利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

两个封闭群SPF级昆明小鼠遗传背景调查

目的：比较两个封闭群SPF级昆明（ KM）小鼠的遗传差异,调查引进的SPF级KM小鼠封闭繁殖6年后,其遗传构成是否发生变化。方法应用微卫星DNA标记方法对18个位点在两个群体中的遗传差异进行分析,主要包括观察等位基因数（ Na）、有效等位基因数（ Ne）、观察杂合度（ Ho）、期望杂合度（ He）、多态信息含量（PIC ）、Shan-non信息指数、遗传分化系数（ F st）、遗传距离等遗传参数。结果两个封闭群SPF 级KM小鼠在18个微卫星位点共发现67个等位基因,Na为2～8个,平均3．7222个;Ne为1．9459～6．5442,平均2．7966个;Ho为0．4225～1．0000,平均0．8823;He为0．4892～0．8527,平均0．6162;Shannon信息指数0．6792～1．9526,平均1．0598;PIC为0．3680～0．8301,平均0．5317;Fst平均值为0．0159,表明群体间的遗传差异仅1．59％,二者间的遗传距离（DA）为0．0499。结论两个封闭群SPF级KM小鼠遗传结构相似度极高,它们与原引进群体的分化差异极小。     

鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

本研究利用20对微卫星引物对鳜(Siniperca chuatsi)原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2.7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1～6之间,平均有效等位基因数为2.1284。原种群体的平均观察杂合度0.5708,Nei氏期望杂合度0.5295,平均多态信息含量PIC0.5353;养殖群体的平均观察杂合度0.3839,Nei氏期望杂合度0.4011,平均多态信息含量PIC0.5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。     

利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

利用微卫星标记评估富钟水牛群体遗传多样性和保种效果

利用微卫星分子标记对富钟水牛群体遗传结构和保种效果进行评估,旨在掌握保种区富钟水牛目前的保种现状,为下一步制定有效的保种措施提供参考依据。结果表明:15个微卫星座位中,共检测到86个等位基因,平均等位基因NA为5.733 3;平均有效等位基因NE为2.902 9;期望杂合度、观察杂合度、多态信息含量PIC分别为0.596 4、0.487 2、0.551 9;1个座位为低度多态,3个座位为中度多态,9个座位为高度多态,这些位点可用于遗传多样性分析。     

我国新引进吉富品系尼罗罗非鱼群体的遗传多样性分析

选取罗非鱼(Oreochromis spp.)第二代遗传连锁图谱中的26个微卫星位点,对淡水渔业研究中心引进的、由60个家系组成的吉富品系尼罗罗非鱼(O.niloticus)群体进行遗传结构分析。结果显示,26个微卫星位点在吉富罗非鱼群体中共检测到124个等位基因,各位点的等位基因数为3～7个,平均4.8个。片段长度104～322 bp,平均杂合度观测值为0.622 1,平均杂合度期望值为0.642 3,平均多态信息含量(PIC)为0.633 4。所检测的26个位点中,有25个位点属于高度多态位点(PIC0.5),占所检测位点的96.15%;1个位点属于中度多态位点。结果表明,该吉富罗非鱼群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高。因而该群体仍然具有较大的选育潜力,可以作为选育的基础群体开展进一步的选育工作。     

虹鳟6个养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用14对微卫星分子标记对虹鳟的6个养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明：6个群体的平均等位基因数A为 2.89～4.22,平均有效等位基因数Ne 为2.15～2.78,平均观察杂合度Ho 为0.4801～0.6786,平均期望杂合度He 为0.5052～0.6211,平均多态信息含量PIC 为0.4298～0.5762;其中渤海站群体的等位基因数最多、多态信息含量最高,有效种群最大,通过基因型的P值发现6个群体只在位点AF375034符合Hardy-Weinberg平衡,在其他位点都不同程度的偏离平衡,同时对6个群体的遗传距离进行了估算,聚类分析发现挪威群体与其他群体遗传距离最远。     

茶花鸡群体遗传多样性

茶花鸡是我国具有独特遗传特性的地方家禽品种,为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构状况,采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测。33个微卫星座位共检测到105个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在2~5个之间,平均每个座位等位基因数3.20个。群体平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.612 9和0.527 6。结果表明,茶花鸡自然群体遗传多样性较丰富。     

利用微卫星标记分析楼来牛群体遗传多样性的分析

利用POPGENE软件分析48头楼来牛在16个微卫星座位上遗传信息。通过分析楼来牛群体遗传多样性信息,目的是了解楼来牛群体的现状和遗传多样性,为利用分子标记进行楼来牛的选育提供理论依据。结果显示:16个座位中,平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为:2.503 7、0.555 9、0.517 25。其中,9个微卫星座位高度多态,7个微卫星座位中度多态,选取的微卫星位点适合用于遗传多样性评估。研究表明楼来牛群体遗传多样性较为丰富。     

微卫星座位对实验动物beagle犬的遗传分析

目的对美国进口、广州自养beagle犬基因组中存在的微卫星结构进行分析,研究其群体的微卫星多态性,以此探索在分子水平上对作为实验动物的beagle犬进行检测。方法通过微卫星分子标记技术进行遗传背景分析,并结合微卫星位点测序结果,研究DNA分子特征。结果在研究位点上共发现6个复等位基因,进口犬群体共有6个等位基因片段,自养犬群体共有5个等位基因片段,根据基因型计算各群体等位基因频率,由相关公式计算杂合度、群体多态信息含量(PIC)、基因纯合率、基因分化系数。结论两群体的杂合度、PIC值均较高(分别为0.7010、0.6747和0.7876、0.7515),基因分化系数很低(0.021),表明两群体没有形成明显的独立群。     

利用30个微卫星标记分析长江中下游鲢群体的遗传多样性

摘要: 利用30对微卫星分子标记对长江中下游5个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明: 在30个基因座中, 共检测到144个等位基因, 每个座位检测到的等位基因数为1～10个, 其中有25个座位具有多态性, 多态位点百分率为83.33,5个群体的平均等位基因数A为4.0/4.1, 平均有效等位基因数Ne为2.4445～2.6332, 平均观察杂合度Ho为0.3233～0.3511, 平均期望杂合度He为0.4421～0.4704, 平均多态信息含量PIC为0.4068～0.4286。对数据进行F-检验, Fst值表明群体间的遗传分化程度中等, 并对基因型进行了基于Hardy-Weinberg平衡的卡方检验, 所得P值说明5个群体均一定程度上偏离了平衡。5个群体间的遗传相似系数为0.8466～0.9146,遗传距离为0.0893～0.1665, 并根据Nei氏标准遗传距离用UPGMA方法对5个鲢群体进行亲缘关系聚类。     

红色原鸡群体遗传多样性

为了阐明红色原鸡的群体遗传结构,以对其有效保护提供遗传学依据,采用33个微卫星标记对其群体中56个个体进行了PCR-聚丙烯酰胺多态性电泳检测。33个微卫星座位共检测到140个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在2～8个之间,平均每个座位等位基因数4.24个,有效等位基因数3.30个。根据等位基因频率,计算出的群体表观杂合度、期望杂合度及多态信息含量分别为0.7980、0.6506和0.5948。结果表明,红色原鸡群体遗传多样性较丰富。     

三角帆蚌微卫星多重PCR体系的建立及其应用

为了提高三角帆蚌微卫星分析效率,从已开发的微卫星标记中构建了三组四重PCR,并将稳定的多重PCR体系用于56个三角帆蚌紫色选育系的遗传多样性研究。结果表明该群体的平均等位基因数18.75,平均有效等位基因数为9.010,平均多态信息含量为0.857,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.809和0.876,香农多样性指数为2.422。运用Cervus v3.0软件对3个三角帆蚌全同胞家系共114个个体进行亲子鉴定,结果显示,使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100%。该三角帆蚌微卫星多重PCR应用于三角帆蚌群体遗传多样性分析、亲子鉴定和家系管理等,可提高工作效率,降低实验成本。     

微卫星标记对中国引进加州鲈养殖群体遗传多样性的分析

为了解我国引进加州鲈养殖群体的种群遗传结构和种质资源现状,本文发展了加州鲈的微卫星标记。用磁珠富集法获得加州鲈微卫星标记267个,设计并合成了85对微卫星引物对加州鲈的基因组进行遗传多样性分析,从中筛选出18对并从网上查询获得3对共21对引物对加州鲈的基因组DNA进行扩增。PCR扩增产物在8%的聚丙烯酰胺凝胶中分离,硝酸银染色,经紫外成像后对电泳条带进行统计分析。计算得到三个群体的平均等位基因数分别为2.3、2.3和2.1;多态信息含量（PIC）为0.0906—0.7480;平均杂合度观测值分别为0.384、0.396和0.356;杂合度期望值为0.375、0.403和0.368。统计结果初步表明3个不同群体平均杂合度处于中等偏低水平,遗传多样性不高。     

引进美洲红点鲑群体遗传多样性微卫星的分析

为了解引进种美洲红点鲑种群遗传结构和种质资源现状,本研究利用15个微卫星标记对其养殖群体遗传多样性进行了分析。结果表明:在30个个体中,15对微卫星引物除1对扩增产物为单态外,其余14对在美洲红点鲑群体内扩增均出现了多态,14个多态性位点等位基因数目为3～7不等,共检测到等位基因数为69个,平均有效等位基因数为3.03;期望杂合度在0.540～0.809之间,平均期望杂合度为0.664;多态信息含量在0.360～0.719之间,平均多态信息含量为0.578,表明引进的美洲红点鲑遗传多样性水平较高,具有良好的选育潜力,可以作为良好的育种材料。     

广西本地鲢和长丰鲢群体遗传多样性分析

本研究采用32个微卫星标记分析广西本地鲢和长丰鲢两个群体的遗传差异,计算并统计其微卫星遗传参数。结果显示:32个微卫星标记广西本地鲢鱼和长丰鲢群体共检测到等位基因119个,其中两群体所共有为88个;平均观测等位基因数为2.937 5和3.406 2;平均有效等位基因数为1.787 3和2.074 7;多态信息含量(PIC)在0～0.727 1和0～0.748 4之间,平均值为0.293 6和0.360 0,表明两个群体的遗传多样性均不高。两群体平均观测杂合度为0.373 9和0.559 7,平均期望杂合度为0.327 1和0.413 3,均表现为本地鲢群体低于长丰鲢群体,说明两个群体的均不高,并且广西本地鲢群体的遗传多样性低于长丰鲢群体;两个鲢鱼群体间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.297 7和0.742 5,表明两个鲢鱼群体间的遗传差异不大。两个群体的遗传分化系数(Fst)在不同微卫星位点间差异明显,平均0.171 7。本研究为广西地方鱼类种质资源保护和利用提供了理论依据。     

三个野生群体日本囊对虾遗传多样性的SSR分析

为了解野生种群日本囊对虾遗传分化和改良遗传育种,用SSR技术对福建厦门(XM)、广东湛江(ZJ)、广西北海(BH)3个地区野生日本囊对虾进行遗传多样性的研究。采用了10对微卫星引物对3个野生种群进行分析,10个微卫星位点在3个种群中均表现为高度的多态性,每个位点平均检测到3.87个等位基因;平均多态信息含量为0.5893;3个群体的观测杂合度分别为0.6243、0.5704、0.4661,全部群体观测杂合度平均为0.5536;期望杂合度分别为0.7193、0.6189、0.6226,全部群体平均期望杂合度为0.6536。这说明3个野生种群在10个微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。基于Nei's遗传距离的聚类分析显示厦门群体和湛江群体的遗传距离较近。     

贵州白香猪两品系微卫星座位的遗传分析

采用24个微卫星标记对贵州白香猪2个品系的遗传变异进行了检测.试验结果表明,2个品系在24个微卫星基因座的平均等位基因、平均期望杂合度、平均多态信息含量和平均近交系数分别为2.1667、2.0417,0.4074、0.4188,0.3436、0.3249和0.5377、0.5605.结果 提示贵州白香猪具有一定的遗传稳定性,已成为一个稳定的遗传群体,符合封闭群动物的遗传特征.     

加系SPF大白猪和长白猪群体遗传学分析

目的研究中国农业科学院哈尔滨兽医研究所从加拿大引进的SPF大白猪和长白猪的遗传学背景。方法实验采用19对微卫星引物对该群体进行群体遗传学分析。结果 19个位点在大白猪群中检测到84个等位基因,长白猪群中检测到89个等位基因。大白猪的平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.5271和0.5877;长白猪的平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.5652和0.6066。由于S0155、S0143、S0178、Sw857和Sw936位点内等位基因大小和含量差异显著(P0.01)可作为大白猪和长白猪品种鉴定的候选位点。F-统计和迁移率分析结果表明,群体内的分化较小,遗传结构稳定。结论引进加系SPF纯种大白猪和长白猪的遗传结构与国内部分纯种大白猪和长白猪相比更为稳定,可作为实验动物模型应用于动物医学和科学研究。