安捷伦科技与Caliper科技联合推出最新型的RNA6000Pico芯片实验室试剂盒辅助癌症研究

该芯片实验室试剂盒可用于微量采样的ＲＮＡ分析以及极少量ＲＮＡ样品的完整性分析全球领先的跨国高科技公司安捷伦科技 (ＮＹＳＥ :Ａ)和Ｃａｌｉｐｅｒ科技公司 2 0 0 2年 12月宣布推出名为ＲＮＡ 6 0 0 0Ｐｉｃｏ的芯片实验室试剂盒 ,用于总ＲＮＡ和信使ＲＮＡ样品的自动质量控制分析。同ＲＮＡ 6 0 0 0Ｎａｎｏ芯片试剂盒相比 ,ＲＮＡ 6 0 0 0Ｐｉｃｏ灵敏度提高了 2 5倍 ,因而在临床微量采样技术的样品分析中非常有用 ,比如在癌症研究中 ,可用于比较肿瘤组织与相邻组织的基因表达差异。虽然现在的研究手段能够成功地分离单个细胞 ,并从…     

凝胶电泳估计质粒和DNA片段大小的一个精确方法

<正>根据在凝胶电泳中的移动性估计质粒和其它DNA片段的分子量已进行了许多年。Aaij和Borst(1972)证明了分子量的对数与移动性之间的线性关系,可用于估计大至10MDa的细菌噬菌体和线粒体DNA。通过使用分子量和移动性的对数/对数图,此方法被发展用于大至95MDa的质粒(Meyer等,1976),因为对数/对数图本质上是弯     

三倍体草鲂杂种及其双亲的红细胞(核)大小和DNA含量

采用血液涂片、Wright和Giemsa染色、CMSD微测目镜数显仪测量草鱼、三角鲂及其杂交一代(简称草鲂杂种)的红细胞和核的大小。草鲂杂种红细胞和核的面积明显增大,其中比草鱼的红细胞和核都增大1.3倍,比三角鲂的红细胞和核分别增大1.3和1.5倍。用Feulgen染色,MPV-Ⅱ型显微分光光度计测定草鲂杂种及其双亲的红细胞DNA含量,草鲂杂种的红细胞DNA相对含量分别是草鱼和三角鲂的1.57和1.27倍,也表现出增大的现象,作者认为草鲂杂种是一个通过杂交产生的异源多倍体。另外,本文还就鱼类多倍化形成的途径及其应用作了探讨。     

基于流式细胞术的乌饭树核DNA含量(2C-值)测定

核DNA含量(2C-值)是描述植物生物多样性的一个重要特征参数。该研究利用流式细胞仪检测越橘属植物乌饭树核DNA含量,建立了适合乌饭树的流式细胞术测定方法:以野生乌饭树的嫩叶为材料,以已知核DNA含量的水稻品种‘日本晴’为内标,采用GPB解离液,细胞核悬液加入50μL獉mL-1碘化丙啶染色5 min即可上机检测。结果表明:(1) 9个乌饭树单株的核DNA含量平均值为(1.22±0.03) pg,最小值为1.18 pg,最大值为1.27 pg。(2)检测结果与已知的越橘属二倍体植株的2C-值含量相似,且不同地理来源的单株DNA含量没有显著差异(P>0.05),推测这9个单株为二倍体植株。(3)测定的乌饭树核DNA含量(2C-值)可丰富越橘属植物的C-值库;基于流式细胞术建立的乌饭树核DNA含量测定方法可为该属其他植物的相关研究提供借鉴。     

Matrix Generator(MG):一个基于DNA片段的0/1矩阵生成程序

分子群体遗传学研究的特点是取样量大--存在于群体样本中的遗传变异必须要充分代表该群体和该物种的遗传变异量及分析的位点数多--位点样本必须恰当代表基因组.大样本的群体取样和位点取样产生大量的原始数据,使原始数据人工处理非常困难甚至不可能,从而迫切需要原始数据处理的自动化.目前一些大公司提供的凝胶图像收集仪器和配套的软件已经使原始数据的获取基本上自动化或半自动化.获得DNA片段分子量数据后,必须把这些分子量数据转变成可反映操作单位(样本)之间关系的数据矩阵,原来用于计算分子量的那些软件已不实用或派不上用场.目前,除了用于fAFLP的Binthere弥补了部分不足外,还没有此类软件.Binthere存在固定栏宽(Bin)的缺陷,也就是将分子量最大值与最小值之间等分的方法来归纳不同操作单位(OUT)之间的异同,使得分子量绝对值差很小的数据可能被归入不同的栏,导致结果不正确.为了解决这类问题,我们设计编写了一个新的软件,取名为Matrix Generator(MG).与同类软件相比,MG具有两个主要优点:(1)采用动态栏宽和智能归并算法,克服了固定栏宽可能造成的错误;(2)可用于非荧光标记的分子标记技术.MG的基本思路是:分子量差异越小的片段,越可能是同缘片段,越应该处于相同的栏内.为此,我们采用绝对对应的动态过程.也就是说,从最小分子量到最大分子量之间的栏目数不是事先确定,而是由所分析的所有样品的特点和所使用的凝胶的分辨率(用户根据凝胶的特点给出数值)决定的.当两片段的差异小于凝胶所能达到的分辨率时,两片段被认为是同缘片段而归入相同的栏内.归并的过程从差异最小值开始,直至任意两片段的差异都大于凝胶的分辨率为止.这样就排除了同缘片段被隔离或者非同缘片段被合并的错误,从而使最可能同缘的片段归结在同一位点.MG第一版(V1.0,DOS版)集中体现了实用和易用的优点而没有包含同类软件所具有的一些功能,所以MG必须与其他软件结合使用.对于非荧光标记的分子标记技术,如RAPD、RFLP、AFLP等,可用Quantity One等软件得到分子量,用Excel生成样品与(分子量数据代表的)DNA片段矩阵,然后用MG处理.对于荧光标记的分子标记技术,如fAFLP、fSSR等,除可以用Excel生成矩阵外,可直接用Binthere和Genotyper等生成分子量矩阵,然后用MG处理.MG输出的矩阵经过适当编辑后,就可用后续的软件如Paup、Ntsys、Philip等运算.为了检验MG的有效性,我们用六道木属(Abelia)的AFLP分析数据进行检验,14个样品的DNA片段分别用Binthere和MG进行处理.前者得到295个含信息的位点,后者得到210个含信息的位点.用Nei and Li(1979)的算法分别计算距离矩阵并对两距离矩阵作Mantel检验.结果,两矩阵之间存在一定的差别,但相似性系数高达0.941 63,说明两种方法总体上会得到相似的结果,但局部会有所不同.用Paup对两矩阵作进一步分析,生成两个Neighbor-joining(NJ)树.结果表明,MG生成的数据更符合实际情况,而且分辨率高.     

家蚕质多角体病毒(BmCPV)基因组dsRNA片段V的全序列测定

质多角体病毒属于呼肠孤病毒科质多角体病毒属,代表种为家蚕质多角体病毒(Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus,BmCPV).质多角体病毒粒子为正二十面体,直径约60nm～80nm,正二十面体的十二个顶点均有管状突起.     

亲和色谱和反相高效液相色谱测定菠菜和拟南芥中四氢叶酸代谢物及叶酸的含量(英文)

植物中来源于甘氨酸和丝氨酸的一碳单位转移给四氢叶酸用于四氢叶酸代谢物的生物合成.由于含量低、成份复杂以及稳定性差,植物组织中四氢叶酸代谢物和叶酸的定量分析一度是一个挑战性很强的课题.本研究旨在建立一种可靠方法测定对甲基基团要求不同的植物(例如累积甘氨酸甜菜碱的菠菜与不累积甘氨酸甜菜碱的拟南芥)中四氢叶酸代谢物和叶酸的含量,用于研究这些植物中通过叶酸途径的一碳单位通量.菠菜和拟南芥叶片在金色荧光灯下加液氮研磨,加入大鼠血浆轭合酶粗提物处理,提取物经叶酸结合蛋白琼脂糖亲和色谱柱纯化,用附有荧光和紫外检测器的高效液相色谱仪分离并测定四氢叶酸代谢物和叶酸的含量.菠菜和拟南芥叶片中单谷氨酸型N5-甲基四氢叶酸含量分别是252ng/g和64ng/g,而总N5-甲基四氢叶酸的含量分别是370ng/g和199ng/g.两种植物均检测到少量的四氢叶酸和N5-醛基四氢叶酸,但只在拟南芥叶片而非菠菜叶片中检测到叶酸.实验结果显示,菠菜中单谷氨酸型和多谷氨酸型N5-甲基四氢叶酸的含量均比拟南芥显著增多.这种样品制备和高效液相色谱方法适于测定植物中四氢叶酸代谢物和叶酸的含量.     

RP-HPLC法同时测定藏药珠芽蓼中牡荆素、槲皮苷和槲皮素的含量(英文)

采用RP-HPLC法建立了同时测定珠芽蓼中牡荆素、槲皮苷、槲皮素三种黄酮的方法,色谱柱为kromasilC18(250 mm×4.6 mm,5μm),以甲醇-水(含0.25%磷酸)为流动相梯度洗脱,流速1 mL/min,检测波长360 nm。结果表明,牡荆素、槲皮苷和槲皮素质量浓度在8～40、5～50μg/mL和5.33～52μg/mL范围内与色谱峰面积均呈良好的线形关系,平均回收率分别为100.3%、98.9%和100.4%,日内稳定性偏差分别为0.78%,0.51%和0.38%,日间稳定性偏差为2.6%,1.9%和2.1%。该方法简单、准确,可为珠芽蓼的质量控制提供科学依据。