鸡脂肪酸结合蛋白基因的克隆和测序分析

根据哺乳动物脂肪酸结合蛋白基因序列设计一对引物对鸡基因组进行PCR扩增,将163bp扩增片段进行克隆和测序,并与猪的脂肪酸结合蛋白（fatty acid binding protein,FABP）基因序列进行同源性比较。该基因因片段与猪的心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid binding protein,H-FABP）基因有68%的同源性,与猪的脂肪型脂肪酸结合蛋白（adipocyte fatty acid binding protein,A-FABP）基因有75%的同源性,演绎成氨基酸之后与猪的脂肪型脂肪酸结合蛋白相应的氨基酸有75%的同源性。Northern结果表明该基因只在脂肪组织中表达。     

鹅白细胞介素 2基因的克隆与分子模型

对鸡、鸭、火鸡IL-2的核苷酸序列进行比较,在其保守区设计引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆了鹅白介素2 (goIL-2) 的核苷酸序列。该序列由768 nt组成,编码一条由141个氨基酸组成的前体蛋白。goIL-2核苷酸序列和氨基酸序列与鸭IL-2(duIL-2)核苷酸序列和氨基酸序列的同源性为90.1%和83.6%,与鸡、火鸡和鹌鹑IL-2的同源性为69.7%-75%和61.0%-63.1%,与哺乳动物IL-2的同源性为25%-30%和14%-17%。氨基酸序列分析表明,N端存在一长21个氨基酸的信号肽,含有形成2个链内二硫键的4个半胱氨酸。goIL-2 mRNA的体外表达动力学分析表明,脾脏T淋巴细胞经Con A诱导2 h至24 h均可检测到goIL-2 mRNA的表达。三维结构预测表明,goIL-2蛋白由A、B、C、D 4个α-螺旋和2个?-折叠构成。遗传进化分析表明,goIL-2和duIL-2的亲缘关系最近。     

鸡补体分子C3d的基因克隆及结构分析

目的:克隆鸡补体分子C3d基因并解析其结构特点。方法:将已发表的人、小鼠、地鼠、奶牛、野兔、猪、猩猩、绵羊的C3d基因同鸡的C3α链进行序列比较分析,发现在鸡的C3α链上有一段约897bp的序列同上述动物有较高的同源性,在上下端保守区域设计一对引物788bp,应用RT-PCR扩增鸡C3d部分基因,并克隆到pMD18-T载体中,测序正确后再在上下端分别设计一对引物,理论长度分别为378和336bp,最后用3种PCR产物延伸扩出C3d全长序列。结果:获得了鸡C3d基因重组质粒pMD18-C3d,序列分析表明所获的鸡C3dcDNA全长为993bp,编码331个氨基酸残基。鸡与上述人或动物C3d核苷酸的同源性分别为66.6%、66.2%、67.7%、66.2%、67.1%、67.0%、59.6%、67.1%,与其编码的氨基酸的同源性分别为61.5%、61.9%、61.2%、61.9%、56.5%、61.9%、54.5%、61.5%;而哺乳动物间C3d的核苷酸和氨基酸的同源性则分别为74.2%～100%和72.2%～100%。进化树反映出C3d基因具有种的多样性,亲缘关系越近,进化关系也越近。结论:鸡C3d与其他动物的C3d在抗原结合位点上没有氨基酸的变化,而与CR2结合的28肽区氨基酸差异明显,说明鸡C3d结合抗原没有专一性,而结合免疫细胞则有种的特异性,由此可以推测鸡C3d只能增强鸡的特异性免疫反应。     

鸡二价金属转运蛋白1 cDNA的克隆与序列分析

鸡二价金属转运蛋白1（divalent metal transporter 1, DMT1）在动物胃肠道锰吸收过程中起重要作用.根据哺乳动物Dmt1同源蛋白氨基酸序列的保守性设计引物,应用3′RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术,扩增并克隆获得鸡小肠Dmt1 cDNA 3′端1 289bp和1 092bp的2种片段,发现其3′端翻译区和非翻译区存在差异. 根据鸡Dmt1 cDNA 3′端片段的测序结果设计引物,扩增获得1个与3′端片段部分重叠的鸡Dmt1 cDNA 5′端907 bp片段,并对其进行了克隆测序. 根据鸡小肠Dmt1 3′RACE片段和5′RACE片段序列信息进行拼接,从而获得鸡小肠Dmt1 cDNA全序列信息.结果表明,鸡小肠Dmt1 cDNA有2种形式,1种全长为1 972个核苷酸,其中5′非翻译区为104个核苷酸,编码区1 695个核苷酸,3′非翻译区为173个核苷酸,编码1个含564个氨基酸残基的蛋白质;另1种形式为1 775个核苷酸,其中5′非翻译区为104个核苷酸,编码区1 593个核苷酸,3′非翻译区为78个核苷酸,编码1个含530个氨基酸残基的蛋白质.据鸡Dmt1 cDNA推测出的2种形式蛋白质的氨基酸序列与人、大鼠和小鼠的Dmt1蛋白具有高度同源性,它们的同源性分别为82%、82%、80%,和 84%、84%、83%. 对推测氨基酸序列进行疏水性和跨膜区分析表明,Dmt1蛋白为1种跨膜整合蛋白,具有膜转运蛋白糖基化位点和底物结合位点的保守序列.     

IBV青岛腺胃分离株（SD／97／02）S1蛋白基因的序列测定和分析

参考Genbank上发表的IBV S1纤突蛋白基因序列,设计了一对引物,对鸡传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株（SD／97／02）RNA进行RT－PCR扩增。将PCR产物克隆入pMD18-T载体中进行序列测定和分析。序列分析表明,该毒株的S1基因的G＋C％含量较少,为37.0%,存在HindⅢ,BamHⅠ,BglIⅠ,SacⅠ和SalⅠ位点,无EcoRⅠ位点,与其他毒株的同源性在87.02%－94.21%之间,在第154－429nt处为高度的变异区;将基因序列翻译成氨基酸后,假定的S1蛋白由540个氨基酸组成,等电点8.24,在蛋白质内部存在18个Cys,在S1与S2蛋白之间的剪切位点为HRRRR,这与大多数IBV毒株（RRF／SRR）不一样,有三个区域的氨基酸序列高度保守;169－181aa,230-250aa,485-506aa;与其他毒株进行抗原性比较后发现,在该毒株的320－326aa及390－401aa处的抗原表位消失,而在325－345aa、379－389aa处则出现了很强的抗原表位;第438－444aa处,其他IBV毒株（除ZJ971株外）原来存在的强抗原位点在本毒株中消失。在53－65位的氨基酸抗原性与其他毒株相比明显变弱。     

石岐杂鸡r-干扰素基因的克隆与序列分析研究

华南农业大学动物科学学院吕英姿、毕英佐和曹永长三位先生对广东石歧杂鸡r-干扰素基因的克隆与序列作了分析,他们根据现有鸡r-干扰素基因序列设计引物,应用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术,从ConA诱导培养的鸡脾淋巴细胞中扩增得到石歧杂鸡r-干扰素（SqzChIFN-r）基因,将其克隆到PGEM-T载体中,进行序列测定,结果表明,经克隆得到的那种ChIFN—r基因的开放阅读框由492个核苷酸组成,它与其他ChIFN—r基因的同源性达到99％,与火鸡r-干扰素基因的同源性为96％,与鸭r-干扰素基因的同源性为81％。由此,他们推导石歧杂鸡IFN-氨基酸序列与其他已知的ChIFN—r氨基酸序列完全相近或一致,同时与火鸡和鸭IFN—r氨基酸同源性分别为97％和67％。此说明石岐杂鸡r-干扰素基因的同源性与鸡类的较近,与其他不同种类的则较远。     

仙居鸡抑制素α亚基成熟区的cDNA克隆及其在卵泡中表达的研究

根据发表的鸡抑制素α亚基序列设计引物,用RT－PCR技术从仙居鸡卵泡的颗粒细胞总RNA中扩增出了抑制素α亚基成熟区序列,并进行了克隆和测序,结果显示,仙居鸡成熟α亚基是由113个氨基酸(aa)残基组成的蛋白质,具有1个糖基化位点和7个半胱氨酸残基,与发表的鸡和哺乳类相应序列对比,其核苷酸序列的同源性分别为98％和61．4％－68．7％,其预测氨基酸序列的同源性分别为97．3％和64．6％－69％,且所测鸡α亚基成熟区的糖基化位点及半胱氨酸殖基的数目和位置与发表的鸡和乳类相似,说明该亚基的序列及结构在不同物咱间具有高度保守性,提示其可能具重要的生理功能,鸡各级卵泡中α亚基mRNA表达丰度的定量分析显示,从SYF到F1中,随着卵泡的成熟α亚基的表达量降低,其在SYF和F6－8中表达量最高,在LWF中表达量很低,说明α亚基在卵泡的吸收,选择及优势化过程中起重要调节作用。     

中国地方品种鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析(英)

鸡白细胞介素 2 (chIL 2 )是近年来新发现的一类细胞因子 .根据Sundick等发表的鸡IL 2基因序列设计一对特异性引物 ,从ConA体外激活的脾淋巴细胞中提取mRNA ,通过RT PCR方法分别扩增和克隆了我国仙居鸡、丝羽乌骨鸡两个地方品种和艾维茵商品肉鸡IL 2cDNA .仙居鸡、丝羽乌骨鸡和艾维茵商品肉鸡IL 2基因的编码区均由 42 9nt组成 ,编码一个由 143个氨基酸组成的前体蛋白 .基因 5′端含有 17个核苷酸 ,3′端含有 2 85个核苷酸组成的非编码区 ,3′ UTR中含有 5个重复的“ATTTA”序列 .编码蛋白氨基酸与来自GenBank的Kestrel、Obese和SC品系的来杭鸡比较 ,氨基酸的突变主要发生在 2 8～ 3 2位 .而这一区域仙居鸡和丝羽乌骨鸡的编码氨基酸序列与Kestrel来杭鸡相同 ,艾维茵商品肉鸡与Obese和SC来杭鸡相同 .基因系统进化树分析表明 ,仙居鸡、丝羽乌骨鸡和Kestrel来杭鸡具有很近的亲缘关系 ,艾维茵商品肉鸡与Obese和SC来杭鸡具有很近的亲缘关系 .中国的药用鸡品种———丝羽乌骨鸡在非常保守的 13 3位发生了氨基酸突变     

白细胞介素13

IL－13是新近发现的一种新的细胞因子,由Th2细胞产生,人IL－13（hIL-13)的分子量为17kd(糖量化）和12．4kD( 非糖基化）;鼠IL－13（mIL-13)的分子量为14kD;二者的氨基酸序列同源性为58％,hIL-13和mIL-13的基因定位于人第5号染色体和鼠第11号染色体上,并与IL－4基因紧密连锁,二者的cDNA同源性为66％,重组IL－13（γIL－13）具有多种生物学活性刺激前髓样细胞增殖,诱导单核细胞表达MHC II类抗原和CD23,促进B细胞增殖,分化和分泌Ig,抑制炎症因子的产生和HIV－1的复制,抗肿瘤等,对其深入研究将有助于认识IL－13在炎症反应的发生和发展以及调节免疫应答方面的作用,并为其临床应用的可能性提供理论依据。     

鸡含锰超氧化物歧化酶cDNA克隆及序列分析

 为弄清鸡含锰超氧化物歧化酶 (manganese containingsuperoxidedismutase ,MnSOD)的cDNA序列 ,以开展动物锰营养学的深入研究 ,根据已知鸡MnSOD的N端氨基酸序列设计简并引物 ,应用 3′RACE(rapidamplificationofcDNAends)技术 ,扩增克隆了鸡心肌MnSOD 990bp的 3′cDNA片段 .再根据 3′RACE片段测序结果设计引物进行 5′RACE ,结果获取了一个与 3′RACE片段相互重叠的鸡心肌MnSOD 52 1bp的 5′RACE片段 ,并对其进行了克隆测序 .最后根据 3′RACE片段和 5′RACE片段序列信息进行拼接 ,从而获取鸡MnSODcDNA的全序列信息 .研究结果表明 :鸡MnSODcDNA全长为 110 8个核苷酸 ,其中 5′非翻译区 2 5个核苷酸 ,编码区 675个核苷酸 ,3′非翻译区 4 0 8个核苷酸 ,编码一个长 2 2 4个氨基酸残基的蛋白质前体 .其中信号肽长 2 6个氨基酸残基 ,成熟肽长 198个氨基酸残基 ,分子量为 2 2kD .与人、大鼠、线虫、果蝇等真核生物MnSOD氨基酸序列的同源性分别为82 4 %、84 .7%、62 .4 %、59.3% .     

来航鸡FOXL2蛋白的生物信息学分析

目的:预测来航鸡FOXL2蛋白的结构和功能.方法:生物信息学方法预测来航鸡FOXL2蛋白的组成,基本性质、同时构建其编码产物的系统进化树,并对其抗原表位进行预测.结果:该条氧基酸残基中脯氨酸含量最多,分子量为33 504.8,半衰期为30h,理论等电点为9.04,分子式为C1488H2269N425O432S15,在细胞核内发挥作用,可能具有转录和转录调控功能,与红原鸡的同源性最高,其最有可能的抗原表位位于37 -49、82 -91、133 -147个氨基酸之间.结论:利用生物信息学方法预测其功能和结构,为对其下一步研究奠定基础.     

Expression of Chicken Interleukin-2 in Insect Cells

Full-length chicken interleukin-2 (ChIL-2) protein was successfully expressed using the recombinant baculovirus/Sf9 insect cell system. The expressed protein was soluble and reached approximately 12 microg/ml. Similarly to native ChIL-2, baculovirus expressed ChIL-2 revealed two main bands corresponding to molecular masses of 22 and 20 kD as detected by SDS-PAGE and Western blot. Treatment of the expressed protein with N-endoglycosidase F for 2 h caused the complete disappearance of the 22 kD band, while the 20 kD band (which is close to the molecular weight predicted from the cloned cDNA sequence) remained unchanged. Together with results on native ChIL-2, it can be concluded that ChIL-2 is an N-glycosylated protein.     

多个SPF鸡品系的RAPD分析

目的用RAPD方法分析三个品系SPF鸡的遗传变异,以指导SPF鸡群的育种工作.方法对三个SPF鸡品系F、M及B系和对照H纯系分别采血样30个,等量混匀为三个混合样,提取DNA,筛选随机引物,优化反应体系后进行PCR扩增,计算品系内平均相似系数,根据品系间遗传距离进行聚类分析并绘制树状聚类图.结果60个随机引物中有13个产生清晰稳定的多态条带,B系品系内平均相似系数为0.903,F系和M系分别为0.673和0.755,H系为0.968;聚类分析的结果是每个品系的三个样品先聚为一类,然后F系与M系、B系与对照H系分别聚为一类.结论F系和M系的纯合程度均较低,而B系较高;F系与M系的遗传距离较近,而与B系之间距离较远,三者亲缘关系以F系与M系较近,这与各个品系的引种背景相一致.     

H9N2亚型禽流感病毒基因组全长序列测定和各基因的遗传分析

用RTPCR技术及cDNA末端快速扩增法获得禽流感病毒分离株A/Chicken/Shanghai/F/98（H9N2）代表基因组全长的8个基因片段。基因组序列比较及遗传进化分析结果表明,Chicken/Shanghai/F/98的8个基因均不属于Quail/Hong Kong/G1/97亚系,与香港禽流感事件没有直接关系。它与Chicken/Beijing/1/94的HA、NA、M、NS基因同源率分别为96.7%、96.4%、97.5%和98.0%,这4个基因属于Chicken/Beijing/1/94亚系,其中,NA基因与Duck/Hong Kong/Y280/97的同源率为97.4%,而且它们均在205位后缺失9个核苷酸。而PB2、PB1、PA和NP基因与已知的3个亚系关系较远,分别在相应的进化树上另成分支。因此,Chicken/Shanghai/F/98是两个以上不同基因亚系间发生自然重排的产物。     

鸡胚细胞的微载体培养

国外有许多利用微载体培养各种贴壁细胞的报道。鸡胚细胞(CEF cells)是最早用于体外培养的细胞之一,用它可生产多种鸡的疫苗,如法氏囊、新城疫、马立克疫苗等。我国生产上多采用滚瓶法,近年来才有微载体法培养的探索。要进行细胞的大规模培养,转瓶是有效的模拟,可以模拟生物反应器培养的一些条件,为放大作准备。本文模拟生物反应器的培养条件,用500ml转瓶（装液200ml）研究了鸡胚细胞在徽栽体上巾壁和生长的规律,为放大培养作了准备。     

Post-translational Modifications of Chicken Myelin Basic Protein Charge Components

Purified myelin basic protein (MBP) from various species contains several post-translationally modified forms termed charge components or charge isomers. Chicken MBP contains four charge components denoted as C1, C2, C3 and C8. (The C8 isomer is a complex mixture and was not investigated in this study.) These findings are in contrast to those found for human, bovine and other mammalian MBP’s. Mammalian MBP’s, each of which contain seven or eight charge components depending on the analysis of the CM-52 chromatographic curves and the PAGE gels obtained under basic pH conditions. Chicken MBP components C1, C2 and C3 were treated with trypsin and endoproteinase Glu-C. The resulting digests were analyzed by capillary liquid chromatography combined with either an ion trap tandem mass spectrometer or with a Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometer. This instrumentation permitted establishing the amino acid composition and the determination of the post-translational modifications for each of the three charge components C1-C3. With the exception of N-terminal acetylation, the post-translational modifications were partial. The C1 component lacks any phosphorylated sites, a finding in agreement with the analysis of other MBP species. It also had a single methylation at R105 as did the components C2 and C3. The C2 component contains ten phosphorylated sites (S7, S18, S33, S64, S73, T96, S113, S141, S164, and S168), and modified arginine to citrulline residues at R24, and R165. Component C3 contains eight phosphorylated sites (S7, S33, S64, T96, S113, S141, S164, and S168), and citrulline residues at Arginine 41, R24 and R165. Partial deamidation of glutamine residues Q71, Q101 and Q146 were present in addition to asparagine N90 that was found in all three charge components. The glutamine at residue 3 is partially deamidated in isomers C1 and C2, whereas glutamine 74 and asparagine 83 were found not to be deamidated. Comparison of the PTM’s of MBP’s isolated from several vertebrate species reveals marked differences in their phosphate content. Chicken MBP does not share any phosphorylated sites with dogfish MBP; However, it does contain phosphorylated serine and threonine residues in common with mammalian MBP.     

鸡miR-21的组织表达谱及其功能预测分析

已知miR-21在多种生物学过程中发挥重要的调控作用,然而有关鸡miR-21功能的研究尚未见报道。为了解鸡miR 21的潜在生物学功能,采用qRT-PCR检测了固始鸡5个发育阶段、15种组织中miR-21的表达情况。同时,利用Pictar和TargetScan算法预测了miR-21的靶基因并对预测的靶基因进行了Gene Ontology分析和通路分析。结果显示,miR-21的表达具有明显的时序特征,除14胚龄鸡的小脑和腺胃外,胚胎期各组织中miR-21的表达水平均显著低于出壳后对应组织的表达水平;出壳后鸡的下丘脑、大脑、小脑、小肠、肝脏、胸肌和肾脏等组织中miR-21的表达水平随发育进程均显著上调。生物信息学分析显示,预测的miR-21的靶基因在基因表达调控、大分子代谢调控、转录调控、细胞代谢调控、细胞衰老和增殖、呼吸系统发育、骨骼发育、心脏发育和神经系统发育等广泛的生物学过程中显著富集。总之,鸡miR-21为广泛性时序表达miRNA,可能参与鸡出壳后诸多器官发育相关的生物学过程的调控。     

静原鸡ELOVL2基因多态性及其生物信息学分析

极长链脂肪酸延长酶(elongation of very-long-chain fatty acids, ELOVLs)是脂肪酸合成过程中的关键限速酶,在脂类的生物合成及脂肪酸代谢等调控方面作用显著。为研究宁夏地方优良品种静原鸡ELOVL2基因多态性及其编码蛋白质的结构与功能,以原鸡ELOVL2基因序列作为参考序列,针对ELOVL2基因的8个外显子序列设计特异引物并扩增,经DNA混合池测序筛选出存在突变位点的外显子序列,运用PCR-SSCP技术检测其多态性,经序列拼接后对ELOVL2 CDS区序列进行功能生物信息学分析。研究结果表明,静原鸡ELOVL2基因仅exon7和exon8发生单碱基突变(exon7为c.708 G>A, exon8为c.888 T>C),均未引起氨基酸的改变,属同义突变。在exon7和exon8扩增片段中分别检测出3种(AA, AG和GG)、2种(CC和TC)基因型。遗传特性分析显示,E2e7呈中度多态(0.250.05)。生物信息学分析表明,ELOVL2 CDS序列全长为894 bp,共编码297个氨基酸。其原子组成为C1638H2444N394O406S15,分子量为34.63 kD,等电点(pI)为9.40;存在7个跨膜结构,21个磷酸化位点,无信号肽序列,为稳定的水溶性蛋白;ELOVL2基因在进化中高度保守。该研究结果将为进一步研究ELOVL2基因在静原鸡肉质方面的作用及功能提供参考。     

Chicken anemia virus and avian gyrovirus 2 as contaminants in poultry vaccines

This study focuses on the detection of chicken anemia virus (CAV) and avian gyrovirus 2 (AGV2) genomes in commercially available poultry vaccines. A duplex quantitative real-time PCR (dqPCR), capable of identifying genomes of both viruses in a single assay, was employed to determine the viral loads of these agents in commercially available vaccines. Thirty five vaccines from eight manufacturers (32 prepared with live and 3 with inactivated microorganisms) were examined. Genomes of CAV were detected as contaminants in 6/32 live vaccines and in 1/3 inactivated vaccines. The CAV genome loads ranged from 6.4 to 173.4 per 50 ng of vaccine DNA (equivalent to 0.07 to 0.69 genome copies per dose of vaccine). Likewise, AGV2 genomes were detected in 9/32 live vaccines, with viral loads ranging from 93 to 156,187 per 50 ng of vaccine DNA (equivalent to 0.28–9176 genome copies per dose of vaccine). These findings provide evidence for the possibility of contamination of poultry vaccines with CAV and AGV2 and they also emphasize the need of searching for these agents in vaccines in order to ensure the absence of such potential contaminants.     

鸡miR-9不同组织表达差异及其功能预测分析

miRNA在动物生长发育过程中有重要作用. 本文采用定制茎环反转录引物,利用实时荧光定量PCR技术构建miR-9在鸡2个阶段11个组织中的表达谱,同时用TargetScan5.1与PicTar两种计算方法对其进行靶基因预测,交集的基因集合分别进行GO（gene ontology）富集分析和生物通路富集分析. 结果表明,采用实时定量PCR检测的miR-9在鸡下丘脑中的表达量和高通量测序结果一致;采用实时定量PCR在对不同组织定量结果表明,miR-9在0日龄鸡的肾脏、下丘脑、腿肌和大脑中高丰度表达,在成年鸡表达量较高为大脑、腿肌、心脏、小脑和下丘脑.在同一组织的0日龄和成年鸡中表达呈现时序性,除肝脏的表达量差异不显著,其他10个组织miR-9表达量差异显著（P<0.05）.预测到交集靶基因有160个.涉及到多个KEGG通路和GO富集中.GO分类结果显示,这些基因分布于63个群中,其中基因超过45个基因群集有26个群,与代谢有关的群有11个. 其它与发育、调控等过程有关. 在KEGG通路分析中,显著的通路有细胞骨架调控、细胞增殖和分化有关的通路（P<0.01）等5个通路. 表明miR 9基因的表达有组织和时序特异性,靶基因参与细胞代谢、生长发育和调控.这些结果为进一步验证miR 9基因在在脑中调控生长发育过程中的作用奠定了基础.