一株猪源盖塔病毒的分离鉴定及遗传演化分析

盖塔病毒（Getah virus,GETV）是一种人畜共患病毒,近年来在动物中的感染时有发生,监测其流行情况以及控制其传播对公共卫生方面至关重要。本研究对一猪场流产胎儿脾脏样品进行二代测序,与NCBI数据库比对后,发现该序列与GETV HNJZ-S2毒株的基因组高度相似。对组织样品进行无菌处理,接种至PK-15细胞,经连续传代培养和空斑纯化,获得一株能在PK-15细胞上稳定生长的分离物,命名为GETV-YL株,并对其进行电镜观察与遗传演化分析。电镜结果显示,病毒颗粒呈球状,直径约为70 nm,有囊膜,表面有甲病毒典型的纤突结构。遗传演化分析结果显示,GETV-YL基因组全长11 689bp,与GenBank中现有的30株GETV全基因组序列相似性为94.4%～99.8%,与中国猪源毒株HNJZ-S2序列相似性最高（99.8%）并处于同一分支。在本研究中,从感染的猪中检测并分离到了GETV,表明该地区应加强对该病毒在猪群中流行情况的监测,并对该地区的蚊子进行病原检测。     

鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析

【背景】鸽新城疫是由鸽Ⅰ型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type Ⅰ,PPMV-1)感染引起的危害最严重的疫病之一,至今尚无有效的防控制剂。【目的】分析鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组信息及系统发育关系,为鸽新城疫的防控提供科学依据。【方法】设计首尾重叠的6对特异性引物,利用分段扩增的方法,以鸽新城疫病毒BJ-C株基因组cDNA为模板,分别扩增、测序后进行全基因组序列拼接。以NCBI数据库中发布的新城疫病毒序列为参考,针对鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组、F基因建立系统发育树。【结果】鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组全长为15192nt。基于全基因组的系统发育分析发现其与PPMV-1/BJ-01/CH株的系统发育关系最近,核苷酸相似性为99.96%,氨基酸相似性高达100%,属于同一个分支,而与LaSota疫苗株等其他新城疫毒株的亲缘关系相对较远。基于F基因序列的系统发育树分析发现BJ-C株F基因与我国的BJP2013株同属一个分支。ClassⅡ类Ⅵ亚型F基因高变区序列(47-420nt)比对结果显示,安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012、广东株Pigeon/Guangdong/GZ288/2013、北京株BJP13、浙江株Pigeon/Zhejiang/2036/2012及比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011等与BJ-C毒株处于同一个分支,同属Ⅵb亚型。【结论】本研究获得了鸽新城疫病毒BJ-C株全基因组序列,分析了其系统发育关系,确定其属于ClassⅡ类Ⅵb型,为后续防控产品的开发提供了理论依据。     

中国禽源新城疫病毒(NDV)流行株F和HN基因的遗传演化和变异频率

【目的】新城疫(ND)是中国流行最严重的疫病之一,对家禽业可造成巨大的经济损失,疫苗防控是控制ND的重要措施。新城疫病毒(NDV)流行株的遗传演化一直是研究NDV的焦点。本文利用分子信息学手段,通过比较近20年间NDV流行株不同基因型F和HN基因的分子特征和遗传变异频率,解析免疫压力下NDV的演化规律。【方法】利用Lasergene 7.1和MEGA5.1软件,选取本实验室89株NDV分离株,结合从Gen Bank下载的364株NDV流行株以及15株NDV经典毒株的基因序列,对其进行系统发育、分子特征和替代频率分析。【结果】系统发育表明,NDV已经演化为15个基因型。一致性比较显示,NDV流行株相同基因型之间核苷酸(氨基酸)高度同源,而不同基因型之间差异较大且存在明显的氨基酸变异积累。NDV基因型的分布与时间、地域密切相关,VII d亚型为中国NDV优势流行株。为评估NDV变异的频率,以Go/GD/QY/1997株(中国较早发生的基因VII亚型)为参照,1997-2015年间NDV的F/HN基因的年平均核苷酸(氨基酸)替代率为2.31×10~(-3)(2.26×10~(-3))/3.37×10~(-3)(2.35×10~(-3))。其中,1997-2001年(未使用基因VII型疫苗)F/HN基因核苷酸年平均替代率为4.72×10~(-3)/8.28×10~(-3);2002-2015年(疫苗使用后)为1.6×10~(-3)/1.84×10~(-3),显示出基因VII型疫苗在控制NDV变异速度方面具有明显的效果。【结论】生物信息学分析证实:研制出与NDV流行毒株相匹配的新型疫苗是控制当前NDV变异的关键。     

新城疫病毒F48E8株融合蛋白基因序列分析

本研究报道了新城疫病毒（ＮＤＶ）中国标准强毒株Ｆ４８Ｅ８融合蛋白（Ｆ）基因的序列。该基因核苷酸序列长度为１７００ｂｐ,编码由５５３个氨基酸组成的Ｆ０多肽。Ｆ０酶切激活部位序列为ＲＲＱＲＲ↓Ｆ,具有ＮＤＶ强毒的特征。Ｆ０中有３个主要由疏水性氨基酸组成的区域和６个可糖基化位点。经比较,ＮＤＶＦ４８Ｅ８株和Ｍｉｙａｄｅｒａ株、ＴｅｘａｓＧＢ株的氨基酸同源性分别为９３．６４％和９２．４１％。     

猪伪狂犬病病毒流行株HLJ-01的分离鉴定及致病性分析

【背景】自2011年以来,猪伪狂犬病毒(pseudorabies virus,PRV)发生变异,经典的疫苗株已不能完全抵抗PRV变异株的感染,国内多个猪场出现伪狂犬病的暴发,PRV变异毒株开始在我国大规模流行。【目的】通过分离PRV流行变异毒株,并对其进行遗传进化和致病性分析,为PRV流行病学调查及疫苗研制提供实验数据。【方法】采集黑龙江某猪场感染PRV的脑组织病料,根据GenBank PRV gE和gB保守序列设计引物,进行PCR鉴定。通过对gE和gC基因进行序列测定和遗传进化分析。利用BHK-21细胞分离病毒,采用噬斑纯化方法对病毒进行纯化。通过电镜、间接免疫荧光对病毒进行鉴定,测定病毒生长曲线并进行致病性研究。【结果】经PCR和测序鉴定分离株为PRV流行株,将其命名为HLJ-01。遗传进化分析结果显示,该分离毒株与我国近几年分离的流行变异株位于同一分支;氨基酸序列分析结果显示,gE和gC存在国内流行变异株的特征序列,表明该分离毒株为流行变异株。生长曲线显示,分离株HLJ-01在感染48h时滴度最高(10^8.5TCID₅₀/mL)。电镜观察结果显示,病毒颗粒直径约150nm,呈球形,有囊膜,囊膜外有放射状纤突,呈现典型PRV病毒特征。动物感染实验结果显示,10^7.0TCID₅₀剂量感染组死亡率为100%;10^6.0TCID₅₀剂量感染组死亡率为80%;10^5.0TCID₅₀剂量感染组死亡率为60%。仔猪在接种病毒后均出现PRV感染的典型症状和病理变化,证实分离毒株对仔猪有较强致病力。【结论】分离获得一株猪伪狂犬病毒,经鉴定该分离株为流行变异株,而且具有较强的致病力,这为PRV流行病学分析及疫苗候选株的筛选奠定了基础。     

新城疫病毒分离株的生物学特性鉴定及F蛋白基因序列分析

通过部分生物学特性鉴定、RT-PCR及F基因的序列测定与遗传进化分析,对2005~2006年从我国江苏省和广西省部分地区的发病鸡群和鹅群中分离到的20株新城疫病毒(NDV)进行了研究。各分离株经典毒力测定结果显示:MDT在45.3h~58.2h之间,ICPI在1.61~2.00之间,均为新城疫病毒强毒株特征。血凝解脱及血凝素热稳定性试验显示:各分离株的血凝解脱时间短,血凝素热稳定性较差,符合NDV强毒株的特征。F基因的序列测定表明,分离株之间的核苷酸序列具有79.7%~100%的同源性,与疫苗株LaSota的同源性为78.1%~83.4%;与国内标准强毒株F48E8同源性为80.2%~90.1%。推导其氨基酸序列分析表明,各分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112R-R-Q-R/K-R-F117,具有NDV强毒株特征,与毒力测定结果相符。根据序列所绘制系统进化发生树,表明20株NDV分离株中有18株为基因Ⅶd型,2株为基因Ⅲ型。     

一株家养野猪源猪圆环病毒2型的分离与鉴定

应用PCR方法从临诊疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)家养野猪病例的淋巴结和脾脏中扩增出预期长度的猪圆环病毒2型(PCV2)的DNA片段,在Dulac细胞中进行分离和培养,扩增全基因组序列后进行同源性分析.结果显示,扩增产物与家猪源参考毒株的序列同源性均在98%以上,该病毒与家猪源病毒差异不大.     

四川省鸭坦布苏病毒的分离鉴定及遗传进化分析

本研究从四川省什邡市某发病养鸭场采集到疑似鸭坦布苏病毒（Duck Tembusu virus,DTMUV）感染的病料,将病料组织研磨,无菌处理后接种鸭胚连续传代培养,分离获得一株病毒,并通过PCR鉴定以及电镜形态观察,确定该分离株为黄病毒属坦布苏病毒,命名为SCS01。将SCS01株全基因组进行PCR分段扩增测序发现,SCS01株全基因组全长为10 992bp。在线BLAST比对检索,结果显示,SCS01株全基因组与国内鸭源坦布苏分离株同源性最高可达97.94%,进化树分析显示,SCS01株属于中国流行I群毒株,与多数分离自北方地区的中国II群毒株相比,具有较为明显的地方特性。分离株与所有参考毒株的E基因核苷酸和氨基酸相似性均在90%以上,其中与重庆分离株CQW1的相似性最高。这一鸭源坦布苏病毒的分离及其全基因组的测定为进一步探究坦布苏病毒的地区流行提供了材料。     

新城疫病毒HN和F基因遗传变异相关性的研究

选取国内1999~2005年发生的NDV毒株,经CEF蚀斑纯化和SPF鸡胚增殖,对其融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的具有F和HN基因的NDV序列,利用DNAStar软件,对其不同毒株的F或HN基因片段和全长、F和HN基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS8.0进行同源性相关分析。结果表明:不同NDV毒株F或HN基因片段与其全长之间,核甘酸r≥0.973,氨基酸:0.911≤r≤0.968,遗传变异高度相关,但F与HN基因全长之间核甘酸的遗传变异呈现弱相关(r=0.312)。国内NDV野毒株之间HN核甘酸高度同源(同源率97%以上),而与La Sota同源率仅为79.2%~80.7%,且显示出明显的地域性。     

新城疫病毒中国标准强毒株F48E9株F基因的酶切分析

含新城疫病毒Ｆ４８Ｅ９株Ｆ基因的重组质粒ｐＢＦＦ经单酶切,双酶切分析,结果表明,中国的标准强毒株Ｆ４８Ｅ５株的Ｆ基因与国外的一些强毒株相比有较大的差异,多出一个ＢａｍＨＩ酶切位点,一个ＳｅａＩ酶切位点,三个ｐｓｔＩ酶切位点,少了一个ｐｓｔＩ酶切位点。     

鹅副粘病毒SF02 F基因的序列分析及SF02的多重RT—PCR鉴别

对新近分离的鹅副粘病毒SF0 2采用RT PCR方法 ,扩增F基因后测序 ,得到全长的F基因。该基因的ORF总长为 16 6 2nt,编码 5 5 3个氨基酸 ,其裂解位点的序列为112 R R Q K R F117,与新城疫病毒强毒株的特征相符。其核苷酸和氨基酸同源性分析 ,并与国内新城疫病毒标准强毒株F4 8E9相比较 ,表明该毒株在F基因上已发生了较大的变异 ,而与近年来在我国台湾和部分西欧国家流行的禽副粘病毒有很高的亲缘关系。在分析F基因序列的基础上 ,设计 3条引物 ,建立了一种新的多重RT PCR方法 ,能区分鸡新城疫病毒与鹅副粘病毒。     

鸭细小病毒04Nb株的分离鉴定与rep基因测序与分析

采集浙江宁波地区以腹泻、呼吸困难为主要症状的病鸭肝组织,接种正常鸭胚尿囊腔增殖病毒。雏鸭感染试验显示发病症状及病理变化明显,死亡率为75%。电镜下可见纯化病毒直径约20nm左右的球形病毒粒子。免疫琼脂扩散实验结果显示与鸭细小病毒(duckparvovirusDPV)标准株阳性血清有明显沉淀线。经SDS-PAGE呈现3条结构蛋白带,与DPV标准株一致;参照GenBankDPV非结构蛋白基因序列设计引物,PCR扩增反应获得目的条带,克隆测序后,与DPV代表株序列同源性达98%。根据上述实验结果,确定引起本次鸭场疫病的病原为DPV。为进一步研究该分离株rep基因的序列特征,对其rep基因克隆测序,与GenBank中两株DPV、两株鹅细小病毒(GPV)进行序列比对,结果显示rep基因核苷酸序列与DPV参考毒株同源性为98%以上,与GPV同源性为80%左右。     

鸭细小病毒04Nb株的分离鉴定与rep基因测序与分析

采集浙江宁波地区以腹泻、呼吸困难为主要症状的病鸭肝组织,接种正常鸭胚尿囊腔增殖病毒.雏鸭感染试验显示发病症状及病理变化明显,死亡率为75%.电镜下可见纯化病毒直径约20nm左右的球形病毒粒子.免疫琼脂扩散实验结果显示与鸭细小病毒(duckparvovirus DPV)标准株阳性血清有明显沉淀线.经SDS-PAGE呈现3条结构蛋白带,与DPV标准株一致;参照GenBankDPV非结构蛋白基因序列设计引物,PCR扩增反应获得目的条带,克隆测序后,与DPV代表株序列同源性达98%.根据上述实验结果,确定引起本次鸭场疫病的病原为DPV.为进一步研究该分离株rep基因的序列特征,对其rep基因克隆测序,与GenBank中两株DPV、两株鹅细小病毒(GPV)进行序列比对,结果显示rep基因核苷酸序列与DPV参考毒株同源性为98%以上,与GPV同源性为80%左右.     

一株多菌灵降解细菌的分离、鉴定及系统发育分析

从被多菌灵污染的湖南红壤土中分离到一株能以多菌灵为唯一碳源和能源生长的菌株1_1,该菌在含酵母膏多菌灵(500mg/L)的无机盐培养基中与无酵母膏的多菌灵(500mg/L)无机盐培养基中,24d对多菌灵的降解率分别为95.56％和19.6％。根据表型特征、G+C含量及16S rDNA序列分析将菌株1-1鉴定为β-Proteobacteria中的Ralstonia sp.（罗尔斯通氏菌）。     

猪流感病毒分离鉴定

用非免疫鸡胚从我国上海、福建、湖北分离到3株猪流感病毒,分别命名为SSH1、SFJ1和SHB1。SIV分离株第5代病毒液对0．7％豚鼠红细胞的血凝活性分别1：2^8、1：2^7和1：2^8,与H3亚型标准血清血凝抑制价1：2^8、1：2^7和1：2^8,但不能被鸡新城疫阳性血清所抑制。纯化的病毒在电镜下观察,可见到猪流感典型的病毒粒子。病毒液接种于小白鼠,可表现出临床症状,剖杀后可观察到病毒性肺炎。猪体回归试验,可表现出临床症状和病理变化,从肺脏中可分离到病毒并且RT-PCR也可检测到病毒相应的基因片段。从纯化的病毒中提取RNA,进行RT-PCR,可扩增出预期的条带。     

斑马鱼肠道中一株红酵母(Rhodotorula)的分离与鉴定

目的:分离及鉴定来自于斑马鱼肠道中的酵母菌.方法:采用马铃薯葡萄糖培养基( PDA),从斑马鱼肠道中分离到1株酵母菌,编号为ZF -2,进行形态学观察、生理特征、PCR扩增26S rDNA D1/D2区以及基因测序分析,并构建系统发育进化树.结果:ZF -2分离株为粉红色菌落、菌体呈椭圆形,芽殖;可以同化利用葡萄糖、乳糖、蔗糖等糖类;PCR扩增获得26S rDNA D1/D2区序列长度为642bp( HQ323251),序列比对分析表明与斯鲁菲亚红酵母(Rhodotorula slooffiae)相似性在99％-100％之间,构建的系统发育进化树显示菌株ZF-2与R.slooffiae( EU583485)关系最近,且位于同一分支.结论:首次从斑马鱼肠道中分离到斯鲁菲亚红酵母.     

基因修饰对鸡新城疫病毒F48E9株HN基因DNA疫苗表达效力的影响

DNA疫苗的免疫效果与抗原基因的表达量和免疫原性有直接关系, 为了提高目的基因的表达量, 本研究对NDV F48E9株的HN基因进行了修饰, 对修饰前后HN基因表达水平进行了比较。利用分子生物学软件将NDV F48E9株的HN基因的密码子全部替换为鸡体内偏嗜性密码子, 同时在HN基因的5′端加上同样已替换密码子的禽流感病毒HA蛋白信号肽序列以期望提高目的蛋白在细胞中的表达。修饰后HN基因命名为SoptiHN, 剔除信号肽的HN基因命名为optiHN。将SoptiHN、optiHN和F48E9株的HN基因分别克隆到真核表达载体pVAX1和含有多个鸡体内最适免疫刺激序列CpG-ODN的载体pVAX1-CpG中, 将他们分别命名为pV-SoptiHN、pVC-SoptiHN、pV-optiHN、pVC-optiHN和pV-HN、 pVC-HN, 用这些质粒转染293T细胞, 48小时后间接免疫荧光和Western blotting检测细胞中瞬时表达的HN蛋白。结果显示, 与未经修饰的HN基因相比, 修饰后的HN基因体外瞬时表达水平明显提高, 并且密码子优化与添加信号肽序列这两种途径都可以提高HN基因的体外表达量。     

基因修饰对鸡新城疫病毒F48E9株HN基因DNA疫苗表达效力的影响

DNA疫苗的免疫效果与抗原基因的表达量和免疫原性有直接关系, 为了提高目的基因的表达量, 本研究对NDV F48E9株的HN基因进行了修饰, 对修饰前后HN基因表达水平进行了比较。利用分子生物学软件将NDV F48E9株的HN基因的密码子全部替换为鸡体内偏嗜性密码子, 同时在HN基因的5′端加上同样已替换密码子的禽流感病毒HA蛋白信号肽序列以期望提高目的蛋白在细胞中的表达。修饰后HN基因命名为SoptiHN, 剔除信号肽的HN基因命名为optiHN。将SoptiHN、optiHN和F48E9株的HN基因分别克隆到真核表达载体pVAX1和含有多个鸡体内最适免疫刺激序列CpG-ODN的载体pVAX1-CpG中, 将他们分别命名为pV-SoptiHN、pVC-SoptiHN、pV-optiHN、pVC-optiHN和pV-HN、 pVC-HN, 用这些质粒转染293T细胞, 48小时后间接免疫荧光和Western blotting检测细胞中瞬时表达的HN蛋白。结果显示, 与未经修饰的HN基因相比, 修饰后的HN基因体外瞬时表达水平明显提高, 并且密码子优化与添加信号肽序列这两种途径都可以提高HN基因的体外表达量。     

一株果胶酶产生菌HDYM-02的分离鉴定及系统发育分析

对1株从沤麻液中分离的果胶酶产生菌HDYM-02进行了形态、生理生化特征及16S rDNA序列分析,结果表明该菌株为革兰染色阳性,菌体大小为(1~1.2)×(2.7~2.9)μm,最适生长温度为33~35℃之间,最适生长pH为6.5~7.0。以该菌株16S rDNA序列同源性为基础,比对分析发现其与蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)的同源性高达99.5%。