大麻品种遗传多样性的AFLP分析

利用POPGENE 3.2软件对13个不同来源的大麻群体进行遗传多样性分析。结果显示:云南地区的大麻群体具有最高的遗传多样性水平(PPB=88.82%,He=0.3000,I=0.4571),其次为黑龙江群体(PPB=75.66%,He=0.2572,I=0.3897)。13个大麻群体的多态位点百分率(PPB)为92.11%,Nei’s总遗传多样性(Ht)为0.3837,Shannon’s信息指数I=0.5374。群体内遗传多样性(Hs)为0.1640,群体间的遗传分化系数(Gst)为0.5725,总的遗传变异中有57.25%发生在群体间,42.75%发生在群体内。根据Nei’s(1978)的方法计算了13个大麻群体间的遗传距离和遗传一致度。结果显示:各群体间的遗传一致度在0.6556～0.9258之间,其中四川群体和广西群体间具有最高的遗传一致度(0.9258);云南群体与贵州群体和四川群体间遗传一致度分别为0.9196、0.9173。所有群体中甘肃群体和山西群体遗传一致度最低为0.6556,说明大麻种内具有较大的遗传变异。     

80份甘蔗种质RAMP标记遗传多样性分析

采用RAMP分子标记技术对80份甘蔗种质(32份祖亲种、48份栽培品种或品系)的遗传基础进行了分析。从30对引物组合中筛选出4对多态性较强引物,构建了甘蔗80份种质的RAMP指纹图谱,这四对引物组合共扩增出84条带,其多态性为91.7%。80份种质的遗传相似系数变化范围在0.433～0.988,平均0.710。聚类分析表明,随着相似系数结合线的不同,可分别将参试的甘蔗种质从属间(甘蔗属与斑茅种)、野生种(割手密种、大茎野生种、印度种、中国种)与栽培种(热带种)间、栽培种与杂交栽培品种(或品系)间区别开来。各祖亲种与杂交栽培品种(或品系)的遗传相似性由大到小依次为热带种>印度种和中国种>大茎野生种＞云南割手密种＞其它割手密种＞斑茅。另外,本试验首次利用RAMP标记,获得了部分热带种、野生种及斑茅种特异片段,并发现这些特异片段能不同程度地在具有其血缘的栽培种中得到传递。     

广东甘蔗品种遗传多样性的AFLP分析

采用15对多态性较好的AFLP引物对广东育成的41个甘蔗品种的遗传多样性进行分析.结果表明:每对引物的多态性位点平均为61.5,多态性位点百分率为77.40%.41个甘蔗品种间的遗传相似系数为0.5210～0.9211,平均为0.6842,遗传多样性属中等水平.聚类分析把41个品种分为2大类,在系谱中亲缘关系密切的大多数品种,如粤农81-762与粤农85-1285和粤农86-295,粤糖57-423与粤糖85-5和粤糖85-177等都能分别聚在一起.但也有例外,如粤糖83-251和粤糖83-271,都是CP72-1210×华南56-12组合的后代,但没有归为同一类.遗传多样性指数分析显示,不同年代的品种多样性指数差异明显,最高是80年代,为0.3072,最低是60年代,为0.1162;不同单位选育的品种遗传多样性指数变化不大,为0.2756～0.3061.加强新种质利用是有效提高甘蔗品种遗传多样性的重要措施.     

基于AFLP标记的中国西藏近缘野生大麦遗传多样性分析

选取7对引物组合, 构建了36份西藏近缘野生大麦和4份栽培大麦的AFLP指纹图谱, 共获得清晰可辨的条带227条, 其中多态性带194条, 占85.46％, 从DNA分子水平显示出所试材料遗传多样性较为丰富。计算得各样品间的遗传距离(欧氏距离)介于2.646~10.488之间, 应用离差平方和法对供试材料的AFLP数据结果进行聚类, 建立了40份大麦材料的AFLP树状图, 聚类结果将40份材料分为5类, 进一步揭示出供试材料间遗传背景的相似性和复杂性。结合Nei’s遗传一致性分析结果, 发现近缘六棱野生大麦较之近缘二棱野生与栽培大麦的亲缘关系更近, 支持栽培大麦是从野生二棱大麦起源, 而野生六棱大麦是进化过程中的过渡类型的大麦系统发生观点。     

青海湖不同支流中青海湖裸鲤的AFLP遗传多样性分析

为研究青海湖不同支流中青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)群体间的遗传差异,我们对采自于不同支流中的群体进行了扩增片段长度多态性分析(AFLP)。应用10对多态性引物在6个青海湖裸鲤群体中共扩增位点348个,其中多态性位点184个,多态性条带占总扩增条带的比例为52.9%;筛选得到79个特异位点,构建了AFLP指纹图谱,根据谱带特征可以将不同支流中的青海湖裸鲤准确区分。遗传聚类分析对比结果表明:当遗传相似系数为0.87时,将六条河流的裸鲤归为为四支,沙柳河、甘子河、黑马河各归一支,哈尔盖河、泉吉河、布哈河为同一支。研究结果为青海湖裸鲤遗传多样性检测和亲本选育提供了技术参数,对青海湖裸鲤资源保护和人工增殖放流工作中野生亲鱼的选择策略具有指导意义。     

用AFLP分析广东省鲜食橄榄品种资源遗传多样性

从64对引物组合中筛选出6对谱带清晰、多态性高的引物组合,对63个橄榄品种扩增,共扩增出417条多态性电泳谱带,多态性比率达100%,揭示了橄榄品种的遗传多样性。利用UPGMA对供试橄榄品种聚类,建立AFLP聚类图。结果表明:63份材料之间的遗传相似性系数为0.0606~0.7619,相似系数为0.312时,可将供试材料分为7个品种群,其中第1群包括45个品种,以‘潮阳甜榄’为代表,还可细分成3个组;第2群包括5个品种,以‘大纳甜’为代表;第3群包括4个品种,以‘潮阳三棱’为代表;第4群包括‘土甜’、‘文祠三棱’和‘早花三棱’3个品种;第5群包括‘铁条’和‘细粒’两个品种;第6群包括‘广太甜种’、‘西土’、‘鸡心’和‘车酸1号’4个品种;第7群只有‘凤湖橄榄’1个品种,与其他品种群亲缘关系较远,可能发生变异。     

兰属14种植物遗传多样性RAPD及AFLP分析

用RAPD和AFIJP技术分析了14种兰属植物的遗传多样性。RAPD筛选出12个随机引物和AFLP3对选择性引物组合均扩增出了丰富的多态性片段。分析结果按UPGMA类平均法进行聚类,所得到的RAPD和AFLP聚类结果基本一致,显示建兰与墨兰,寒兰与峨眉春蕙以及大雪兰与独占春之间的亲缘关系最近。     

硬核资源遗传多样性的AFLP分析

为了解云南省硬核[Scleropyrum wallichianum（Wight et Arn.）Arn.]的遗传多样性,采用AFLP标记分析了7个居群84份种质材料的遗传变异。结果表明,从64对引物组合中挑选出多态性较好的引物8对,共扩增出1 728条带,其中多态性条带1 388条,多态性百分率为80.14%。硬核在物种水平的多样性指数分别为Na=1.416,Ne=1.179,H=0.137,I=0.225,在居群水平上分别为H=0.111,I=0.175;在遗传相似性系数为0.52时,这些种质材料可分为3组,其中易武居群具有丰富的遗传变异,大部分的遗传变异存在于居群内,而在0.05置信区间内居群间遗传变异仅为11.5%;居群间的遗传距离和地理距离无显著相关性（r=0.0323,P=0.5820）。因此,硬核资源可采用就地和迁地保护策略,以增加其遗传多样性。     

辽东湾斑海豹遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP标记技术对辽东湾斑海豹的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物对斑海豹3个群体(按不同采样年份分类)43个个体扩增共得到241个位点,3个群体内的多态位点比例为80.45%～95.85%,总多态位点比例为99.59%。群体的香农(Shannon)多样性指数为0.3817～0.4716,群体间的遗传距离在0.1742～0.4023之间。2007年群体的多态位点比例、Shannon多样性指数均高于2006年群体,2005年群体处于中等水平。用NTSYS软件进行个体聚类及UPGMA方法构建的群体系统树,发现3个群体的个体基本随机聚到一起,界限不十分明显,说明3年的群体差异不明显,甚至可以认为它们是混合群体。结果表明,斑海豹群体遗传多样性水平较低,遗传结构趋于简单化,且存在较强的基因交流。     

萝卜品种指纹图谱SRAP与AFLP分析

应用SRAP与AFLP两种分子标记技术进行了萝卜品种鉴定分析。对萝卜基因组DNA的SRAP-PCR反应体系中引物、Mg2 、dNTPs浓度进行优化,确定最优体系为引物0.3μmol.L-1,dNTP 0.2 mmo.lL-1,Mg2 3.0 mmo.lL-1。对SRAP-PCR中的退火温度(50℃)设置了12个梯度处理,以em2-me2为引物时带型无明显差异。7个供试萝卜材料的SRAP和AFLP指纹图谱分析表明,供试材料均可被SRAP和14个AFLP引物准确鉴定,每对引物组合都产生独特的指纹图谱。11个SRAP引物组合共产生155条带,多态性条带84条。聚类分析与相对遗传距离(GD)表明,供试材料聚为4类,CB-03-2与SHCB-02-1亲缘关系最近(GD=0.054 9);齐虹大连和Heiseng的亲缘关系最远(GD=0.203 4)。基于16个AFLP标记引物组合分析结果表明,供试材料聚为3类,CB-03-2和SHCB-02-1的亲缘关系最近。SRAP与AFLP综合分析结果表明,供试材料可聚为3类,其中CB-03-2与SHCB-02-1亲缘关系最近(GD=0.047 6)。     

武陵山区蛇足石杉遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP分子标记对武陵山区蛇足石杉(Huperzia serrata)4个居群进行遗传多样性的研究,结果表明:(1)7对引物组合共扩增出条带615条,其中549条为多态性条带;在物种水平上,多态性条带百分率PPB=89.27%,有效等位基因数Ne=1.257,Nei’s基因多样度指数H=0.178,Shannon多样性信息指数Isp=0.298;在居群水平上,PPB=71.42%,Ne=1.235,H=0.154,Shannon多样性信息指数Ipop=0.251;遗传多样性在居群间有明显的差别,其中坪坝营(PBY)居群最高(PPB=81.95%),而铁峰山(TFS)居群最低(PPB=64.55%)。(2)居群间的遗传分化较低,基于Nei’s基因多样性分析结果显示,居群间遗传分化系数GST=0.159;Shannon’s居群分化系数[(Isp-Ipop)/Isp]为0.16;WINAMOVA分析显示,武陵山区蛇足石杉的遗传变异主要存在于居群内,居群内的遗传变异分量为65.057,占总变异的75.77%,而居群间的遗传变异分量为20.804,占总变异的24.23%;居群内存在极显著的遗传分化(ΦST=0.242,P0.001)。(3)由遗传分化系数(GST)估计,武陵山区蛇足石杉居群间的基因流Nm=2.647,表明蛇足石杉属于异交种。(4)两两居群间的Nei’s遗传一致度(IN)范围为0.031 0~0.969 4;Mantel检测结果显示,居群间的遗传距离与地理距离之间不存在显著的正相关关系(r=0.269,P=0.887)。研究认为,遗传多样性与遗传结构主要决定于居群历史,较少干扰而稳定的居群偏向克隆生殖,遗传多样性较低,而新建居群的遗传多样性则较高;克隆生长、生态位选择、异交,以及有效的孢子风媒传播等可能是其维持较高遗传多样性水平的因素,而过度采挖等人类活动和生境片断化是导致蛇足石杉濒危的主要因素。     

陕西唐棣遗传多样性和遗传分化的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性分子标记技术对陕西省分布的6个野生唐棣居群的96个个体进行了遗传多样性分析, 以明确野生唐棣资源的亲缘关系,为唐棣资源的保护、良种选育和开发利用提供理论依据。结果显示：(1)从64对引物组合中筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,共扩增出277条清晰条带,其中多态性条带116条,多态性位点百分率为42.86%。(2)UPGMA聚类、主坐标分析(PCoA)和遗传结构分析结果相似,将6个陕西野生唐棣居群分成2大支,秦岭南北居群间遗传分化明显,且群体间存在一定基因流。(3)分子方差分析(AMOVA)结果显示遗传变异主要存在于居群内(63%),居群间遗传变异为37%。Mantel检验表明陕西唐棣居群地理距离与遗传距离之间无明显相关性(r = 0.192,P = 0.220)。研究表明,AFLP分子标记可以准确、有效地用于唐棣遗传多样性分析;唐棣遗传变异主要来源于居群内,居群间的基因交流有限;陕西野生唐棣遗传多样性水平较低,但部分居群的遗传多样性较高。该研究结果可为野生唐棣资源的保护、良种选育和开发利用提供理论依据。     

直立百部遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对直立百部4个居群的84个样本进行遗传多样性研究,探讨山东百部种的地位。结果表明:(1)15个引物共检测到184条清晰的谱带,其中多样性条带153条;直立百部的遗传多样性水平较高,其物种水平多样性条带百分率(PPF)为83.15%,有效等位基因数(Ae)为1.425,Shannon多样性指数(I)为0.388,Nei’s多样性指数(Hpop)为0.254。(2)居群平均水平上多样性条带百分率为63.04%,有效等位基因数为1.351,Shannon多样性指数为0.310,Nei’s多样性指数为0.206。(3)AMOVA分析显示直立百部居群间遗传分化水平(ΦST)为0.126 3,POPGENE分析显示居群间的遗传分化系数(GST)为0.191 1,二者均表明居群内变异大于居群间变异;直立百部居群间的基因流(Nm)为2.116 6,说明居群间的基因交流较频繁。(4)聚类及主成分分析显示,直立百部4个居群聚为两支,其中泰山居群与其他居群关系较远,以蔓生百部和大百部为外类群分析的结果支持将山东百部作为直立百部的异名,Mental检测显示居群间遗传距离与地理距离间没有显著相关性。     

四川核桃良种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

为构建四川核桃良种指纹图谱,分析遗传多样性,增强品种间的区分能力,该研究利用SSR标记技术,对四川29个核桃良种进行遗传多样性和聚类分析。结果表明:(1)11对SSR引物共检测到121个基因型和80个等位基因,平均每个位点7.273个等位基因和11个基因型。(2)11个位点的平均有效等位基因数为3.644,平均观察杂合度为0.645,平均期望杂合度为0.718,平均香农信息指数为1.518,平均多态信息含量为0.680。(3)采用引物组合法利用引物wga001、wga032和zmz02构建了29个核桃品种的指纹图谱。(4)聚类分析结果表明,29个核桃品种按照品种类型优先聚类,四川本地核桃品种聚类关系与地理来源没有明显的相关性。研究认为,选用的11个SSR标记能够较好地运用于四川核桃品种的遗传多样性研究(PIC0.5);29个四川核桃品种间亲缘关系较近,遗传基础相对较窄。     

野生翠雀传粉生物学特性研究

对从北京郊区引种的野生翠雀(Delphiniun grandiflorum L.)的开花习性进行了观察,对其花粉活力、柱头可授性,花粉/胚珠比(P/O),杂交指数(OCI)进行了检测,并进行了人工授粉实验。结果表明:(1)翠雀的花序为总状花序,具3~15朵花,花梗长1.5~3.8cm,单花期10d,花序花期15~18d。(2)翠雀花粉活力日变化呈先升高后降低的趋势;柱头在开花当天至开花后4d无可授性,在开花后的5d、6d有可授性。(3)翠雀的花粉胚珠比(P/O)为2 159.14,杂交指数OCI为5;人工授粉实验表明,翠雀在自然条件下能够结实,结实率为100%;存在自主自花授粉现象,部分自交亲和,结实受传粉者限制;不存在无融合生殖现象。(4)翠雀主要的访花昆虫有四条无垫蜂和短腹管蚜蝇。研究认为,翠雀的繁育系统为兼性异交或专性异交,部分自交亲和,需要传粉者。     

32份辣椒种质遗传多样性的同工酶分析

基于叶片的过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)及花蕾的酯酶(EST)同工酶酶谱的聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分析,对32份辣椒种质的遗传多样性进行了研究。结果表明:(1)共产生29种谱带,其中POD谱带13种234条,多态性位点比例(PPL)和相对迁移率(Rf)变化范围分别为50.0%~80.0%和0.05~0.69;SOD谱带8种140条,PPL、Rf分别为100.0%、0.38~0.88;EST谱带8种163条,PPL、Rf分别为50.0%~87.5%、0.16~0.89。(2)共发现多态位点26个,PPL、总基因频率(Pt)、等位基因平均数(A)、Nei基因多样性指数(He)、Shannon信息指数(SII)、平均遗传一致度(GI)和遗传距离(GD)分别为89.66%、0.578 7、1.896 6、0.272 2、0.415 2、0.736 6和0.314 3;32份辣椒材料的Jaccard遗传相似系数为0.348~0.905,并聚类为4个栽培种群。(3)4个栽培种群内基因多样度(HS)为0.143 6;种群间基因多样度(DST)、基因分化系数(GST)、GI和GD分别为0.149 4、0.51、0.784 4和0.246 6。(4)9份紫色辣椒种质共发现多态位点16个,PPL、Pt、A、He、SII、GI和GD分别为55.17%、0.611 1、1.551 7、0.194 1、0.291 9、0.781 6和0.249 4。研究认为,32份辣椒材料的总体、栽培种间和种内以及紫色材料间遗传分化程度大,为紫色辣椒杂交育种的亲本选配与绿色品种的遗传改良提供了参考依据。     

基于ISSR分子标记的西藏杓兰种群遗传多样性分析

西藏杓兰(Cypripedium tibeticum)是具有很高观赏和药用价值的兰科植物,已被列为中国优先保护的濒危植物。该研究采用ISSR分子标记技术,对采自中国西部地区的7个西藏杓兰种群进行遗传结构及遗传多样性分析,为中国野生西藏杓兰种质资源的保护提供理论依据。结果显示:(1)从100条ISSR引物中共筛选出12条多态性高、重复性好的引物,共检测出136个位点,多态位点百分率(PPB)达100%,总体Nei's基因多样性指数(H_e)和Shannon信息指数(I)分别为0.318 6和0.484 3,种群间的Nei's遗传距离在0.033 3～0.170 1之间,Nei's遗传相似度在0.843 5～0.967 3之间,总体遗传分化系数(G_(st))和基因流(N_m)分别为0.222 9和1.743 0。(2)基于UPGMA法和邻接法的种群系统聚类结果均显示出四川种群与陕西种群之间存在遗传分化。总体上西藏杓兰种群间遗传分化与地理隔离之间相关性不显著。研究认为,西藏杓兰种群在分子水平上具有丰富的遗传多样性,且四川种群与陕西种群已产生了遗传分化;ISSR分子标记可用于西藏杓兰种群遗传多样性、遗传结构及种群间遗传分化等方面的研究。     

Genetic Relationships of Ornamental Cultivars of Ginkgo biloba Analyzed by AFLP Techniques

Eight primer combinations that produced clear and a large number of polymorphic bands were screened from 64 EcoR I/Mse I primer combinations (Mse I fluorescent labeled). The genetic relationships of 21 ornamental cultivars of Ginkgo biloba L. from the United States of America, Holland, Japan, France, and China were analyzed. These primer combinations produced a total of 1 119 bands, 229 specific loci (including 54 absent bands, and 175 monomorphic bands). Among them, 983 polymorphic bands (PPB), accounting for 88%, were detected. The percentage of identification per primer combination was as high as 100%. The average PPB of 14 foreign cultivars was 35.86% and the average PPB of seven domestic cultivars was 31.51%. Genetic similarity coefficient (SC) among all cultivars varied from 0.4899 to 0.8499, and all cultivars were divided into the four clusters when SC was set at 0.7300. The cultivars from the same origin did not fall into the same group. The cultivars from France and China were classified into three groups. According to the comprehensive analyses based on specific loci, similarity coefficient, and clustering results, eight cultivars ‘Fastigiata’, ‘Tit’, ‘Tubifolia’, ‘Daeryinxing’, ‘Variegata’, ‘Horizontalis, ‘Pendula’, and ‘Yiyuanyeziyinxing’ were considered to be important germplasms of ornamental cultivars of Ginkgo biloba.     

白芨SSR引物筛选及群体遗传多样性研究

白芨(Bletilla striata Rchb.)为中国珍稀濒危植物,重要的药用植物。该研究基于Illumina测序技术构建白芨基因组文库和微卫星文库,设计白芨微卫星引物,用白芨4个野生种群80个个体对引物进行多态性检测,应用4个白芨近缘种中进行引物的通用性检测,并在此基础上分析了白芨的遗传多样性和遗传分化,以探讨白芨的遗传结构和进化潜能。结果表明:(1)白芨基因组中微卫星片断丰富,共检测出17 841条微卫星片断。基于白芨微卫星库对100个位点设计了引物对,经PCR扩增和检测筛选出能够稳定扩增的多态性位点20个,每个位点的复等位基因数(Na)在2~6之间,平均为3.85;20对引物的大部分能够在4个白芨近缘种中成功扩增。(2)白芨在物种水平均有较高的遗传多样性(Na=3.85,I=1.07,H=0.614 7),白芨种群遗传分化强烈(Gst=0.43),居群间的基因流较弱(Nm=0.867 6),居群聚类分析结果均表明地理距离较近的居群具有较近的遗传关系。