上海2009甲型H1N1流行性感冒病毒全基因组分析

2009年全球暴发2009甲型H1N1流行性感冒(简称流感)疫情,上海于2009年5月出现第1例输入型病例。为了解上海地区输入型2009甲型H1N1流感病毒的生物学特征,以上海较早发现的2例输入型甲型H1N1流感患者作为研究对象,分离出A/Shanghai/37T/2009和A/Shanghai/71T/2009病毒,利用实时定量荧光反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定病毒,通过扫描透射电子显微镜观察、免疫荧光检测、全基因组测序和生物信息软件分析,对这2株流感病毒形态、结构、耐药性、基因特点和病毒型别等进行研究。结果显示,病毒呈现正黏病毒颗粒形态特征;犬肾(MDCK)细胞内的病毒能与患者恢复期血清反应。此2株病毒的全基因核酸序列和氨基酸序列与美国参考株A/California/04/2009(H1N1)有较高同源性,其中第31位氨基酸残基发生改变。对金刚烷胺耐药,而对奥司他韦敏感。基于全基因组的系统发育分析,确认此2株病毒属2009甲型H1N1流感病毒。     

一株2011年出现的季节性甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因特性的研究

本文通过比较2011年分离培养的1株季节性甲型H1N1流行性感冒(简称流感)病毒(A/Shanghai/1167/2011(H1N1))与历年季节性甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)基因,追溯该病毒的基因变异与来源,探讨该毒株的出现对流感防控工作的意义.采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增病毒的HA和神经氨酸酶(NA)片段,并进行测序;应用分子生物学软件对获得的序列进行分析,绘制基因进化树;同时,通过血凝抑制试验检测2011年下半年健康人群中该流感病毒的抗体水平.结果显示,A/Shanghai/1167/2011(H1N1)的HA基因序列与世界卫生组织(WHO)2007～2008年季节性甲型H1N1流感病毒疫苗株A/Brisbane/59/2007(H1N1)最接近,同源性达99.2%,与新型甲型H1N1流感病毒A/California/07/2009疫苗株同源性仅为72.4%.其HA基因裂解位点为PSIQSR↓GLF,尚未出现高致病性的分子特征.HA片段共编码557个氨基酸,有9个潜在的糖基化位点,序列与2009年前WHO疫苗株A/NewCaledonia/20/1999(H1N1)、A/SolomonIslands/3/2006(H1N1)和/Brisbane/59/2007(H1N1)相比,分别有15、12和4处不同,这些差异分布在Sa、Sb、Ca1、Ca2、Cb 5个抗原决定簇的氨基酸差异分别有5、5和2处.该毒株在健康人群血清的抗体阳性率为34.33%,几何平均效价(GMT)为10.38.A/Shanghai/1167/2011(H1N1)是2011年出现在上海地区的一个季节性甲型H1N1流感病毒毒株,其抗原变异与既往季节性甲型H1N1流感病毒相比不大,但在以A(H1N1)pdm09为主要流行株的年份检测到散在发生的既往季节性甲型H1N1流感病毒毒株应当引起重视,其在人群中的抗体水平较低,易引起流行,需要提高对类流感人群中此种毒株的持续监测.     

从2009甲型H1N1流行性感冒暴发看流行性感冒病毒的演化

流行性感冒(简称流感)病毒已经与人类“相处”了400多年,可在各年龄段的人群中流行和引起发病,每年在全球引起25万～50万人发病[1]。2009年3月在北美地区暴发了新型H1N1流感,截至2009年6月8日,已有73个国家和地区的25288人被感染,其中139人死亡(http://www.who.int/csr/don/2009_06_08/en/index.html)。世界卫生组织(WorldHealthOrganization,WHO)曾称其为猪流感,原因是其多数基因片段来源于猪流感病毒。猪流感这一名称直接导致了埃及4月30日为预防流感蔓延而扑杀了30万头生猪。随后,WHO将其改名为甲型H1N1流感(下称2009甲型H1N1流感)。因此,甲型H1N1流感病毒的起源毫无疑问成为世界各国关注的热点,本文就2009甲型H1N1流感、1997年人际传播的H5N1禽流感以及人类历史上的几次人流感大流行,对甲型流感病毒的基因组结构特点及其特有的进化机制作一简单介绍......     

海南省2016-2018年A(H1N1)pdm09亚型流感病毒基因特性分析

2009年A(H1N1)pdm09亚型流感病毒在墨西哥暴发,之后在全世界流行。为了解海南省2016-2018年A(H1N1)pdm09亚型流感病毒流行态势,分析血凝素(HA)与神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征与变异情况,本研究从中国流感监测信息系统获取海南省2016-2018年流感病毒病原学监测数据,选取5家流感监测网络实验室分离鉴定的37株A(H1N1)pdm09亚型流感毒株进行HA与NA基因测序,利用MEGA 10.1.8构建HA与NA基因种系进化树,并分析其氨基酸变异情况。结果显示,2016-2018年共出现3次A(H1N1)pdm09亚型流感病毒活动高峰。2017年10月份以后的分离株(4/8)与2018年大部分分离株(21/22)独立于疫苗株A/Michigan/45/2015聚为一个小支,发生20余处HA与NA氨基酸位点变异。与疫苗株A/California/7/2009(2010-2016)相比,2016-2018年流感病毒分离株在HA基因抗原决定簇上发生7处氨基酸变异并有一个潜在糖基化位点,未发现HA基因受体结合位点变异与NA基因耐药性变异。本研究提示,2016-2018年,A(H1N1)pdm09亚型流感病毒逐步发生规律性进化,氨基酸变异频率有增加趋势,今后应持续加强流感病毒病原学监测,密切追踪A(H1N1)pdm09亚型流感病毒基因变异情况,为科学防控提供理论依据。     

新甲型H1N1(2009)流感病毒的早期分子特征

【目的】本世纪首次流感大流行的病原属于甲型H1N1流感病毒,在遗传特性和抗原性等方面都有别于人群中流行多年的季节性H1N1流感病毒。为了深入了解病毒的遗传特性,跟踪病毒的演化趋势,及时发现具有流行病学意义的变异株,本研究对早期分离的甲型H1N1(2009)病毒的分子特性进行了详细分析。【方法】通过GenBank的流感资源中心下载相关毒株的基因组信息,序列分析采用DNAStar软件包的EditSeq和MegAlign,比较与病毒致病性和宿主特异性相关的氨基酸变化情况。以A/California/07/2009(H1N1)作为新甲型H1N1(2009)的早期代表株进行详细的分子特征分析。【结果】A/California/07/2009不具备高致病性流感病毒的分子特征;病毒编码的11个蛋白大部分保留有猪流感病毒的分子特征,同时也具有一些禽和人流感病毒的特征;PB1-F2在11aa,57aa和87aa后发生断裂,具有古典猪H1N1和人H1N1双重特点,这是甲型H1N1(2009)病毒一个特有的分子特征。【结论】首次详细分析了新甲型H1N1(2009)病毒的分子特征。随着病毒在人群中的进一步适应和持续存在,这些分子特征将发生变化,应该特别关注这些变化对病毒的传播力和致病性的影响。     

甲型H1N1流感病毒血凝素蛋白单抗杂交瘤细胞株的制备与初步鉴定

目的:建立具有高特异、高效价的甲型H1N1流感病毒血凝素蛋白(HA)单抗的杂交瘤细胞株。方法:以纯化的昆虫杆状病毒表达的甲型H1N1流感病毒HA蛋白为免疫原免疫BALB/c小鼠,取脾细胞与Sp2/0小鼠骨髓瘤细胞融合,通过有限稀释法筛选阳性克隆,经ELISA和Western blot分析单抗的特性和特异性。结果:获得6株甲型H1N1流感HA抗原特异单克隆抗体杂交瘤细胞株,抗原肽库ELISA检测结果表明其中3株(1E12,3F12,1C11)单抗只与甲型H1N1流感HA抗原肽库反应,不与H5N1病毒HA抗原肽库反应;Western blot分析表明,单抗1B3只特异识别甲型H1N1流感HA抗原,而与其他季节性甲流病毒(H1,H3)及人禽流感H5N1病毒不反应。结论:所获杂交瘤细胞株特异性强,效价高,分泌抗体性能稳定,为分析甲型H1N1流感病毒抗原性位点、建立诊断试剂奠定了基础。     

上海市首例输入性甲型H1N1流行性感冒报道

甲型H1N1流行性感冒(简称流感)是由一种新型流感病毒引起的急性呼吸道传染性疾病。临床主要表现为流感样症状,包括发热、流涕、咽痛、咳嗽、头痛、腹泻等。奥司他韦和扎那米韦治疗甲型H1N1流感有效。本文报道上海市首例输入性甲型H1N1流感病例,以提高临床医生对这种新发流感的认识。     

一株达菲耐药的甲型H1N1流感病毒全基因特征分析

目的分析1株甲型H1N1流感达菲耐药病毒株的全基因特征,为指导流感临床治疗与防控提供依据。方法采用鸡胚进行病毒分离,提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其全基因组8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列,绘制基因进化树并分析重要基因位点变异情况。结果 A/Fuzhou/SWL11609/2013(H1N1)流感毒株的8个节段基因均处于2013-2014年度进化簇中,且与A/California/07/2009(H1N1)疫苗株高度同源,8个基因同源性均在97.4%以上;其HA和NA基因与A/Hubei-Wuchang/SWL1322/2013(H1N1)达菲耐药株同源性最高,分别为100.0%和99.6%;初步判断该毒株未发生重配现象,其重要致病性基因位点未发生变异;NA基因中具有H275Y典型达菲耐药位点特征,缺失一个糖基化位点(N386K),降低了基因结构的稳定性,同时在V241I和N369K的作用下降低了病毒的适应性。结论本次研究的甲型H1N1流感达菲耐药病毒株表现为低致病性流感病毒特征,但具备较好的人传人能力,需进一步加强监测,谨防耐药株的广泛流行。     

2009−2015年中国甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

【目的】为了解中国地区2009?2015年甲型H1N1流感病毒流行态势,分析血凝素(Hemagglutinin,HA)基因的变异情况及其遗传进化特征。【方法】汇集国家流感中心2009?2015年流感周报的流感流行数据,分析甲型H1N1流感的流行病学特征;从全球共享禽流感数据倡议组织数据库及美国国家生物技术中心数据库下载甲型H1N1流感病毒HA基因序列,采用生物学软件进行系统进化和遗传特性的分析。【结果】2009?2015年全国共发生4次甲型H1N1流感的流行高峰。2009?2015年毒株与参考毒株A/California/07/2009(H1N1)的HA基因同源性逐年降低。遗传进化分析显示同一年份的毒株在系统进化树上基本呈现集中分布,2011年的毒株独立形成2个分支。分子特征表现为HA基因的4个抗原决定簇氨基酸位点均有变异,其中Ca区的203位、Sa区的163位和Sb区的185位氨基酸位点逐渐替换为新的氨基酸。除2010年与2012年,其他年份的毒株通过不同模型均得到正向压力选择HA氨基酸位点240。【结论】甲型H1N1流感在中国地区成为主要流行的亚型之一。HA基因与其编码的氨基酸逐年变异,未来进一步的流感监测能力还需加强。     

新甲型H1N1(2009)病毒的早期分子特征

摘要：【目的】本世纪首次流感大流行的病原属于甲型H1N1流感病毒,在遗传特性和抗原等方面都有别于人群中流行多年的季节性H1N1流感病毒。为了深入了解病毒的遗传特性,跟踪病毒的演化趋势,及时发现具有流行病学意义的变异株,本研究对早期分离的甲型H1N1(2009)病毒的分子特性进行了详细分析。【方法】通过GenBank的流感资源中心下载相关毒株的基因组信息, 序列分析采用DNAStar软件包的EditSeq和MegAlign比较与病毒致病性和宿主特异性相关的氨基酸变化情况。以A/California/07/2009（H1N1）作为新甲型H1N1(2009)的代表株进行详细的分子特征分析。【结果】A/California/07/2009不具备高致病性流感病毒的分子特征;病毒编码的11个蛋白大部分保留有猪流感病毒的分子特征,同时也具有一些禽和人流感病毒的特征;PB1-F2在11aa,57aa和87aa后发生断裂,具有古典猪H1N1和人H1N1双重特点,这是甲型H1N1（2009）病毒一个特有的分子特征。【结论】首次详细分析了新甲型H1N1（2009）病毒的分子特征。随着病毒在人群中的进一步适应和持续存在,这些分子特征将发生变化,应该特别关注这些变化对病毒的传播力和致病性的影响。     

甲1(H1N1)和甲3(H3N2)型流感病毒在小鼠体内诱导细胞免疫反应的研究

比较了甲型流感病毒A/HK/123/77(H1N1)和A/Qld/6/72(H3N2)及其具有相应表面抗原的两个冷适应基因重分配株(Cold-Adapted Reassortant)的子代毒株CR35和CR6,在小鼠体内诱导初次细胞毒性T细胞(简称Tc)反应的能力。静脉注射相同剂量病毒后第6天,甲3型A/QLd和CR6所诱导的脾细胞Tc活性均比甲1型A/HK和CR35者高100倍。编码内部蛋白的基因相同而表面抗原的基因不同的CR6与CR35所诱导的Tc活性也不同,说明了表面抗原决定着初次Tc反应的强度。用无关的流感病毒A/SW/72(H6N5)攻击已用低剂量(10~4EID_(?))病毒致敏的小鼠表明,对A/Qld和CR6致敏者所诱导的第二次Tc活性,比A/HK和CR3S致敏者的稍高;但对用大剂量病毒致敏者,则均能产生同样好的第二次Tc活性。对Tc识别感染靶细胞上的病毒成份进行了讨论。     

人禽流感H7N9、H5N1、H10N8临床特征

人禽流感(human-avian influenza)是一种由禽流感病毒中某些亚型感染人所引起的急性呼吸道传染病,目前能够感染人的禽流感病毒主要有H5、H7、H9和H10亚型。人感染禽流感病毒A(H5N1)、A(H7N9)、A(H10N8)与重症季节性流感临床表现相似,主要表现为重症肺炎,病死率高。人禽流感与重症季节性流感和重症新甲型H1N1流感患者有相同的危险因素,如高龄、合并基础疾病等,但人禽流感临床表现更重。     

中国内地首例确诊甲型H1N1流感病例的实验室检测

本实验室针对中国四川省一例输入性疑似甲型H1N1流感病例的临床咽拭子标本进行Real-time PCR和RT-PCR检测,并随后对部分基因片段进行测序,结果表明临床咽拭子标本为甲型H1N1流感病毒阳性,因此该疑似甲型H1N1流感病例成为中国内地首例确诊的甲型H1N1流感病例。     

神经氨酸酶茎部区域对流感病毒生物学特性的影响

为研究A/Anhui/1/05(H5N1)及A/Ohio/07/2009(H1N1)两株病毒神经氨酸酶(NA)茎部(stalk)区域和半胱氨酸(Cysteine,C)对流感病毒生物学特性的影响。A/Anhui/1/05(H5N1)NA(命名为AH N1)的stalk区域相对A/Ohio/07/2009(H1N1)NA存在20个氨基酸的缺失(其中包括一个半胱氨酸),将A/Ohio/07/2009(H1N1)NA(命名为09N1)的stalk区域的20个氨基酸(命名为s20)缺失构建09N1-s20,相应部分插入至H5N1的NA中构建AH N1+s20。同时为了研究stalk区域半胱氨酸对NA功能的影响,构建了AH N1+C和09N1-C(stalk区域加/减一个半胱氨酸)。运用假病毒颗粒系统研究stalk区域和半胱氨酸对病毒学特性的影响。09N1-C与09H1配对(09H1::09N1-C),其感染力比野生型09H1::09N1增强了8倍;AH N1+C与AH H5配对(AH H5::AH N1+C),其感染力比野生型AH H5::AH N1大幅度降低。09N1-s20与09H1配对(09H1::09N1-s20),其感染力为野生型09H1::09N1的4倍;AH N1+s20与AH H5配对(AH H5::AH N1+s20),感染力为野生型AH H5::AH N1的1/7。09N1-C与AH H5搭配,其感染力是AH H5::09N1的6倍;AH N1+C与09H1搭配其感染力相当低。蛋白聚合研究显示2009H1N1野生病毒的NA蛋白聚合体特征为:二聚体四聚体单体;09N1-C蛋白聚合体特征为:单体为主;09N1-s20蛋白聚合体特征为:单体二聚体。09N1中删除半胱氨酸或敲除s20片段没有改变其蛋白的正常表达。AH N1聚合体特征以单体为主;AH N1+s20蛋白聚合特点为:二聚体单体四聚体;而AH N1+C聚合体特征为二聚体多于四聚体。研究显示:2009H1N1NA茎部区域氨基酸缺失半胱氨酸后,感染力增强;安徽H5N1的NA茎部区域添加半胱氨酸后感染力大幅降低,半胱氨酸的缺失对流感假病毒感染力增强起了重要作用。     

抗击甲型H1N1流感大流行第一线的中国企业

自2009年3月18日墨西哥发现人感染甲型H1N1病毒疑似病例以来,一种新的猪源性H1N1型流感病毒开始在墨西哥和美国蔓延开来．并在数周内扩散到很多国家和地区．不断引起人类感染和死亡。伴随着流感疫情在全球范围内的迅速蔓延,6月初,世界卫生组织宣布把甲型H1N1流感警戒级别升至6级．甲型H1N1流感疫情已经发展成为全球性“流感大流行”。甲型H1N1流感疫情成为了全球高度关注的突发公共卫生事件。     

中医成药治疗甲型H1N1 流感研究进展

近年来,中医药治疗甲型H1N1流感取得了较好的临床疗效。尽管目前临床对甲型H1N1流感的治疗仍以西药为主,但西药抗病毒药存在副作用大,易引起耐药性等缺点,限制了治疗的效果。中医治疗甲型H1N1流感则具有独特的思路,根据甲型H1N1流感不同进展阶段的不同证型,选择不同的中药进行"辨证论治",不仅能减轻西药的不良反应,而且在疾病的治疗上也有独特的功效。我们总结了近来学者们对中医成药治疗甲型H1N1流感的临床及基础研究,将甲型H1N1流感分为轻、中、重三种,并分别根据症状与中医证型相匹配,梳理了临床用于治疗甲型H1N1流感的中医成药的适应证型与作用机制。因此,在西药进行抗病毒治疗的同时,根据疾病进展不同阶段的中医的证型,选用不同的中医方药,可有效减少西药的不良反应,取得更好的疗效。     

云南省2009～2014年甲型H1N1流感病毒HA及NA基因特征分析

了解云南省2009~2014年甲型H1N1流感病毒的流行趋势,研究HA和NA基因进化特征。对云南省近6年来上报的流感监测病例数据进行病原谱总结,挑选出23株甲型H1N1流感毒株进行HA及NA基因分析。利用MEGA 5.0软件对测序结果构建进化树分析基因同源性。2009~2014年云南省共监测到4次甲型H1N1流感流行高峰,核酸检测结果中甲型H1N1流感占检出总量的28.8%。测序结果显示,HA与NA基因均分为3个类群,检测到一株具有H275Y突变位点的毒株。甲型H1N1流感是导致本省流感流行的重要亚型之一,2009~2014年间分离的毒株主要有Goup1、Gourp7和Gourp6三个支系,绝大部分甲型H1N1流感毒株仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。     

长沙A(H1N1)亚型季节性流感暴发疫情的实验室诊断及其HA基因特性分析

对2009 年长沙麓山国际学校流感暴发疫情进行实验室诊断, 并探索新分离的A(H1N1)亚型流感病毒血凝素(HA)的基因特性。对流感暴发疫情的25 份鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离, 然后利用CEQ?8000 Genetic Analysis System对病毒分离株(A/Yuelu/314/2009)进行测序, 测序结果提交至GenBank(登录号: FJ912843)并用ClustalX和Mega4.1软件进行序列分析。结果显示, 分离出A(H1N1)亚型流感毒株18株, 检出21份A(H1N1)亚型流感病毒核酸阳性; A/Yuelu/314/2009(H1N1) HA基因序列与2008~2009 年疫苗株(A/Brisbane/59/2007)比较显示: 核苷酸和氨基酸同源性均为99%, 有6个位点的氨基酸发生了变异(V148A、S158N、G202A、I203D、A206T、W435R), 其中一个S158N氨基酸变异位于B抗原表位, HA基因序列上共有潜在糖基化位点9 个(27、28、40、71、151、176、303、497、536), 与A/Brisbane/59/2007相同且氨基酸序列保守。本实验诊断出此次流感暴发疫情的病原体为A(H1N1)型季节性流感病毒, 研究还发现A/Yuelu/314/2009(H1N1)长沙分离株与A/Brisbane/59/2007 疫苗株基因序列比较显示并未形成一个新的变种, 推测是由于分离株与疫苗株之间基因特性的改变和人群对A(H1N1)亚型流感病毒免疫力降低导致了此次长沙麓山国际学校A(H1N1)亚型流感的暴发。     

一种含不同流感病毒血凝素抗原表位的核酸疫苗

流感病毒表面抗原血凝素( hemagglutinin,HA)是流感核酸疫苗重要的靶抗原,针对HA的保护性中和抗体主要由HA上的五个抗原表位诱导产生.在本文中,我们构建了一种以新甲型H1N1流感病毒HA1为骨架的含2个A/PR/8( H1N1)流感病毒HA抗原表位和3个新甲型H1N1流感病毒HA抗原表位的核酸疫苗,并在B...     

新甲型H1N1流感病毒的分子遗传进化分析

为了分析2009年新型A型H1N1流感病毒分子流行病学的特点,本文从NCBI上下载不同分离宿主的流感毒株各节段全基因序列应用分子生物学软件进行遗传演化分析,结果显示:新型A(H1N1)流感毒株与过去的人源A(H1N1)毒株相比差异较大,相对于此前的人源A(H1N1)流感毒株,HA出现了79个位点发生突变。其中14个是相对于所有来源A(H1N1)流感毒株的新突变位点,但有37个突变位点只能在猪源毒株中找到。究竟这一现象说明新型A(H1N1)流感毒株是猪、人源毒株的重组变异毒株,还是猪源H1N1感染人群后逐渐变异并适应人群的结果,还有待进一步研究。