RNA结合域决定JDV Tat具有较强的激活能力

为分析JDV与BIV、HIV-1LTR和Tat相互激活能力差异的原因,在氨基酸序列对比及HIV-1Tat功能域划分的基础上构建了JH、HJ、JB、BJ几种嵌合Tat蛋白,并克隆到真核表达载体。将上述表达质粒与以JDV、BIV和HIV-1LTR为启动子,以luc为报告基因的质粒共转染Hela细胞,证实了三种不同Tat激活能力的差异主要来自其结合域RNA结合能力的差异,排除了结构域不完整和细胞因子缺乏造成JH不激活HIV-1LTR的可能性。     

JDV Tat反式激活LTR与HIV-1 Tat采用类似的细胞因子

为分析JDV Tat在反式激活JDV及HIV-1 LTR过程中是否采用与H1V-1 Tat类似的细胞因子,本文构建了包含完整激活域的jTat70和hTat47,同时构建了cyclin T1和CDK9真核表达及反义转译质粒。过量表达hTat47和jTat70对hTat反式激活HIV-1 LTR,jTat反式激活JDV和HIV-1 LTR均有明显的抑制作用推测jTat和hTat的反式激活作用可能涉及类似的细胞因子。通过cyclin T1和CDK9的反义转译质粒对jTat反式激活的抑制作用证实这两种细胞因子参与了jTat对JDV和HIV-1 LTR的反式激活。     

JDV Tat反式激活LTR与HIV-1 Tat采用类似的细胞因子

为分析JDV Tat在反式激活JDV及HIV-1 LTR过程中是否采用与HIV-1 Tat类似的细胞因子,本文构建了包含完整激活域的jTat70和hTat47,同时构建了cyclin T1和CDK9真核表达及反义转译质粒.过量表达hTat47和jTat70对hTat反式激活HIV-1 LTR,jTat反式激活JDV和HIV-1 LTR均有明显的抑制作用推测jTat和hTat的反式激活作用可能涉及类似的细胞因子.通过cyclin T1和CDK9的反义转译质粒对jTat反式激活的抑制作用证实这两种细胞因子参与了jTat对JDV和HIV-1LTR的反式激活.     

双链RNA结合蛋白与双链RNA结合域

双链RNA(double stranded RNA,dsRNA)能引发细胞的抗病毒机制,其产生效应是因为作用于含有dsRNA结合域(dsRNA·binding domain,DRBD)的酶类和其他功能蛋白质,这些蛋白质能够特异性地识别并结合dsRNA,从而引起细胞应答.已有的资料表明DRBD不仅与dsRNA结合,还能与DNA或其他形式的RNA分子结合,而且有些蛋白质的DRBD不与任何核酸分子结合,仅起调节作用.另外,同种蛋白质的不同DRBD之间以及不同蛋白质的DRBD之间也能相互作用,从而形成复杂的蛋白质一蛋白质复合体,参与多种细胞代谢途径.因此,DRBD及其含有这些结构域的蛋白质可能具有多种功能.     

利用RNA干扰抑制具有多种剪接形式的RNA结合蛋白基因的表达

目的:构建具有多种剪接形式的RNA结合蛋白(RBPMS)基因siRNA的真核表达载体,观察其对RBPMS表达的影响。方法:利用RNA干扰(RNAi)技术,设计并合成了2条针对RBPMS基因的siRNA,将其克隆到siRNA表达载体pSliencer2.1-U6neo上。将重组质粒和带FLAG标签的RBPMS共转染293T人胚肾细胞,通过Western印迹检验RNAi效应。结果:测序证明成功构建了RBPMSsiRNA真核表达载体;Western印迹表明构建的siRNA能有效地抑制RBPMS基因的表达。结论:构建了RBPMSsiRNA的真核表达载体,该siRNA能有效地抑制RBPMS基因的表达。     

核糖体RNA具有蛋白质合成的酶活性

核糖体是合成蛋白质的机器,它由大小两个亚基组成,其主要成份是 RNA(即 rRNA)和蛋白质。在过去的30多年里,对于核糖体结构、成份及其在蛋白质合成中可能起到的作用已做了相当深入的研究,然而对于蛋白质合成中的最关键的一步--即肽键形成的机制却一直不清楚。传统的观念认为酶的本质是蛋白质,即只有蛋白质才有催化功能,所以长期以来人们也自然地认定核糖体中具有催化作用的是某一种或几种蛋白质组分,而 rRNA 主要起一种支架作用,但近几年来越来越多的实验证据表明     

空心莲子草具有较强抗盐能力的原因初探

为了探讨空心莲子草(Alternantheraphiloxeroides(Mart.)Griseb)的抗盐机理,测定了盐胁迫条件下的空心莲子草和水稻中保护酶活性和渗透调节物质的变化。结果表明,在盐胁迫下,空心莲子草中的脯氨酸、甜菜碱以及SOD、POD等含量增加速度比水稻快,膜脂过氧化产物丙二醛的含量在两种植物中虽亦增加,但在空心莲子草叶中的增加幅度小于水稻。证明盐胁迫下保护酶活性和渗透调节物质含量的迅速增加是空心莲子草具有较强抗盐能力的重要生理学基础。     

淀粉结合域与α-淀粉酶的融合表达及其酶学性质

利用RT-PCR从Rhizopus oryzaeGX-08总RNA中克隆到糖化酶的淀粉结合域(SBD)基因(sbd),将该基因片段插入α-淀粉酶(CN7A)基因cn7a的5′端构建融合表达质粒pSE-sbdcn7a。嵌合酶SBD-CN7A在Escherichia coliJM109表达,并经Ni-NTA、Sephacryl S300纯化。酶学性质研究表明:嵌合酶在最适作用条件方面与原始酶并无明显差别;在以生玉米粉为底物时,其比酶活提高了8.7倍,而以可溶性淀粉为底物时其比酶活是原始酶的1.8倍,Km也从3.784 g/L降低为2.234 g/L;嵌合酶在65℃下的半衰期从10 min缩短为4 min。结果表明,淀粉结合域SBD的融合赋予了α-淀粉酶CN7A水解生淀粉的能力。     

天然嵌合基因的结构特性及其对基因设计的启示

天然嵌合基因(natural chimeric gene)是由两个或两个以上的独立基因天然融合而成的新基因,该类型基因的发现,突破了“一个基因对应一个染色体座位”的经典认知,扩展了基因的概念。在人类癌症研究过程中,诸多的嵌合基因可导致肿瘤相关疾病,并作为癌症分子的诊断标志而受到人们的广泛关注。本文基于嵌合基因生物信息学方面的相关研究,以癌基因为切入点,从天然嵌合基因的融合特点、转录、调控,以及融合蛋白的结构域组合形式和功能等方面,结合本研究组前期的相关工作,综述了嵌合基因融合结构和功能的研究进展,探讨了当前研究工作的困难与挑战,并对嵌合规律在新基因设计的应用作了展望。     

JDV与三种牛反转录病毒相互关系的初步研究

为研究JDV与其它三种牛反转录病毒BIV、BLV、BFV的相互作用关系,将以JDV、BIV、BLV、BFV的LTR为启动子,以Luc为报告基因的质粒和以上病毒反式激活因子的表达质粒共转染BLl2细胞系,通过瞬时表达分析试验证明了JDV和BIV的LTR和Tat之间亲缘关系很近,能够相互激活;JDV Tat可以反式激活BLVLTR,BLVTax不能激活JDVLTR;JDVLTR上存在BFVTas的应答元件;BLV、BFV和BIV的LTR和反式激活因子问不存在相互激活。     

JDV与三种牛反转录病毒相互关系的初步研究

为研究JDV与其它三种牛反转录病毒BIV、BLV、BFV的相互作用关系,将以JDV、BIV、BLV、BFV的LTR为启动子,以Luc为报告基因的质粒和以上病毒反式激活因子的表达质粒共转染BL12细胞系,通过瞬时表达分析试验证明了JDV和BIV的LTR和Tat之间亲缘关系很近,能够相互激活;JDV Tat可以反式激活BLVLTR,BLV Tax不能激活JDV LTR;JDV LTR上存在BFV Tas的应答元件;BLV、BFV和BIV的LTR和反式激活因子间不存在相互激活.     

DDX3 RNA helicase is required for HIV-1 Tat function

Host RNA helicase has been involved in human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) replication, since HIV-1 does not encode an RNA helicase. Indeed, DDX1 and DDX3 DEAD-box RNA helicases are known to be required for efficient HIV-1 Rev-dependent RNA export. However, it remains unclear whether DDX RNA helicases modulate the HIV-1 Tat function. In this study, we demonstrate, for the first time, that DDX3 is required for the HIV-1 Tat function. Notably, DDX3 colocalized and interacted with HIV-1 Tat in cytoplasmic foci. Indeed, DDX3 localized in the cytoplasmic foci P-bodies or stress granules under stress condition after the treatment with arsenite. Importantly, only DDX3 enhanced the Tat function, while various distinct DEAD-box RNA helicases including DDX1, DDX3, DDX5, DDX17, DDX21, and DDX56, stimulated the HIV-1 Rev-dependent RNA export function, indicating a specific role of DDX3 in Tat function. Indeed, the ATPase-dependent RNA helicase activity of DDX3 seemed to be required for the Tat function as well as the colocalization with Tat. Furthermore, the combination of DDX3 with other distinct DDX RNA helicases cooperated to stimulate the Rev but not Tat function. Thus, DDX3 seems to interact with the HIV-1 Tat and facilitate the Tat function.     

Umbilical Cord Blood Mononuclear Cell HIV-1 LTR Binding Activities

Vertically transmitted HIV disease constitutes a significant problem in pediatrics. In order to characterize some of the possible host factors involved in HIV replication in fetuses and newborns, we surveyed the HIV-1 LTR binding factors present in nuclear extracts from cord blood mononuclear cells. A series of electrophoretic mobility shift assays (EMSAs) showed that protein extracts from cord blood interacted with several regions of the HIV LTR. The most prominent binding activities involved the NF-kB sites, but other regions of the LTR also showed factor binding with the cord blood extracts. Some of these cord blood extract binding activities displayed qualitative differences when compared to adult peripheral blood mononuclear cell extracts in EMSA and UV cross-linking studies. Transient transfection experiments indicated that the NF-kB and Sp1 sequences were important for wild type levels of expression in cord blood cells, but that additional sequences 5 to the NF-kB sites also contributed activity. Thus, factors that interact with many of the well-known HIV LTR regulatory sites are present in cord blood cells. However, certain qualitative differences distinguished cord blood and adult peripheral blood binding activities and these may contribute to pathogenesis of HIV infection in neonates.     

Structure of an RNA Aptamer that Can Inhibit HIV-1 by Blocking Rev-Cognate RNA (RRE) Binding and Rev-Rev Association

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