随机扩增多态性对白色念珠菌分型的估价

利用随机扩增多态性（ＲＡＰＤ－ＰＣＲ）的方法对４８株白念珠菌Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ Ｂｅｒｋｈ进行了分析。由初步试验中,随机选用了１８种引物?筛选出ＯＰＡ－１４引物,该引物扩增的带型清晰可辨,不同菌株之间扩增的带数６－１２条不等,共有６条主带。扩增片段的长度粗略估计在３００－２０００ｂｐ左右。除个别菌株的带型相同以外,大多数菌株之间呈多态性分布,其带型数目和扩增的片段存在差异。对简单的Ｄ     

随机扩增DNA多态性及其在微生物分型中的应用

用于微生物分型的现代技术包括表型和基因型方法。随机扩增多态性ＤＮＡ是在聚合酶链反应技术基础上发展起来的一种新的基因分型法。主要特点是利用随机寡核苷酸引物扩增基因组ＤＮＡ片段,进而通过凝胶电泳分析其指纹图特征,借以显示不同菌株间存在细微差别。这种方法简单,快速,现已在许多微生物分型中得到运用。     

鲍曼不动杆菌随机扩增多态性DNA法基因分型的研究

目的 利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对鲍曼不动杆菌进行基因分型建立DNA指纹图谱,调查该菌在各临床科室的流行情况,并将其与药敏谱进行比较.方法 随机收集中南大学湘雅二医院2007年9月到2008年9月分离出的86株鲍曼不动杆菌,采用WHO推荐的K-B法对鲍曼不动杆菌进行药物敏感试验,建立药敏谱,同时利用随机扩增多态性DNA法(RAPD)技术进行基因分型,建立DNA指纹图谱,对二者进行比较,然后结合药敏谱和指纹图谱分析各临床科室鲍曼不动杆菌的感染情况.结果 药物敏感试验将86株鲍曼不动杆菌分为47型,RAPD技术将其分为14型,其中A、F、D、B和L型为5种优势型,其菌株数分别为22、15、11、9和7株.本院ICU,老年病科,神经内科,呼吸内科,神经外科鲍曼不动杆菌检出率较高.结论 RAPD分型方法优于药敏分型,其在流行病学研究上更能证实菌株的相关性,在早期发现和预防感染暴发流行中起重要作用.     

番茄随机扩增DNA多态性体系的条件优化

利用改进的SDS法提取代号为03748的栽培番茄叶片基因组DNA。对影响番茄随机扩增DNA多态性（RAPD）扩增结果的因素进行了分析,确定了模板、Mg^2＋、dNTPs、引物和Tap DNA聚合酶的适宜浓度及反应的最佳循环次数。实验结果表明,在以下条件下,番茄的RAPD扩增效果较好：20μL反应体系中使用20-40ng的模板、1．5-2．0mmol／L的Mg^2＋、0．15＋0．20μmol／L的dNTPs、0．15-2．0μmol／L的引物、1．0U的Taq DNA聚合酶;94℃预变性5min,然后经94℃变性1min、360℃ 1min、720℃ 1．5min,进行35个循环,最后在72℃时再延伸10min。     

鸡随机扩增多态性DNA最优化体系探讨

以鸡基因组DNA为模板,对RAPD反应程序中一些重要参数进行摸索和优化实验,建立了随机扩增多态性DNA分析反应体系。即反应体积为25μl,Mg^2 浓度为3．0mM,dNTP浓度为0．1mM,模板DNA最为100mg,随机引物浓度为0．3μmol,Tap酶2．0单位;反应循环过程为92℃变性30s,36℃复性40s,72℃延伸1min,共40个循环。该体系可有效地应用于鸡遗传育种研究中,重复性好。     

枇杷栽培种的随机扩增DNA多态性(RAPD)研究

运用RAPD(Random Amplified Polylnorphic DNA)分析技术,对江苏省常绿果树研究中心16个枇杷(E．japonic Thunb Lindl)品种的基因组DNA进行了分析,从50个随机引物中筛选出19个引物,可从各个品种的基因组DNA扩增出谱带,总数为233个,其中多态性DNA片段176个,公共性DNA片段57个,表明这些枇杷品种间存在着丰富的遗传多样性。根据DNA片段的电泳结果,计算出品种间遗传相似系数及遗传距离,应用UPG—MA方法建立了品种遗传关系的系统树,将16个品种分成5类。从随机引物中筛选出2个随机引物能从各个品种的基因组DNA扩增出DNA片段,在16个枇杷品种中2个引物扩增出19个DNA片段,其中3个为公共,16个为多态性或单态性DNA片段。这些结果可为枇杷品种鉴定、分类、亲缘关系确立及品种选育中杂交组合亲本选配提供一定的依据。     

野生稻基因组随机扩增多态性DNA(RAPD)分析

用18个随机引物对2份栽培稻、12份包含有六个基因组型的野生稻DNA进行了扩增,共获得147个多态性DNA片断,把这些多态性DNA片断作为遗传位点用UPGMA法计算出各材料间的遗传相似性系数,并作了聚类分析．主要结果如下：1普通野生稻同栽培稻的亲缘关系很近,其中江永普通野生稻更接近于粳稻．2．CCDD组的Oryzalatifolia和EE组的O．australiensis遗传多态性相似。3．B、C、D、E组的遗传多态性相似,组成一个复合体,此复合体与A组的遗传多态性也相似,而F组则相距较远．4．O．mcyeriana和Rhynchofyzasabulata尚未确定组型,RAPD测定结果表明,前者与其它组型的种亲缘关系较远,后者则与AC复合体的种较近．     

家族传播的口腔白色念珠菌基因型多态性分析

目的检测家族传播的口腔白色念珠菌基因多态性。方法采集35个家庭（119个样本）的口腔牙菌斑,采用PCR ITS1-ITS2基因分型方法,检测、分析家族传播的口腔白色念珠菌基因多态性。结果 18个家庭（18/35,61%）,34个样本（34/119,28.6%）有白色念珠菌感染,11个家庭存在家族传播（11/18,61%）。在5个母子（父子）垂直传播的家庭成员中,白色念珠菌基因型均不一致。在3个呈水平传播的家庭成员中,两家基因型一致,1家不一致。在3个垂直-水平传播的家庭成员中,两家基因型一致,1家不一致。白色念珠菌家族传播基因型差异有显著统计学意义（χ2=26.571,P〈0.01）。白色念珠菌感染与年龄、性别、学历、吸烟、饮酒、义齿和龋病均无显著相关。结论白色念珠菌在口腔定植,受宿主自身遗传背景影响较大,在家族垂直传播中呈明显的基因多态性。呈水平传播的白色念珠菌菌种具有较高的传染性,基因型可保持不变。     

小麦随机扩增多态性DNA的反应体系探索

随机扩增多态性DNA(RAPD)是近年来发展起来的一种DNA多态性检测技术。通过以小麦基因组DNA为模板 ,对RAPD反应程序中的一些重要参数进行摸索和优化试验 ,建立了随机扩增多态性DNA分析应用反应体系。即反应体积为 2 5μ1,Mg2 浓度为 2 0mM ,dNTP浓度为 150 μM ,模板DNA量 5ng～2 5ng ,随机引物量 30ng～ 4 5ng ,Tap酶 1单位 ;反应过程为 90℃变性 30s ,38℃结合 1min ,72℃延伸 2min(最后一个循环 10min) ,共 4 0个循环。该体系可有效地应用在小麦遗传育种研究中 ,重复性好 ,可靠性高。     

用RAPD标记检测六种蛇基因组DNA多态性

用 ＲＡＰＤ技术检测了乌梢蛇 Ｚａｏｃｙｓ ｄｈｕｍｎａｄｅｓ、王锦蛇 Ｅｌａｐｈｅ　ｃａｒｉｎａｔａ、黑眉锦蛇 Ｅ．ｔａｅｎｉｕｒａ、双斑锦蛇 Ｅ． ｂｉｍａｃｕｌａｔａ、赤链蛇 Ｄｉｎｏｄｏｎ ｒｕｆｏｚｏｎａｔｕｍ和日本蝮短尾亚种 Ａｇｋｉｓｔｒｏｄｏｎ ｂｌｏｍｈｏｆｆｉｉｂｒｅｖｉｃａｕｄｕｓ等６种蛇的基因组ＤＮＡ的多态性。经２０个随机引物扩增得到２５３个多态片段，其中锦蛇属３个种共有片段８条，游蛇科５个种共有片段５条。在这些共享片段中未检测出种内多态现象。片段分布和片段共享度聚类分析所得的游蛇科５种蛇之间的亲缘关系与染色体、颅骨和半阴茎研究的结果基本一致。     

用RAPD技术对特化等级裂腹鱼类亲缘关系的探讨

为确定特化等级裂腹鱼类的遗传分化关系 ,对 7种 2 2个裂腹鱼个体进行随机扩增多态DNA(RAPD)研究。从所使用的 40个随机引物中 ,选择了 37个扩增带谱清晰的引物进行分析。根据构建的分子系统树显示 ,特化等级裂腹鱼类划分为 3个属级分类单元较为合适 ,这与采用形态学特征进行系统分析所得出的结论一致。在 2 2个个体之间遗传距离矩阵中 ,最大的遗传距离指数达到了 90 38% ,此外 ,还有较多的遗传距离指数也在 6 0 %～ 90 %之间。通过分析 ,认为用RAPD标记技术来分析属级或属级以上分类单元的亲缘关系 ,具有一定的适用性。对于一些遗传差异较大的类群 (如裂腹鱼类 ) ,应用属级或属级以上分类单元的亲缘关系 ,很可能会出现个体之间遗传距离接近或达到 10 0 %的情况 ,从而无法探讨其相互之间的亲缘关系。     

白色念珠菌摄取生物素的机制研究

本文进一步实验显示处于生物素饥饿状态的白色念珠菌摄取生物素具可饱合性和特异性。从饱合曲线测算出主动摄入生物素的半数最大初速率（１／２Ｖｍａｘ）所需生物素浓度,即Ｋｍ值为０７９±０１１（平均数±标准差,ｎ＝８）;叠氮钠（５ｍＭｏｌ／Ｌ）处理后,其Ｋｍ值增到２３９±０６４μｍＭｏｌ／Ｌ（平均数±标准差,ｎ＝３）。生物素之结构同源分子,如脱硫生物素、生物胞素、甲基酯生物素和对硝基苯酯生物素等竞争性抑制其主动摄取生物素,但是２亚氨基生物素却完全无抑制作用。在生物素摄入充足的白色念珠菌（在含２０ｎＭｏｌ／Ｌ生物素的培养基中生长）,生物素主要通过简单的弥散方式进入菌体内。由于血清中的生物素含量在ｐＭｏｌ／Ｌ到几个ｎＭｏｌ／Ｌ之间,白色念珠菌在体内可能通过主动摄取生物素机制满足其营养代谢需求。本研究为发展抗白色念珠菌新举措可能提供某种理论基础     

REVEALING GENETIC MARKERS IN GELIDIUM VAGUM (RHODOPHYTA) THROUGH THE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) TECHNIQUE1

The recently developed random amplified polymorphic DNA technique was evaluated as a method for characterizing isolates of the agarophyte Gelidium vagum Okamura. Reaction conditions for single primer polymerase chain reaction were optimized to obtain a high degree of reproducibility of the amplified bands generated from purified G. vagum DNA. A total of 165 primers, including both (A + T)- and (G + C)-rich sequences, was screened for DNA amplification using template DNA from a single Gelidium isolate. None of the 45 (A + T)-rich primers was positive (i.e. band-producing). Of the (G + C)-rich primers, 47 were positive, generating a total of 322 prominent amplification products for DNA from 13 different G. vagum isolates. Polymorphic DNA loci were detected by 37 of the primers. Unweighted pair-group arithmetic average cluster analysis (UPGMA) of these loci was used to group the G. vagum isolates and thereby determine which were most similar. G. latifolium, used as an out-group for the UPGMA analysis, showed a high degree of dissimilarity.     

白色念珠菌中逆转座子长末端重复序列的分布

白色念珠菌逆转座子长末端重复序列α、β、γ、k用作探针,对25株白色念珠菌进行Southem杂交分析,测定了α、β、γ、k在染色体中的分布.在SC5314菌株中,Northern杂交能检测到α、β、γ的转录产物,而且,它们的转录与培养条件相关,k则没有转录活性.我们的结果表明白色念珠菌中存在多种逆转座子,不同菌株之间这些逆转座子的数量与分布不同,这些逆转座子可用作分子标记物对白色念珠菌进行分析鉴定.     

双歧杆菌对免疫抑制小鼠白色念珠菌感染的保护作用

为探讨双歧杆菌对白色念珠菌感染的保护作用,作者采用环磷酰胺腹腔注射方法复制了免疫抑制小鼠模型,研究白色念珠菌感染前后两歧双歧杆菌灌饲的保护作用。结果表明：白色念珠菌感染前灌饲两歧双歧杆菌能有效地抑制白色念珠菌在小鼠肠道中的定植,并且保护肠粘膜的完整性。对其机理的研究认为,两歧双歧杆菌可能是通过调整肠道菌群平衡、增加肠道中生理菌群的数量、降低肠道ｐＨ值、以及产生抗菌物质等途径发挥保护作用     

体液免疫抗白念珠菌感染的研究

探讨抗白念珠菌IgY及其免疫血清对多种动物模型感染白念珠菌的保护作用。制备烧伤继发感染白念珠菌大鼠、白念珠菌性阴道炎小鼠及免疫功能低下小鼠多种动物感染模型 ,分别应用抗白念珠菌IgY、鼠免疫血清和生理盐水对照 ,观察比较各自的作用。抗白念珠菌IgY对烧伤继发感染白念珠菌大鼠及白念珠菌性阴道炎小鼠均有明显的保护作用 ;鼠免疫血清则对阻止远程靶器官的白念珠菌扩散有较好的作用。体液免疫成份抗白念珠菌IgY及其免疫血清对烧伤继发感染白念珠菌大鼠、白念珠菌性阴道炎小鼠及免疫功能低下小鼠均有良好的保护作用。     

丁不同群体间形态学差异与随机扩增多态DNA(RAPD)分析

采用聚类分析、主成分分析和判别分析3种数理统计方法,对我国新疆朱家湖丁群体7、3水库丁群体和从捷克引进我国的丁群体的可量性状和框架参数进行分析。聚类分析和主成分分析显示,朱家湖群体与73水库群体较为接近,而捷克群体与前两群体相距较远。判别分析亦可将捷克群体与前两群体分开,准确率达100%。从60个随机引物中筛选出的20个引物对丁朱家湖群体、73水库群体和捷克群体进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析。引物S440在捷克群体扩增出的450bp片段为该群体特有的标记片段。朱家湖群体、73水库群体、捷克群体多态位点比例分别为24%、22.67%和18.42%;群体内遗传相似度分别为0.8967、0.9035和0.9309;遗传多态度(π)分别为0.1539、0.1489和0.1142。表明朱家湖群体保持着较高的遗传变异。三群体间的遗传相似度为0.6868—0.9496,群体遗传分化系数(Fst)为0.048—0.238,分子方差分析发现群体内方差占总方差的83.96%,群体间的方差只占16.04%,由此推断三群体间遗传分化并不大。     

Tca1元件的转录调控及其对白色念珠菌形态发生的影响

我们从白色念珠菌SC5314中分离到两个逆转录转座子样元件Tcal-1和Tcal-2,它们的物理图谱非常相近,两者都能转录成6kb长的RNA,该转录产物的转录受温度调控,25℃条件下的转录产物多于37℃的,Tcal-1元件内侧部分序列或全部序列的缺失引起白色念珠菌形态的改变,这种形态发生的变化与URA3基因的表达有协同作用。