采用高通量测序技术 研究抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3-V4区进行高通量测序,并对测序的结果进行生物信息学分析。结果高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高(t=-2.71,P=0.026;t=-2.30,P0.05);分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低(t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037),理研菌属极显著降低(t=3.79,P=0.005)。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高(均P0.05);梭杆菌属、泛菌属极显著升高(t=-3.19,P=0.013;t=-3.50,P=0.008);分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低(t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048)。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

喂养方式对西安地区0～2个月婴儿肠道菌群的影响

目的 探讨母乳和混合喂养方式对西安地区婴儿肠道菌群的影响。方法 收集24例0～2月龄西安地区健康婴儿粪便样本,根据婴儿的喂养方式,将样本分为母乳喂养组（17例）和以奶粉为主的混合喂养组（7例）。利用16S rRNA基因测序技术对不同喂养方式的婴儿肠道菌群进行测序,比较不同喂养方式对婴儿肠道菌群多样性和菌群差异的影响。结果 母乳喂养组婴儿粪便样本Ace指数和Chao1指数显著高于混合喂养组（t=4.886, P<0.05; t=6.855, P<0.05）, Shannon指数显著低于混合喂养组（t=2.126,P<0.05）。门水平上,2组样本均以放线菌门、厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门为主,但比例存在差异。相比混合喂养组,母乳喂养组婴儿粪便样本放线菌门和拟杆菌门丰度显著升高（U=6,P<0.05;U=0,P<0.05）,厚壁菌门和变形菌门丰度显著降低（U=24,P<0.05;U=16,P<0.05）。属水平上,母乳喂养组婴儿粪便样本双歧杆菌相对丰度（72.04%）显著升高,同时发现罗氏菌属和葡萄球菌属相对丰度也高于混合喂养组（U=17,P<...     

健康与腹泻林麝肠道菌群的多态性

目的分析圈养状态下正常林麝和腹泻林麝粪便菌群的组成差异,找到能够影响肠道总菌群稳态的标志菌,为减少林麝腹泻提供防治新策略。方法测序分析54只健康林麝(正常组)和18只有腹泻症状的林麝(腹泻组)肠道菌群总DNA中16S rRNA基因V3-V4区,注释微生物种类和数量。计算Chao1、Ace、Shannon和Simpson等多样性指数,进行聚类分析。结果正常组和腹泻组之间共有的可操作分类单元(OTUs)2 366个,正常组特有的OTUs 409个,腹泻组特有的OTUs 150个。按组计算α多样性指数,结果表明腹泻组Chao1指数(1 352.766±75.497,t=10.798 7,P0.000 1)、Ace指数(1 381.480±75.937,t=11.037 5,P0.000 1)均高于正常组(1 126.655±81.090,1 149.175±81.370),Shannon指数(6.839±0.546,t=1.810 3,P=0.053 0)、Simpson指数(0.937±0.041,t=3.644 4,P0.000 1)均低正常组(7.097±0.448,0.974±0.025)。通过Wilcoxon秩和检验,MRPP分析计算比较值A为0.072 4,组间差异大于组内差异(Significance=0.01),差异有统计学意义。2组门水平上比较,找到5个差异物种,分别为拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、放线菌门(Actinobacteria)、广古菌门(Euryarchaeota)和黑水仙菌门(Melainabacteria)。属分类水平上,找到差异物种23个,其中有代表性的物种为拟杆菌属(Bacteroides)、另枝菌属(Alistipes)、不动杆菌属(Agathobacter)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、根瘤菌属(Rhizobiaceae)和黄金杆菌属(Chryseobacterium)。结论腹泻发生时,林麝的肠道菌群丰富度和多样性有所下降,菌群总量显著增加。拟杆菌门物种丰富度极显著性减少的同时,作为潜在致病菌标志的变形菌门(Proteobacteria)比例上升,Chryseobacterium数量极显著升高,研究结果丰富了对林麝腹泻基于肠道菌群变化的认识。     

链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群变化

目的观察链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群结构和丰度的变化。方法雄性SD大鼠25只,随机分为对照组(C)10只、模型组(M)15只。模型组腹腔注射3%的STZ,剂量30 mg/(kg·bw),连续5 d。成模后每月测量体重、血糖等指标。模型成立4周和12周时,分别在同一时间取各组大鼠的新鲜直肠粪便。在Illumina高通量测序平台上对粪便样本中细菌16S r DNA-V3区进行测序,对肠道菌群结构、丰度进行定量分析。结果模型组和对照组获得的优化序列数差异无显著性(P0.05)。模型组动物肠道菌群的相对丰度指数(Chao1)、多样性指数Shannon与对照组比较降低(P0.05),Simpson指数与对照组比较升高(P0.05)。在门水平,变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、TM7、放线菌门(Actinobacter)相对丰度降低(P0.05)。在属水平,造模4周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度降低(P0.05);拟杆菌属(Bacteroides)相对丰度升高(P0.05)。造模12周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)相对丰度升高(P0.05);双歧杆菌属(Bifidobacterium)相对丰度降低(P0.05)。结论 STZ诱导的SD大鼠糖尿病动物肠道菌群的丰度和多样性降低,为糖尿病与肠道菌群关系研究提供参考。     

高龄孕早期阴道菌群改变及其与自然流产的关系探讨

目的 探讨高龄孕早期阴道菌群改变及其与自然流产的关系。方法 将214例高龄孕早期孕妇、214例健康普查的同年龄段妇女、214例年龄<35岁的孕早期孕妇分别设为A组、B组、C组。检测阴道菌群属水平相对丰度、密集度、多样性等情况。随访至妊娠结束,记录A组、C组自然流产率。分析高龄孕早期孕妇自然流产的影响因素。结果 A组乳酸杆菌属、普雷沃菌属相对丰度低于B组和C组（P<0.001）,奇异菌属、加德纳菌属相对丰度高于B组和C组（P<0.001）。A组阴道菌群密集度Ⅰ级/Ⅳ级、Chao指数、Shannon-Wiener指数高于B组和C组（P<0.05）。A组自然流产率为25.2%,流产组奇异菌属、加德纳菌属相对丰度高于未流产组（P<0.05）,乳酸杆菌属、普雷沃菌属相对丰度低于未流产组（P<0.05）,密集度Ⅰ/Ⅳ级、Chao指数、Shannon-Wiener指数高于未流产组（P<0.05）。A组自然流产者奇异菌属、加德纳菌属相对丰度高于C组自然流产者（P<0.05）,乳酸杆菌属、普雷沃菌属相对丰度低于C组自然流产者（P<0.05）,密集度Ⅰ...     

沙门菌感染后0至5岁婴幼儿肠道微生物群落

目的比较0至5岁沙门菌感染和健康婴幼儿的肠道菌群分布特点,研究沙门菌感染导致的婴幼儿肠道菌群微生态失调情况,为腹泻病的发病机制和防治提供微生态学理论依据。方法采集9例沙门菌腹泻婴幼儿(腹泻组)与11例健康婴幼儿(健康组)的粪便样本,通过16S扩增子测序分析肠道菌群的多样性,并比较2组样本的群落结构差异,研究沙门菌对婴幼儿肠道微生态的影响。结果腹泻组婴幼儿粪便样本的Shannon指数显著低于健康组(2.261 1 vs 4.069 9,t=-4.892 0,P=0.001 0),Simpson指数也显著低于健康组(0.562 9 vs 0.873 3,t=-3.721 0,P=0.006 0)。腹泻组婴幼儿粪便样本的变形菌门(Proteobacteria)丰富度显著高于健康组(t=0.035 7,P=0.009 2),而厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)丰富度显著低于健康组(t=0.115 4,P=0.044 6;t=0.035 7,P=0.007 0)。腹泻组婴幼儿粪便样本的人类疾病(human diseases)功能的基因丰富度显著高于健康组(t=0.131 5,P=0.026 0),而新陈代谢(metabolism)功能和生物体系统(organismal systems)功能的基因丰富度显著低于健康组(t=0.099 1,P=0.009 8;t=0.142 9,P=0.046 3)。结论沙门菌降低了婴幼儿肠道菌群的多样性,改变了肠道菌群的群落结构,并调控机体功能的基因表达。细菌性腹泻与病原菌侵袭、肠道微生态失衡及机体功能密切相关。     

早产儿肠道菌群检测及其与脑损伤的关系CSCD

目的 对早产儿肠道菌群进行检测,并分析肠道菌群与早产儿脑损伤的关系。方法 选取2018年1月至2020年1月本院产科分娩的174例早产儿(胎龄≤34周)为研究对象,所有早产儿均于纠正胎龄40周时行颅脑MRI和早产儿肠道菌群检测,根据早产儿是否发生脑损伤,分为无脑损伤组(136例)和脑损伤组(38例)。分析无脑损伤早产儿和脑损伤早产儿的肠道菌群相对丰度、菌群物种丰富度(Chao1指数)及菌群群落多样性(Shannon指数)的差异,采用Pearson秩相关性法分析早产儿的肠道菌群相对丰度、Chao1指数、Shannon指数与脑损伤程度相关性。结果 脑损伤组早产儿的脑组织TMS评分(13.42分±1.03分)低于无脑损伤组(17.91分±1.81分),差异有统计学意义(t=19.724,P=0.000 1)。脑损伤组早产儿的双歧杆菌属丰度比(23.63%±1.24%)、乳杆菌属丰度比(16.58%±0.94%)、乳球菌属丰度比(15.73%±0.89%)和拟杆菌属丰度比(8.78%±0.64%)均低于无脑损伤组早产儿(28.43%±1.34%,22.43%±1.27%,17.81%±1.10%,9.81%±0.69%),差异均有统计学意义(t=27.163、16.871、20.764、26.917,均P<0.000 1),脑损伤组早产儿的链球菌属丰度比(13.92%±0.84%)、沙门菌属丰度比(5.74%±0.51%)、瓦氏菌属丰度比(4.86%±0.29%)、梭菌属丰度比(6.74%±0.54%)和葡萄球菌属丰度比(8.52%±0.60%)均高于无脑损伤组早产儿(5.81%±0.37%,4.28%±0.32%,3.94%±0.22%,2.18%±0.19%,1.98%±0.16%),差异均有统计学意义(t=34.261、22.914、19.084、24.807、27.043,均P<0.000 1)。脑损伤组早产儿的肠道菌群Chao1指数(281.55±17.71)和Shannon指数(2.74±0.32)均低于无脑损伤组早产儿(397.43±21.58,3.98±0.49),差异均有统计学意义(t=36.812、17.949,均P<0.000 1)。脑组织TMS评分与双歧杆菌属丰度比(r=-0.843)、乳杆菌属丰度比(r=-0.782)、乳球菌属丰度比(r=-0.815)、拟杆菌属丰度比(r=-0.708)、肠道菌群Chao1指数(r=-0.742)和肠道菌群Shannon指数(r=-0.743)呈负相关,与链球菌属丰度比(r=0.871)、沙门菌属丰度比(r=0.903)、瓦氏菌属丰度比(r=0.791)、梭菌属丰度比(r=0.782)和葡萄球菌属丰度比(r=0.793)呈正相关。结论 早产儿的脑损伤发生率仍然较高,与早产儿肠道菌群相对丰度、菌群物种丰富度和菌群群落多样性均有密切的相关性。     

基于高通量测序的不同年龄恒河猴肠道菌群结构差异分析

目的观察不同年龄恒河猴肠道菌群结构和丰度的变化。方法 50只恒河猴,分为成年(5～10岁)、老年(10岁以上)2组,其中成年组33只,老年组17只。采集动物的新鲜直肠粪便,提取DNA后使用Illumina高通量测序平台对样本中细菌16S rDNA-V3区进行测序,定量分析肠道菌群的结构和丰度。结果老年组和成年组获得的优化序列数差异无显著性(P> 0.05)。α-多样性分析,老年组恒河猴肠道菌群的Chao1指数(P=0.0174)、Simpson指数(P=0.0258)、ACE指数(P=0.0121)与成年组比较降低,Shannon指数与成年组比较升高(P=0.0132)。老年组与成年组相比,在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高(P=0.0013),厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、粘胶球形菌门(Lentisphaerae)相对丰度降低(P=0.0283,P=0.0002,P=0.0482,P=0.0242)。在科水平,Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),Ruminococcaceae、Clostridiales、Spirochaetaceae、Christensenellaceae相对丰度降低(P=0.0039,P=0.0080,P=0.0002,P=0.0021)。在属水平,老年组unidentified_Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),乳杆菌属(Lactobacillus)、八迭球菌(Sarcina)、unidentified_Spirochaetaceae相对丰度降低(P=0.0114,P=0.0227,P=0.0028)。β-多样性分析,老年组肠道菌群与成年组分布在不同区域,差异有显著性(P=0.003)。LEfSe分析,在成年组,链球菌属(Streptococcus)、布赫纳氏菌属(buchnera)、乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标记物。结论恒河猴肠道菌群的结构随年龄增长而改变。丰度降低,多样性增高。     

脱氧胆酸钠诱导型慢性胃炎大鼠肠道菌群结构分析CSCD

目的 探讨脱氧胆酸钠诱导型慢性胃炎Wistar大鼠肠道菌群结构的变化。方法 将40只SPF级Wistar雄性大鼠随机分为对照组(CG组)和模型组(MG组),每组20只;MG组以20 mmol/L脱氧胆酸钠[2 mL/(只·d)]、60%的乙醇[1 mL/(只·3 d)]灌胃以及0.03%和0.05%氨水日常饮用,同时联合饥饱失常(2 d饱食1 d禁食),持续处理12周后,解剖大鼠,裸眼和H&E染色观察胃组织病理学变化;采用高通量测序和生物信息学技术分析肠道菌群结构和多样性改变。结果 与CG组大鼠比较,裸眼观察,MG组胃腔扩张,壁变薄,皱襞少而浅,胃黏膜略显苍白、色浅;H&E染色表明,胃黏膜腺体扩张,排列稀疏紊乱,上皮细胞排列不规则,伴坏死脱落,胃小凹结构破坏。Alpha多样性分析显示,Chao1、Ace和Shannon指数显著降低,Simpson指数显著升高,差异有统计学意义(t=11.217 3、10.615 2、7.981 8、12.684 9,均P<0.001)。从门水平而言,MG组大鼠肠道菌群中Actinobacteria(t=2.318 7,P=0.031 7)、Cyanobacteria(t=1.169 6,P=0.256 6)、Proteobacteria(t=2.178 6,P=0.042 2)、Firmicutes(t=0.329 8,P=0.745 1)和Verrucomicrobia(t=1.190 1,P=0.248 6)细菌数量增加;Bacteroidetes(t=1.918 4,P=0.070 2)、Patescibacteria(t=0.135 8,P=0.893 4)和Tenericutes(t=1.419 9,P=0.171 8)细菌数量下降。从属水平而言,MG组大鼠肠道菌群Firmicutes中的Eubacterium oxidoreducens group, Proteobacteria中的Aliihoeflea、Proteus,Actinobacteria中的Eggerthellaceae;nclassified的相对丰度较CG组增高(t=2.232 9,P=0.037 8;t=3.020 8,P=0.007 0;t=2.286 1,P=0.033 9;t=2.330 7,P=0.030 9);Firmicutes中的Eubacterium xylanophilum group、Acetitomaculum、Lachnospiraceae NC2004 group、Globicatella、Anaerovorax、Lachnospiraceae A2和Lachnoclostridium 5,Proteobacteria中的Citrobacter的相对丰度低于CG组(t=3.101 0,P=0.005 8;t=2.620 3,P=0.016 8;t=2.509 6,P=0.021 3;t=2.498 3,P=0.021 8;t=2.417 5,P=0.025 8;t=2.339 5,P=0.030 3;t=2.315 1,P=0.031 9;t=2.158 2,P=0.043 9)。结论 脱氧胆酸钠、乙醇、氨水和饥饱失常联合的慢性胃炎建模法可引起Wistar大鼠肠道菌群结构发生改变。     

MRSA感染性创面菌群结构分析

目的探究耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染性创面与创面旁菌种组成的差异并寻找可能的有益菌,为从皮肤微生态角度治疗MRSA感染性创面提供理论依据。方法采集湖南省人民医院MRSA感染性创面及创面旁的皮肤样本,其中创面部位样本22份为D组,创面旁样本11份为N组,提取样本DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区测序并进行生物信息学分析。结果根据Alpha多样性分析,D组的Chao1指数、Ace指数和Shannon指数明显低于N组(Z=62, P=0.023 8；Z=66, P=0.035 9；Z=30, P=0.000 2),而Simpson指数明显高于N组(Z=211, P=0.000 3)。Beta多样性分析显示2组皮肤菌群组成具有差异,表明分组合理(R=0.584 3、0.467 3, P=0.001 0)。D组葡萄球菌属(Staphylococcus)及韦荣球菌属(Veillonella)丰度显著性升高(Z=213, P=0.000 5；Z=48.5, P=0.004 8),其他常驻菌群均下降。N组的乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度均值较D组高(Z=38, P=0.000 8)。结论MRSA感染性创面的菌群结构较创面旁组具有一定变化,Lactobacillus为皮肤有益菌,可能对创面的恢复有益。     

妊娠期合并甲状腺功能减退患者肠道菌群的研究

目的 探究妊娠期甲状腺功能减退患者肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法 选择2018年12月至2019年12月于大连大学附属中山医院住院分娩的妊娠期甲状腺功能减退患者8例为甲减组,选择同期健康妊娠期妇女14例为对照组。收集两组对象孕晚期粪便样本,采用16S rRNA测序法对其肠道菌群进行分析。结果 两组对象肠道菌群构成存在明显差异,甲减组患者肠道菌群Simpson指数显著降低(t=-2.093,P=0.023),Ace指数(t=-2.025,P=0.003)及Chao1指数(t=-1.922,P=0.022)较对照组显著升高。与对照组相比,甲减组患者肠道厚壁菌门的丰度增高,变形菌门和放线菌门的丰度降低;在属水平上,甲减组患者肠道Dialister、Blautia、unidentified_Ruminococcaceae、unidentified_Enterobacteriaceae和Subdoligranulum丰度增加,Bifidobacterium、Phascolarctobacterium和Streptococcus丰度降低。结论 ...     

食积大鼠肠道菌群结构与胃肠动力的关系

目的探讨高热量饮食对食积大鼠胃肠动力和肠道菌群的影响。方法 SPF级KM小鼠和SD大鼠各20只(雌雄各半),KM小鼠和SD大鼠均随机分为正常组和食积组(每组10只)。每天固定时间称量小鼠体质量,处死后进行胃排空、肠推进和D-木糖试验;大鼠胃窦和十二指肠进行病理学检查;大鼠盲肠菌群进行高通量测序。结果与正常小鼠相比,食积大鼠体质量增长缓慢,胃肠动力显著下降;高热量饮食并未造成大鼠病理性改变;但食积大鼠Observed-species、Chao1、Simpson和Shannon指数显著下降(均P0.05),PCoA和LEfSe分析结果显示食积大鼠肠道菌群结构发生显著变化;食积组布劳特菌属、脱硫弧菌属、真杆菌属、红蝽菌属和梭菌属相对丰度显著降低(均P0.05),Akkermansia和醋弧菌属相对丰度显著上升(均P0.05)。结论高热量饮食诱导食积大鼠胃肠动力下降和肠道菌群失衡,为胃肠动力和肠道菌群关系研究提供参考。     

应用糖皮质激素进行鼻腔冲洗对慢性鼻窦炎患者鼻腔菌群多样性和生物膜的影响

目的分析应用糖皮质激素进行鼻腔冲洗对慢性鼻窦炎(CRS)患者鼻腔菌群多样性及生物膜的影响。方法将2018年1月至2018年6月于我院治疗的40例慢性鼻窦炎患者随机分成两组,每组各20例,一组给予0.9%氯化钠注射液进行鼻腔冲洗(NS组),另一组给予0.9%氯化钠注射液及布地奈德进行鼻腔冲洗(NS+BUD组),对两组患者治疗前后的菌群结构差异、多样性及细菌生物膜生成情况进行比较。结果治疗前两组患者菌群多样性指标(Chao1指数、Ace指数、Simpson指数及Shannon指数)比较,差异均无统计学意义(均P0.05),治疗后两组患者的Chao1指数、Ace指数及Shannon指数均明显下降(均P0.05),且NS+BUD组患者明显低于NS组(t=3.130,3.867,2.587;均P0.05),而Simpson指数较前明显升高,且NS+BUD组明显高于NS组(t=2.095,P=0.043)。治疗后两组患者组内鼻腔粘膜菌群群落结构发生明显变化,组间部分菌群群落重叠,但仍有明显差异。且治疗后两组患者细菌生物膜的定性及定量分析均较前下降,但NS组患者细菌生物膜的定性及定量分析均明显高于NS+BUD组(均P0.05)。结论应用糖皮质激素对慢性鼻窦炎患者进行鼻腔冲洗可降低患者鼻腔微生物多样性,减少菌群的异常增殖,降低主要致病菌的生物膜表达,提高临床疗效。     

英夫利昔单抗联合酪酸梭菌对克罗恩病炎症及肠屏障的影响

目的观察英夫利昔单抗(IFX)联合酪酸梭菌对克罗恩病(CD)患者炎症及肠屏障功能的影响。方法共纳入44例轻至中度CD患者随机分组,剔除3例,剩余观察组21例及对照组20例。对照组给予IFX治疗(第0,2, 6,14 , 22 和30周,5 mg/kg,注射一次),观察组在此基础上口服酪酸梭菌(40 mg,一天三次),疗程30周。评估治疗后两组患者肠屏障功能、炎症活动指数及肠道菌群的差异。结果治疗后两组克罗恩病炎症活动指数(CDAI)、C反应蛋白(CRP)、血沉(ERP)及血内毒素水平、尿乳果糖/甘露醇(L/M)比值均比治疗前明显下降(P<0.05),且观察组炎症指数显著低于对照组(P<0.05),观察组内毒素及尿L/M比值的下降较对照组明显(P<0.05)。治疗后观察组的菌群Shannon指数和Simpson指数均明显高于对照组(P<0.05)。在门水平,与对照组比较,观察组变形菌门(Proteobacteria)的丰度明显降低,拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度明显升高(P<0.05);在属水平,观察组埃希菌属/志贺菌属(Escherichia/Shigella)丰度明显降低(P<0.05),阿利斯特杆菌属(Dialister)、相位弧菌属(Phascolarctobacterium)、粪杆菌属(Faecalibacterium)等丰度升高(P<0.05)。通过LEfSe分析发现观察组特征性菌群为梭菌纲(c_Clostridia)、梭菌目(o_Clostridiales)、瘤胃球菌科(f_Ruminococcaceae)、g_Erysipelotrichaceae incertae sedis、纺锤链杆属(g_Fusicatenibacter)、柯林斯菌(g_Collinsella)、摩根氏菌属(g_Morganella)、红蝽杆菌目(o_Coriobacteriales)、红蝽菌科(f_Coriobacteriaceae)、丹毒丝菌纲(c_Erysipelotrichia)、韦荣球菌科(f_Erysipelotrichaceae)和丹毒丝菌目(o_Erysipelotrichales),对照组为颗粒链菌属(g_Granulicatella)、肉杆菌科(f_Carnobacteriaceae)。结论IFX联合酪酸梭菌可有效改善轻中度CD患者的菌群及肠黏膜屏障功能,并且可降低克罗恩病患者的炎症活动指数。     

链球菌与香菇多糖联用对PM_(2.5)暴露肺癌小鼠呼吸道菌群的影响CSCD

目的观察潜在益生菌链球菌C17、D19株与香菇多糖联合应用对PM_(2.5)暴露肺癌荷瘤小鼠呼吸道菌群多样性的影响。方法尾静脉注射A549细胞悬液构建荷瘤SCID小鼠模型,气管滴注40μL 20mg/mL的PM_(2.5)溶液,每周1次,持续4周。实验组(LS组)给予链球菌C17、D19株混合菌液喷雾给药,每周2次,同时腹腔注射3mg/kg香菇多糖。对照组(PM组)仅喷雾生理盐水。比较组(LE组)喷雾生理盐水同时给予香菇多糖。全部小鼠均持续处理4周。利用高通量测序对咽拭子样本中的菌群进行16SrDNA序列检测,进行OTU统计、物种组成分析、指示物种分析、Alpha多样性分析、Beta多样性分析。结果PM组小鼠OTU数量大于LE组、LS组。各组主要优势菌为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、蓝细菌门、拟杆菌门。与PM组比较,LE组(t=3.2064,P=0.0071)、LS组(t=3.4061,P=0.0098)放线菌门丰度增加显著,LE组蓝细菌门丰度减少显著(t=2.7316,P=0.0340)。属水平上,LS组与LE组各优势菌属总丰度显著高于PM组。与PM组比较,LS组小鼠呼吸道嗜气杆菌属(t=7.1686,P=0.0008)和普雷沃菌属(t=2.2702,P=0.0230)丰度显著增加,LE组嗜气杆菌属(t=2.5238,P=0.0429)、加德纳菌属(t=2.4720,P=0.0445)、奇异菌属(t=4.8123,P=0.0030)、弧菌属(t=2.4597,P=0.0210)、普雷沃菌属(t=2.6076,P=0.0319)丰度差异显著。种水平上,与PM组比较,LS组小鼠呼吸道酸性链球菌(t=2.4456,P=0.0450)、Rodentibacter_heylii(t=7.1686,P=0.0008)增加显著,LE组普雷沃菌(t=2.2751,P=0.0462)、Rodentibacter_heylii(t=2.5238,P=0.0340)增加显著。Alpha多样性分析显示,LE组与PM组间、LS组与PM组间菌群Chao指数(t=2.3867,P=0.0388;t=5.8780,P=0.0006),Ace指数(t=2.8267,P=0.0192;t=6.1316,P=0.0009)差异有统计学意义。Beta多样性分析显示,LS组与PM组间(t=2.9994,P=0.0056)、LE组与PM组间(t=4.8938,P<0.0001)OTU水平比较差异有统计学意义。结论潜在益生菌C17、D19株与香菇多糖联合应用可调节PM_(2.5)暴露肺癌小鼠呼吸道的菌群多样性。     

过敏性紫癜合并肺炎支原体感染患儿呼吸道菌群多样性与补体C3、C4及免疫指标的相关性

目的 研究儿童过敏性紫癜(HSP)合并肺炎支原体(MP)感染患儿呼吸道菌群多样性与补体C3、C4及免疫指标的相关性。方法 选择2017年3月至2020年3月于我院接受治疗的HSP患儿96例,其中48例合并MP感染的患儿设为合并MP组,48例未合并MP感染的患儿设为HSP组。另外选择同期我院健康体检儿童45例为对照组。比较3组对象呼吸道菌群多样性,血清免疫球蛋白IgG、IgA、IgM、IgE及补体C3、C4水平,并分析呼吸道菌群多样性与免疫指标间的相关性。结果 合并MP组患儿呼吸道菌群Simpson指数显著高于对照组,Shannon指数显著小于对照组(均P<0.05)。HSP组患儿呼吸道菌群Simpson指数及Shannon指数与对照比较差异无统计学意义(均P>0.05)。合并MP组患儿血清IgA水平较对照组显著上升,IgM水平显著下降;HSP组患儿血清IgA、IgE水平较对照组显著上升;合并MP组患儿血清IgE、IgM水平显著低于HSP组(均P<0.05);而3组对象血清IgG水平比较差异无统计学意义(均P>0.05)。合并MP组和HSP组患儿血清补体C3水平显...     

红花多糖对肠道微生态失调小鼠肠黏膜sIgA、血浆内毒素和肠道菌群的影响

目的研究红花多糖对肠道微生态失调小鼠的调节作用,探讨红花多糖改善微生态失调与肠黏膜免疫、血浆内毒素及肠道菌群的关系。方法应用盐酸林可霉素灌胃建立肠道微生态失调小鼠模型,然后用红花多糖进行治疗,同时设正常对照组(n=5)、自然恢复组(n=5)和丽珠肠乐组(n=5)。于给药7 d后处死小鼠,进行肠黏膜sIgA、血浆内毒素的检测,以及采用16S rRNA测序技术,对肠道菌群进行群落结构和多样性分析。结果给药治疗后,小鼠肠黏膜sIgA水平升高(F=3.990 0,P=0.009 0),血浆内毒素水平降低(F=3.866 0,P=0.010 0);基因测序结果显示红花多糖组和丽珠肠乐组菌群丰度与多样性均有提升,并能显著增加小鼠肠道菌群中毛螺菌属(t=2.602 8,P=0.009 2)、粪球菌属(t=4.551 0,P<0.000 1)、真杆菌属(t=2.378 6,P=0.017 3)、萨特菌属(t=6.244 9,P<0.000 1)等的相对比例,减少副拟杆菌属的含量(t=-4.635 1,P<0.000 1)。结论红花多糖可能通过提高小鼠肠黏膜sIgA含量,抑制血浆内毒素...     

IgE介导牛乳蛋白过敏婴幼儿肠道菌群改变初探

目的 应用高通量测序技术探讨IgE介导的牛乳蛋白过敏(cow′s milk protein allergy, CMA)婴幼儿肠道菌群结构和组成的变化。方法 回顾性分析2012年6月-2013年6月入组食物过敏患儿,选择出IgE介导的CMA(IgE-CMA)患儿4例,非IgE介导的CMA(non-IgE-CMA)患儿4例,采集粪便样本进行454焦磷酸测序分析,血清样本进行细胞因子检测。结果 与non-IgE-CMA患儿相比较,IgE-CMA患儿肠道菌群多样性Shannon指数(t=-2.996,P=0.010)和Simpson指数(t=-1.786,P=0.036)显著改变,菌群多样性下降,菌群丰富度指数ACE(t=0.406,P=0.021)显著升高。β-多样性PCA分析可显著区分两组,提示IgE-CMA患儿肠道菌群发生显著改变。LEfSe组成差异分析发现肠道菌群中硬壁菌门和拟杆菌门的改变与CMA的不同表型无关,IgE-CMA婴儿中链球菌、肠球菌、鞘氨醇单胞菌、双歧杆菌、罗思氏菌属、红球菌和梭菌属第Ⅺ簇等减少,而厌氧杆菌和狭义梭菌属增加,可用于鉴别诊断CMA表型。结论 IgE可决定CM...     

阴道菌群与女性不孕症的相关性

摘要：目的 探索阴道菌群结构与女性不孕症的相关性。方法 选择2018年4月于南京市东南大学附属中大医院生殖中心新确诊的15例不孕患者作为不孕组,同期体检的15例有生育史的健康育龄妇女为对照组。两组研究对象均填写统一的调查问卷,并于阴道后穹窿处采集阴道拭子。提取样本总基因组DNA,对16S rRNA基因V3?V4区高通量测序,通过生物信息学分析,比较两组对象阴道菌群结构差异。结果 不孕组和对照组研究对象的阴道菌群α多样性差异无统计学意义。β多样性箱型图及偏最小二乘法判别分析均显示两组菌群结构差异有统计学意义（P<0.05）。不孕组乳杆菌属的相对丰度（81.28%）显著低于对照组（98.63%）（t=1.712,P=0.049）;而纤毛菌属的相对丰度高于对照组,差异有统计学意义（t=2.513,P=0.009）。不孕组加德纳菌属、奇异菌属、普氏菌属和气球菌属相对丰度较对照组增加,但差异无统计学意义（P>0.05）。结论 不孕女性与正常有生育史女性阴道菌群结构存在差异,主要表现为乳杆菌属相对丰度的降低。这种改变可能影响受孕环境,从而成为女性不孕的原因之一。