生物统计基础知识(Ⅳ)

第Ⅱ讲介绍了两组样本平均数比较时进行显著性检验的方法。如果相互比较的不是两个组,而是三个,四个或更多个组的时候,就需要把前面所用的方法加以推广。适用于比较多组平均数之间差异的检验方法称之为方差分析。所谓方差是指离均差的平方和(简称平方和)与自由度之商。分析时主要是把平方和与自由度按不同的变异起因分解为若干个部分。从而构成来自不同起因的方差,利用它来检验各组平均数之间差异的显著性。     

简明生物统计方法 第三讲 计量资料的统计推断方法(上)

一、用样本平均数估计总体平均数用样本平均数(χ)估计总体平均数(μ),亦常用区间估计法;即根据χ求出μ的95％(或)99％置信区间。 (一) 当样本含量较大(n>30),不拘原变量(χ)的总体分布如何,均可用下式求出置信区间;但如样本较小(n<30),则原变量必须服从正态分布,方可用下式计算:     

简明生物统计方法

第二讲计数资料的统计推断方法(下)(二)三个以上样本百分率差异显著性测验方法三个以上样本百分率的差异显著性测验结果,如P<0.05,差异显著时,只说明这些个样本百分率所代表的总体百分率之间有一定的差异;至于说是哪两个之间有明显差异?尚需分别两两加以测验,然后才能     

生物统计基础知识(Ⅰ)

为了适应现代生物学研究中试验设计和数据处理的需要,我们组织了《生物统计基础知识》专题讲座,拟分四期刊载:一.平均数和标准差、二.两个样本平均数的比较、三.回归分析、四.方差分析。读后有何意见和要求可写信给我刊。     

生物统计基础知识(II)

二、两个样本平均数的比较在一次饲料实验中,测定了饲以不同等级蛋白质饲料的两组大白鼠八周后的增重量。一组白鼠饲以高蛋白,平均增重量为120克;另一组白鼠饲以低蛋白,平均增重量为101克。这     

简明生物统计方法 第二讲 计数资料的统计推断方法(上)

一、用样本百分率估计总体百分率用样本百分率(β)估计总体百分率(p),一般常用区间估计法,即根据β求出p的95％(或99％)的置信区间。 (一)样本比较大(n>50),且p不太靠近0或1(可由β窥测)时,样本百分率趋近于正态分布,可用下列公式求置信区间的上、下限(这是最常见的方法,但样本较小或者p较偏向0或1时准确性差):     

简明生物统计方法

第四讲相关与回归相关与回归是分析两个(或多个)变量之间的关系的方法。譬如说某一特定人群的身高与体重,不仅只分析身高或体重的某一方面(或说指标),而是分析身高与体重两个指标之间有无关联,这便是相关与回归所要分析的内容。当然,相关与回归分析也包括根据样本估计总体     

帕金森病小鼠模型行为学检测方法的比较研究

目的比较目前常用的5种帕金森病(PD)小鼠模型行为学检测方法在PD研究中的作用。方法用MPTP建立C57BL小鼠PD模型,通过行为学检测(自主活动计数、滚轴实验、游泳实验、爬杆实验、悬挂实验)、免疫组织化学和荧光分光光度法,对比5种行为学检测方法的平均数与变异系数,观察MPTP对PD小鼠模型的行为学、黑质多巴胺(DA)神经元和纹状体酪氨酸羟化酶免疫反应阳性(TH-ir)神经纤维以及纹状体DA水平的影响。结果给与MPTP后,小鼠行为学计数降低,爬杆实验未能得到检测结果,悬挂实验变异系数很高,结果有明显的偶然性,滚轴实验结果变异系数中等,平均数呈现一定的上升趋势,自主活动计数中移动与站立和游泳实验的平均数则呈现明显的下降趋势,变异系数很低,而黑质DA神经元数目减少约58%,纹状体TH-ir神经纤维密度减低,纹状体DA水平明显降低约88%,两组相比差异有显著性(P<0.01)。结论MPTP所致的C57BL小鼠的神经病理、生化改变与PD患者近似,自主活动计数和游泳实验优于其他行为学检测方法。     

构建我国燕麦核心种质的取样策略研究

采用2种分层方法、3种确定组内取样量方法和2种个体选择方法,分析了3255份燕麦种质资源的12个农艺性状的数据,构建出13个初级核心种质样本。为确定这些样本代表性,分别与总体进行了7个指标的比较,包括数量性状的极差、符合度、平均数、表型方差、遗传多样性指数方差、变异系数及质量性状的频率分布。结果表明。2种分层方法产生的样本在代表性上差异不明显;3种确定组内取样量方法以比例法的代表性最好,对数法的代表性其次,平方根法的代表性最差;在个体选择中,聚类法明显好于随机法。因此,在燕麦核心种质的构建中,先按省份分组,再按比例法确定组内取样量,通过聚类结果选择个体为最佳取样策略。     

高通量飞行时间质谱基因分型方法的研究

为了考察飞行时间质谱基因分型方法 (MALDI-TOF) 的位点分型成功率和分型结果质量的关系,分析了 96 个 SNPs 位点的近 10 000 个基因分型数据 (用 MALDI-TOF “4 重”实验方法检测 ). 结果显示,位点分型成功率和分型结果的质量显著正相关 . 分型成功率低于 82% 的 SNP 位点,其高质量结果占的比例开始逐渐降低 . 提示 82% 的分型成功率可以作为衡量分型结果质量的数据点 . 为了进一步提高通量并降低成本,在 MALDI-TOF “ 4 重”实验方法的基础上,发展了两种“准 8 重”实验方法 . 用新的实验方法检测了 95 个样本的 32 个 SNPs 位点 . 结果显示“混合准 8 重”实验方法与“ 4 重”实验方法相比无显著差异,而“复点准 8 重”的结果差于“ 4 重”分型方法 .     

就统计分析方法的若干问题与王颉修同志商榷

<正> 对王颉修同志的“对宋哲和著《农药药效试验的设计与分析》一书的若干意见”(以下简称《意见》)一文中的若干论点笔者尚有不同的看法,特提出与王颉修同志商榷。 1.《意见》一文中指出:“迄今,没有发现否定它(笔者注:指t测验法)的作用的文献。而《分析》一书作者没有根据的用臆想的说法否定了t测验的作用。”笔者认为这种说法是完全不符合事实的。t测验法应用于两个相互独立的样本平均数间差异显著性测验,其作用在过去和现在并没有人否认。但多个处理间互相比较是否适宜于应用t测验法,自五十年代以来,这个问题已受到了普遍的怀疑。为了克服t测验     

关于统计学符号的书写方法

1 书写方法 :①样本的算术平均数用英文小写 ｘ表示 ,不用大写 Ｘ表示 ,也不同Ｍｅａｎ或Ｍ (中位数仍用Ｍ) ;②标准差用英文小写ｓ,不用ＳＤ ;③标准误用英文小写ｓ ｘ ,不用ＳＥ ,也不用ＳＥＭ ;④ｔ检验用英文小写ｔ;⑤Ｆ检验用英文大写Ｆ ;⑥卡方检验用希文小写 χ2 ;⑦相关系数用英文小写ｒ;⑧自由度用希文小写υ (钮 ) ;⑨样本数用英文小写ｎ ;⑩概率用英文大写Ｐ ; 以上符号均用斜体。2 统计学处理必须标明检验方法 ,对结论性指标最好给出具体的检验值 ,如ｔ值、χ2 值、Ｑ值等 ,然后列出Ｐ值。3 关于“差异”的描述方法 :使用…     

小鼠冷冻胚胎和精子SNP遗传鉴定方法的建立

目的建立小鼠冷冻胚胎和精子SNP(single nucleotide polymorphism)分型方法,用于冷冻胚胎和精子快速遗传鉴定方案。方法以中科院上海实验动物中心(国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心)提供的小鼠冷冻胚胎和精子为样本,采用全基因组扩增技术和PCR-LDR分型技术建立小鼠冷冻物SNP遗传鉴定方法。结果全基因组扩增技术能大幅度增加冷冻胚胎样本的DNA总量;PCR-LDR分型方法适用于小鼠全基因组45个SNPs的分型;分型确定C57BL/6,BALB/c,FVB/NJ等胚胎和精子各10种近交系,SNP位点信息与测序结果一致;小鼠冷冻胚胎个数与SNPs检出个数成正比,当胚胎数达到12以上时SNP检出率100%。结论实现近交系小鼠冷冻胚胎和精子快速SNP基因分型及遗传质量鉴定。     

果蝇D.auraria 5个姊妹种的进化方向新探

为提高主基因+多基因混合遗传分析的精度,降低试验误差,采用重复内分组随机区组设计,对低遗传力性状的B12和B22或F23家系平均数资料进行遗传分析.通过AIC准则和适合性检验比较无主基因(A-0)、1对主基因(A)、2对主基因(B)、多基因(C)、1对主基因+多基因(D)和2对主基因+多基因(E)模型以鉴定其遗传模式.采用IECM算法估计混合模型参数.通过油菜HSTC14×宁油7号初花期F23家系平均数资料阐明该方法.     

尿样在SELDI技术中的优化研究

目的:建立表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF/MS)技术检测尿液样本的方法。方法:采用SELDI技术及弱阳离子交换表面蛋白芯片(CM10)对糖尿病病例组和正常对照组的尿液样本进行分析,从尿液标本的采集、样品保存、上样浓度的控制、实验仪器的内外校准、实验结果重复性验证与分析等方面进行实验条件的优化。结果:反复冻融3次以上的样品经SELDI检测的出峰数量和峰强度情况较差;以1:1或1:2的浓度作倍比稀释后的样本经芯片检测得到的蛋白峰强度和蛋白数量最优;对两组样本重复检测3次,蛋白丰度的平均变异系数(CV值)分别为0.121和0.095;两组样本共检测到202个蛋白峰,其中差异表达蛋白29个,在肝纤维化组中表达上调13个,表达下调16个。结论:初步建立了SELDI技术检测尿液样本的方法,提高了SELDI技术检测尿液样本的质量。     

二化螟种群密度的克力格估值及其模拟抽样

为设计可靠合理的二化螟幼虫种群密度抽样方案,从二化螟幼虫空间分布原始总体出发,另构建了一个随机总体和一个顺序总体,采用无放回随机抽样、间隔变程以上无放回随机抽样和基于克力格估值且初始点随机的顺序抽样对3总体进行了模拟抽样比较．结果表明,间隔变程以上随机抽样对原始总体平均数的估计优于随机抽样,且随总体聚集程度增加,间隔变程以上随机抽样愈优;正确识别种群空间格局极为重要,对聚集分布总体采用随机抽样和对随机分布总体采用间隔变程以上随机抽样均将降低抽样估计精度．针对随机抽样在应用上的局限性,提出了一种基于地统计学克力格估值、初始点随机的顺序抽样方案：它以初始点随机保证随机性,以顺序抽样保证可操作性,以二化螟种群空间分布的区域变量属性保证克力格样本较调查样本对局域样本和总体的平均数估计为优;且聚集范围一定时,总体聚集强度愈大,克力格样本局域估计和全局估计愈优于调查样本;取样间隔(以变程为标准)极为重要,样方的空间布局要平衡考虑相互独立的样方对数和变程范围内的样方对数。     

配对实验设计在植物生理学实验中的应用

在植物生理学实验中经常用到2组数据平均数的比较,如某个实验指标用2种测定方法测定结果的比较、实验的对照组与处理组各种生理生化指标的比较、转基因植株与野生型植株各种生理生化指标的比较、同种作物2个品种生理特性的比较等等。     

基于多次重复液相质谱生物实验数据校准方法研究

在蛋白质组学中,进行液相质谱(LC-MS)实验谱数据处理,发现并分析生物标志物的复杂肽或蛋白质样本的差异是重点,而校准相同样本的多次重复实验中肽链产生的洗脱时间峰信号(LC峰)是进行量化、分析差异的关键。目前多个重复实验数据的校准通常是在重复的实验数据集中根据液相二级质谱(LC-MS/MS)实验标识LC峰的时间特征,然后使用翘曲函数对时间特征进行对齐。由于多重数据的洗脱时间误差产生是随机的,统一使用翘曲函数校准会产生较大误差。为了解决这个问题,本研究重点研究了多个重复实验数据中LC峰的时间校准算法。我们选取了两个重复实验数据,采用机器学习的思路,通过选用两个数据的LC-MS/MS中重复检测到的肽链数据作为可信数据,部分选为训练序列,部分作为测试序列,建立统计数学模型,提出了一种新的校准算法,并采用测试序列对该统计模型进行准确率测试,表明算法的准确性达到95%以上;然后,将该模型应用在两个实验数据的所有LC-MS/MS肽链检测值上,提高检测值在多个数据中的覆盖率,表明覆盖率可以到达85%以上。     

植物数量性状遗传体系检测中回交或自交家系重复试验数据的分析方法

为提高主基因 多基因混合遗传分析的精度 ,降低试验误差 ,采用重复内分组随机区组设计 ,对低遗传力性状的B1∶2 和B2∶2 或F2∶3 家系平均数资料进行遗传分析。通过AIC准则和适合性检验比较无主基因 (A - 0 )、1对主基因 (A)、2对主基因 (B)、多基因 (C)、1对主基因 多基因 (D)和 2对主基因 多基因 (E)模型以鉴定其遗传模式。采用IECM算法估计混合模型参数。通过油菜HSTC14×宁油 7号初花期F2∶3 家系平均数资料阐明该方法。     

“草履虫”一节的几种教学方法的比较

生物知识和相应的生物实验的教学,怎样进行才能提高教学效果?笔者设计了三种方法,分别在初二年级六个平行班进行对比实验教学,现将实验情况介绍如下,供同行们参考。方法一:先讲授草履虫一节知识,再进行观察草履虫的分组实验。教学时数共2课时:讲授、实验各1课时。这种方法在初二(1)、(6)两个班进行。方法二:先进行观察草履虫的分组实验,再进行草履虫一节知识的教学。教学时数共2课时:实验、草履虫知识各1课时。在进行草履虫一节知识教学分两种情况:第一种情况是初二(2)班教师采用讲授结