湖北省栲类林群落学特征研究

通过设置样方,在全面调查湖北省内各栲类林的基础上,对湖北省栲类林的物种组成、区系成分、群落结构及类型,以及影响群落结构的环境因子进行研究。结果显示：（1）在所调查的湖北省栲类林中共记录维管植物88科210属376种,其中乔木层中常绿树种有73种、落叶树种有48种,构成了以常绿树种为主的典型常绿阔叶林;（2）从科的区系组成来看,热带成分多于温带成分;从属的区系组成来看,热带成分与温带成分大体相当;（3）湖北栲类林生物多样性有显著的经度和海拔格局,但受纬度影响不大。土壤因子中仅氮含量对物种多样性格局影响显著;（4）湖北省栲类林可分为5个群系,即：苦槠（Castanopsis sclerophylla（Lindl.）Schott）林、钩栲（Castanopsis tibetana Hance）林、栲（Castanopsis fargesii Franch）林、甜槠（Castanopsis eyrei（Champ.）Tutch.）林和罗浮栲（Castanopsis faberi Hance）林。在各环境因子中,海拔、经度、坡度和土壤磷含量对群落组成的影响最大,地理因子和土壤因子对栲类林群落组成影响的总解释率为68.94%;（5）在5个群系中大部分乔木及栲属植物的径级分布呈单峰形,种-多度分布表现为典型的具有少数常见种、多个偶见种的倒“J”形曲线。研究表明湖北省栲类林物种多样性高,生物多样性丰富,植物区系热带成分明显,主要包含5个群系,地理因子和土壤因子可以解释大部分的群落物种组成变异。该研究可为湖北省常绿阔叶林保护和管理提供理论依据和数据支持。     

秦川母牛群体遗传特性的微卫星标记研究

为了从DNA分子水平揭示秦川牛群体遗传多态性和群体遗传结构,寻找可用于秦川牛的微卫星标记,本研究选择了12个普通牛（Bos taurus）微卫星标记检测了90头秦川母牛各微卫星位点的遗传变异及多态性。结果表明,在秦川母牛群体中,12个微卫星位点共检测到了247个等位基因,各位点的等位基因数在13（INRA005）～33个（HEL13）之间,平均每个微卫星位点的等位基因数为21个;总有效等位基因数和平均每个位点平均有效等位基因数（Ne）分别分为142．6229和11．8852。各位点平均基因频率取样方差（V（pij））为2．6036×10^-4。12个微卫星位点平均观察杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）在0．7842（INRA005）～0．9775（BM315）和0．7952（BM315）～0．9446（HEL13）之间。12个位点平均多态信息含量（PIC）在0．7653（INRA005）～0．9420（HEL13）之间,平均为0．8965．12个微卫星位点均属于高度多态位点,这表明秦川母牛群体中所检测各微卫星位点具有丰富的遗传多态性,具备较大的选择潜力。12个微卫星位点的平均固定指数（F）为-0．0076,即各位点杂合子的缺陷度不高,即偏离Hardy—Weinberg平衡的程度不大。     

应用微卫星标记分析中国地方鸡种的遗传变异

利用 8个微卫星位点对中国 9个地方鸡种和 1个引进品种进行了遗传检测。计算出了各品种的平均杂合度、平均多态信息含量 (PIC)及品种间的遗传距离 ,并进行了系统聚类。结果表明 :8个微卫星位点上共检测到了5 4个等位基因 ,每个位点上平均为 6 .75个。各位点平均多态信息含量为 0 .5 0 71～ 0 .74 34,均表现出了高度多态性。各群体平均杂合度较高 ,为 0 .5 5 6 4～ 0 .7135 ,说明我国地方鸡种有着较丰富的遗传多样性。地方鸡种间的遗传距离相对较远 ,10个鸡种共分为三大类。研究结果对我国鸡种资源的评估、保存和预测杂种优势具有一定的指导意义     

两个封闭群SPF级昆明小鼠遗传背景调查

目的：比较两个封闭群SPF级昆明（ KM）小鼠的遗传差异,调查引进的SPF级KM小鼠封闭繁殖6年后,其遗传构成是否发生变化。方法应用微卫星DNA标记方法对18个位点在两个群体中的遗传差异进行分析,主要包括观察等位基因数（ Na）、有效等位基因数（ Ne）、观察杂合度（ Ho）、期望杂合度（ He）、多态信息含量（PIC ）、Shan-non信息指数、遗传分化系数（ F st）、遗传距离等遗传参数。结果两个封闭群SPF 级KM小鼠在18个微卫星位点共发现67个等位基因,Na为2～8个,平均3．7222个;Ne为1．9459～6．5442,平均2．7966个;Ho为0．4225～1．0000,平均0．8823;He为0．4892～0．8527,平均0．6162;Shannon信息指数0．6792～1．9526,平均1．0598;PIC为0．3680～0．8301,平均0．5317;Fst平均值为0．0159,表明群体间的遗传差异仅1．59％,二者间的遗传距离（DA）为0．0499。结论两个封闭群SPF级KM小鼠遗传结构相似度极高,它们与原引进群体的分化差异极小。     

四个奥利亚罗非鱼群体的微卫星分析

应用筛选到的19对微卫星引物,对四个不同来源的奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus）群体（奥利亚罗非鱼83系、奥利亚罗非鱼02系、奥利亚罗非鱼05系和红色奥利亚罗非鱼）的基因组DNA进行PCR扩增,分析其群体遗传结构和亲缘关系。根据几个群体在19个位点上的PCR扩增图谱,统计计算各群体的遗传多样性指数。四个群体的平均观测遗传杂合度值在0．154—0．391间;平均预期杂合度在0．181—0．428间;平均多态信息含量值在0．1513—0．3882间,说明它们的遗传多样性水平较低。遗传偏离指数D的评估结果显示这4个群体有多个位点存在不同程度的Hardy—Weinberg遗传平衡偏离。运用MicroChecker软件进行零等位基因预测,结果显示除红色奥利亚罗非鱼群体外,其他3个群体中均可能存在零等位基因位点。各群体零等位基因的位点数分别为：83系1个,02系3个,05系7个,红奥群体为0。零等位基因位点的存在可能是导致位点发生Hardy—Weinberg遗传平衡偏离的原因之一。4个群体中,05系群体与83系群体间的遗传相似性系数最高（0．9422）,遗传距离最小（0．0596）,说明两者亲缘关系最近;83系群体与红奥群体的遗传相似性系数最低（0．6977）,遗传距离最大（0．3599）,可推断两者亲缘关系最远。根据群体间的遗传距离采用UPGMA法进行聚类,结果表明：83系首先与05系聚类为一支,然后与02系群体聚类,最后与红奥群体聚类。聚类结果说明红奥群体与其他三个群体亲缘关系最远;83系群体与05系群体亲缘关系最近,与02系群体次之。     

用SSR研究栲树群体遗传结构

利用微卫星（SSR）分子标记对福建省内4个栲树（Castanopsis fargesii Franch.）群体遗传结构进行了研究。SSR标记揭示了栲树群体丰富的遗传变异：平均等位基因数A＝9.0,平均有效等位基因数Ne=4.8,平均期望杂合度He=0.65,而群 具有较低的Fst值（Fst=0.031）。SSR每个位点的等位基因频率分布在栲树群体间都存在显或极显差异,表明根据SSR等位基因频率分布亦能了解各体的分化。SSR标记使栲树群体中一些稀有等位基因得以表现,54个SSR等位基因中有15个等位基因仅出现在1个或2个群体中,且频率较低,在遗传多样性保护中更应注重保护这些稀有的等位变异。     

龙脑香科植物望天树的居群遗传结构及分化

运用“水平切片淀粉凝胶是泳等分析”方法,对国家一级珍稀濒危保护植物望天树（Parashorea chinensis)进行了遗传多样性和居群分化的研究,通过对分布于滇南,滇东南和桂西南的9个天然居群（中国科学院西双版纳热带植物园引种载培的2个人工居群作为对照）,11个酶系统16个等位酶位点的研究表明,望天树群体内遗传变异水平极低,多态位点比率P为6．25％－12．50％（平均为6．82％）,等位基因平均数A为1．06－1．13（平均为1．07）,平均期望杂合度He为0．032－0．054（平均为0．035）,平均观测杂合度Ho为0．063,所有居群Pgm-1位点的基因型均为杂合体,其余位点的基因型均为纯合体,居群间存在低水平的遗传分化,GST值为0．030,结果表明不同于其它热带植物的报道,望天树群体的遗传结构单一,一方面反映了群体内存在大量的内繁育（无融合生殖,近交）,另一方面也说明了在进化过程中该种曾经历了严重的瓶颈效应,遗传变异大量丧失。     

运用微卫星DNA标记分析我国野生鹌鹑遗传多样性

运用微卫星DNA标记对我国境内分布的两种野生鹌鹁（野生日本鸣鹁、野生普通鹌鹑）和家鹑群体的遗传多样性进行分析。通过计算反映群体变异的多态信息含量（PIC）、固定指数、平均杂合度、基因分化系数等相关指标,结果表明：野生普通鹌鹑群体遗传多样性更为丰富,每个座位平均检测出4．67个等位基因,群体多态信息含量和平均杂合度亦为最高,分别为0．5732和0．6621;家鹁最低,分别为0．5467和0．5933;野生日本鸣鹑介于两者之间;在3个鹌鹑群体中,野生日本鸣鹑与家鹑群体遗传多样性差异程度较小。以标准遗传距离为基础的模糊聚类分析发现：家鹑与野生日本鸣鹑群体模糊等价矩阵系数为0．937,而与野生普通鹌鹑的系数为0．738,这也表明家鹑与野生日本鸣鹁有更近的亲缘关系,进一步从分子水平上证实家鹑起源于野生日本鸣鹁。     

鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

本研究利用20对微卫星引物对鳜(Siniperca chuatsi)原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2.7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1～6之间,平均有效等位基因数为2.1284。原种群体的平均观察杂合度0.5708,Nei氏期望杂合度0.5295,平均多态信息含量PIC0.5353;养殖群体的平均观察杂合度0.3839,Nei氏期望杂合度0.4011,平均多态信息含量PIC0.5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

三个野生群体日本囊对虾遗传多样性的SSR分析

为了解野生种群日本囊对虾遗传分化和改良遗传育种,用SSR技术对福建厦门(XM)、广东湛江(ZJ)、广西北海(BH)3个地区野生日本囊对虾进行遗传多样性的研究。采用了10对微卫星引物对3个野生种群进行分析,10个微卫星位点在3个种群中均表现为高度的多态性,每个位点平均检测到3.87个等位基因;平均多态信息含量为0.5893;3个群体的观测杂合度分别为0.6243、0.5704、0.4661,全部群体观测杂合度平均为0.5536;期望杂合度分别为0.7193、0.6189、0.6226,全部群体平均期望杂合度为0.6536。这说明3个野生种群在10个微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。基于Nei's遗传距离的聚类分析显示厦门群体和湛江群体的遗传距离较近。     

东北大口鲇2个群体的微卫星DNA多态分析

利用磁珠富集法克隆制备的24个大口鲇（Silurus meriaionalis Chen）微卫星标记,对黑龙江野生群体与松花江养殖群体2个东北大口鲇（S．soldatovi）的地理种群的等位基因频率（P）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ne）等进行了遗传检测,以遗传偏离指数（d）检验Hardy—Weinberg平衡,并以Nei氏遗传分化系数（GST）和AMOVA分析（ФST）群体遗传变异的来源。同时,使用PHYLIP3．63软件绘制基于Nei氏遗传距离的个体间UPGMA系统树。结果表明：24个微卫星标记在东北大口鲇的2个群体中共扩增出1357条多态性片段,片段长度为1024385bp,总体平均等位基因8．875个,可以用于东北大口鲇遗传多样性的评估。并发现8个可区分这2个种群的遗传标记;黑龙江群体的P、Ho、He、PIC和Ne依次为0．165、0．435、0．758、0．742和5．019,松花江群体为0．147、0．299、0．847、0．764和5．944,在这些多样性参数上,方差分析也显示2地理种群差异不显著,在大多数位点并无显著差异,仅HLJcf37位点具有显著差异：在多个位点偏离Hardy—Weinberg平衡,2群体呈现不同程度的杂合体过度,纯合体完全缺失现象,其原因有待证实;群体遗传变异分析证实2群体间遗传分化较弱,其98％以上的变异是由群体内个体间的遗传变异引起的,群体间的变异对总变异影响不显著。UPGMA系统树也显示出个体间遗传距离小,亲缘关系很近。结果表明,人工繁殖没有对东北大口鲇的遗传多样性产生影响,该种群遗传分化小,种质资源状况良好。     

利用SSR标记分析玉米轮回选择群体的遗传多样性

利用SSR标记技术分析了玉米基础群体DC0及其选择两轮后的群体HSC2和MSC2以及基础群体XFC0和其选择一轮后的群体XFC1的遗传多样性。结果表明：49对引物在5个玉米群体中共扩增出185个等位位点,每个SSR座位的等位基因数目为1～7个,平均为3．8个;基础群体多态性位点总数和多态性位点比例比其改良群体的略高;DC0、HSC2和MSC2 3个群体的基因平均杂合度相似,XFC0与XFC1的基因平均杂合度相似;基础群体与改良群体的平均遗传距离也相似;累加各引物扩增的基因型种类,改良群体的基因型种类偏少,但这些差异均不显著。以上结果说明轮回选择的基础群体与其改良后群体的遗传变异相似,轮回选择可以保持群体的遗传变异范围,改变群体的遗传组成,增加群体内个体间的异质性。     

应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析

目的检测国内Et本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰白兔的遗传背景及遗传结构,为封闭群兔遗传检测方法建立和标准化提供基础资料。方法应用18个微卫星标记及荧光标记一半自动基因分型技术对三个群体95个个体进行Hardy．Weinberg检测,统计每个位点等位基因频率、杂合度、F值、遗传距离等信息。结果三个种群平均等位基因观测数为3．167、4．556、3．444,平均观测杂合度为0．444、0．5230、0．4976。18个位点平均多态信息含量（PIC）为0．410、0．549、0．470,日本大耳白兔6个位点HWE检验（P〈0．05）,显著偏离Hardy—Weinberg平衡,并在Satl3,INRCCDDV0088位点基因型完全纯和,新西兰白兔和青紫蓝兔分别有2个位点显著偏离Hardy—Weinberg平衡。三个种群遗传距离：青紫蓝兔与新西兰白兔遗传距离最近,为0．124,与日本大耳白兔遗传关系最远,为0．320;新西兰白兔与日本大耳白兔较远,为0：10。结论三个种群有各自不同遗传特征,遗传多样性较高,种群间分化明显。个别位点偏离遗传平衡,推测人工繁育过程中存在一定问题。     

微卫星标记分析白斑狗鱼遗传多样性

为了解我国境内白斑狗鱼(Esox lucius)野生群体的遗传多样性现状,利用8对微卫星引物对额尔齐斯河流域185河段、635河段、乌伦古湖及吉力湖4个地理群体的遗传多样性进行了研究。结果显示,8个微卫星位点的平均等位基因数为6.625 0,多态信息含量为0.603 6～0.656 5,可有效用于白斑狗鱼遗传多样性和遗传结构分析。4个群体的平均期望杂合度为0.712 6～0.660 0,表明我国境内野生白斑狗鱼群体有较高的遗传多样性水平。整个群体的总近交系数为0.266 6,少数个体存在近交现象,白斑狗鱼群体有近交倾向。平均分化系数为0.062 2,群体间的遗传变异占总群体变异的6.22%,白斑狗鱼各群体间的分化程度不大。群体间的基因流值变化范围为10.077 5～3.360 6,说明白斑狗鱼不同群体间存在较为广泛的基因交流。     

Z:ZCLA长爪沙鼠微卫星标记的遗传多态性研究

通过对9个微卫星座位的扩增,研究了Z：ZCLA长爪沙鼠的遗传多态性。结果表明,Z：ZCLA长爪沙鼠在其中1个位点上只有一个等位基因,在其它位点上均有2～4个等位基因,平均等位基因数2．6个。平均杂合度0．4684,平均多态信息量0．4166,平均有效等位基因数2．1756。全群基因纯合度从0．1111～0．5555,平均0．3389,提示目前本群遗传多样性水平处于中度多态。     

微卫星标记对WHBE兔封闭群、日本大耳白兔和新西兰兔的遗传分析

目的分析比较大耳白黑眼兔（WHBE兔）封闭群与日本大耳白兔（Jw兔）、新西兰兔（NZW兔）基因组存在的微卫星结构,研究WHBE兔封闭群的微卫星多态性。方法利用21个微卫星位点,通过微卫星分子标记技术对WHBE兔封闭群、Jw兔和NZW兔进行遗传多样性检测和对比。结果根据初步结果,在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对引物。WHBE兔封闭群在每个位点上的等位基因数为3～8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2．0402个,平均杂合度为0．4810;Jw兔在每个位点上的等位基因数为2～8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为3．6077个,平均杂合度为0．5039;NZW兔在每个位点上的等位基因数为3～9个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2．6537个,平均杂合度为0．5334。WHBE兔封闭群在11个微卫星位点上的平均多态信息含量（PIC）为0．6005,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9613,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值高达0．9973。在11个微卫星座位中,9个位点上出现了WHBE兔封闭群特有等位基因,其中在Sat2、Sat5、Sat7、Sat12、Sat13、Sat16、S0144和INRACCDDV0003八个位点上WHBE兔封闭群的特有等位基因为一个,在sat8位点上为两个。结论WHBE兔8个位点的平均杂合度、平均有效等位基因数均比JW兔及NZW兔低,说明WHBE兔群体的基因纯合度高于其他两个品系,具有更优的遗传稳定性。9个WHBE兔特有的等位基因可作为区分WHBE兔封闭群和其它两个品系实验兔的分子标记。     

三个虹鳟养殖群体遗传结构的微卫星分析

利用20个微卫星标记对3个虹鳟(Oncorhynchus mykiss)养殖群体进行遗传结构分析。结果表明,(1)3个群体检测的平均等位基因数为3·6～4·1,平均观测杂合度为0·5224～0·6328,平均期望杂合度为0·4736～0·5522,平均多态信息含量为0·4354～0·5084,说明这几个群体多态性属于偏高水平,遗传多样性高。通过d值,确定了Hard-Weinberg平衡的偏离情况,发现AY039638、AY039646在3个群体中都表现为不平衡。对3个群体的遗传距离进行了估算,并进行聚类分析,本溪的两个群体先聚为一支,再与渤海群体相聚,显示出明显的地理特征。(2)本溪虹鳟群体在位点AF352770出现部分等位基因消失的现象;AF352754在本溪群体中表现为位点消失,可作为区分本溪群体和渤海群体的分子标记。(3)综合评价3个群体,渤海站虹鳟群体的遗传多样性最高,与前人研究结果一致。     

缙云山特有植物缙云黄芩的遗传多样性研究

采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳检测了重庆缙云山特有植物缙云黄芩7个居群70个个体的过氧化物酶、细胞色素氧化酶、超氧化物歧化酶、淀粉酶和酯酶5种等位酶,获得20个基因位点的资料,由此分析了其遗传分化水平。结果表明：缙云黄芩遗传多样性水平较高,多态位点比率P为45．7％,平均每个多态位点的等位基因数目A为1．46,平均预期杂合度He为0．205,平均观察杂合度Ho为0．352。缙云黄芩居群间遗传分化水平较高,Gst=0．401,居群间遗传一致度和遗传距离的平均值分别为0．741和0．300。缙云黄芩遗传多样性的40．1％来源于居群之间的基因差异,59．9％属于居群内的遗传分化,因而对缙云黄芩遗传多样性的保护,应保护其较多的居群。     

虾夷扇贝（Patinopecten yessoensis）5个群体的遗传多样性

虾夷扇贝为20世纪80年代初从日本引入我国并逐渐开展养殖的双壳贝类,目前已在我国北方地区大面积养殖。实验采用微卫星分子遗传标记技术对大连獐子岛底播增殖放流群体（CC）、黄海北部海区采集的野生群体（HQ）、日本青森养殖群体（JX）、俄罗斯远东日本海沿岸养殖群体（RX）及大连大长山岛养殖上壳白化群体（ZB）等5个虾夷扇贝群体的遗传多样性进行研究。其中HQ群体为本课题组2005年在黄海北部采集的野生群体,本研究筛选出一个该群体的特异性遗传标记。用8个微卫星位点进行扩增,共获得45个等位基因,每个位点的等位基因数处于3—9之间,大小为100—340bp,平均有效等位基因数为3．1535,基因型数为3—21个,PIC（PolymorphismInformationContent）值处于0．0322-0．5944之间。5个群体的平均观测杂合度分别为0．3292、0．3048、0．3167、0．2708、0．3042,平均期望杂合度分别为0．4595、0．4002、0．3838、0．3620、0．3885,群体间的多态性差异不显著。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,CC和HQ群体亲缘关系最近,JX和RX群体的亲缘关系较近,ZB群体与JX和RX群体的亲缘关系较近。通过Hardy—Weinberg平衡及F-检验发现,5个群体都不同程度的偏离平衡,表明各群体基因频率和基因型频率的稳定性较低,且5个群体均处于不同程度的杂合子缺失状态,群体间的遗传分化程度较高,但遗传变异主要来自群体内的个体间。