DNA序列分析的具体方法（化学法）

DNA是生物遗传的物质基础。生物的遗传信息 包含在DNA分子的核普酸排列顺序之中。要深入了 解各种遗传规律及其相互关系,就应了解DNA的核 昔酸排列顺序。因此,作DNA序列分析是必要的。根 据Maxam和Gilbert的化学分析法,我们分析了土拨 鼠乙型肝炎病毒(Woodchuck hepatitis virus,简称 WHV) DNA序列。本文介绍具体的分析方法     

动物遗传工程

923441利用PCR快速而生物学安全性地诊断非洲猪疽病毒〔英〕/Steiger,Y.…了J.Clin。Mierobiol。-1992,30(1)一i~s[译自DBA,1992,11 (5),92一02463〕 部分定序了非洲猪瘟病毒(ASFV)基因组保守区的740bp片段,设计并合成了4个PCR引物和1个寡核节酸DNA探针。利用寡核昔酸1和6为DNA引物、并利用来白下述样品的模板扩增了专性64obp PCR产物:受ASFV侵染的猪的器官和血浆;ASFV侵染的细胞培养物,含与原74obp克隆相同保守区的克隆的DNtA片段。对照无特殊反应产物。通过用巢状引物二次扩增或与专性生物素化寡核昔酸探针杂交确定PCR产…     

玉米雄性不育细胞质特异DNA片段的发现及差异展示

利用3对线粒体引物对玉米同核异质和同质异核不育系的基因组总DNA进行PCR扩增;对检测到多态性的引物,再分别对供试材料小孢子发育至四分体、单核期和双核期的花药总RNA进行差异显示分析。结果表明：以基因组总DNA为模板,引物P1-P2在所有供试不育材料都有一相同的特异扩增带,而在保持系中均无扩增;引物P3-P4在所有供试材料中均无扩增;引物P5-P6仅在保持系黄早四中有扩增,而在其他供试材料中无扩增。这一结果说明以P1-P2为引物所检测到的特异扩增带为所有供试不育细胞质所特有,且不受供试材料不同核背景的影响。对于在不育材料基因组总DNA中具有特异扩增的引物P1-P2,进一步以cDNA为模板进行PCR扩增（RT-PCR）,所有不育材料在小孢子发育的3个时期均有一相同的特异扩增带,而保持系在小孢子发育的相应时期均无扩增,说明以P1-P2为引物所检测到的转录本的大小和数目,在同核异质及同质异核不育材料间均表现一致,且不受小孢子发育时期的影响。这说明以P1-P2为引物所检测到的不育材料DNA水平的共同结构特点在小孢子发育中具有转录上的一致性,因此可以认为供试不育细胞质DNA水平的这一特异序列结构与雄性不育性状的表现有关。     

基因工程

860001 以键合DNA和用作键合DNA的寡核昔酸使双链DNA片段产生一定交联的方法〔专,英〕/Koster,H.//PC T patent     

植物遗传工程

940738小南瓜花叶病毒外壳蛋白基因:克隆序列分析及其在烟草原生质体中1的表达〔英万Hu,J.S…了Areh.Virol一。1993,130(i一2)一17~31仁译白DBA,1993,12(19),93一11036〕 克隆了南瓜花叶就豆花叶病毒(SqMV)香瓜株系中间部分RNA的互补DNA。分离出SqMVmRNA,通过蔗糖梯度离心分级分离双链cDNA、用E。。Rl DNA一甲基化酶使之甲基化并将EcoRI-亲和性接头连到两侧末端。用EcoRI消化后,将。DNA克隆到质粒pUC18的EcoRI位点上。转化并筛选大肠杆菌DHS感受态细胞。设计了4种寡核普酸引物,用以在SqMV寡核昔酸序列和预测的多聚蛋白…     

稳定携带山羊痘病毒DNA疫苗减毒沙门氏菌的构建

为构建质粒稳定型山羊痘DNA疫苗,采用PCR与限制性酶切技术去除真核表达质粒pcDNA3.1(+)的氨苄抗性bla基因启动子序列,构建改良质粒pmcDNA3.1(+),然后插入山羊痘病毒P32基因,获得重组表达质粒pmcDNA3.1-P32,通过TSS法将其转化至减毒沙门氏菌中,构建成功携带山羊痘DNA疫苗的重组减毒沙门氏菌SL7207(pmcDNA3.1-P32);体内和体外试验结果表明,重组质粒pmcDNA3.1-P32在沙门氏菌中的稳定性显著高于pcDNA3.1-P32。这为下一步减毒沙门氏菌介导的山羊痘DNA免疫研究奠定了基础。     

名词解释

遗传密码决定生物遗传性的主要物质是DNA,它由四种含不同核酸碱基的核普酸组成,的结构决所合成的蛋白质的结构。每任意联在一起的三个核普酸单位决定蛋白质中一种氨基酸DNA的这种对应氨基酸序列的核苷酸长链,贮存着决定蛋白质一级结构的信息,人们把它叫做传密码。     

DNA序列的信息度量揭示了DNA序列中多少信息量？

DNA序列的信息度量D_n实际上度量的是n联体频率与根据。n-1联休频率预期的值之间的差异。对病毒、线粒体、叶绿体等基因组以及真核生物基因组DNA序列进行的计算表明,D_n能揭示DNA序列中某些结构特征,也能将主要的生物类群区分开来,但是无论是在计算方还是解释方面,D_n都存在着缺陷。文献中对D_n的生物学意义多有误解,提出的显著性检验方法也是错误的,本文提出了正确的检验方法,并导出了D₂的近似抽样方差。D_n的计算跟序列长度有关,各D_n之润存在关联性,加之刀,不能考虑真核生物基因组的异质结构等原因,造成了D_n的检验与比较上的困难,据此本文提出了一个统计量X_n以代替分析。总之,D_n在揭示了DNA序列中部分信息的同时,也丢失了大量的信息,看起来还不如一个较全面的核昔酸频率分析所能揭示的结果更有意义。     

DNA序列组建的计算机处理

本文给出了用于DNA序列组建的计算机程序,该程序能方便地将已测定的片段序列组合成一连续DNA序列。由此来组建DNA分子的一级结构。整个程序是由若干个相互关联的文件构成。在执行中它主要是通过对各片段序列中所存在的部分重叠的或者相同的子序列检索,比较后再将重叠的片段序列拼接组合成一连续的DNA序列。可以认为在长链DNA分子序列的测定中,使用这种处理是有益的。     

基因工程

介绍了新发展的一种方法.用于检测并监视遗传工程菌在环境中的动向.方法中采用了聚合酶链反应法进行靶DNA扩增,然后使扩增产物与特异性寡聚核昔酸     

利用VBA查找核酸数据库DNA保守序列

采用VBA编写了查找核酸数据库保守序列的四个相关程序,“导入DNA序列”程序可以将Fasta格式的DNA序列文本文件存放到Excel Sheetl的A列中,保留每个序列的Gi号,删除多余的注释部分;“整理DNA序列”程序可以将DNA序列Gi号存放到A列中,B列为对应Gi号的完整序列;“DNA随机序列”程序可以产生DNA随机序列;“发现DNA保守序列”程序可以将随机序列与下载的DNA序列比对,查找每一种随机序列的出现频率.以大豆基因组序列为实例,说明了这些程序的应用方法.该程序弥补了流行序列比对软件的不足,为PCR设计引物、分析基因功能以及种质资源鉴定等方面提供新的工具.     

20例藏族人mtDNA多态性的研究

本文通过对20例藏族产妇胎盘线粒体DNA (mtDNA）限制性类型的分析,发现藏族mtDNA是高度多态的,其每个核昔酸位点的平均替换率为0.035,比世界上迄今所报道的值都大。     

比较不同DNA条形码对中国海岸带耐盐植物的识别率

海岸带耐盐植物是一个生态和经济价值独特的庞杂类群,人们对其DNA条形码特性的了解甚少。本文对我国从辽宁到海南10个沿海省(市)大陆及岛屿海岸带耐盐植物广泛采样,从采集获得的样品中筛选出53科97属116个物种共562个样品进行DNA条形码研究。对3个叶绿体片段(mat K、rbc L、trn H-psb A)和1个核基因片段(ITS)进行了扩增和测序,统计各个片段的引物通用性和序列获得率,并检验了物种识别率。从序列获得率来看,mat K和trn H-psb A片段表现最好,ITS较差,ITS和mat K的引物通用性比其他2个片段差。序列相似性分析表明,单个片段ITS物种识别率最高(73.36%),其次为mat K(64.03%)和trn H-psb A(61.21%),rbc L的物种识别率最低,仅为46.41%。系统发育树分析显示mat K的物种识别率最高(82.3%),依据trn H-psb A片段难以获得可靠的系统发育树。多维度非度量分析(non-metric multidimensional scaling,NMDS)表明在进行海岸带区域性植物的DNA条形码研究时,叶绿体片段和核基因片段均应该考虑。综合上述研究结果,推荐联合片段ITS+mat K作为中国海岸带耐盐植物DNA条形码。本文为海岸带耐盐植物研究提供了总计1,939条DNA条形码基础数据,为构建耐盐植物DNA条形码数据库奠定了基础。     

基于信息离散性度量方法的大肠杆菌全基因组比较研究

应用方伟武教授提出的一种新的信息离散性度量方法---FDOD(functionofdegreeofdisagreement)方法对致病性大肠杆菌O157∶H7和非致病性大肠杆菌K12的全基因组序列进行了比较,分析了二者的相似序列部分,及差异较大的序列部分,证实了大肠杆菌O157∶H7核酸序列注释中可能致病的特有序列与正常序列的不同。     

欧洲黑杨MARs的分离克隆及序列分析

为获得林木植物核基质附着区(MARs)序列,诱导欧洲黑杨(Populus nigra)愈伤组织并制备悬浮细胞,裂解释放细胞核,除去非MARs的游离DNA片段,得到核基质。碱性缓冲液分离残留DNA与结合蛋白,回收并克隆残留DNA,测序后得到两个具有MARs序列特征的DNA片段A7和A23。序列特征分析结果表明它们都含有MARs的特征基元,通过与其他已发表的MARs序列比较,认为是从杨树中分离到的两个MARs片段,并预测了其功能。该研究是首次从木本植物获得MARs序列。     

牛乳腺核基质附着区多重顺式作用序列表明其功能的多样性

高等真核细胞的染色体DNA通过基质结合区(MAR)不时地与核基质特异性结合而组织成一种空间环状结构。为了研究以DNA套环形式附着于核基质上的DNA序列的特性,从处于泌乳期的乳腺组织中克隆了多个MAR DNA序列。体外结合实验表明,这些序列能够同核基质蛋白共结合成不溶性的复合物,这些复合物可较容易的通过离心去除。其中,两个MAR序列中包含有TL、CA—和GA—阻断以及ATTA基序。这两个序列中含有多个复制／转录因子的结合位点、增强子基序、多个完全的和非完全的反向重复序列以及潜在的DNA弯曲核心序列样结构。同一DNA序列中存在不同元件的组合可能说明在控制一系列细胞的发育过程中,它们可能发挥有正的或负的调控元件的功能。     

DNA分析与扩增

JJ,‘翻920422大片段定位缺失:缝合环聚合酶链反应〔英〕/5 ong,C.…/B ioteeh Forum Enr一1991,s(s)一130一132仁译自DBA,2991,10(12),91-06633〕 用缝合环聚合酶链式反应(PCPCR)在载体中的噬菌体T7启动子与菊花矮小类病毒(CSV)的cDNA序列之间制造缺失,这样,不含外源序列的CSV RNA即可通过T7的离体转录来合成。新方法应用超螺旋质粒pBCSU172作为PCR扩增模板,产生不含要删除区的线性DNA分子。采用与线性分子两端相配对的第三寡核昔酸来制备缝合环状DNA,并用于大肠、杆菌JM109的直接转化。用该法合成了与天然CSV序列一样…     

植物荧光原位杂交技术的发展及其在植物基因组分析中的应用

荧光原位杂交(FISH)是在染色体、间期核和DNA纤维上定位特定DNA序列的一种有效而精确的分子细胞遗传学方法。20年来,植物荧光原位杂交技术发展迅速:以增加检测的靶位数为目的,发展了双色FISH、多色FISH和多探针FISH鸡尾酒技术;为增加很小染色体目标的检测灵敏度,发展了BAC-FISH和酪胺信号放大FISH(TSA-FISH)等技术;以提高相邻杂交信号的空间分辨力为主要目的,发展了高分辨的粗线期染色体FISH、间期核FISH、DNA纤维FISH和超伸展的流式分拣植物染色体FISH技术。在植物基因组分析中,FISH技术发挥了不可替代的重要作用,它可用于:物理定位DNA序列,并为染色体的识别提供有效的标记;对相同DNA序列进行比较物理定位,探讨植物基因组的进化;构建植物基因组的物理图谱;揭示特定染色体区域的DNA分子组织;分析间期核中染色质的组织和细胞周期中染色体的动态变化;鉴定植物转基因。     

生物防治因子

将一种双链DNA分子插入植物细胞基因组。双链DNA分子中有一个在植物细胞内有功能病毒RNA顺序的启动区,病毒RNA的cDNA,能把多腺昔酸化核普酸加到RNA3产端的非翻译区。(魏钧)882303产生杀菌素的内共生微生物及其制备与使用方法仁专     

杜氏盐藻核基质附着区的分离及特征性分析

采用0.5%TritonX 100破碎细胞,15%Percoll分离盐藻细胞核,25mM二碘水杨酸锂(lithiumdi iodosalicylate,LIS)抽提核蛋白,限制酶消化除去结合松弛的DNA,蛋白酶K SDS处理,酚/氯仿抽提,乙醇 沉淀提取核基质附着DNA,限制酶酶切连至pUC18载体上构建MARs文库。随机挑选6个克隆进行体外结 合实验筛选,筛选出一能与核基质结合的克隆,测序分析结果表明该序列具明显的MAR序列特征。