番茄生物学研究的相关网络资源

番茄（Solanum lycopersicum）是一种重要的蔬菜作物, 也是研究茄科作物的模式植物。互联网上有丰富的与番茄相关的生物信息学资源, 对其生物学研究带来极大便利。该文介绍了目前网络上与番茄生物学研究相关的资源, 利用这些资源将会加快对番茄遗传学和基因组学及对茄科植物多样性的研究。     

生物学教学中"细胞有丝分裂"的网络资源

细胞有丝分裂是生物生长的基础 ,在生物学教学中占着举足轻重的地位。但这一微观的生命现象 ,在教学中是个难点 ,仅仅用语言表达和几幅简图很难让学生理解。许多教师为了解决这一难题 ,制作了多媒体课件 ,使得抽象、难懂的教学内容变得直观、生动 ,大大提高了学生的学习兴趣。然而 ,制作细胞有丝分裂的多媒体课件 ,需要教师不仅掌握图像处理、动画制作、视频编辑等多种多媒体技术 ,而且需要教师花费大量的时间和精力。其实 ,互联网为“有丝分裂”的教学提供了大量生动、形象的教学资源 ,我们不妨利用网上现成的素材或 CAI,下载后再精心设…     

激光照射萌发的番茄种子的生物学效应的初步研究

将萌发的番茄(Lycopersicon esculentum)种子用不同时间(0、40、80、120、160、200、240 s)的He-Ne激光照射后,测定了种子的发芽势、发芽率和幼苗的生长量.待幼苗生长25 d后,取番茄叶片测定了细胞内叶绿素、可溶性糖、蛋白质和核酸的含量.结果显示,随着照射时间延长,种子的发芽势、...     

接种番茄斑萎病毒番茄植株对西花蓟马生物学特性的影响

西花蓟马Frankliniella occidentalis(Pergande)是我国的一种重要入侵害虫。本文研究了西花蓟马在番茄3种处理(健康CK、机械接种番茄斑萎病毒MI、机械损伤MD)叶片上的生长发育、存活及种群增长。结果表明:健康、机械接种番茄斑萎病毒、机械损伤叶片上的发育历期依次为12.68、12.99和11.79d。雌雄成虫寿命和雌虫繁殖能力在各处理叶片上差异不显著(P>0.05)。健康、机械接种番茄斑萎病毒、机械损伤叶片上的内禀增长率依次为0.1362、0.1526和0.1292d-1。本研究表明,接种番茄斑萎病毒的番茄叶片未缩短西花蓟马发育历期,也不能延长寿命及提高产卵量,不能明显加速种群数量增长。这意味着番茄斑萎病毒对西花蓟马在番茄叶片上的生物学特性未能产生明显的有利作用。     

番茄麦蛾生物学特性观察及人工饲料优化

番茄麦蛾Tuta absoluta是一种寡食性生物入侵害虫,可对番茄造成极大的危害,严重危胁新疆地区的番茄产业。由于对新入侵番茄麦蛾生物学特性缺乏了解,而且在实验室饲养困难,因此本研究旨在明确番茄麦蛾幼虫的龄期,评估温度对番茄麦蛾发育历期、存活率和繁殖力的影响,并优化人工饲料。依据番茄麦蛾幼虫头壳宽度和蜕皮次数将幼虫划分为4个龄期;设置了20℃、25℃、30℃和35℃温度梯度处理,发现25℃幼虫期为11.04 d,短于20℃,并长于30℃,35℃时不能完成幼虫期的发育。25℃条件下麦蛾的存活率和繁殖力均高于30℃和20℃,说明25℃是番茄麦蛾发育的最适温度。并设计了3种饲料饲养番茄麦蛾,其中取食C饲料的平均单雌产卵量最多,约为39枚,发育历期最短为40 d,说明C饲料是比较合适的饲料,为番茄麦蛾室内繁殖奠定基础。     

番茄根边缘细胞生物学特性及铝对其活性的影响

以番茄为试材,采用悬空气法,探讨番茄根边缘细胞的生物学特性及铝对其活性的影响。结果表明,第1个番茄边缘细胞几乎与初生根同时出现,当根长到10 mm时,番茄边缘细胞达最大值(893个)。边缘细胞的活性(成活率)一直维持在93%以上。PME活性随着根的伸长有所降低。铝对番茄边缘细胞产生明显毒害,随着铝浓度和处理时间的增加,边缘细胞的活性显著降低。     

沿重离子贯穿深度的番茄干种子辐射生物学效应研究

本文采用80MeV/u的^12C^6 辐照番茄干种子,研究处于不同离子贯穿深度番茄干种子的辐照生物学效应,检测其生理生化指标。结果表明：辐照后不同贯穿深度上番茄种子的发芽势与物理剂量对应,第8层样品（对应于碳离子在水中的贯穿深度为15mm）出现峰值76.7％,发芽率随离子入射深度的变化不明显;不同贯穿深度辐照样品的根尖细胞微核率也与物理剂量相对应,在第6、7层样品中出现峰值0.257％;另外,辐照样品幼苗茎叶的一氧化氮合酶（NOS）活性、谷胱甘肽（GSH）含量及总抗氧化力在第9层出现峰值,谷胱甘肽过氧化物酶（GSH-PX）活性在第7-8层出现峰值,超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）活性的变化与重离子贯穿深度没有明显的相关性。总而言之,本工作发现辐照品的多个生理生化指标均与入射离子的微剂量分布相对应,即存在生物效应峰。     

侵染番茄的番茄花叶病毒的研究

从种传番茄苗中获得一病毒分离物Ｔｏ－Ｓｌ,人工摩擦接种７科２４种植物,Ｔｏ～Ｓｌ能侵染４科１５种植物,在番茄上产生花叶,在白肋烟上为局部枯斑。Ｔｏ－Ｓｌ的钝化温度为８５～９０℃,稀释限点为１０￣（－６）～１０￣（－７）．体外保毒期在一个月以上。病毒粒体杆状,长度主要分布于２８１～３００ｎｍ之间,平均长度２８８ｎｍ。病毒衣壳蛋白亚基只有一条多肽链,分子量为２１ｋＤａ。ｄｓＲＮＡ分析测得其基因组长度为６．４ｋｂ。琼胎糖双扩散和胶内交叉吸附试验证明,Ｔｏ－Ｓｌ与ＴＭＶ有血清关系,但有一定的差异,病毒粒体电泳分析也表明Ｔｏ－Ｓｌ与ＴＭＶ粒体有差异。在交叉保护试验中,ＴＭＶ和Ｔｏ－Ｓｌ之间均无保护作用。根据以上试验结果Ｔｏ－Ｓｌ被鉴定为番茄花叶病毒。这是我国首次系统报道番茄上番茄花叶病毒的侵染。     

miRNA靶基因的筛选方法及其相关网络资源北大核心CSCD

微小RNA(microRNA,miRNA)是一类广泛存在于动植物中,大小约22 nt的单链非编码小分子RNA.它通过与靶mRNA 3'末端非翻译区(untranslational region,UTR)结合,使mRNA降解或翻译抑制.大量的研究结果表明,miRNA在动植物的生长发育、细胞分化、细胞增殖与凋亡、肿瘤发生等诸多环节发挥着重要的调节作用.目前,miRNA靶基因的筛选方法主要有生物信息学筛选和实验方法两大类,且在互联网上拥有大量相关的网络共享资源.本文通过对现有miRNA靶基因的筛选方法及其相关网络资源进行整理与比较分析,以有效指导并辅助miRNA领域的研究.     

充分利用网络资源提高生物学教学和科研水平

充分利用好网络生物资源是当代生物学工作者的必备素质之一。就网络生物资源的获取技巧及其在提高高校生物学教学和科研水平中的应用等方面作了介绍,供广大生物学教学和科研人员参考。     

生物信息学对番茄LeNHX1基因的研究

应用生物信息学的方法和工具对番茄LeNHX1蛋白质的理化性质、跨膜区域、疏水性/亲水性、二级结构、结构功能域、功能分类和同源性进行分析.结果表明此蛋白为疏水性稳定蛋白,包含一个保守的氨氯吡嗪咪结合位点LFFIYVLPPI区域,相对分子量为59.0 kD,等电点为6.60,存在10个跨膜区域,蛋白质二级结构中的主要构成元件是α-螺旋和不规则卷曲,功能分类和蛋白质同源性分析表明番茄LeNHX1属于液泡膜Na+/H+反向转运蛋白.     

园艺植物分子育种相关生物信息资源及其应用

园艺植物分子育种中,生物信息技术是一项新技术.GenBank、EMBL、DDBJ、Swiss-Prot等数据库及其序列查询系统、序列比对软件和序列提交软件是园艺植物分子育种中的重要生物信息资源.本文综述了这些生物信息资源,以及它们在克隆新基因、预测新序列功能、鉴定种质资源和进行系谱分析等方面的应用.     

园艺植物分子育种相关生物信息资源及其应用

园艺植物分子育种中, 生物信息技术是一项新技术。GenBank、EMBL、DDBJ、Swiss-Prot等数据库及其序列查询系统、序列比对软件和序列提交软件是园艺植物分子育种中的重要生物信息资源。本文综述了这些生物信息资源, 以及它们在克隆新基因、预测新序列功能、鉴定种质资源和进行系谱分析等方面的应用。     

番茄LeABI3基因的生物信息学分析

对所克隆到的番茄LeABI3基因测序结果进行序列分析,发现得到LeABI3基因的2种转录本.应用生物信息学的方法和工具对LeABI3蛋白质的理化性质、跨膜区域、疏水性/亲水性、二级结构、结构功能域和同源树进行分析,结果表明此蛋白是包含一个保守B3结构功能域的亲水性不稳定蛋白,相对分子量为65.4 kD,等电点为6.54,可能存在2个跨膜区域.蛋白质二级结构中的主要构成元件是α-螺旋和不规则卷曲,蛋白质同源分析发现番茄LeABI3和马铃薯vp1-ABI3类蛋白相似度最高,同源性为89%.     

Tomato Genomic Resources Database: An Integrated Repository of Useful Tomato Genomic Information for Basic and Applied Research

Tomato Genomic Resources Database (TGRD) allows interactive browsing of tomato genes, micro RNAs, simple sequence repeats (SSRs), important quantitative trait loci and Tomato-EXPEN 2000 genetic map altogether or separately along twelve chromosomes of tomato in a single window. The database is created using sequence of the cultivar Heinz 1706. High quality single nucleotide polymorphic (SNP) sites between the genes of Heinz 1706 and the wild tomato S. pimpinellifolium LA1589 are also included. Genes are classified into different families. 5′-upstream sequences (5′-US) of all the genes and their tissue-specific expression profiles are provided. Sequences of the microRNA loci and their putative target genes are catalogued. Genes and 5′-US show presence of SSRs and SNPs. SSRs located in the genomic, genic and 5′-US can be analysed separately for the presence of any particular motif. Primer sequences for all the SSRs and flanking sequences for all the genic SNPs have been provided. TGRD is a user-friendly web-accessible relational database and uses CMAP viewer for graphical scanning of all the features. Integration and graphical presentation of important genomic information will facilitate better and easier use of tomato genome. TGRD can be accessed as an open source repository at http://59.163.192.91/tomato2/.     

代谢组研究的生物信息学方法

代谢组是细胞新陈代谢过程中小分子代谢物的集合。新陈代谢为细胞提供生理活动必需的物质和能量。代谢组直接反映细胞的新陈代谢过程,对代谢组的研究体现细胞的功能。细胞功能的异常会导致代谢组的异常,因此通过代谢组数据即可分析出细胞的健康状况。对代谢组物质的提取鉴定过程和代谢组数据的分析方法,主要是对代谢组数据整理和代谢网络推断过程进行综述。     

microRNA与人类疾病关系研究中的生物信息学方法和资源

microRNA(miRNA)是一类基因调控分子,其成熟体长度大约为22个核苷酸,其在转录后水平通过碱基互补配对的方式特异性结合靶mRNA的3端非翻译区来发挥调控功能,造成靶mRNA的翻译抑制或降解。越来越多的研究表明miRNA具有十分重要的分子功能,几乎在所有的生命过程中均扮演着重要角色。因此,和miRNA有关的功能异常就可能和疾病的发生发展有密切关系。生物信息学旨在为解决生命科学问题提供信息学手段,目前已经有多种用于研究miRNA和人类疾病关系的生物信息学方法和网络资源,本文将综述这一主题的现状,并探讨将来的发展趋势。     

Comprehensive Resources for Tomato Functional Genomics Based on the Miniature Model Tomato Micro-Tom

Tomato (Solanum lycopersicum L., Solanaceae) is an excellent model plant for genomic research of solanaceous plants, as well as for studying the development, ripening, and metabolism of fruit. In 2003, the International Solanaceae Project (SOL, www.sgn.cornell.edu ) was initiated by members from more than 30 countries, and the tomato genome-sequencing project is currently underway. Genome sequence of tomato obtained by this project will provide a firm foundation for forthcoming genomic studies such as the comparative analysis of genes conserved among the Solanaceae species and the elucidation of the functions of unknown tomato genes. To exploit the wealth of the genome sequence information, there is an urgent need for novel resources and analytical tools for tomato functional genomics. Here, we present an overview of the development of genetic and genomic resources of tomato in the last decade, with a special focus on the activities of Japan SOL and the National Bio-Resource Project in the development of functional genomic resources of a model cultivar, Micro-Tom.Key Words: Expressed sequence tag, full-length cDNA, genome sequence, mutant resource, Micro-Tom, JSOL, Solanum lycopersicum, tomato.     

番茄NAC转录因子家族的鉴定及生物信息学分析

NAC转录因子家族是植物特有的一类转录因子,在植物的生长发育、器官建成及逆境胁迫和激素信号应答中均发挥重要作用。本研究在基因组范围内,利用生物信息学方法对番茄的NAC转录因子家族成员、分布及结构和功能等进行分析。预测结果显示番茄NAC家族包含102个蛋白质,分为12亚族,其中茄属特有的TNAC亚族中成员最多,具有25个,其他NAC转录因子与拟南芥NAc家族具有相似分类。保守基序分析,在番茄NAC结构域中包含7个保守的NAM基序,主要分布在序列的N端,表明这些基序的存在对NAC蛋白质功能的执行是必需的。理化性质和结构分析表明,番茄NAC蛋白质绝大多数是亲水蛋白质,主要以无规则卷曲构成,而α-螺旋、β-折叠和β-转角则散布于整个蛋白质中,在各亚族中没有规律。