茶籽皂苷对高脂血症大鼠肠道菌群的影响研究

本实验旨在研究茶籽皂苷对高脂血症大鼠肠道菌群的影响。60只雄性Wistar大鼠适应性喂养1周后随机分为正常组(10只,C组)和造模组(50只)。C组饲喂基础饲料,造模组饲喂高脂饲料。造模成功后,将造模组大鼠按体重随机分为模型对照组(H组)、阳性对照组(P组)、茶籽皂苷高、中、低剂量组(TSH组、TSM组、TSL组),并进行灌胃。灌胃4周后,用16S rRNA测序技术检测茶籽皂苷对肠道菌群的影响。结果显示:与C组相比,H组大鼠肠道菌群的丰度和多样性显著降低,其群落结构从门到属均发生显著变化。灌胃茶籽皂苷后,肠道菌群的丰度以及从门到属的群落结构也均得到有效调节,有益菌群相对丰度提升,致病菌群得到抑制。结果表明茶籽皂苷对由高脂饲料诱发的高脂血症大鼠的肠道菌群起到正向调节作用。     

乌鲁木齐市3~5岁儿童口腔微生物与肠道微生物的构成差异

目的探索乌鲁木齐市3～5岁儿童口腔微生物与肠道微生物的菌群构成及多样性等差异。方法从本团队前期流行病学调查的乌鲁木齐市3～5岁儿童中,按调查时间顺序随机抽取12名儿童。分别收集唾液及粪便样本共计24份,分为口腔微生物组和肠道微生物组。利用16S V3-V4区设计引物来进行PCR扩增,使用MiSeq测序仪进行二代测序,比较两组的微生物构成及多样性差异。结果门水平上:放线菌门(t=5.98,P0.001)、变形菌门(z=20.0,P=0.005)、TM7(z=78.0,P0.001)在口腔中丰度较高;厚壁菌门(z=134.0,P0.001)在肠道中丰度较高。厚壁菌门/拟杆菌门的值在肠道中较大(z=113.0,P=0.017)。属水平上:罗斯菌属、普雷沃菌属、链球菌属为口腔中丰度较高的菌属;粪杆菌属、Ruminococcaceae、拟杆菌属为肠道中丰度较高的菌属(P0.001)。奈瑟菌属、卟啉单胞菌属等仅存在于口腔中。Catenibacterium、肠杆菌属等仅存在于肠道中。菌群功能显示:在细胞运动(z=136.0,P0.001)、碳水化合物代谢(t=-4.71,P0.001)等方面表现出肠道组占优势;在遗传信息的翻译(t=8.17,P0.001)、神经退行性疾病(z=78.0,P0.001)等方面表现出口腔组占优势。结论放线菌门、变形菌门、TM7在口腔中丰度较高;厚壁菌门在肠道中丰度较高。口腔和肠道微生物在菌群功能上差异较大。奈瑟菌属、卟啉单胞菌属、Catenibacterium等可能为某些全身系统性疾病的标志性菌属。     

妊娠期合并甲状腺功能减退患者肠道菌群的研究

目的 探究妊娠期甲状腺功能减退患者肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法 选择2018年12月至2019年12月于大连大学附属中山医院住院分娩的妊娠期甲状腺功能减退患者8例为甲减组,选择同期健康妊娠期妇女14例为对照组。收集两组对象孕晚期粪便样本,采用16S rRNA测序法对其肠道菌群进行分析。结果 两组对象肠道菌群构成存在明显差异,甲减组患者肠道菌群Simpson指数显著降低(t=-2.093,P=0.023),Ace指数(t=-2.025,P=0.003)及Chao1指数(t=-1.922,P=0.022)较对照组显著升高。与对照组相比,甲减组患者肠道厚壁菌门的丰度增高,变形菌门和放线菌门的丰度降低;在属水平上,甲减组患者肠道Dialister、Blautia、unidentified_Ruminococcaceae、unidentified_Enterobacteriaceae和Subdoligranulum丰度增加,Bifidobacterium、Phascolarctobacterium和Streptococcus丰度降低。结论 ...     

采用高通量测序技术 研究抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3-V4区进行高通量测序,并对测序的结果进行生物信息学分析。结果高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高(t=-2.71,P=0.026;t=-2.30,P0.05);分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低(t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037),理研菌属极显著降低(t=3.79,P=0.005)。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高(均P0.05);梭杆菌属、泛菌属极显著升高(t=-3.19,P=0.013;t=-3.50,P=0.008);分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低(t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048)。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。     

老年类风湿关节炎患者血清25-羟维生素D_3水平与肠道微生态的关系探讨

目的探讨老年类风湿关节炎(RA)患者血清25-羟维生素D_3[25(OH)D_3]水平与肠道微生态的关系。方法回顾性分析2018年8月至2020年4月甘肃中医药大学附属医院风湿骨病科住院收治的83例老年RA患者的临床资料,并选择同期进行体检的80例健康者的体检资料,分别记为A组、B组。对比2组研究对象血清25(OH)D_3水平以及肠道微生物菌群组成;采用Pearson相关性分析,分析老年RA患者血清25(OH)D_3水平与肠道微生物菌群丰富度的相关性。结果 A组患者血清25(OH)D_3水平明显低于B组(t=23.297,P0.05);A组患者肠道微生物菌群Chaol指数、Observed species指数和Shannon指数均低于B组(t=11.258、14.681、22.157,均P0.05);A组患者肠道微生物菌群拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属的相对丰度均高于B组(t=19.472、12.011、27.354、20.304、15.637、24.414,均P0.05),厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度均低于B组(t=10.095、3.663、6.787、12.848、7.786、9.122,均P0.05);RA患者25(OH)D_3水平与厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度呈正相关(r=8.126、8.031、8.415、8.057、8.236、8.467,均P0.05),与拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属呈负相关(r=-7.639、-7.856、-8.135、-8.127、-7.536、-7.865,均P0.05)。结论 RA患者血清25(OH)D_3水平降低,肠道微生物菌群拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属的相对丰度增加,厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度减少,老年RA患者血清25(OH)D_3水平与肠道微生物菌群分布相关。     

山西省东南部地区胃癌患者肠道菌群分布的配对病例对照研究

目的观察胃癌患者肠道菌群的变化,为研究其发病机制和治疗措施提供依据。方法按照1∶1配对原则(年龄、性别、民族、居住地等)在长治某医院根据胃镜检查结果分别选取尚未进行过治疗的10例胃癌患者(胃癌组)和10例健康人群(对照组),面对面调查填写基本信息表,留取粪便样本,采用微生物16S rDNA扩增子测定技术检测粪便菌群,使用QIIME2(2019.4)、R脚本等软件分析人群肠道菌群结构。结果胃癌组与对照组之间,肠道菌群多样性Chao1指数、Shannon指数、Simpson指数、Faith′s PD指数、Pielou′s evenness指数、Observed_species指数和Good′s coverage指数差异均无统计学意义(均P0.05),但距离矩阵与PCoA分析显示2组菌群分布差异存在统计学意义(P0.05)。在门水平上,2组粪便菌群都集中在厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门四类菌门上,胃癌组的变形菌门、梭杆菌门、互养菌门的丰度较对照组明显增加,差异有统计学意义(均P0.05)。在属水平上,胃癌组的乳杆菌属、克雷伯菌属、脱硫弧菌属、瘤胃球菌属的丰度较对照组明显增加,差异有统计学意义(均P0.05)。胃癌组瘤胃球菌科、Gemmiger和毛螺菌属的丰度较对照组明显减少,差异有统计学意义(均P0.05)。结论胃癌患者肠道菌群物种多样性和属的丰度发生了改变。     

内毒素血症对新生鼠肠道菌群的影响

目的 利用高通量测序技术分析内毒素血症新生鼠肠道菌群的变化,探究肠道菌群与内毒素血症的关系,为临床诊治提供思路。方法 复制新生大鼠内毒素损伤模型,注射LPS后第24小时、第3天、第7天分别处死新生大鼠,留取粪便并将对照组(C1组6只、C3组5只、C7组7只)和LPS组(L1组5只、L3组5只、L7组5只)按处死天数各分为3组。高通量测序分析各组间菌群多样性及相对丰度差异。结果 (1)Alpha多样性分析提示对照组和LPS组菌群多样性及丰度有显著差异,C3组较L3组Shannon指数均值小(t=-3.386 8,P=0.009 5),Simpson指数均值大(t=3.102 4,P=0.014 6);C7组较L7组Shannon指数均值大(t=2.459 4,P=0.033 7),Simpson指数均值小(t=-2.475 6,P=0.032 8)。(2)物种组成分析表明LPS组的菌群结构发生改变,在门水平LPS组较对照组变形菌门相对丰度高,厚壁菌门相对丰度低;在属水平上LPS组较对照组埃希菌-志贺菌属相对丰度高,乳杆菌属相对丰度低;且随着天数的递增LPS组埃希菌-志贺菌属呈递增趋势,红...     

冬末春初圈养梅花鹿健康与腹泻个体粪便菌群的比较分析

腹泻是制约梅花鹿(Cervus nippon)养殖发展的主要因素之一，通常与肠道菌群失衡有关，而健康与腹泻梅花鹿个体菌群组成变化尚不清楚。为探究健康与腹泻梅花鹿肠道菌群差异，分析梅花鹿腹泻原因，以圈养雄性梅花鹿为实验对象，采集正常及腹泻梅花鹿粪便共18份，通过16S rRNA基因测序进行比较分析。研究结果表明，腹泻组菌群丰度及多样性较健康组均有所下降。在门至属水平，腹泻组理研菌科(Rikenellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)等有益菌丰度下降，Treponema＿2菌属等促炎菌丰度上升。此外，瘤胃球菌科UCG-014菌属(Ruminococcaceae＿UCG-014)和理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)在健康组中显著富集；疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)在腹泻组显著富集。腹泻梅花鹿与健康梅花鹿粪便菌群组成和多样性存在显著差异，疣微菌门丰度升高可能是导致梅花鹿腹泻的一个原因。     

基于高通量测序的不同年龄恒河猴肠道菌群结构差异分析

目的观察不同年龄恒河猴肠道菌群结构和丰度的变化。方法 50只恒河猴,分为成年(5～10岁)、老年(10岁以上)2组,其中成年组33只,老年组17只。采集动物的新鲜直肠粪便,提取DNA后使用Illumina高通量测序平台对样本中细菌16S rDNA-V3区进行测序,定量分析肠道菌群的结构和丰度。结果老年组和成年组获得的优化序列数差异无显著性(P> 0.05)。α-多样性分析,老年组恒河猴肠道菌群的Chao1指数(P=0.0174)、Simpson指数(P=0.0258)、ACE指数(P=0.0121)与成年组比较降低,Shannon指数与成年组比较升高(P=0.0132)。老年组与成年组相比,在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高(P=0.0013),厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、粘胶球形菌门(Lentisphaerae)相对丰度降低(P=0.0283,P=0.0002,P=0.0482,P=0.0242)。在科水平,Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),Ruminococcaceae、Clostridiales、Spirochaetaceae、Christensenellaceae相对丰度降低(P=0.0039,P=0.0080,P=0.0002,P=0.0021)。在属水平,老年组unidentified_Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),乳杆菌属(Lactobacillus)、八迭球菌(Sarcina)、unidentified_Spirochaetaceae相对丰度降低(P=0.0114,P=0.0227,P=0.0028)。β-多样性分析,老年组肠道菌群与成年组分布在不同区域,差异有显著性(P=0.003)。LEfSe分析,在成年组,链球菌属(Streptococcus)、布赫纳氏菌属(buchnera)、乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标记物。结论恒河猴肠道菌群的结构随年龄增长而改变。丰度降低,多样性增高。     

不同性别和生长阶段对克氏原螯虾肠道菌群多样性的影响

为研究性别和生长阶段对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群的影响,实验对来自虾塘的雌雄成虾肠道样品及来自实验室养殖的幼虾和成虾的肠道样品进行了16S rRNA高通量测序分析。结果表明,不同性别间克氏原螯虾肠道菌群的多样性和功能均没有显著性差异(独立样本t检验:P>0.05),其优势菌群在门水平上均包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等;属水平上包括拟杆菌属(Bacteroidia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、梭菌属(Clostridium)和柠檬酸杆菌属(Citrobacter)等;但各优势菌群在个体间的丰度差异较大,且在成虾阶段趋于保守,属肠道常驻菌群。幼虾肠道菌群的Alpha多样性显著高于成虾(独立样本t检验:P<0.05)。在门水平上,优势菌群较为一致,包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门(Actinobacteria)。成虾厚壁菌门与拟杆菌门的比例高于幼虾,表明成虾分解食物和吸收营养的潜力更强。在属水平上,成虾和幼虾肠道中均存在大量的黄杆菌属(F...     

IgA肾病患者与健康人肠道菌群的比较

目的通过16S rRNA高通量基因测序方法对IgA肾病患者与健康人的肠道菌群进行比较。方法纳入生活于同一地区的40例IgA肾病患者与10例健康人,收集研究对象的新鲜粪便样本,提取粪便细菌总DNA,通过PCR扩增后上机测序,然后进行可操作分类单元聚类、物种分类分析及Alpha多样性分析、Beta多样性分析,最后比较两组之间的肠道菌群差异。结果与健康人相比,IgA肾病患者肠道菌群丰富度指数(Ace、Chao1)下降(u=2.308,P=0.033;u=2.259,P=0.039),多样性指数(Shannon、Simpson)升高(u=5.370,P0.001;u=4.601,P=0.007);相对丰度方面,IgA肾病患者的厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门细菌数量增加(t=2.301,P=0.037;t=6.729,P=0.005;t=5.285,P=0.006),而变形菌门细菌数量减少(t=4.138,P=0.009);拟杆菌属、链球菌属细菌数量增加(t=9.037,P=0.003;t=6.001,P=0.008),而unidentified_Enterobacteriaceae数量减少(t=2.198,P=0.033)。PCoA图提示两组肠道菌群有显著差异。LDA差异贡献分析发现两组之间共有15个物种存在显著差异,其中造成显著差异影响力最大的5个物种依次是γ-变形菌纲、unidentified_Enterobacteriaceae、肠杆菌科、肠杆菌目、变形菌门(t=9.930,P=0.002;t=2.198,P=0.033;t=2.604,P=0.015;t=2.393,P=0.021;t=4.138,P=0.009),它们刚好落在同一个进化树上,在IgA肾病组的相对丰度显著降低。结论 IgA肾病患者存在肠道菌群失调,显著减少的肠杆菌科的未知属可能是IgA肾病的特征菌,其对机体免疫的影响及在IgA肾病发生发展中的作用尚不清楚,进一步研究可能为IgA肾病的防治提供新的靶点。     

不同分娩方式对晚期早产儿肠道菌群的影响

目的 探讨不同分娩方式对晚期早产儿肠道菌群定植的影响。方法 以胎龄(周)为34~(0/7)～36~(6/7)的15例晚期早产儿为研究对象,根据分娩方式分为自然分娩组(n=8)和剖宫产组(n=7)。收集早产儿出生后3 d、7 d、14 d的粪便标本,应用高通量测序技术对细菌16S rRNA可变区中的V4区进行测序,分析肠道菌群多样性及组成结构。结果 (1)自然分娩组晚期早产儿粪便标本菌群多样性指数逐渐上升,剖宫产组的多样性指数较平稳,两组相比差异无统计学意义;(2)45份粪便标本中共检测出10个菌门,均以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门为优势菌门,两组晚期早产儿生后变形菌门、拟杆菌门所占比例逐渐降低,厚壁菌门、放线菌门呈增多趋势。两组相比,剖宫产组7 d、14 d时拟杆菌门的相对丰度显著低于自然分娩组(Z=-2.896,P=0.004;Z=-2.120,P=0.040),变形菌门相对丰度仅在7 d时显著高于自然分娩组(Z=-2.190,P=0.030);(3)两组研究对象中,除自然分娩组14 d时以双歧杆菌属为优势菌属外,余下均以肠杆菌属为优势菌属。相比于自然分娩组,在7 d时剖宫产组拟杆菌属所占比例显著降低(Z=-2.806,P=0.005),肠杆菌属所占比例显著升高(Z=-2.199,P=0.030)。结论 剖宫产能显著影响婴儿早期肠道菌群的定植,降低肠道中早期拟杆菌的水平。     

不同健康状况百岁老人肠道菌群的差异性

目的 探索广西不同健康状况百岁老人肠道菌群的特征。方法 采用1∶1病例对照研究方法,在广西长寿地区按年龄收集不同健康状况的21对百岁老人粪便和血样标本,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;使用标准量表测量身体机能和认知功能（MMSE）,测定血生化指标,采用16S rRNA的V4–V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。结果 非健康组百岁老人较健康组百岁老人肠道菌群丰度和多样性显著降低（t=3.987、 4.000、 3.703,均P<0.001）;健康组百岁老人肠道菌群中蓝藻菌门（Cyanobacteria）、黏胶球形菌门（Lentisphaerae）丰度显著高于非健康组,拟杆菌门（Bacteroidetes）丰度显著低于非健康组;健康组百岁老人肠道菌群中别样杆菌属（Alistipes）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、气味细菌属（Odoribacter）、厌氧菌属（Anaerotruncus）、丁酸单胞菌属（Butyricimonas）丰度显著高于非健康组;非健康组百岁老人肠道菌群中拟杆菌纲（Bacteroidia）、拟杆菌目（Bacteroidales）、拟杆菌种...     

链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群变化

目的观察链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群结构和丰度的变化。方法雄性SD大鼠25只,随机分为对照组(C)10只、模型组(M)15只。模型组腹腔注射3%的STZ,剂量30 mg/(kg·bw),连续5 d。成模后每月测量体重、血糖等指标。模型成立4周和12周时,分别在同一时间取各组大鼠的新鲜直肠粪便。在Illumina高通量测序平台上对粪便样本中细菌16S r DNA-V3区进行测序,对肠道菌群结构、丰度进行定量分析。结果模型组和对照组获得的优化序列数差异无显著性(P0.05)。模型组动物肠道菌群的相对丰度指数(Chao1)、多样性指数Shannon与对照组比较降低(P0.05),Simpson指数与对照组比较升高(P0.05)。在门水平,变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、TM7、放线菌门(Actinobacter)相对丰度降低(P0.05)。在属水平,造模4周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度降低(P0.05);拟杆菌属(Bacteroides)相对丰度升高(P0.05)。造模12周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)相对丰度升高(P0.05);双歧杆菌属(Bifidobacterium)相对丰度降低(P0.05)。结论 STZ诱导的SD大鼠糖尿病动物肠道菌群的丰度和多样性降低,为糖尿病与肠道菌群关系研究提供参考。     

喂养方式对西安地区0～2个月婴儿肠道菌群的影响

目的 探讨母乳和混合喂养方式对西安地区婴儿肠道菌群的影响。方法 收集24例0～2月龄西安地区健康婴儿粪便样本,根据婴儿的喂养方式,将样本分为母乳喂养组（17例）和以奶粉为主的混合喂养组（7例）。利用16S rRNA基因测序技术对不同喂养方式的婴儿肠道菌群进行测序,比较不同喂养方式对婴儿肠道菌群多样性和菌群差异的影响。结果 母乳喂养组婴儿粪便样本Ace指数和Chao1指数显著高于混合喂养组（t=4.886, P<0.05; t=6.855, P<0.05）, Shannon指数显著低于混合喂养组（t=2.126,P<0.05）。门水平上,2组样本均以放线菌门、厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门为主,但比例存在差异。相比混合喂养组,母乳喂养组婴儿粪便样本放线菌门和拟杆菌门丰度显著升高（U=6,P<0.05;U=0,P<0.05）,厚壁菌门和变形菌门丰度显著降低（U=24,P<0.05;U=16,P<0.05）。属水平上,母乳喂养组婴儿粪便样本双歧杆菌相对丰度（72.04%）显著升高,同时发现罗氏菌属和葡萄球菌属相对丰度也高于混合喂养组（U=17,P<...     

胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征

目的研究胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群的变化特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取2017年2月至2020年2月于我院接受治疗的96例胃癌患者为观察组,另外选取同期我院健康体检者90例为对照组,收集两组对象唾液样本和粪便样本,其中观察组患者需收集化疗前及化疗后两个时间点的样本。采用16S rRNA基因高通量测序法检测菌群构成,分析两组对象组间及观察组患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征。结果化疗前,观察组患者唾液样本、粪便样本菌群Simpson指数、Shannon指数、厚壁菌门、拟杆菌门丰富度与对照组比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。化疗前,观察组患者唾液样本及粪便样本中放线菌门丰富度显著高于对照组,变形菌门丰富度显著低于对照组(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中厚壁菌门、放线菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著下降,拟杆菌门丰富度显著上升(均P<0.05);同时粪便样本中厚壁菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著上升,拟杆菌门、放线菌门丰富度显著下降(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中韦荣球菌属、罗氏菌属、普氏菌属丰富度较化疗前显著增加,放线菌属、链球菌属、奈瑟菌属、粪梭杆菌属丰度显著下降(均P<0.05);同时粪便样本中链球菌属、肠志贺菌属、乳杆菌属丰富度较化疗前显著增加,粪梭杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属丰富度显著下降(均P<0.05)。结论化疗对胃癌患者口腔菌群及肠道菌群构成有一定程度影响,患者口腔菌群中韦荣球菌属丰度上升,而肠道中正常菌群的生长受抑制。     

峨眉山与黄山藏酋猴肠道菌群组成的比较

峨眉山和黄山都是我国著名的藏酋猴Macaca thibetana生态旅游地,对两地藏酋猴肠道微生物群落结构的比较研究,有助于了解不同生境、不同旅游管理方式对野生灵长类动物的影响。本研究对峨眉山藏酋猴M. t.thibetana肠道微生物16S rRNA基因进行测序,并与黄山藏酋猴M. t. huangshanensis肠道微生物的群落结构进行了比较。结果显示,两地藏酋猴肠道菌群有大量共有的可操作分类单元,而群落组成和多样性方面存在较大差异。峨眉山藏酋猴肠道菌群的优势门类为厚壁菌门Firmicutes(69. 04%±11. 81%)、拟杆菌门Bacteroidetes(21. 59%±10. 05%)和放线菌门Actinobacteria (2. 73%±2. 17%);黄山藏酋猴为厚壁菌门(46. 34%±8. 15%)、拟杆菌门(36. 75%±6. 38%)和变形菌门Proteobacteria(14. 91%±8. 06%)。在属级水平上,峨眉山藏酋猴肠道丰度最高的为颤螺菌属Oscillospira(23. 49%±16. 63%),黄山藏酋猴为普氏菌属Prevotella(36. 35%±9. 15%)。在群落多样性方面,黄山藏酋猴α多样性指数显著低于峨眉山,且两者的菌群结构也产生了显著分化。PICRUSt功能富集分析显示,峨眉山藏酋猴在脂类代谢、外源化学物的降解与代谢等通路显著富集,而黄山藏酋猴在多糖的合成与代谢等通路显著富集。研究还发现峨眉山藏酋猴肠道存在一定丰度的传染性致病菌,这可能与峨眉山的生态旅游有关。     

WHBE兔与日本大耳白兔腹泻型肠易激综合征模型的肠道菌群研究

目的比较分析WHBE兔和日本大耳白(Japanese white rabbit,JW)兔腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)模型肠道菌群的差异性。方法 WHBE兔和JW兔各16只,按品系随机分为两组,即正常对照(NC)组和IBS模型组,每组8只。采用湿热应激复合番泻叶方法建立腹泻型IBS兔模型,观察实验兔的腹围指数、粪便含水量、结肠转运功能,处死后分别取结肠组织和结肠内容物进行病理组织学观察和肠道菌群多样性分析。结果与NC组比,IBS模型兔均出现腹围指数和粪便含水量增加,结肠转运时间缩短,但结肠组织未见病理性改变;同时IBS模型兔Shannon指数和Chao1指数均显著下降(P0.05)。根据OTU分类分析的结果,厚壁菌门和拟杆菌门为兔肠道菌群的绝对优势菌群。与NC组比较,WHBE兔IBS模型组厚壁菌门、疣微菌门、绿弯菌门、Akk菌属、链球菌属均明显下降(P0.05,P0.01),拟杆菌门和rc4-4菌属丰度显著上升(P0.05,P0.01);而JW兔IBS模型组优杆菌属和罕见小球菌属均显著上升(P0.05),乳酸杆菌属、粪杆菌属、韦荣球菌属和链球菌属均显著下降(P0.05)。与JW兔NC组比,WHBE兔NC组厚壁菌门、Odoribacter菌属、韦荣球菌属、链球菌属、颤螺旋菌属、Pseudoflavonifractor菌属较低(P0.05,P0.01),拟杆菌门、疣微菌门、优杆菌属、粪杆菌属、Akk菌属较高(P0.05,P0.01)。与JW兔IBS模型组比,WHBE兔IBS模型rc4-4菌属、粪杆菌属、梭菌属的丰度较高(P0.05,P0.01),而厚壁菌门、多尔氏菌属、粪球菌属和罕见小球菌属的丰度则较低(P0.05,P0.01)。结论 IBS模型兔存在肠道菌群失调,导致菌群多样性降低;WHBE兔和JW兔IBS模型肠道菌群变化均具有其自身的特点,且具有明显的差异性。     

适量摄入白兰地对健康大鼠肠道菌群的影响

目的探讨适量摄入白兰地对健康大鼠生理功能及肠道菌群的影响。方法将15只雄性SD大鼠分为对照组(n=7)和白兰地组(n=8),分别以自来水和白兰地进行灌胃,剂量为3.3 mL/kg。灌胃8周后,测定大鼠体质量、体质量增长率、肝脏指数、肝脏抗氧化酶和血清生化指标,并观察肝脏病理切片。灌胃结束时,收集大鼠新鲜粪便样本,应用Illumina-MiSeq测序平台进行16S rRNA基因V3-V4区测序,分析其肠道微生物群落结构、丰富度、多样性及组间差异,同时,对大鼠肠道微生物与生理指标之间的相关性进行分析。结果白兰地组大鼠体质量、进食量、总蛋白、白蛋白、球蛋白、尿素、肌酐/尿素和高密度脂蛋白胆固醇均显著低于对照组(t=2.856、1.152、4.144、4.320、3.393、3.495、3.666、2.223,均P0.05),且两组肝脏病理切片均未见病理改变。在门水平上,两组大鼠肠道菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、Candidatus-Saccharibacteria和放线菌门(Actinobacteria)组成,而白兰地组大鼠中放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度显著低于对照组(P0.05),螺旋体门(Spirochaetes)的相对丰度显著高于对照组(P0.05);在属水平上,白兰地组大鼠肠道中Saccharibacteria_genera_incertae_sedis的相对丰度显著低于对照组(P0.05)。LEfSe分析显示,螺旋体门(Spirochaetes)、螺旋体科(Spirochaetaceae)、Lactobacillus_johnsonii_F19785、双歧杆菌属(Bifidobacterium)是引起两组肠道菌群差异的主要菌群。与生理指标的相关性分析显示,体质量增长量与Odoribacter和另枝菌属(Alistipes)呈负相关[r=-(0.571～0.566),P0.05],乳杆菌属(Lactobacillus)与低密度脂蛋白胆固醇呈负相关(r=-0.722,P0.05),罗斯菌属(Roseburia)与胆固醇和高密度脂蛋白胆固醇呈正相关(r=0.555～0.621,P0.05),总蛋白与韦荣球菌属(Veillonella)和罗氏菌属(Rothia)呈正相关(r=0.637～0.643,P0.05),双歧杆菌属(Bifidobacterium)与血清生化检测中的尿素、总蛋白和球蛋白呈正相关(r=0.606～0.653,P0.05),与肌酐呈负相关(r=-0.612,P0.05)。结论摄入白兰地对健康SD大鼠生长发育未产生不良影响,也未对大鼠肝脏和肾脏造成损伤,但可显著减缓大鼠体质量增长,且对大鼠某些肠道菌群的丰富度和组成产生一定的影响。     

圈养食叶猴的肠道菌群特征

目的 充分认识圈养食叶猴的肠道菌群组成特征,为饲养管理方法的改进提供参考依据。方法 通过MiSeq高通量测序平台对3个物种的19个个体[黑叶猴(n=5)、川金丝猴(n=9)和西非黑白疣猴(n=5)]的肠道菌群16S rRNA V4-V5区进行测序和分析。结果 食叶猴肠道菌群以厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,瘤胃菌科、普氏菌科、理研菌科和毛螺菌科为优势菌科,普氏菌属、密螺旋体属和瘤胃球菌属为优势菌属;食叶猴物种间肠道菌群组成存在显著差异,肠道菌群按照宿主物种聚类,而不受环境因素的影响。结论 宿主物种是决定肠道微生物组成的重要因素,食叶猴肠道菌群特征反映了宿主对其食性的适应。