马铃薯Y病毒属病毒的分子生物学研究进展

马铃薯Y病毒属（Potyvirus）是种类最多的一类植物病毒,现在国际病毒分类委员会（ICTV）承认的成员有168种。它们的病毒粒子都是弯曲线状的,长度在680-900nm,在植物细胞内可以形成圆柱形（风轮状）内含体或卷旋状内含体。基因组为正义单链RNA,翻译时先翻译成多聚蛋白（polyprotein）。本属病毒可由蚜虫传播。Riechmann等曾在1992年介绍过其基因组结构、基因组表达等方面的进展,本文主要介绍1992年以后的研究进展。1基因组结构与功能马铃薯Y病毒属的基因组为正单链RNA,约10,000个核着酸,5’．端具有病毒基因组连接蛋白（VPg）…     

马铃薯卷叶病毒复制酶基因5端克隆及序列分析

马铃薯卷叶病毒（Ｐｏｔａｔｏｌｅａｆｒｏｌｖｉｒｕｓ,ＰＬＲＶ）是正链ＲＮＡ病毒,属黄化病毒组（Ｌｕｔｅｏｖｉｒｕｓ）〔１〕,严格虫传,分布广泛,难以控制,侵染马铃薯能引起大面积减产,给马铃薯生产造成巨大损失。ＰＬＲＶ基因组全长６．０ｋｂ,有６个读...     

马铃薯卷叶病毒中国株ORF1及5′端非编码区序列特点分析

马铃薯卷叶病毒（potato leafroll virus,PLRV）是一种严格由蚜虫以持久性方式传播的病毒,是黄化病毒属（Luteovirus）成员,可侵染马铃薯（Solanum tuberosum L）引起卷叶、黄化、矮缩、僵化及块茎网状坏死等症状,严重影响马铃薯的产量和品质,是一种世界范围的马铃薯主要病毒病害。因此,有效防治此病害具有重要经济意义。     

菊花R病毒杭白菊分离株全基因组序列测定与分析

杭白菊作为著名的中药“浙八味”之一,种植规模和产区不断扩大,但其病毒病的发生也日益严重,对其产量和品质造成严重影响。本研究利用双链RNA（double stranded RNA,dsRNA）和非序列依赖PCR扩增（sequence independent amplification,SIA）等方法,对感病杭白菊病原物进行鉴定,为杭白菊病毒病原的检测构建一套快速和简便的方法。结果表明,感病杭白菊被菊花R病毒（Chrysanthemum virus R,CVR）侵染,将其命名为CVR-TX。通过对其全基因组进行序列扩增与分析,获得其全长基因组为8 872 bp,编码6个ORF,具有Carlavirus属病毒的典型特征。基于全基因组核酸序列以及复制酶、外壳蛋白氨基酸的序列比对发现,CVR-TX与CVR-BJ同源性最高,分别为85.5%、96.0%和96.3%;与Carlavirus属其他病毒同源性分别在48.2%～54.4%、46.9%～55.3%和36.8%～59.5%,因此CVR被确定为一种新的Carlavirus属病毒。系统进化分析表明,基于全长基因组、复制酶（replicase）基因和外壳蛋白（coat protein,CP）基因与CVR-BJ聚为一簇,亲缘性最近。本研究获得了CVR-TX的全长基因组,丰富了CVR的基因组信息,通过生物信息学分析明确其种属关系和区域变化情况,从而为建立CVR可靠灵敏的分子检测手段和有效的防控措施提供理论基础。     

菊花R病毒杭白菊分离株全基因组序列测定与分析

杭白菊作为著名的中药“浙八味”之一,种植规模和产区不断扩大,但其病毒病的发生也日益严重,对其产量和品质造成严重影响。本研究利用双链RNA（double stranded RNA,dsRNA）和非序列依赖PCR扩增（sequence independent amplification,SIA）等方法,对感病杭白菊病原物进行鉴定,为杭白菊病毒病原的检测构建一套快速和简便的方法。结果表明,感病杭白菊被菊花R病毒（Chrysanthemum virus R,CVR）侵染,将其命名为CVR-TX。通过对其全基因组进行序列扩增与分析,获得其全长基因组为8 872 bp,编码6个ORF,具有Carlavirus属病毒的典型特征。基于全基因组核酸序列以及复制酶、外壳蛋白氨基酸的序列比对发现,CVR-TX与CVR-BJ同源性最高,分别为85.5%、96.0%和96.3%;与Carlavirus属其他病毒同源性分别在48.2%～54.4%、46.9%～55.3%和36.8%～59.5%,因此CVR被确定为一种新的Carlavirus属病毒。系统进化分析表明,基于全长基因组、复制酶（replicase）基因和外壳蛋白（coat protein,CP）基因与CVR-BJ聚为一簇,亲缘性最近。本研究获得了CVR-TX的全长基因组,丰富了CVR的基因组信息,通过生物信息学分析明确其种属关系和区域变化情况,从而为建立CVR可靠灵敏的分子检测手段和有效的防控措施提供理论基础。     

T4病毒研究进展

T4病毒科由一类单股正链RNA病毒组成,分为松天蛾β样病毒属和松天蛾ω样病毒属。这2个属的病毒具有不同的基因组结构,β样病毒含单组分基因组,其结构蛋白由一亚基因组RNA表达; 而ω样病毒含双组分基因组,2个RNA分子分别编码复制酶蛋白和结构蛋白。在T4病毒基因组RNA 3′端有类似tRNA的二级结构。ω样病毒壳蛋白的氨基酸序列一致性高达66%～86%, 而β样病毒壳蛋白的氨基酸同源性则要低得多。在昆虫细胞中表达壳蛋白基因时都能形成病毒类似粒子。该文还介绍了T4病毒复制机理以及T4病毒与其他病毒的进化关系。     

XJ-160病毒为辛德毕斯病毒新亚型

ＸＪ－１６０病毒是我国首次分离的辛德毕斯病毒,在对其全基因组核苷酸序列测定的基础上,对病毒基因组序列、病毒同源性和病毒系统进化等进行了较为详细的分析,结果表明：ＸＪ－１６０病毒具有典型的甲病毒属德毕斯病毒的序列特征。该病毒ｎｓｐ３蛋白基因中１１处制失及两处插入（４５１７￣５４８５）,涉及９０年核苷酸。核苷酸序列的系统进化分析表明,ＸＪ－１６０病毒属于辛德毕斯病毒欧洲／非洲亚组。病毒全基因组核苷酸序     

表达传染性法氏囊病病毒(IBDV)VP2基因的重组马立克氏病病毒的构建

传染性法氏囊病（Infectious bursal disease,IBD）是一种由鸡传染性法氏囊病病毒（Infectious bursal disease virus,IBDV）引起的危害3～12周龄青年鸡的急性、高度接触性传染病.IBDV属于双RNA病毒科的禽双RNA病毒属,其基因组由A和B两个节段组成.研究表明,IBDV主要的抗原性及致病性位点均位于A片段,其中VP2蛋白具有血清型特异性位点,并能诱导产生抗病毒的血清中和抗体,是该病毒的主要抗原.     

昆虫质多角体病毒研究的若干新进展

质多角体病毒隶属呼肠孤病毒科质多角体病毒属,病毒粒子为二十面体球形颗粒,具有3～5种结构蛋白,基因组由10或11个节段双链RNA构成。按病毒基因组RNA片段在聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶中电泳图谱的差异,将质多角体病毒分为15个电泳型。随着RNA病毒序列测定策略的逐步成熟与完善,质多角体病毒的序列测定方面取得一定的进展,家蚕质多角体病毒1的两个毒株（H株和I株）,舞毒蛾质多角体病毒1和14,及粉纹夜蛾质多角体病毒15的基因组全序列得到了测定,但质多角体病毒的进化与起源的研究因缺乏足够的遗传信息仍受到限制。     

猫尾草花叶病相关的新型马铃薯Y病毒属病毒

猫尾草(Uraria crinita)为豆科中草用药植物,亦称狗尾苔,在中国主要分布于福建、江西、广东、海南、广西、云南等地。江西地区发现叶片呈现花叶、黄化等病毒感染的病株。电子显微镜镜检,可观察到长度约800nm的长丝状病毒颗粒,患病细胞内可观察到风车状病毒内含体。机械接种于藜麦进行病毒单离,9～10 d后可观察叶脉处出现坏疽病斑。单离的病毒分离株回接猫尾草并未引起感染。萃取猫尾草患病叶组织总量RNA,配合Potyvirus属病毒简并式引物进行反转录聚合酶连锁反应(RT-PCR)所扩增出的cDNA片段,其序列与大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)和watermelon mosaic virus(WMV)最为相似。解析病毒的全长度基因序列为9651个核苷酸,对应产生一个聚合蛋白。病毒基因结构与Potyvirus属病毒相同。病毒全长度基因核苷酸序列与WMV和SMV的相似度分别为67.6%和70.5%;外鞘蛋白基因核苷酸序列与WMV和SMV的相似度分别为74.0%和74.7%。本研究表明,猫尾草花叶病相关的病毒,应是Potyvirus属病毒的一个新病毒种。     

柯萨奇B组病毒致病性的分子生物学研究

柯萨奇B组病毒（coxsackievirus group B,CVB）是微小RNA病毒科肠道病毒属成员,病毒性心肌炎的病例中大约有20％-25％是由柯萨奇B组病毒引起。CVB的致病机制十分复杂,病毒基因组以及病毒蛋白均在病毒致病过程中发挥重要作用。因此,对柯萨奇B组病毒的基因组、结构蛋白以及某些非结构蛋白与靶细胞内分子间相互作用生物信息的认识是阐述该病分子机制的基础。     

三种夜蛾科昆虫核型多角体病毒DNA相关性的研究

核型多角体病毒属杆状病毒科,主要感染鳞翅目、双翅目和膜翅目的昆虫,具有90～160kb长的双链,超螺旋DNA基因组。现已发现约500种核型多角体病毒,这些病毒之间有什么关系？它们的亲缘关系如何？我们以甘兰夜蛾核型多角体病毒（简称MbNPV）、甜菜夜蛾核型多角体病毒（简称SeNPV）和斜纹夜蛾核型多角体病毒（简称SINPV）为材料,用限制性内切酪和分子杂交技术对它们的基因组DNA进行比较研究,并对其中一种病毒MbMV多角体蛋白基因进行了定位,现将结果报道如下;材料和方法1材料甜菜夜蛾和斜纹夜蛾健康幼虫,病毒麦种MbNPV、SeN…     

RT—PCR法检测我国东南沿海凡纳滨对虾的桃拉综合征病毒

桃拉综合征病毒（Taura syndrome virus,TSV）引致养殖及野生对虾急性传染病,14d至40d的幼虾极易感。该病毒属微RNA病毒科（Picornaviridae）,近年来研究者认为应归类为类蟋蟀麻痹病毒属（Cricket paralysis—like viruses）,因其基因组特征更接近于前所未分类的昆虫单股RNA病毒,如丙型果蝇病毒。     

核桃炭疽菌携带病毒种类鉴定及多样性分析

炭疽菌是核桃主要病害核桃炭疽病的病原,目前对核桃炭疽菌携带的病毒种类及病毒基因组序列信息了解较少。利用宏病毒组测序技术,对分离自我国3个不同省份的25株核桃炭疽菌所携带的病毒基因序列进行发掘、鉴定和分类。经同源比对分析,获得22种病毒基因组序列,其中19种为新病毒。在22种病毒中,有21种为正单链RNA病毒,1种为dsRNA病毒。正单链RNA分别隶属于裸露病毒科（Narnaviridae）、线粒体病毒科（Mitoviridae）和葡萄孢欧尔密病毒科（Botourmiaviridae）,而dsRNA属于Alternaviridae病毒科。RT-PCR验证结果表明22种病毒都能在核桃炭疽菌株中被检测到,且25株炭疽菌的病毒携带率为100%,每个菌株都至少被1-11种病毒侵染。研究结果丰富了炭疽菌属所携带的病毒基因组信息,为后续深入分析炭疽菌真菌病毒的多样性和分子特性奠定基础。     

西安市4起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的分子特征分析

诺如病毒（Norovirus,NoV）属于杯状病毒科诺如病毒属,能造成急性肠胃炎暴发,在全球流行广泛,但其在西安市的流行情况不明。为明确2018年10月西安市4起幼儿园急性肠胃炎疫情的病原及其基因特征,本研究采集了患者肛拭子,用实时定量PCR检出诺如病毒阳性核酸,对其扩增部分多聚酶区和衣壳区基因并测序。将所得序列上传分型网站以明确基因型,并用软件分析系统进化、重组位点和正选择位点。共检出GII组阳性核酸31份,测序成功25份。4起疫情均由GII.2[P16]型诺如病毒引起。疫情株扩增序列全长、部分多聚酶区和衣壳区的序列与2018年美国流行株（MK773571）的核苷酸同源性分别为99.8%、99.5%和100%。疫情株与GII.2[P16]型中国参考序列（KY421122、KY806296和MG763377）的核苷酸同源性为99.6%,氨基酸同源性为100%。重组位点约在基因组的5 075bp。疫情株基因组的1 613～1 790aa没有正选择位点。及时的流行病学、分子流行病学研究和全基因组测序对控制诺如病毒相关疫情是必要的。     

丝状病毒研究进展

１９９１年丝状病毒科的分类正式公式,它包括马堡病毒（ＭＢＧＶ）和埃博拉病毒（ＥＢＯＶ）,近年来埃博拉病毒在中非重新出现,频频流行,引起世界极大关注。本文从病毒生物学性状,致病性与免疫性,微生物学检查和防治原则等方面综述了近年的研究成果。     

四川省鸭坦布苏病毒的分离鉴定及遗传进化分析

本研究从四川省什邡市某发病养鸭场采集到疑似鸭坦布苏病毒（Duck Tembusu virus,DTMUV）感染的病料,将病料组织研磨,无菌处理后接种鸭胚连续传代培养,分离获得一株病毒,并通过PCR鉴定以及电镜形态观察,确定该分离株为黄病毒属坦布苏病毒,命名为SCS01。将SCS01株全基因组进行PCR分段扩增测序发现,SCS01株全基因组全长为10 992bp。在线BLAST比对检索,结果显示,SCS01株全基因组与国内鸭源坦布苏分离株同源性最高可达97.94%,进化树分析显示,SCS01株属于中国流行I群毒株,与多数分离自北方地区的中国II群毒株相比,具有较为明显的地方特性。分离株与所有参考毒株的E基因核苷酸和氨基酸相似性均在90%以上,其中与重庆分离株CQW1的相似性最高。这一鸭源坦布苏病毒的分离及其全基因组的测定为进一步探究坦布苏病毒的地区流行提供了材料。     

马尔堡病毒形态特征研究

马尔堡病毒(Marburg virus)和埃博拉病毒(Ebola virus)属于丝状病毒科(Filoviridae)成员。该科病毒可导致严重的丝状病毒出血热(Filovirus hemorrhagic fever,FHF),具有成为生物恐怖武器和生物战剂的潜能。为对马尔堡病毒的形态特征进行总结,以期为我国丝状病毒的电镜鉴定提供信息。本研究通过透射电子显微镜技术对马尔堡病毒形态进行观察,以明确其病毒形态特征。研究结果表明,负染后的马尔堡病毒呈现多形性(Pleomorphism),病毒颗粒呈直径均一、长度不等的棒状或丝状及眼镜蛇样、球形、分支状。我国至今尚无分离到丝状病毒的报道,对该病毒的监测、预警具有重要意义。透射电子显微镜技术是鉴定丝状病毒的重要方法之一,明确丝状病毒的形态特征有助于该类病毒的电镜鉴定。     

幽影病毒属病毒的研究现状与展望

幽影病毒是一类较为特殊的植物病毒,其基因组不编码外壳蛋白,因此不形成通常的病毒粒体结构。这类病毒可以通过机械摩擦方式传播,在黄症病毒的帮助下也可以通过蚜虫传播。幽影病毒属病毒由7个确定种和3个暂定成员组成,烟草丛顶病毒是目前国内发现的幽影病毒属唯一成员。幽影病毒的寄主范围较窄,体外抗性也较差。幽影病毒感病组织中含有大量dsRNA。有些病毒还含有卫星RNA。幽影病毒的基因组为单分体的 ssRNA,编码4个非结构蛋白,其中的ORF3蛋白在病毒RNA的稳定性及寄主体内的长距离运输中起到非常重要的作用。文章综述了国内外幽影病毒的研究现状,并对未来的相关研究趋势和研究领域进行了展望。     

水稻草矮病毒核衣壳蛋白基因克隆及在大肠杆菌中的表达

水稻草状矮化病于70年代曾在南亚、东南亚大面积发生,给当地的水稻生产造成严重损失,在我国也有分布[1].其病原是水稻草矮病毒(Rice grassy stunt virus,RGSV),为纤细病毒属(Tenuivirus)的一个成员,病毒粒体丝状,由核衣壳蛋白和基因组RNA组成[2].基因组含六个ssRNA片段,均为双义编码[3,4],其中RNA5的毒义互补链编码核衣壳蛋白(nucleocapsid protein,NCP)[3].本文报道应用RT-PCR技术获得RGSV沙县分离株(RGSV-SX)NCP基因的cDNA克隆,并得到其在大肠杆菌中的表达产物.