番茄花叶病毒外壳蛋白基因及3‘端非编码区的克隆,序列分析及其表达

根据已报道的番茄花叶病毒Ｌ株系序列人工合成引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增并克隆了我国番茄花叶病毒分离物的外壳蛋白ＣＰ基因及３‘端非编码我。序列测量结果表明,所得ｃＤＮＡ共长６８２个核苷酸,其中ＣＰ基因含４８０个核苷酸,编码１５８个氨基酸,３’端非编码区含２０２个核苷酸,其核苷酸序列与ＴｏＭＶ－Ｌ株系具有９９．５％的同源率。     

甘蔗花叶病毒3‘末端基因的克隆及外壳蛋白序列分析比较

选取我国SCMV优势株系A株系的分离物SCMV－CA为材料,经过病毒和病毒RNA的提纯,反转录获得病毒cDNA,并克隆到载体pUC19的SmaⅠ位点上,筛选得到多个重组质粒,选取其中一个克隆SCMV－CA54进行测序,得到一个全长为1296bp的苷酸序列,这段序列由一个长为1044bp的开放阅读框架（ORF）和一个长279bp的3‘末端非编码区序列（3‘-UTR)及poly（A）尾巴组成。这个ORF包括病毒完整的外壳蛋白（CP）及部分核内含体蛋白（b(NIb）基因序列,将所得序列同已知SCMV亚组中各株系分离物的核苷酸和氨基酸进行同源性比较,结果表明该序列与其它株系分离的CP核苷酸序列的同源性介于63.7％－77.6％之间,氨基酸的同源性介于64％－89％之间。根据马玲薯Y病毒属的序列同源性划分标准,SCMV－CA与其它株系或分离物的同源性关系均介于种与株系进分标准之间,这是我国首次报道SCMV CP基因序列。     

番茄花叶病毒外壳蛋白基因及3′端非编码区的克隆、序列分析及其表达

根据已报道的番茄花叶病毒Ｌ株系（ＴｏＭＶＬ）序列人工合成引物,经ＲＴＰＣＲ扩增并克隆了我国番茄花叶病毒分离物（ＴｏＭＶＳ１）的外壳蛋白ＣＰ基因及３′端非编码区。序列测定结果表明,所得ｃＤＮＡ共长６８２个核苷酸,其中ＣＰ基因含４８０个核苷酸,编码１５８个氨基酸,３′端非编码区含２０２个核苷酸,其核苷酸序列与ＴｏＭＶＬ株系具有９９．５％的同源率。将该基因片段克隆到ｐＧＥＭＥＸ１载体中,转入Ｅ．ｃｏｌｉ后诱导表达,经Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔ检测证明,该基因已在大肠杆菌中正确表达。这是我国首次报道ＴｏＭＶＣＰ基因序列。     

甘蔗花叶病毒3’末端基因的克隆及外壳蛋白序列分析比较

选取我国SCMV优势株系A株系的分离物SCMV-CA为材料,经过病毒和病毒RNA的提纯,反转录获得病毒cDNA,并克隆到载体pUC19的SmaI位点上,筛选得到多个重组质粒。选取其中一个克隆SCMV-CA54进行测序,得到一个全长为1296 bp的核苷酸序列。这段序列由一个长为1044 bp的开放阅读框架（ORF）和一个长279 bp的3’末端非编码区序列（3'-UTR）及poly(A)尾巴组成。这个ORF包括病毒完整的外壳蛋白（CP）及部分核内含体蛋白b（NIb）基因序列。将所得序列同已知SCMV亚组中各株系分离物的核苷酸和氨基酸进行同源性比较,结果表明该序列与其它株系分离物CP核苷酸序列的同源性介于63.7%～77.6%之间,氨基酸的同源性介于64%～89%之间。根据马铃薯Y病毒属的序列同源性划分标准,SCMV-CA与其它株系或分离物的同源性关系均介于种与株系划分标准之间。这是我国首次报道SCMVCP基因序列。     

马铃薯卷叶病毒56kD蛋白基因及3‘端非编码区克隆和序列分析

根据已报道的马铃薯卷叶病毒基因组序列,设计合成一对特异性引物,以马铃薯卷叶病毒中国分离株的ＲＮＡ为模板,反转录合成了ｃＤＮＡ第一条链,经ＰＣＲ扩增后克隆于ｐＵＣ１９质粒中,进一步用ＰＣＲ鉴定,限制酶切分析用序列分析。结果表明,ＰＬＲＶ－Ｃｈ５６ｋＤ蛋白基因由１５２７个核苷酸组成,编码５０８个氨基酸,３‘端非编码区由１４１个核苷酸组成,与国外报道的苏格兰ＰＬＲＶ－Ｓ,荷兰ＰＬＲＶ－Ｎ,加拿大ＰＬＲＶ     

云南五个不同地区烟草花叶病毒外壳蛋白基因的序列比较

烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)中的典型成员,具有极广的寄主范围,可以侵染30个科的310多种植物,为单组份正链ssRNA病毒,TMV基因组RNA由6395个核苷酸组成,共有4个ORF,分别编码183kDa、126 kDa、30 kDa和17.5 kDa蛋白[1,2].     

云南五个不同地区烟草花叶病毒外壳蛋白基因的序列比较

Five Tobacco mosaic virus isolates, obtained from tobacco leaves showing typical symptom in Qujing, Honghe, Dali, Chuxiong and Yuxi in Yunnan province, were selected and studied from 637 TMV samples. Using a pair of primers specific for TMV-U1 strain, a specific fragment of 530bp including the TMV coat protein gene was amplified using IC-PCR. The products of PCR were cloned and sequenced. The nucleotide and amino acid sequences of the coat protein of the five isolates were found to be very similar each other and have more than 90% sequence identity with TMV-U1, TMV-B,TMV-P, TMV-FUJIAN, although minor differences existed among them. The results showed that the five isolates from Yunnan province belong toTMV-U1 strain.     

大蒜花叶病毒外壳蛋白基因cDNA的克隆和序列分析

我们从自然发病的大蒜中分离得到了大蒜花叶病毒。以其基因组ＲＮＡ为模板合成了３＇末端部分ｃＤＮＡ。从中选出一批插入片段在２．０ｋｂ以上的重组克隆,经Ｎｏｒｔｈｅｒｎ点杂交分析证实了所选克隆与基因组ＲＮＡ同源。通过对若干个克隆的插入片段两端部分序列的测定,选出一个克隆ｐＧＭ４９５,其插入片段的长度约为２．４ｋｂ,３′末端存有一个Ｐｏｌｙ（Ａ）结构,它应包含了编码该病毒外壳蛋白全部序列。序列测定的结果表明,这个ｃＤＮＡ片段全长为２３７９ｂｐ,其中含有与酶切图谱分析结果相符的ＥｅｏＲＩ、ＰｓｔＩ及ＢａｍＨＩ酶切位点。第一个终止密码子ＴＡＡ与３′ｇ末端相距２６４ｂｐ,我们根据碱基序列推定的氨基酸序列与其它已发表的Ｐｏｔｙｖｉｒｕｓ的外壳蛋白氨基酸序列以及外壳蛋白翻译后加工的蛋白酶专一切点相比较后推测,编码该病毒外壳蛋白序列可能起始于３′末端上游的１１７０ｂｐ处,共编码３０２个氨基酸,其分子量为３６ｋＤ,略大于ＳＤＳ－ＰＡＧＥ所测定的３３ｋＤ,非编码区域长２６４ｂｐ,富含ＡＴ,并有多个终止密码子的存在。趾３′末端３２～２７ｂｐ处有一个ＡＡＴＡＡ序列。     

猪瘟病毒石门株与兔化弱毒株E0糖蛋白基因的克隆及序列分析

参考已发表的猪瘟病毒序列,设计并合成了一对引物,应用ＲＴＰＣＲ 技术,扩增了猪瘟兔化弱毒（Ｈｏｇ ｃｈｏｌｅｒａ ｖｉｒｕｓ ｌａｐｉｎｉｚｅｄ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｓｔｒａｉｎ , ＨＣＬＶ） 和石门强毒株的Ｅ０ 糖蛋白基因,并将其克隆到ｐＧＥＭＴ 载体中,测定了其核苷酸序列,并推导了其氨基酸序列。结果表明我国这两株强弱不同毒株Ｅ０ 糖蛋白核苷酸序列同源性和推导的氨基酸序列同源性分别为９５－０ ％ 和９４－３ ％ ,有１３ 个氨基酸的差异,ＨＣＬＶ 比石门株多了一个潜在的Ｎ糖基化位点。将我国这两株病毒与国外已报导的ＨＣＶ 毒株Ｅ０ 基因序列进行了比较,发现石门株与日本的两株毒株ＡＬＤ 和ＧＰＥ－ 同源性较高,核苷酸序列同源性分别为９７－４ ％ 和９６－５ ％ ,氨基酸同源性分别为９７－４ ％ 和９６－０ ％ ,而与欧洲Ｂｒｅｓｃｉａ 株和Ａｌｆｏｒｔ 株同源性较低,核苷酸同源性分别为９２－２ ％ 和８６－５ ％ ,氨基酸同源性为９５－２ ％ 和９２－５ ％ , ＨＣＬＶ 与ＡＬＤ、ＧＰＥ－ 、Ｂｒｅｓｃｉａ、Ａｌｆｏｒｔ 株核苷酸同源性分别为９５－６ ％ 、９４－９ ％ 、９１－３ ％ 、８５－５ ％ …     

我国分离的甲病毒YN87448毒株全部结构区基因核苷酸的序列测定及分析

ＹＮ８７４４８毒株１９８６年分离自云南傣族５２岁女发热病人的血液标本,曾用血清学方法鉴定为披膜病毒科甲病毒属。用我们创立的单引物差异ＲＴ－ＰＣＲ方法及简并引物ＴＲＴ－ＰＣＲ法均已证明：该病毒甲病毒属的辛德毕斯样病毒。本研究从甲病毒属的病毒基因序列的共同保守区,设计４对引物。     

大肠杆菌青霉素G酰化酶基因及其邻近区域的核苷酸全序列

我们由E.coli AS1.76克隆了青霉素G酰化酶的基因,并且测定了其全部核苷酸序列。青霉素G酰化酶结构基因是由下述功能片段组成的:(1)编码信号肽(26个氨基酸残基)的78个碱基对;(2)编码α-亚基(209个氨基酸残基)的627个碱基对;(3)编码间隔肽(54个氨基酸残基)的162个碱基对;(4)编码β亚基(557个氨基酸残基)的1671个碱基对。此外,我们还发现起始密码子(ATG)前有个核糖体结合位点和启动子序列以及在终止密码子(TAA)之后有个转录终止信号。与最近发表的青霉素G酰化酶基因的DNA序列比较,同源性达99.7%。     

风疹病毒毒株的分离鉴定及其E1基因部分序列分析

利用逆转录巢式PCR技术检测61例风疹高发人群的血液标本,经细胞培养技术从RV RNA阳性标本中分离风疹病毒株,应用细胞病变、血凝试验、电镜观察及PCR扩增等实验证实其为风疹病毒,命名为HRB株.同时还对该分离株的E1基因部分片段进行序列分析并与其它型别基因进行比较,结果显示,此分离株与中国疫苗株(BRDⅡ)及另外2株香港分离株均不在同一分支,而是位于由20世纪60年代分离株所构成的一个亚支上.     

中国水仙查尔酮合酶cDNA的克隆及序列分析(简报)

中国水仙系石蒜科水仙属多年生草本植物。其花枝多,花香浓郁,素有“凌波仙子”的美称。但水仙花色单一,影响其观赏价值。花色形成与植物体内的一类次级代谢产物类黄酮有关。查尔酮合酶(Chalcone synthase,CHS)是类黄酮合成途径中的一个关键酶,在植物体内它催化丙二酰基辅酶A的三个乙酸基和对羟苯丙烯酰辅酶A的一个乙酸基的缩合,产生柚配基查尔酮(naringenin)。此中心中     

蛋白质编码区与非编码区的特征与识别

在核苷酸序列分析中,一个重要的问题是如何识别一段未知序列中的编码区和非编码区．近年来提出了一些方法,但效果都不够理想．本文在对编码区与非编码区特征进行大量统计分析的基础上,提出一种加权距离判别法,并对该方法的精度进行了评价．     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析*

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P. medicaginis (菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P. sojae、P. medicaginis、P. megasperma和P.trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P. sojae, L41380可能属于是P. trifolii,P. megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

山茶属古茶组和金花茶组的分类学问题

本文重点讨论金花茶组Sect．Chrysantha H．T．Chang的分类学位置。通过对金花茶C．chrysantha（Hu）Tuyama、亮叶离蕊茶C．nitidissima Chi和分布于越南北部的多瓣山茶C．petelotii（Merr．）Sealy的模式标本和原始材料的研究考订,确认金花茶的拉丁名称应进一步更正为C．petelolii（Merr．）Sealy．对古茶组Sect．Archecamellia Sealy和金花茶组的特征性状的比较分析表明,J．R．Sealy[1] 以C．petelotii（Merr．）Sealy为模式建立的古茶组是一个自然类群,金花茶组和J．R．Sealy的古茶组之间分类学特征相同,两组的模式同为一种-C．petelotii, 从而认为金花茶组不能成立,被首次归并到古茶组中。同时认为《山茶属植物的系统研究》一书改变了古茶组的分类学概念和转移了组的模式是不妥的。通过研究,确认古茶组共有16种和3变种,除原古茶组的7种外,包括连蕊茶组Sect．Theopsis中的C．indochinensis和金花茶组中6种和3变种被转移到本组之中,以及本文提出的两个新种。原金花茶组其余16种（包括未正式发表的4种）、2变种和3个变型均作为相应种或变种的同物异名归并。此外,还讨论了各种错误鉴定和有关分化与分布的问题。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P. medicaginis (菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P. sojae、P. medicaginis、P. megasperma和P.trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P. sojae, L41380可能属于是P. trifolii,P. megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。