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1.
北京地区G1-G4型人轮状病毒地方株VP7编码基因的序列分析 总被引:9,自引:1,他引:9
本文报告了北京地区流行的4个轮状病毒地方株(G1-G4)VP7编码基因的核苷酸序列。4个地方株的该基因核苷酸全长均为1062bp,读码框架和已往的研究一致。地方株和相同血清型的标准株之间VP7氨基酸序列具有高度同源性(92%-94%),而不同血清型间则变异较大(69%-80%)。不同血清型间氨基酸序列的变异主要存在于高变区内,高变区以外的区域在不同血清型轮状病毒间保守。这一序列分析结果进一步从分子水平分析了地方流行毒株的血清型别,揭示了轮状病毒地方流行毒株和标准株之间VP7序列的变异情况 相似文献
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引起产科新生儿腹演暴发的轮状病毒株VP4 VP7编码基因与其毒力关系的探讨 总被引:2,自引:0,他引:2
克隆并测定了引起产科新生儿腹泻暴发的P2「6」、G4型轮状病毒(BN株)VP4的VP8片段和VP7编码基因的核苷酸序列,并据此推导出其氨基酸序列。与相应标准株和地方株9包括有毒株和无毒株)比较的结果表明,所测VP8序列与相同型另(P2「6」)的标准株M37(无毒株)和ST3(无毒株)、地方株N16(无毒株)和VE7156(有毒株)之间的同源性为92.8% ̄98.6%,胰酶作用位点各毒株间相同;位于 相似文献
3.
北京等四地区呼吸道合胞病毒分离株G蛋白基因的比较分析 总被引:7,自引:0,他引:7
为了解我国不同地区呼吸道合胞病毒(RSV)感染特征是否与基因变异有关,对北京、广州、长春和河北四个地区不同流行特征中分离的RSV毒株的G蛋白基因进行了序列分析。结果表明,该G蛋白基因同国外A型亚原型株(A2株)间存在显著差异,A2株同分离株间的核苷酸同源性为92.7-93.6%,氨基酸同源性只有88.3-89.9%。分离株间的核苷酸同湃性为96.0-98.9%,氨基酸同源性92.6-97.7%。氨 相似文献
4.
甲型肝炎病毒(HAV)只有一个血清型,但各株间存在不同程度的核苷酸序列差异,为3% ̄25%,大致可分为7个基因型。变异的核苷酸大多发生在密码的第三个位置,不会改变翻译蛋白氨基酸的组成,故各株间的抗原性差异不显著。 相似文献
5.
中国不同来源狂犬病病毒野毒株G基因主要功能区的序列分析 总被引:8,自引:0,他引:8
对我国不同来源的狂犬病病毒野毒株8202、BRV、MRV的G基因405 ̄1146位核苷酸序列,进行了逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增、克隆和序列测定,并应用计算机对这3个毒株的测定序列和已发表的中国人源毒株(CGX89)的相应序列进行了分析比较。结果表明,这4个中国不同来源狂犬病病毒的G基因同源性较低,8202与BRV的核苷酸同源性只有79.5%,与MRV的氨基酸同源性亦只有82.2%;同 相似文献
6.
香蕉束顶病毒基因克隆和序列分析 总被引:11,自引:0,他引:11
对香蕉束顶病毒(BBTV)中国分离株DNA组份I(DNA-1)、外壳蛋白(CP)和运转蛋白(MP)基因进行了克隆和序列分析。BBTVDNA-1含有1103个核苷酸,与南太平洋和亚洲分离株分别有87%-88% 96.9-98%的核苷酸序列同源性。由DNA-1编码的复制酶含有186个在酸残基。与南太平洋和亚洲分离株分别有84.4%-95.8%和97.6%、98.0%的氨基酸序列同源性。外壳蛋白基因由5 相似文献
7.
A组轮状病毒中根据基因9的不同目前至少已发现有13个不同G血清型,其中能引起人类致病的有G1-G4,G8,G9和G12型。建立可靠的血清型鉴定技术对于轮状病毒疫苗的研制和分子流行病学的研究具有重要意义。本文首次报导了一种鉴定轮状病毒G血清型的新方法,利用已知有关轮状病毒VP7基因的序列资料,设计合成了一套鉴定轮状病毒G血清型的寡核苷酸探针,利用地高辛标记上述探针。待检品经反转录PCR扩增后与上述一套寡核苷酸探针分别进行杂交得以确定其血清型。这一方法与目前常用的套式PCR方法相比更适合于大量样品的操作而且结果可靠。用这一方法对本实验室组建的四株基因重配疫苗株进行实验,其结果与套式PCR方法完全一致。 相似文献
8.
茶尺蠖核型多角体病毒(EoSNPV)基因组的polh和egt基因区约14.2kb的酶切图谱被构建.egt基因位于polh基因上游约4.8kb处,但转录方向与polh基因相反.EcoRⅤ-L片段polh基因及其旁侧的1125核苷酸序列被测定.polh基因编码区长738核苷酸,可编码246氨基酸的多肽.起始密码子ATG上游是一个富含AT(AT占71.2%)的启动子区,在-52核苷酸处有杆状病毒晚期基因启动子转录起始基序ATAAG.在终止密码子下游208核苷酸有一个poly(A)信号,AATAAA.但EoSNPVpolh基因起始密码子ATG相邻核苷酸序列为GTAATGT,其-3是个G,这与已知的16种其它杆状病毒polh基因-3位置均是A不相同.在分析了EoSNPV和HaSNPV多角体蛋白基因核苷酸序列的基础上,通过MALIGN程序,比较了目前已发表的26种杆状病毒包涵体蛋白的序列,EoSNPV与黄杉毒蛾核型多角体病毒(OpSNPV)的同源性为最高,核苷酸序列的同源性为83.0%,氨基酸序列达94.7%;与其它20种鳞翅目NPV的同源性也很高,核苷酸序列同源性为72.6%~81.9%,氨基酸序列为83.7%~93 相似文献
9.
人A组轮状病毒北京地方株VP4血清型特异片段编码基因的序列分析 总被引:16,自引:0,他引:16
轮状病毒是引起婴幼儿严重腹泻的重要病原,其第四基因编码主要中和抗原VP4,而VP4可裂解为VP8和VP5两个片段。VP8为抗原型特异性片段。克隆并测定了具有代表性的三个轮状病毒北京株VP4编码基因5′端(VPS+VPS一部分)887个核苷酸序列并据此推导出其氨基酸序列。结果表明,相同血清型的地方株和标准株之间具有高度同源性(92%~966%),不同血清型间则变异较大(70.5%~71%)。氨基酸最大变异处位于aa84~172,并对胰酶作用位点在致病性中的可能性进行了讨论。 相似文献
10.
呼吸道合胞病毒北京地区分离株G蛋白的基因分析 总被引:5,自引:1,他引:5
从经单克隆抗体证实为A亚型的北京地区呼吸道合胞病毒(RSV)分离株B79中,用RT-PCR扩增出编码G蛋白的基因片段,克隆至载体pTZ18R中。经核苷酸序列测定证明,我国北京地区分离的A亚型株B79与RSVA亚型原型株(A2株)G蛋白基因的核苷酸同源性为93.8%,核苷酸的有义突变率达65%。由核苷酸推导出氨基酸序列的同源性为89.6%。氨基酸的变异主要集中在胞外区一个高度保守区的两端,而胞内区和跨膜区相对保守。本文探讨了我国北京地区RSV分离株的G蛋白基因同原型株之间的变异,在疫苗研制中的意义。 相似文献
11.
A组轮状病毒是导致婴幼儿重症腹泻的最主要病毒病原,位于病毒外壳上的VP4和VP7蛋白具有中和抗原活性,与病毒的毒力及免疫保护性有关。VP7是外壳上的主要糖蛋白,根据其抗原性的不同,可将A组轮状病毒划分出不同的血清型(G1~G14)[1],而对疫苗的研... 相似文献
12.
呼吸道合胞病毒在北京地区分离株G蛋白的基因分析 总被引:5,自引:0,他引:5
从经单克隆抗体证实为A亚型的北京地区呼吸道合胞病毒(RSV)分离株B79中,用RT-PCRT扩增出编码G蛋白的基因片段,克隆至载体pTZ18R中,经核苷酸序列测定证明,我国北京地区分离的A亚型株B79与RSVA亚型原型株(A2株)G蛋白基因的核苷酸同源性为93.8%,核苷酸的有义突变率为65%,由核苷酸推导出氨基酸序列的同源性为89.6%,氨基酸的变异主要集中在胞外区一个高度保守区的两端,而胞内区 相似文献
13.
参考已发表的猪瘟病毒序列,设计并合成了一对引物,应用RTPCR 技术,扩增了猪瘟兔化弱毒(Hog cholera virus lapinized Chinese strain , HCLV) 和石门强毒株的E0 糖蛋白基因,并将其克隆到pGEMT 载体中,测定了其核苷酸序列,并推导了其氨基酸序列。结果表明我国这两株强弱不同毒株E0 糖蛋白核苷酸序列同源性和推导的氨基酸序列同源性分别为95-0 % 和94-3 % ,有13 个氨基酸的差异,HCLV 比石门株多了一个潜在的N糖基化位点。将我国这两株病毒与国外已报导的HCV 毒株E0 基因序列进行了比较,发现石门株与日本的两株毒株ALD 和GPE- 同源性较高,核苷酸序列同源性分别为97-4 % 和96-5 % ,氨基酸同源性分别为97-4 % 和96-0 % ,而与欧洲Brescia 株和Alfort 株同源性较低,核苷酸同源性分别为92-2 % 和86-5 % ,氨基酸同源性为95-2 % 和92-5 % , HCLV 与ALD、GPE- 、Brescia、Alfort 株核苷酸同源性分别为95-6 % 、94-9 % 、91-3 % 、85-5 % … 相似文献
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传染性法氏囊病病毒中国强毒株A节段cDNA基因的克隆和序列分析 总被引:9,自引:2,他引:7
以来自哈尔滨传染性法氏囊病病毒(IBDV) 强毒株(Harbin 毒株,H) 的基因组RNA为模板,用反转录聚合酶链反应(RT- PCR) 的方法得到了其A 节段的全长cDNA 片段,分5'端(1 659bp) 和3'端(1 444bp) 上下两段分别克隆到pGEMB○R - T 载体上,测定了其核苷酸顺序,在长为3 101 bp 中含有两个阅读框ORFA1 和ORFA2 ,分别编码1 012 个氨基酸的前体蛋白(VP2 - 4 -3) 和145 个氨基酸的VP5,ORFA1 和ORFA2 有部分的重叠。将核苷酸序列及推测出的氨基酸序列与已报道的IBDV 血清Ⅰ型和Ⅱ型毒株的相应序列进行了比较,结果表明:H 毒株与其它血清Ⅰ型毒株之间,在核苷酸水平上存在25bp - 267bp 的差异;在氨基酸水平上存在17 ~40 个氨基酸的差异。在VP2 - 4 - 3 内比较显示,H 毒株与P2 、Cu- 1 之间氨基酸的差异最小为1 .7% ,H 毒株与UK661 之间氨基酸的差异最大为3 .9 % 。变异主要发生在VP2 的可变区(206 - 350 位氨基酸) ,在H 毒株所特有的12 个氨基酸当中,该区就占5 个,代表1 .76 % 的变异。VP4、VP3 和VP5区各有 相似文献
15.
从水稻矮缩病毒(Ricedwarfvirus,RDV)中国福建分离物中克隆分离了最外层外壳蛋白基因(S2)全长cDNA,并对其进行了序列分析,结果表明RDVS2cDNA全长3512bp,仅含一个3348bp的阅读框架,编码一个含有1116个氨基酸的蛋白(P2)。与基因库中已知基因序列比较,发现它与日本RDVH株系相应片段的核苷酸和氨基酸同源率分别为946%和954%,与轮状病毒VP2氨基酸序列有一定的同源性。S2核苷酸序列二级结构预测结果表明,5’端50个核苷酸的二级结构为一个发夹结构和一个茎环结构。P2有4个富含亮氨酸的区域,位于N端亲水区域的10个氨基酸(AA69~78)残基形成一个α螺旋,这些特点均与轮状病毒VP2的结构特征相似。SDSPAGE和Western印迹分析表明在大肠杆菌中分段高效表达了S2编码蛋白的N端和C端。 相似文献
16.
两个猪瘟病毒野毒株gp55基因抗原编码序列的分析及比较 总被引:1,自引:0,他引:1
利用反转录-PCR方法扩增了吉林省猪瘟病毒(HCV)两个野毒株gp55基因的主要保护性抗原编码区,并将其克隆到PGEM_T载体中,然后用Sanger双地测定了其核苷酸序列,并推导了其氨基酸序徇。将测定的这两个HCV野毒株的部分序更与国内外已知的HCV序列进行比较,结果表明:这两个野毒株的核苷酸序理的同生为94.9%,氨基酸序列同源性为97.4%,与1985-1992年意大利中部分离4个野毒的同源性 相似文献
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用RT-PCRA法扩增分别获得了中国猪瘟病毒强毒石门株和免化弱毒株糖蛋白E0基因cDNA,并克隆到pGEM T载体中测定其核着酸序列和推导出其对应氨基酸序列;结果表明这两个毒株间的E0基因核着酸序列同源性为95.3%,氨基酸序列同源性为94%,有14个残基的差异;与几个代表毒株ALD株、GPE株、Brescia株、Alfort株和国外测得的免化弱毒C株相应序列进行比较,所测石门病毒核苷酸序列与上述各株对应序列的同源性分别为98.0%、97.1%、92.7%、86.8%和95.4%;氨基酸序列同源性分别为9 相似文献
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本文报道对中国新疆东部一起戊型肝炎流行高峰期间,由HE患者烘便中分离到的型肝炎病毒中国XT-179株进行全基因cDNA克隆、核苷酸和氨基酸序列测定及分析结果。所阐明的HEV-XT-179株基因组全序列由7194个核苷酸和3'端的多聚腺嘌呤核苷酸尾组成。四种核苷酸的含量腺嘌呤(A)为17.0%,胞嘧啶(C)为31.9%,鸟嘌呤(G)为26.0,尿嘧啶(U)为25.1%。G+C含量为57.9%。全基因 相似文献
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水稻矮缩病毒最外层外壳蛋白基因(S2)cDNA克隆,序列分析及其在大?… 总被引:2,自引:0,他引:2
从水稻矮缩病毒(Ricedwarfvirus,RDV)中国福建分离物中克隆分离了最外层外壳蛋白基因(S2)全长cDNA并对其进行序列分析,结果表明RDVS2cDNA全长3512bp,仅含一个3348bp的阅读框架,编码一人含有1116个氨基酸的蛋白(P2)。与基因库中已知基因序列比较,发现它与日本RDVH株系相应片段的核苷酸和氨基酸同源率分别为94.6%和95.4%与轮状病毒VP2氨基酸序列有一定 相似文献
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中国河南株丁型肝炎病毒全基因组的cDNA克隆和序列分析 总被引:3,自引:0,他引:3
从我国河南-抗丁型肝炎病毒抗原(anti-HDAg)及丁型肝炎病毒(HDv)RNA双阳性的HBsAg携带者血清中提取RNA,采用人工合成的引物进行逆转录和聚合酶链反应(PCR),获得了贯穿HDV全基因组的6个相互重叠的cDNA片段。经双脱氧末端终止法进行核苷酸序列分析,得到了长度为1674bp的我国人河南株HDVcDNA全序列。计算机分析表明,该株与我国台湾株(HDVIA型)、美国-1株(HDVIB型)、日本-1株(HDVⅡ型)和秘鲁-1株(HDVⅢ型)的核苷酸同源性分别为的94.3%、86.8%、75.4%和66.3%,氨基酸序列的同源性分别为89.7%、85.1%、71.9%和64.6%,并在核苷酸和推导的HDAg氨基酸序列中分别发现了5个和2个集中保守的区域。这些区域均与HDV的某些重要功能密切相关。 相似文献