单病种数据中心在临床科研中的应用

随着医院信息化建设的不断深入发展和建设,医院信息系统中积累了大量宝贵的临床数据。为了提高医院数据在临床科研中的应用,我们在智能数据平台的基础上建立了单病种科研数据中心。通过对临床科研需求的深入调研和数据的深度解析,我们在数据中心提取出临床科研所关心的患者诊疗数据。利用多维度筛选、队列研究、维恩图对比等工具临床科研人员可以方便获取科研样本集合。单病种数据中心的建立使得医院系统中临床数据资源价值得到了极大提升。     

外来物种入侵大数据采集方法的建立与应用

为准确、快速地获取入侵生物野外调查数据, 我们基于全球卫星导航系统、地理信息系统、移动互联网等现代信息技术提出了外来物种入侵大数据采集方法, 设计并研发了数据表单可自定义的野外调查工具软件——云采集。该系统以Android手机为数据采集终端, 采用C#和Java语言设计开发, 运用卫星导航定位技术实现野外调查发生位置的快速采集, 通过定义9种调查指标的数据类型及指标(列值)默认值、图像拍摄、语音录入、排序等4个辅助属性, 建立调查指标与手机客户端数据录入界面的关联, 实现用户界面可定制的数据录入模式。该系统在国家重点研发项目、福建省科技重大专项及福建省红火蚁(Solenopsis invicta)疫情普查等项目的调查任务中予以应用。实践检验表明: 该系统实现了野外调查数据的离线采集、数据同步、数据查询与输出管理, 将移动智能终端采集取代传统的纸笔记录, 简化了野外调查的流程, 提高了入侵生物野外调查的数据质量, 为外来生物入侵野外调查大数据采集提供了信息化支持。     

生物数据标准化研究进展

随着生物测序技术的快速发展,积累了海量的生物数据。生物数据资源作为生物分析研究及应用的核心和源头,为保证数据的正确性、可用性和安全性,对生物数据资源进行标准化的管理非常重要和迫切。本文综述了目前国内外生物数据标准化研制进展,目前国内外对生物数据缺少一个总体的规划,生物数据语义存在大量的不兼容性,数据格式多种多样,在生物数据收集、处理、存储和共享等方面缺乏统一的标准。国内外生物数据标准化处于起步阶段,但各国生物专家都在努力进行标准研制工作。文章最后从生物数据术语、生物数据资源收集、处理和交换、存储、生物数据库建设和生物数据伦理规范等方面出发,对标准研制工作进行一一探讨,期望能为生物数据标准制定提供一定的参考和依据。     

基因芯片数据分析及在植物基因组研究中的应用

基因芯片作为一种新兴的技术手段已经在植物学、动物学、医学和农学等多个研究领域中发挥了重要作用。本文就基因芯片数据分析的各个环节,包括芯片数据的预处理、归一化、差异基因的判断、聚类分析以及基因芯片在植物功能基因组研究中的应用进行了综述。     

Biological Databases for Human Research

The completion of the Human Genome Project lays a foundation for systematically studying the human genome from evolutionary history to precision medicine against diseases.With the explosive growth of biological data, there is an increasing number of biological databases that have been developed in aid of human-related research. Here we present a collection of humanrelated biological databases and provide a mini-review by classifying them into different categories according to their data types. As human-related databases continue to grow not only in count but also in volume, challenges are ahead in big data storage, processing, exchange and curation.     

医院全成本核算数据集成化管理的探讨

面对目前医院全成核算系统存在的各种弊端及困难,通过依托内部运行机制及现有的各项数据资源进行合理整合,无缝地将不同系统间的数据,按照统一的接口规则、标准的调控规范,采用科学的方法进行融合,实现全成本核算数据的高度集成化管理。利用科学的方法路线与技术路线详细分析并阐述了数据集成化的构建内容、集成化的管理作用,并对集成化管理的战略影响进行了必要的展望。     

GlyCosmos门户网站在聚糖科学研究中的功能概述

近年来生物学领域的研究不断达到新高度,聚糖逐渐吸引越来越多科学家的目光,很多研究表明聚糖具有多种生物活性,越来越多的相关科研人员开始关注聚糖在生命过程中的作用及其机制。糖生物学逐渐成为生物学领域的热点学科。对于拟从事糖生物学研究或者刚进入该领域的新人来说,GlyCosmos作为一种全面的、统一的糖科学开放门户网站,其数据免费向大众公开,提供了对聚糖相关数据的访问,包括存储库,糖原、糖蛋白、信号通路和疾病相关的各种数据库及Glycome多种可视化数据库,目前最为前沿和统一的多种标准化多糖表示方法及其他多种功能。该网站是近两年才建成,但目前已被广泛使用也被糖生物学家所熟知。本文就GlyCosmos门户网站中的各项功能进行概述,希望帮助拟从事糖生物学研究的新人更好地了解和利用该网站,对于该网站的学习和理解,会对后续从事聚糖相关研究的研究者起到极大的帮助作用,也使后续研究更加便捷。     

健康医疗可穿戴设备数据隐私相关问题研究

归纳、总结健康医疗可穿戴设备采集的数据内容,重点绘制健康医疗可穿戴设备的数据流动环节,并将数据流动划分为采集、上传、集成交互以及信息反馈等主要环节,并分析各主要环节中以及其他方面存在及潜在的数据安全与隐私问题,希望能为健康医疗可穿戴设备的数据隐私保护机制提供不同角度的理论参考。     

Biological Databases for Hematology Research

With the advances of genome-wide sequencing technologies and bioinformatics approaches, a large number of datasets of normal and malignant erythropoiesis have been gener-ated and made public to researchers around the world. Collection and integration of these datasets greatly facilitate basic research and clinical diagnosis and treatment of blood disorders. Here we provide a brief introduction of the most popular omics data resources of normal and malignant hematopoiesis, including some integrated web tools, to help users get better equipped to perform common analyses. We hope this review will promote the awareness and facilitate the usage of public database resources in the hematology research.     

动物学定量与定性资料分析中的常见错误

合理选择正确的统计方法是提高科研工作质量和可信度的关键.然而有些科研工作所采用的统计方法往往不合理,甚至是错误的.例如,常常忽视定量资料中t-检验和方差分析的前提条件--正态性、方差齐性.对单因素多水平的定量资料直接使用组间两两比较的t-检验;对定性资料中列联表的分析一律通用Pearson χ~2检验,包括对Pearson χ~2检验结果的理解出现偏差,从而做出错误的推论.本文对国内一些动物学研究论文中所采用的具体统计方法提出辨析.     

食用菌表型组技术研究进展

食用菌己成为我国农业的第五大种植业,在"精准扶贫"战役中发挥了重要作用.然而,经过40年的快速发展,食用菌行业依然面临着众多问题亟待解决,尤其是在工厂化栽培生产中我们还严重依赖国外选育的菌种.随着基因测序和表型组等新技术的蓬勃发展,"数据驱动"的生物学研究取得了一系列突破性进展.这些新技术也为解决食用菌行业面临的问题带...     

基于物候特征的盐渍化信息数据挖掘研究

盐渍化是影响植被和作物长势的重要因素,精确反演盐渍化的时空分布信息至关重要。基于MOD13A1-NDVI数据反演生长季开始日期(SOS)、生长季结束日期(EOS)、生长季长度(LEN)等物候参数和计算出能高精度反演盐渍化空间分布的多种植被指数、盐分指数、地形指数、干旱指数等参数后作为BP-ANN人工神经网络的输入因子来反演盐渍化信息,同时按照植被类型和地貌类型进行分区来反演盐渍化信息,以探讨盐渍化受植被和地貌类型的影响。主要结论如下:(1)盐渍化的形成受多种因素的影响,与物候参数大多呈非线性关系,不能单纯的以某拟合公式来进行表达,需要借助人工神经网络超强的非线性拟合能力来反演盐渍化信息。(2)通过深入挖掘植被物候信息,在融入物候参数后的反演精度显著提高。可决系数R2从0.68(非物候参数)增加到0.79(包括物候参数),但是需要加入地形、影像数据和土壤水分等方面的信息来更加精确的反演盐渍化信息。生物累积量指标LSI(Large seasonal integral)和SSI(Small seasonal integral)能够很好的表征盐渍化的信息。(3)划分植被类型后的盐渍化提取精度进一步提高,可决系数R~2达到了0.88。(4)以地貌特征作为类型分区后,反演结果的R~2达到了0.85,精度较高,比以植被类型作为分区的精度略小。高程较低区域的盐渍化现象普遍较重,盐渍化程度受到地形和地貌因素的影响显著。(5)农用地区域多为非盐渍化和轻度盐渍化地,稀疏植被区多为重盐渍化地。研究区的非盐渍化和轻盐渍化地、中盐渍化地和重度盐渍化地比例分别为53.42%,13.71%,32.87%。以上的研究结果提出了一种融合物候信息和非物候参数来反演盐渍化信息的方法,进行深入的协同植被物候监测盐渍化信息方面的数据挖掘,在融入了物候参数后,盐渍化的预测精度显著提高。     

我国心血管专科临床科研数据中心的建设与思考

中国是心血管疾病的数据大国,但是从数据质量和临床科研上讲,并非强国。为了提高心血管数据在临床质量评估和科研中的应用,我院心内科开始了心血管专科临床科研数据中心的尝试和建设。通过借鉴美国相关经验,以及对我国心血管临床质量评估以及科研需求的深入调研,我们建设了以心血管专科临床数据仓库以及心血管注册数据中心为核心的心血管专科临床科研数据中心。在此基础上,进一步探索并建设了自定义科研表单,多维度组合筛选,基于随访策略的心血管随访管理,基于个性化诊疗计划的心血管病人院后管理,相关性分析及不良心血管事件模式发现等应用和工具,有助于提升心血管专科的临床流程效率,临床质量评估和科研水平,同时为建立全国性的心血管疾病注册数据库打下了基础。     

基于多源数据的城市生境网络规划方法研究与实践

生态文明建设导向下的城镇发展建设,需要切实平衡人与自然的空间发展矛盾,应用多源数据分析和判断如何建设一个体系更健康、结构更合理、功能更完善的城市绿色空间体系,具有重要的规划探索和实践意义。选定目标鸟种,研究建立其潜在生境空间参数指标体系,运用多源数据分析潜在生境、廊道和踏脚石增设需求。构建以鸟类生境为代表的特定类型生境网络、指导城市绿色空间布局。随着多源数据获取成本的逐步降低和物种类群生境参数的逐步深化发展,该方法在研究城市生境网络构建和绿色空间布局上的作用还将进一步提升。     

药用女贞属植物化学成分的研究进展

在约50种女贞属植物中已进行化学成分研究的有15种,从该类植物中提取分析出一百多种化合物,其中大部分是结构新颖的活性化合物。主要有单萜类,三萜类,环烯醚萜类,裂环烯醚萜类,黄酮类,苯乙醇类,挥发油和其它化合物,本文综述了从该属植物中得到的各类化学成分的结构和^13C-NMR谱图数据。     

现代生物医学研究中医学研究生“大数据”利用能力的培养

科研能力的水平是我国研究生教育质量的重要指标。现代生物医学研究中呈现的"大数据"特点给研究生科研能力培养提出了新的要求。本文在分析"大数据"基本特点和总结医学科研思维模式在"大数据"影响下发生的转变的基础上,对提高医学研究生获取和利用"大数据"信息的能力提出一些具体建议,希望能够推动医学研究生科研能力的培养。     

基于聚类分析法的护理单元分类研究

目的 探讨聚类分析法在确定护理单元分类中的应用，客观、公正的评价护理单元，在医护分开核算模式下，为护理绩效奖金分配及人力资源配置提供参考依据。方法 利用自设调查表及某公司提供的量表，抽样统计护理人员对护理单元分类的主观评价，应用聚类分析法，结合客观业务数据，确定不同护理单元的分类。结果 将全院78个护理单元分为1类至5类共5个类别，1类护理单元9个，2类护理单元21个，3类护理单元22个，4类护理单元12个，5类护理单元14个。结论 调整后的护理单元聚类值作为护理单元分类系数，能够全面、客观、相对公平的反映不同护理单元的护理工作负荷、难度及风险，可以作为医院护理绩效考评奖金分配及科室管理的依据。     

长白山站的研究数据库管理系统

长白山站的研究数据库管理系统翟永华,赵士洞（中国科学院沈阳应用生态研究所１１００１５）Ｄａｔｅ－ＢａｓｅＭａｎａｇｅｍｅｎｔＳｙｓｔｅｍｉｎＣｈａｎｇｂａｉｓｈａｎＦｏｒｅｓｔＥｃｏｓｙｓｔｅｍＲｅｓｅａｒｃｈＳｔａｔｉｏｎ．￥ＺｈａｉＹｏｎｇｈｕａ...     

全球大数据与健康管理的研究热点聚类分析

揭示全球该领域的研究热点。采用文献计量学和双向聚类分析方法。发现全球大数据与健康管理现已达到年均发文量1000篇以上;全球有89个国家和地区都进行了该方面的研究,其中欧洲地区的国家合作交流频繁;该领域中重要出版物有Stud Health Technol Inform、PloS one等;目前研究热点主要聚焦为：蛋白质等生物大分子网络作用的信息挖掘、数据挖掘在药物数据库及电子健康档案的应用、基因组序列数据挖掘在疾病预测中的应用、药物生物信息学的数据挖掘、生物医学大型数据库的数据挖掘、系统生物学的数据挖掘和医疗卫生服务中的数据挖掘等7个方面。     

生态环境移动数据采集系统研究与实现

针对快速、实时、有效采集并录入生态环境野外调查大样本量、多源数据的需求,充分应用移动GIS技术、移动智能终端、3G等现代信息技术优势,提出了基于ArcGIS for Mobile的移动数据采集方案,研究解决了包括系统运行机制、数据访问模式、移动数据库技术等面向全国生态环境野外调查的移动GIS关键技术,设计并研发野外调查移动数据采集系统。该系统采用C#和Java语言,以SQL Server 2008 为服务器端的数据库环境,在Microsoft Visual Studio 2008集成开发环境上实现设计开发,并在全国生态环境10年变化遥感调查与评估项目土地覆盖类型地面核查、生态系统参数野外观测等工作中予以应用。实践检验表明：该系统实现了野外调查数据的数字采集、智能校验、实时上传与有效管理,简化了填报程序,规范了填报内容,提高了工作效率,能够为生态环境相关的调查数据采集提供信息化支持。