一株家养野猪源猪圆环病毒2型的分离与鉴定

应用PCR方法从临诊疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)家养野猪病例的淋巴结和脾脏中扩增出预期长度的猪圆环病毒2型(PCV2)的DNA片段,在Dulac细胞中进行分离和培养,扩增全基因组序列后进行同源性分析.结果显示,扩增产物与家猪源参考毒株的序列同源性均在98%以上,该病毒与家猪源病毒差异不大.     

猪Ⅱ型圆环病毒全基因组的克隆及感染性鉴定

设计合成一对扩增猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组的特异性引物,从3份患断奶后仔猪多系统衰弱综合征（PMWS）的死亡仔猪病料中,PCR扩增和克隆了3株PCV2全基因组序列。将所测序列与已公布的PCV毒株序列进行同源性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示,所测毒株间的核苷酸同源性为957%～994%,与其它毒株的同源性较高,达951%以上;ORF1的核苷酸同源性高达978%以上,氨基酸同源性大于98%;ORF2的核苷酸同源性较低,为90%～98%不等,推导的氨基酸序列同源性介于87%～991%。进化树分析表明各分离毒株在进化上存在地域上的相关性。将克隆到的PCV2基因组环化后,脂质体介导转染PK15细胞,盲传3代。间接免疫荧光检测表明,克隆到的基因组具有感染性。     

猪圆环病毒2型分离毒株全基因组的克隆及序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型（PCV－2）基因序列,设计两对特异性引物,用PCR方法从接种疑似PMWS仔猪病料的细胞中分段扩增2个分离毒株全基因组。将扩增片段克隆入pGEM-T easy载体,筛选获得含有相应片段的阳性重组质粒。对质粒中的插入片段进行测序拼接,获得2株均为1768bp的全基因组序列。应用DNA star序列分析软件,对所测PCV－2序列与GenBank中的国内外PCV毒株进行同源性比较,并绘制系统发生树,结果发现：所测两毒株之间的核苷酸序列同源性极高,可达99．8％,亲缘关系密切;与PCV－2参考毒株的同源性介于95．3％－99．7％之间,其中与美国的一株PCV－2同源性最高,分别为99．5％和99．7％,亲缘关系很近;与国内两分离株同源性分别为96．4％和98．8％－98．9％;与PCV－1参考毒株同源性仅为77．1％－77．5％。     

22株猪圆环病毒2型安徽分离株全基因组遗传进化分析

为了解安徽地区猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学及流行毒株遗传变异情况,本研究应用DNA Star软件,针对22株PCV2安徽分离株和26株GenBank登录的PCV2参考毒株,进行全基因组核苷酸序列、ORF1和ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列的同源性分析,并运用MEGA 6.0软件构建系统进化树.结果显示,22株PCV2安徽分离株基因组全长均为1 767 bp,相互之间的核苷酸序列相似度为94.6％～99.8％,与GenBank登录的26株PCV2参考毒株之间的核苷酸序列相似度为92.4％～99.8％.PCV2安徽分离株的ORF1核苷酸序列及其推导的氨基酸序列与参考毒株之间的相似度分别为94.3％～100％和85.4％～100％,ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列相似度分别为85.9％～99.9％和76.9％～100％.ORF2编码的Cap蛋白氨基酸序列在8～30、44～91、121～140及190～224几个区域存在突变,且有部分变异位点位于抗原表位区.22株PCV2安徽分离株分布于两个基因亚型,8株属于PCV2b,14株属于PCV2d.结果表明,PCV2安徽分离株的全基因组核苷酸序列较稳定且彼此间亲缘关系密切.ORF2的变异程度远高于ORF1,PCV2d基因亚型己经逐渐过渡成为安徽地区的主要流行毒株.Cap蛋白氨基酸序列在免疫反应区域内的变异可能影响PCV2的免疫原性.本研究结果丰富了安徽地区猪圆环病毒病的分子流行病学资料,同时也为有效防控该病提供了一定的参考依据.     

PMWS病猪猪圆环病毒2型全基因组序列分析

根据GenBank中发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因序列,设计一对特异性引物,用PCR方法直接从5省病料中分别扩增出5个PCV2毒株的全基因组,分别命名为FujianPCV、GuangxiPCV、HainanPCV、HunanPCV和ShandongPCV.将扩增片段克隆于pMD 18-T载体,进行序列测定,结果表明,除FujianPCV株核苷酸长度为1768bp,其余四株均为1767 bp.应用DNAstar序列分析软件分析表明,本实验的5个PCV2分离株与世界上其它地区的PCV2分离株密切相关,核苷酸序列同源性达93%～98.8%,与PCV1毒株的序列同源性只有68.4%～70%.其中ORF1和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为98.1%～99.4%和88%～99.1%.     

猪圆环病毒2型流行株的分离及其感染性克隆的构建

【目的】通过分离一株猪圆环病毒2型(PCV2)流行毒株,并构建其感染性克隆,为研究PCV2基因功能提供操作平台。【方法】通过PCR方法,从疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的仔猪淋巴结中鉴定为猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)2型阳性。把阳性病料接种PK-15细胞传代培养,在培养物中扩增出PCV2的全基因序列。对扩增出的全序列进行序列测定,并与GenBank中公布的5株广东PCV2分离株(GD-pz、GD-gj、GD-jm、GD-ss和GD-sz)进行同源性分析。通过EcoRⅠ和SalⅠ将PCV2全基因组序列克隆进pUC18载体中,获得含PCV2 GD-zq株全基因组单拷贝的重组质粒pPCV2-GD-zq,再通过SalⅠ和HindⅢ把另一个全长拷贝克隆进pPCV2-GD-zq质粒中,使PCV2 GD-zq株基因组DNA以头尾相接的双重复方式克隆进pUC18载体中,获得重组质粒pPCV2-2GD-zq。将pPCV2-2GD-zq DNA纯化和定量后转染PK-15细胞,拯救PCV2 GD-zq病毒。【结果】从PMWS感染的猪淋巴结中分离到了一株PCV2,命名为GD-zq株;序列分析结果显示,GD-zq株全基因组为1 767 bp,与GenBank中公布的5株广东PCV2分离株ORF1核苷酸一致性为97.1%-99.7%,编码氨基酸一致性为98.7%-100%;ORF2核苷酸一致性为93.2%-99.6%,编码氨基酸一致性为92.3%-99.1%;全基因一致性为96.0%-99.6%。pPCV2-2GD-zq质粒转染PK-15细胞后,其通过间接免疫荧光实验(IFA)能从转染细胞及其传代细胞中,检测到拯救出的病毒。【结论】分离了一株PCV2广东株GD-zq,成功构建了PCV2 GD-zq株的感染性克隆。     

PMWS病猪猪圆环病毒2型全基因组序列分析

根据GenBank中发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因序列,设计一对特异性引物,用PCR方法直接从5省病料中分别扩增出5个PCV2毒株的全基因组,分别命名为FujianPCV、GuangxiPCV、HainanPCV、HunanPCV和ShandongPCV。将扩增片段克隆于pMD18一T载体,进行序列测定,结果表明,除FujianPCV株核苷酸长度为1768bp,其余四株均为1767bp。应用DNAstar序列分析软件分析表明,本实验的5个PCV2分离株与世界上其它地区的PCV2分离株密切相关,核苷酸序列同源性达93％-98．8％,与PCVl毒株的序列同源性只有68．4％～70％。其中ORFl和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为98．1％499．4％和88％99．1％。     

猪Ⅱ型圆环病毒浙江株的分离及全基因组结构分析

用PCR方法对从浙江省猪场收集的、以淋巴结肿大和生长迟缓为特征的患猪腹股沟淋巴结进行PCV2检测.将检测为阳性的病料研磨、离心、过滤除菌后,接种PCV-free PK-15细胞进行病毒分离,分离获得3株病毒,命名为HZ0201、HZ0202、NB0301.PK-15细胞增殖所得病毒离心纯化后,在电镜下可观察到直径约为17～20nm,呈二十面体对称的病毒粒子.以组织和病毒的细胞DNA为模板进行PCV2的全基因扩增,测序结果显示,3株病毒分离物全基因序列均由1767bp组成,直接来自病料与细胞分离毒株的核苷酸同源性为100%.基因组内含有11个ORF.通过比较发现,分离毒株与PCV2参考株的同源性介于94.2%～99.7%之间;与PCV1参考株的同源性为77.2%～77.9%.     

2010–2015年华东地区猪圆环病毒2型的分子流行病学分析

【目的】猪圆环病毒2型(PCV2)是严重危害世界养猪业的重要传染病,即猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的重要病原,其致病机制及流行规律尚未阐明。本研究对2010–2015年间采集自中国华东地区的病料进行PCV2检测,以探讨中国华东地区PCV2的分子流行病学特征,分析PCV2的遗传演化规律。【方法】本研究利用PCR方法对384份断奶仔猪多系统衰竭综合征疑似发病猪样本进行检测,并对随机选取的42份阳性样品进行PCV2全基因组的测定和分析。【结果】华东地区普遍存在PCV2的感染,阳性率为41.15%。序列扩增获得42株PCV2全长基因组,同源性和系统进化树分析表明,基于PCV2 ORF2和全长核苷酸序列构建的系统进化树结构是基本一致的。从病料中测得的42株PCV2与11株参考毒株序列的ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.0%–100.0%和82.5%–100.0%。遗传进化分析显示,53株PCV2毒株可分为4个基因型,即PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d。本文获得的42株序列ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.6%–100.0%和86.8%–100%,...     

安徽省猪圆环病毒2型毒株的分离与鉴定

目的从病原学角度了解安徽省猪群中PCV2的感染情况。方法PCR检测临床疑似PCV2感染的病料,阳性病料接种于PK15细胞中进行PCV2的分离和增殖,再经PCR检测、间接免疫荧光试验、电镜观察,以及ORF2基因序列分析等鉴定。结果9份临床病料中均扩增出630bp的PCV2特异性DNA片段,分离鉴定获得5株PCV2,分离毒株之间及其与27株国内外参考毒株之间的ORF2基因序列同源性在87.3%～99.8%。结论首次从病原学角度证实安徽省猪群中PCV2感染的普遍存在,分离毒株与国内外参考毒株的同源性均较高。     

安徽省部分地区2016–2018年猪圆环病毒2型遗传进化分析

【背景】猪圆环病毒(Porcinecircovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaningmultisystemicwastingsyndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-2018年间安徽省部分地区猪场疑似PMWS感染的组织样品共计31份进行PCV2检测和全基因扩增,并通过DNAStar等生物信息学软件对所得到的PCV2毒株基因序列进行遗传进化分析。【结果】所得的8株PCV2安徽株与GenBank上已发表的国内外参考毒株相比较,核苷酸相似性为92.8%-99.0%,ORF2及其推导的氨基酸序列相似性分别为85.8%-99.6%和82.5%-100%。遗传进化树分析结果显示8株安徽株中有1株PCV2a,2株PCV2b,5株PCV2d,未发现PCV2c、PCV2e和PCV2f基因型。此外,通过对ORF2基因编码的氨基酸序列分析,发现各基因型Cap蛋白氨基酸序列上的位点具有其独特性。【结论】近年来PCV2在安徽地区的猪群中感染较为普遍,其中PCV2d基因型的感染病例增多,逐渐成为安徽地区的优势流行株。本研究为安徽地区的PCV2防控提供了一定的参考依据。     

3株肠道病毒71型毒株的全基因组序列分析

目的：对获得的3株肠道病毒71（EV71）型毒株进行全基因组序列测定,并对其进化特点及分型进行初步分析。方法：提取病毒RNA,反转录得到eDNA,PCR分段扩增覆盖病毒全长序列的6个重叠片段（不包括多聚腺苷酸尾）;用软件将3株EV71的备片段序列进行拼接、编辑和校正,随后进行氨基酸翻译及序列比较;用MEGA4.1软件构建系统进化树。结果：获得了3株EV71的全长序列：GDV103株基因组全长7404 nt,包括741bp的5’端非编码区（UTR）、6582bp的病毒基因组编码区（ORF）及81bp的3’UTR;安徽株（Anhui2007）基因组全长7405nt,包括742bp的5＇UTR、6582bp的ORF及81bp的3＇UTR;VR1432株基因组全长7408nt,包括743bp的5’UTR、6582bp的ORF及83bp的3’UTR长。经同源性比对和进化树分析,证实GDV103和安徽株EV71属于C基因型的C4基因亚型。而VR1432株则属于C基因型的C2基因亚型。结论：获得了3株EV71的全长基因组序列,并进一步探讨了其型别,为下一步的干扰素保护宴,哈重定了基础．     

安徽省猪圆环病毒2型感染的流行病学调查

目的了解安徽地区猪群中猪圆环病毒2型(PCV2)的感染状况。方法应用酶联免疫吸附试验(ELISA)对采自安徽省14个地(市)的468份血清样品进行PCV2抗体检测,并运用PCR技术同步进行PCV2核酸检测。结果PCV2抗体检测的平均阳性率为74.36%,且阳性率随猪的日龄增长而升高,皖南地区的阳性检出率明显高于淮北和江淮两个地区,PCR与ELISA检测结果的符合率为99.37%。结论安徽省猪群中普遍存在PCV2的感染,病毒血症与抗体共存现象显著。     

野生及笼养猕猴SV40T抗原基因检测方法的建立

目的建立猴外周血单核细胞SV40DNA的PCR检测方法,对猕猴SV40T抗原基因进行检测。方法使用PCR方法对分别来自野外（云南宁蒗71只、景东60只）及笼养猕猴（64只）的SV40大T抗原基因进行检测,同时对扩增出的阳性结果进行测序。结果在195份样本中,有4只来自野生猴样本扩增出SV40大T抗原基因（3．1％,4／131）,1只来自笼养猴样本扩增出SV40大T抗原基因（1．6％,1／64）。测序结果显示：猴血样本扩增片段序列与GenBank中的SV40大T抗原C-末端的基因序列片段有15个核苷酸不同（3．3％差异）,与SV40．776标准株的序列基本一致,但SV40—776在nt3020处有一缺口。结论云南野生及笼养猕猴猴群均能检出SV40T抗原基因。因此建立SV40病毒的DNA检测技术,对用于科研及疫苗生产的实验猕猴的病毒学质量控制具有重要意义。     

Detection and genetic characterization of porcine circovirus 2 isolates from the first cases of postweaning multisystemic and wasting syndrome in wild boars in Greece

In 2002, postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) was diagnosed in a European female wild boar (Sus scrofa), based on the detection of porcine circovirus 2 (PCV2) DNA in various organs, including the uterus, and on histopathologic lesions. This is the first detection of PCV2 DNA in the uterus of a wild boar. Three years later (2005), a wild boar < 6-8 mo of age was found moribund. It presented wasting and dyspnea and finally died. PCV2 DNA was detected in tissue samples, and histopathologic lesions consistent with PMWS were observed. Both wild boars were from neighboring hunting areas in central Greece. Two PCV2 strains from the wild boars were genetically characterized and compared to other reported PCV2 sequences from wild boars and domestic pigs. The PCV-2 sequences from the wild boars in this study were closely related to each other and were grouped with two isolates from wild boars from Hungary. The phylogenetic analysis revealed that the virus might be transmitted between hunting areas. In addition, PCV2 may spread from domestic pigs to wild boars and vice versa.     

Diversity and evolution of rice progenitors in Australia

In the thousands of years of rice domestication in Asia, many useful genes have been lost from the gene pool. Wild rice is a key source of diversity for domesticated rice. Genome sequencing has suggested that the wild rice populations in northern Australia may include novel taxa, within the AA genome group of close (interfertile) wild relatives of domesticated rice that have evolved independently due to geographic separation and been isolated from the loss of diversity associated with gene flow from the large populations of domesticated rice in Asia. Australian wild rice was collected from 27 sites from Townsville to the northern tip of Cape York. Whole chloroplast genome sequences and 4,555 nuclear gene sequences (more than 8 Mbp) were used to explore genetic relationships between these populations and other wild and domesticated rices. Analysis of the chloroplast and nuclear data showed very clear evidence of distinctness from other AA genome Oryza species with significant divergence between Australian populations. Phylogenetic analysis suggested the Australian populations represent the earliest‐branching AA genome lineages and may be critical resources for global rice food security. Nuclear genome analysis demonstrated that the diverse O. meridionalis populations were sister to all other AA genome taxa while the Australian O. rufipogon‐like populations were associated with the clade that included domesticated rice. Populations of apparent hybrids between the taxa were also identified suggesting ongoing dynamic evolution of wild rice in Australia. These introgressions model events similar to those likely to have been involved in the domestication of rice.