基于模板的蛋白质结构预测

基于模板的蛋白结构预测和不依赖模板的蛋白结构预测是计算预测蛋白质三维结构的两种方法,前者由于具有快速和较高准确性的优点,而得到了广泛的应用.基于模板的结构预测是通过寻找与目标蛋白序列相似并且有实验测定的结构作为模板,进而构建目标序列的结构模型的方法.文章详细综述了基于模板的结构预测方法的步骤、关键环节,并对影响结构预测...     

转基因棉籽检测中DNA模板提取方法研究

在转基因棉籽的检测中,需要得到合适的DNA模板,以进行PCR扩增。应用CTAB1,CTAB2,KIT,KIT1,SDS等五种DNA模板提取方法提取转基因棉籽中的DNA模板,根据模板DNA的OD260/OD380值,波长扫描,琼脂糖凝胶电泳,3个基因的PCR扩增结果,评价五种DNA模板提取方法的提取效果,发现以KIT1方法提取棉籽中DNA模板效果为好,可用于实际检测中。     

γ-线辐射对大鼠肝脾染色质及转录活性染色质模板活性的影响

 本文从染色质及转录活性染色质的模板效率探讨辐射对核转录活性影响的机制。实验结果表明:(1)肝脾染色质模板功能的变化分别平行与肝脾细胞核转录活性的变化提示,辐射至少部份是通过改变染色质的模板功能而影响细胞核的转录活性;(2)体外照射下,活性染色质模板活性较非活性染色质改变明显,提示射线可能主要是通过影响活性染色质区域的模板功能而改变核合成RNA的能力。     

电子病历疾病模板控制在病历质量管理中的作用

目的 探索通过对电子病历疾病模板的专业性和规范化的控制提高病历质量。方法 对某综合性三甲医院的临床医生进行问卷调查。内容包括：调查对象对电子病历相关管理规范的认识,疾病模板的合理性及数量,使用疾病模板对提高工作效率、科研水平及改善病历质量等方面的作用。结果 92.14%的人员认为使用电子病历模板后减少了病历书写时间,83.90%的人员认为使用模板后改善了病历书写质量,92.17%的人员认为使用模板对科研工作有利。另外仅有29.87%的调查对象了解电子病历模板的制作规范,了解程度较低。结论 完善的电子病历疾病模板对提高工作效率、科研水平及改善病历质量具有重要作用。但在实际应用过程中仍存在不足,亟待解决。完善病历模板、加强质量监控可以提高电子病历质量及信息利用率。     

RNA聚合酶的模板特异性

研究了多种动物、植物、酵母及细菌RNA聚合酶对不同DNA模板的转录活性,结果表明,各种RNA聚合酶都表现出对同源模板比对异源模板具有更高的转录活性;对热变性DNA比对天然DNA有更高的转录活性。用混合DNA作为转录模板时,玉米RNA聚合酶B和615小鼠RNA聚合酶B都能优先转录其同源模板。     

一种快速制备丝状真菌PCR反应模板的方法

为建立一种快速、简便制备丝状真菌PCR反应模板的方法,提高丝状真菌菌株鉴定与转化子筛选效率,本试验以10种不同种丝状真菌为材料,比较了3种不同试剂微波法制备丝状真菌PCR反应模板的效果,并优化了微波处理的时间。试验结果表明,取少量菌丝,加入50mmol/L NaOH,无菌吸头将菌丝打散,微波炉高火处理30s,离心取上清,即可获得用作PCR反应的模板。该方法制备的10种不同种丝状真菌PCR反应模板用ITS引物进行扩增,都可得到与传统CTAB法提取的DNA模板同样清晰明亮的扩增条带。该法制备的PCR模板可用于不同引物和不同公司的PCR反应产品扩增。将该方法制备的PCR模板用于囊状匍柄霉Stemphyliumvesicarium转化子的筛选,其结果与传统CTAB法提取的DNA结果一致。此法为丝状真菌提供了更加快速简便的PCR模板制备方法,极大减少了DNA提取的人力和物力成本。     

一种基于预测搜索的基因芯片优化方法

掩模板在高密度基因芯片的探针合成过程中起着重要的作用 ,由于其制造工艺复杂、造价较高 ,因此在不改变探针合成结果的条件下 ,需要尽可能的减少基因芯片探针合成过程中所用的掩模板数量。提出了一种新的预测搜索算法 ,对掩模板进行了优化设计 ,对设计结果的测试显示 ,其减少的掩模板数量超过了传统方法的 2 0 % ,表明了该算法的有效性     

Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板

基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法,该类方法的成功与否对模板质量的要求较高。为待预测序列找寻合适的模板,本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据比对结果的Z-score得分高低顺序挑选出合适的模板。结果表明:本文的profile-profile比对方法在测试集上的性能明显优于PSI-BLAST,相比PSI-BLAST在测试集上的准确度提高了约14.3%,配对t检验的结果表明准确度的提高具有统计显著性。从而得出如下结论:本文的profile-profile比对方法可以用于为序列相似性较低的待预测序列搜索远距离同源模板,并用于指导后续的三级结构预测。     

应用引物延伸预扩增提高微量DNA拷贝数

采用引物延伸预扩增方法 ,可普遍提高微量模板DNA的拷贝数 ,便于进行基因分析时克服标本量少、来源困难的制约。采用常规扩增、检测 2 4 8bp的DYZ1片段体系为观察对象 ,其最小模板量需 1.5ng/2 0 μl体系。以 15个碱基随机寡核苷酸为引物 ,对最小模板量进行预扩增 ,再以其产物 1/10为模板 ,特异扩增DYZ1片段。进行相对定量分析 ,判断原模板DNA拷贝数增加的程度。结果 1.5ng男性DNA经随机扩增后 ,此DYZ1片段拷贝数增加了 10倍以上 ,大大地提高了特异DNA片段扩增的模板量。表明经随机引物延伸预扩增后 ,微量标本DNA片段拷贝数获得普遍提高 ,增加了微量DNA扩增的敏感度     

一种快速高效获取丝状真菌PCR反应模板的方法

建立一种快速高效获取丝状真菌PCR反应模板的方法,提高丝状真菌PCR鉴定效率。通过单因素法对机械破壁联合微波法进行条件优化,利用优化后的方法获取13株不同种属丝状真菌的PCR反应模板,同时与Chelex-100法、机械破壁法作对比,以试剂盒抽提法作为阳性对照,进行ITS序列扩增,琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果。机械破壁联合微波法获取丝状真菌PCR反应模板的最佳条件为40 Hz机械破壁1 min、微波700 W高温裂解3 min,采取该法与试剂盒抽提法获得的模板均成功扩增13株不同种属丝状真菌ITS序列,且PCR鉴定结果一致;Chelex-100法获得的模板成功扩增6株丝状真菌ITS序列;机械破壁法获得的模板虽成功扩增9株丝状真菌ITS序列,但扩增效果欠佳。机械破壁联合微波法能够有效获取丝状真菌PCR反应模板,与试剂盒抽提法相比具有操作简便、快速高效的优点,提高丝状真菌PCR鉴定效率。     

HCV NS5B蛋白对HCV RNA的模板特异性研究

在大肠杆菌菌株BL21(DE3)中表达并纯化HCV的依赖于RNA的RNA多聚酶(RNAdependentRNApolymerase,RdRp,NS5B蛋白)。以HCV正、负链RNA3′末端的序列为模板,体外研究NS5B蛋白催化的RNA合成。结果显示,正链RNA在体外不能指导RNA合成,而负链RNA模板可以产生一条全长的正链RNA产物,表明NS5B对负链RNA具有模板特异性。NS5B对负链RNA的特异性在模板竞争性实验中得到进一步证实,正链RNA的存在和竞争对以负链为模板的RNA合成没有影响。这样,就合理解释了在HCVRNA复制时正链RNA的数量远比负链RNA多这一问题。同时,本实验的结果也为进一步研究病毒或其它细胞因子参与以正链RNA为模板进行的RNA合成,以及有关负链RNA模板特性的研究奠定了基础。     

HCV NS5B蛋白对HCV RNA的模板特异性研究

在大肠杆菌菌株BL21(DE3)中表达并纯化HCV的依赖于RNA的RNA多聚酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp,NS5B蛋白).以HCV正、负链RNA 3′末端的序列为模板,体外研究NS5B蛋白催化的RNA合成.结果显示,正链RNA在体外不能指导RNA合成,而负链RNA模板可以产生一条全长的正链RNA产物,表明NS5B对负链RNA具有模板特异性.NS5B对负链RNA的特异性在模板竞争性实验中得到进一步证实,正链RNA的存在和竞争对以负链为模板的RNA合成没有影响.这样,就合理解释了在HCV RNA复制时正链RNA的数量远比负链RNA多这一问题.同时,本实验的结果也为进一步研究病毒或其它细胞因子参与以正链RNA为模板进行的RNA合成,以及有关负链RNA模板特性的研究奠定了基础.     

大肠杆菌和酵母PCR模板制备的优化

对快速制备大肠杆菌和酵母基因组DNA PCR模板的方法进行了优化。实验证明加入0.1%Triton X-100和0.1%SDS的煮沸法能够明显提高大肠杆菌基因组模板的扩增效率,加入0.1%SDS的煮沸法在提高酿酒酵母基因组模板的扩增效率方面也有类似效果,但加入0．1％Triton X—100的煮沸法对酿酒酵母基因组模板的扩增仅有较小的作用。     

一种有效的DNA序列测定方法

比较了单链和双链DNA(ss和dsDNA)模板和两种不同的聚丙烯酰胺凝胶电泳对DNA序列测定的影响。结果表明:在相同的条件下,ssDNA模板明显优于dsDNA模板;缓冲液梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳测定DNA序列的长度在40cm长的胶上可达350nt。而一般的线性聚丙烯酰胺凝胶电泳才可测150nt。对于基因组序列分析,采用单链DNA模板和缓冲液梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳是一种有效的测定方法。     

应用引物延预扩增提高微量DNA拷贝数

采用引物延伸预扩增方法,可普遍提高微量模板ＤＮＡ的考贝数,便于进行基因分析时克服标本时少、来源困难的制约,采用常规扩增、检测２４８ｂｐ的ＤＹＺ１片段体系为观察对象,其最小模板量需１．５ｎｇ／２０μｌ体系。以１５个碱基随机寡核苷酸为引物,对最小模板量进行预扩增,再以其产和１／１０为模板,特异扩增ＤＹＺ１片段。进行了相对定量分析,判断源模板ＤＮＡ拷贝数增加的程度。结果１．５ｎｇ男性ＤＮＡ,经随机扩增后     

互补引物/模板评价毕加酵母表达的丙型肝炎病毒RNA依赖的RNA聚合酶

构建含有感染性克隆HCV非结构基因5b区序列的酵母表达质粒,转化毕加酵母,获得持续、可溶性HCV RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)的表达,纯化蛋白在SDS-PAGE及Western blot中显示出特异性的64.2kD HCV RdRp蛋白带,同聚引物/模板测定显示RdRp的活性极低,延长反应时间,RNA聚合活性仅轻度升高.采用合成的杂聚互补引物/模板,未发现核苷酸在毕加酵母表达的RdRp作用下掺入模板,随时间延长,杂聚互补引物/模板降解.     

SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动分类分析

蛋白质折叠规律研究是生命科学领域重要的前沿课题之一,蛋白质折叠类型分类是折叠规律研究的基础。本研究以SCOP数据库的蛋白质折叠类型分类为基础、以Astral SCOPe 2.05数据库中相似性小于40%的α、β、α+β及α/β类所属的折叠类型为研究对象,完成了989种蛋白质折叠类型的模板构建并形成模板数据库;基于折叠类型设计模板建立了蛋白质折叠类型分类方法,实现了SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动化分类。家族模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:95.00%、99.99%、0.94与90.00%、99.97%、0.92,折叠类型模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:93.71%、99.97%、0.91与86.00%、99.93%、0.87。结果表明:模板设计合理,可有效用于对已知结构的蛋白质进行分类。     

标尺模板在Branemark种植修复中的制作和应用

目的:制作并观察标尺模板在指导Branemark种植手术,提高手术安全性方面的作用。方法:选择15例患者52颗种植体,铸造制作标尺模板后戴入口腔拍摄曲面体层片。根据影象所显示的适宜种植区域与颏孔、上颌窦等颌骨重要解剖结构的位置,结合上部修复设计选择Branemark种植体数量与植入点,并借助标尺模板的定位网格予以记录。手术时将标尺模板戴入口腔,根据记录结果在颌骨表面显示种植体入点与颌骨重要解剖结构的位置,指导手术进行。术后戴入标尺模板拍摄对照片,判断种植体与预定位置的吻合性。结果:52颗种植体中,除1颗种植体因术中临时改变种植位置,其余51颗种植入位置均与术前计划一致。结论:在Branemark种植修复中制作并应用标尺模板,能方便直观地帮助术者将种植体植入预定位置,避免损伤颏孔等颌骨重要解剖结构,提高了手术的正确性与安全性。     

家蚕丝腺细胞模板活性染色质中丝质基因的检测

以家蚕(Bombyx mori)丝质基因中具有高度特异性的核心区重复单元合成光敏生物素标记的DNA探针;利用斑点滤膜杂交及亲和素——酶联系统显色,检测出家蚕五龄末期(第6—7天)后部丝腺细胞模板活性染色质中富含丝质基因。在以相应的非模板活性染色质和全染色质作为对照下,测得丝质基因占模板活性染色质DNA的0.02%左右,相当于全基因组中含量的10倍。这一结果为模板活性染色质介导的基因转移提供了强有力的的分子生物学证据,说明利用模板活性染色质选择性地分离和转移某些目的基因是完全可能的。     

转录介导的扩增技术及其在诊断中的应用

转录介导的扩增技术可以RNA或DNA为模板,利用RNA聚合酶和逆转录酶在约42°C等温反应条件下进行扩增,产物为RNA。该技术在每一循环可产生模板的100～1000个拷贝转录本,15～30 min可将模板扩增约1010倍,在人类白细胞抗原等位基因分型、细菌和病毒的快速检测中发挥了重要作用。