时,使用TP-M13自动荧光检测系统.     

美国用4000美元解读个人基因组

第三代人类基因组测序公司——美国Complete Genomics公司，制造出自我装配DNA纳米球列阵（self-assembled DNA nano—bolearray），并将cPAL（C0mbinatorial probe anchor ligation）技术应用到该列阵上，用读取每个独立的碱基（unchained base）的方法，解读了个人的基因组。据说采用这种方法解读人的基因组时，消费品平均成本为4000美元，详细情况在2009年11月5日的Science杂志上有所报道。     

人体肠道4 644株代表菌次级代谢产物生物合成基因簇挖掘与耐药及毒力基因分析

为了更好地从肠道微生物组中挖掘新的次级代谢产物、了解肠道微生物组编码的抗生素耐药基因和毒力因子情况,本研究基于4 644株人体肠道微生物代表菌的基因组序列,对其编码的次级代谢产物基因簇、抗生素耐药基因和毒力因子进行了预测分析。经antiSMASH预测分析发现,超过60%的代表菌编码至少1个次级代谢产物基因簇,并从8个未可培养菌中发现了8个潜在的新颖次级代谢产物基因簇。人体肠道中的次级代谢产物主要由梭菌纲（Clostridia）、芽孢杆菌纲（Bacilli）、γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）、拟杆菌纲（Bacteroidia）、放线菌纲（Actinobacteria）和厚壁菌纲（Negativicutes）6类细菌编码的非核糖体多肽合成酶（nonribosomal peptide synthetase,NRPS）、细菌素、芳基多烯类化合物、萜烯、β-丙内酯、NRPS-样蛋白组成。经PathoFact预测分析发现,抗生素耐药基因和毒力因子在代表性菌株中分布广泛,但潜在病原菌编码频率更高。潜在病原菌中编码外膜蛋白、PapC N-端结构域、PapC C-端结构域、肽酶M16失活结构域等分泌型毒素和硝基还原酶家族、AcrB/AcrD/AcrF家族、PLD-样结构域、Cupin结构域、假定溶血素、S24-样肽酶、磷酸转移酶家族、内切核酸酶/外切核酸酶/磷酸酶家族、乙二醛酶/博莱霉素抗性等非分泌型毒素的频率较高。该研究将为进一步从肠道微生物组中挖掘新的微生物天然产物、了解肠道微生物的定殖与感染机制,为肠道微生物相关疾病提供靶向防治策略等奠定基础。     

利用长距离PCR扩增国内肠道病毒流行株基因组方法的建立和评价

目的:通过调查近年来我国肠道病毒EV-71型和柯萨奇病毒A16型流行株的全基因组序列,建立一种能够获得我国肠道病毒序列的通用扩增方法,为今后的手足口病流行病学分析、致病机理研究等打下基础。方法:收集我国近5年各地报道的肠道病毒流行株全基因组序列作为参考序列进行比对分析,在保守区设计通用引物,利用3'RACE、长距离PCR扩增及简并引物扩增肠道病毒全基因组序列,采用IonTorrentPGM二代测序仪对扩增产物进行深度测序,以对扩增方法进行验证和评价。结果:通过比对肠道病毒流行株序列设计了通用扩增引物,经二代测序实验获得了肠道病毒全基因组序列;以系列比例模拟混合病毒感染,该扩增方法能够同时获得2株肠道病毒的全基因组序列;能够完整地揭示肠道病毒重组情况。结论:建立了针对我国近年来肠道病毒流行株的通用全基因组扩增方法,在病毒培养液中肠道病毒的提取与扩增中显示了较高的灵敏度,能够反映混合病毒感染、重组病毒的情况。     

高通量测序技术在食品微生物研究中的应用

高通量测序技术的快速发展对食品微生物发酵过程和机制研究产生了深刻的影响,主要体现在食品微生物生理功能、代谢能力和进化的研究以及食品微生物群落结构、动态变化及其对环境的响应机制等方面。另外,通过对食品微生物基因组和元基因组进行数据分析,也对食品发酵过程优化、微生物功能改造、食源性微生物疾病预防和控制等提供了重要的依据。本文总结了近年来利用高通量测序技术对食品微生物基因组和元基因组进行测序的研究,并探讨了测序技术的发展对食品微生物研究的影响及发展趋势。     

柑橘衰退病毒基因组的简单重复序列分布分析

柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）属于长线性病毒科（Closteroviridae）,是目前已知植物病毒中基因组最大的病毒,其引起的柑橘衰退病对全世界的柑橘产业造成着严重影响。本文以在GenBank登录的32条全长CTV基因组序列为材料,分析简单重复序列（Simple Sequence Repeats,SSRs）在其基因组序列中的分布情况。研究结果显示,在所有的CTV基因组中均有SSRs的分布,SSRs重复次数较少,二型SSRs占主导地位,未在CTV基因组序列中发现五型和六型SSRs。在32条基因组全长序列中仅在5条序列中发现四型SSRs。这是首次以柑橘病毒为材料进行的SSRs分析研究。