一种基于预测搜索的基因芯片优化方法

掩模板在高密度基因芯片的探针合成过程中起着重要的作用 ,由于其制造工艺复杂、造价较高 ,因此在不改变探针合成结果的条件下 ,需要尽可能的减少基因芯片探针合成过程中所用的掩模板数量。提出了一种新的预测搜索算法 ,对掩模板进行了优化设计 ,对设计结果的测试显示 ,其减少的掩模板数量超过了传统方法的 2 0 % ,表明了该算法的有效性     

芯片杂交中核酸靶样品的制备优化

样品来源、基因含量、检测方法和分析目的的不同,采用的核酸分离、扩增和标记方法各异。核酸样品制备条件的优化处理主要包括核改的单链化处理,片段化和标记方法。根据具体情况选用合适的处理方法,可显提高基因芯片检测的特异性和重现性。     

蛋白芯片生产用醛基化玻片制备的条件优化及初步检定

建立一种以玻片为基质的蛋白芯片制备的优化及检定方法。将经过清洗处理的玻片,用不同浓度的氨基硅烷试剂和戊二醛试剂,在不同的时间内,进行氨基化和醛基化处理,通过蛋白结合强度与处理时间及溶剂浓度的动力学相关性分析,确定最佳的优化条件,将不同浓度梯度的人IgG抗体结合于该玻片表面,经过洗涤、封闭,再加入Cy3荧光标记的二抗,孵育,洗涤后检测各点的荧光强度,确定其线性范围及其检测灵敏度。氨基硅烷试剂浓度为5%,作用时间为30min;戊二醛试剂浓度为2.5%,作用时间为60min时,蛋白结合强度达到饱和。蛋白芯片在2～2×4-7mg/ml浓度范围内有良好的线性,能够检测出人IgG的最低浓度为2×4-8mg/ml。     

一种高密度基因芯片的优化方法

基因芯片 (ｇｅｎｅｃｈｉｐ) ,又称ＤＮＡ微阵列(ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ) ,是分子生物学和微电子、微机械学科交叉的产物。基因芯片技术将生命科学研究中所涉及的许多不连续的分析过程 ,如探针制备、杂交反应和检测分析等 ,通过采用微电子、微机械等工艺集成到芯片中 ,使之连续化、集成化和微型化。这一技术的成熟和应用将在新世纪里给遗传研究、疾病诊断和治疗、新药发现和环境保护等生命科学相关领域带来一场革命。本文探讨高密度基因芯片的优化技术。1　高密度基因芯片高密度基因芯片是由大量ＤＮＡ或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵…     

cDNA芯片表面核酸固定化的优化

cDNA芯片技术表面核酸固定化影响因素众多,其中涉及选择载体、固定于玻片的DNA片段浓度、玻片DNA片段的固定方法、玻片预处理方法、DNA片段的变性、溶解DNA片段的点样液等等.针对这些因素进行了优化筛选实验,以便于提高cDNA芯片技术检测基因表达的效率.     

寡核苷酸合成的一种优化方法

为提高寡核苷酸的合成效率,结合本实验室研制出的探针并行合成装置,提出了一种寡核苷酸合成的优化方法,可有效减少合成的循环次数,同时使合成成本降低、合成时间缩短,合成效率大大提高。     

胆管癌胆汁蛋白质样品制备和双向电泳条件的优化

采用合适的裂解液和沉淀方法,提取胆管癌胆汁中的蛋白质,获得分辨率高、重复性好的蛋白质双向电泳图谱.通过不同裂解液和蛋白质沉淀方法提取胆汁蛋白的效果比较,设计了不同的样品制备方法,并且对双向电泳(2-DE)的条件进行优化.结果显示,试验确定了适合胆管癌胆汁的裂解液配方(LSⅣ),丙酮沉淀的蛋白分布完整,沉淀效率相对较高.高伏时、长时间的等电聚焦可以获得高分辨率、重复性好的蛋白质双向电泳图谱.因此,本方法可以应用到胆管癌胆汁蛋白的提取,也可以对其他体液蛋白质样品的制备和双向电泳提供借鉴.     

制备色谱操作条件的优化

色谱优化是蛋白质生产制备工艺开发中必不可少的一步。本文讨论了不同的优化目标 ,介绍了目前常见的优化方法 ,特别是实际应用中的原则及实验方法 ,对涉及优化的基本概念也做了说明。     

浅议透明质酸发酵条件的优化

现阶段透明质酸已广泛应用于化妆品、美容行业、保健食品、医药等很多领域。国内市场及国际市场得扩展速度都非常快,随之而来的透明质酸的市场竞争也日趋激烈。因此,为了满足国内日益增长的市场需求,我国应大力发展微生物发酵法制备透明质酸的技术,选育高产菌种,完善发酵工艺,以提高工业化的产量与质量。为进一步提高兽疫链球菌透明质酸的产量,优化其发酵条件,采用15L-30L×3的发酵系统进行试验。     

水体病毒浓缩条件的优化

病毒浓缩条件的优化是水环境病毒污染监测及灭活去除效率评价的基础,本文开发了在待浓缩水样中预先加入钠化蒙脱石吸附病毒以增加其沉降性能,并在优化絮凝条件下用聚合氯化铝絮凝沉淀蒙脱石钠的水体病毒浓缩方法。该方法对人为污染的脊髓灰质炎病毒(Poliovirus 1,PV1)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、大肠杆菌噬菌体(Phage of Ecoli,E．cp)在闽汀水、生活污水、自来水中分别有高于84．3％的浓缩回收率,说明该浓缩方法具有较广泛的适用性和应用前景,可为水体病毒污染监测及灭活去除评价提供一个简便、回收率高、成本低的浓缩方法。     

阿维链霉菌基因表达谱芯片的初步研究

用表达谱芯片分析阿维链霉菌在发酵过程中转录组表达情况,优化微生物转录组分析条件。提取RNA,进行荧光探针的合成,杂交,扫描对数据进行分析。RNA的提取要注意破壁方法的选择以及茵体量;合成cDNA时,RNA的加入量一般在10μg左右;当cDNA用逆转录的方法得到时,用专门的纯化试剂盒要比传统的异丙醇纯化效果好;杂交温度对于合成基因来说一般在42％,对于比较长的PCR产物来说,温度相比较要高点;对于杂交时间来说,杂交12h之上,效果要明显比6h的好,所以杂交时间一般选择12h之上。对芯片上的197个合成基因进行分析：大约有60个基因进行了表达,其中包括18个双组分或激酶基因;10个糖酵解或者三羧酸循环途径基因;3个阿维基因簇;7个调节基因;5个细胞分化或孢子形;4个运输或固定基因;两个伴侣分子;5个RNA聚合酶σ因子;3个转录基因;两个脂肪酸合成基因;1个RNA聚合酶β亚基。     

鸡3种组织中热应激相关基因的表达谱芯片分析

文章以8日龄矮小型黄羽肉雏鸡为材料,以28℃±1℃处理3 h为对照组,40℃±1℃热应激3 h为实验组,采集大脑、肝脏、腿肌3种组织,利用全基因组表达谱芯片检测实验组和对照组各组织的差异表达基因,并结合生物信息学方法分析其功能。研究结果表明：在热应激处理组与对照组中,大脑组织中共有183个显著变化的差异表达探针(变化倍数≥2或≤0.5,q≤0.05),129个有基因注释,39个生物学过程发生了改变,18个生物学通路发生显著改变;肝脏组织中有558个显著改变的探针(变化倍数≥2或≤0.5,q≤0.05),包含339个基因,涉及37个生物学过程,58个生物学通路发生改变;腿肌组织中显著改变的探针有301个(变化倍数≥2或≤0.5,q≤0.05),209个有基因注释,参与了31个生物学过程,51个生物学通路发生改变。3种组织中,获得差异表达探针935个,不同组织具有特异性的表达模式;多种热休克蛋白家族基因被诱导上调表达,抗凋亡过程、钙离子信号通路、MAPK信号通路和多种代谢途径发生改变。文章对鸡的热应激分子机制进行了初步探索,为筛选耐热性相关基因提供了理论依据。     

甲醛致炎痛对大鼠远位触液神经元γ-氨基丁酸表达的影响

目的：观察甲醛致炎痛对大鼠远位触液神经元的γ-氨基丁酸（GABA）表达。方法：SD大鼠甲醛致痛后,观察行为学变化,并采用CB-HRP/GABA双重标记技术分别观察大鼠远位触液神经元中GABA表达的变化。结果：甲醛致痛后,6h远位触液神经元内GABA增加,24h最为显著,48h恢复至正常水平。与空白对照组相比有显著差异（P〈0.05）。结论：甲醛致炎痛后大鼠远位触液神经元内在一定时间内GABA表达增加,提示远位触液神经元内GABA这种表达变化可能参与了机体对炎性痛的信息调控。     

cDNA微阵列制作的优化

为了优化筛检cDNA微阵列中靶基因的最适长度、浓度及点样溶液的种类,设计持家基因betaactin和GAPDHRT PCR3对引物,产物长度在189～1078bp之间,以乙肝病毒DNA片段为阴性对照,扩增纯化后分别溶于3×SSC、50%DMSO及0.5mol/L碳酸盐缓冲液(pH=9.0)中,调整浓度分别为0.5μg/μL、1.0μg/μL和1.5μg/μL,比较上述不同条件的杂交结果。结果表明,杂交具有较好的特异性,阴性对照(乙肝病毒)和空白对照(点样溶液)均未见杂交信号;3种长度的同一靶基因杂交信号强度无明显差别(betaactinP=0.378;GAPDHP=0.866);3种点样溶液中以50%DMSO杂交信号最好,较强且均匀一致(P=0.0001),其余2种差异不显著(P=0.142);3种浓度靶基因杂交信号差异不显著(P=0.648),浓度高者信号略强。短片段靶基因(200bp左右)可获得与长片段靶基因(1000bp以上)一样较好的杂交信号,点样溶液以50%DMSO效果最好,靶基因浓度为0.5μg/μL时即可得到较好的杂交结果。     

Methods for rapid prototyping novel labware: using CAD and desktop 3D printing in the microbiology laboratory

Although the microbiology laboratory paradigm has increasingly changed from manual to automated procedures, and from functional to molecular methods, traditional culture methods remain vital. Using inexpensive desktop fused filament fabrication 3D printing, we designed, produced and tested rapid prototypes of customised labware for microbial culture namely frames to make dip slides, inoculation loops, multi-pin replicators, and multi-well culture plates for solid medium. These customised components were used to plate out samples onto solid media in various formats, and we illustrate how they can be suitable for many microbiological methods such as minimum inhibitory concentration tests, or for directly detecting pathogens from mastitis samples, illustrating the flexibility of rapid-prototyped culture consumable parts for streamlining microbiological methods. We describe the methodology needed for microbiologists to develop their own novel and unique tools, or to fabricate and customise existing consumables. A workflow is presented for designing and 3D printing labware and quickly producing easy-to-sterilise and re-useable plastic parts of great utility in the microbiology laboratory.     

Water Management Tool of Industrial Products: A case study of screen printing fabric and digital printing fabric

Water scarcity and pollution have become increasingly serious because of industrial production. Thus, a tool should be developed to evaluate the level of water use of industrial production. Several calculation methods for water use relative to water footprint have been developed by many scholars. However, most of these methods still have defects in terms of indicators, parameters, and calculation methods. In this paper, we established an evaluation tool that is suitable for the current production situation of industrial products, i.e., a water management tool of industrial products that includes two parts: direct water use caused by the production process of industrial products and indirect water use caused by the energy and material used during production. Each part contains three indicators: water withdrawal, water consumption, and water assimilation. We applied the tool in the textile and apparel industry to calculate the water use of screen and digital printing fabrics, as well as the production processes for both printing fabrics. Results show that the tool can highlight the water intensive product and production process, which can help enterprises take effective and specific measures to save water and reduce pollution.     

基因芯片研究植物逆境基因表达新进展

逆境胁迫影响植物的正常生长, 导致作物减产, 甚至绝收。提高作物的抗逆性一直是作物遗传育种学家追求的目标, 大量研究也正试图揭示这一复杂的生物学机制。传统的从生理生化水平到单一基因的研究都难以揭示植物复杂的抗逆机制, 而基因芯片(Gene chip)的应用使得这一目标成为了可能, 基因芯片从整个转录水平入手, 能够揭示大量基因的表达和调控情况, 同时结合蛋白质组学和代谢组学的研究方法, 将基因定位于代谢途径的某个位置, 寻找逆境胁迫响应的关键基因, 完善植物逆境胁迫响应的分子网络, 为今后利用生物技术手段提高作物抗逆境胁迫能力提供依据。文章主要对近年来基因芯片在植物逆境胁迫基因表达研究中的进展进行了综述。     

大肠杆菌F18菌株敏感和抵抗基因型仔猪十二指肠基因表达谱差异分析

文章运用Agilent 双标记表达谱芯片, 基于已建立的苏太猪大肠杆菌F18菌株敏感性和抗性型全同胞配对个体, 分析十二指肠组织基因表达谱差异, 旨在筛选导致仔猪断奶后腹泻和水肿病发生的大肠杆菌F18菌株受体相关基因, 探讨造成大肠杆菌病抗性和敏感性资源家系抗性差异的分子生物学机理。研究结果显示, 以Fold change绝对值大于2倍进行筛选, 在敏感型(GG基因型)对抗性型(AA基因型)配对组中, 差异基因共13个, 其中上调6个, 下调7个, 在以敏感型(AG基因型)对抗性型(AA基因型)配对组中, 共筛选出差异基因6个, 其中上调4个, 下调2个。经GO分析发现差异基因的生物学过程主要涉及免疫应答、胞外区修饰(如糖基化)、细胞黏附、信号转导等。通路发现大肠杆菌F18菌株抵抗性和敏感性差异基因主要涉及糖脂合成代谢以及炎症免疫相关通路, 经芯片筛选出的相关基因的功能还需进一步的研究验证。     

Special dendritic and axonal endings formed by the cerebrospinal fluid contacting neurons of the spinal cord

Summary The cerebrospinal fluid (CSF) contacting neurons have a dendritic process which protrudes into the central canal, and is provided with one long kinocilium and many shorter stereocilia (about 80 in the turtle) as revealed by scanning electron microscopy. The shape, number and arrangement of the cilia are similar to those of known receptor endings.The silver impregnated axons of these cells converge to a paired centrosuperficial tract forming terminal enlargements at the ventrolateral surface of the spinal cord. Lying among glial endfeet these terminals are ultrastructurally similar to those present in known neurosecretory areas. The nerve endings are attached to the basal lamina, and they comprise many synaptic vesicles (200 to 400 Å in diameter), as well as granular vesicles of different sizes (diameter 600 to 1800 Å). The axons may lie within finger-like protrusions on the surface of the spinal cord, or they may terminate around vessels.Morphological evidence suggests that these nerve terminals and the corresponding CSF contacting perikarya represent a spinal neurosecretory system possibly influenced by information taken up by its special dendrites protruding into the inner CSF space.