单纯疱疹病毒Ⅱ型DNA克隆片段的限制酶切分析

本文采用10种限制性内切核酸酶分析了单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2)335株DNA BglⅡ8种克隆片段共12个重组质粒。发现了HSV-2 DNA L链末端区域有限制酶切位点的变异并对HSV-2 DNA单一序列区域和末端重复区域的稳定性进行了初步讨论。本文应用末端标记技术和末端杂交分析法对编码糖蛋白D的HSV-2 DNA BglⅡL片段和含有形态学转化基因的HSV-2DNA BglⅡN片段进行了详细的限制性内切核酸酶物理图谱分析。     

PSIIP680 ChlaAP基因在水稻叶绿体基因组中的定位

本实验总结出一套水稻叶绿体DNA的提取方法,并获得清晰的叶绿体DNA限制性内切酶图谱。Southern杂交结果表明,菠菜PSIIP680ChlaAP基因探针与水稻叶绿体DNA的Pst-1,Pst-14,Pvu-2和Sal-1片段的部分顺序有较高的同源性。根据Hirai和赵衍的水稻叶绿体基因组物理图,可以确定该基因位于紧靠RuBPCaseLS基因,距反向重复区约26kb处。高等植物叶绿体基因组中这种基因排列方式还未见报道。     

碳酸钙沉淀法回收琼脂糖凝胶中DNA的探讨

采用碳酸钙沉淀法回收琼脂糖凝胶中的DNA,达到分离纯化目的,回收后的DNA可用于重组、PCR等研究。首先将含有目的DNA的琼脂糖凝胶用Nal溶液融解,然后加入cacl2,和NaHCO3,生成CaCO3,沉淀,DNA与cac03形成复合物,通过离心分离出沉淀复合物,利用稀酸溶解沉淀,再用无水乙醇沉降,即可回收目标DNA。利用该方法回收了质粒、毛白杨和转基因羊基因组DNA,同收率为20％～50％,0D260／OD280,为1．7～19,最大回收了21kb片段,最小回收250bp片段,回收后的DNA样品进行了PCR扩增和限制性内切酶反应,PCR可以扩增出目的片段,同时限制性内切酶可以将回收后的DNA切开,表明DNA质量良好。利用碳酸钙沉淀法可以回收琼脂糖凝胶中的DNA,此法简单、易行,较为有效。     

第23届国际生物学奥林匹克竞赛试题实验1·分子生物学和细胞生物学

<正>本次实验需要完成以下任务:利用限制性核酸内切酶切割DNA片段,并进行基因作图。A部分确定是否已将人类DNA插入到了1个克隆质粒中(80分)。B部分确定DNA片段插入的方向(20分)。材料、仪器设备     

DNA限制性内切酶与RFLP的研究

植物遗传进化及分类学的研究,通常以形态特征特性和数量性状为基础。尽管这些形态学特征都是遗传本质的表现,但环境因素却在遗传表现的过程中起了过大的作用。近年来,运用同工酶谱带和以生化指标为依据进行过不少研究,但仍不能克服环境的影响。当前,DNA限制性内切酶和衍生的限制性片段长度多态性(RFLP)方法,应用于遗传进化及分类学研究,在微生物中做了大量的工作。因为这种研究是直接针对遗传物质——DNA分子的,所以,更为精确和有效。     

应用聚合酶链反应突变和克隆HIV-lgag基因片段

作者设计并合成了一对突变引物PGO1和PGO2,分别在两引物中设计了两个突变点,使突变后基因含有EcoRI、BamHI和ATG及TAA序列,以便于HlV-1gag基因序列的定向克隆和表达。用PCO1和PGO2作引物,采用PCR方法从HIV-1基因组DNA中扩增出一个长504bp的DNA片段,用EcoRl和BamHI双酶切位点将此片段定向克隆入pUC19质粒。将克隆基因插入M13mp18进行DNA序列分析,结果表明,该基因序列及读框完全正确,且在其5′末端突变出EcoRI位点和ATG起始码,3′末端突变出TAA终业码和BamHI位点,从而为该基因的表达研究奠定了基础。     

较长单链DNA在质粒DNA中定位插入

一般重组DNA的方法都是用T_4-DNA连接酶把限制性内切酶处理过的外源DNA片段和载体DNA,连接到一起,但这种方法必须要有合适的内切酶切点,因而使得这种方法的灵活应用受到一的定限制。     

基于XcmⅠ酶切的高效TA克隆载体的构建

目的：制备基于XcmⅠ酶切的高效TA克隆载体,并检测其克隆PCR产物的效果。方法：设计一对互补配对的寡核苷酸,经过变性及退火后插入质粒pUC19的多克隆位点,从而在该多克隆位点中引入2个XcmⅠ酶切位点,用XcmⅠ酶切后即获得含有3’突出T碱基的T载体;为了提高该T载体的克隆效率,优化了2个XcmⅠ酶切位点之间的碱基数目,排除了载体自连产生白色克隆的可能性,使假阳性大大减少;此外,为了便于完全酶切与未完全酶切载体的分离,在2个XcmⅠ之间插入了一段无关DNA片段。结果：改进得到的T载体可以有效克隆PCR产物,其阳性克隆率可达95％。结论：构建了基于XcmⅠ酶切的TA克隆载体,经过改进的T载体具有很高的克隆效率。     

大肠杆菌AS1.76青霉素G酰化酶基因的克隆和定位

通过DNA体外重组,由E. colt AS 1.76菌株染色体DNA获得了青霉素G酰化酶基因克隆。测定了pPGA20质柱的限制性内切酶图谱,并构建了若干个pPGA2(／的变种。这些变种的酶活力及其酶切位点关系的分析结果表明,青霉素G酰化酶基因定位在 HindIII 和Sinai酶切位点之间小于2．8Kb DNA片段上。     

斜纹刺蛾核型多角体病毒及其核酸的限制性内切酶酶解分析

本文描述了从自然罹死的斜纹刺蛾(Oxyplax orhracea(moore))幼虫中分离出一种核型多角体病毒。用快速简便方法提取核酸,经限制性内切酶EcoRⅠ、HindⅢ酶解,获得该病毒核酸的酶解带谱。以λDNA的EcoRⅠ酸解片段在凝胶中的迁移率与相应DNA片段分子量的对数值做标准曲线求得其平均分子量为102.09×10~6道尔顿,即为147.77kb。     

识别序列为非回纹对称结构限制核酸酶的正确切割位点

限制性内切核酸酶的切割识别序列分为回纹对称和非回纹对称结构两类,由于DNA是互补双链,所以对于识别序列为回纹对称结构的限制酶,其识别序列在DNA的两条链上是一致的,可以写为一个,但对于识别序列为非回纹对称结构的限制酶来说,其识别序列应为两个,而一些工具书、参考书中仅写为一个。本通过一个酶切实验证明其识别序列为两个。同时希望通过本,敦促一些工具书、参考书更正其错误。     

牛生长激素cDNA的分子克隆

我们克隆了与牛生长激素Poly(A)⁺RNA互补的DNA(cDNA)。首先从小牛垂体中提纯总的Pply(A)⁺RNA,用AMV逆转录酶合成单链cDNA,以单链cDNA为模板合成双链cDNA,用多聚G及多聚c谱尾法将双链cDNA克隆到pBR322质粒的Pst I位点上,构建成牛垂体PoIy(A)⁺RNA的cDNA文库。以牛生长激素基因为探针,筛选出7个阳性菌落,经电泳鉴定有两个菌落(1号和2号)含有大于500bp的插入片段。1号克隆经酶切图谱、southeTn blot 杂交及序列分析证实含有牛生长激素的编码序列。     

棉铃虫核多角体病毒DNA的限制性内切酶酶解图谱和电镜观察

棉铃虫核多角体病毒(NPV)加入0.01 Mna₂CO₃—0.05 MNaCl溶解后,用水饱和苯酚-SDS提取NPV DNA。电镜观察证明NPV DNA为非均一性环状结构分子。测量了28个分子的长度,其中15个分子长度为27±5μm,相当分子量为(73±13)×10⁶道尔顿,其余的是较大和较小的分子。限制性内切酶XbaⅠ,XhoⅠ BamHⅠ,EcoRⅠ,BgⅠ Ⅱ分别把NPV DNA酶解为20,9,10,18和11个限制性片段。由片段总和法计算得平均分子量是73.3×10⁶道尔顿。     

限制性内切酶介导的重叠延伸在人环氧合酶-1(COX-1)基因克隆中的应用

建立一种用于克隆全长基因的、限制性内切酶介导的重叠延伸法 .对全长基因进行分段扩增 ,并利用适当的限制性内切酶对基因序列内相应的限制性位点进行酶切 ,从而使分段扩增片段得以重叠并互为模板 ,在DNA聚合酶的作用下延伸获得全长基因 .将环氧合酶 1 (COX 1 )基因的外显子 9巧妙地拼接到了缺失外显子 9的COX 1cDNA片段中 ,获得了COX 1基因的全长cDNA .该方法分 3步进行 .首先 ,通过RT PCR分别扩增跨外显子 9的cDNA片段和缺失外显子 9的cDNA片段 ,并克隆到pMD1 8 T载体上 ;其次 ,PCR扩增外显子 9片段 ,限制性内切酶StuI酶切缺失外显子9cDNA片段的重组质粒 ,二者以一定的比例混合 ,互为模板 ,在pfuDNA聚合酶的作用下进行延伸 ,从而产生一个双链的DNA分子 .最后 ,以延伸产物为模板 ,用COX 1cDNA两端的引物进行PCR扩增 ,产生包含外显子 9的COX 1基因的全长cDNA .这种限制性内切酶介导的重叠延伸方法 ,对于克隆mRNA剪接水平上受调控的基因尤为有用 ,同时也为基因的重组和修饰提供一个新的思路     

水稻叶绿体DNA的提取和纯化

以籼稻品种珍讪97B为材料,采用溶液捣碎和不连续蔗糖梯度离心的方法提取了籼稻的叶绿体DNA,DNA经限制性内切酶酶解和琼脂糖胶电泳可以得到清晰的条带,来自蚕豆的核酮糖—1,5—二磷酸羧化氧合酶大亚基基因探针和23SrRNA基因探针可以与酶切条带杂交,由此确定了含这二种基因的BamHI酶切片段。     

大尺蠖核多角体病毒DNA的限制性消化和物理图谱

用5种限制性核酸内切酶消化大尺蠖核多角体病毒(BsNPV)基因组DNA,所得片段数分别是:BamH Ⅰ,9;Bgl Ⅱ,7;Xho Ⅰ,10;HindⅢ 13;EcoR Ⅰ,12,从各个片段的累加测出BsNPV基因组的平均大小约为91,75kb;分子量约为59.60×10~6d。在单酶消化的基础上,用BamH Ⅰ/Bgl Ⅱ双酶消化得到16个片段(即9+7);大小为91,27kb,用、Bgl Ⅱ/Xho Ⅰ双酶消化产生7+10=17个片段,大小为90.04kb,由此组建了这三个酶在BsNPV基因组上的物理图谱。     

青霉素酰化酶基因的克隆与表达Ⅱ 质粒pPAl的限制性酶切图及青霉素酰化酶基因的定位

前文报道重组质粒pPAl中9．1kb的EcoRI片段上带青霉酰化酶基因。用16种限制性内切酶消化pPAl,其中ApaI,KpnI,SacI,SacI,SmaI及XhoI等六种内切酶在pPAl上无切口; BamHI,ClaI,Sph I,BglI为单切口;Sal为双切口,AvaI,HindI及PvuI为三切口,EcoRV为五切口。经交叉双酶解法测定各片段的大小,作出质粒pPAl的限制性酶切图。在包含青霉素酰化酶基因的9．1kbEcoRI片段上,BglI有一个切口,AvaI,HindI 及PvuI都有两个切口,而EcoRV有四个切口,SalI,BamHI,ClaIKSphI不切9．1kb的EeoR I片段。HindI切9．1kb EcoR I片段为A(3．5kb),B(2．7kb)及C(2,9kb)等三个片段。经Hind I部分水解后连接,转化大肠杆菌HB101得到一系列带不同Hind 1片段的质粒的转化子,青霉素酰化酶活性测定证明其基因位于Hin d II—A片段上。合成青霉素酰化酶仍需苯乙酸诱导,并被葡萄糖阻遏,Hind I—B片段的存在能增加青霉素酰化酶基因的表达,而c片段无显著影响。     

一种改良的启动子序列克隆的染色体步查法

利用染色体步行法,从已知DNA序列克隆侧翼未知序列是非常有效的方法之一,但由于所选用的特定限制性内切酶对目标基因组不能酶解成合适大小的片段,因而受PCR扩增能力的局限,往往扩增不出有效产物. 针对这一点,这里我们介绍一种简单有效的改良方法,它包括以下步骤：首先用不同的限制性内切酶(包括平末端和粘性末端) 酶解目标基因组DNA,接着,选择能将基因组酶切成弥散、分布均匀的限制性内切酶,如DraⅠ和HindⅢ,合成相对应的接头;然后,选择弥散的、分布均匀的限制性内切酶的酶解产物,构建成含相应接头的基因组DNA文库,用作PCR的模板;最后,用接头引物和特异引物,通过巢式PCR扩增目的片段,获得了理想的扩增效果.采用改进后的染色体步查法,有效地从较复杂的棉花核DNA中克隆出6个棉花启动子序列.     

顽拗植物类群的总DNA制备

从富含多糖的顽拗植物类群提取与纯化DNA是许多研究领域例如居群生物学、生物多样性、分子标记辅助育种研究普遍遇到的难题.以西南桦( Betula alnoides )为例发展了一套改进的方案,有效地从这种顽拗植物的干叶和鲜叶中制备了DNA.此方案包括3个关键步骤:首先从植物细胞匀浆中用不含CTAB的缓冲液洗去大部分多糖和其他次生物质;在提取介质中采用3% CTAB而不是通常用的2% CTAB;将常用的高盐去糖的纯化操作提前到用异丙醇沉淀DNA之前进行.从西南桦提取的DNA已成功地用于RAPD-PCR扩增和限制性酶切.这个简单、经济和可靠的改进方案也适用于许多其他的顽拗植物类群.     

腾冲热海眼镜泉菌藻席细菌ARDRA指纹图谱分析

对腾冲热海眼镜泉中粉红色丝状菌藻席进行ARDRA指纹图谱分析,获得其细菌多样性的部分信息。直接提取菌藻席总DNA,以之为模板PCR扩增出细菌的16S rDNA,将其克隆、转化进入大肠杆菌,获得120个克隆子。用限制性内切酶(RsaⅠ、HhaⅠ、HapⅡ)筛选出了29个16S rDNA插入片段酶切带型差异明显的克隆,表明眼镜泉菌藻席细菌组成丰富。聚类分析显示这29个克隆聚为A、B两个大类,表明该菌藻席可能主要由两个遗传多样性丰富的分类群组成。