人类微生物组测序与比较研究

人体微生物群系影响人类的健康,与人类的各种疾病,如肥胖、糖尿病、冠心病、结肠癌等的发生具有密切的关系.近年来,人类微生物组研究日益受到重视.综述人类微生物组的测序和比较研究进展.     

人体肠道正常菌群的研究进展

人体肠道与外界相通,肠内栖息着大量微生物,其种类和数量在人处于健康状态时,保持相对稳定和平衡,被称为正常菌群或原籍菌群（Normal bacteria flora）,它们是机体内环境中不可缺少的组成部分,并且它们中的大多数与人体在漫长的协同进化过程中形成了共生关系。     

肠道正常菌群与人体的关系

人体肠道正常菌群与人体有着非常密切的利害关系。正常情况下,人体内、外环境与肠道正常菌群保持着相对平衡状态,它确保着人体的健康,但一旦在某些因素的作用下,平衡被打破,将导致某些疾病的发生。主要介绍肠道正常菌群的概况、与人体的利害关系、以及菌群失调的调整等。     

人体微生物组计划

人体微生物组计划又称第二人类基因组计划。由美国国立卫生研究院立项资助,2007年正式启动。计划用5年时间耗资1.5亿美元完成900个人体微生物基因组测序。其目标是探索研究人类微生物组的可行性;研究人体微生物组变化与疾病健康的关系;同时为其它科学研究提供信息和技术支持。     

从微生物组到合成功能菌群

微生物组是指特定微环境中的微生物群落及其组学,自然界中的生物过程几乎都是通过微生物组完成的。随着测序技术的发展和成本降低,微生物组已经成为微生物生态学研究的热点领域。继合成生物学之后,基于微生物组的合成功能菌群研究正在兴起,在人类健康、农业、工业和生态等领域都有广泛的应用前景。本文从微生物组到合成功能菌群的角度系统论述了其在不同领域的研究现状与发展趋势,为微生物组从理论研究到应用提供思路。     

基因组所人类全基因组关联分析国际合作研究获重大进展

日前,中科院北京基因组研究所重大疾病基因组与个体化医疗实验室获“百人计划”支持的方向东研究员项目组助理研究员渠鸿竹博士等开展的国际合作研究“人类疾病全基因组关联分析研究”获得重大进展,     

人体微生态系统与人类宏基因组计划

介绍了微生态系统的基本概念和人体基本的微生态系统,阐述了其对人类的意义;介绍了人类宏基因组计划基本知识和研究方法.     

美国《Science》杂志评出2011年十大科学突破——人类微生物组研究的新突破

本刊上一期(中国细胞生物学学报2012;34(4):398–400)介绍了美国《Science》杂志评出的2011年十大科学突破中关于"清除衰老细胞可以延缓衰老性疾病的发生"的内容,本期重点来介绍"人类微生物组研究的新突破"。"人类微生物组(human microbiome)"是指生活在人体内所有微生物(包括原核微     

人类微生物组产业发展态势及建议

近年来,各国政府、高校、企业和公众高度关注人类微生物组与健康研究,旨在全面系统地解析微生物组的结构和功能,以及生理调控机制,为解决健康问题提供新思路,相关研究带动了人类微生物组行业内益生菌、益生元类保健食品和膳食补充剂、粪菌移植产业的发展,也催生了微生物组检测及健康指导、微生态药物产业的崛起。通过梳理全球人类微生物组产业现状,分析相关产业发展面临的主要瓶颈及未来发展方向,并针对中国人类微生物组产业提出了具体的发展建议。     

微生物菌群协同提高水稻秸秆转化机制的解析

单一微生物降解水稻秸秆效果不明显,多种微生物组合在一起的微生物菌群能够有效降解水稻秸秆,是当前降解秸秆类废物的首要选择.[目的]探究微生物菌群比单一菌株转化秸秆效率提高的种间协作机制,为改善秸秆类物质的生物降解过程提供理论参考.[方法]通过菌种组合,以水稻秸秆减重率为指标人工构建出降解效果优于单菌培养的微生物群体组合,...     

国际人类基因组单体型图计划“中国卷”的最新进展

国际人类基因组单体型图计划是科学家在完成人类基因组序列图谱之后的又一大壮举,加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国六国科学家参加了这个项目。中国作为唯一的发展中国家在整个项目中承担百分之十的任务,即构建三号、二十一号染色体和八号染色体短臂的单体型图,同时,还提供一半的亚裔样品。     

模型动物中的肠道菌群分析及微生物组研究

正肠道菌群与多种疾病密切相关,从消化道疾病(如炎症性肠病)、心脑血管疾病(如动脉粥样硬化)到代谢类疾病(如II型糖尿病)和许多免疫性疾病(如风湿性关节炎),肠道菌群研究为诸多疾病研究和防治开辟了新的方向[1-3]。在肠道菌群研究领域,模型动物应用和实验结果的动物实验验证非常重要,本刊2016年第7期刊登的姬玉娇、孔祥峰等的论文"高、低营养水平饲粮对环江香猪结肠菌群结构及代谢物的影响"[4],通过对高、     

人类有3种不同肠道菌群类型

欧洲分子生物学实验室（EMBL）以及国际MetaHIT联合会的科学家发现,人体肠道中微生物的组合并不是随机的,人类的肠道菌群可以分成3种不同的类型。     

采用微生物组学方法研究自然养猪法仔猪肠道菌群变化规律

目的通过在垫料中添加微生态制剂,研究使用微生态垫料与水泥地饲养条件影响仔猪结肠菌群变化的程度,揭示微生态制剂对猪肠道菌群的调控规律。方法无菌采取仔猪结肠黏膜,提取DNA,采用微生物组学方法 454测序法测定细菌种类。结果使用微生态垫料21、42 d后,21天试验组(J111)有效序列分别为5 435个,OTU为757个,21天试验组(J212)有效序列为5 298个,OTU为655个,42天对照组(J121)有效序列为5 480个,OTU为937,42天对照组(J222)有效序列为6 514个,OTU为907个。占主导地位的细菌有弯曲杆菌、螺杆菌、毛螺菌、乳酸杆菌、RC9肠道菌、瘤胃球菌、螺旋体以及未确定种属的细菌。通过比较21 d、42 d仔猪结肠菌群数量,发现弯曲杆菌比例试验组中增加,而对照组降低;乳酸杆菌、螺杆菌比例试验组降低,而对照组升高;瘤胃球菌比例试验组基本不变,而对照组略有升高;毛螺菌、RC9肠道菌群、螺旋体、未确定菌比例试验组与对照组均下降。埃希-志贺菌比例在试验组降低,而对照组基本不变。结论微生物制剂垫料影响仔猪结肠菌群变化,细菌多样性降低,常见细菌比例与传统方法研究结果一致,但部分细菌呈现与传统方法研究结果不一致,且尚未确定的未培养细菌种类比例较高,有待于进一步深入研究。     

正常病毒群及人类疾病

编者按:"正常病毒群"仍有争议,作者对这一问题所写的综述仅供读者参考. 众所周知,人降生时皮肤以及与外界相通腔道的黏膜表面都会受到微生物的侵染,数分钟后就能在原先无菌的部位检出微生物,这些微生物将成为伴随宿主一生的正常微生物群(normal microflora),包括真核与原核细胞的微生物、病毒等,又称为固有微生物群.     

肠道菌群与人体健康关系研究获重要进展

来自上海交通大学系统生物医学研究院、浙江大学第一附属医院、英国帝国理工大学、国家人类基因组南方研究中心和中科院武汉物理与数学研究所5个科研和医疗机构的科学家组成多学科交叉研究团队,经过近3年的联合攻关,在肠道菌群与人体健康关系的研究中取得了重要进展。     

医学遗传学2.0:导致人类慢病的主因可能首先是人体共生微生物基因异常,其次才是人类基因异常

当前慢病高发的现实对"健康中国2030"战略目标的实现提出了巨大挑战。虽然众多医疗机构和政府管理部门付出巨大努力,然而如果仍然沿袭现有慢病防控模式和医疗改革理念,恐怕很难在近期内实现慢病防控的突破,迫切需要引入新思路,才有可能破解慢病高发这个难题。根据近年来国内外大量报道人体共生微生物尤其是肠道菌群与人体多种慢病之间存在密切相关性甚至因果性的研究进展,以及在此启发下我们实验室通过大量研究发现"饥饿源于菌群",结合诸多文献报道证明通过调控肠道菌群微生态可改善多种慢病,为"慢病源于菌群"提供了重要依据,从而提出"医学遗传学2.0"(Medical genetics 2.0, MG2.0)的概念,其核心思想是将复杂性疾病(主要指慢病)的致病因素优先归因于人体共生微生物尤其是肠道菌群基因组异常,而人类基因组异常则是跟随前者发生顺应性改变的结果,即人体共生微生物基因组异常是慢病的主要矛盾,人类自身的基因组异常是慢病的次要矛盾,两套基因组通过联立交互作用,最终导致人体慢病持续发展。如果只是通过纠正人类基因组异常,而忽视了纠正菌群基因组异常,则难以从根本上治疗慢病,因为异常的菌群基因组仍然会持续影响人体健康。因此,在慢病防控方面,建议医学遗传学领域的研究重点可向肠道菌群等人体共生微生物领域进行深化,广泛开展以人体共生微生物尤其是肠道菌群基因组为主、人类基因组为辅的人菌双基因组关联分析研究,建立不同慢病的菌群图谱(含基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学以及生命组学等相关研究),并研究纠正异常菌群图谱的方法(含靶向肠道菌群的新药研发),为慢病防控找到新出路。     

中英美科学家宣布启动“国际千人基因组计划”

由中国、英国和美国的科学家组成的“国际协作组”，22日在深圳、伦敦和华豆顿同时宣布：国际“千人基因组计划”正式启动。这一宏伟计划将测定选自全世界各地的至少一千个人类个体的全基因组DNA序列，绘制迄今为止最详尽的、最有医学应用价值的人类基因组遗传多态性图谱。     

从“人类”基因组计划”到“千人”基因组计划

“国际人类基因组计划”被誉为生物学的“曼哈顿原子弹计划”和“阿波罗登月计划”,在2000年,其绘制的人类基因组草图也正式发表。国际顶尖的两大科学杂志《自然》和《科学》同日发表了多国基因组学家联合发表的学术论文,