CONSULTANT'S FORUM

Time-Varying Coefficient Models for the Analysis of Air Pollution and Health Outcome Data
Nous présentons un modèle à coefficient dépendant du temps pour étudier la relation entre exposition aiguë (à court terme) à la pollution atmosphérique et altérations de la santé. Ce modèle permet au risque relatif de varier en fonction du temps comme cela peut se produire en cas d'interaction avec la température ou de modification de la composition en polluants, par exemple en particules solides. Le modèle fournit une estimation lissée de ces effets dépendant du temps sans qu'il soit nécessaire de spécifier une forme paramétrique particulière. Cette forme est estimée à partir des données à l'aide de fonctions spline cubiques pénalisées. Nous développons des modèles de régression de Poisson dont les coefficients sont estimés soit en maximisant une quasi-vraisemblance par une procédure itérative de moindres carrés repondérés, soit par une approche bayésienne utilisant une méthode de Monte Carlo par chaîne de Markov (MCMC). L'efficacité de ces approches pour estimer différents effets dépendant du temps est évaluée par simulations et les modèles sont appliqués aux données recueillies dans quatre villes pour l'enquête NMMAPS (Enquête Nationale Morbidité, Mortalité et Pollution Atmosphérique).     

REGULAR ARTICLES

Marginalized Models for Moderate to Long Series of Longitudinal Binary Response Data
Les modèles marginalisés (Heagerty, 1999) permettent l'inférence basée sur la vraisemblance lorsqu'on s'intéresse à des modèles marginaux de régression pour des données longitudinales binaires. Deux modèles de ce type sont le modèle de transition marginalisée, et le modèle à variable latente marginalisée. Le premier reflète la dépendance sérielle intra-sujet au sein des mesures répétées avec des termes de transition dans le modèle, tandis que le deuxième suppose l'échangeabilité ou la non-décroissance de la dépendance de la réponse avec des intercepts aléatoires. Dans cet article, nous étendons la classe des modèles marginalisés en proposant un modèle simple unifié décrivant à la fois la dépendance sérielle et la dépendance au long terme. Ce modèle est particulièrement utile dans des analyses longitudinales avec un nombre de mesures répétées par sujet modéré ou large, où aussi bien les formes sérielles et échangeables de la corrélation de la réponse peuvent être identifiées. Nous décrivons des approches bayésiennes et au maximum de vraisemblance pour l'estimation des paramètres et pour l'inférence, et nous étudions les caractéristiques opérationnelles pour de grands échantillons, sous deux types de mauvaise spécification du modèle de dépendance. On analyse les données de l'étude longitudinale de schizophrénie de Madras (Thara, 1994).     

Economies of affect

Cet article développe le concept des «économies de l'affect>> pour attirer l'attention des anthropologues sur le rôle de l'affect dans la facilitation des transformations économiques. Il s'appuie sur les résultats de deux projets de terrain ethnographiques, l'un au Mexique et l'autre en Indonésie, pour montrer comment l'affect a été mobilisé pour créer des sujets pouvant être appréhendés selon les normes néolibérales. Les auteurs montrent comment l'étreinte, les pleurs et les discours sur l'amour et le chagrin ont été associés à des transformations impliquant la cessation de prestations de l'État et l'application des lois du marché. En faisant de l'affect et de son articulation avec le changement économique un objet d'étude anthropologique, l'article affirme l'utilité d'une notion d'affect se démarquant d'autres approches qui mettent l'accent sur l'émotion. Les auteurs affirment que l'affect est utile parce qu'il est, par nature, réflexif et intersubjectif. L'affect renvoie aux relations pratiquées entre les individus, à la différence de l'émotion, toujours marquée par le spectre d'un individualisme psychologique.     

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A Simple Local Sensitivity Analysis Tool for Nonignorable Coarsening: Application to Dependent Censoring
Les données censurées à droite ou sur certains intervalles de temps sont des cas particuliers fréquents de données dégradées (Heitjan et Rubin, 1991). Comme avec les données manquantes, les méthodes statistiques courantes qui ignorent la nature aléatoire du mécanisme de dégradation peuvent conduire à des inférences incorrectes. Nous généralisons un outil simple d'analyse de sensibilité, l'indice de sensibilité locale à la non-ignorabilité (Troxel et al., 2004), à un modèle général de dégradation. En transformant cet indice en un simple graphique on peut facilement établir la sensibilité des inférences-clés à une dégradation non ignorable. Nous illustrons la validité de la méthode sur un exemple simulé, et l'appliquons à des observations de transplantation cardiaque censurées à droite, et à un essai clinique dans la maladie HIV où le temps nécessaire pour atteindre une charge virale détectable est censuré sur certains intervalles.     

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Determining the Effective Sample Size of a Parametric Prior
Nous présentons une définition de la taille d'échantillon efficace d'une loi a priori paramétrique dans un modèle bayésien, et proposons des méthodes pour calculer la taille efficace d'échantillon dans différents cas. Notre approche construit en premier une loi a priori choisie pour être vague dans un sens convenable, et met à jour cette loi a priori pour obtenir une suite de lois a posteriori correspondant à chacune des gammes de tailles d'échantillon. Nous calculons ensuite une distance entre chaque distribution a posteriori et la distribution a priori paramétrique, définie en terme de courbure du logarithme de chaque distribution, et la loi a posteriori minimisant la distance définit la taille d'échantillon efficace pour la loi a priori. Pour les cas où la distance ne peut pas être calculée de façon analytique, nous fournissons une approximation numérique basée sur une simulation de Monte Carlo. Nous fournissons en général des lignes de conduite pour l'application, illustrons la méthode dans plusieurs cas standards où la réponse est évidente et l'appliquons dans quelques cas moins standards.     

CORRESPONDENCE

J. Cao and C. Z. He              877
Les populations de nombreuses espèces d'oiseaux Nord-américains montrent des signes de déclin. La collecte d'informations sur le succès reproductif permet de détecter rapidement les populations fragiles et aide au développement de pratiques de gestion de l'habitat appropriées. Dans cet article, nous étudions la performance du modèle Bayésien (He, 2003) appliquéà des taux de survie au nid dépendant de l'âge dans le cas de visites irrégulières. Nous montrons que les estimations sont satisfaisantes, mise à part celle de la survie à l'âge 1. Plus le nombre de jours entre deux visites est grand, plus cette survie risque d'être sous-estimée. Nous avons étudié ce problème et développé trois approches pour contrôler ce biais. Les simulations montrent que les trois approches permettent d'améliorer de façon significative l'estimation de la survie de la classe d'âge 1.     

BIOMETRIC PRACTICE

The Skill Plot: A Graphical Technique for Evaluating Continuous Diagnostic Tests
Nous présentons ici le ≪ Skill Plot ≫ (graphe d'aptitude), une méthode d'aide à la décision, immédiatement exploitable, conçue pour les tests diagnostiques. Contrairement aux courbes ROC, une telle courbe d'aptitude permet un examen visuel aisé du seuil ou de la règle de décision optimal pour un test diagnostique. Le ≪ Skill Plot ≫ et le test qui lui est associé permettent également de juger si les diagnostics basés sur le seuil ainsi obtenu sont meilleurs qu'une imputation naïve (diagnostics tous estimés positifs ou tous négatifs). La mesure d'aptitude facilite ici la comparaison directe de l'utilité prédictive de deux classifications, comme l'aire sous la courbe est la statistique d'intérêt dans l'analyse ROC. Nous démontrons par ailleurs que le seuil issu du ≪ Skill Plot ≫ est équivalent au seuil obtenu par optimisation des rapports de cotes a posteriori dans le cadre de la théorie bayésienne de la décision. Enfin, nous présentons et discutons brièvement une méthode permettant de construire l'intervalle de confiance de ce seuil optimal.     

REGULAR ARTICLES

Dans ce papier, nous proposons un modèle hiérarchique bayésien prenant simultanément en compte les effets liés au support (i.e. la puce) pour détecter les gènes différentiellement exprimés. Nous montrons comment interpréter et utiliser les informations obtenues pour définir la liste des gènes nécessitant des investigations supplémentaires. Nous montrons empiriquement que la prise en compte des effets de support influençant les niveaux d'expression est nécessaire et nous explorons différentes fonctions non linéaires dans notre approche modèle-dépendante de normalisation des données. Notre modèle inclus des variances gène-spécifiques mais impose des contraintes relatives à la structure hiérarchique. La validité du modèle est discutée sur la base de contrôles prédictifs a posteriori. Modéliser les effets de support (la normalisation) simultanément avec les niveaux d'expression conduit à moins de résultats faussement positifs. Pour optimiser le choix de la liste de gènes d'intérêt, nous proposons de combiner plusieurs critères (par exemple la variation relative et l'expression totale) dans une variable indicatrice pour chaque gène. La distribution a posteriori de ces variables indicatrices est utilisée pour définir la liste de gènes d'intérêt, prenant ainsi en compte l'incertitude sur l'estimation des paramètres. Dans une application sur des données de souris invalidées, les annotations de Gene Ontology sur- et sous-représentées parmi les gènes de la liste choisie sont en accord avec les prévisions biologiques.     

Estimating larger carnivore numbers from track counts and measurements

Résumé Avoir conscience de l'abondance des grands carnivores est très important pour la gestion de leur conservation. Cependant, l'évaluation directe des nombres de carnivores est souvent difficile, nècessitant beaucoup d'argent et de temps, ce qui importe que l'échantillonnage indirect est une alternative fiable et valable. Les techniques de recensement à distance se sont montrèes économiques, renouvelables, et objectives. Nous avons donc estimé le nombre de grands carnivores de six espèces dans une superficie assez petite au nord de l'Afrique du Sud, en comparant trois méthodes d'échantillonnage basèes sur des décomptes des traces et mesures: (i) une approche qualitative, où les individus furent identifiés de manière subjective en étudiant les différences dans les mesures des traces; (ii) une approche quantitative qui se sert de la forte corrélation linéaire de la densité des traces à la densité des carnivores démontrée dans d'autres études; et (iii) une approche quantitative qui impliquent des analyses répétées de la variance et des post-enquêtes sur les mesures des traces afin de disposer des données statistiques pour identifier les différences entre des services des traces. Les trois méthodes fournirent des résultats comparables qui semblent raisonnables et qui peuvent être une bonne indication du vrai nombre de grands carnivores dans la zone de l'étude. Les rèsultats étayent la fiabilité des estimations indirectes de l'abondance de grands carnivores basés sur les données des traces, et sont prometteurs pour des futures recherches et pour la conservation de ces animaux.     

DISCUSSION PAPER

R. L. Prentice, M. Pettinger, and G. L. Anderson          899
Statistical Issues Arising in the Women's Health Initiative
Nous proposons un bref panorama du plan de l'essai clinique et de l'étude observationnelle de la WHI, ainsi qu'un résumé des résultats obtenus à partir de la partie de l'essai clinique dévolue à la thérapeutique hormonale post-ménopause. Depuis son démarrage en 1992, la WHI a été confrontée à plusieurs questions de nature statistique pour lesquelles de plus amples développements méthodologiques étaient nécessaires. Parmi ceux-ci, la modélisation des erreurs de mesure, et des méthodes d'analyse pour l'évaluation de la diététique et de l'activité physique; des méthodes de surveillance d'essai clinique lorsque les traitements peuvent concerner plusieurs champs cliniques aussi bien en bénéfice qu'en réaction adverse; le plan d'étude et les procédures d'analyse pour des données génomiques et protéiques de dimension élevée; et aussi des procédures d'analyse de données de durée lorsque les rapports de risque dépendent du temps. Ce dernier point apparaît important pour comprendre les différences entre les résultats de l'essai clinique et ceux de l'étude observationnelle en ce qui concerne le traitement hormonal postménopause et la pathologie cardio-vasculaire.     

READER REACTION

A Note on Testing Separability in Spatial-Temporal Marked Point Processes
Dans l'analyse du risqué environnemental, il est usuel de supposer l'indépendance stochastique (ou séparabilité) entre les traces associées aux événements aléatoires d'un processus spatio-temporel. Schoenberg (2004, Biometrics 60, 471–481) a proposé plusieurs tests statistiques de cette hypothèse, et a utilisé des données simulées pour en évaluer la performance. Il a obtenu un test de type Cramer-Von Mises, puissant pour détecter des écarts graduels à la séparabilité, mais non uniformément puissant sur une classe large de modèles alternatifs. Nous présentons une approche semi-paramétrique pour modéliser les hypothèses alternatives de séparabilité, et obtenons une statistique de score test. Nous montrons une relation entre ce score test et certaines des statistiques proposées par Schoenberg. Plus précisément, toutes sont des versions différentes des statistiques pondérées de Cramer-Von Mises. Ceci éclaire les causes des ressemblances et des différences entre les performances des tests. Nous insistons également sur certaines difficultés au contrôle du risque d'erreur de première espèce dans le test des résidus de Schoenberg.     

Knowledge and discipline – knowledge as discipline: aspects of the oral history of Irish sexuality

This article examines the recent history of sexual morality in rural Ireland. My thesis is that this history can be defined as a process of structural change in which a normative model has been replaced by a cognitive model. Both models give rise to disciplinary systems but, I argue, they differ from each other in their respective objects: whereas a normative model has the body as its immediate object of discipline, in the cognitive model body discipline is mediated through the individual's self. Since the normative model is grounded in religious values, I consider that this transition can be also interpreted as an instance of the process of secularization.  

Résumé

L'auteur examine l'histoire récente de la moralité sexuelle dans l'Irlande rurale. Sa thèse est que cette histoire peut être définie comme un processus de changement structurel dans lequel un modèle normatif a été remplacé par un modèle cognitif. Les deux modèles donnent tous deux naissance à des systèmes disciplinaires mais, de l'avis de l'auteur, ceux-ci n'ont pas le même objet : alors que le modèle normatif définit le corps comme objet immédiat de la discipline, la discipline corporelle dans le modèle cognitif est médiée par le Soi de l'individu. Dans la mesure où le modèle normatif est ancré dans les valeurs religieuses, l'auteur considère que cette transition peut aussi être interprétée comme une manifestation du processus de sécularisation.     

CONSULTANT'S FORUM

The DNA Database Search Controversy Revisited: Bridging the Bayesian--Frequentist Gap
Deux quantités différentes ont été proposées pour mesurer l'évidence dans les cas où un suspect est identifiéà partir d'une base de données de profils ADN. Le rapport de vraisemblance, habituellement développé dans le cadre bayésien, est préféré par de nombreux experts du domaine. La règle dite np a été suggérée sur des arguments fréquentistes par l'American National Research council (NRC) et Stockmarr (1999). Ces deux quantités différent considérablement et sont à la source d'une controverse sérieuse sur l'utilisation des bases d'ADN. Bien que plusieurs auteurs aient critiqué ces différentes approches, une explication claire sur le pourquoi de ces différences observées n'a jamais été proposée. Dans cet article, nous montrons que le degré de signification P dans un contexte fréquentiste est approximativement égal au résultat de la règle np . Nous soutenons cependant qu'une procédure plus raisonnable consiste à utiliser une stratégie de test conditionnel qui génère un P directement lié aux probabilités a posteriori ainsi qu'un rapport de vraisemblance. Cette façon d'aborder le problème construit un pont entre les approches bayésienne et fréquentiste et indique également que la règle np ne doit pas être utilisée pour quantifier l'évidence.     

DISTRIBUTION QUANTITATIVE DES DIVERS PHOSPHO-LIPIDES DANS LES NEURONES ET LES CELLULES GLIALES ISOLES DU CORTEX CEREBRAL DE RAT ADULTE

Resumé–— On décrit une méhode de préparation de neurones et de cellules gliales à partir du cortex cérébral, basée sur la dissociation du tissu à travers un tamis en nylon suivie ď une ultracentrifugation différentielle sur gradients de sucrose et de Ficoll.
On a dosé le DNA, ľazote protéque et les divers phospholipides. II ressort que le taux ď DNA par cellule est identique dans les neurones et les cellules gliales. Par contre, la quantité absolue ďazote protéique est 2.8 fois plus élevée dans les cellules gliales, celle des lipides totaux et des divers phospholipides 5-6 fois plus élevée.
La proportion de chacun des phospholipides dérminée par rapport aux phospholipides totaux est similaire dans les deux types cellulaires.     

Hot air and the Colonialist 'Other': the 'German-English-Dutch Airship Expedition' to New Guinea

Il est largement admis en anthropologie que les images de «l'Autre>> exotique font partie de la «technologie intellectuelle>> grâce à laquelle le colonialisme a étendu et maintenu son contrôle sur les frontières impériales. Faute d'analyse, toutefois, un autre type d'Autre se languit encore en anthropologie : le Colon à demeure. Dans les narrations analytiques standard, cette figure et le milieu dans lequel elle agit sont encore dépeints en termes radicalement uniformisés. En réalité, le colonialiste maison était un agent complexe, obligé de naviguer et de négocier entre plusieurs conjonctures culturelles et sociales dans le cadre du développement de projets coloniaux appelés àêtre exportés au loin. Dans le présent article, les auteurs cherchent à mettre en lumière l'Autre colonisateur et sa place dans le colonialisme en s'intéressant à la destinée de l' oberleutnant Paul Graztz, «héros>> colonial allemand de la fin du XIX^e siècle, et à sa tentative (vouée à l'échec) d'expédition topographique en Nouvelle-Guinée dans un aéronef «à air chaud>>.     

ACETYLCHOLINESTERASE DU MUSCLE, DE LA MOELLE EPINIERE ET DU CERVEAU DE GYMNOTE

Résumé— Dans le but d'étudier la localisation cytologique de I'AChE dans divers tissus de Gymnote, nous avons préparé un antisérum anti-AChE en utilisant une préparation commerciale partiellement purifiée, contenant une forme globulaire de l'AChE G _p. Cet antisérum réagit dans le test de double diffusion avec l'enzyme purifié G _p, mais également avec la forme globulaire spontanée G _b, ainsi qu'avec les trois espèces 'natives' asymétriques A , C et D . Nous avons mis en évidence l'existence de ces quatres formes G _b, A , C et D dans des extraits de cerveau, de moelle épinière et de muscle de Gymnote. La forme globulaire G _b est particulièrement abondante dans la moelle épinière et à un moindre degré, dans le cerveau. La distribution des espèes est identique dans le muscle et l'organe électrique. Grâce à notre antisérum, nous avom Iocalisé par immunofluorescence indirecte l'AChE dans les terminaisons nerveuses sur le muscle, dans le cytoplasme de certains neurones situés dans le centre moteur de la décharge (moelle épinière) et au voisinage du noyau central de la décharge (cerveau).     

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A . Ivanova , B. F . Qaqish , and M. J . Schell              540
Le but des essais de phase II en oncologie est d'évaluer l'efficacité d'un nouveau traitement et la dose étudiée est généralement la dose maximale tolérée telle qu'elle a été estimée préalablement dans un essai de phase I. En raison du manque de précision de cette estimation, de nombreux essais de phase II utilisent des règles d'arrêt pour toxicité. Nous montrons comment construire des règles d'arrêt séquentielles pour la surveillance en continu de la toxicité. Nous fournissons une table qui permet d'obtenir facilement les frontières, du type de celles de Pocock, pour diverses valeurs du pourcentage de toxicité et diverses tailles d'échantillon. Nous discutons l'estimation des pourcentages de toxicité et de réponse au traitement.     

BIOMETRIC METHODOLOGY

Matching in Studies of Classification Accuracy: Implications for Analysis, Efficiency, and Assessment of Incremental Value
Dans les études cas-témoins qui visent àévaluer une classification effectuée à partir d'un marqueur, il est courant d'apparier les témoins aux cas sur des facteurs liés à la maladie et au marqueur. Dans ce type d'études, par opposition aux études étiologiques, l'appariement n'a pas fait l'objet de travaux rigoureux. Nous étudions les implications de l'appariement sur le choix d'un modèle d'analyse statistique, sur l'efficacité et sur l'évaluation de l'apport supplémentaire du marqueur par rapport aux variables d'appariement. Nous observons que l'ajustement sur les variables d'appariement est essentiel car les mesures non ajustées des qualités du marqueur peuvent être biaisées. Dans de nombreuses situations, l'appariement est la plus efficace des méthodes d'échantillonnage en fonction des covariables et nous donnons une expression du rapport optimal nombre de cas/nombre de témoins. En revanche, nous montrons également que l'appariement complique sérieusement l'évaluation de l'apport supplémentaire du marqueur. Nous recommandons d'envisager l'intérêt d'un appariement à la lumière de ces résultats.     

READER REACTION

B. C . Jung , M . Jhun , and J. W . Lee              626
Ridout, Hinde et Demétrio (2001, Biometrics 57, 219–223) ont construit un test du score pour tester un modèle de régression de Poisson à inflation de zéro (ZIP) contre des alternatives binomiales négatives à inflation de zéro (ZINB). Ils précisent que le test du score utilisant l'approximation normale peut sous estimer le niveau de signification nominal notamment pour des petits échantillons. Pour y remédier, une méthode de bootstrap paramétrique est proposée. On montre que la méthode du bootstrap garde un niveau de signification proche du nominal et a une puissance uniformément plus grande que l'approximation normale existante pour tester cette hypothèse.     

READER REACTION

Sensitivity Analysis: Distributional Assumptions and Confounding Assumptions
Dans la présentation de diverses méthodes pour évaluer la sensibilité des résultats de la régression à une variable de confusion non mesurée, Lin et al. (1998) utilisent une hypothèse d'indépendance conditionnelle pour en déduire des relations algébriques entre l'effet de la véritable exposition et l'effet de l'exposition apparente dans un modèle réduit qui ne contrôle pas la variable de confusion non mesurée. Néanmoins, Hernán et Robbins (1999) ont noté que si les covariables mesurées et la confusion non mesurée affectent ensemble l'exposition d'intérêt, alors la principale supposition d'indépendance conditionnelle qui est utilisée pour en déduire les relations algébriques ne peut pas se produire. Un résultat particulier de Lin et al. n'est pas reliéà la supposition d'indépendance conditionnelle mais seulement à des suppositions concernant l'additivité. Il peut être montré que cette dernière supposition est satisfaite pour une famille entière de distributions même si les covariables mesurées et la variable de confusion non mesurée affectent ensemble l'exposition d'intérêt. Ces considérations clarifient le contexte approprié dans lequel des techniques d'analyse de sensibilité pertinentes peuvent être appliquées.