Caveolin-1真核表达载体的构建及其Hepa1-6细胞中的表达

Caveolin-1在不同肿瘤中发挥作用不同,既发挥抑癌基因样作用又发挥癌基因样作用.旨在分析caveolin-1 在小鼠肝癌细胞系中的表达情况及建立稳定表达外源caveolin-1的Hepa1-6细胞.利用RT-PCR和Western-blot方法检测caveolin-1在小鼠肝癌H22、Hea-F和Hepa1-6细胞中的表达;通过分子克隆构建小鼠caveolin-1 cDNA真核表达栽体,利用脂质体转染等方法建立稳定表达外源caveolin-1的Hepa1-6细胞株;通过RT-PCR、Western-blot、免疫细胞化学等方法鉴定其稳定表达细胞株.结果显示,caveolin-1在Hepa1-6细胞中表达呈阴性,在H22和Hca-F 中高表达;成功获得小鼠caveolin-1 cDNA真核表达载体pEGFP-N2/Cav-1,筛选并鉴定出高表达外源caveolin-1的Hepa1-6稳定细胞株C1和C4,为进一步分析caveolin-1在肝癌中所发挥的作用奠定了一定的研究基础.     

cDNA RDA法克隆小鼠鼻咽部组织特异性表达基因

采用ｃＤＮＡ代表性差异分析法（ｃＤＮＡ ＲＤＡ）克隆小鼠鼻咽部组织特异性表达基因。通过三轮消减杂交后,获得了七个差异片段。随机选择两个差异片段ＴＤＰ１和ＴＤＰ４,经ＤＮＡ印迹和ＲＮＡ印迹证实了ＴＤＰ１在鼻咽部特异性表达,而ＴＤＰ４在鼻咽部及食道均有表达,并没有特异性。进一步对这两片段测序分析,并与Ｇｅｎ－Ｂａｎｋ等数据库同源比较,推测ＴＤＰ１和ＴＤＰ４是两个新的基因片段,但是仅ＴＤＰ１在小鼠鼻咽部     

Caveolin一1真核表达载体的构建及其在Hepal-6细胞中的表达

Caveolin-1在不同肿瘤中发挥作用不同,既发挥抑癌基因样作用又发挥癌基因样作用。旨在分析caveolin-l在小鼠肝癌细胞系中的表达情况及建立稳定表达外源caveolin-1的Hepal-6细胞。利用RT-PCR和Western-blot方法检测caveolin-1在小鼠肝癌H22、Hca-F和Hepal-6细胞中的表达;通过分子克隆构建小鼠caveolin-1 cDNA真核表达载体,利用脂质体转染等方法建立稳定表达外源caveolin-1的Hepal-6细胞株;通过RT-PCR、Western-blot、免疫细胞化学等方法鉴定其稳定表达细胞株。结果显示,caveolin-l在Hepal-6细胞中表达呈阴性,在H22和Hca-F中高表达;成功获得小鼠caveolin-1 cDNA真核表达载体pEGFP-N2／Cav-1,筛选并鉴定出高表达外源caveolin-1的Hepal-6稳定细胞株Cl和C4,为进一步分析caveolin-1在肝癌中所发挥的作用奠定了一定的研究基础。     

彩鲫Ran基因全长cDNA的克隆及其组织表达特异性分析

根据Ran的保守区序列设计简并引物,结合SMART、cDNA合成及RACE-PCR技术,克隆到彩鲫(Carassius auratus color variety)的Ran基因的cDNA全长,其编码区全长为648bp,编码215个氨基酸。采用BIAST程序在NCBI数据库中对其进行同源基因搜索,结果表明,其推测的编码氨基酸序列与斑马鱼和鲑鱼的Ran基因编码的氨基酸序列的同源性分别高达98％和97％。还对其编码区全长序列进行了原核表达,以经纯化的表达蛋白免疫家兔,制备出了具有较高特异性的多克隆抗体。采用Western blotting进行的组织特异性分析表明,Ran蛋白在卵巢、精巢和肾中表达,在心、脑、肝、脾和肌肉中不表达。本工作为采用免疫耗竭法、免疫共沉淀、体外系统模拟等方法进一步研究鱼类．Ran基因的生理功能及分离鉴定其结合蛋白提供了良好基础。     

黄瓜(Cucumis stavius L.)CSEBF1基因的克隆及其表达特性分析

通过对乙烯利诱导黄瓜茎尖SSH文库的筛选,采用RT-PCR和电子克隆技术,从黄瓜中克隆到一个EIN3-Binding F box protein 1基因,命名为CSEBF1基因(GenBank登录号为KF366911)。结果表明:CSEBF1基因的cDNA全长1 964bp,编码640个氨基酸,含有F-box蛋白保守区域和蛋白质泛素化作用底物识别必需结构—LRRs(leucine-rich repeats),氨基酸序列与拟南芥的同源性为60.47%。实时荧光定量RT-PCR法分析了CSEBF1基因在乙烯利诱导后植株不同部位的表达情况,表明该基因在叶片和根部处理8 h达到最高值,而在茎部16 h达到最高值。同时通过RTPCR方法检测茎、叶部乙烯信号转导相关基因的表达情况发现,CSEIN3基因于处理4 h在茎、叶诱导表达;CSCTR1基因在处理后8 h的茎和16 h的叶片有表达量;CSACS2基因在处理后2 h的叶片被诱导表达,并且表达量随后增加。CSACS1G基因(即F基因)于处理后4 h的叶片增强表达,随后持续较微弱的水平。     

流感病毒ns1基因的克隆及其原核表达载体的构建

为了解H5N1亚型流感病毒株的ns1基因特性及其规模制备NS1蛋白,首先将病毒在鸡胚中传代,从收获的尿囊液中提取RNA,采用RT-PCR技术扩增流感病毒全长ns基因.测序显示H5N1亚型流感病毒NS1 cDNA全长678bp,编码225个氨基酸.BLAST分析表明,Qa/ST/852/01(H5N1)病毒株ns1基因与近年来从华南地区分离的禽H5N1毒株的ns1基因有很高的同源性.之后采用PCR方法扩增ns1基因的cDNA片段,将其克隆到pGEX-4T-3载体中,与谷胱甘肽巯基转移酶(GST)基因融合,构建重组质粒pGEX-4T-3/NS1 cDNA,转化大肠杆菌BL21(DE3)并进行诱导表达.SDS-PAGE和凝胶扫描分析,GST-NS1融合蛋白在大肠杆菌中获得了高效表达,并且以可溶形式存在,重组融合蛋白的表达量占菌体总蛋白的28.5%,表达产物经亲和层析纯化后蛋白质纯度达96%以上.经免疫印记证实重组融合蛋白可以被GST特异性抗体所识别.该表达载体的构建为获得大量NS1蛋白进行功能研究及抗体制备提供了基础.     

流感病毒ns1基因的克隆及其原核表达载体的构建

为了解H5N1亚型流感病毒株的ns1基因特性及其规模制备NS1蛋白,首先将病毒在鸡胚中传代,从收获的尿囊液中提取RNA,采用RT-PCR技术扩增流感病毒全长ns基因。测序显示H5N1亚型流感病毒NS1cDNA全长678bp,编码225个氨基酸。BLAST分析表明,Qa/ST/852/01(H5N1)病毒株ns1基因与近年来从华南地区分离的禽H5N1毒株的ns1基因有很高的同源性。之后采用PCR方法扩增ns1基因的cDNA片段,将其克隆到pGEX-4T-3载体中,与谷胱甘肽巯基转移酶(GST)基因融合,构建重组质粒pGEX-4T-3/NS1cDNA,转化大肠杆菌BL21(DE3)并进行诱导表达。SDS-PAGE和凝胶扫描分析,GST-NS1融合蛋白在大肠杆菌中获得了高效表达,并且以可溶形式存在,重组融合蛋白的表达量占菌体总蛋白的28.5%,表达产物经亲和层析纯化后蛋白质纯度达96%以上。经免疫印记证实重组融合蛋白可以被GST特异性抗体所识别。该表达载体的构建为获得大量NS1蛋白进行功能研究及抗体制备提供了基础。     

IBV广东分离株GD05 S1基因的克隆、鉴定及其表达

鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Brochitis virus,IBV)属于冠状病毒科冠状 病毒属,可引起鸡呼吸道、输卵管、肾脏、肠道及腺胃等多部位病变.近年来,由于新的I BV变异毒株不断出现,从而导致鸡传染性支气管炎病的不断爆发,造成严重的经济损失 [1, 2]}.IBV的基因组为单股RNA,主要编码3种主要结构蛋白:纤突蛋白(S)、膜蛋白(M) 和 核衣壳蛋白(N),其中S蛋白成熟裂解为S1和S2两个蛋白亚基.S1蛋白是IBV的主要免疫原 基因,可刺激机体产生中和抗体,决定病毒的组织亲嗜性,在病毒血清学分类中起主要作用 [1,3].     

一个在肝癌中表达下调的基因syap1的克隆和鉴定

肿瘤细胞区别于正常细胞的最基本特征是细胞生长失控和分化受阻。这种细胞生长失控和分化受阻是由于多种遗传性缺陷积累的结果,这主要表现在两个方面:一是癌基因的激活或过度表达,阻止细胞分化,促进细胞生长;另一方面是肿瘤抑制基因的失活。在肝癌研究中人们发现有多处染色体DNA发生缺失如染色体1p、4q、5q、6q、8p、10p、11p、13q、16q、17p和22q区域,提示这些区域可能存在肿瘤抑制基因。其中13q、17p和8p区域的肿瘤抑制     

十字花科植物FAE1基因的克隆与功能验证

对十字花科(Brassicaceae)植物非洲芥菜(Brassica tournefortii Gouan)、埃塞俄比亚芥(B.carinataA.Braun)、短喙芥(B.elongata Ehrhart)、芝麻菜[Eruca vesicaria subsp.sativa(Miller) Thellung]、野萝卜(Raphanus raphanistrum Linn.)、Crambe filiformis Jacq.、菥蓂(Thlaspi arvense Linn.)、臭荠[Coronopus didymus (Linn.) Smith]、荠[Capsella bursa-pastoris(Linn.) Medikus]和小花碎米荠(Cardamine parviflora Linn.)的FAE1基因进行了克隆、序列比对及功能验证.结果显示:上述前6种1亚种的FAE1基因长度均为1 521 bp,臭荠的FAE1基因长度为1 517 bp,荠和小花碎米荠的FAE1基因长度为1 518 bp,GenBank登录号为JX898749-JX898758;它们的序列相似性较高,相似度达89％;对位排列矩阵长度1 521 bp,其中包含保守位点1 051个(69.1％)、变异位点470个(30.9％)和简约信息位点232个(15.3％);臭荠、荠和小花碎米荠的FAE1序列在第132位分别缺失3个碱基,臭荠的FAE1基因在第515位缺失1个碱基.虽然荠和小花碎米荠的FAE1基因编码505个氨基酸、臭荠的FAE1基因仅编码186个氨基酸、其他种类的FAE1基因均编码506个氨基酸,但它们的氨基酸序列相似度高达88.9％;各种类的氨基酸序列存在151个变异位点,其中有6个变异位点与种子芥酸含量相关.Western blot及气相色谱分析结果表明:各种类的FAE1基因在酵母中均能表达出预期的蛋白产物;在臭荠和小花碎米荠FAE1基因的转化酵母细胞中无芥酸积累,而在其他种类FAE1基因的转化酵母细胞中均有芥酸积累;此外,除荠外的其他8种1亚种植物的种子芥酸含量与转化酵母细胞中的芥酸含量正相关.     

一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析

最近我们利用新一代测序(next generation sequencing,NGS)技术对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量RNA测序(RNA-sequencing,RNA-Seq),在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的RNA-Seq信号峰,而在正常对照组织中没有检测到,且该染色体区域目前尚无已知基因登录,提示这几个RNA-Seq峰可能代表一个或多个未知的新基因.以此为线索,证实这几个RNA-Seq峰来自同一个新基因,并克隆了该基因全长序列,在克隆该基因全长序列时,发现该基因编码的RNA存在多种剪接形式,最长的转录本为3 562 bp.将该基因编码的12条代表性RNA转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的GenBank数据库中,GenBank ID号分别为KC136297~KC136308.该基因编码的RNA没有发现明显的开放阅读框(open reading fragment,ORF),提示该基因可能编码长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).为了探讨该lncRNA基因可能的转录调控机制,我们用生物信息学方法预测了该lncRNA基因潜在启动子区域,发现在其转录起始位点上游-719~-469 bp处有一个潜在的启动子,其中包含7个Sp1、1个STAT5和1个EGR1转录因子结合位点.该lncRNA在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究.     

肝细胞癌高表达基因cDNA文库的构建及生物信息学分析

目的:构建肝细胞癌的高表达基因cDNA文库并进行相应的生物信息学分析。方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术,以7对肝癌组织和癌旁组织为实验材料,构建肝癌高表达基因的cDNA文库;使用BioEdit、BLAST和EGAD等软件进行生物信息学分析。结果:获得1450个白色阳性克隆,经PCR扩增后均有100～1000bb的插入片段,经杂交验证选取125个克隆进行测序;经BLAST、EGAD等生物信息学工具分析获得基因83个,其中细胞分裂相关基因5个,参与细胞信号转导或通讯的基因5个,参与细胞结构或运动的基因7个,细胞或器官防御相关基因11个,参与细胞内基因转录或蛋白表达的基因22个,代谢相关基因18个,另有15个未归类基因。结论:利用SSH技术可构建肝细胞癌组织差异表达基因的消减cDNA文库,为进一步深入探讨肝癌的诊断、治疗和预后评估等提供更多的分子指标。     

喉癌相关基因LCRG1的克隆和表达分析

喉癌是严重危害人类健康的一类恶性肿瘤。选用在mRNA差异显示研究中获得的在喉癌组织中表达显著下调且代表新基因的EST之一（AF10056）,设计引物进行cDNA文库筛选,得到一全长为3448bp的cDNA序列,其开放读码框编码288个氨基酸,与已知蛋白质无明显同源性,属一新发现的基因,GenBank接受号为AF268387。与GenBank数据库匹配分析,发现该基因包含6个外子,基因组RT－PCR显示有40％（12／30）的喉癌组织表达下调,RT－PCR显示有54．5％（6／11）其他肿瘤细胞系表达缺失。把该基因命名为喉癌相关基因（laryngeal carcinoma related gene1,LCRG1)。这提示LCRG1可能与喉癌的发生发展相关。     

新型肝癌相关性抗原HCA519及其变异体HCA90的基因克隆和表达

通过利用肝癌病人体内血清中所含的对肿瘤抗原产生的特异性抗体筛选肝癌组织cDNA表达文库的方法 (SEREX) ,筛选得到了可以诱导肝癌病人抗体免疫应答的两个新抗原HCA5 19基因(GenBankAF14 6 731)及其变异体HCA90基因 (GenBankAF 2 872 6 5 ) .它们定位于染色体 2 0q11 2 ,HCA5 19含 18个外显子 ,HCA90含 19个外显子 .其中HCA90所特有的外显子序列长 10 8bp ,属Alu重复序列片段 ,插入于HCA5 19外显子 10和 11之间 ,原为HCA5 19内含子序列 .该插入片段位于HCA5 19开放阅读框架之内 ,不改变HCA5 19的读码框 ,使HCA5 19编码的 74 7个氨基酸增长至HCA90的 783个氨基酸 .通过Northern杂交和RT PCR分析发现 ,HCA5 19和HCA90基因分别在 9 9例和 6 9例肝癌组织中高表达 ,RT PCR显示 ,它们在正常肝组织和其它正常组织中有极低水平转录本表达 .而这种低表达转录本在Northern杂交中不能被检测到 .HCA5 19蛋白被首次发现在肿瘤病人中能够诱导机体的抗体免疫应答 ,为一个新的肿瘤相关性抗原分子 .其变异体HCA90抗原基因为首次发现的新基因 .其功能可能与细胞的恶性增殖相关 ,并可进一步研究其作为临床肿瘤治疗和诊断的靶分子的可行性     

鼻咽癌差异表达基因PROL4特性分析

在正常成人鼻咽与鼻咽癌活检组织之间进行抑制性消减杂交和微阵列(microarray)杂交,获得了鼻咽癌差异表达基因PROL4的全长cDNA序列,其GenBank登录号为：AF530472.该基因包含567个核苷酸,其编码产物是由134个氨基酸组成的富含脯氨酸蛋白.采用RT-PCR证实了PROL4基因在鼻咽癌细胞株HNE1和鼻咽癌活检组织中表达下调或缺失（42/48）.12种组织RNA印迹显示：PROL4基因在人骨骼肌、胸腺和肺组织中表达,其转录本大小约为0.6 kb,与所克隆的PROL4基因的cDNA大小一致.进而通过肿瘤表达谱阵列（cancer profiling array）杂交检测了其在乳腺癌、子宫癌、结肠癌、胃癌、卵巢癌、肺癌、肾癌、直肠癌、甲状腺癌、子宫颈癌、前列腺癌、胰腺癌、小肠癌组织及其配对的正常组织的表达状况.     

鼻咽癌相关基因NAP1的克隆及鉴定

从UniGene库中选取编号为BG231197,来自人鼻咽组织的EST序列.利用Blast检索GenBank的nr数据库和EST数据库,构建EST重叠群.利用人类基因组草图搜索法从成人正常鼻咽组织中PCR扩增获得该基因全长cDNA,命名为NAP1,GenBank登录号为AY190326.NAP1基因cDNA序列全长为573 bp,编码由85个氨基酸组成,相对分子质量为9 700的多肽.用α-³²P-dCTP标记NAP1基因片段,与含15种正常成人组织的多组织RNA印迹膜杂交,结果表明NAP1基因在淋巴结和气管中高表达,转录本大小约为0.6 kb,在其他组织中不表达.NAP1蛋白质与滤泡树突状细胞（follicular dendritic cell, FDC）的一种分泌肽前体（FDC -SP）（AF435080）同源,与其他已知蛋白质无明显同源性.NAP1基因定位在染色体4q13,基因组跨越9 179 bp,含5个外显子和4个内含子.采用差异RT-PCR检测了40例经病理诊断为低分化鳞状上皮癌的鼻咽活检组织及其对侧相应部位的正常鼻咽组织中该基因的表达差异.在40例鼻咽癌中,NAP1基因表达下调的有17例（42.5%）,表达上调的有6例（15%）,无明显表达差异的有17例（42.5%）.原位杂交和免疫组化结果显示该基因在正常鼻咽和鼻咽癌组织间质中的树突状细胞中表达,在其他间质细胞和鼻咽上皮中均不表达.以上结果表明,NAP1为树突状细胞的一种新的多肽,该基因在鼻咽癌组织中表达下调的原因,及其与鼻咽癌发生、发展的关系值得进一步探讨.     

67kD层粘连蛋白受体的克隆、表达及其对肝癌细胞侵袭能力的影响

探讨细胞膜表面 6 7kD层粘连蛋白受体 (6 7kDlamininreceptor ,6 7LR)在肝癌细胞侵袭转移中的作用 ,从肝癌细胞中提取RNA ,通过RT PCR扩增 6 7LR的前体——— 37kD层粘连蛋白受体前体(37kDlamininreceptorprecursor,37LRP)基因并定向克隆到真核表达载体pcDNA3.1 myc His(- )A ,采用脂质体将重组质粒转染到HepG2肝癌细胞中 ,通过G4 1 8筛选和RT PCR、流式细胞术鉴定 ,获得了细胞膜表面 6 7LR高表达 (阳性率为 6 9.2 % )和低表达 (阳性率为 1 1 .7% )的细胞克隆 ,采用体外细胞侵袭实验测定不同细胞的侵袭能力 ,发现膜表面 6 7LR高表达的细胞侵袭能力明显高于低表达及不表达细胞 ,说明 6 7LR在肝癌细胞侵袭转移过程中可能具有重要意义     

乙肝相关性肝癌中新基因CHCHD2的生物信息学分析

应用基因芯片技术获取以稳定转染HBx基因的肝癌细胞HepG2(HepG2-X)及非转染的肝癌细胞HepG2的差异表达的基因,利用生物信息学方法对新基因CHCHD2进行初步分析表明,该蛋白开放性读码框长456 bp,编码151个氨基酸残基,相对分子量为15.55 kD,等电点9.43,是主要定位于线粒体中的亲水性蛋白,二级结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主要构件。同源性比较分析结果表明,其碱基序列与已经报道的其他17个物种相似性为64%-99%,且符合种属之间的进化关系。     

用基因表达谱芯片研究人正常肝和肝细胞癌中差异表达的基因

以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异性进行了研究比较。奖４０９６条人ｃＤＮＡ用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的ｍＲＮＡ通过逆转录方法,将Ｃｙ３和Ｃｙ５２种荧光分别标记到两种组织的ｃＤＮＡ上,制备成ｃＤＮＡ探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,重复４次实验,通过计算机数据处理判定基因是否在上述２种组织中有表达差异,筛选出差异表达的基因共９０３条。基因芯片技术可同时