细菌分类 原核生物的分类(综述)

分类、命名和鉴定分类,命名和鉴定是分类学中相互连系而又彼此独立的三个部份。分类(classification)是在相似性或相关性的基础上,把一个有机体放在一个分类阶元中。命名(nomenclature)是根据国际命名法规给有机体一个名称。鉴定(identification)是确定一个新分离的菌株可否归属于一个已建立命名的分类阶元的     

丝核菌的分类系统：现状及存在问题

以重要植物病原菌为特征的丝核菌是一类在土壤中广泛分布的丝状真菌,通常不产孢,以菌丝或菌核的形式存在,多样性非常丰富。本文基于国内外最新研究进展,对依据菌丝体的细胞核数目、菌丝融合、有性生殖和系统进化等方面的基本特征展开的丝核菌分类体系及分类现状进行了综述。基于菌丝的细胞核数目,丝核菌被分为单核、双核和多核丝核菌三大类群。自然界中单核丝核菌数量极少,多核和双核丝核菌在全球分布广泛,占丝核菌的绝大多数。基于菌丝融合试验的结果,目前多核丝核菌被分为13个菌丝融合群,双核丝核菌被分为18个菌丝融合群。部分融合群内又根据一些稳定的特征分了亚群,但亚群的建立标准并不统一。目前的分子系统学研究结果基本支持丝核菌的菌丝融合群及亚群的分类。基于部分有性世代被发现的菌株的形态特征,多核和双核丝核菌分别被鉴定为亡革菌属和角担菌属。此外,目前已有分属重要植物病原菌和兰科菌根菌类群的至少9个融合群或亚群的17个菌株完成了基因组测序,比较基因组学和线粒体组学开始在丝核菌分类和进化研究中发挥作用。丝核菌分类系统特殊且复杂,作者在文末提出了目前丝核菌分类学研究面临的问题和今后研究的趋势,期待更多的学者参与到这个重要菌...     

基于颜色特征的昆虫自动鉴定方法

对昆虫实现自动鉴定是将相关专家从大量重复性的鉴定工作中解脱出来的最有效的方法之一。本章文着重论述昆虫自动鉴定系统鉴定的基本原理,开发步骤和使用昆虫自动鉴定系统进行自动鉴定的步骤,基于颜色特征的昆虫自动鉴定系统开发中在图像获取、颜色特征提取方面的难点和相应的解决方案。最后,经过测试开发出的基于颜色特征的蝴蝶自动鉴定系统在对43种蝴蝶的自动鉴定上取得了95.2%准确率。     

V-18生化系统鉴定梅氏弧菌的报告

国际上对于弧菌科弧菌属的细菌有两种分类。一种是分为Ol群霍乱弧菌、不典型O1群霍乱弧菌、非O1群霍乱弧菌和其他弧菌。另一种是按“伯杰氏细菌学分类手册”(第一版,1984)将弧菌属的细菌分为20个种或亚种。作者根据伯杰氏分类建立了用于弧菌科细菌鉴定的V-18生化系统。使用该系统和常规生化方法对从人粪便中分离到的14株弧菌进行了鉴     

植物DNA条形码、物种形成和分类学

<正>DNA条形码最大的特点是用一段标准DNA序列就可以鉴定生物材料(特别是不具有分类特征的残缺或来自幼小个体的材料)和生物产品的物种来源(Hebert et al.,2003)。已有研究发现,动物中线粒体基因组的COI基因序列能鉴定多个动物类群的物种,被认为是理想的DNA条形码片段(Ward et al.,2005;TavaresBaker,2008)。而植物DNA条形码序列的确定还存在争议,例如应选择一个片段还是多     

规模化蛋白质鉴定中的串联质谱数据评价方法

随着蛋白质组学研究的蓬勃发展,尤其是近年来对规模化表达谱作图的重视,促使大量蛋白质被鉴定出来,但同时带来了数据质量控制的问题,如何有效去除假阳性结果,提高数据的可靠性,并使得来自不同技术路线、不同质谱仪器以及不同实验室的数据具有可比性是蛋白质组学研究领域的一个热点和难点,文章就目前所使用的数据质量评价方案进行了综述。     

水产养殖中枯草芽孢杆菌的分子鉴定

微生物种类繁多,以形态学和生理生化指标为基础的细菌鉴定较为复杂,是一项繁琐、费时的工作,对一种未知细菌的鉴定和分类,不仅需要分析多个生化指标,有时还要取决于工作人员的经验。因此迫切需要建立一些简单、方便、易于操作的分类鉴定方法对微生物进行分析,使人们在一定程度上更科学、更精确、更快速地找到分离物的分类地位。     

七种我国昆虫病原线虫共生菌的分离与鉴定

昆虫病原线虫共生菌是一类具有广阔发展前景的生物防治资源, 由于这类菌的分类鉴定工作起步晚, 存在分类混乱和不系统的现象, 在本土资源十分丰富的我国尤为突出。本文对本实验室分离的7个共生菌菌株进行了分类描述, 建立了以生理形态, 生化特征为分类基础, 结合16S rDNA序列分析的有效鉴定方法。     

七种我国昆虫病原线虫共生菌的分离与鉴定

昆虫病原线虫共生菌是一类具有广阔发展前景的生物防治资源,由于这类菌的分类鉴定工作起步晚,存在分类混乱和不系统的现象,在本土资源十分丰富的我国尤为突出.本文对本实验室分离的7个共生菌菌株进行了分类描述,建立了以生理形态,生化特征为分类基础,结合16 SrDNA序列分析的有效鉴定方法.     

数据处理和分析方法在 MALDI-TOF MS鉴定微生物中的应用

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)因其具有快速、准确、高通量等特点在食品微生物检测和临床微生物鉴定领域有广泛的应用。对MALDI-TOF MS数据的预处理和分析是微生物鉴定的关键步骤,通过对数据的处理可以从大量的数据中提取微生物的特征肽或者蛋白信息,并通过有监督和无监督学习方法对这些特征信息进行分类和聚类,从而实现对微生物的鉴定、分型和同源性分析。本文就MALDI-TOF MS鉴定微生物中所应用的数理统计分析方法和数据分析软件进行综述。     

细菌鉴定方法

细菌的分类鉴定与细菌的研究和应用有着同等重要的地位。准确地鉴定细菌类别,根据其菌种种类不同,分别针对肠杆菌、阳性球菌、非发酵菌等菌种设计不同药敏板条的抗生素组合,可以指导临床应用用药。目前,细菌分类鉴定方法主要包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类,针对这两大类鉴定方法,汇总其生理生化分类特征,简述各方法采用的关键技术,针对各技术讨论其优缺点。同时详细研究了表型鉴定法下数值分类法中自动化鉴定涉及的算法,结合目前细菌鉴定方法,对细菌分类鉴定的发展趋势进行了总结和展望。     

几何形态测量学方法在小哺乳动物化石分类鉴定中的应用——4种(鼠平)类化石大样本的个案研究

小哺乳动物化石在晚新生代生物地层学和生物年代学研究中具有重要作用,尤其是筛洗法在古生物调查中得到广泛应用后,通常可以采集到数量可观的标本,使得其地位较大型哺乳动物化石更加彰显.因此,小哺乳动物化石标本的分类鉴定也成了一项十分关键的工作.然而,传统形态学方法在对大量标本进行分类鉴定时,往往容易受主观因素影响而将不稳定的细微性状变异作为依据建立新种,或者忽视一些肉眼难于察觉的形态学差异而将两个甚至多个类群合并到一起,导致基于形态学的化石分类鉴定随意性增加,失去客观性.此外,对于不具鉴定意义的非关键性单个牙齿,很难凭借肉眼或显微镜观察进行区分.针对这些问题,本文选取了安徽繁昌人字洞早更新世早期三种(鼠平)类甘肃模鼠Mimomys gansunicus,郑氏异模鼠Heteromimomys zhengi和繁昌维蓝尼鼠Hllanyia fanchangensis的1284件臼齿并以早上新世内蒙古比例克的比例克模鼠Mimomys bilikeensis的163件臼齿作为参考,采用几何形态测量学方法在各个臼齿咬合面上分别选取了7～14个同源landmark对咬合面的形态特征进行了线性判别分析,建立了针对这4个种的臼齿咬合面形态差异判别函数.分析结果表明,根据这些landmark所提供的形态差异信息,人字洞的1284件臼齿标本中的确存在3个可以明显区分且形态学性状稳定的类群,先前的分类鉴定得到了验证.与之不同地点不同时代的比例克模鼠也可以很好区分.因此,建立在大样本基础上的这4种(鼠平)类臼齿咬合面同源形态特征的判别函数可以用来描述这些种类较为稳定的形态特征差异,并用来作为今后对样本较少的标本进行分类鉴定时的判别依据.因为几何形态测量学的方法不仅可以对二维的离散landmark数据以及重要形态学特征的轮廓线进行分析,甚至还可以扩展至三维空间,所以上述方法对于较为容易获得大样本标本的小哺乳物化石分类鉴定具有普遍意义.     

鸡爪槭种下分类群的DNA条形码筛选

槭属鸡爪槭(Acer palmatum Thunb.)是北温带广泛分布的一类园艺观赏树种,由于频繁的种内杂交渐渗导致其种下分类群的形态性状特征趋同,致使传统的形态学分类难以准确鉴定,新兴的DNA条形码技术为快速、准确的鉴定鸡爪槭种下分类群提供了新的思路。本研究采用5个叶绿体DNA片段(rpl16、psbA-trnH、trnL-trnF、rbcL、matK)和核基因组ITS片段,运用PWG-distance和Tree-Building两种方法对鸡爪槭的8个分类群共32个个体进行DNA条形码分析。结果显示,单个叶绿体基因组片段(分辨率为0%~25%)或核rDNA ITS片段(12.5%)的分辨率较低,不同组合的叶绿体DNA片段(0%~62.5%)、叶绿体片段与核rDNA ITS片段(12.5%~50%)的分辨率则相对较高。其中,rpl16+psbA-trnH+trnL-trnF片段组合的分辨率最高(62.5%),较为符合DNA条形码快速、准确鉴定的要求,因此建议将其作为鸡爪槭种下分类群鉴定的DNA条形码。     

枯草芽孢杆菌近缘种群鉴定方法研究进展

枯草芽孢杆菌近缘种群(简称枯草群)是一群表型相似的革兰氏阳性、产芽孢的杆菌,目前该群已包括10个有效发表种。该群细菌广泛应用于生物技术、工业和农业等领域,因此实现菌株的快速准确鉴别与鉴定,确保其使用的安全性和有效性是首要条件。本文在本研究室进行的枯草群鉴定研究基础上,总结提出了基于形态和生化特性测定的传统经典方法和以分子生物学技术为基础的基因序列分析技术、特异PCR技术,并在实践上进行了大量的验证,对指导该种群的准确鉴定与快速鉴别具有重要应用价值。     

DNA条形码在膜翅目昆虫中的应用分析

DNA条形码的提出,实现了分类学的一次质的飞跃,简便、快捷以及精确的优点使其被广泛应用在物种的分类工作中。膜翅目为昆虫纲的第3大目,其物种具有高度的多样性,种类鉴定工作复杂艰巨。DNA条形码在膜翅目中得到广泛应用。本文针对DNA条形码在膜翅目昆虫的物种分类鉴定、物种发现和隐存种、食物网与生物多样性等方面研究情况予以综述。     

鸟类羽毛鉴定技术和分类研究回顾及展望

鸟类羽毛鉴定技术及分类研究是使用传统分类学、显微学、数学方法以及分子生物学、化学分析等手段对现有的完整或者不完整的羽毛材料进行观察和研究,并结合已有材料及经验来达到鸟类物种分类鉴定的目的.本文介绍了国内外鸟类羽毛鉴定技术的研究现状及进展,对羽毛分类研究中存在的问题进行探讨,并在此基础上对鸟类羽毛分类鉴定的应用前景进行了展望.     

真核生物转座子鉴定和分类计算方法

重复序列是真核生物基因组的重要组成成分,根据其序列特征及在基因组中的存在形式,可以进一步分为串联重复、片段重复和散在重复。其中,散在重复大多起源于转座子。根据转座介质的不同,转座子又可分为DNA和逆转录转座子。转座子的转座和扩增对基因的进化和基因组的稳定具有显著的影响;同时与其他类型的重复序列相比,转座子的结构和分类更为复杂多样,使得对转座子的鉴定和分类更为复杂和困难。鉴于此,文章简要概括了转座子的功能及分类,总结了真核生物转座子鉴定、分类和注释的3个步骤:(1)重复序列库的构建;(2)重复序列的校正和分类;(3)基因组注释。着重介绍了每一步骤所采用的不同计算方法,比较了不同方法的优缺点。只有把多种方法结合起来使用才能实现全基因组转座子的精确鉴定、分类和注释,这将为转座子的全基因组鉴定和分类提供借鉴意义。     

90株链球菌血清学及生化特征分群鉴定的研究

本文报告90株链球菌血清学和生化特征分群鉴定结果。研究结果表明,90株链球菌用血清学分群,属A群的63株,B群3株,C群12株,D群10株,G群2株。采用生化鉴定,对链球菌属的确认有参考价值。对分群鉴定无鉴别意义。我国过去沿用的非血清学推测性分群法,只适用于B、D群和绝大部分A群菌的鉴定,对C群和G群菌无鉴别意义。因此,在链球菌分群鉴定时,要采用血清学方法,对非血清学推测性分群需进一步完善,以提高其鉴定的准确性。     

食用菌栽培种类野生种质的评价

我国是食用菌野生种质资源丰富的国家,目前已查明自然分布可栽培野生种类93种,分布于担子菌的33个属。我国人工栽培种类近70种（变种）,不同规模栽培有50种,商业规模栽培33种,分布于5目,12科,18属。与绿色植物的自养型光合作用合成有机物质相反,食用菌将植物光合作用合成的有机物分解,以体壁吸收方式摄取营养建造自身。这种生理特点的不同,导致其种质资源评价要求的不同。由于子实体形态相对于绿色植物简单,且易受环境条件的影响,常常导致以形态特征为主要依据进行分类鉴定陷入困境。另一方面,形态相似的多个可栽培近缘种在侧耳（Pleurotus）、木耳（Auricularia）、蜜环菌（Armillaria）等中广泛存在,完全靠形态特征进行分类鉴定就更加困难。因此,在食用菌可栽培种类野生种质评价中,ITS测序等成为获得菌种生物学种的常用鉴定技术。菌种的分离培养中常受到菌落形态相似真菌的污染,RAPD、ISSR或ITS测序等常用来进行菌种符合性鉴定。食用菌孢子传播的特点,使其分布地理区域广泛,地理区域的隔离产生种内的个体或群体间的差异,形成种群的多样性,常用拮抗反应进行营养亲和群（个体、菌株）的鉴定。不同区域气候和生态条件下的个体,长期的进化和对环境条件适应性的形成,导致可栽培利用的特点不同。栽培性状要通过栽培试验进行评价。栽培性状主要包括菌丝长速、温度反应、结实性、丰产性、抗性、商品形态和耐贮运性等。为了充分利用远缘优势,对于具可利用栽培性状的种质还需要与栽培菌株间的遗传距离分析,通常用生物化学和分子生物学方法进行。     

鼠平属(啮齿目,仓鼠科)同域分布物种形态学鉴别特征组的筛选

现有的分类系统尚缺乏可用于减少鼠平属物种种间鉴定不确定性的形态学鉴别特征。鉴于此,本研究旨在筛选出能够对同域分布的棕背鼠平(Myodes rufocanus)、红背鼠平(M.rutilus)和堤岸鼠平(M.glareolus)进行可靠鉴定的头骨形态指标和方法。为了达到以上目的,本文一方面筛选出能够用于种间鉴别的头骨和齿列形态特征,另一方面提出可用于鉴别以上3个物种的计算公式。对不同研究者提出用于鉴别以上3个同域分布物种的35个特征进行筛选。头骨形态测量数据的获取需要花费较长的时间,而且结果变异很大。在本研究中,剔除15个形态特征,20个相对保守的特征(包括来自头盖骨、牙齿和头骨其他部位的特征)被选择用于分析。在20个特征中,有8个特征被选择出来,并使用Statistica 10计算出判别公式。这些特征使准确鉴定不同个体各自所属种类成为可能。