从土壤中提取DNA方法比较

设计并比较了3种直接从土壤中提取DNA的方法。试验结果表明:3种方法都可以从土壤中提取到分子量大于23.13 kb的DNA的片段,每克干土DNA的提取量为2.5~31μg,不同方法间在DNA产量、纯度等方面存在较大差异。     

两种从土壤中提取DNA方法的比较

为土壤微生物多样性研究选取理想的DNA提取方法,该文比较了直接法和间接法从土壤中提取微生物总DNA的效果。结果表明：直接法提取量大,每克土壤提取到DNA约10．26μg,而间接法仅提取到0．55μg,直接法DNA提取量约为间接法的19倍。直接法得到的DNA包含细菌种群较间接法丰富,DGGE分析结果显示,二者的条带数分别为35条和28条,占检测条带总数的92．1%和78．9%。间接法提取到DNA纯度较直接法高,不需纯化即可用于PCR扩增和BamHⅠ酶切反应。     

用于微生物多样性分析的棉田土壤总DNA的提取

目的：探讨适用于微生物多样性研究的棉田土壤微生物总DNA提取方法。方法：采用4种方法提取不同连作和轮作处理的棉田土壤微生物总DNA,比较其纯度、产率、片段大小,并应用ARDRA技术验证其质量。结果：其中3种方法均可获得23kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产率和纯度上有明显差异。改良CTAB-SDS法提取的DNA完整性好,得率为24.20μg.g-1干土,纯化后A260/A280和A260/A230为分别为1.80和1.70,纯化回收率可达70.1%,完全适用于后续的PCR分析。结论：采用该法提取棉田土壤总DNA简便而高效。对该法提取获得的棉田土壤微生物总DNA进行ARDRA和DGGE分析,所得图谱能较全面地反映不同处理间微生物多样性及群落结构的差别,为不同栽培体系下棉田土壤微生物的分子生态学研究提供了基础。     

东北设施黑土土壤微生物总DNA提取方法探讨

目的:找到一种适合东北设施高腐殖含量黑土土壤微生物总DNA简单易行的提取方法。方法:采用5种不同的DNA提取方法进行土壤总DNA提取。结果:5种提取方法的DNA产量在6.88～29.71μg/g,OD260/OD280值为1.03～1.27,OD260/OD230值为0.65～0.88,经纯化后均可进行PCR扩增。但经改进的方法 E提取DNA产量最高,纯度最好。结论:方法 E—加入TENP和PBS缓冲液预处理的提取方法是一种适宜东北设施黑土土壤微生物总DNA批量提取简单易行的方法。     

不同方法保存的蜜蜂基因组DNA提取的比较

目的:找出适合DNA提取的昆虫标本保存方法。方法:用几种常用的昆虫标本保存方法对蜜蜂处理不同时间后,用蛋白酶K法对其基因组DNA进行提取和纯化,然后对提取产物做琼脂糖凝胶电泳及紫外吸收分析。结果:75%乙醇及冻存处理材料的基因组DNA得率较高,为7.13～8.85μg/g,电泳条带较亮;甲醛处理材料的基因组DNA得率较低,为1.50～3.21μg/g。结论:用75%乙醇及冻存处理蜜蜂较适合于其基因组DNA的提取,不宜用甲醛。     

土壤样品中DNA提取方法的比较

对土壤样品中提取DNA方法的有效性进行了比较研究。如果以细胞有效裂解和DNA产率为标准,用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果最佳的DNA抽提方法,细胞裂解率为82%,DNA产率达20.8μg/g。为了去除PCR抑制物,将DNA样品进一步用柱纯化,回收率为80%。纯化后的DNA样品可用于16SrDNA扩增及其他分子操作。     

茶园土壤微生物总DNA不同提取方法的比较

传统的微生物分离培养方法,在反映茶园土壤微生物基因信息上有很大的局限性,因此,目前逐步被分子生态学的方法替代,而获得高质量、大片段、无偏好的土壤微生物总DNA则是茶园土壤微生物分子生态学研究的基础.本文采用SDS高盐法、变性剂加SDS高盐法、脱腐SDS高盐法、CTAB法和Krsek改进法5种土壤微生物DNA提取方法分别从茶园土壤微生物中提取总DNA,并对5种方法提取的DNA的片段大小、质量和产量进行了综合评价.结果表明,Krsek改进法提取到的DNA片段最大(>23 kb)、纯度最高(OD260/OD280>1.70;OD260/OD230>1.35)、产量较高(>34.50μg/g dry soil)且不需纯化就可以用于PCR扩增和RFLP分析.因此,Krsek改进法是一种高效、可靠且适合于茶园土壤微生物分子生态学研究的DNA提取方法.     

一种简单有效且适于土壤微生物多样性分析的DNA提取方法

参照Zhou[11]的方法进行了改进,获得了一种简单、有效的DNA提取方法.此方法操作简单、从大量样品改为小量样品的提取,利用高浓度的PEG沉淀,不作回收纯化,所提DNA片段较大,在23 kb以上,每克土的DNA提取量从3.74～15.28 μg,OD260/OD230比值在0.89～1.21范围内,用真菌和细菌核糖体特异性引物进行PCR扩增,均获得较好的结果,DGGE图谱显示丰富性较高,可用于细菌多样性和真菌多样性的分析.此方法能够从4种不同性质土壤中提取出DNA,但提取盐渍土壤和碱性土壤的效果更好一些,为土壤微生物群落结构的多样性分析奠定良好的基础.     

堆肥中微生物总DNA的高效提取

采用化学裂解和酶解相结合的方法,选择加入PVPP的高盐缓冲液作为细胞裂解的反应体系,并以PEG-8000进行DNA沉淀,从高有机含量的堆肥样品中进行微生物总DNA的提取。结果表明,从4种性质不同的堆肥中均获得了高质量的微生物总DNA,所得的DNA分子片段在23kb左右;每克干重堆肥的总DNA提取量为63.54±12.08μg~106.50±28.36μg,A260/A280大于1.6,A260/A230大于1.8,不用经过纯化可以直接进行PCR扩增和限制性酶切;以该DNA为模板进行微生物区系的DGGE分析,显示了丰富的微生物多样性。该方法减少了通常环境样品DNA提取过程中的纯化步骤,减少了DNA的损失,为从事微生物分子生态学,尤其是那些针对高有机含量以及获取极为不易的环境样品的研究而言是十分有益的。     

高粱基因组DNA提取方法的比较与优化

目的：比较CTAB法和高盐低pH法提取高粱总DNA效果,进一步优化建立高盐低pH值法提取高粱基因组DNA的方法。方法：采用CTAB法、高盐低pH法对高粱叶片DNA进行提取,并从电泳结果、纯度、得率三方面进行比较研究。通过提取缓冲液中SDS浓度的优化,不同组织器官的DNA提取纯化以及不同沉淀方法的优化,比较不同方法对高粱基因组DNA提取的影响。结果：高盐低pH法DNA平均得率为689.36μg/g,略小于CTAB法的718.26μg/g,但其A260/A230平均值为1.854,比CTAB法的2.164更接近标准要求。高盐低pH法提取高粱基因组DNA的适宜条件确定如下：提取液中含有2%SDS、2%PVP、2%β-巯基乙醇;水浴时间30min;沉淀方法采用0.7体积异丙醇室温沉淀的沉淀方法。结论：综合考虑高盐低pH法是提取高粱基因组DNA的最佳方法。     

从天然橡胶中提取白坚木皮醇的研究

目的：选择适合于工业化生产的从胶清中提取白坚木皮醇的方法。方法：运用普通的化工技术对胶清进行凝固、浓缩和净化处理,再采用化学拆分法（Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ）从肌醇衍生物中提取白坚木皮醇。结论：本项研究得出的提取方法,其提取率约占胶清重量的０．２％～０．３％。提取的产品纯度达９７％以上,ＦＷ（ＣＥ）１９５,ｍｐ．１９１℃,「α」Ｄ＾２９－８０．３。该提取方法可以进行工业化生产。     

Extraction parameters for metabolomics from cultured cells

The successful extraction of metabolites is a critical step in metabolite profiling. By optimizing metabolite extraction, the range and quantitative capacity of metabolomics studies can be improved. We considered eight separate extraction protocols for the preparation of a metabolite extract from cultured mammalian cells. Parameters considered included temperature, pH, and cell washing before extraction. The effects on metabolite recovery were studied using a liquid chromatography high-resolution mass spectrometry (LC–HRMS) platform that measures metabolites of diverse chemical classes, including amino acids, lipids, and sugar derivatives. The temperature considered during the extraction or the presence of formic acid, a commonly used additive, was shown to have minimal effects on the measured ion intensities of metabolites. However, washing of samples before metabolite extraction, whether with water or phosphate-buffered saline, exhibited dramatic effects on measured intensities of both intracellular and extracellular metabolites. Together, these findings present a systematic assessment of extraction conditions for metabolite profiling.     

Caffeine Extraction with a Karr Reciprocating Plate Column

A Karr reciprocating plate column was used in extracting caffeine from the methylation mother solution of a caffeine synthesis plant with chloroform as the extractant. Pilot tests were carried out in a 38 mm diameter column to determine holdup, flooding and mass transfer at various reciprocation velocities. Results show that the holdup in the presence of mass transfer is higher than that in the absence of mass transfer, and the height of the equivalent theoretical stage (HETS) was 0.57 m for a 99.9 % recovery at the optimum reciprocation velocity. The Karr empirical correlation for scale‐up was used to predict the column height in the design of the industrial process. A 0.4 m and a 0.6 m diameter column were used to treat 2.5 m³/h and 6.0 m³/h methylation mother solution, and the corresponding HETSs were 1.42 m and 1.53 m for a 99.9 % recovery, respectively. The axial dispersion coefficients of the dispersed phase were estimated for the 0.4 m and the 0.6 m diameter columns. For a better recovery the ratio of the axial dispersion coefficient of the dispersed phase to that of the continuous phase was about 2.7–3.0.     

细菌mRNA的提取方法

mRNA提取技术不仅是分子生物学技术的重要组成部分 ,也是功能基因组学科研技术的重要基础。随着细菌的后基因组时代的到来 ,寻求一种有效的提取细菌mRNA的方法成为迫切需要解决的问题。介绍细菌mRNA的特点、提取方法、标记和稳定性问题。     

球衣菌胞内聚β-羟基丁酸提取方法的研究

以球衣菌(Sphaerotilus natans FQ40)为材料,比较多种破壁方法对其胞内PHB提取率的影响。结果表明SDS-NaClO混合破壁法最适宜于提取球衣菌胞内PHB。细胞悬液先用10g/L SDS,35℃处理10min,再用体积分数5%的NaClO处理5min后,经离心、洗涤、烘干,用热氯仿抽提PHB,提取率可达56%,纯度与标准品相同。     

毛干DNA提取方法概述

毛干作为最容易取得的一种无创、运输和储存方便的生物样本,对从核酸分子水平上进行各方面研究有着十分重要的意义。但毛干中DNA含量低,不易提取,而且存在大量角蛋白和色素,纯化不净会对下游PCR扩增等反应产生抑制作用。基于毛干DNA提取现状,综述并比较了近三十年动物及人类毛发的毛干DNA提取、纯化等相关方法,拟为毛干DNA提取在分子生物学各领域的推广应用提供充分的文献支持和参考。     

一种棉花线粒体DNA的提取方法

线粒体是重要的细胞器,它有自身的基因组。其基因组DNA与细胞核基因组DNA相比,含量较低。棉花当中富含棉酚、丹宁等物质,这对提取DNA有很大的影响。因此我们根据棉花自身的特点,找到了一种提取棉花线粒体DNA经济有效的方法,其质量可以满足限制性酶切、PCR、分子杂交等实验的要求。     

Comparison of different extraction methods of polysaccharides from cup plant (Silphium perfoliatum L.)

The purpose of the present research was to compare the effects of four extraction methods on the extraction yields, physicochemical characteristics, and antioxidant activities of polysaccharides from the cup plant (Silphium perfoliatum L.) (CPPs). The extraction methods included the hot water extraction method (HEM), ultrasonic-assisted extraction method (UEM), enzyme-assisted extraction method (EEM), and the ultrasonic-enzyme-assisted extraction method (UEEM). Four corresponding CPP extracts, HEM-CPPs, UEM-CPPs, EEM-CPPs, and UEEM-CPPs, were obtained. The results indicated that there were notable differences between the extraction methods regarding the yield, average molecular weight, uronic acid content, monosaccharide proportions, and the antioxidant activities of the CPPs. HEM-CPPs were extracted with the lowest yield (6.44%). EEM-CPPs had the largest extraction yield (9.87%) and the most notable antioxidant abilities of ferric reducing power and free radical scavenging activity. According to correlation analysis, the higher antioxidant abilities of EEM-CPPs might be due to their smaller average molecular weight and a higher content of uronic acid than those of the other extracted CPPs. Therefore, EEM could serve as a promising technique for extracting CPPs.     

苦龙胆酯苷的研究进展

苦龙胆酯苷是一种裂环烯醚萜苷类化合物,又称为苦龙苷或龙胆苦酯苷。其分子式为:C27H28O14,分子量为576.52,是已知最苦的裂环烯醚萜苷类化合物。目前已证明可从川东獐牙菜、印度獐牙菜、龙胆草以及辐花肋柱花中提取。辐花肋柱花是最新证明的可提取苦龙胆酯苷的植物。苦龙胆酯苷具有助消化,保肝,抗皮肤肿瘤,抗黑热病等药理活性。在古代印度传统医药以及中药藏药中,苦龙胆酯苷的来源植物是治疗消化系统相关疾病的一味常见的草药,如保肝、抗糖尿病等。在体内药代动力学研究中,兔静脉注射苦龙胆酯苷,在血中有较快的清除率(2.62±0.41 L/h/kg)和广泛的体内组织分布(1.08±0.44 L/kg);采用游离、脂质体和囊泡体形式给仓鼠用药具有明显保护肝肾功能且未发现明显不良反应。