细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

老年类风湿关节炎患者血清25-羟维生素D_3水平与肠道微生态的关系探讨

目的探讨老年类风湿关节炎(RA)患者血清25-羟维生素D_3[25(OH)D_3]水平与肠道微生态的关系。方法回顾性分析2018年8月至2020年4月甘肃中医药大学附属医院风湿骨病科住院收治的83例老年RA患者的临床资料,并选择同期进行体检的80例健康者的体检资料,分别记为A组、B组。对比2组研究对象血清25(OH)D_3水平以及肠道微生物菌群组成;采用Pearson相关性分析,分析老年RA患者血清25(OH)D_3水平与肠道微生物菌群丰富度的相关性。结果 A组患者血清25(OH)D_3水平明显低于B组(t=23.297,P0.05);A组患者肠道微生物菌群Chaol指数、Observed species指数和Shannon指数均低于B组(t=11.258、14.681、22.157,均P0.05);A组患者肠道微生物菌群拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属的相对丰度均高于B组(t=19.472、12.011、27.354、20.304、15.637、24.414,均P0.05),厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度均低于B组(t=10.095、3.663、6.787、12.848、7.786、9.122,均P0.05);RA患者25(OH)D_3水平与厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度呈正相关(r=8.126、8.031、8.415、8.057、8.236、8.467,均P0.05),与拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属呈负相关(r=-7.639、-7.856、-8.135、-8.127、-7.536、-7.865,均P0.05)。结论 RA患者血清25(OH)D_3水平降低,肠道微生物菌群拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属的相对丰度增加,厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度减少,老年RA患者血清25(OH)D_3水平与肠道微生物菌群分布相关。     

基于ITS2高通量测序 研究强直性脊柱炎患者肠道真菌特征

目的探究强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)患者肠道真菌菌群的多样性特征,分析健康人群与AS患者肠道真菌的结构差异。方法收集17例健康人群新鲜粪便样本和24例AS患者新鲜粪便样本,分别称为HC组和AS组,提取两组粪便样本总DNA;根据真菌ITS2区设计引物进行扩增,利用Illumina HiSeq PE250平台进行ITS2高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OTUs(operational taxonomic units)聚类,Alpha和主成分分析,物种组成统计,显著性差异分析,最终得到样本物种信息。结果对肠道真菌菌群进行Alpha分析,各多样性指标中,shannon和observed_species指数差异有统计学意义(P0.05),其余指数差异均无统计学意义,故不能明确两组间多样性的差异。主成分分析提示差异显著。对肠道真菌结构进行分析,门的水平分析显示,担子菌门(Basidiomycota)在HC组和AS组中差异显著,接合菌门(Zygomycota)在两组间差异极显著;纲和属的水平分析显示,Ascomycota_unidentified纲在两组中差异显著,伞菌纲(Agaricomycetes)、Incertae_sedis_10纲、Orbiliomycetes纲差异极显著。Agaricomycetes_unidentified_1属、Amphinema属、Geoglossales_unidentified_1属、腔块菌属(Hydnotrya)差异显著,鹅膏菌属(Amanita)和锁瑚菌属(Clavulina)差异极显著。结论本实验证实了在AS患者中存在肠道真菌菌群失调,其特征是生物多样性和结构的改变,揭示肠道真菌也可能在AS发病中发挥作用。     

不同程度颅脑疾病患者肠道菌群分析

目的 检测不同程度颅脑疾病患者肠道菌群分布情况,探讨患者肠道菌群分布与疾病的关系,为该类患者的治疗提供参考。方法 通过MiSeq PE2x300 bp高通量测序技术对21例重度颅脑损伤患者(G1组,GCS≤8分)和14例轻度颅脑损伤患者(G2组,GCS>8分)粪便样本中细菌的16S rRNA基因V3-V4可变区进行定性分析,并对两组患者肠道菌群进行生物学分类比较、多样性分析和组间物种差异分析。结果 两组患者肠道菌群多样性差异无统计学意义(均P>0.05)。G1组患者肠道厌氧球菌属(Anaerococcus)、埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)数量高于G2组(均P<0.05)。结论 颅脑疾病患者肠道菌群紊乱,其肠道菌群丰度及多样性显著下降,有害菌数量升高,有益菌数量下降。     

基于16S rDNA高通量测序技术对克罗恩病患儿肠道菌群变化的研究

目的研究克罗恩病(Crohn′s disease, CD)儿童和正常人群肠道菌群的分布,寻找与CD发生发展显著相关的菌属结构。方法纳入CD患儿36例和健康儿童21例,CD患儿分为活动期22例、缓解期14例,采用16S rDNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。结果 CD组患儿(活动期与缓解期)肠道菌群丰富度指数、香浓多样性指数较健康儿童组有明显下降,差异有统计学意义(F=8.829 0,P=0.001 0,P=0.004 5;F=8.890 0,P=0.000 3,P=0.035 6)。在门类水平,所有CD患儿肠道菌群的放线菌门数量减少,变形菌门数量增多。在菌属水平,与健康儿童组相比,所有CD组患儿Faecalibacterium相对丰度显著减低,Klebsiella(克雷伯菌属)、Enterococcus(肠球菌属)相对丰度显著升高。活动期CD组Blautia(布劳特菌属)、Bifidobacterium(双歧杆菌属)、Subdoligranulum、Lachnospira(毛螺旋菌属)、Anaerostipes(丁酸弧菌属)、Eubacterium_rectale_group(直肠杆菌属)的相对丰度明显下降。结论 CD患儿肠道菌群结构及相对丰度较健康儿童存在显著差异。肠道菌群结构的异常与儿童CD的发生发展存在相关性。     

基于DNA复合条形码技术的蝗虫肠道共生真菌多样性研究

利用DNA复合条形码技术,研究了11个样本的蝗虫肠道共生真菌的多样性。结果显示:ITS在所研究的物种中鉴定了5门16纲29目40属2786 OTU真菌。肠道真菌群落组成分析结果显示:所有物种肠道真菌类群中含量最高的是木耳菌目和银耳目,其中斑翅蝗科的真菌类群多样性相对最高,斑腿蝗科的真菌类群多样性相对最低,表明各蝗虫肠道之间存在着明显的菌群多样性变化。α多样性分析结果显示:斑翅蝗科的共生真菌群落丰富度和多样性最高,斑腿蝗科的则最低。β多样性分析结果显示:(1)同科的各个种的肠道真菌群落结构差异性较小,不同科的种的肠道真菌群落结构差异性较大;(2)剑角蝗科的肠道真菌群落结构与其他物种的相似性均相对较低,而且在两个不同取样地得到的中华剑角蝗的真菌群落结构相似性也相对较低。聚类分析结果显示:(1)同科的蝗虫肠道真菌首先聚到一起,且群落相似性也相对较高;(2)布勒掷孢酵母属、内疣衣属和外瓶霉属3个属在蝗虫肠道真菌中是优势菌属。     

2型糖尿病与糖尿病肾病患者微炎症及肠道微生物多样性分析

目的分析2型糖尿病(T2DM)及糖尿病肾病(DKD)患者微炎症情况和肠道微生物多样性。方法将2016年4月至2019年7月在我院进行治疗的68例T2DM患者(T2DM组)和57例DKD患者(DKD组)纳入研究,选择同期于我院进行健康体检的36例志愿者作为对照组。收集3组对象一般资料、血液标本和粪便标本,测定血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDLC)、糖化血红蛋白(HbAlc)、空腹血糖(FBG)、超敏C反应蛋白(hsCRP)、白细胞介素6(IL6)水平,并对肠道细菌进行16S rDNA序列测序。比较3组对象一般资料,血液指标,肠道菌群门水平构成情况,肠道菌群多样性,肠道菌属差异性,并对患者炎性指标与菌群种类进行相关性分析。结果DKD组患者糖尿病病程长于T2DM组(P<0.05)。与对照组比较,T2DM组和DKD组患者BMI、舒张压和收缩压增加,TC、TG、LDLC、HbAlc、FBG、hsCRP、IL6水平升高,HDLC水平降低(均P<0.05)。3组对象肠道菌群以厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门为主。T2DM组和DKD组患者拟杆菌门/厚壁菌门、蓝藻菌门及放线菌门比例均低于对照组(均P<0.05)。与对照组比较,T2DM和DKD患者肠道毛螺菌属、罗氏菌属、粪球菌属丰度升高,双歧杆菌属丰度降低(t=34.269 2、23.157 8、3.589 7、12.364 8,P<0.000 1、<0.000 1、=0.012 2、=0.036 1)。DKD组患者毛螺菌属和粪球菌属丰度高于T2DM组(t=65.349 2、13.573 1,P=0.021 3、0.001 3)。T2DM组和DKD组患者血清hsCRP水平与肠道毛螺菌属、瘤胃菌科、粪球菌属、梭杆菌属呈正相关,与红蝽菌科呈负相关;血清IL6水平与瘤胃菌科呈正相关,与红蝽菌科、双歧杆菌属、乳杆菌属呈负相关(均P<0.05)。结论2型糖尿病患者普遍存在微炎症和肠道菌群失衡,微炎症程度与肾脏病变和肠道菌群数量密切相关。T2DM与DKD患者在肠道菌群结构上具有一致性和差异性,肠道菌群检测有可能成为预测T2DM患者发生肾脏病变的风险指标。     

湿疹患儿肠道菌群高通量测序初步探索

目的为了解湿疹患儿肠道菌群的结构与湿疹之间的关系,通过对湿疹患儿和健康儿童粪便样本细菌总DNA提取,利用高通量测序技术,比较健康儿童和湿疹患儿肠道菌群的异同。方法 10例年龄在2个月~2岁婴幼儿由皮肤科门诊确诊为湿疹伴有过敏性疾病家族史作为研究对象,年龄和性别相当健康儿童10例作为对照,分别收集其粪便标本并提取所有样本中细菌的总DNA,对16SrRNA基因进行高通量测序,获得两组的肠道菌群结构数据并进行菌群差异性分析。结果通过Roche 454高通量测序,两组肠道微生物菌群多样性指数比较差异无统计学意义。两组主要由Firmicutes(厚壁菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)、Proteobacteria(变形菌门)和Actinobacteria(放线菌门)4个门组成;两组在门水平上进行菌群结构比较,差异无统计学意义。两组样本在属水平上共获得200个不同属的细菌,其中Bacillus(芽孢杆菌属)、Bilophila(噬胆菌属)、Christensenella(纺锤状细菌属)、Coprobacillus、Eikenella(艾肯菌属)、Enterobacter(肠杆菌属)、Eubacterium(真杆菌属)、Lactococcus(乳球菌属)、Megamonas(巨单胞菌属)、Leuconostoc(明串珠菌属)、Morganella(摩根菌属)、Rhizobacter(根杆菌属)、Proteus(变形菌属)、Sutterella(萨特菌属)、Veillonella(韦荣球菌属)、Akkermansia、Anaeroglobus、Anaerotruncus、Butyricicoccus、Epulopiscium、Gordonibacter、Lachnospiraceae uncultured、Robinsoniella和Varibaculum共24个属在两组间差异具有统计学意义。结论湿疹患儿肠道菌群与健康儿童相比,菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)未见明显差异,但在菌群结构上发生了一些变化,某些特别的细菌菌属存在显著性差异。     

不同程度口源性口臭患者口腔菌群分析CSCD

目的收集不同程度口源性口臭(IOH)患者和健康者的唾液、舌苔、颊黏膜和颚黏膜菌群样本,探讨其口腔菌群组成差异。方法随机选取于2017年6月至2022年6月以口臭为主诉就诊于新疆医科大学第一附属医院门诊的7例IOH患者和于健康管理中心体检的3例健康者,按照口气值分为轻度IOH组(H1组)、中度IOH组(H2组)和口气正常组(C组)。采集3组人群唾液、舌苔、颊黏膜和颚黏膜菌群样本。采用16S rDNA测序对微生物群进行分类比较、多样性分析和组间物种差异分析。结果仅IOH患者唾液菌群多样性明显高于健康者,且H2组高于H1组(P<0.05)。Adonis分析显示,唾液和舌苔菌群组间差异显著(P<0.05),而颊黏膜和颚黏膜菌群组间差异不显著(P>0.05)。属水平上,H1组唾液和舌苔中梭杆菌属(Fusobacterium)相对丰度相比其他两组最高。LEfSe分析显示,H2组唾液中嗜血杆菌属(Haemophilus)和AF12,舌苔中奇异菌属(Atopobium)和巨球型菌属(Megasphaera)为主要优势菌。结论口腔菌群多样性增高可能是口臭加重的早期改变;唾液和舌苔菌群结构变化可能与IOH程度相关;梭杆菌属、嗜血杆菌属、AF12、奇异菌属和巨球型菌属可能是IOH加重的标志菌属。     

冬末春初圈养梅花鹿健康与腹泻个体粪便菌群的比较分析

腹泻是制约梅花鹿(Cervus nippon)养殖发展的主要因素之一，通常与肠道菌群失衡有关，而健康与腹泻梅花鹿个体菌群组成变化尚不清楚。为探究健康与腹泻梅花鹿肠道菌群差异，分析梅花鹿腹泻原因，以圈养雄性梅花鹿为实验对象，采集正常及腹泻梅花鹿粪便共18份，通过16S rRNA基因测序进行比较分析。研究结果表明，腹泻组菌群丰度及多样性较健康组均有所下降。在门至属水平，腹泻组理研菌科(Rikenellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)等有益菌丰度下降，Treponema＿2菌属等促炎菌丰度上升。此外，瘤胃球菌科UCG-014菌属(Ruminococcaceae＿UCG-014)和理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)在健康组中显著富集；疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)在腹泻组显著富集。腹泻梅花鹿与健康梅花鹿粪便菌群组成和多样性存在显著差异，疣微菌门丰度升高可能是导致梅花鹿腹泻的一个原因。     

糖尿病及糖尿病心血管并发症患者肠道菌群的特征

【目的】比较2型糖尿病患者、糖尿病心血管并发症患者与健康人肠道菌群差异,分析肠道菌群与血糖、血脂等临床指标的关联,探讨肠道细菌在2型糖尿病、糖尿病心血管并发症发生、发展中的作用。【方法】招募健康人251例、糖尿病心血管并发症患者160例及糖尿病患者295例,三组各随机选取30例、30例和40例,进行血液生化指标分析和肠道菌群的宏基因组检测。【结果】与健康对照组比较,糖尿病心血管并发症组和2型糖尿病组血清丙氨酸氨基转移酶、碱性磷酸酶、甘油三酯、空腹血糖、胰岛素、糖化血红蛋白指标显著升高(P0.05);糖尿病患者组、糖尿病心血管并发症患者组的肠道菌群α-多样性明显降低,菌群发生改变。健康对照组中大部分优势菌属来自拟杆菌门和厚壁菌门,而糖尿病心血管并发症患者组和糖尿病患者组中大部分优势菌属则来自拟杆菌门、变形菌门和放线菌门。与健康对照组相比,糖尿病心血管并发症患者组和糖尿病患者组中,厚壁菌门比例明显下降,放线菌门和变形菌门比例明显上升。种水平上,空腹血糖与黏膜乳杆菌(Lactobacillus mucosae)、大肠埃希氏菌(Escherichia coli)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)呈正相关,与细枝真杆菌(Eubacterium ramulus)、Roseburia inulinivorans、Roseburia hominis、挑剔真杆菌(Eubacterium eligens)、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcus callidus)呈负相关;低密度脂蛋白胆固醇与嵴链球菌(Streptococcus cristatus)呈正相关,与Lachnospiraceae bacterium_6_1_63FAA和淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylovorus)呈负相关;总胆固醇与血链球菌(Streptococcus sanguinis)呈正相关。【结论】2型糖尿病和糖尿病心血管并发症患者存在明显的糖脂代谢异常和肠道菌群失调,肠道菌群紊乱可能在糖尿病发病、进展过程中发挥重要作用。     

胃癌患者肠道菌群的分布特点分析

目的应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)基因指纹图谱技术,检测胃癌患者肠道菌群的变化情况,探讨肠道菌群与胃癌发生发展的关系。方法选取7例符合临床诊断标准的胃癌患者和相同年龄段的3例健康者的粪便标本,提取粪便总DNA。通过PCR-DGGE技术获得菌群指纹图谱,进行相似性、多样性分析。结果胃癌患者肠道菌群与健康对照组相比,其肠道菌群构成发生显著性变化。其中,条件致病菌唾液乳杆菌、唾液链球菌、大肠埃希菌数量均增加。益生菌直肠真杆菌、Dorea longicatena、柔嫩梭菌群数量均较少。结论胃癌患者肠道菌群的多样性和构成与健康对照相比发生了显著变化,该特点对于胃癌的预测提供了实验依据。     

肝肠胞虫对凡纳滨对虾肠道和肝胰腺菌群的影响

利用16S rRNA高通量测序对比研究了健康对虾和感染肝肠胞虫的发病对虾肠道及肝胰腺菌群的组成、多样性、微生物介导的功能和种间互作间的差异性。结果表明,健康对虾的肠道和肝胰腺细菌群落的多样性高于发病对虾。在属水平上,健康对虾和发病对虾的肠道及肝胰腺中的优势细菌组成及丰度存在明显不同,其中健康对虾肠道中的优势菌属主要为埃希杆菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和海绵菌属(Spongiimonas),而发病对虾肠道中的优势菌属则为希瓦式菌属(Shewanella)、巨球型菌属(Megasphaera)和克雷伯氏菌属(Klebsiella);健康对虾肝胰腺中的优势菌属主要为假单胞菌属(Pseudomonas)和汉氏盐单胞菌(Halomonas),而发病对虾肝胰腺中的优势菌属则为贪铜菌属(Cupriavidus)。Tax4Fun2预测显示,健康对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能分别与发病对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能有明显差异。研究有助于了解肝肠胞虫对凡纳滨对虾肠道及肝胰腺细菌群落的影响,并为凡纳滨对虾的健康管理和养殖提供依据。     

重症肺炎患者肠道菌群特征及其与肠道屏障和免疫细胞的相关性

目的 探讨重症肺炎患者肠道菌群特征及其与肠道屏障和免疫细胞的相关性,为该类患者的治疗提供参考。方法 选择2021年3月至2022年3月在我院治疗的39例重症肺炎患者为研究组,选择同期我院体检中心40例健康体检者作为对照组,分别收集两组对象粪便样本及血液样本(研究组患者标本留取时间为使用抗生素之前),分析两组对象肠道菌群特征并对肠道屏障及免疫细胞相关指标进行检测,分析肠道菌群特征与上述指标之间的相关性。结果 研究组患者二胺氧化酶(DAO)、D-乳酸和内毒素水平均高于对照组(均P<0.05)。研究组患者CD4⁺T及CD8⁺T细胞水平均低于对照组,而CD4⁺T/CD8⁺T高于对照组(均P<0.05)。研究组患者肠道菌群Chao1指数、Ace指数和Shannon指数均低于对照组,而Simpson指数高于对照组(均P<0.05)。对照组患者肠道双歧杆菌属、瘤胃球菌属、假丁酸弧菌属、粪球菌属、毛螺菌属、普氏菌属为优势菌;而研究组对象肠道埃希菌属、肠球菌属、梭杆菌属、葡萄球菌属、粪芽胞菌属为优势...     

山西省东南部地区胃癌患者肠道菌群分布的配对病例对照研究

目的观察胃癌患者肠道菌群的变化,为研究其发病机制和治疗措施提供依据。方法按照1∶1配对原则(年龄、性别、民族、居住地等)在长治某医院根据胃镜检查结果分别选取尚未进行过治疗的10例胃癌患者(胃癌组)和10例健康人群(对照组),面对面调查填写基本信息表,留取粪便样本,采用微生物16S rDNA扩增子测定技术检测粪便菌群,使用QIIME2(2019.4)、R脚本等软件分析人群肠道菌群结构。结果胃癌组与对照组之间,肠道菌群多样性Chao1指数、Shannon指数、Simpson指数、Faith′s PD指数、Pielou′s evenness指数、Observed_species指数和Good′s coverage指数差异均无统计学意义(均P0.05),但距离矩阵与PCoA分析显示2组菌群分布差异存在统计学意义(P0.05)。在门水平上,2组粪便菌群都集中在厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门四类菌门上,胃癌组的变形菌门、梭杆菌门、互养菌门的丰度较对照组明显增加,差异有统计学意义(均P0.05)。在属水平上,胃癌组的乳杆菌属、克雷伯菌属、脱硫弧菌属、瘤胃球菌属的丰度较对照组明显增加,差异有统计学意义(均P0.05)。胃癌组瘤胃球菌科、Gemmiger和毛螺菌属的丰度较对照组明显减少,差异有统计学意义(均P0.05)。结论胃癌患者肠道菌群物种多样性和属的丰度发生了改变。     

不同生境黑老虎根际和内生真菌多样性分析

为探究不同生长条件下黑老虎根际和根部内生真菌群落组成和多样性及其与土壤环境因子的相关性,该文应用Illumina高通量测序方法对贵州3个不同生境下黑老虎根际和根部内生真菌进行了研究。结果表明:(1)3种生境下,根际土壤真菌OTU数量(3 867)远多于根部内生真菌(801),其中根际土壤真菌共有的OTU为72个,共注释到5个门、49个属,大多为子囊菌门; 属水平上被孢霉属、外瓶柄霉属、 柱孢属占比较高; 根部内生真菌共有的OTU为14个,共注释到2个门、11个属,子囊菌门(13个,占比92.9%)占绝对优势,属水平上被孢霉属、外瓶柄霉属、 柱孢属和丛赤壳属占比最高; 所有样本中,共有的OTU仅为6个,注释到2个门、5个属,子囊菌门(5个,占比83.3%)为优势门; 在属水平上,占比最高的为外瓶柄霉属(2个,33.3%),其余分别为被孢霉属、柱孢属和丛赤壳属 。Alpha多样性分析表明,根际土壤的真菌群落多样性和丰富度均显著高于根部内生真菌,而野生生境的真菌多样性高于栽培生境。(2)在门水平上,3个生境下主要内生真菌类群均为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota),占总菌群的88.28%; 在属水平上,不同生境条件下,根际和根部内生真菌群落结构差异明显; 栽培生境下,根部内生真菌菌群具有一定的偏好性,而野生生境下,根部内生真菌菌群均匀度更高; FUNGuild真菌群落功能预测显示,栽培生境下的病理-腐生营养型(pathotroph-saprotroph)在根部内生真菌中占比较高,而野生生境下的腐生营养型(saprotroph)及共生营养型(symbiotroph)占比较高。(3)土壤环境因子对根部内生真菌和根际真菌的影响方式不同,其中土壤总钾(TK)和土壤总磷(TP)与黑老虎根部内生真菌香农指数和辛普森指数显著正相关,而土壤有机质(SOM)、总氮(TN)和速效氮(AN)与黑老虎根际土壤真菌Ace指数和Chao1指数显著正相关。综上表明,土壤有机质、总氮、速效氮是影响黑老虎根际土壤真菌群落的主要土壤环境因子。     

老年2型糖尿病早期肾病患者肠道菌群多样性

目的探讨老年2型糖尿病早期肾病患者肠道菌群的多样性。方法选取2018年1月至2019年10月我院收治的47例2型糖尿病早期肾脏并发症患者(糖尿病肾病组)和53例2型糖尿病无并发症患者(2型糖尿病组)作为研究对象,另将同期在我院行体检的42例健康者作为对照组,采集3组对象粪便标本,提取并扩增粪便样本中细菌的16S rDNA,利用高通量测序技术对16S rDNA进行测序,进行可操作分类单元(OTU)划分,并对比分析各样本的Alpha多样性及菌群门类组成。结果糖尿病肾病组独有的OTU有441个,2型糖尿病组独有的OTU有708个,对照组独有的OTU有559个,3组共有的OTU有1 847个。3组对象肠道菌群Ace、Chao1、Simpson和Shannon等指数相比差异均无统计学意义(均P0.05)。糖尿病肾病组、2型糖尿病组、对照组对象肠道菌群Ace指数和Chao1指数依次升高,糖尿病肾病组和2型糖尿病组患者Simpson指数和Shannon指数均低于对照组(均P0.05)。3组对象肠道菌群主要组成门类为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和拟杆菌门。糖尿病肾病组、2型糖尿病组、对照组对象肠道厚壁菌门与拟杆菌门的比值依次升高。结论老年2型糖尿病早期肾病患者的肠道菌群多样性下降,肠道菌群失调可能与2型糖尿病肾病的发生发展存在一定的关系。     

血液恶性肿瘤患者肠道菌群分析

目的将血液恶性肿瘤患者肠道菌群与健康个体进行比较,观察血液肿瘤患者肠道菌群结构的变化,探讨肠道菌群与血液恶性肿瘤发生发展的联系。方法收集血液恶性肿瘤患者与健康志愿者粪便样品,提取样品中菌群总DNA,然后通过变性凝胶梯度电泳(DGGE)技术分析肠道菌群多样性和差异性。结果血液恶性肿瘤组与健康组肠道菌群的DGGE指纹图谱有明显差异。与正常组相比,患者组肠道大肠埃希菌呈现过度增长趋势,有益菌柔嫩梭菌减少或缺失,某些患者肠道内一些细菌呈现特异性增长,如粪肠球菌、硫磺肠球菌、约氏不动杆菌等。结论与健康对照组相比,血液恶性肿瘤患者肠道菌群结构与多样性发生改变,这可能为血液恶性肿瘤早期抗感染提供实验依据。     

基于高通量测序的精神分裂症患者 肠道菌群多样性

目的探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法收集16例精神分裂症患者(schizophrenia,Sch)与18例健康者(healthy donor,HD)的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16SrRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。结果精神分裂症患者组肠道菌群在门、纲、目、科、属、种、分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs)水平的群落种类数目少于健康对照组。Alpha多样性指标中患者组的Ace指数(226.58±31.67)、Chao1指数(222.29±34.45)和Shannon指数(2.66±0.69)明显低于健康对照组(293.63±56.07、302.2±57.99、3.59±0.36),差异均有统计学意义(Ps0.001),而Simpson指数(0.20±0.17)明显高于健康对照组(0.07±0.03),差异有统计学意义(P0.01);Beta多样性分析显示两组研究对象肠道菌群样本可被鉴别区分。精神分裂症患者组与健康对照组样本在门和属水平上肠道菌群组成和含量有差异,其中患者组拟杆菌门和软壁菌门占比明显低于健康组,差异有统计学意义(21.76%vs.27.05%,P=0.008;0.00%vs.0.20%,P=0.033),而放线菌门明显高于健康组(13.52%vs.2.88%,P=0.020),差异有统计学意义;患者组拟杆菌属和柔嫩梭菌属占比明显低于健康组(9.15%vs.20.60%,P=0.031;3.29%vs.9.58%,P=0.005),差异有统计学意义,而双歧杆菌属、普雷沃菌属和巨单胞菌属明显高于健康组(10.89%vs.1.78%,P=0.025;10.88%vs.1.98%,P=0.046;10.78%vs.2.69%,P=0.026),差异有统计学意义。结论基于16SrRNA的高通量测序有助于分析精神分裂症患者肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与精神分裂症的关系提供新的思路和理论依据。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘患者肠道菌群的变化

目的 运用16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群变化的特征。方法 纳入60例STC患者和健康志愿者20例,留取新鲜粪便样本,冰块运送至实验室并存放于-80度冰箱,应用16S rRNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。结果 测序后共得到1 702 004 524条有效序列,样本序列平均有效长度为414.1 bp,总样本平均序列条数为2 127 505.7条。与对照组比较,STC患者肠道菌群丰度指数Ace指数、Chao指数和肠道菌群多样性指数Shannon指数下降(P<0.05),肠道菌群多样性指数Simpson指数显著升高(P<0.05)。在门水平上,STC组以拟杆菌门、放线菌门为主,正常对照组以厚壁菌门为主。在属水平上,STC组以拟杆菌属(Bacteroides)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、巨单胞菌属(Megamonas)为主,正常对照组以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、布劳特...